ENZIMAS

Bioquímica Microbiana
M.C. Francisco Javier Gómez Vega
 ENZIMAS

 Las enzimas son catalizadores biológicos.

 Un catalizador es un agente capaz de acelerar una reacción química,

sin formar parte de los productos finales.

 Muestran alta especificidad de reacción y de sustratos.

 Si bien la mayoría de las enzimas son proteínas, hay ARNs con

actividad catalítica, ribozimas.

 Actúan disminuyendo la energía de activación

de una reacción química.
 Apoenzimas / coenzimas
 Muchas enzimas necesitan para actuar de una molécula no proteica:
coenzima o grupo prostético.
 Algunas vitaminas están relacionadas con las coenzimas.
 Una coenzima pude unirse a diferentes apoenzimas y actuar sobre
diferentes sustratos (ej. NAD, Nicotinamida adenina dinucleótido,
aceptora de H+ sustraídos al sustrato).

HOLOENZIMA = APOENZIMA + COENZIMA

Enzima total Proteína No Proteínica

 Otras enzimas requieren para ser activas de iones metálicos que

donan o ceden electrones (Ejs. Citocromos, Fe; enzimas que usan
ATP, Mg).
 Reacción enzimática

La enzima se une al o los sustratos formando un complejo transitorio

E + S ↔ ES → E + P
 Sitio activo
Sitio activo o catalitico: Lugar de la enzima donde se fija el sustrato, entidad
física relativamente pequeña. Posee una conformación tridimensional
altamente específica en el cual las cadenas laterales de los AA aportan
grupos funcionales esenciales.

Proteasa ácida (similar a la pepsina).

Centro activo localizado entre dos
Hexoquinasa. Los dos dominios de la enzima se
lóbulos, puede albergar 8 aa del
aproximan y rodean al sustrato, la glucosa.
sustrato.
 GENERALIDADES DE LOS CENTROS
ACTIVOS

 El centro activo supone una porción

relativamente pequeña del volumen total
de la enzima.
 Los centros activos son hollos o
hendiduras.
 Los sustratos se unen a las enzimas por
numerosas fuerzas débiles.
 CENTRO ACTIVO DE LA ENZIMA
 Es la región que se une al sustrato (y al grupo
prostético, si existe) y contiene los residuos que
participan directamente en la producción y
ruptura de enlaces.
Estructura de un complejo Enzima-Sustrato:
(Izquierda). Se ilustra a la enzima Citocromo
p-450 unido a un sustrato alcanfor. (Derecha)
En el centro activo, el sustrato esta rodeado
por residuos de enzima. Observe también el
cofactor Hemo.

 Es la región de la enzima que reduce más

directamente la AG++ de la reacción.
 GENERALIDADES DE LOS CENTROS
ACTIVOS
 Es una hendidura tridimencional formada
por grupos que provienen de diferentes
partes de la secuencia lineal de los
aminocidos.

Los centros activos pueden incluir a residuos

distantes: (A) Modelo de cintas de la enzima
lisozima, donde se muestran los componentes
del centro activo en colores diferentes. (B)
Diagrama esquemático de la estructura
primaria de la lisozima donde se muestran
que el centro activo esta formado por
residuos que proceden de diferentes
segmentos de la cadena polipeptidica.
 GENERALIDADES DE LOS CENTROS
ACTIVOS
 La especificidad del enlace depende de la
disposición exactamente definida de los
átomos del centro activo.

 Modelo de la llave y la cerradura para la interacción Enzima-Sustrato: En este

modelo el centro activo de la enzima por si mismo es complementario a la forma
del sustrato.
 Modelo del ajuste inducido para la interacción enzima-sustrato: En este modelo la
enzima cambia de forma en la unión con el sustrato. El centro activo tiene una
forma complementaria a la del sustrato solamente después que el sustrato se
una a él.
 Modelo Michaelis-Menten

k1 k3
E + S ↔ ES → E + P
k2
 Para muchas enzimas la V de catálisis o formación del producto varía con la [S]:
 Cuando [S] es pequeña, V es casi proporcional a [S]
 Cuando [S] es elevada, V es practicamente independiente de [S]

↓
La ecuación de M-M da cuenta de estas características cinéticas:

V= Vmax ____[S]____ ; KM= k2+ k3

[S] + KM k1

 El valor de KM para una enzima depende de cada sustrato y de condiciones ambientales

tales como temperatura y fuerza iónica.

KM = concentración de sustrato a la cual la velocidad de reacción se hace la mitad de su

valor máximo.

 K3 = número de recambio, número de moléculas de sustrato convertidas en producto por

unidad de tiempo, cuando la enzima está completamente saturada de sustrato.
Cinética Michaeliana/no Michaeliana
 La representación gráfica de la ecuación de Michaelis-Menten (velocidad de
reacción frente a [S]) es una hipérbole. La Vmax corresponde al valor máximo
al que tiende la curva experimental, y la KM corresponde a la concentración de
sustrato a la cual la velocidad de la reacción es la mitad de la Vmax.

 Hay enzimas que no obedecen la ecuación de Michaelis-Menten. Se dice que

su cinética no es Michaeliana. Esto ocurre con los enzimas alostéricas, cuya
gráfica V frente a [S] no es una hipérbole, sino una sigmoide. En la cinética
sigmoidea, pequeñas variaciones en la [S] en una zona crítica (cercana a la
KM) se traduce en grandes variaciones en la velocidad de reacción.
 CLASIFICACIÓN DE NZIMAS
En base al tipo de reacción que catalizan
Clase Tipo de reacción Ejemplo
Oxidoreductasas Oxidación-Reducción Lactato deshidrogenasa
Transferasas Transferencia de grupo Nucleósido monofosfato
quinasa (NMP quinasa).
Hidrolasas Reacciones de hidrolisis Quimotripsina
(Transferencia de grupos
funcionales al agua).
Liasas Adición o separación de Fumarasa
grupos para formar
dobles enlaces.
Isomerasas Isomerización Triosa fosfato isomerasa
(Transferencia
intramolecular de grupo).
Ligasas Unión de dos sustratos a Aminoacil-tRNA
expensas de la hidrolisis sintetasa
del ATP
 ENZIMAS INDUCTIBLES Y
CONSTITUTIVAS
 Enzimas constitutivas:
 Son a aquellas enzimas que se sintetizan en cualquier
condición celular, y participan en diferentes vías metabólicas.
 La cantidad de enzima en las células permanece estable.
 Los procesos de síntesis y degradación enzimática se
mantienen más o menos constantes.
 Enzimas inducibles:
 Solo se sintetizan si el inductor está presente en el medio.
 El inductor puede ser el sustrato sobre el cual actúa la enzima,
o bien, algún análogo estructural del mismo.
 La síntesis se activa o deprime de acuerdo a los requerimientos
celulares en un momento dado (ej. enzimas del metabolismo de
la glucosa).
 ENZIMAS REPRESIBLES

 Las enzimas represibles son aquellas que no

se sintetizan si el producto de la vía donde
participan se encuentra en el medio.

 Ejemplos:
 Enzimas de vía glicolítica (constitutivas)
 Enzimas del Operón lac ( inducibles)
 Enzimas del Operón trp ( represibles)
Enzimas exocelulares, endocelulares y
periplásmicas

 Las enzimas exocelulares o extracelulares

son aquellas que participan en la
obtención de nutrientes, o bien que
imparten cierta protección a los microorg.
que las producen.
 Ejemplos:
 Celulasas - Amilasas
 Proteasas - Síntesis de exopolisacáridos
Celulasas

Celulasas y Xilanasas o hemicelulasas

Hongos, p. Ej. Trichoderma reesei
Aspergillus niger
Proteasas

R -C - N - R’ + H2O R - C=O + NH2- R

O H OH

Serin proteinasas – subtilisina Bacillus subtilis

Aspartic carboxil proteinasa Aspergillus
Metaloproteinasa – colagenasa Clostridia
Proteinasa neutra Bacillus
Amilasas

Bacterianas Bacillus
Fúngicas Aspergillus niger
POLISACÁRIDO ORGANISMO TIPO DE MONÓMERO UNIONES
POLÍMERO

DEXTRANOS BACTERIAS: Ramificado  1-6 cadena

Leuconostoc D- principal y
mesenteroides, glucopiranosa  1-3,  1-2 o
L. dextranicum,  1-4 en las
Cadenas ramificaciones
Acetobacter sp cortas
PULULANOS HONGOS:  1-4 la
Aureobasidium Lineal D- mayoría
pullulans glucopiranosa
 1-6 pocas
ALGINATOS BACTERIAS: D- manurónico  1-4 y  1-4
Pseudomonas D- glucurónico
aeruginosa Lineal (4:1 a 20:1)
Azotobacter
vinelandii
POLISACÁRIDO ORGANISMO TIPO DE MONÓMERO UNIONES
POLÍMERO

XANTANOS BACTERIA: Lineal con D-glucosa 1-4

Xhantomonas ramificaciones (principal),  1-3
campestris de trímeros 6-O-  1-2
acídicos acetilmanosa,
(pentasacárido) glucurónico,
manosa y
piruvato
GELANOS BACTERIA: Tetrasacárido 2 D- glucosa+
Pseudomonas L-ramnosa+
D-glucurónico
 ENZIMAS ENDOCELULARES
 Son las enzimas que actúan en el interior
de los microorganismos, pueden actuar en
el citoplasma, como las de vía glicolítica, o
pueden encontrarse asociadas a
membrana de organelos celulares, como
aquellas que se localizan en la membrana
mitocondrial y participan en el transporte
de electrones.
 ENZIMAS PERIPLÁSMICAS
 Son aquellas proteínas que se encuentran
asociadas a la membrana citoplásmica, y
que participan en la transformación o
transporte de nutrientes al interior de la
célula.
 Integrales.
 Periféricas.
MEMBRANA CITOPLASMÁTICA

 Las proteínas periféricas de membrana están

unidas a las superficies de las membranas a
través de interacciones electrostáticas y
puentes de H.
 Las proteínas que atraviesan la membrana
interaccionan, en las regiones de a hélices
transmembranales, a través de interacciones
hidrofóbicas y puentes de hidrógeno.
Membrana citoplasmática
Las proteínas integrales (a,
b y c) interaccionan
extensamente con la región
hidrocarbonada de la bicapa.
Casi todas atraviesan la
membrana.
Las proteínas periféricas de
membranas (d y e) se unen
a la superficie de las
proteínas integrales.
Algunas interaccionan con
los grupos de la cabeza
polar de los lípidos.
Unión de la prostaglandina H2 sintasa- 1
a la membrana

La enzima se mantiene
en la membrana a
través de un grupo de
hélices a cubiertas por
cadenas laterales
hidrofóbicas.
Proteína bacteriorrodopsina
de Arqueobacterias

La bacteriorrodopsina
consta principalmente
de  - hélices
transmembranales.
La mayor parte de los
AA. de estas hélices
son apolares.
(A) Vista a través de la bicapa de la membrana
(B) Vista desde el lado citoplasmático de la membrana
Porina bacteriana de
Rhodopseudomonas blastica
Proteína constituida
totalmente por hojas
plegadas . Cada
hebra está unida a su
vecina a través de
puentes de H en una
organización
antiparalela, formando
una única hoja .La
hoja  se dobla para
formar el hueco del
cilindro.
(A) Vista lateral
(B) Vista desde el espacio periplásmico. Monómero de la
proteína trimérica.
 REGULACIÓN ENZIMÁTICA
 La actividad de las proteínas, incluidas
las enzimas, a menudo debe ser
regulada de modo que funcionen en el
tiempo y lugar adecuados.
 Mecanismos de regulación enzimática:
 Relacionados con la acción de la enzima
 Relacionados con la síntesis de la enzima
REGULACIÓN ENZIMÁTICA

 La actividad biológica de las proteínas

se regula de cuatro maneras
principales:
1. Control alostérico

2. Inhibición enzimática (feedback)

3. Modificación covalente reversible

4. Activación proteolítica
 I.- CONTROL ALOSTÉRICO

 Este tipo de regulación ocurre solo en las

enzimas alostéricas, que son enzimas que
además del sitio activo poseen otro capaz
de reconocer efectores, que se denomina
sitio alostérico.
 Enzimas alostéricas
 Además del sitio activo, poseen otros sitios a los cuales pueden unirse
moléculas.

 Están constituídas por 2 o más subunidades polipeptídicas. En ellas

ocurren interacciones alostéricas, la unión a un centro produce
cambios conformacionales en las otras subunidades de la misma
molécula y modifica la aptitud del sitio activo para recibir al sustrato.

Unión cooperativa del sustrato a una enzima alostérica. El sitio

activo vacío en RT tiene una afinidad mayor por el sustrato que los
centros en TT.
 Control alostérico

Cambios conformacionales
en una ez. alostérica Regulación alostérica
 EFECTORES
 Son sustancias que pueden modular la
actividad de las enzimas, algunos
efectores aumentan la actividad
enzimática, de modo que se conocen
como efectores positivos y otros
tienen efecto inhibitorio que se
denominan efectores negativos.
Efector positivo
Efector negativo
 II.- Inhibición enzimática

 Irreversible. El inhibidor queda covalentemente unido a la enzima o

ligado muy fuertemente (ej. acción de gases neurotóxicos sobre la
acetilcolinesterasa).

 Reversible. Existe un equilibrio entre el inhibidor y el sustrato:

 Inhibición competitiva. Un inhibidor parecido al sustrato se une al
centro activo de la enzima impidiendo la unión del sustrato. La unión del
sustrato y el inhibidor son mutuamente excluyentes. Puede ser
superada a concentración suficientemente alta de sustrato.

 Inhibición no competitiva. El inhibidor y el sustrato pueden unirse

simultáneamente a una molécula de enzima.
 II.- Inhibición enzimática
 Con frecuencia las enzimas son inhibidas
en forma competitiva por los productos
de las reacciones que catalizan.
 Esto es predecible, ya que la estructura
del producto es muy similar a la del
sustrato.
 Esta inhibición ocurre en las últimas
etapas de la reacción cuando hay una
gran cantidad de producto y baja
concentración de reactivo o sustrato.
 En la mayoría de los casos, las reacciones
metabólicas no ocurren en un solo paso, sino
que son varias y encadenadas formando parte
de una ruta metabólica, en donde el producto
de una reacción es el sustrato de la siguiente.
 Generalmente en estos casos el producto
final, es decir el producto de la última reacción
de esa vía, actúa inhibiendo a las enzimas
que intervienen en los primeros pasos.
 II.- Inhibición feedback

Los niveles de sustrato determinan generalmente la mayor o menor actividad enzimática.

En algunas vías metabólicas, cuando la cantidad de producto final excede las necesidades, se
frena la actividad enzimática: inhibición por retroalimentación (feed-back). En otros casos, la
enzima es estimulada por compuestos del medio (por ej. el sustrato). Son reversibles.
Inhibición feedback
 Inhibición feedback

Retroalimentación negativa (feedback negativo) en una ruta metabólica.

Cuando el producto final Z se acumula, inhibe alguno de los primeros pasos de la ruta.
 III.- Modificación covalente

 En este mecanismo algún aminoácido de la

enzima se une covalentemente a algún grupo
químico y de esta forma se activa o se inactiva
la enzima.
 El grupo que más frecuentemente interviene en
este tipo de regulación es el grupo fosfato (P) y
los aminoácidos que normalmente intervienen
son la serina y la treonina.
 Algunas enzimas se activan al unirse al grupo fosfato
y se inactivan si lo pierden .
 Otras se activan al perder el grupo P y se inactivan al
ganarlo.
 El ejemplo más característico lo
constituyen las enzimas que intervienen
en la síntesis y degradación de glucógeno.
 Glucógeno (n)
+
Glucosa 1 -P
Glucógeno (n+1)

Glucógeno fosforilasa a
H2O
ADP ( activa )

Fosforilasa cinasa a Proteinfosfatasa-1

( activa )

Pi
ATP
Glucógeno fosforilasa b
(inactiva)
 Mecanismos de regulación enzimática
relacionados con la síntesis de la enzima.
1. Inducción enzimática
2. Represión enzimática
3. Represión por catabolito
4. Atenuación
Inducción, operón lac
Represión, operón trp
Represión por catabolito
La unión de CAP favorece la unión de la RNA polimerasa al promotor y se
incrementa la transcripción de los genes estructurales del operón lac.
Atenuación, operón trp