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Keq [N]
___
=
[D]
ΔG = -RT ln Keq
Condiciones no fisiológicas
Condiciones fisiológicas
Consideraciones cinéticas
La paradoja de Levinthal
¿Cómo se pliegan las proteínas?
es de 10-13 segundos.
D I1 I2.... In N
Consideraciones cinéticas
kplegamiento
kdesplegamiento
D N
Keq kplegamiento
__________
=
kdesplegamiento
‡
kBT ‡ kBT ⎛ ΔG ⎞
k= K = exp ⎜ − ⎟
h h ⎝ RT ⎠
kplegamiento
kdesplegamiento
D N
kplegamiento
kdesplegamiento
D N
Paisajes de energía y embudos de plegamiento
Búsqueda al azar
Paisajes de energía y embudos de plegamiento
Ruta de plegamiento
Paisajes de energía y embudos de plegamiento
Rutas vs Paisajes
25 °C
45000
40000
35000
30000
25000
IF
(u.a.) 20000
15000
10000
5000
0
320 340 360 380 400
Longitud de onda (nm)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
FU 2h
FU 2h renat
1.0
Fu = Y(n)-Y(X) 0.8
Y(n)-Y(u) 0.6
Fu
0.4
0.2
0.0
0 1 2 3 4 5 6
Urea (M)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
Kunf = [D] / [N] = Fd/(1-Fd)
1.0
0.8 Replegamiento ▲
0.6
Fu( FI352nm)
0.4
0.2
0.0
Desplegamiento ●
-0.2
0 1 2 3 4 5 6
Urea [M]
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
0.8
Actividad
0.6 CD
XN
0.4 Fluorescencia
0.2
-30
-35
-40
EhTIM
-45
Elipticidad a 220 nm
-50
-55
-60
-65
-70
-75
20 30 40 50 60 70 80
0
Temperatura ( C)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
ΔG = –RT ln Keq
ΔG = ΔH – TΔ S
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
150
100
50
-50
DG (kcal/mol)
-100 Δ Cp=1
-150
Δ Cp=3
o
-200
-250
Δ Cp=6.87
-300
-350 Δ Cp=15
-400
100 150 200 250 300 350 400 450 500
Temperatura (°K)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
In silico
Termodinámica Molecular
Asumimos que:
El estado nativo está representado por la conformación de
mínima energía.
Simplificaciones:
-Hipótesis ergódica:
El comportamiento de un conjunto de moléculas en un
instante dado puede representarse mediante el
comportamiento de una sola molécula seguida en el tiempo.
-Solvente.
Energía Total (E) contiene contribuciones de la energía cinética
(K) y de la energía potencial (V)
E = K +V
E = K +V
∂V
Fi = − n - iterations using
∂ri "descent" methods
El equilibro F = 0
Local stable
conformation
Este es el principio básico de
∂V
0=− la “minimización de energía”
∂ri
La energía potencial (V) depende de las interacciones
Intramoleculares covalentes y no covalentes
The first term represents a a Lennard-Jones (LJ) potential. It approximates the interaction between a pair of neutral atoms or
molecules. The second term is a coulomb potential between a pair of atoms i and j. The last terms describe bonds and angles
potentials. Due to experimental data and quantum chemical calculations the force-field parameters can be identified. In
biochemistry a force field is a collection of mathematical functions and parameters which describe the potential energy of
particles (atoms and molecules) in a defined system.
Gracias a esto, mediante el uso de simulaciones, basadas en campos de fuerza
(Física Newtoniana), es posible predecir (simular) el plegamiento de una
proteína.