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All� contrajo matrimonio en 1843 con Petrona Manuela de Arrea y Segurola, hija del
segundo matrimonio de Isidora de Segurola y Rojas, y nieta del brigadier general
Sebasti�n de Segurola; media hermana por lo tanto del presidente Jos� Ballivi�n y
represent� diplom�ticamente en Bolivia a su territorio de nacimiento, llamado tras
1829 Estado Oriental del Uruguay. Fund� en La Paz el diario �La �poca� y lo dirigi�
hasta que su traslado a Chile. Durante su exilio conoci� y trab� una estrecha
amistad con el unitario porte�o Bartolom� Mitre, tambi�n exiliado. Cuando Ballivi�n
fue depuesto se traslad� a Per� y luego a Chile, donde tom� contacto con Domingo
Faustino Sarmiento y con Juan Bautista Alberdi, entre otros. Producido el
pronunciamiento de Urquiza, se embarc� hacia Buenos Aires, con Sarmiento y Mitre.
A fines de 1851 se enrol� como coronel en las tropas coloradas que hac�an la
campa�a contra el gobernador federal Juan Manuel de Rosas y pele� en la batalla de
Caseros. M�s tarde fue nombrado Comandante General de Armas y Jefe del Estado Mayor
del Ej�rcito del Estado de Buenos Aires. Prest� servicios en la frontera contra los
indios e hizo una expedici�n fracasada a Salinas Grandes (al sur de Buenos Aires);
fue tambi�n comandante en San Nicol�s de los Arroyos.
Despu�s de Pav�n
Luch� en Cepeda y fue incorporado al ej�rcito de la Confederaci�n. Urquiza lo
nombr� interventor junto con Juan Sa� en la provincia de San Juan, pero tuvo serias
desavenencias con Sa�, quien �considerando que defend�a al gobierno revolucionario�
lo envi� de regreso a Buenos Aires.1? Poco despu�s, Sa� invadi� San Juan, y su
sangrienta victoria llev� nuevamente a la guerra. Al frente de la infanter�a, tuvo
un desempe�o notable en el enfrentamiento de Pav�n, raz�n por la cual el general
Bartolom� Mitre le discerni� el t�tulo de general en el mismo campo de batalla.
Fue enviado hacia C�rdoba al frente de una expedici�n que deb�a asegurar el cambio
de los gobiernos federales de todas las provincias. Tras unas semanas de anarqu�a
en esa provincia, Paunero entr� en ella y nombr� gobernador a Marcos Paz. �ste
renunci� en enero y Paunero ocup� el cargo de gobernador provisional. Orden�
celebrar elecciones en las que, a pesar de sus pretensiones de ser electo
gobernador titular,2? fue electo Justiniano Posse.
Desde C�rdoba mand� una divisi�n al mando de Sarmiento, que cambi� los gobiernos de
San Luis y Mendoza y se hizo elegir gobernador de San Juan. En estas acciones
contra las poblaciones del Interior tuvo como uno de sus principales lugartenientes
al sanguinario �tambi�n colorado oriental� Ambrosio Sandes. Tras una campa�a de
varios meses contra el caudillo �ngel Vicente Pe�aloza �el Chacho�, firm� un
tratado de paz, con perd�n y amnist�a a los derrotados. Pero la paz ofrecida no fue
respetada y Pe�aloza volvi� a alzarse en armas. El Chacho lleg� a ocupar C�rdoba,
pero Paunero lo derrot� en la batalla de Las Playas, en las afueras de la ciudad.
Unos meses m�s tarde, el coronel Pablo Irraz�bal lo asesin�, cuando Pe�aloza ya se
hab�a rendido y estaba desarmado.
Permaneci� algunos a�os m�s en C�rdoba, durante los cuales particip� activamente en
sucesivos conflictos pol�ticos3? y gestion� la instalaci�n o refuerzo de fortines
en las fronteras que para entonces hab�a con los ind�genas (por ejemplo el fuerte y
luego ciudad de Morteros en 1862).
En 1867 fue enviado nuevamente a la guerra contra las montoneras federales, pero la
rapidez de movimientos del general Juan Sa� lo oblig� a retirarse. El jefe de su
vanguardia, Jos� Miguel Arredondo, atac� y venci� a Sa� en la batalla de San
Ignacio, terminando as� la guerra civil en el Cuyo.
En las postrimer�as del gobierno de Mitre fue designado Ministro de Guerra y
Marina, y con motivo de las elecciones presidenciales de 1868 fue candidato a
vicepresidente en la f�rmula oficialista que encabezaba Rufino de Elizalde. Fueron
derrotados por Sarmiento, que lo design� - entre otras razones de Estado para
aliviar su penosa situaci�n econ�mica - Ministro Plenipotenciario ante el Imperio
del Brasil, en cuya capital, R�o de Janeiro, muri� el 7 de junio de 1871.Ten�a 65
a�os. Durante su funci�n como ministro plenipotenciario, fue asistido por Leandro
N. Alem, quien se desempe��, un tiempo breve, como secretario de la Legaci�n
Argentina. A�os despu�s escribir�a una breve biograf�a de Paunero, a quien hab�a
conocido durante la Guerra del Paraguay.
Sus restos fueron llevados a Buenos Aires en 1891 y descansan en el cementerio de
la Recoleta.