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UNIVERSIDAD NACIONAL DE SAN AGUSTÍN DE AREQUIPA

FACULTAD DE INGENIERÍA CIVIL

ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA SANITARIA

“IDENTIFICACION MOLECULAR DE BACTERIAS”

Presentado por:

EMILIA VALENCIA DE RODRIGUEZ CUI 200163441

JIMMY RODRIGUEZ MARQUEZ CUI 20011715

LABORATORIO MICROBIOLOGIA I

AREQUIPA – PERÚ

2018
Contenido
BLAST ............................................................................................................................................. 3
Algoritmo del BLAST .................................................................................................................. 3
IDENTIFICACION BACTERIA 1 ........................................................................................................ 6
SECUENCIA 1 ............................................................................................................................. 6
GRADO DE HOMOLOGIA .......................................................................................................... 6
SECUENCIA ................................................................................................................................ 7
CONCIDENCIAS .......................................................................................................................... 7
CARACTERISTICAS BACTERIA ..................................................................................................... 7
SECUENCIA 2 ............................................................................................................................. 9
GRADO DE HOMOLOGIA .......................................................................................................... 9
SECUENCIA .............................................................................................................................. 10
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 10
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 10
SECUENCIA 3 ........................................................................................................................... 14
GRADO DE HOMOLOGIA ........................................................................................................ 14
SECUENCIA .............................................................................................................................. 14
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 15
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 15
SECUENCIA 4 ........................................................................................................................... 23
GRADO DE HOMOLOGIA ........................................................................................................ 23
SECUENCIA .............................................................................................................................. 24
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 24
Xanthomonas campestris DNA, complete cds....................................................................... 24
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 24
SECUENCIA 5 ........................................................................................................................... 28
GRADO DE HOMOLOGIA ........................................................................................................ 28
SECUENCIA .............................................................................................................................. 28
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 29
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 29
Conclusiones ........................................................................................................................... 33
BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de
secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar
una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query) contra una gran
cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos. El algoritmo encuentra las
secuencias de la base de datos que tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es
importante mencionar que BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede
garantizar que ha encontrado la solución correcta. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la
significación de sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados
que se obtienen.

Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por lo general,
cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla con otras secuencias
que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función. El BLAST es la
herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias
proteicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de
búsqueda.

BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU., por lo que
es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del Centro Nacional para
la Información Biotecnológica (NCBI). También está disponible para ser instalado localmente.
Algunas ventajas de usar el servidor del NCBI son que el usuario no tiene que mantener ni
actualizar las bases de datos y que la búsqueda se hace en un cluster de computadoras, lo que
otorga rapidez. Las desventajas son: no se permiten hacer búsquedas masivas dado que es un
recurso compartido, no se puede personalizar las bases de datos contra la que busca el
programa, y las secuencias son enviadas al servidor del NCBI sin ningún tipo de cifrado, lo que
puede ser un problema para quienes quieran mantener sus secuencias privadas. La aplicación
local de BLAST tiene la ventaja de que permite manejar varios parámetros que en las búsquedas
de NCBI están estandarizados, por lo que provee una mayor flexibilidad para los usuarios
avanzados.

Algoritmo del BLAST


BLAST usa el algoritmo Smith-Waterman para realizar sus alineamientos[1]

BLAST usa una matriz de sustitución de aminoácidos o nucleótidos para calificar sus
alineamientos. Dicha matriz contiene la puntuación (también llamada score) que se le da al
alinear un nucleótido o un aminoácido X de la secuencia A con otro aminoácido Y de la secuencia
B. Las matrices más usadas para calificar alineamientos de proteínas son la BLOSUM y
la PAM (ambas fueron obtenidas midiendo la frecuencia de los aminoácidos en una gran
muestra de proteínas). También se permite al usuario definir su propia matriz. El tipo de matriz
usada es determinante para los resultados que se obtendrán, el uso de una matriz incorrecta
puede llevar a calificar erróneamente los alineamientos y por lo tanto obtener resultados
equivocados.
El algoritmo de BLAST tiene tres etapas principales: ensemillado, extensión y evaluación. A
continuación se describen brevemente cada una de ellas:

Primera etapa: ensemillado o seeding.

En esta etapa se buscan "palabras" pequeñas en las secuencias de la base de datos, que
corresponden a fragmentos de la secuencia problema. BLAST asume que los alineamientos
significativos deben contener estas palabras. Sólo se consideran significativas las palabras que
tengan una puntuación mayor a T (T es un parámetro que se pueda modificar al usar el
programa) y que se encuentren al menos a una distancia A de otra palabra. W es otro parámetro
usado por BLAST y se refiere al tamaño de las palabras a buscar. Ajustando los parámetros T, A
y W se puede escoger entre hacer un alineamiento sensible pero lento, o uno más rápido pero
con menor sensibilidad.

Segunda etapa: extensión.

Una vez obtenidas las palabras que cumplen con los criterios dados, se pasa a la etapa de
extensión. En esta etapa el alineamiento se va extendiendo a ambos lados de las palabras. La
extensión realizada en este punto se realiza haciendo uso del algoritmo de Smith-Waterman.
BLAST va extendiendo el alineamiento hasta que la puntuación del alineamiento descienda X o
más puntos con respecto a la puntuación más alta obtenida anteriormente. Aquí reside el factor
heurístico del BLAST, ya que al imponer el límite X, evita extender a lo largo de toda la secuencia
todos los alineamientos (proceso que llevaría demasiado tiempo). El peligro que esto conlleva
es que el programa se puede quedar atorado en un máximo local. Es por ello que la definición
de X es determinante para el resultado.

Tercera etapa: evaluación

Una vez terminada la extensión de todas las palabras, cada uno de los alineamientos realizados
es evaluado para determinar su significación estadística. Para ello, el programa elimina los
alineamientos inconsistentes (alineamientos que junten la misma parte de la secuencia
problema con distintas partes de una secuencia en la base de datos). Los alineamientos
resultantes son llamados pares de alta puntuación (High Score Pairs o HSPs, por sus siglas en
inglés). Una vez realizado esto, se calcula la puntuación final de los alineamientos resultantes y
se determina su significación tomando en cuenta la probabilidad que tiene dicho alineamiento
de haber sido obtenido por azar de acuerdo al tamaño de la base de datos. Al final se reportan
sólo los alineamientos que hayan obtenido una probabilidad menor a E. El parámetro E es
conocido como e-valor (e-value) de corte, y nos permite definir qué alineamientos queremos
obtener de acuerdo a su significación estadística. Cuanto menor sea el valor de E, más
significativo es un alineamiento.

Programas de la familia BLAST

Blastn

Es de los más comúnmente usados. Compara una secuencia de nucleótidos contra una base de
datos que contenga también secuencias nucleotídicas.

Blastp

Es el otro tipo de BLAST más usado. Es un BLAST "con huecos" (o gaps) que compara una
secuencia de aminoácidos contra una base de datos del mismo tipo. Usualmente usa la matriz
de sustitución BLOSUM o PAM para realizar los alineamientos, aunque puede usar una matriz
definida por el usuario.

BlastX

Este programa usa como entrada una secuencia de nucléotidos. Traduce la secuencia en sus seis
posibles marcos de lectura (tres marcos de lecturas por hebra) y compara estas secuencias
traducidas contra una base de datos de proteínas. Se usa cuando se tiene sospecha de que la
secuencia de entrada codifica para una proteína pero no se sabe exactamente cuál es su
producto.

TBlastn

Compara una secuencia proteica con una base de datos de nucléotidos. Para realizar esto
traduce todas las secuencias de nucleótidos en sus seis marcos de lectura. Se usa cuando se
tiene una proteína, y el análisis con Blastp no ha sido exitoso. Se debe tener cuidado con los
resultados de este Blast, porque una buena cantidad de las secuencias traducidas no son
proteínas que existan en la naturaleza.

TBlastX

Tblastx compara las traducciones de seis cuadros de una secuencia de consulta de nucleótidos
contra las traducciones de seis cuadros de una base de datos de secuencias de nucleótidos.

Bl2seq

Bl2seq (BLAST 2 Secuencias) permite la búsqueda BLAST de una secuencia en contra de otra
secuencia, sin tener que ejecutar formatdb para crear una base de datos BLAST de la secuencia
que ha de ser contrastada. Bl2seq es uno de los programas distribuidos junto con el antiguo
programa blastall por el NCBI. El NCBI recomienda que las personas comienzan a usar los
programas del paquete blast+ en su lugar.
IDENTIFICACION BACTERIA 1

SECUENCIA 1
actgggcgta aagggtgcgt aggcgggtct ttaagtcaga ggtgaaatcc tggagctcaa
ctccagaact gcctttgata ctgaggatct tgagttcggg agaggtgagt ggaactgcga
gtgtagaggt gaaattcgta gatattcgca agaacaccag tggcgaaggc ggctcactgg
cccgatactg acgctgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga gtagtc

GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA

CONCIDENCIAS

Nitrobacter vulgaris gene for 16S ribosomal RNA, partial sequence, strain: Z

CARACTERISTICAS BACTERIA

Nitrobacter es un género de bacterias gram negativas, la mayoría de las cuales tiene


forma de bastón, se conocen comúnmente como nitrobacterias, y son
quimioautotróficas que participan activamente en el ciclo del nitrógeno.
lasificación y características
Las bacterias nitrificantes nitrobacterias se clasifican como quimiolitótrofos obligados.
Esto simplemente significa que deben utilizar sales minerales inorgánicas como fuente
de energía y por lo general no pueden sintetizar la materia orgánica. Deben oxidar
amoníaco y nitritos para suplir sus necesidades de energía y fijar el dióxido de carbono
inorgánico (CO)
2) para cubrir sus necesidades de carbono. En su mayoría carecen de capacidad motriz
de forma que deben colonizar una superficie (grava, arena, medios de vida sintéticos,
etc.) para un crecimiento óptimo. Secretan una sustancia pegajosa esencial que utilizan
para adherirse. Estas bacterias oxidan los nitritos (NO−
2) convirtiéndolos en nitrato (NO−
3).1Algunas fuentes consideran a Nitrobacteraceae como miembros de la familia del
género nitrobacter. Pertenecen al género nitrobacter las especies Nitrobacter
winogradskyi, Nitrobacter hamburgensis, Nitrobacter vulgaris y Nitrobacter alkalicus.2
De acuerdo con Grundmann, Las nitrobacterias parecen crecer de manera óptima a 38°C
y a un pH de 7,9, pero Holt afirma que las nitrobacterias crecen óptimamente a 28°C y
crecen dentro de un intervalo de pH de 5,8 a 8,5, con un pH óptimo entre 7,6 y 7,8.2
Las nitrobacterias pertenecen a la subclase α Proteobacteria.

Las nitrobacterias puede ser o bien en forma de varilla, en forma de pera o pleomórficas.
Las células normalmente se reproducen por gemación (Holt & Hendricks, 1993). Algunos
oxidos de carbono que ayudan a la fijación del carbono se encuentran en las células
cultivadas litoautotrófica y mixotróficamente. Otras inclusiones de reserva de energía
son los gránulos de PHB (β-poli-hidroxibutiratos) y polifosfatos. En presencia tanto de
nitrito como de sustancias orgánicas, las células pueden mostrar un crecimiento bifásico,
primero utilizando el nitrito y después de una fase temporal, provocando la oxidación
de la materia orgánica. El crecimiento quimioorganotrófico es lento y desequilibrado de
manera que se observan más gránulos de β-poli-hidroxibutirato que distorsionan la
forma y tamaño de las células.

Papel en el ciclo del nitrógeno


Las nitrobacterias juegan un papel importante en el ciclo del nitrógeno por oxidación de
nitrito en nitrato en el suelo. A diferencia de las plantas, en donde la transferencia de
electrones en la fotosíntesis proporciona la energía para la fijación de carbono, las
nitrobacterias extraen energía de la oxidación de iones nitrito, NO−
2, en iones de nitrato, NO−
3, para suplir sus necesidades energéticas y fijan el dióxido de carbono a través del ciclo
de Calvin para cubrir sus requisitos de carbono.1

Las nitrobacterias se manejan bien con un pH óptimo entre 7,3 y 7,5, y morirán con
temperaturas superiores a los 49°C) o por debajo de los 0°C.1
SECUENCIA 2

aacgctggcg gcaggcttaa cacatgcaag tcgagcgccc cgcaagggga gcggcagacg


ggtgagtaac gcgtgggaat ctacccttga ctacggaata acgcagggaa acttgtgcta
ataccgtatg tgtccttcgg gagaaagatt tatcggtcaa ggatgagccc gcgttggatt
agctagttgg tggggtaaag gcctaccaag gcgacgatcc atagctggtc tgagaggatg
atcagccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc

GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA

CONCIDENCIAS

Rhizobium sophorae strain LMG 27901 16S ribosomal RNA gene

CARACTERISTICAS BACTERIA
Rhizobium . Son microorganismos capaces de inducir la formación de nódulos fijadores de nitrógeno
atmosférico en las raíces de las plantas de la familia leguminosae (y en sólo otra no leguminosa,
parasponia). algunos rizobios también son capaces de inducir nódulos en el tallo de leguminosas
(sesbania, aeschynomene).

Características
Las bacterias Rhizobium son organismos de vida libre que habitan en la rizosfera y se alimenta de los
restos de organismos muertos. Estas contienen un plásmido que codifica información que es vital para la
infección y la nodulación de la planta hospedadora correspondiente. Son bacilos móviles, Gram-
negativos, con dos capas de pared celular (la primera capa esta hecha por carbohidratos y proteínas, y la
segunda capa por lípidos y carbohidratos), procariotas, aerobios (necesita oxígeno para crecer), móviles
(al hacerse el test de motilidad, el agar se vuelve amarillo y no de su color original –morado-), beta
(digiere la hemoglobina), crece casi en cualquier temperatura, pero su desarrollo es más óptimo a una
temperatura de 25 °C (77 °F), sus dimensiones son de 0.5-0.9 x 1.2-3.0 µm, y cuenta con flagelos.

Historia
La fijación biológica de nitrógeno es conocida desde hace ya mucho tiempo. Mucho antes de conocer
esta relación simbiótica Rhizobium-leguminosa y sus beneficios, se hacía uso de las leguminosas para
mejorar la fertilidad de los terrenos para futuros cultivos a través de técnicas cómo "Barbecho " o de
cultivo rotatorio conocido con el nombre de "abono verde". Jean-Baptiste Boussingault, un reconocido
químico francés, dio los primeros indicios acerca de la incorporación de nitrógeno por parte de los
tréboles y las judías. Pero fueron Hellriegel y Wilfarth (1886-1888) quienes establecieron la relación
entre los nódulos de las leguminosas y la fijación de nitrógeno. [1] Por otro lado, Beijerinck, uno de los
más grandes microbiologos, fue el primero en aislar y cultivar un microorganismo de los nódulos de
legumbres en 1888. Él lo llamó el Bacillus radicicola (Bacilo radicícola), que ahora es colocado en el
Manual de Bergey de Bacteriología Determinativa bajo el género Rhizobium.

Características
Las bacterias Rhizobium son organismos de vida libre que habitan en la rizosfera y se alimenta de los
restos de organismos muertos. Estas contienen un plásmido que codifica información que es vital para la
infección y la nodulación de la planta hospedadora correspondiente. Son bacilos móviles, Gram-
negativos, con dos capas de pared celular (la primera capa esta hecha por carbohidratos y proteínas, y la
segunda capa por lípidos y carbohidratos), procariotas, aerobios (necesita oxígeno para crecer), móviles
(al hacerse el test de motilidad, el agar se vuelve amarillo y no de su color original –morado-), beta
(digiere la hemoglobina), crece casi en cualquier temperatura, pero su desarrollo es más óptimo a una
temperatura de 25 °C (77 °F), sus dimensiones son de 0.5-0.9 x 1.2-3.0 µm, y cuenta con flagelos.

Cultivo de bacteria Rhizobium Leguminosarum en agar YMA


Filogenia
La taxonomía que actualmente es aceptada está basada en el 'List of Prokaryotic names with Standing in
Nomenclature' [2] y en el National Center for Biotechnology Information, y la filogenia está basada en el
16S rRNA-based LTP release 106 por 'The All-Species Living Tree Project' [3].

Etapas de formación de nódulos


1. Reconocimiento: Tanto la planta como la bacteria deben reconocer al socio adecuado. Esto se
realiza gracias a que las raíces de las leguminosas segregan materiales orgánicos que estimulan
el crecimiento microbiano en la rizosfera (no es exclusivo de los rizobios). Si en el suelo hay
presencia de rizobios, estos se desarrollaran hasta construir poblaciones densas. Es así que el
primer paso de la formación del nódulo es la adherencia de la bacteria a los pelos radicales de
la planta correspondiente, y esto es mediado por la ricadesina, una proteína específica de
adherencia presente en la superficie de toda bacteria Rhizobium. Esta actúa al unirse a
complejos de calcio que se encuentran en la superficie de los pelos radicales. También existen
otras sustancias que hacen parte en esta adherencia planta-bacteria, como por ejemplo las
lectinas, que se unirán a distintos oligosacáridos de la superficie bacteriana.
2. Excreción de los factores nod por la bacteria: En primer lugar, las células de la bacteria
penetran el pelo radical por su extremo, y la bacteria excreta unas sustancias denominadas
factores nod, los cuales causan que el pelo radicado se rice. En esta sustancia se encuentran los
genes que dirigirán posteriormente las etapas especifícas de la nodulación. Estos son
transmitidos atreves de plásmidos de gran tamaño, llamados plásmidos Sym, los cuales
contienen genes de especificidad, lo cual determina qué cepa de Rhizobium se unirá a cierta
planta hospedadora. Es así que además de los genes nod comunes, están los específicos para
cada especie de Rhizobium. Por otro lado, los genes nod participan de la producción de los ya
mencionados factores nod (oligosacáridos), los cuales desencadenan la división celular cortical
de la planta para formar así el nódulo.
3. Invasión: La bacteria procede a invadir el pelo radical e inducen a la planta a formar un tubo de
celulosa conocido como tubo de infección, dentro del cual se multiplicaran los rizobios.
4. Desplazamiento: Las bacterias se desplazan hacia la raíz a través del tubo de infección y allí la
infección alcanza a las células contiguas a los pelos radicales, y los factores nod estimulan la
división celular de las células vegetales, formando finalmente el nódulo.
5. Aparición de los bacteroides: Dentro de las células de las plantas las bacterias Rhizobium se
multiplican y se convierten en formaciones ramificadas e hinchadas, y es allí donde aparecen
los bacteroides, células bacterianas deformes necesarias para la fijación de nitrógeno. Estos
quedan rodeados por porciones de la membrana vegetal para formar unas estructuras
llamadas simbiosoma, y en el momento en que estas son formadas se da inicio a la fijación de
nitrógeno.
6. División continua de células: Luego de la formación del nódulo radical maduro, las células
bacterianas y vegetales deben permanecer en continua división.
Leghemoglobina
Ni las leguminosas, ni la bacteria Rhizobium pueden fijar nitrógeno en condiciones normales, solo se
logra en el momento en que estas interactúan. Aunque en un cultivo axénico con condiciones
microfilicas controladas la bacteria puede fijar nitrógeno atmosférico, esta necesita oxígeno para
generar energía y así fijar nitrógeno, pero su nitrogenasa es inactivada por el oxígeno. Por otro lado, en
el nódulo se encuentran las concentraciones de oxígeno exactas, las cuales son controladas por la
leghemoglobina, proteína que se une al oxígeno. Esta proteína es de color rojo ya que contiene hierro, y
siempre esta presente en nódulos sanos fijadores de nitrógeno. Su formación es inducida por la
interacción planta-bacteria, ya que cada una por aparte es incapaz de sintetizarla. Esta funciona como
un tapón de oxígeno, que mantiene la concentración de este bajo, pero constante. La relación existente
en el nódulo de leghemoglobina y oxígeno es 10000:1.
Grupos de inoculación cruzada
Los grupos de inoculación cruzada son los grupos de cepas de Rhizobium que solo infectan a una
determinado grupo de especies próximas a las leguminosas. El que una cepa pueda infectar a una
determinada leguminosa, no significa que aparezcan los nódulos fijadores de nitrógeno. Esa capacidad
está determinada por los genes presentes en las bacterias. Se identifica a las cepas inefectivas porque
producen nódulos de menor tamaño, blancuzcos y sin la capacidad fijadora de nitrógeno, mientras que
las cepas efectivas forman nódulos mayores, rojizos y capaces de fijar nitrógeno. Es así que en
conclusión, ya que existen diferentes variedades de bacterias Rhizobium, cada una tiene la capacidad de
hacer simbiosis con una leguminosa determinada. La tabla a continuación muestra ciertas plantas
hospedadoras con su correspondiente grupo de inoculación cruzada:
Principales grupos de inoculación cruzada de leguminosas
Planta hospedadora Cepa de la bacteria Rhizobium
Rhizobium
Guisante
leguminosarum biovar viciae
Rhizobium
Judía
Leguminosarum biovar phaseoli
Judía Rhizobium tropici
Loto Mesorhizobium loti
Rhizobium
Trébol
lehuminosarum biovar trifoli
Alfalfa Sinorhizobium melitoti
Soja Bradyrhizobium japonicum
Soja Bradyrhizobium elkanii
Soja Rhizobium fredii
Sesbania rostrata (leguminosa
Azorhizobium caulinodans
tropical)
SECUENCIA 3
tacgaagggg gctagcgttg ctcggaatca ctgggcgtaa agcgcacgta ggcggctttc
taagtcagag gtgaaatcct ggagctcaac tccagaactg cctttgatac tggagagctt
gagttcggga gaggtgagtg gaactgcgag tgtagaggtg aaattcgtag atattcgcaa
gaacaccagt ggcgaaggcg gctcactggc ccgatactga cgctgaggtg

GRADO DE HOMOLOGIA

SECUENCIA
CONCIDENCIAS

Uncultured Bradyrhizobiaceae bacterium clone CSMB_1285 16S ribosomal RNA gene,


partial sequence

CARACTERISTICAS BACTERIA

Clasificación

Taxa de orden superior:

Bacterias Proteobacterias; Alfaproteobacterias

Especies:

Rhizobium (Familia: Rhizobiaceae) Rhizobium arachis; Rhizobium daejeonense; Rhizobium etli;


Rhizobium galegae; Rhizobium gallicum; Rhizobium giardinii; Rhizobium hainanense;
Rhizobium huautlense; Rhizobium indigoferae; Rhizobium leguminosarum; Rhizobium
loessense; Rhizobium lupini; Rhizobium mongolense; Rhizobium phaseoli; Rhizobium sullae;
Rhizobium tropici; Rhizobium undicola; Rhizobium yangligense; Rhizobium sp.

Bradyrhizobium (Familia: Bradyrhizobiaceae) Bradyrhizobium betae; Bradyrhizobrium


canariense; Bradyrhizobium elkanii; Bradyrhizobium genosp .; Bradyrhizobium japonicum;
Bradyrhizobium liaonigense; Bradyrhizobium lupini; Bradyrhizobium yuanmingense;
Bradyrhizobium sp.

Mesorhizobium (Familia: Phyllobacteriaceae): Mesorhizobium amorphae; Mesorhizobium


chacoense; Mesorhizobium ciceri; Mesorhizobium huakuii; Mesorhizobium loti;
Mesorhizobium mediterraneum; Mesorhizobium plurifarium; Mesorhizobium septentrionale;
Mesorhizobium temperatum; Mesorhizobium tianshanense; Mesorhizobium sp.

Sinorhizobium (Familia: Rhizobiaceae): Sinorhirobium abri; Sinorhizobium americanus;


Sinorhizobium arboris; Sinorhizobium fredii; Sinorhizobium indiaensis; Sinorhizobium
kostiense; Sinorhizobium kummerowiae; Sinorhizobium medicae; Sinorhizobium meliloti;
Sinorhizobium saheli; Sinorhizobium terangae; Sinorhizobium xinjiangense; Sinorhizobium sp.

Azorhizobium (Familia: Hyphomicrobiaceae): Azohirzobium caulinodans; Azohirobium


johannae; Azorhizobium sp

Descripción y significado

Rhizobium, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Sinorhizobium y Azorhizobium , conocidos como


rhizobia, son fijadores simbióticos de nitrógeno que se pueden encontrar en las raíces de las
plantas y especialmente en las plantas leguminosas. Ellos son responsables de la porción más
grande del mundo de nitrógeno atmosférico fijo. (La fijación de nitrógeno por parte de los
organismos proporciona aproximadamente el 65% del nitrógeno disponible de la biosfera
(Lodwig et al. 2003)). Bradyrhizobium japonicum se ha utilizado desde 1957 en genética
molecular, fisiología y ecología debido a su excelente capacidad para la fijación de nitrógeno
simbiótico.

Estructura del genoma

El genoma de Rhizobium sp. NGR234 tiene una estructura genómica muy parecida
a Agrobacterium tumefaciens , que viene en tres partes. Sin embargo, mientras
que Agrobacterium tumefaciens tiene un cromosoma circular, un cromosoma lineal y un
megaplasmid, Rhizobium sp. NGR234 tiene un cromosoma de 3,5 Mb de longitud, un
megaplasmid de más de 2 Mb (pNGR234 b ) y un plásmido más pequeño de 536,165 pb de
longitud (pNGR234 a ) que transporta la mayoría de los genes utilizados para simbiosis con
leguminosas. El contenido promedio de GC de todo el genoma es de aproximadamente 61.2%
en moles. La mayoría de las secuencias de codificación asumidas en el Rhizobium
sp. El genoma de NGR234 puede "distribuirse en clases funcionales similares a las de Bacillus
subtilis , [sin embargo,] las funciones relacionadas con los elementos transponibles son más
abundantes en NGR234" (Viprey et al. 2000). La secuenciación del genoma de Rhizobium
etli y Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 están actualmente en curso, pero R.
Leguminosarum bv. Se sabe que las vicias son de 7,751,309 pb y el contenido promedio de G +
C es 60.86%.

El genoma de Bradyrhizobium japonicum es un cromosoma único de 9,105,828 pb de


longitud. El contenido promedio de GC del genoma es 64.1% en moles. El cincuenta y dos por
ciento de los 8,317 genes codificantes de proteínas potenciales son como genes de función
conocida, el 30% de los genes son hipotéticos y el 18% no tiene similitud con ningún gen
reportado. Además, el 34% de los genes eran similares a los
de Mesorhizobium loti y Sinorhizobium meliloti , y el 23% de los genes eran exclusivos
de Bradyrhizobium japonicum (Kaneko et al. ).

El genoma de Sinorhizobium meliloti es similar a Rhizobium sp. NGR234; tiene un cromosoma


de 3.65 Mb, un megaplasmid de 1.35 Mb (pSymA) y un megaplasmid de 1.68 Mb (pSymB). Los
tres elementos genómicos contribuyen de alguna manera a la simbiosis de las plantas
(Galibert et al. 2001).
Rhizobase ha secuestrado el loti MAFF303099 de Mesorhizobium. El genoma del cromosoma
simgle de M. loti tiene 7.036.071 pb de longitud, con 6.752 genes potenciales codificantes de
proteínas. El contenido de G + C para M. loti es del 62.7%. M. Loti también tiene dos plásmidos
que fueron secuenciados. Sus nombres son pMLa y pMLb y sus contenidos de G + C son 59.3%
y 59.9%, respectivamente.El genoma de pMLa tiene una longitud de 351, 911 pb, y el genoma
de pMLb tiene una longitud de 208,315 pb.

Azorhizobium no ha sido secuenciado genéticamente, pero se sabe que lleva a cabo procesos
similares a otros rizobios.

Estructura celular y metabolismo

Bacteroides de Rhizobium en nódulos de frijol. De Philip Poole

Rhizobium , Bradyrhizobium , Mesorhizobium , Sinorhizobium y Azorhizobium (colectivamente


conocidos como rizobios) son bacterias gramnegativas que fijan el nitrógeno y forman nódulos
en las plantas huésped. También tienen relaciones simbióticas con plantas leguminosas, que
no pueden vivir sin los procesos esenciales de fijación de nitrógeno de estas bacterias. En los
nódulos, los bacterios de rizobios utilizan carbono y energía de la planta en forma de ácidos
dicarboxílicos. Estudios recientes han sugerido que los bacteroides hacen más que solo
proporcionar amonio a la planta (a través de la fijación de nitrógeno). Se demostró que se
necesita un ciclo de aminoácidos más complejo para que Rhizobium fije con éxito el nitrógeno
en los nódulos del guisante. Rhizobium puede usar los aminoácidos de la planta para cerrar su
asimilación de amonio; sin embargo, las bacterias deben proporcionar amonio a la planta para
obtener los aminoácidos. Esto solo significaría que la planta podría regular la cantidad de
dicarboxilato que los bacteroides utilizan por el suministro de aminoácidos y dominar la
relación. Este no es el caso, sin embargo, porque los bacteroides "actúan como orgánulos de
las plantas para reciclar los aminoácidos de la planta para la síntesis de asparagina", lo que
hace que la planta dependa de ellos (Lodwig et al . 2003). Este sistema crea mutualismo entre
las bacterias y la planta.

Nódulos de Rhizobium en las raíces de una planta de soja. Del Servicio de Conservación de
Recursos Naturales del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos.

Sin embargo, la fijación de nitrógeno es un proceso costoso de energía que requiere hasta un
22% de las plantas netas en fotosintato. Además, al menos el 25% del flujo de electrones a
través de la nitrogenasa se destina a reducir los protones en gas hidrógeno. Este proceso de
producción de hidrógeno dependiente de la nitrogenasa es un factor importante en la
eficiencia de la fijación de nitrógeno simbiótico. Para tener un uso más eficiente de la energía,
algunas cepas de Rhizobium y muchas de Bradyrhizobium reciclan el hidrógeno producido por
la nitrogenasa en bacteroides de nódulos que tienen un sistema de captación de hidrógeno
(Hup). Sin embargo, Sinorhizobium meliloti , M. ciceri, y r . leguminosarum por. Las cepas viciae
UML2 tienen una expresión pobre del sistema hup (Palacios et al. 2000).

Ecología

Fotografía de hilos de infección en una raíz de pelo. En A, las flechas apuntan a la punta del
hilo de infección y al núcleo con una columna de citoplasma entre ellas;en B, el hilo de
infección terminado así como la punta del hilo son fácilmente perceptibles. De Daniel J. Gage

Rhizobia se puede encontrar en las raíces, o rizosfera, de otros tipos de plantas donde causan
la formación de nódulos. Por ejemplo, Bradyrhizobium japonicum se aisló por primera vez de
un nódulo de soja en Florida en 1957. Rhizobium sp. NGR234 tiene un rango de hospedantes
de más de 112 géneros de leguminosas (Viprey et al. 2000). Estas relaciones simbióticas
ocurren cuando los rizobios penetran en sus hospedadores con hilos de infección de desarrollo
centrípeto. La bacteria induce un meristema en la corteza de las raíces de las plantas donde se
desarrollan los nódulos. Mientras tanto, los hilos de infección se abren paso en las células
nodulares y liberan rizobios en el citoplasma de las células infectadas. Los rizobios, que actúan
como simbiosomas, se agrandan y diferencian en bacteroides fijadores de nitrógeno, que
tienen bajos niveles de oxígeno libre. El desarrollo simbiótico proviene de un intercambio de
señales químicas entre la planta y las bacterias. Una de las primeras señales en este
intercambio continuo se llama flavonoides y son liberadas por las raíces de las leguminosas. En
realidad, activan la expresión de los genes de nodulación ( nod , noe y nol ) al interactuar con
los reguladores rizobiales de la familia NodD. La mayoría de estos genes de nodulaciones
ayudan a la síntesis y segregan una familia de moléculas de lipocito-oligosacáridos que ayudan
a las bacterias a entrar en los pelos de la raíz (Viprey et al. 2000).

Nodulacion

Las etapas en las que se forman los nódulos se han nombrado y descrito para explicar mejor el
complejo sistema de interacción de Rhizobium con las plantas de leguminosas (visite el sitio de
la Universidad Hebrea de Jerusalén para obtener información detallada sobre las etapas de la
nodulación y un artículo sobre la infección por rizobios). e invasión de raíces por Daniel J.
Gage).

multiplicación de rizobios en o cerca de la superficie de


roc
la raíz

roa Adherencia de rizobios a la superficie del vello radicular.

hab y
Ramificación del pelo de la raíz y rizado de la raíz
hac

inf formación de un hilo de infección

Iniciación de nódulos: formación de meristemas de


No yo
nódulos, desarrollo y diferenciación de nódulos.

bar Liberación de bacteroides del hilo de infección.

malo diferenciación bacteriana

nif inicio de la fijacion de nitrogeno

Funciones bioquímicas y fisiológicas asociadas a la


cof
fijación de nitrógeno.

nop Mantenimiento (persistencia) de la función nodular.

Tabla que muestra las etapas de la nodulación. De la Universidad Hebrea de Jerusalén


Un corte transversal de un nódulo de alfalfa de 10 días con S. meliloti. Observe la red de hilos
de infección detrás de la región meristem del nódulo. El sitio inicial de la infección está a la
izquierda. El yoduro de propidio da el color rojo al tejido de la planta. La raíz se puede ver a la
derecha. De Daniel J. Gage

Un diagrama de nodulación. C) Una célula epidérmica con un núcleo a través del cual se
formará un nuevo cabello de raíz y dos células corticales externas debajo de él. D) Las células
epidérmicas inician el crecimiento del vello radicular. E) Una unión de las células rizobiales a un
cabello de la raíz que activa las células corticales en respuesta al factor Nod (genes de
nodulatina). F) Crecimiento continuo del vello radicular. G) Rizo del pelo de la raíz debido al
factor Nod. Las células corticales se polarizan y los puentes citoplasmáticos se han formado y
están representados por el color gris. H) Se inician los hilos de infección. I) El hilo de la
infección comienza a crecer hacia abajo del pelo de la raíz. El núcleo se mueve a través del pelo
de la raíz en la parte delantera del hilo. J) El hilo de la infección se fusiona con la pared celular
epidérmica y el rizobio crece en el espacio intracelular entre la célula epidérmica y la célula
cortical. K) Crecimiento continuo del hilo de infección y la célula cortical externa. L) Vista
ampliada del cabello de la raíz en I. El rizo se desenrolla y muestra que las bacterias en el hilo
de la infección están fuera del cabello de la raíz. La pared celular de la planta es una línea
negra y la membrana de la célula vegetal es una línea discontinua. Los microtúbulos se pueden
encontrar entre el núcleo y la punta de la rosca de infección (azul). De Daniel J. Gage

Fijación de nitrogeno

Flujo de NH 4 + y asimilación dentro de las células invadidas con rizobios.El NH 3 producido por
la nitrogenasa a partir de las bacterias se difunde a través de la membrana BT (BM) y se
convierte en NH 4 + . El NH 4 + no puede ser asimilado a glutamato (GLT) y glutamina (GLN) a
través de la glutamina sintetasa (GS) y, por lo tanto, es secretado muy probablemente por un
mecanismo activo (EXCR) en el espacio peribacteroide (PBS) donde una ATPasa en la
membrana simbiosoma Los protones de bombeo (SM) mantienen una alta proporción de
NH 4 + / NH 3 , y un sistema de transporte para la absorción de NH 4+ (AMT) mueve el NH 4 + al
citoplasma de la planta donde se asimila. De Patriarca et al. Lea el artículo completo para
obtener más información sobre el metabolismo bacteriano del NH 4 + en la simbiosis
de Rhizobium -plant.

Disrupcion quimica

Se ha demostrado filogenéticamente que el receptor de estrógeno (ER) es el receptor ancestral


"a partir del cual han evolucionado todos los demás receptores de esteroides" (Fox 2004). Las
ER se unen a los estrógenos endógenos, así como a los fitoestrógenos, una molécula a la que
también se unen los receptores de la proteína D de nodulación (NodD) en Rhizobium . Muchos
de los productos químicos, sintéticos y naturales, que interrumpen la señalización endocrina
en los vertebrados interrumpen también la señalización del receptor de fitoestrógeno-NodD
en rizobios y otras bacterias del suelo. Algunos de estos químicos incluyen fitoestrógenos,
químicos fúngicos, insecticidas, herbicidas, plastificantes, hidrocarburos poliaromáticos (PAH) y
bifenilos policlorados (PCB). Si los pesticidas y contaminantes organoclorados en altas
concentraciones interrumpen la señalización endocrina de tal manera que feminiza a los
peces, reduce el falo de los reptiles, disminuye la capacidad de apareamiento en mamíferos,
reduce la fertilidad y la viabilidad en diferentes especies, etc., ¿qué podría estar haciendo
el Rhizobium? ¿sistema mutuo de plantas? Los efectos de estos productos químicos en el
ecosistema podrían ser, de hecho, más tramados de lo que se pensaba. Se está haciendo más
investigación sobre la evolución de la comunicación química que se produce entre las plantas,
bacterias como Rhizobium y hongos para aprender sobre los sistemas complejos (Fox 2004).
SECUENCIA 4
gcggcgaaaa caggctggca tcggcttgcc gcagccgttc gcggtcgaac agaatgcgcc
ataccgcgac cttcggtacg cgccagcgct tcggtggcat cgaaagaaac catctatcga
gtctaacaac accatggctg taacgcccgc atcgctgtgt ttcgtgcgct tgtccgccct
gggcgatgtc acgcacgtgg tgccgctggt acggacgttg caggccgggt ttcctgaaac
ccaactgcat tgggtcatcg acaaggccgg gctgaaattg ctcgagggtc tgccctggtc
gtgcaattcc acgcctacga caaacgcagc ggggtggccg gcatgcgcgc actacgccgg
tcgctggcac cgctgggccg cttcgatgcc ttgctgcaga tgcaggtggc ctttcgggcc
aatgtgctgt cggccttcgt gccggcgcgg cgacgcatcg gctacgaccg cagccgctcc
aaggacctgc acggcctgtt cgtcaacgag cgcatcgccg atcgccccgg catccacgtg
ctcgacgtca tcggcagctt tgccgagccg ctgggcctgc gccagaccca ggtgcgctgg
gacctgccgg tgcccgacca ggcgcatgcc tgggcacgcg cgcaatggga cgacgatggc
cgccctgtac tgatgatctc gccctgctcc agccacccgc gtcgcaactg gtatcccgat
cgcctcgccg cgctggccga tcatgccgcc gcgcagggct ggcggatcgt

GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA

CONCIDENCIAS

Xanthomonas campestris DNA, complete cds

CARACTERISTICAS BACTERIA
Descripción y significado

Xanthomonas campestris es una varilla gramnegativa aeróbica conocida por causar la


pudrición negra en crucíferos al oscurecer los tejidos vasculares. Asociados al hospedador, más
de 20 patovares diferentes de X. campestris se han identificado por su patogenicidad distintiva
en una amplia gama de plantas, incluyendo cultivos y plantas silvestres. Esta bacteria es
mesofílica con una temperatura óptima de 25-30 grados Celsius (77-85 grados Fahrenheit) e
inactiva a temperaturas inferiores a 10 grados Celsius (50 grados Fahrenheit) [1]. X.
campestris tiene respuesta hipersensible y pilares de patogenicidad (Hrp) que ayudan a
transferir proteínas efectoras para disminuir la defensa del huésped y deslizarse a través del
agua [2, 3]. Pueden vivir en un suelo durante más de un año y propagarse a través de cualquier
movimiento de agua, incluida la lluvia, el riego y el agua superficial. Rociar plantas sanas con
fungicidas de cobre puede reducir la propagación de las bacterias en el campo [2]. Sin
embargo, una vez que la planta ha sido infectada, X. campestris eventualmente se propagará
al tallo de la semilla, inhibiendo el crecimiento de una descendencia saludable.

Por fermentación de cultivo puro, X. campestris puede producir un polisacárido extracelular


conocido como goma xantana que se fabrica comercialmente como un agente estabilizador
utilizado en muchos productos cotidianos, como el aderezo para ensaladas o la pasta de
dientes [4]. X. campestris es un organismo modelo para estudiar las interacciones entre
plantas y bacterias. Debido al déficit en los cultivos, se está realizando una investigación
adicional de esta bacteria con la esperanza de aprender cómo hacer que las plantas sean
resistentes a este patógeno.

Estructura del genoma

Las estructuras genómicas de X. campestris contienen variaciones dependiendo de los


patovares. Sin embargo, las diferentes cepas de X. campestris exhiben características similares
como los cromosomas circulares, los elementos genéticos móviles y las secuencias
codificadoras de proteínas [5]. En 2002, el genoma completo de X. campestris pv campestris
(Xcc) str. ATCC 33913 se completó con más de 5,076,188 nucleótidos que codifican para más
de 4200 proteínas codificantes y 61 ARN estructurales [6]. Con más de 548 secuencias de
codificación únicas, X. campestris pv. vesicatoria (Xcv) está compuesta por un cromosoma
circular de 5,17 Mb, cuatro plásmidos y un sistema esencial de secreción de proteínas de tipo
III para la patogenicidad [7]. Al utilizar la tecnología In Vivo Expression basada en Recominbase
para atacar el tomate, se ha encontrado que Xcv tiene 61 genes que están involucrados en la
interacción entre el patógeno y el huésped, incluido un transportador de virulencia necesario,
el gen homólogo de citH [8].

Estructura celular y metabolismo.

X. campestris es una bacteria gramnegativa con forma de bastón que se caracteriza por sus dos
paredes celulares y su pigmento amarillo. Tiene una estructura filamentosa llamada respuesta
hipersensible y patogenicidad (Hrp) pili que está unida al sistema de secreción de proteínas de
tipo III que implementa la capacidad de transferir proteínas bacterianas a la planta y también
la motilidad en el agua [9].

Esta bacteria aeróbica realiza una serie de vías metabólicas que dependen exclusivamente del
pathovar. La secuenciación del genoma completo de Xcv exhibe metabolismos de
carbohidratos que incluyen: glucólisis / gluconeogénesis, ciclo de citrato (ciclo TCA), vía de
fosfato de pentosa y más. Xcv obtiene su fuente de energía a través de la fosforilación
oxidativa, la fijación de carbono, el metano, el nitrógeno y el metabolismo del azufre [10].

X. campestris adquiere carbono del huésped convirtiéndolo en glucosa a través de la


gluconeogénesis. Otras investigaciones han demostrado que, en la
gluconeogénesis, Xcc contiene solo la ruta de la enzima málica-PpsA, que es esencial para la
virulencia [11]. Además, este patógeno vegetal contiene un sistema de secreción de tipo III
(TTSS) que es necesario para atacar al huésped [3]. TTSS es importante en la patogénesis
porque transfiere proteínas efectoras para disminuir la defensa del huésped. Al crear
biopelículas en las superficies de las plantas, X. campestris ejemplifica la comunicación célula-
célula a través del factor de señal difusible (DSF). [12].
Al poseer la capacidad de fermentar, X. campestris crea un polisacárido extracelular, el
xantano, que se produce comercialmente y se usa en una variedad de productos cotidianos
como agente estabilizador [4]. Ver Aplicación a Biotecnología para más detalles.

Ecología

X. campestris causa grandes pérdidas en la agricultura debido a su hábitat en las


plantas. Puede vivir en el suelo durante más de un año y propagarse a través de irrigación
elevada y agua superficial [2].Esta bacteria prospera particularmente durante climas húmedos
y cálidos con temperaturas óptimas de 25-30 grados Celsius (77-85 grados Fahrenheit) [1]. X.
campestris depende del agua para sobrevivir y moverse al siguiente huésped. Debido a la
contaminación durante las operaciones culturales, las plantas afectadas suelen aparecer en las
mismas filas cuando se cultivan [2]. Ver patología para más detalles.

Patología

Lesiones de manchas bacterianas en la fruta de bellpepper causadas por X. campestris


pv.vesicatoria (xcv). Cortesía de David Ritchie.

X. campestris puede ser detectado por las lesiones negras que se desarrollan en las superficies
de las plantas cuando están contaminadas. El patógeno primero interactúa con el huésped
mediante la secreción de una serie de proteínas efectoras que incluyen una reacción
hipersensible utilizando un sistema de secreción tipo III (TTSS) [3]. Estos efectores pueden
comportarse de forma avirulenta disfrazándose para secretar varias reacciones hipersensibles
y proteínas externas para que se produzca la interacción con las células huésped
[13]. Luego, X. campestris se dirige al tejido vascular causando oscurecimiento y clorosis
marginal de la hoja [1]. Las bacterias se filtran en la hoja hacia los estomas, los hidatodos y las
células epidérmicas que inician una nueva lesión [2]. La infección grave se produce en una
plántula joven. Dado que la enfermedad avanza a lo largo de la planta, el tallo principal no se
puede formar, retrasando el desarrollo y ennegreciendo las venas. Finalmente, las bacterias
proliferan en todo el sistema vascular y en el tallo de la semilla, lo que hace que la semilla se
infecte de enfermedades futuras [2].

Apareciendo más durante las estaciones húmedas, X. campestris posee pili que acomodan un
movimiento deslizante a través de hojas húmedas. Cubriendo un área afectada en numerosos
números, una vez que la planta está enferma, el patógeno se propagará en cualquier forma de
movimiento de agua, incluidas las salpicaduras de gotas de lluvia a un nuevo huésped [2].
Los factores de virulencia consisten en enzimas líticas que atacan la pared celular de la planta,
la excreción de proteasas, amilasas, celulasas y lipasas que ayudan a disminuir los mecanismos
de defensa de la planta [14]. Además, el grupo de genes Rpf también es crucial para la
patogénesis para que X. campestris modere la producción de estos factores virulentos [15].

Aplicación a la biotecnología.

X. campestris fermenta un agente estabilizador llamado goma xantana que se usa en muchos
productos cotidianos. Fue producido comercialmente por primera vez en Kelco Company, una
importante compañía farmacéutica. Este polisacárido es un ingrediente en productos como el
aderezo Kraft francés, el alimento Weight Watchers, los productos Wonder Bread y más [16]. A
partir de la fermentación de carbohidratos por X. campestris , la característica pseudoplástica
de la goma de xantano, fácilmente mezclada, permite su uso como espesante al aumentar la
viscosidad de un líquido [4]. Además, la goma xantana también prolonga los pozos de petróleo
y gas incluso después de la producción. Bombeado en el suelo o utilizando chorro de arena a
alta presión, mezclar agua y goma de xantano en los pozos ayudará a espesar el líquido para
liberar los productos de petróleo crudo y cortar rocas en los pozos de gas y petróleo. La goma
de xantano cuesta $ 7 por libra en comparación con la maicena por 89 centavos por libra [16].

La investigación actual

8.1 Control biológico con cepas de bacilo.

La secuenciación del genoma se realiza en busca de los genes esenciales necesarios para
desarrollar plantas resistentes. Se realizó un experimento utilizando cepas de Bacillus que
incluyen B. cereus, B. lentimorbus y B. pumilus como un rival para el patógeno Xcc en el
repollo. La evidencia ha mostrado cierta esperanza de control biológico cuando se agregó la
cepa de Bacillus en las raíces [17].

8.2 Red reguladora para la comunicación célula-célula.

Estudios recientes demuestran que X. campestris usa el factor de señal difusible (DSF) para la
comunicación célula-célula. Para que las microcolonias formen biopelículas estructuradas, se
requiere la síntesis de DSF a partir de la regulación del cluster del factor de patogenicidad
(Rpf). El grupo de Rpf contiene los genes necesarios para que se produzca la patogénesis. Sin la
señalización DSF crítica, Xcccreará una biopelícula no estructurada de bacterias. Se están
realizando más investigaciones para comprender cómo se supervisa la red reguladora [18].

8.3 Variación genética en crucíferos salvajes.

Los investigadores han encontrado diversidad genética en Xcc en crucíferas salvajes. Con las
plantas crucíferas silvestres más diversas y abundantes en el mundo, se realizaron estudios en
California para encontrar diferencias en las cepas genéticas en Xcc en malezas silvestres
infectadas. Tanto en áreas no cultivadas como en áreas cultivadas, Xcc se aisló de diferentes
regiones de California. Usando el polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP)
para identificar la variación genética en las cepas, se secuenciaron más de 72 cepas para
mostrar 7 genotipos únicos que se limitaron a sus sitios respectivos. Las malezas silvestres no
cultivadas cerca de la costa tenían cepas de Xcc que eran específicas de la región y diferentes
de las malezas que crecían cerca de las áreas de cultivo producidas.[19]
SECUENCIA 5
cctacgggag aaagtggggg atcttcggac ctcacgctat tagatgagcc taggtcggat
tagctagttg gtgaggtaat ggctcaccaa ggcgacgatg taactggtct gagaggatgc
atcacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg
gacaatgggc gaaagcctga tccagccatg ccgcgtgtgt gaagaaggtc ttcggattgt
aaagcacttt aagggaggaa gggcagttac ctaatacgtg

GRADO DE HOMOLOGIA

SECUENCIA
CONCIDENCIAS

Select seq KX385199.1 Pseudomonas fluorescens strain

CARACTERISTICAS BACTERIA
Descripción y significado

Las Pseudomonas fluorescens son bacterias gramnegativas en forma de bastoncillo que


habitan las superficies del suelo, las plantas y el agua. (2) La temperatura de crecimiento
óptima es entre 25-30 grados Celsius (10). La cepa Pf-5 reside en la rizosfera de la planta y
produce una variedad de metabolitos secundarios que incluyen antibióticos contra patógenos
de plantas transmitidos por el suelo. (4) Pseudomonas fluorescens PFO-1 se adapta bien al
suelo donde se aisló por primera vez en el suelo agrícola. (1 ) La cepa SBW25 de Pseudomonas
fluorescens crece en las hojas y raíces de las plantas donde pueden contribuir al crecimiento
de las plantas. Se producen pigmentos fluorescentes verdes y solubles cuando la
concentración de hierro es baja. La importancia de estos organismos ha aumentado debido a
su capacidad para degradar varios contaminantes y su uso como control biológico contra
patógenos. (2) La secuenciación del genoma proporcionó información adicional sobre su
interacción ambiental y sus capacidades metabólicas, que se pueden usar contra
enfermedades agrícolas. control (1). Pseudomonas fluorescens es interesante e importante de
estudiar porque produce un antibiótico particular (mupirocina) que ha demostrado ser eficaz
en el tratamiento de ciertos tipos de trastornos de la piel, las orejas y los ojos (10).

Estructura del genoma

Actualmente, dos cepas de Pseudomonas fluorescens tienen sus genomas secuenciados


completamente. El genoma de P. fluorescens Pf-5 contiene un cromosoma circular que tiene
7.1 Mbp y un contenido de GC del 63.3%. Contiene 87 ARNs y 6137 proteínas. El 5.7% de su
genoma contribuye al metabolismo secundario, que es el más grande de las pseudomonas.
(2,4) El genoma de Pseudomonas fluorescens PfO-1 tiene un cromosoma con 6.43841 Mbp y
60.5% de contenido de GC. Hay 95 ARN y 5736 proteínas. La secuenciación del genoma de P.
fluorescens SBW25 todavía está en curso. (2)

Estructura celular y metabolismo.

Pseudomonas fluorescens es una aerobia y es oxidasa positiva. Es incapaz de crecer bajo


condiciones anaeróbicas cuando se coloca en el frasco anaeróbico GasPak.

. Algunas cepas pueden usar NO3 en lugar de O2 como aceptador de electrones. Estos
microbios poseen múltiples flagelos polares para la motilidad. (1) Pseudomonas
fluorescens también usó sideróforos para satisfacer la necesidad de hierro. Esta bacteria
produce el sideróforo piroidina, que es responsable de quelar el hierro solo cuando las
concentraciones son bajas. Este sideróforo es responsable de la fluorescencia de Pseudoonas
fluoresecens . Esto explica por qué el pigmento fluorescente solo se produce cuando las
concentraciones de hierro son bajas. Cuando las concentraciones de hierro son altas, no se
necesita pyoverdine para que las colonias no tengan fluorescencia bajo la luz ultravioleta. La
cepa Pf-5 posee muchas enzimas hidrolíticas extracelulares que degradan los polímeros que se
encuentran en el suelo, así como las hidrolasas utilizadas en los carbohidratos derivados de las
plantas. También son capaces de degradar y usar componentes de tejidos vegetales tales como
moléculas de hidrocarburos, ácidos grasos y aceites. (4) Pseudomonas fluorescens produce
viscosina, que es un peptidolípido que mejora la antiviralidad. También utilizan un sistema de
transporte de sulfato que está inhibido competitivamente por el cromato, que puede estar
asociado a la sensibilidad de P. flurorescens al cromato. (3)

P. flurorescens puede producir ciertas enzimas, como lipasas y proteasas estables al calor, que
están involucradas en el deterioro de la leche (10).

Ecología

Las Pseudomonas fluorescens son especies comensales con plantas, lo que permite que las
plantas alcancen nutrientes clave, degraden los contaminantes y eliminen los patógenos a
través de la producción de antibióticos. Estos microbios producen metabolitos secundarios que
suprimen las enfermedades de las plantas y señalizan la expresión génica a las células vecinas
que habitan la rizosfera.Las pseudomonas también usan sideróforos de otros microorganismos
para obtener hierro, lo que aumenta su supervivencia en ambientes con escasez de hierro. Las
plantas proporcionan a estos organismos nutrientes y refugio contra ambientes
estresantes. (4)

Uno de los muchos subproductos de las células vegetales incluye el oxígeno activo, como el
superóxido, que son tóxicos para los microbios. Las bacterias de la rizosfera, como la P.
fluorescens, poseen superóxido dismutasas para convertir el superóxido en peróxido de
hidrógeno y las catalasas para convertir el peróxido en agua. La presencia de estas enzimas
contribuye a la tolerancia de Pseudomonas fluorescens al estrés oxidativo. (4)

Patología

A pesar de su naturaleza comensal, las Pseudomonas fluorescens no son patógenas y carecen


de factores de virulencia de otros patógenos de plantas. En Pseudomonas fluroescens Pf-5, las
enzimas que degradan las paredes celulares de las plantas y sus componentes, como celulasa,
pectinasa o pectina liasa, no están presentes. Sin embargo, es capaz de descomponer algunos
carbohidratos, ácidos grasos y aceites derivados de las plantas y puede hidrolizar las proteínas
causando el deterioro de la leche, la carne y el pescado. También se ha encontrado que es un
patógeno oportunista en peces inmunocomprometidos como Koi, que comúnmente se
mantienen en estanques de jardín en el patio trasero. Hay otras especies de pseudomonas que
son patógenos. Pseudomonas syringae es un patógeno para plantas que afecta la producción
de alimentos y biomasa. Las enfermedades incluyen manchas bacterianas en los tomates y las
hojas que resultan en el crecimiento atrofiado y la plaga de halo de los frijoles. Estos microbios
pueden propagarse por la lluvia y son patógenos transmitidos por las semillas (4,6)

Aunque Pseudomonas fluorescens típicamente tiene un bajo nivel de virulencia, en 1997


cuatro pacientes en el Hospital de la Universidad Nacional de Taiwán desarrollaron
bacteriemia por Pseudomonas fluorescens . Estos pacientes habían sido tratados en la sala de
quimioterapia y habían comenzado a mostrar síntomas como fiebres y escalofríos. Se aislaron
ocho cultivos de catéteres y de la sangre de los cuatro pacientes. Todos los aislamientos fueron
identificados como Pseudomonas fluorescens (11).

Las pseudomonas aeruginosa son patógenos humanos oportunistas que son una de las
principales causas de infecciones humanas. Estos microbios viven en ambientes diversos,
incluyendo suelos, pantanos y tejidos de plantas y animales, que muestran su versatilidad
nutricional. Su resistencia a los antibióticos los ha convertido en patógenos
peligrosos. Pseudomonas aeruginosa se ven comúnmente en los pulmones, especialmente en
aquellos con fibrosis quística. También están presentes en infecciones del tracto urinario,
víctimas de quemaduras y pacientes en respiradores con neumonía adquirida en el
hospital. (5)

Aplicación a la biotecnología.

Los estudios realizados sobre Pseudmonas fluorescens han demostrado el beneficio potencial
del microbio en la biorremediación contra varias cepas de patógenos de plantas. Los
resultados del experimento mostraron que a altas concentraciones, las cinco cepas
de Pseudomonas fluorescens probadas inhiben la producción de esporas por hongos
patógenos de plantas. Hongos como Alternaria cajani y Curvularia lunata crecen en las
superficies de las plantas causando enfermedades y la muerte de la planta. El tratamiento de
las plantas con Pseudomonas fluorescens puede evitar que estos hongos crezcan y se
propaguen a través de la producción de esporas. Pseudomonas fluorescens crece a una
temperatura óptima de 25 grados centígrados, pero también puede sobrevivir en
temperaturas tan bajas como 0 grados C. Por lo tanto, rara vez es patógeno en los humanos, lo
que lo convierte en un microbio eficaz para el tratamiento de cultivos, ya que no es capaz de
sobrevivir en el ser humano. cuerpo. Las especies de Pseudomonas son eficaces contra el
moho y causan enfermedades en productos como las manzanas y las peras. Este y otros
estudios de Pseudomonas fluorescens determinarán su efectividad y una alternativa a los
fungicidas químicos. (13)

La producción de metabolitos secundarios juega un papel importante en la supresión de


enfermedades de las plantas. Pseudomonas fluorescens Pf-5 produce antibióticos como
pirrolnitrina, piroluteorina y 2,4-diacetilfloroglucinol que inhiben el crecimiento de
fitopatógenos. Las enfermedades de Rhizoctonia solani y Pythium ultimum que afectan a las
plantas de algodón son inhibidas por esta cepa.Pseudomonas fluorescens produce cianuro de
hidrógeno y los sideróforos pyocheline y pyoverdine que utiliza para competir con muchas
bacterias patógenas para el hierro necesario para el crecimiento y suprimir los patógenos en la
rizosfera. La capacidad de degradación de las bacterias se ha aplicado a contaminantes como
el estireno, el TNT y los hidrocarburos aromáticos policíclicos. (4-6) Pseudomonas
fluorescens produce exopolisacáridos que se utilizan para la protección contra bacteriófagos o
deshidratación, así como para la defensa contra el sistema inmunitario del huésped. Los
polisacáridos se utilizan dentro de las industrias alimentarias, químicas y agrícolas. (3)

La investigación actual

Una ATPasa de tipo P1 que transporta cobre (CueA) en el genoma de Pseudomonas


fluorescens SBW25 se investigó por su importancia en la homeostasis del cobre y la
colonización de la planta. La transcripción de cueA fue inducida por iones de cobre, plata, oro y
mercurio utilizando una fusión de CueA-lacZ. También se creó un mutante de eliminación de
CueA no polar que redujo su tolerancia al cobre en dos veces en comparación con la cepa de
tipo salvaje para este experimento. Este mutante no mostró ningún cambio en su sensibilidad
a los iones de oro, plata y mercurio. Su capacidad competitiva se investigó al colocar la cepa
mutante en tres ambientes diferentes, que eran un medio M9 mínimo, la raíz de remolacha
azucarera ( Beta vularis ) y la raíz de guisante ( Pisum sativum ). El cambio no se observó en el
medio de laboratorio, pero se observó en las raíces. Esto mostró que CueA participó en la
homeostasis del cobre y contribuyó a la aptitud bacteriana. (7)

Se estudió el ácido 1-aminociclopropano-1-carboxílico (ACC) desaminasa de Pseudomonas


fluorescens contra el estrés salino en plantas de maní ( Arachis hypogea ) en condiciones in
vitro y de campo en las que se usaron cuatro rizobacterias promotoras del crecimiento de
plantas (PGPR). La cepa TDK1 estaba entre las cuatro y mostró la mayor mejora en el
crecimiento de las plantas de las plántulas de cacahuete en condiciones in vitro. El análisis
bioquímico y molecular (PCR) mostró que la cepa TDK1 tenía la mayor actividad de desaminasa
ACC, por lo que se aisló, clonó, secuenció y probó en suelos afectados con solución salina en
plantas de maní. Los resultados mostraron una mejora en el rendimiento incluso en presencia
de solución salina. Por lo tanto, la cepa TDK1 de Pseudomonas fluorescensque contenía
desaminasa ACC tuvo un mayor rendimiento al aumentar la resistencia salina. (8)

Usando un método de placa de agar universal de Chrome Azurol S (CAS), se aisló la cepa sp-f
de Pseudomonas florescens . Debido a su naturaleza de sobreproducción de sideróforos, se
realizaron experimentos para investigar la relación entre la producción de sideróforos y su
crecimiento. La producción de sideróforos alcanzó un pico durante la profase del crecimiento
logarítmico, luego se mantuvo estable durante la fase estacionaria. A partir del análisis RP-
HPLC, se mostraron tres tipos de sideróforos chatecholatos. Mientras que la excreción de
sideróforos de piroverdina no fluorescentes fue inducida por 200 micromol / L Fe2 + en el
medio, la excreción de piroidina fluorescente fue completamente reprimida. (9)

Pseudomonas fluorescens produce un antibiótico llamado mupirocina. Se realizó un estudio


con cuarenta y cinco niños que tenían heridas de quemadura infectadas con SARM. MRSA se
identificó en las quemaduras de los cuarenta y cinco niños antes de que comenzara el
tratamiento. Se aplicó una pomada tópica de mupirocina a las heridas por quemaduras dos
veces al día y durante un período de cinco días. Las heridas fueron valoradas diariamente. Al
final del estudio clínico, MRSA se eliminó en todas las 59 heridas. Este estudio muestra los
grandes beneficios de la mupirocina, especialmente contra MRSA que es extremadamente
resistente a una variedad de antibióticos (12).
Conclusiones

Esta practica nos permite conocer la identificación molecular de bacterias mediante el PCR, lo
cual nos abre la oportunidad de utilizar una base de datos para reconocer nuestros
microorganismos.

La técnica PCR es de gran utilidad para una gran variedad de campos, incluida la biología
molecular, genética, ciencias forenses, el diagnostico de enfermedades infecciosas, bacterias de
difícil cultivo.

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