Optimización codogenica

La optimización codogenica es un factor determinante y clave para poder realizar

una eficiente expresión de proteínas recombinantes. Como es sabido un
aminoácido puede tener más un codón que lo sintetice y la disponibilidad de estos
codones va a estar determinada por el organismo en el cual se requiera expresar la
proteína. La optimización codogenica permite seleccionar y reemplazar
(selectivamente) secuencias codogenica apropiada (sin alterar las secuencias de
aminoácidos) que permitan aumenten la velocidad de traducción de genes, y de
esta forma mejorar la eficiencia de la expresión del gen de interés, mejorando de
esta forma los niveles de expresión de proteínas.

En nuestro caso, y con el objetivo de aumentar la eficiencia de la traducción y con

ello mejorar la expresión de la proteína recombinante NF de Metapneumovirus en
Pichia pastoris, se realizó una optimización codogenica de la secuencia del gen que
codifica para nuestra proteína, reemplazando determinados codones que pudieran
reducir y limitar la eficiencia en la traducción (escasez de ciertos codones en un
organismo concreto), por secuencias codogenica codificadas frecuentemente por
Pichia pastoris. Se logró cambiar el sesgo de codones del gen que codifica para la
proteína NF en Pichia pastoris actualizando el índice de adaptación del codón (CAI)
de 0,67 a 0,97, lo que nos indica, una perfecta distribución de codones a lo largo de
la secuencia del gen en el organismo de expresión deseado.

A continuación se muestra la metodología ocupada para lograr la optimización, junto

con los análisis realizados tanto al índice de adaptación del codón (CAI) como la
Frecuencia de codones óptimos (FOP) del gen optimizado.
Región Optimizada
Índice de adaptación del codón (CAI)

Figura 1. Distribución de la frecuencia de uso de codones a lo largo de la secuencia

del gen. Se considera que un CAI de 1.0 es perfecto en el organismo de expresión
deseado, y un CAI de> 0,8 se considera bueno, en términos de alto nivel de
expresión génica.

Frecuencia de codones óptimos (FOP)

Figura 1b. Distribución porcentual de codones en grupos de calidad de codones

computados. El valor de 100 se establece para el codón con la frecuencia de uso
más alta para un aminoácido dado en el organismo de expresión deseado.
Índice de Adaptación de Codones (CAI). Este parámetro mide el grado en que el
uso de codones de una secuencia se adapta a las frecuencias de uso de codones
calculadas previamente para un organismo. Más que para predecir la existencia

de zonas de uso de codones, el CAI se usa para predecir el nivel de expresión

de un gen o para comparar el uso de codones entre organismos

Índice de Adaptación de Codones (CAI).

Parámetro que mide el grado de adaptación de frecuencias codogenicas para un

determinado organismo.

Predice el nivel de expresión de un gen.