You are on page 1of 27

Sebuah Varian rendah Frekuensi di MAPK14 Menyediakan Bukti mekanistik

dari Link Dengan Myeloperoxidase: Sebuah Risiko Kardiovaskular prognosis

Marker

Latar Belakang - Genetika dapat digunakan untuk memprediksi efek obat dan menghasilkan
hipotesis sekitar indikasi alternatif. Mendukung

Losmapimod, sebuah p38 mitogen-activated protein kinase inhibitor dalam pembangunan untuk
sindrom koroner akut, kami ditandai gen

variasi dalam MAPK11 / 14 gen dengan exome sequencing dan tindak lanjut genotip atau imputasi
pada peserta yang phenotyped untuk

kardiovaskular dan metabolisme sifat.

Metode dan Hasil - Investigasi variasi genetik di MAPK11 dan MAPK14 gen menggunakan model
genetik aditif dalam linear

atau regresi logistik dengan fenotipe kardiovaskular, metabolisme, dan biomarker menyoroti sebuah
asosiasi RS2859144 di

MAPK14 dengan myeloperoxidase pada populasi dislipidemia (Genetic Epidemiology of Metabolic


Syndrome Study), P = 2,3910? 6).

Varian ini (atau kuasanya) secara konsisten dikaitkan dengan myeloperoxidase di Framingham Heart
Study dan Kardiovaskular

Studi Health Study (replikasi meta-P = 0,003), yang mengarah ke nilai meta-P dari 9,96910? 7 dalam
3 kelompok dislipidemia. Itu

varian atau kuasanya kemudian diprofilkan dalam tambahan kohort berbasis populasi (hingga total
58 930 subjek) termasuk Cohorte

Lausannoise, Ely, Fenland, European Prospective Investigation of Cancer, London Biologi Calon Studi
Kependudukan,

dan Genetika Asosiasi Obesitas studi obesitas kasus-kontrol untuk 40 sifat kardiovaskular dan
metabolisme. Secara Menyeluruh

analisis mengidentifikasi sama polimorfisme nukleotida tunggal untuk nominal terkait konsisten
dengan filtrasi glomerulus

Tingkat (P = 0,002) dan risiko obesitas (indeks massa tubuh ≥30 kg / m2, P = 0,004).

Kesimpulan - Sebagai myeloperoxidase adalah penanda prognostik kejadian koroner, varian MAPK14
dapat menyediakan link mekanistik

antara p38 peta kinase dan peristiwa ini, memberikan informasi sesuai dengan indikasi saat
Losmapimod untuk akut
sindrom koroner. Jika direplikasi, asosiasi dengan laju filtrasi glomerulus, bersama dengan temuan
biologis sebelumnya, juga

menyediakan dukungan untuk penyakit ginjal sebagai indikasi alternatif. (J Am Hati Assoc 2014; 3:.
E001074 doi: 10,1161 /

JAHA.114.001074)

Kata Kunci: akut koroner sindrom • gen sasaran narkoba • exome sequencing • myeloperoxidase •
variasi langka

mediator dari kaskade sinyal inflamasi yang mengarah

aktivasi produksi sitokin, lebih mudah diamati

selama acara akut, seperti sindrom koroner akut. Di

pengaturan terapi statin, Losmapimod signifikan

dilemahkan intervensi inflamasi postpercutaneous

respon, yang diukur dengan sensitivitas tinggi C-reaktif protein

(CRP) .1 Dalam sebuah penelitian fase 2, efek Losmapimod pada

keselamatan, ukuran infark, dan fungsi jantung yang evaluated.2

Results3 Mendorong telah menyebabkan perkembangan

Losmapimod untuk percobaan fase 3 hasil untuk koroner akut

sindrom.

Gen-gen yang mengkode MAPK-dan -b (MAPK14 dan

MAPK11, masing-masing) dimasukkan dalam urutan besar

bereksperimen memeriksa ekson dan mengapit daerah 202

gen target narkoba di lebih dari 14 000 peserta phenotyped

untuk berbagai penyakit dan medis yang relevan

traits.4 The Nelson et al studi sequencing melaporkan umum

dan variasi langka di 202 gen termasuk MAPK14 dan

MAPK11, gen target obat untuk Losmapimod, dan diuji

asosiasi varian umum dan jarang coding varian, di

agregat, dengan 12 diseases.4 ada penyakit umum yang

ditemukan terkait dengan MAPK14 atau MAPK11 dalam


penelitian yang diterbitkan termasuk Nelson et al.4 Karya ini

berfokus pada profil varian dalam MAPK11 dan MAPK14

gen untuk hubungan dengan kardiovaskular dan metabolisme

fenotipe dan biomarker yang terkait. Mendalam fenotipe

Informasi ditambah dengan gambaran yang lengkap dari umum

dan variasi genetik langka yang tersedia dari studi sekuensing

memberikan kesempatan untuk menggunakan genetika sebagai instrumen untuk

lebih memahami peran MAPK-a / b di penyakit umum

(Termasuk sindrom koroner akut) dan hubungannya dengan

biomarker yang terkait. Hal ini diantisipasi bahwa frekuensi rendah

kisaran (0,1% sampai 5% alel minor frekuensi [MAF]) bisa mengandung

variasi fungsional dengan efek ukuran lebih besar daripada yang diamati

dengan variasi umum (> 5% MAF) .5 Harus varian tersebut menjadi

menemukan bahwa meniru efek pada target, mereka dapat membuat berguna

alat untuk memprediksi efek obat dan menyarankan alternatif

indikasi untuk MAPK-a / b modulator.

Varian diidentifikasi oleh Nelson et al dan hadir dalam

Genetik Epidemiologi Sindrom Metabolik Studi

(GEMS) 6 dan Cohorte Lausannoise (CoLaus) study7 yang

diprofilkan untuk hubungan dengan kardiovaskular dan metabolisme

fenotipe dan biomarker yang terkait (38 dan 40 sifat,

masing-masing). Analisis sifat-sifat ini dilakukan pada semua

subyek sequencing untuk GEMS (n = 1576) dan CoLaus

(N = 2086) dan dalam mata pelajaran dislipidemia untuk GEMS

(N = 787). Varian diidentifikasi sebagai terkait dalam ini

analisis awal dievaluasi dalam studi replikasi kecil

(Hanya myeloperoxidase [MPO] dan laju filtrasi glomerulus


[GFR] hasil yang diperoleh) dalam Kardiovaskular

Studi Kesehatan (CHS) dan Framingham Heart Study (FHS).

Varian yang sama kemudian dianalisis secara lebih luas untuk

hubungan dengan 40 sifat kardiovaskular dan metabolisme dalam

meta-analisis di set diperluas termasuk CoLaus, Hidup

Ilmu Calon Penduduk Studi (LOLIPOP), Eropa

Investigasi Calon Kanker (EPIC) -Norfolk, Ely,

Fenland, dan Genetika Asosiasi Obesitas (Genoa)

Studi (Tabel 1 memberikan ringkasan sampel yang dianalisis

dan Gambar 1 diagram alir penelitian) untuk memberikan kardiovaskular sebuah

dan profil metabolik. Kami merangkum hasil dan

menggambarkan bagaimana mereka mungkin berhubungan dengan hasil uji klinis.

Bahan dan Metode

Karakteristik Penduduk

GEMS Studi

Penelitian GEMS adalah studi multinasional besar yang dirancang untuk

menjelajahi dasar genetik dari syndrome.6 metabolik

Subyek direkrut dari 2 pusat di Eropa (Oulu,

Finlandia dan Lausanne, Swiss), 1 di Amerika Serikat

(Dallas, TX), 1 di Kanada (Ottawa, Ontario), dan 1 di

Australia (Adelaide, Australia Selatan). Subyek dislipidemia

diminta untuk memiliki kombinasi dari tinggi

plasma trigliserida (> persentil ke-75) dan highdensity serum rendah

lipoprotein (HDL) -cholesterol (<persentil ke-25) untuk

usia, jenis kelamin, dan ambang batas negara (usia 18-75 tahun)

dan nondiabetes. Kontrol normolipidemic berhubungan

diminta untuk memiliki trigliserida plasma lebih rendah dari 50


persentil, kolesterol HDL serum> persentil ke-50 untuk mereka

usia, jenis kelamin, dan negara ambang, indeks massa tubuh (BMI)

> 25 kg / m2, dan menjadi> 40 tahun. Subyek memiliki

fenotipe untuk jantung dan sifat metabolik juga

sebagai biomarker peradangan. Subyek dislipidemia

(N = 787 orang) dan normolipidemic kontrol (n = 792

subyek), cocok dengan jenis kelamin, usia, dan pusat koleksi yang

sequencing. Dalam beberapa analisis, hanya dislipidemia subyek

dianalisis.

Cardiovascular Health Study

The CHS adalah, studi observasional berdasarkan populasi risiko

faktor klinis dan subklinis diseases.8 kardiovaskular

Penelitian itu melibatkan peserta 65 tahun dan lebih tua dari 4 US

masyarakat (Forsyth County, North Carolina, Sacramento

County, California; Washington County, Maryland; dan Pittsburgh,

Pennsylvania) dalam 2 tahap: 5201 peserta dari

1989-1990, dan 687 (terutama peserta Afrika Amerika)

dari tahun 1992 hingga 1993. peserta CHS selesai

pemeriksaan klinis standar dan kuesioner di

Studi awal dan pada 9 kunjungan tindak lanjut tahunan. Tindak lanjut

untuk peristiwa klinis terjadi setiap 6 bulan. MPO diukur

dari sampel plasma beku (n = 3044) dikumpulkan di

1992-1993 pemeriksaan CHS.

termasuk 5.124 anak-anak dari kelompok asli dan mereka

Tindakan spouses.10 Serum MPO tersedia untuk 2940 FHS

Offspring kohort peserta selama siklus ketujuh

Pemeriksaan (1998-2001).
CoLaus Studi

Studi CoLaus adalah studi berbasis komunitas 6188

Subyek putih Eropa berusia 35-75 tahun. Peserta

diambil dari Rumah Sakit Universitas CHUV di Lausanne

Switzerland7 dan belajar untuk jantung dan metabolisme

fenotipe.

Studi LOLIPOP

London Life Sciences Calon Studi Kependudukan

(LOLIPOP) adalah studi berbasis populasi dari 21 915 subyek

diidentifikasi dari daftar 58 dokter umum di Barat

London.11 Peserta terutama India dan Asia

Kulit putih Eropa berusia 35-75 tahun, yang telah

ditandai untuk fenotipe kardiovaskular. Hanya Eropa

putih (n = 6565) dimasukkan dalam analisis ini.

EPIC-Norfolk

Penelitian EPIC-Norfolk adalah studi kohort menyelidiki

hubungan antara diet dan insiden disease.12 Lebih

25 639 pria dan wanita berusia antara 45 dan 74 adalah

direkrut di Norwich dan daerah sekitarnya. Subjek

ditandai untuk fenotipe kardiovaskular dan metabolisme.

MPO tersedia dalam sampel serum dasar nonfasted

untuk 1138 kasus penyakit arteri koroner insiden dan 2237

kontrol setelah 8 tahun tindak lanjut.

Fenland

The Fenland Studi adalah berkelanjutan, berbasis populasi kohort

Penelitian (dimulai pada tahun 2005) yang dirancang untuk menyelidiki asosiasi

antara faktor lingkungan genetik dan gaya hidup dan


risiko obesitas, sensitivitas insulin, hiperglikemia, dan

ciri-ciri metabolik terkait pada pria dan wanita berusia 30 sampai

55 tahun.13 Peserta direkrut dari Praktek Umum

frame pengambilan sampel di wilayah Fenland, Ely, dan Cambridge dari

Perawatan Kepercayaan Cambridgeshire Primer di Inggris

Raya. Setelah puasa semalam, peserta menjalani

Pemeriksaan klinis rinci, dan darah sampel

dikumpulkan. Data hingga 5105 peserta termasuk

dalam analisis saat ini.

Ely

MRC Ely Study adalah kohort berbasis populasi secara acak

dipilih dari orang-orang yang tinggal di Ely dan desa-desa sekitarnya

(East Anglia, Inggris Raya), seorang etnis homogen

Populasi keturunan Eropa. Desain penelitian, metode,

dan pengukuran dari 3 fase telah dijelaskan

secara rinci elsewhere.14 saat ini analisis termasuk

termasuk 5.124 anak-anak dari kelompok asli dan mereka

Tindakan spouses.10 Serum MPO tersedia untuk 2940 FHS

Offspring kohort peserta selama siklus ketujuh

Pemeriksaan (1998-2001).

CoLaus Studi

Studi CoLaus adalah studi berbasis komunitas 6188

Subyek putih Eropa berusia 35-75 tahun. Peserta

diambil dari Rumah Sakit Universitas CHUV di Lausanne

Switzerland7 dan belajar untuk jantung dan metabolisme

fenotipe.

Studi LOLIPOP
London Life Sciences Calon Studi Kependudukan

(LOLIPOP) adalah studi berbasis populasi dari 21 915 subyek

diidentifikasi dari daftar 58 dokter umum di Barat

London.11 Peserta terutama India dan Asia

Kulit putih Eropa berusia 35-75 tahun, yang telah

ditandai untuk fenotipe kardiovaskular. Hanya Eropa

putih (n = 6565) dimasukkan dalam analisis ini.

EPIC-Norfolk

Penelitian EPIC-Norfolk adalah studi kohort menyelidiki

hubungan antara diet dan insiden disease.12 Lebih

25 639 pria dan wanita berusia antara 45 dan 74 adalah

direkrut di Norwich dan daerah sekitarnya. Subjek

ditandai untuk fenotipe kardiovaskular dan metabolisme.

MPO tersedia dalam sampel serum dasar nonfasted

untuk 1138 kasus penyakit arteri koroner insiden dan 2237

kontrol setelah 8 tahun tindak lanjut.

Fenland

The Fenland Studi adalah berkelanjutan, berbasis populasi kohort

Penelitian (dimulai pada tahun 2005) yang dirancang untuk menyelidiki asosiasi

antara faktor lingkungan genetik dan gaya hidup dan

risiko obesitas, sensitivitas insulin, hiperglikemia, dan

ciri-ciri metabolik terkait pada pria dan wanita berusia 30 sampai

55 tahun.13 Peserta direkrut dari Praktek Umum

frame pengambilan sampel di wilayah Fenland, Ely, dan Cambridge dari

Perawatan Kepercayaan Cambridgeshire Primer di Inggris

Raya. Setelah puasa semalam, peserta menjalani

Pemeriksaan klinis rinci, dan darah sampel


dikumpulkan. Data hingga 5105 peserta termasuk

dalam analisis saat ini.

Ely

MRC Ely Study adalah kohort berbasis populasi secara acak

dipilih dari orang-orang yang tinggal di Ely dan desa-desa sekitarnya

(East Anglia, Inggris Raya), seorang etnis homogen

Populasi keturunan Eropa. Desain penelitian, metode,

dan pengukuran dari 3 fase telah dijelaskan

secara rinci elsewhere.14 saat ini analisis termasuk

individu berusia 35-79 tahun, dari fase 3. Data dari

sampai dengan 1606 peserta termasuk dalam saat

analisis.

Genoa

Genetika Asosiasi Obesitas (Genoa) studi adalah

studi kasus-kontrol dengan 1.008 obesitas (BMI> 30) mata pelajaran putih

direkrut dari obesitas klinik manajemen berat badan Ottowa

dan 991 kontrol putih (BMI <persentil ke-40 untuk usia dan

gender) dari Obesitas community.15 lokal dan tipe 2

Status diabetes meta-analisis dengan penelitian lain di

pelajaran secara keseluruhan.

Pengawasan etika untuk penelitian genetik dan pasien diinformasikan

persetujuan diperoleh oleh masing-masing studi tertentu.

Sequencing

The MAPK11 dan MAPK14 gen disekuensing bersama dengan

200 gen lain dalam 14 002 subjects.4

MPO Assay

MPO diukur dalam serum puasa untuk GEMS, FHS, dan CHS
dan serum nonfasting untuk EPIC-Norfolk. MPO ditentukan

di GEMS oleh Pathway Diagnostics (Cypress, CA) dengan menggunakan

Myeloperoxidase ELISA kit # K6631 dari ALPCO Diagnostik

(Salem, NH). CHS dan EPIC-Norfolk baik menggunakan CardioMPO

Uji (PrognostiX Inc, Cleveland, OH), Food and Drug

Administrasi disetujui roti enzyme-linked immunosorbent

assay. Nilai kontrol normal dari usia menengah

populasi yang sehat telah dilaporkan <640 pmol / L.

Batas deteksi minimum (dihitung menggunakan interpolasi

mean ditambah 2 SD) adalah 30 pmol / L, dan dalam waktu-run

ketepatan 4,8% itu reported.16 Dalam FHS, kuantitatif

ELISA kit digunakan (Oxis, Cat. No. 21013) dan membaca pada

Molekul Perangkat VersaMax lempeng pembaca. Minimum

Dosis terdeteksi adalah 0,17 ng / mL, kisaran kurva standar

adalah 0-25 ng / mL, dan variabilitas intra-assay adalah 3,15%.

Fenotipe dianalisis

Tabel 1 ciri masing-masing sampel set dianalisis dan daftar semua

fenotipe dianalisis dalam analisis awal dari GEMS

pengumpulan, replikasi analisis untuk CHS dan FHS, dan

analisis profil untuk CoLaus, LOLIPOP, EPIC-Norfolk,

Fenland Ely, dan Genoa studi. Tabel 2 mencirikan

subkelompok dislipidemia saja.

Peserta obesitas diminta untuk memiliki BMI ≥30 kg /

m2 dan usia ≥18 tahun. Kontrol ramping diminta untuk memiliki

saat BMI yang persentil ≤40th usia dan jenis kelamin mereka

kelompok dan sebelumnya tidak dilaporkan memiliki BMI> 25

persentil untuk usia dan jenis kelamin selama lebih dari 2 ruang individu berturut-turut
periode dan usia ≥18 tahun. Subyek dislipidemia adalah

dipilih untuk trigliserida tinggi (≥75th persentil) dan rendah

Kolesterol HDL (persentil ≤25th) berdasarkan usia, jenis kelamin, dan

ambang batas negara. Subyek Normolipidemic dipilih untuk

kolesterol HDL yang tinggi (di atas median), trigliserida rendah (di bawah

median), dan BMI> 25,6

Genotip

CHS

Genotip untuk RS612049 dilakukan dengan menggunakan adat

IBCv2 genotip Array yang berisi nukleotida tunggal tinggi

polimorfisme (SNP) kepadatan penanda dan cakupan LD untuk

? 2100 gen yang berhubungan dengan kardiovaskular, peradangan, hemostasis /

koagulasi, dan phenotypes.17 metabolik

FHS

RS612049, penanda genom studi asosiasi luas, dari

array Affymetrix 500K tersedia dan diamati di

sempurna linkage disequilibrium dengan RS2859144 di HapMap

Sampel CEU.

CoLaus dan LOLIPOP

RS2859144 itu genotipe dalam koleksi CoLaus seluruh

dan 6565 mata pelajaran putih Eropa dari LOLIPOP yang

koleksi di KBiosciences menggunakan teknologi Kaspar (Hoddeson,

Inggris).

EPIC, Ely, Fenland, dan EPIC-Norfolk

RS612049 itu genotipe di laboratorium MRC Cambridge menggunakan

Teknologi Sequenom (2 plexes).

Genoa
RS2859144 dinilai dalam koleksi ini dengan imputasi.

Haplotype referensi (NCBI Build 36) dari sequencing

studi (n = 3983) yang diperhitungkan dalam kasus (810) dan kontrol

(830) dari koleksi Genoa dengan Affymetrix 6.0 Array

data menggunakan BEAGLE18 dengan pengaturan default. RS2859144

baik diperhitungkan dengan r2 = 0,898 imputasi.

Metode statistik

Analisis awal dari varian diidentifikasi oleh sekuensing untuk

MAPK14 dan MAPK11 gen untuk GEMS dan subset

Sampel CoLaus dilakukan dengan menggunakan aditif genetik

Model dengan linear atau regresi logistik dan sampai 40

kardiovaskular dan metabolisme sifat. Sebuah alam log-transformasi

diaplikasikan untuk sifat kuantitatif dengan non-normal

distribusi setelah outlier yang winsorized di persentil 99.9th

dari distribusi. Analisis sifat kuantitatif didasarkan

pada residual normal setelah disesuaikan untuk kovariat signifikan

termasuk status dislipidemia, usia, jenis kelamin, situs koleksi,

pinggang dan lingkar pinggul untuk studi GEMS dan usia, jenis kelamin,

BMI (jika ada), merokok, aktivitas fisik, dan penggunaan alkohol

untuk studi CoLaus. Sifat biner dianalisis dengan dan

tanpa penyesuaian kovariat yang relevan. SNP dengan setidaknya

10 salinan alel minor dianalisis secara individual,

sedangkan SNP putatively fungsional dengan frekuensi alel minor

<0,5% adalah aggregated.19 Ada 7 (MAPK11)

ditambah 15 (MAPK14) varian dianalisis secara individual dalam GEMS, dan

6 (MAPK11) ditambah 13 (MAPK14) varian di CoLaus. Tiga

Tes agregat dilakukan untuk masing-masing gen: (1) semua langka


varian yang menyebabkan perubahan dalam urutan asam amino

(Nonsynonymous, omong kosong, readthrough, dan situs sambatan

varian), (2) semua langka, amino acid berubah varian yang

diprediksi akan fungsional merusak oleh SIFT atau PolyPhen, dan

(3) varian dalam (2) ditambah varian langka tambahan di sangat

dasar posisi kekal (phyloP ≥2). Analisis dilakukan

dalam semua mata pelajaran dan GEMS dislipidemia hanya

mata pelajaran). Ambang batas signifikansi Bonferroni-dikoreksi

menyesuaikan jumlah varian diuji di kedua gen,

sejumlah sifat, dan jumlah sub kelompok dianalisis ditetapkan

pada P = 0,05 / (389 (22 + 6) 92) = 2,35910? 5 untuk GEMS dan

P = 0,05 / (409 (19 + 6)) = 5,0910? 5 untuk studi CoLaus,

masing-masing.

Hubungan genetik analisis varian genotipe

(Rs2859144 atau kuasanya) untuk set lengkap CoLaus, LOLIPOP,

EPIC-Norfolk, Ely, Fenland, studi CHS, dan FHS dilakukan

dalam setiap studi (setelah transformasi seperti yang dijelaskan sebelumnya)

di bawah model genetik aditif menggunakan linear atau logistik

regresi, dan linier campuran-efek atau umum estimasi

model persamaan di FHS untuk menjelaskan korelasi keluarga. Untuk

mengakomodasi ketidakpastian genotipe diperhitungkan, alel

dosis dalam studi Genoa dianalisis sebagai kontinyu

variabel dalam linear / regresi logistik. Obesitas-only dan dyslipidemic-

hanya analisis subkelompok dilakukan untuk mengaktifkan

replikasi beberapa hasil studi-konteks tertentu. Dalam

Studi CoLaus, 330 subjek dihapus dari analisis

karena kekerabatan genetis (PI_HAT> 0,125) berdasarkan identitas


oleh keturunan (IBD) berbagi diperkirakan dari Plink menggunakan yang sudah ada

Data Affy500K. Ringkasan statistik dari semua studi yang

meta-analisis dengan menggunakan varians terbalik method.20 P

Nilai ambang batas untuk replikasi dari asosiasi MPO di CHS

dan FHS ditetapkan pada P = 0,05. Untuk kardiovaskular diperluas

dan profil metabolik, makna Bonferroni-dikoreksi

ambang batas yang digunakan untuk meta-analisis, menyesuaikan untuk

sifat dievaluasi (P = 0,05 / 40 = 0,00125).

GEMS inflamasi Penanda

Metode yang digunakan untuk pengukuran lipid plasma dan glukosa

dalam serum telah dijelaskan previously.6 Semua tambahan

biomarker diukur oleh Pathway Diagnostics (Cypress,

CA) baik menggunakan plasma atau serum. Serum beku dan beberapa

aliquots spesimen plasma EDTA diterima di Pathway

Diagnosa pada es kering. Spesimen disimpan di? 70 ° C

sampai dicairkan untuk pengujian. Karena itu tidak mungkin logistik

untuk melakukan semua dari banyak tes untuk suatu subjek tertentu pada

hari yang sama, Aliquot plasma tidak menggenang. Sebaliknya, individu

aliquot serum dan plasma yang dicairkan seperlunya

dan diuji seefisien mungkin; yaitu, sebanyak

tes individu sebagai praktis dijalankan dengan dicairkan

aliquot dalam 8 jam setelah dicairkan. Sementara minor

heterogenitas antara aliquots mungkin, metode ini

diminimalkan risiko stabilitas spesimen yang mungkin memiliki

terjadi jika spesimen disimpan dalam waktu lama pada 2 sampai

8 ° C atau melalui beberapa siklus freeze / thaw. Setelah dicairkan, plasma

telah dihapus untuk setiap uji dan diencerkan (jika perlu,


tergantung pada uji) dengan menggunakan buffer-assay spesifik.

Adiponektin diukur dengan menggunakan uji ELISA (R & D

Sistem, Minneapolis, MN); CRP dan insulin diukur

menggunakan tes chemiluminescent (Diagnostik Produk Corp,

Los Angeles, CA); LDL partikel ukuran diukur dengan menggunakan

LipoPrint kit dari Quantimetrix Corporation (Redondo Beach,

CA); leptin dikuantifikasi dengan menggunakan ELISA (Lab Amerika

Produk Perusahaan, Windham, NH) dan apo B diukur

menggunakan uji immunoturbidometric (Polymedco). PAI-1 adalah

dievaluasi dengan menggunakan PAI-1 (Plasminogen Activator Inhibitor,

Tipe 1) ELISA kit # EL504 dari Dakocytomation (Carpinteria,

CA). MPO ditentukan dengan menggunakan ELISA Myeloperoxidase

kit # K6631 dari ALPCO Diagnostics (Salem, NH). MMP9 adalah

diukur dengan menggunakan MMP9 yang (Total) Quantikine ELISA kit

# DMP900 dari R & D Systems (Minneapolis, MN). Teroksidasi

LDL dievaluasi dalam serum menggunakan LDL teroksidasi (Ab) EIA

kit # 04-BI-20032 dari ALPCO Diagnostics. Pengujian Multiplex

interleukin (IL) -1a, IL-1b, IL-6, IL-8, IL-10, IL-18, monosit

chemotactic protein 1 (MCP1), adhesi sel vaskular larut

molekul, larut molekul adhesi intraseluler, dan tumor

necrosis factor a dilakukan dengan menggunakan kit disesuaikan

dibeli dari Beckman Coulter (Fullerton, CA) untuk penentuan

menggunakan pembaca Beckman Coulter A-SquareTM. Prothombin

F1 + 2 dan Fibrinogen ditentukan dengan menggunakan

Prothombin F1 + 2 ELISA kit #REFOWVVII dari Dade Behring-

(Newark, DE) dan Fibrinogen (Clauss) kit # 0008469110

oleh Instrumen Laboratorium (Milan, Italia), masing-masing. Instruksi


disediakan oleh produsen diikuti untuk setiap

test kit. Semua penentuan kolorimetri dibuat menggunakan

Tecan Genios ProTM (Grödig, Austria) plat pembaca dan

dianalisis menggunakan software MagellanTM kecuali untuk multipleks

Tes yang dilakukan dengan menggunakan Beckman Coulter ASQUARE

TM reader dan Fibrinogen, yang dievaluasi

ACL AdvanceTM (Beckman Coulter).

Sementara plasma sitrat adalah matriks yang lebih disukai untuk

penentuan protrombin F1 + 2 dan Fibrinogen, hanya EDTA

plasma yang tersedia untuk pengujian. Sebuah studi perbandingan kecil

dilakukan pada Pathway Diagnostik EDTA plasma dibandingkan

sitrat plasma dari sukarelawan sehat dilakukan dan

menghasilkan hasil yang sama. Atas permintaan GSK, Prothrombin

F1 + 2 dan Fibrinogen dilakukan pada spesimen EDTA.

hasil

Resequencing The (ekson, batas intron-exon, dan

daerah belum diterjemahkan) dari MAPK14 dan MAPK11 gen

(7844 bp Total) di 14 002 subyek beragam etnis termasuk

subyek yang phenotyped dari GEMS (n = 1579) dan

CoLaus (n = 2086) koleksi telah dijelaskan previously.4

Dalam ke-14 002 subyek, kami mengidentifikasi 232 dan 157 SNP,

termasuk 2.822 dan 27 perubahan asam amino dan situs sambatan,

serta 135 dan 78 SNP di wilayah diterjemahkan,

masing-masing. Untuk MAPK14, varian termasuk varian sambatan

(RS200906391) umum (MAF> 0,5%) di semua etnis dan

tambahan coding varian hadir hanya di Afrika Amerika

(S64Y). Selain itu, ada 2 diprediksi fungsional


(PHYLOP> 2) frekuensi rendah varian L250F (26 operator) dan

D343G (35 operator) ditemukan terutama di Eropa. Sisa

varian fungsional diperkirakan sangat jarang, sebagian besar

mutasi swasta. Untuk MAPK11, kami mengamati 1 umum

varian nonsynonymous di semua etnis (R275H) dan hanya

E177K diperkirakan akan fungsional (PHYLOP> 2) dan

tidak swasta di Eropa. Varian diidentifikasi dalam MAPK11 yang

dan gen MAPK14 dilaporkan previously.4 Gambar 2

meringkas variasi yang ditemukan dalam 12 514 putih Eropa, 594

Afrika Amerika, dan 567 mata pelajaran Asia Selatan untuk

Gen MAPK14 dan Gambar 3 untuk gen MAPK11.

Variasi umum dan langka di MAPK14 dan MAPK11

gen dan daerah mengapit dianalisis untuk asosiasi dengan

kardiovaskular, metabolisme, dan sifat-sifat biomarker inflamasi

tersedia dalam GEMS (n = 1579) dan subset diurutkan dari

CoLaus (n = 2086). Dalam GEMS, analisis untuk MAPK14 dan

Gen MAPK11 termasuk 15 dan 7 umum (MAF> 0,5%)

varian individual, sedangkan analisis agregat termasuk 12

dan 6 varian langka, masing-masing. Di CoLaus, satu-varian

analisis untuk MAPK14 dan MAPK11 gen termasuk 13

dan 6 SNP umum, sementara analisis agregat termasuk 10

dan 5 varian langka, masing-masing. Analisis dilakukan di

koleksi GEMS pada semua sampel (38 sifat) dan dalam

subyek dislipidemia (35 sifat) dan dalam koleksi CoLaus

pada semua sampel (40 sifat). Dari babak awal analisis ini, a

hubungan yang signifikan tercatat untuk SNP frekuensi rendah,

RS2859144 (1,5% MAF) di MAPK14 dengan MPO dalam


subyek dislipidemia (P = 2,3910? 6) di GEMS. Asosiasi ini

diilustrasikan pada Gambar 4. SNP ini berada di linkage ketat

disequilibrium (r2 = 1) dengan sinonim SNP RS2815805

(H253H) dan keduanya memiliki frekuensi alel minor yang sama. Lihat

Gambar 5 untuk skema gen. Menariknya, RS2859144 adalah

tidak terkait dengan MPO di GEMS keseluruhan dan lebih dekat

inspeksi, efek alel terpantau berada berlawanan

kontrol normolipidemic dibandingkan dengan dislipidemia yang

kasus (interaksi P = 1,7910? 6). Gambar 6 merangkum

hasil untuk semua ciri-ciri dalam GEMS (Gambar 6A-dislipidemia

dan normolipidemic gabungan) dan CoLaus koleksi (B)

untuk MAPK14, serta MAPK11 (Gambar 6C melalui 6E),

termasuk P-nilai minimum untuk SNP umum dan pvalue

untuk agregat analisis untuk varian langka. Ambang batas

untuk analisis yang disorot dalam grafik dan ditetapkan dalam

legenda angka. Tidak ada hubungan yang signifikan secara statistik lain

(Umum atau agregat SNPs) yang tercatat dalam

MAPK14 dan MAPK11 gen; Namun, nominal yang signifikan

asosiasi (P = 0,016) diamati antara varian langka di

MAPK14 dan IL-6 tingkat (Gambar 7), sebuah farmakodinamik dikenal

penanda losmapimod.

Seperti interaksi tersebut sering hasil dari kebetulan, kami

dicari replikasi dalam kohort tambahan di mana MPO dan

fenotipe dislipidemia yang tersedia. RS2859144 Baik

atau RS2815805 hadir pada platform genotip umum

untuk CHS dan FHS studi, tetapi penanda lain tinggi

linkage disequilibrium (r2 = 1) yang tersedia (RS612049).


Meskipun frekuensi yang rendah, varian ini dengan baik ditandai

oleh genom lebar SNP studi asosiasi. Kami memperoleh

genotipe Data SNP dari CHS dan FHS mana RS612049,

puasa lipid, dan MPO yang tersedia dalam sampel populasi.

Kriteria dislipidemia dan normolipidemic dari GEMS adalah

diterapkan pada 2 kohort berbasis populasi, dan analisis adalah

dilakukan pada mereka subkelompok. RS612049 juga genotipe

dalam sampel EPIC-Norfolk di mana tingkat MPO adalah

diukur dalam pasien yang tidak berpuasa dalam sebuah kardiovaskular

studi kasus-kontrol bersarang (kasus n = 1.138 dan kontrol

n = 2237) .21 Sebagai kasus insiden yang diperkaya untuk tinggi

Tingkat MPO, mengingat hubungan antara arteri koroner

Penyakit dan MPO diamati dalam sampel ini, 21 kami hanya memasukkan

kontrol dalam meta-analisis. Seperti ditunjukkan dalam Gambar 8A, yang

CHS dan FHS penelitian, tetapi tidak kontrol EPIC, asalkan

bukti tambahan menunjukkan hubungan dengan tinggi

Tingkat MPO dalam kelompok dislipidemia (meta-P = 7,56910? 6)

dan tidak ada hubungan dalam subkelompok normolipidemic

(meta-P = 0,62) pada Gambar 8B. Rata-rata ukuran efek dalam

kelompok dislipidemia adalah cukup besar, dengan masing-masing tambahan

salinan alel minor sesuai dengan peningkatan rata-rata

dari 0,47 SD di tingkat MPO. Nilai replikasi P dihitung

oleh meta-analisis FHS, CHS, dan EPIC kontrol yang signifikan,

P = 0,009 (0,31 SD rata-rata kenaikan) untuk dislipidemia yang

kelompok.

Varian dikaitkan dengan peningkatan tingkat MPO kemudian

dianalisis untuk hubungan dengan sampai 40 kardiovaskular dan


sifat metabolisme dalam CoLaus, LOLIPOP, EPIC Norfolk,

Ely, Fenland, dan Genoa studi untuk memberikan pemahaman lebih lanjut

ke dalam hubungan yang diamati. RS612049 diketik di Ely

dan Fenland, dan RS2859144 telah diperhitungkan di Genoa

studi kasus-kontrol dan mengetik LOLIPOP dan sisa

Sampel CoLaus untuk memberikan data tambahan. Meskipun tidak

signifikan setelah disesuaikan untuk analisis 40 sifat

(P = 0,00125), ada beberapa asosiasi nominal yang

yang terarah konsisten (Angka 9 dan 10). Dalam keseluruhan

populasi (Gambar 10A), alel yang sama terkait dengan

MPO lebih tinggi dalam mata pelajaran dislipidemia muncul untuk menganugerahkan

sedikit GFR lebih rendah (Gambar 9A, b? 0,086, P = 0,002) serta

sebagai peningkatan risiko obesitas (Gambar 9B, rasio odds 1,25,

P = 0,005). Asosiasi nominal juga diamati untuk

asam urat tinggi (Gambar 9C, P = 0,01), meskipun ini hanya

tersedia dalam beberapa studi. Dalam subkelompok dislipidemia

(Angka 9 dan 10B), asosiasi nominal diamati

dengan sistolik lebih rendah (Gambar 9D, P = 0,002) dan darah diastolik

tekanan (Gambar 9D, P = 0,01) serta lebih rendah HOMA-B

(Gambar 9E, P = 0,03) dan glukosa puasa lebih tinggi (Gambar 9F,

P = 0,04). Selain itu, ada banyak lagi inflammationlinked

spidol tersedia dalam GEMS dari yang tersedia di

penelitian lain dan orang-orang, RS2859144 juga nominal

terkait dengan teroksidasi-LDL pada kelompok dislipidemia (b

? 0,4, P = 0,03).

Diskusi

Kami berusaha untuk mengkarakterisasi variasi gen di MAPK11 / 14 gen


pada individu yang phenotyped untuk mengidentifikasi varian genetik yang

dapat digunakan untuk memprediksi efek obat dan menghasilkan hipotesis

sekitar indikasi alternatif untuk MAPK-a / b inhibitor termasuk

Losmapimod, sebuah p38 peta kinase inhibitor dalam pembangunan untuk

sindrom koroner akut. Sequencing komprehensif dimaksudkan

bahwa 94% dari alel varian dengan frekuensi alel kecil

0,01% di Eropa itu sampel setidaknya sekali. Varian

hadir dalam koleksi GEMSand CoLaus dikarakterisasi

menggunakan fenotipe kardiovaskular, metabolisme, dan biomarker.

Kami mengidentifikasi sebuah asosiasi RS2859144 di MAPK14 dengan

MPO pada populasi dislipidemia (GEMS, P = 2,3910? 6). Ini

varian RS2859144 (atau kuasanya) secara konsisten terkait dengan

MPO di FHS dan CHS studi (replikasi meta-P = 0,003),

menyebabkan nilai meta-P dari 9,96910? 7 di 3 dislipidemia

kelompok. Varian atau kuasanya kemudian diprofilkan dalam tambahan

kohort berbasis populasi (hingga total 58 930 subjek)

termasuk CoLaus, Ely, Fenland, EPIC, LOLIPOP, dan Genoa

mempelajari obesitas kasus-kontrol untuk 40 kardiovaskular dan

ciri-ciri metabolik menyoroti SNP yang sama, yang juga

nominal terkait konsisten dengan GFR (P = 0,002) dan risiko

obesitas (BMI≥30 kg / m2, P = 0,004) dalam analisis secara keseluruhan. BMI

sebagai sifat kontinyu tidak nominal signifikan (P = 0,052)

dan tidak signifikan dalam konsorsium GIANT, 22

menunjukkan baik ini adalah positif palsu atau khusus untuk lebih

Bentuk ekstrim obesitas.

Dalam sequencing diidentifikasi hanya 1 frekuensi rendah coding

varian dalam MAPK11 (rs33932986, R275H, MAF = 0,02) dan


tidak ada orang lain dengan lebih dari beberapa salinan. Kami mengamati hanya 1

frekuensi rendah coding sambatan varian dalam MAPK14

(Rs200906391, Eropa MAF = 0,0067), dan hanya 2 lainnya

Varian yang hadir dengan lebih dari beberapa eksemplar dalam

Eropa (L250F dan D343G). Fungsi dari 2 langka

varian diamati dalam studi ini (L250F dan D343G) belum

diteliti, meskipun skor PHYLOP dari> 2 menunjukkan bahwa

mereka evolusi dilestarikan. Tidak ada asosiasi yang kuat

diamati dengan ini 2 varian, meskipun secara nominal

Asosiasi varian langka signifikan diamati dengan IL-6

tingkatan dalam GEMS (Gambar 11). Pengobatan dengan SB681323 (a

back-up P38 MAPK inhibitor) menunjukkan kecenderungan untuk

mengurangi IL-6 produksi 2 hari setelah percutaneous sebuah

intervention1 dan juga secara signifikan mengurangi IL-6 di rheumatoid

pasien arthritis setelah dose.23 tunggal

3-frekuensi rendah varian dalam disequilibrium linkage tinggi

yang ditemukan terkait dengan MPO serta obesitas

dan GFR belum fungsional ditandai. Dua

varian ini berada dalam MAPK14, RS2859144 dalam

Wilayah dan RS2815805 30untranslated dalam ekson 9,

RS612049 adalah 50 sampai MAPK14 dan juga jatuh dalam pertama

ekson dari SLC26A8, yang dituangkan dalam berlawanan

arah (Gambar 4). SLC26A8 adalah transporter anion

dinyatakan hanya dalam testes24 dan karena itu tidak mungkin

untuk menjelaskan efek yang diamati di sini. Kami mencari ENKODE

Data melalui portal25 RegulomeDB untuk melihat apakah ada

bukti fungsi pengaturan SNP tersebut. RS281505


menunjukkan bukti mengikat hanya minimal berdasarkan transkripsi

Faktor mengikat dan adanya puncak DNase. Dengan demikian,

fungsi yang mendasari asosiasi ini tetap menjadi

ditentukan. Terakhir, menurut asosiasi genom lebar

mempelajari pusat, RS612049 dan lainnya SNP di linkage disequilibrium

dekat dengan genome-wide signifikan (minimal

P = 3910? 8) untuk tinggi only.26

Hubungan tingkat MPO dan varian MAPK14

memberikan pemahaman yang berharga tentang aksi MAPK-a / b

inhibitor. Tingkat MPO tinggi merupakan prognostik yang penting

penanda dalam memprediksi kejadian koroner di individuals21 sehat

dan patients16,27 penyakit arteri koroner dan dengan demikian aligned

baik dengan hasil yang diperoleh dalam penelitian SOLSTICE mana

pengurangan intervensi kejadian koroner perkutan pasca-

diamati pada pasien Losmapimod.3 Selain itu, ada

beberapa preseden untuk ketergantungan pada kolesterol HDL, seperti

MPO telah diamati untuk memprediksi stenosis karotis hanya pada

latar belakang HDL rendah cholesterol.28 MPO adalah leukocytederived sebuah

enzim yang mengkatalisis pembentukan sejumlah

spesies oksigen reaktif, yang berkontribusi terhadap kerusakan jaringan

selama inflamasi. Selektif memodifikasi apolipoprotein A-I,

menghasilkan kolesterol HDL disfungsional dengan gangguan

Kegiatan penghabisan kolesterol serta menghasilkan pro-aterogenik

bentuk LDL dimodifikasi cholesterol.29 A penentu utama

perkembangan plak koroner atau tingkat regresi adalah

keseimbangan antara kolesterol serapan dibandingkan jalur penghabisan,

dan kelebihan MPO akan cenderung merusak kedua proses. Itu


hubungan antara MPO dan p38 peta kinase adalah lebih

didukung oleh tren pengurangan MPO pasca-perkutan

intervensi dengan pasien SB681323 diobati dibandingkan dengan

peningkatan pada pasien plasebo (Gambar 11) .1 Secara bersama-sama,

hasil ini menunjukkan adanya hubungan mekanistik antara P38 peta

kinase dan MPO, sehingga memberikan bukti untuk mendukung

Indikasi saat sindrom koroner akut untuk Losmapimod.

Kita juga bisa berhipotesis bahwa pasien dengan HDL rendah

dan / atau tingkat MPO tinggi mungkin manfaat lebih dari Losmapimod

pengobatan daripada mereka yang tidak level tersebut.

Set yang sama penanda genetik yang dikaitkan dengan

MPO juga menunjukkan beberapa asosiasi sugestif dengan lainnya

ciri-ciri dalam sampel secara keseluruhan. Lebih rendah GFR dan peningkatan risiko

obesitas sebagai sifat biner dipamerkan terarah konsisten

asosiasi di 6 dataset, meskipun ini tidak secara statistik

signifikan. Hubungan antara peradangan dan obesitas

mapan; Oleh karena itu, tidak mengherankan untuk mengamati

peningkatan risiko obesitas terkait dengan alel yang sama terkait

dengan tinggi MPO, meskipun kurangnya asosiasi BMI di

Konsorsium GIANT mungkin mengatakan bahwa ini adalah positif palsu atau

terkait dengan parameter obesitas lebih ekstrim. GFR adalah

umum digunakan ukuran klinis fungsi ginjal, dan

ada bukti untuk peran patogenik penting bagi p38 MAPK

aktivasi di glomerulonephritis.30 manusia Selanjutnya, perlindungan

dari fungsi ginjal yang diberikan oleh p38 peta kinase

inhibitor telah diamati dalam model praklinis hipertensi.

31 Dengan demikian, inhibitor p38 peta kinase akan diprediksi tidak


hanya memiliki efek kardioprotektif, tetapi juga pelindung

efek pada ginjal dan bahkan mungkin menghasilkan beberapa berat badan

kerugian, meskipun yang terakhir akan tidak mungkin dengan penggunaan jangka pendek.

Terakhir, kadar asam urat tinggi bisa diartikan sebagai

Indikator spesifik dari peningkatan risiko kardiovaskular, yang

tidak dianggap dalam dirinya sendiri causal.32,33

Variabel nominal terkait dengan MAPK14 yang

varian dalam subkelompok dislipidemia perlu ditafsirkan

dengan hati-hati karena sederhana tingkat signifikansi dan kecil

jumlah operator, namun disediakan untuk tujuan deskriptif. Jika

mereka dikonfirmasi dalam ukuran sampel yang lebih besar, mereka akan

menyarankan metabolik sindrom fenotipe sedikit lebih buruk di

operator dibandingkan dengan noncarriers. Keterbatasan yang lebih umum

laporan ini meliputi berikut ini: relatif kecil

jumlah operator karena frekuensi rendah dari varian,

kekuasaan terbatas untuk mendeteksi asosiasi dengan varian langka kecuali

efek besar, data dibatasi untuk populasi Eropa

asal, dan fakta bahwa varian kausal yang sebenarnya tidak diketahui.

Kesimpulannya, dengan sequencing kita telah menentukan penuh

berbagai variasi exonic, hadir pada individu dari Eropa

keturunan, dalam MAPK14 dan MAPK11 dan diuji untuk

asosiasi dengan berbagai sifat dan kondisi. Kita

kemudian ditindaklanjuti temuan yang paling menjanjikan dalam hingga

58 930 subyek. Asosiasi yang paling konsisten diamati

adalah dengan varian di MAPK14 dan MPO pada HDL-C rendah

latar belakang dan juga asosiasi yang lebih marjinal dengan risiko

obesitas dan fungsi ginjal dalam analisis secara keseluruhan. Ini


Hasil penelitian juga menggambarkan bagaimana pertambangan variasi frekuensi rendah

dapat mengungkapkan alat yang berguna untuk menghubungkan gen dengan fenotipe

menarik, ketika variasi umum belum informatif.

Penelitian ini juga menggambarkan nilai memiliki baik antara

fenotipe dan bagaimana ekstrim sampling, seperti dalam kasus

GEMS, dapat mengungkapkan asosiasi-konteks tertentu tidak diamati

dalam semua pendatang. Namun, variasi frekuensi rendah tidak

memerlukan akses ke sampel tindak lanjut substansial untuk mengevaluasi

konsistensi data, terutama dalam kasus ini

di mana efek genetik itu sebagian tergantung konteks. Terakhir,

sequencing di beberapa kelompok etnis menunjukkan bahwa

subyek asal Afrika akan kepentingan tertentu untuk

ditindak lanjuti, sebagai penanda RS2859144 dan istimewa adalah

jauh lebih umum di Afrika-Amerika (MAF 14%) sebagai

dibandingkan dengan subyek asal Eropa.

Ucapan Terima Kasih

Kami berterima kasih kepada tim persiapan sampel GSK, dan D. Fraser untuk data

persiapan, dan K. Johansson untuk diperiksa persetujuan. Kami berterima kasih kepada GEMS

Penyidik studi: Philip Barter, PhD; Y. Antero Kes € aniemi, PhD;

Robert W. Mahley, PhD; Ruth McPherson, FRCP; dan Scott M. Grundy,

PhD. Kami juga berterima kasih kepada Dr Waeber MD, yang CoLaus PI Peter Vollenweider,

MD dan Gerard Waeber, MD, yang LOLIPOP PI, Jaspal Kooner, MD dan

John Chambers, MD, serta peserta dalam semua studi. AKU M

ingin mengucapkan terima kasih Vincent Mooser atas dukungannya untuk pekerjaan ini dan

diskusi ilmiah yang berharga.

Sumber Pendanaan

The genotip dan analisis di University of Cambridge itu


didukung sebagian oleh dana dari GlaxoSmithKline di bawah

perjanjian kerjasama. Penelitian GEMS disponsori di

sebagian oleh GlaxoSmithKline. Studi CoLaus didukung oleh

hibah dari GlaxoSmithKline, Swiss Sains Nasional

Yayasan (Grant 33CSCO-122661), dan Fakultas Biologi

dan Kedokteran Lausanne. Framingham Heart Study (FHS)

Penelitian ini dilakukan di bagian menggunakan data dan sumber daya dari

National Heart, Lung, dan BloodInstitute (NHLBI) dan Boston

University School of Medicine. Analisis mencerminkan intelektual

masukan dan pengembangan sumber daya dari para peneliti FHS

berpartisipasi dalam SNP Kesehatan Association Sumber Daya (SAHAM)

proyek. Karya ini sebagian didukung oleh NHLBI (kontrak

tak ada. N01-HC-25195) dan kontraknya dengan Affymetrix untuk

Layanan genotip (kontrak no. N02-HL-6-4278). Bagian A

Penelitian ini memanfaatkan Linux Cluster untuk Analisis Genetik

(Lingga-II) yang didanai oleh Robert Dawson Evans Endowment of

Departemen Kedokteran di Boston University School of

Obat-obatan dan Boston Medical Center.