You are on page 1of 6

1.

Replikasi Semiconsevative Dna

Organisme dapat hidup dengan cara meneruskan keturunanya yakni melalui reproduksi,
duplikasi sederhana (fisi sel) terjadi pada bakteri atau reproduksi seksual yang kompleks terjadi
pada tanaman dan hewan yang lebih tinggi. Reproduksi memerlukan transmisi dari informasi
genetik orang tua kepada keturunannya, karena informasi genetik tersimpan dalam DNA
replikasi.

Ketika Watson dan kriket mengusulkan struktur DNA heliks ganda dengan pasangan
basa komplementernya, mereka segera menemukan kembali bahwa kekhususan pasangan dasar
dapat menjadi dasar mekanisme duplikasi DNA sederhana (paling sederhana). Jika dua untai
ganda heliks ganda dipisahkan (dengan memutus ikatan hidrogen masing-masing pasangan),
maka masing-masing untai induk bisa mengarahkan sintesis untai komplementer baru karena
pasangan spesifik (Gambar 5.12). Artinya, setiap untai induk bisa menjadi template untaian
komplementer baru misalnya Adenin, pada untaian induknya akan berfungsi sebagai template
melalui potensial ikatan hyfrogen untuk penggabungan timin dalam untaian komplementer yang
luas dengan demikian mekanisme replikasi DNA disebut semiconservative replikasi, karena
masing-masing helai komplemen heliks ganda orang tua dilestarikan (heliks ganda "setengah
dilestarikan") selama proses berlangsung.

Terdapat 3 perbedaan hypotesis mengenai mekanisme replikasi DNA

(1) Replikasi semiconservatif satu kali diusulkan


(2) "Konservatif" di mana heliks ganda orang tua tetap utuh (benar-benar dilestarikan) dan
sintesis DNA double heliks pada "progeni" yang terdiri dari dua untai yang baru disintesis.
(3) Replikasi "Dispersif" di mana segmen untai dan untaian induk atau lahir baru diselingi
melalui semacam fragmentasi, sintesis dan proses bergabung kembali.

2. Eksperimen Meselson-Sthal

Hasil uji kritis pertama dari proposal Watson dan Crick bahwa DNA mereplikasi
semiconservative diterbitkan pada tahun 1958 oleh M.S. Meselson dan F. W. Stahl. Hasil mereka
menunjukkan bahwa kromosom (sekarang diketahui mengandung satu heliks DNA "Watson-
Crick" ganda) dari bacillus kolon umum E. coli yang direplikasi secara semikonservatif.

Meselson dan Stahl menggunakan sel bakteri E.coli pada medium yang terdapat isotop
nitrogen berat, yakni 14N dan 15N sehingga pada medium yang memiliki nitrogen lebih berat
akan memiliki kepadatan lebih besar (satuan volume) dan pada nirogen yang rendah hasilnya
sebaliknya hal ini karena molekul dengan densitas yang berbeda dapat dipisahkan dengan
prosedur yang disebut sentrifugasi densitas-sentrifugasi ekuilibrium. Sel yang tumbuh pada
medium 15N dan kemudian dipindahkan ke medium 14N untuk berbagai periode waktu (yang
disebut eksperimen transfer kepadatan).
Percobaan selanjutnya menggunakan garam berat seperti 6 M CsCl disentrifugasi pada
kecepatan tinggi 30.000-50.000 (revolusi per menit untuk 48-72 jam) sentrifugal yang
disebabkan oleh pemintalan larutan pada sedimen kecepatan tinggi garam ke arah bagian bawah
tabung. Terjadi proses difusi yang menghasilkan pergerakan molekul garam kembali ke puncak
(konsentrasi garam rendah) dari tabung jadi, jika campuran DNA E. coli yang mengandung DNA
15N ("berat") dan DNA E. coli yang mengandung 14N ("cahaya" DNA) dikenai kerapatan
kesetimbangan CsCl - gradien sentrifugasi, molekul DNA akan dipisahkan menjadi dua "pita"
satu berisi "berat" DNA dan satu containg "cahaya" DNA.

Kepadatan hibrid (kepadatan menengah)adalah ketika medium DNA yang memiliki


isotop 15N telah di campur dengan isotop 14N sehingga terjadi kepadatan DNA “berat” dan
DNA “ringan” menghasilkan dua heliks ganda progeni yang keduanya memiliki 15N dalam satu
trand (untai "tua") dan 14N pada untai lainnya (untai "baru" ).

3. Autoradiography dari replikasi kromosom bakteri


Visualisasi dari replikasi kromosom pertama kali dilakukan oleh J. Cairns pada tahun
1963 dengan menggunakan teknik yang disebut autoradiography. Autoradiografi adalah metode
untuk mendeteksi dan menempatkan lokalisasi isotop radioaktif dalam persiapan sitologi atau
makromolekul oleh paparan emulsi fotografi yang sensitif terhadap energi rendah.
Autoradiografi sangat berguna dalam mempelajari metabolisme DNA karena DNA dapat diberi
label secara khusus dengan menumbuhkan sel pada timidin [3H], sekarang deoxyribonucleoside
dari timin. Thymidine dimasukkan secara eksklusif ke dalam DNA.
Cairns menanam E. coli dalam medium yang mengandung [3H] tirminida untuk bebrapa
waktu, kemudian melisiskan sel-sel dengan sangat sempurna sehingga tidak mematahkan
kromosom (molekul DNA panjang sangat sensitif terhadap pergeseran) dan mengumpulkan
kromosom pada saringan membran. Filter ini ditempelkan pada slide kaca, dilapisi dengan
emulsi yang peka terhadap partikel-partikel ß (elektron berenergi rendah yang dipancarkan
selama peluruhan tritium), dan disimpan dalam tempat gelap untuk jangka waktu tertentu.

Tion apparatuses dari protein yang dimurnikan telah berhasil, hasil dari fakta bahwa
kompleksnya digabungkan oleh interaksi protein-protein yang relatif lemah yang terganggu saat
proses isolasi. Selain itu, kompleks replikasi mungkin terikat membran dan membutuhkan
struktur membran untuk perakitannya. Ada banyak bukti bahwa garpu replikasi berhubungan
dengan membran sel dalam prokariota dan dengan nuklir pada eukariota.
4. Fag ᶲX17 dan "rolling circle" replikasi

Bakteriofag ᶲX174 menyimpan informasi genetik dalam DNA molekul berbentuk


melintang beruntai tunggal. Ketika virus ini menginfeksi sel inang seperti E.coli ujung virus
tunggalnya sampai untai positif progen telah disintesis. Replikasinya terjadi dalam tiga tahapan
yakni : (1) Untaian positif induk – RF induk, (2) RF induk – RFs anakan, dan (3) RFs anakan –
untaian posistif anakan.

Tahap I. Conversi kromosom untai tunggal menjadi induk untai ganda. (a-e) dari untai
tunggal menjadi induk untai ganda (RF), (b) Sintesis untai (-) komplemen diinisiasi oleh sintesis
primer RNA pendek, reaksi dikatalis oleh primosom yeng membutuhkan complek paling tidak 6
protein yang berbeda, komplemen ini disebut primosom. (c) DNA polimerase III mengkataklisis
covalen tambahan dari DNA sampai unung 3’ dari RNA primer. Sintesis untai (-) komplemen itu
terjadi secara terus menerus sampai cetakan untai positif habis. Primosom bergerak di sekitar
untai cetakan silkuler, setelah berhenti sebentar kemudian menginisiasi sintesis fragmen okazaki
yang baru. (d) Pemotongan primer RNA pada celah-celah diantara fragmen-fragmen okazaki
tersebut diisi oleh aktivitas DNA polimerase I. DNA ligase kemudian mengkatalisis ikatan
kovalen diantara 3’OH dan 5’OP untuk menghasilkan induk untai ganda (RF).

Tahap II. Rolling circle Replication dari induk RF untuk menghasilkan kumpulan anakan
RFs (e). (f) induk untai (+) RF dipotong pada bagian ori dengan menggunakan enzim nuklease
dari ФX174 protein gen A. lubang protein gen A pada induk RF terletak hanya pada ori dan
tidak akan memotong molekul DNA sama sekali. (f-h) selama peristiwa protein gen A menjadi
ikatan kovalennya bertambah pada group 5’ pada untai (+). Hal ini menyisakan sambungan
menuju 5’ sampai untai positif anakan disintesis dengan sempurna. (g) Ujung 5’ pada untai
positif dipindahkan dari untai (-) dan DNA ditambahkan pada 3’OH membentuk lingkaran. (g-
h) Protein gen A menyisakan ikatan pada garpu replikasi untuk pergerakannya di sekitar untai
negatif (-). (h-i) Sekali untai positif (+) baru disintesis protein gen A membelah daerah
permulaan dan secara simultan menyambung ujung 3’ dan 5’ untuk membentuk untai positif
silkular menjadi lebih rapat. (i-l) Sintesis untai negatif (-) komplemen terjadi secara tidak terus
menerus seperti pada tahap I dengan menggunakan untaian positif sebagai cetakan. Fragmen-
fragmen okazaki diinisiasi oleh RNA primer namun RNA primer tersebut tidak tampak pada
diagram. (i-f-l) Induk RF terus bereplikasi dengan cara rolling circle sampai populasi anakan RFs
sebanyak 60.

Tahap III. Sintesis kromosom anakan untai tunggal. (l-p) Rolling circle replication dari
anakan RFs terjadi hanya pada induk RFs pada tahap 2, kecuali jika untai negatif tidak disintesis,
sebagai penggantinya untai positif dibungkus dalam virion. (n-p) dari sintesis RF (tahap 2)
menjadi anakan untai positif pada tahap 3 dihasilkan dari sintesis gabungan lapisan protein virus
yang terdapat pada untai positif, yang mencegahnya dari cetakan yang sesuai bagi untai negatif.
(q) Pematangan anakan virus akan sempurna pada siklus hidup bakteorifag ФX174. Sekitar 500
anakan virus dihasilkan per sel yang terinfeksi.
5. Struktur Nukleus Prokariot

Kesalahan penggamabaran pada buku ajar mengenai struktur nukleus pada makhluk
hidup :

(1)Gambar kromosom prokariotik yang paling sering dipublikasikan adalah


auotoradiograf dan mikrograf elektron dari molekul DNA yang terisolasi, bukan
kromosom aktif atau fungsional metabolisme,

(2)Gambar eukariotik yang paling umum Kromosom memiliki kromosom meiosis atau
mitosis yang sangat kental - sekali lagi, keadaan kromosom yang tidak aktif secara
metabolisme. Kita sekarang tahu bahwa kromosom bakteri fungsional atau nukleoid
(neukleoid lebih dari nukleus) karena tidak dibatasi oleh membran nuklir) sedikit mirip
dengan struktur yang terlihat pada autoradiografi Cairns seperti kromosom interphase
metabolik aktif eukariot memiliki kemiripan morfologis yang sedikit terhadap mitosis.
atau kromosom metafase meiotik.

Panjang kontur molekul DNA melingkar E.coli sekitar 1100 μm. Sel E.coli memiliki
diameter hanya 1-2 μm. Bila kromosom E.coli dikaitkan dengan prosedur tanpa adanya deterjen
ionik (biasanya digunakan untuk melisiskan sel) dan disimpan dengan adanya kation konsentrasi
tinggi seperti poliamina (protein dasar atau protein bermuatan positif) atau 1 M garam untuk
menetralkan kelompok DNA fosfat bermuatan negatif, kromosom dalam keadaan sangat kental
sebanding dengan nukleoid in vivo. Struktur ini, yang disebut genom terlipat ternyata merupakan
keadaan fungsional kromosom E.coli.

Dalam keadaan genom terlipatnya, molekul DNA tunggal E. Coli diatur menjadi sekitar
50 loop atau domain, yang masing-masing sangat bengkok atau supercoiled (seperti kabel
telepon yang dilingkari dengan erat). Struktur ini bergantung pada RNA dan protein, keduanya
merupakan komponen genom terlipat. Genom terlipat dengan Dnase atau Rnase.

Supercoiling DNA adalah properti atau bahan khusus dari DNA beruntai ganda, bahan ini
memberi sifat struktural dan energik baru mulai dari virus terkecil sampai eukariota.

6. Variasi didalam struktur kromosom

Perubahan struktural membutuhkan istirahat pada kromosom,dari kromosom yang rusak


dapat di satukan kembali, setiap ujung yang patah dapat bersatu dengan ujung yang rusak
lainnya, sehingga berpotensi menghasilkan pengaturan hubungan baru. Hilangnya atau
penambahan segmen kromosom juga bisa terjadi pada prosses. Lebih dari satu jenis
penyimpangan dapat terjadi dalam waktu bersamaan. Misalnya, bagian dapat diputus dan hilang
selama pembentukan inversi atau translokasi.

Mengindentifikasi penyimpangan kromosom. Kromosom jagung adalah pengecualian. Karena


merupakan bahan untuk penelitian mikroskopis kromosom profase meiotic yang memiliki zat
pewarnaan dalam, yang disebut beteropyknotickobobs (Gambar 18.1), dengan bantuan penanda
yang terlihat ini, banyak perubahan kromosom telah terdeteksi pada jagung.

Metode acetocarminessmear, pertama kali diterapkan pada bahan tanaman lainnya oleh J.
belling pada tahun 1931, untuk memfasilitasi studi tentang kromosom jagung teknik ini
menyediakan cara untuk membandingkan kromosom individual dalam kumpulan kromosom atau
genom, dan juga rangkaian keseluruhan dari organisme yang berbeda.

Demonstrasi sitologi pertama penyusunan ulang kromosom tanaman dibuat dengan cara
yang bagus oleh b.McClintock. Bekerja dengan pachytene dan tahap profase meiotic lainnya
yang menyajikan kromosom besar untuk observasi mikroskopis, menyatakan bahwa konfigurasi
tak beraturan yang dibuat dengan penataan ulang kromosom dalam proses pemasyarakatan
menyebabkan empat jenis perubahan struktural:

(1) Kekurangan (bagian dari kromosom hilang atau terhapus )

(2) Duplikasi (bagian yang ditambahkan atau diduplikasi)

(3) Inversi (bagian yang direkonstruksi dan dipertemukan kembali dalam urutan terbalik)

(4) Translokasi (bagian kromosom pd dideteksi dan digabungkan ke kromosom


nonomomosa). Demonstrasi yang sebanding kemudian dibuat dengan choromosom
polythene raksasa Drosophila I

Chapter 18

1. Polytene kromosom besar didalam Diptera

Badan melingkar besar sekitar 150-200 kali lebih besar dari kromosom sel gonad yang
diamati di nukleus jaringan kelenjar larva dipterous pada awal 1881 oleh E. G. Balbiani. Dia
menggambarkan struktur banded di inti sel larva pada genus Chironomus namun tidak
memasukkan signifikansi genetik apapun ke pengamatan. D. Kostoff (tahun 1930)
mengemukakan adanya hubungan antara pita-pita struktur ini dan urutan linier diketahui terjadi
di antara gen.

Signifikansi anatomis dari badan nuklir selanjutnya dipelajari oleh E. Heitz dan H. Bauer
dalam genus Bibio, sekelompok lalat Mrch yang larvanya memakan akar rumput. Telah di
identifikasi tubuhnya sebagai kromosom raksasa yang terjadi berpasangan. Mereka
menggambarkan morfologi secara rinci dan menemukan hubungan antara kromoseom kelenjar
ludah dan kromosom sel somatik dan kuman lainnya. Mereka juga menunjukkan bahwa unsur
yang sebanding terjadi pada kromosom raksasa dan pada kromosom sel lain dari organisme yang
sama.

Hal itu terkait dengan karya T. S. Pelukis bahwa kromosom kelenjar liur Drosophila
(Gambar 18.2) pertama kali digunakan untuk verifikasi sitologi data genetik. Paiter
menghubungkan pita-pita pada kromosom raksasa ke gen, dihubungkan dengan morfologi
kromosom dan implikasi mengenai spesiasi yang menghubungkan gen kromosom dengan gen
tertentu. Sekitar 25.000 pasang basa sekarang diperkirakan untuk setiap band. C. B. Jembatan
membuat studi ekstensif dan terperinci tentang kromosom kelenjar ludah kemudian
dikembangkan alat bermanfaat partikal dalam menghubungkan gen ke kromosom.