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Presentado por:
LABORATORIO MICROBIOLOGIA I
AREQUIPA – PERÚ
2018
Contenido
BLAST ............................................................................................................................................. 3
Algoritmo del BLAST .................................................................................................................. 3
IDENTIFICACION BACTERIA 1 ........................................................................................................ 6
SECUENCIA 1 ............................................................................................................................. 6
GRADO DE HOMOLOGIA .......................................................................................................... 6
SECUENCIA ................................................................................................................................ 7
CONCIDENCIAS .......................................................................................................................... 7
CARACTERISTICAS BACTERIA ..................................................................................................... 7
SECUENCIA 2 ............................................................................................................................. 9
GRADO DE HOMOLOGIA .......................................................................................................... 9
SECUENCIA .............................................................................................................................. 10
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 10
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 10
SECUENCIA 3 ........................................................................................................................... 14
GRADO DE HOMOLOGIA ........................................................................................................ 14
SECUENCIA .............................................................................................................................. 14
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 15
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 15
SECUENCIA 4 ........................................................................................................................... 23
GRADO DE HOMOLOGIA ........................................................................................................ 23
SECUENCIA .............................................................................................................................. 24
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 24
Xanthomonas campestris DNA, complete cds....................................................................... 24
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 24
SECUENCIA 5 ........................................................................................................................... 28
GRADO DE HOMOLOGIA ........................................................................................................ 28
SECUENCIA .............................................................................................................................. 28
CONCIDENCIAS ........................................................................................................................ 29
CARACTERISTICAS BACTERIA ................................................................................................... 29
Conclusiones ........................................................................................................................... 33
BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de
secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar
una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query) contra una gran
cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos. El algoritmo encuentra las
secuencias de la base de datos que tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es
importante mencionar que BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede
garantizar que ha encontrado la solución correcta. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la
significación de sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados
que se obtienen.
Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por lo general,
cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla con otras secuencias
que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función. El BLAST es la
herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias
proteicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de
búsqueda.
BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU., por lo que
es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del Centro Nacional para
la Información Biotecnológica (NCBI). También está disponible para ser instalado localmente.
Algunas ventajas de usar el servidor del NCBI son que el usuario no tiene que mantener ni
actualizar las bases de datos y que la búsqueda se hace en un cluster de computadoras, lo que
otorga rapidez. Las desventajas son: no se permiten hacer búsquedas masivas dado que es un
recurso compartido, no se puede personalizar las bases de datos contra la que busca el
programa, y las secuencias son enviadas al servidor del NCBI sin ningún tipo de cifrado, lo que
puede ser un problema para quienes quieran mantener sus secuencias privadas. La aplicación
local de BLAST tiene la ventaja de que permite manejar varios parámetros que en las búsquedas
de NCBI están estandarizados, por lo que provee una mayor flexibilidad para los usuarios
avanzados.
BLAST usa una matriz de sustitución de aminoácidos o nucleótidos para calificar sus
alineamientos. Dicha matriz contiene la puntuación (también llamada score) que se le da al
alinear un nucleótido o un aminoácido X de la secuencia A con otro aminoácido Y de la secuencia
B. Las matrices más usadas para calificar alineamientos de proteínas son la BLOSUM y
la PAM (ambas fueron obtenidas midiendo la frecuencia de los aminoácidos en una gran
muestra de proteínas). También se permite al usuario definir su propia matriz. El tipo de matriz
usada es determinante para los resultados que se obtendrán, el uso de una matriz incorrecta
puede llevar a calificar erróneamente los alineamientos y por lo tanto obtener resultados
equivocados.
El algoritmo de BLAST tiene tres etapas principales: ensemillado, extensión y evaluación. A
continuación se describen brevemente cada una de ellas:
En esta etapa se buscan "palabras" pequeñas en las secuencias de la base de datos, que
corresponden a fragmentos de la secuencia problema. BLAST asume que los alineamientos
significativos deben contener estas palabras. Sólo se consideran significativas las palabras que
tengan una puntuación mayor a T (T es un parámetro que se pueda modificar al usar el
programa) y que se encuentren al menos a una distancia A de otra palabra. W es otro parámetro
usado por BLAST y se refiere al tamaño de las palabras a buscar. Ajustando los parámetros T, A
y W se puede escoger entre hacer un alineamiento sensible pero lento, o uno más rápido pero
con menor sensibilidad.
Una vez obtenidas las palabras que cumplen con los criterios dados, se pasa a la etapa de
extensión. En esta etapa el alineamiento se va extendiendo a ambos lados de las palabras. La
extensión realizada en este punto se realiza haciendo uso del algoritmo de Smith-Waterman.
BLAST va extendiendo el alineamiento hasta que la puntuación del alineamiento descienda X o
más puntos con respecto a la puntuación más alta obtenida anteriormente. Aquí reside el factor
heurístico del BLAST, ya que al imponer el límite X, evita extender a lo largo de toda la secuencia
todos los alineamientos (proceso que llevaría demasiado tiempo). El peligro que esto conlleva
es que el programa se puede quedar atorado en un máximo local. Es por ello que la definición
de X es determinante para el resultado.
Una vez terminada la extensión de todas las palabras, cada uno de los alineamientos realizados
es evaluado para determinar su significación estadística. Para ello, el programa elimina los
alineamientos inconsistentes (alineamientos que junten la misma parte de la secuencia
problema con distintas partes de una secuencia en la base de datos). Los alineamientos
resultantes son llamados pares de alta puntuación (High Score Pairs o HSPs, por sus siglas en
inglés). Una vez realizado esto, se calcula la puntuación final de los alineamientos resultantes y
se determina su significación tomando en cuenta la probabilidad que tiene dicho alineamiento
de haber sido obtenido por azar de acuerdo al tamaño de la base de datos. Al final se reportan
sólo los alineamientos que hayan obtenido una probabilidad menor a E. El parámetro E es
conocido como e-valor (e-value) de corte, y nos permite definir qué alineamientos queremos
obtener de acuerdo a su significación estadística. Cuanto menor sea el valor de E, más
significativo es un alineamiento.
Blastn
Es de los más comúnmente usados. Compara una secuencia de nucleótidos contra una base de
datos que contenga también secuencias nucleotídicas.
Blastp
Es el otro tipo de BLAST más usado. Es un BLAST "con huecos" (o gaps) que compara una
secuencia de aminoácidos contra una base de datos del mismo tipo. Usualmente usa la matriz
de sustitución BLOSUM o PAM para realizar los alineamientos, aunque puede usar una matriz
definida por el usuario.
BlastX
Este programa usa como entrada una secuencia de nucléotidos. Traduce la secuencia en sus seis
posibles marcos de lectura (tres marcos de lecturas por hebra) y compara estas secuencias
traducidas contra una base de datos de proteínas. Se usa cuando se tiene sospecha de que la
secuencia de entrada codifica para una proteína pero no se sabe exactamente cuál es su
producto.
TBlastn
Compara una secuencia proteica con una base de datos de nucléotidos. Para realizar esto
traduce todas las secuencias de nucleótidos en sus seis marcos de lectura. Se usa cuando se
tiene una proteína, y el análisis con Blastp no ha sido exitoso. Se debe tener cuidado con los
resultados de este Blast, porque una buena cantidad de las secuencias traducidas no son
proteínas que existan en la naturaleza.
TBlastX
Tblastx compara las traducciones de seis cuadros de una secuencia de consulta de nucleótidos
contra las traducciones de seis cuadros de una base de datos de secuencias de nucleótidos.
Bl2seq
Bl2seq (BLAST 2 Secuencias) permite la búsqueda BLAST de una secuencia en contra de otra
secuencia, sin tener que ejecutar formatdb para crear una base de datos BLAST de la secuencia
que ha de ser contrastada. Bl2seq es uno de los programas distribuidos junto con el antiguo
programa blastall por el NCBI. El NCBI recomienda que las personas comienzan a usar los
programas del paquete blast+ en su lugar.
IDENTIFICACION BACTERIA 1
SECUENCIA 1
actgggcgta aagggtgcgt aggcgggtct ttaagtcaga ggtgaaatcc tggagctcaa
ctccagaact gcctttgata ctgaggatct tgagttcggg agaggtgagt ggaactgcga
gtgtagaggt gaaattcgta gatattcgca agaacaccag tggcgaaggc ggctcactgg
cccgatactg acgctgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga gtagtc
GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA
CONCIDENCIAS
Nitrobacter vulgaris gene for 16S ribosomal RNA, partial sequence, strain: Z
CARACTERISTICAS BACTERIA
Las nitrobacterias puede ser o bien en forma de varilla, en forma de pera o pleomórficas.
Las células normalmente se reproducen por gemación (Holt & Hendricks, 1993). Algunos
oxidos de carbono que ayudan a la fijación del carbono se encuentran en las células
cultivadas litoautotrófica y mixotróficamente. Otras inclusiones de reserva de energía
son los gránulos de PHB (β-poli-hidroxibutiratos) y polifosfatos. En presencia tanto de
nitrito como de sustancias orgánicas, las células pueden mostrar un crecimiento bifásico,
primero utilizando el nitrito y después de una fase temporal, provocando la oxidación
de la materia orgánica. El crecimiento quimioorganotrófico es lento y desequilibrado de
manera que se observan más gránulos de β-poli-hidroxibutirato que distorsionan la
forma y tamaño de las células.
Las nitrobacterias se manejan bien con un pH óptimo entre 7,3 y 7,5, y morirán con
temperaturas superiores a los 49°C) o por debajo de los 0°C.1
SECUENCIA 2
GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA
CONCIDENCIAS
CARACTERISTICAS BACTERIA
Rhizobium . Son microorganismos capaces de inducir la formación de nódulos fijadores de nitrógeno
atmosférico en las raíces de las plantas de la familia leguminosae (y en sólo otra no leguminosa,
parasponia). algunos rizobios también son capaces de inducir nódulos en el tallo de leguminosas
(sesbania, aeschynomene).
Características
Las bacterias Rhizobium son organismos de vida libre que habitan en la rizosfera y se alimenta de los
restos de organismos muertos. Estas contienen un plásmido que codifica información que es vital para la
infección y la nodulación de la planta hospedadora correspondiente. Son bacilos móviles, Gram-
negativos, con dos capas de pared celular (la primera capa esta hecha por carbohidratos y proteínas, y la
segunda capa por lípidos y carbohidratos), procariotas, aerobios (necesita oxígeno para crecer), móviles
(al hacerse el test de motilidad, el agar se vuelve amarillo y no de su color original –morado-), beta
(digiere la hemoglobina), crece casi en cualquier temperatura, pero su desarrollo es más óptimo a una
temperatura de 25 °C (77 °F), sus dimensiones son de 0.5-0.9 x 1.2-3.0 µm, y cuenta con flagelos.
Historia
La fijación biológica de nitrógeno es conocida desde hace ya mucho tiempo. Mucho antes de conocer
esta relación simbiótica Rhizobium-leguminosa y sus beneficios, se hacía uso de las leguminosas para
mejorar la fertilidad de los terrenos para futuros cultivos a través de técnicas cómo "Barbecho " o de
cultivo rotatorio conocido con el nombre de "abono verde". Jean-Baptiste Boussingault, un reconocido
químico francés, dio los primeros indicios acerca de la incorporación de nitrógeno por parte de los
tréboles y las judías. Pero fueron Hellriegel y Wilfarth (1886-1888) quienes establecieron la relación
entre los nódulos de las leguminosas y la fijación de nitrógeno. [1] Por otro lado, Beijerinck, uno de los
más grandes microbiologos, fue el primero en aislar y cultivar un microorganismo de los nódulos de
legumbres en 1888. Él lo llamó el Bacillus radicicola (Bacilo radicícola), que ahora es colocado en el
Manual de Bergey de Bacteriología Determinativa bajo el género Rhizobium.
Características
Las bacterias Rhizobium son organismos de vida libre que habitan en la rizosfera y se alimenta de los
restos de organismos muertos. Estas contienen un plásmido que codifica información que es vital para la
infección y la nodulación de la planta hospedadora correspondiente. Son bacilos móviles, Gram-
negativos, con dos capas de pared celular (la primera capa esta hecha por carbohidratos y proteínas, y la
segunda capa por lípidos y carbohidratos), procariotas, aerobios (necesita oxígeno para crecer), móviles
(al hacerse el test de motilidad, el agar se vuelve amarillo y no de su color original –morado-), beta
(digiere la hemoglobina), crece casi en cualquier temperatura, pero su desarrollo es más óptimo a una
temperatura de 25 °C (77 °F), sus dimensiones son de 0.5-0.9 x 1.2-3.0 µm, y cuenta con flagelos.
GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA
CONCIDENCIAS
CARACTERISTICAS BACTERIA
Clasificación
Especies:
Descripción y significado
El genoma de Rhizobium sp. NGR234 tiene una estructura genómica muy parecida
a Agrobacterium tumefaciens , que viene en tres partes. Sin embargo, mientras
que Agrobacterium tumefaciens tiene un cromosoma circular, un cromosoma lineal y un
megaplasmid, Rhizobium sp. NGR234 tiene un cromosoma de 3,5 Mb de longitud, un
megaplasmid de más de 2 Mb (pNGR234 b ) y un plásmido más pequeño de 536,165 pb de
longitud (pNGR234 a ) que transporta la mayoría de los genes utilizados para simbiosis con
leguminosas. El contenido promedio de GC de todo el genoma es de aproximadamente 61.2%
en moles. La mayoría de las secuencias de codificación asumidas en el Rhizobium
sp. El genoma de NGR234 puede "distribuirse en clases funcionales similares a las de Bacillus
subtilis , [sin embargo,] las funciones relacionadas con los elementos transponibles son más
abundantes en NGR234" (Viprey et al. 2000). La secuenciación del genoma de Rhizobium
etli y Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 están actualmente en curso, pero R.
Leguminosarum bv. Se sabe que las vicias son de 7,751,309 pb y el contenido promedio de G +
C es 60.86%.
Azorhizobium no ha sido secuenciado genéticamente, pero se sabe que lleva a cabo procesos
similares a otros rizobios.
Nódulos de Rhizobium en las raíces de una planta de soja. Del Servicio de Conservación de
Recursos Naturales del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos.
Sin embargo, la fijación de nitrógeno es un proceso costoso de energía que requiere hasta un
22% de las plantas netas en fotosintato. Además, al menos el 25% del flujo de electrones a
través de la nitrogenasa se destina a reducir los protones en gas hidrógeno. Este proceso de
producción de hidrógeno dependiente de la nitrogenasa es un factor importante en la
eficiencia de la fijación de nitrógeno simbiótico. Para tener un uso más eficiente de la energía,
algunas cepas de Rhizobium y muchas de Bradyrhizobium reciclan el hidrógeno producido por
la nitrogenasa en bacteroides de nódulos que tienen un sistema de captación de hidrógeno
(Hup). Sin embargo, Sinorhizobium meliloti , M. ciceri, y r . leguminosarum por. Las cepas viciae
UML2 tienen una expresión pobre del sistema hup (Palacios et al. 2000).
Ecología
Fotografía de hilos de infección en una raíz de pelo. En A, las flechas apuntan a la punta del
hilo de infección y al núcleo con una columna de citoplasma entre ellas;en B, el hilo de
infección terminado así como la punta del hilo son fácilmente perceptibles. De Daniel J. Gage
Rhizobia se puede encontrar en las raíces, o rizosfera, de otros tipos de plantas donde causan
la formación de nódulos. Por ejemplo, Bradyrhizobium japonicum se aisló por primera vez de
un nódulo de soja en Florida en 1957. Rhizobium sp. NGR234 tiene un rango de hospedantes
de más de 112 géneros de leguminosas (Viprey et al. 2000). Estas relaciones simbióticas
ocurren cuando los rizobios penetran en sus hospedadores con hilos de infección de desarrollo
centrípeto. La bacteria induce un meristema en la corteza de las raíces de las plantas donde se
desarrollan los nódulos. Mientras tanto, los hilos de infección se abren paso en las células
nodulares y liberan rizobios en el citoplasma de las células infectadas. Los rizobios, que actúan
como simbiosomas, se agrandan y diferencian en bacteroides fijadores de nitrógeno, que
tienen bajos niveles de oxígeno libre. El desarrollo simbiótico proviene de un intercambio de
señales químicas entre la planta y las bacterias. Una de las primeras señales en este
intercambio continuo se llama flavonoides y son liberadas por las raíces de las leguminosas. En
realidad, activan la expresión de los genes de nodulación ( nod , noe y nol ) al interactuar con
los reguladores rizobiales de la familia NodD. La mayoría de estos genes de nodulaciones
ayudan a la síntesis y segregan una familia de moléculas de lipocito-oligosacáridos que ayudan
a las bacterias a entrar en los pelos de la raíz (Viprey et al. 2000).
Nodulacion
Las etapas en las que se forman los nódulos se han nombrado y descrito para explicar mejor el
complejo sistema de interacción de Rhizobium con las plantas de leguminosas (visite el sitio de
la Universidad Hebrea de Jerusalén para obtener información detallada sobre las etapas de la
nodulación y un artículo sobre la infección por rizobios). e invasión de raíces por Daniel J.
Gage).
hab y
Ramificación del pelo de la raíz y rizado de la raíz
hac
Un diagrama de nodulación. C) Una célula epidérmica con un núcleo a través del cual se
formará un nuevo cabello de raíz y dos células corticales externas debajo de él. D) Las células
epidérmicas inician el crecimiento del vello radicular. E) Una unión de las células rizobiales a un
cabello de la raíz que activa las células corticales en respuesta al factor Nod (genes de
nodulatina). F) Crecimiento continuo del vello radicular. G) Rizo del pelo de la raíz debido al
factor Nod. Las células corticales se polarizan y los puentes citoplasmáticos se han formado y
están representados por el color gris. H) Se inician los hilos de infección. I) El hilo de la
infección comienza a crecer hacia abajo del pelo de la raíz. El núcleo se mueve a través del pelo
de la raíz en la parte delantera del hilo. J) El hilo de la infección se fusiona con la pared celular
epidérmica y el rizobio crece en el espacio intracelular entre la célula epidérmica y la célula
cortical. K) Crecimiento continuo del hilo de infección y la célula cortical externa. L) Vista
ampliada del cabello de la raíz en I. El rizo se desenrolla y muestra que las bacterias en el hilo
de la infección están fuera del cabello de la raíz. La pared celular de la planta es una línea
negra y la membrana de la célula vegetal es una línea discontinua. Los microtúbulos se pueden
encontrar entre el núcleo y la punta de la rosca de infección (azul). De Daniel J. Gage
Fijación de nitrogeno
Flujo de NH 4 + y asimilación dentro de las células invadidas con rizobios.El NH 3 producido por
la nitrogenasa a partir de las bacterias se difunde a través de la membrana BT (BM) y se
convierte en NH 4 + . El NH 4 + no puede ser asimilado a glutamato (GLT) y glutamina (GLN) a
través de la glutamina sintetasa (GS) y, por lo tanto, es secretado muy probablemente por un
mecanismo activo (EXCR) en el espacio peribacteroide (PBS) donde una ATPasa en la
membrana simbiosoma Los protones de bombeo (SM) mantienen una alta proporción de
NH 4 + / NH 3 , y un sistema de transporte para la absorción de NH 4+ (AMT) mueve el NH 4 + al
citoplasma de la planta donde se asimila. De Patriarca et al. Lea el artículo completo para
obtener más información sobre el metabolismo bacteriano del NH 4 + en la simbiosis
de Rhizobium -plant.
Disrupcion quimica
GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA
CONCIDENCIAS
CARACTERISTICAS BACTERIA
Descripción y significado
X. campestris es una bacteria gramnegativa con forma de bastón que se caracteriza por sus dos
paredes celulares y su pigmento amarillo. Tiene una estructura filamentosa llamada respuesta
hipersensible y patogenicidad (Hrp) pili que está unida al sistema de secreción de proteínas de
tipo III que implementa la capacidad de transferir proteínas bacterianas a la planta y también
la motilidad en el agua [9].
Esta bacteria aeróbica realiza una serie de vías metabólicas que dependen exclusivamente del
pathovar. La secuenciación del genoma completo de Xcv exhibe metabolismos de
carbohidratos que incluyen: glucólisis / gluconeogénesis, ciclo de citrato (ciclo TCA), vía de
fosfato de pentosa y más. Xcv obtiene su fuente de energía a través de la fosforilación
oxidativa, la fijación de carbono, el metano, el nitrógeno y el metabolismo del azufre [10].
Ecología
Patología
X. campestris puede ser detectado por las lesiones negras que se desarrollan en las superficies
de las plantas cuando están contaminadas. El patógeno primero interactúa con el huésped
mediante la secreción de una serie de proteínas efectoras que incluyen una reacción
hipersensible utilizando un sistema de secreción tipo III (TTSS) [3]. Estos efectores pueden
comportarse de forma avirulenta disfrazándose para secretar varias reacciones hipersensibles
y proteínas externas para que se produzca la interacción con las células huésped
[13]. Luego, X. campestris se dirige al tejido vascular causando oscurecimiento y clorosis
marginal de la hoja [1]. Las bacterias se filtran en la hoja hacia los estomas, los hidatodos y las
células epidérmicas que inician una nueva lesión [2]. La infección grave se produce en una
plántula joven. Dado que la enfermedad avanza a lo largo de la planta, el tallo principal no se
puede formar, retrasando el desarrollo y ennegreciendo las venas. Finalmente, las bacterias
proliferan en todo el sistema vascular y en el tallo de la semilla, lo que hace que la semilla se
infecte de enfermedades futuras [2].
Apareciendo más durante las estaciones húmedas, X. campestris posee pili que acomodan un
movimiento deslizante a través de hojas húmedas. Cubriendo un área afectada en numerosos
números, una vez que la planta está enferma, el patógeno se propagará en cualquier forma de
movimiento de agua, incluidas las salpicaduras de gotas de lluvia a un nuevo huésped [2].
Los factores de virulencia consisten en enzimas líticas que atacan la pared celular de la planta,
la excreción de proteasas, amilasas, celulasas y lipasas que ayudan a disminuir los mecanismos
de defensa de la planta [14]. Además, el grupo de genes Rpf también es crucial para la
patogénesis para que X. campestris modere la producción de estos factores virulentos [15].
Aplicación a la biotecnología.
X. campestris fermenta un agente estabilizador llamado goma xantana que se usa en muchos
productos cotidianos. Fue producido comercialmente por primera vez en Kelco Company, una
importante compañía farmacéutica. Este polisacárido es un ingrediente en productos como el
aderezo Kraft francés, el alimento Weight Watchers, los productos Wonder Bread y más [16]. A
partir de la fermentación de carbohidratos por X. campestris , la característica pseudoplástica
de la goma de xantano, fácilmente mezclada, permite su uso como espesante al aumentar la
viscosidad de un líquido [4]. Además, la goma xantana también prolonga los pozos de petróleo
y gas incluso después de la producción. Bombeado en el suelo o utilizando chorro de arena a
alta presión, mezclar agua y goma de xantano en los pozos ayudará a espesar el líquido para
liberar los productos de petróleo crudo y cortar rocas en los pozos de gas y petróleo. La goma
de xantano cuesta $ 7 por libra en comparación con la maicena por 89 centavos por libra [16].
La investigación actual
La secuenciación del genoma se realiza en busca de los genes esenciales necesarios para
desarrollar plantas resistentes. Se realizó un experimento utilizando cepas de Bacillus que
incluyen B. cereus, B. lentimorbus y B. pumilus como un rival para el patógeno Xcc en el
repollo. La evidencia ha mostrado cierta esperanza de control biológico cuando se agregó la
cepa de Bacillus en las raíces [17].
Estudios recientes demuestran que X. campestris usa el factor de señal difusible (DSF) para la
comunicación célula-célula. Para que las microcolonias formen biopelículas estructuradas, se
requiere la síntesis de DSF a partir de la regulación del cluster del factor de patogenicidad
(Rpf). El grupo de Rpf contiene los genes necesarios para que se produzca la patogénesis. Sin la
señalización DSF crítica, Xcccreará una biopelícula no estructurada de bacterias. Se están
realizando más investigaciones para comprender cómo se supervisa la red reguladora [18].
Los investigadores han encontrado diversidad genética en Xcc en crucíferas salvajes. Con las
plantas crucíferas silvestres más diversas y abundantes en el mundo, se realizaron estudios en
California para encontrar diferencias en las cepas genéticas en Xcc en malezas silvestres
infectadas. Tanto en áreas no cultivadas como en áreas cultivadas, Xcc se aisló de diferentes
regiones de California. Usando el polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP)
para identificar la variación genética en las cepas, se secuenciaron más de 72 cepas para
mostrar 7 genotipos únicos que se limitaron a sus sitios respectivos. Las malezas silvestres no
cultivadas cerca de la costa tenían cepas de Xcc que eran específicas de la región y diferentes
de las malezas que crecían cerca de las áreas de cultivo producidas.[19]
SECUENCIA 5
cctacgggag aaagtggggg atcttcggac ctcacgctat tagatgagcc taggtcggat
tagctagttg gtgaggtaat ggctcaccaa ggcgacgatg taactggtct gagaggatgc
atcacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg
gacaatgggc gaaagcctga tccagccatg ccgcgtgtgt gaagaaggtc ttcggattgt
aaagcacttt aagggaggaa gggcagttac ctaatacgtg
GRADO DE HOMOLOGIA
SECUENCIA
CONCIDENCIAS
CARACTERISTICAS BACTERIA
Descripción y significado
. Algunas cepas pueden usar NO3 en lugar de O2 como aceptador de electrones. Estos
microbios poseen múltiples flagelos polares para la motilidad. (1) Pseudomonas
fluorescens también usó sideróforos para satisfacer la necesidad de hierro. Esta bacteria
produce el sideróforo piroidina, que es responsable de quelar el hierro solo cuando las
concentraciones son bajas. Este sideróforo es responsable de la fluorescencia de Pseudoonas
fluoresecens . Esto explica por qué el pigmento fluorescente solo se produce cuando las
concentraciones de hierro son bajas. Cuando las concentraciones de hierro son altas, no se
necesita pyoverdine para que las colonias no tengan fluorescencia bajo la luz ultravioleta. La
cepa Pf-5 posee muchas enzimas hidrolíticas extracelulares que degradan los polímeros que se
encuentran en el suelo, así como las hidrolasas utilizadas en los carbohidratos derivados de las
plantas. También son capaces de degradar y usar componentes de tejidos vegetales tales como
moléculas de hidrocarburos, ácidos grasos y aceites. (4) Pseudomonas fluorescens produce
viscosina, que es un peptidolípido que mejora la antiviralidad. También utilizan un sistema de
transporte de sulfato que está inhibido competitivamente por el cromato, que puede estar
asociado a la sensibilidad de P. flurorescens al cromato. (3)
P. flurorescens puede producir ciertas enzimas, como lipasas y proteasas estables al calor, que
están involucradas en el deterioro de la leche (10).
Ecología
Las Pseudomonas fluorescens son especies comensales con plantas, lo que permite que las
plantas alcancen nutrientes clave, degraden los contaminantes y eliminen los patógenos a
través de la producción de antibióticos. Estos microbios producen metabolitos secundarios que
suprimen las enfermedades de las plantas y señalizan la expresión génica a las células vecinas
que habitan la rizosfera.Las pseudomonas también usan sideróforos de otros microorganismos
para obtener hierro, lo que aumenta su supervivencia en ambientes con escasez de hierro. Las
plantas proporcionan a estos organismos nutrientes y refugio contra ambientes
estresantes. (4)
Uno de los muchos subproductos de las células vegetales incluye el oxígeno activo, como el
superóxido, que son tóxicos para los microbios. Las bacterias de la rizosfera, como la P.
fluorescens, poseen superóxido dismutasas para convertir el superóxido en peróxido de
hidrógeno y las catalasas para convertir el peróxido en agua. La presencia de estas enzimas
contribuye a la tolerancia de Pseudomonas fluorescens al estrés oxidativo. (4)
Patología
Las pseudomonas aeruginosa son patógenos humanos oportunistas que son una de las
principales causas de infecciones humanas. Estos microbios viven en ambientes diversos,
incluyendo suelos, pantanos y tejidos de plantas y animales, que muestran su versatilidad
nutricional. Su resistencia a los antibióticos los ha convertido en patógenos
peligrosos. Pseudomonas aeruginosa se ven comúnmente en los pulmones, especialmente en
aquellos con fibrosis quística. También están presentes en infecciones del tracto urinario,
víctimas de quemaduras y pacientes en respiradores con neumonía adquirida en el
hospital. (5)
Aplicación a la biotecnología.
Los estudios realizados sobre Pseudmonas fluorescens han demostrado el beneficio potencial
del microbio en la biorremediación contra varias cepas de patógenos de plantas. Los
resultados del experimento mostraron que a altas concentraciones, las cinco cepas
de Pseudomonas fluorescens probadas inhiben la producción de esporas por hongos
patógenos de plantas. Hongos como Alternaria cajani y Curvularia lunata crecen en las
superficies de las plantas causando enfermedades y la muerte de la planta. El tratamiento de
las plantas con Pseudomonas fluorescens puede evitar que estos hongos crezcan y se
propaguen a través de la producción de esporas. Pseudomonas fluorescens crece a una
temperatura óptima de 25 grados centígrados, pero también puede sobrevivir en
temperaturas tan bajas como 0 grados C. Por lo tanto, rara vez es patógeno en los humanos, lo
que lo convierte en un microbio eficaz para el tratamiento de cultivos, ya que no es capaz de
sobrevivir en el ser humano. cuerpo. Las especies de Pseudomonas son eficaces contra el
moho y causan enfermedades en productos como las manzanas y las peras. Este y otros
estudios de Pseudomonas fluorescens determinarán su efectividad y una alternativa a los
fungicidas químicos. (13)
La investigación actual
Usando un método de placa de agar universal de Chrome Azurol S (CAS), se aisló la cepa sp-f
de Pseudomonas florescens . Debido a su naturaleza de sobreproducción de sideróforos, se
realizaron experimentos para investigar la relación entre la producción de sideróforos y su
crecimiento. La producción de sideróforos alcanzó un pico durante la profase del crecimiento
logarítmico, luego se mantuvo estable durante la fase estacionaria. A partir del análisis RP-
HPLC, se mostraron tres tipos de sideróforos chatecholatos. Mientras que la excreción de
sideróforos de piroverdina no fluorescentes fue inducida por 200 micromol / L Fe2 + en el
medio, la excreción de piroidina fluorescente fue completamente reprimida. (9)
Esta practica nos permite conocer la identificación molecular de bacterias mediante el PCR, lo
cual nos abre la oportunidad de utilizar una base de datos para reconocer nuestros
microorganismos.
La técnica PCR es de gran utilidad para una gran variedad de campos, incluida la biología
molecular, genética, ciencias forenses, el diagnostico de enfermedades infecciosas, bacterias de
difícil cultivo.