JURNAL ke-2 ( ABSTRAK & MATERIAL ) Antimicrobial Effectiveness of Herbal and 0.

2%
Chlorhexidine Mouthrinse against Streptococcus mutans: An In-vitro Study
Latar belakang : Mikroorganisme yang ada pada rongga mulut dianggap sebagai suatu
masalah kesehatan yang serius dan terkadang bisa mengeluarkan biaya perawatan yang cukup
mahal. Obat kumur telah digunakan selama berabad-abad dengan tujuan mengurangi jumlah
mikroorganisme di dalam rongga mulut. Obat kumur digunakan sebagai tambahan untuk
kebersihan mulut mekanik. Terapi obat kumur sering digunakan sebagai saran terapi tambahan
untuk control plak serta untuk menjaga kesehatan gingiva dan jaringan periodontal. Kontrol
mekanis sendiri untuk mengurangi biofilm yang tidak terkontrol dalam rongga mulut karena
dianggap agak memakan waktu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi kegunaan
antimikroba dari herbal dan obat kumur 0,2% chlorhexidine gluconate terhadap Streptococcus
mutans.
Bahan dan metode : Efektivitas antimikroba (zona penghambatan) obat kumur herbal
dan obat kumur klorheksidin 0,2% ditentukan dengan metode difusi agar-agar
Hasil : Zona penghambatan S. mutans adalah 19 mm untuk obat kumur chlorhexidine
0,2%. Obat kumur arowash cair menunjukkan bahwa S. mutans tidak menghasilkan zona
penghambatan.
Kesimpulan : bila dibandingkan dengan obat kumur herbal, obat kumur Chlorhexidine
(0,2%) memiliki khasiat antimikroba yang lebih baik terhadap S. mutans (cairan arowash).

BAHAN dan METODE Jurnal ke-2

Jenis penelitian
Sebuah studi uji coba in vitro pada analisis mikrobiologis obat kumur herbal dan obat
kumur chlorhexidine glukonat 0,2% terhadap S. mutans.
Bahan yang di uji coba
- Kontrol obat kumur : Obat kumur Hexidine (ICPA Health Products Ltd.)
- Ujicoba obat kumur : Cairan obat kumur Arowash (Cadila Pharmaceuticals Ltd.).
Organisme yang di uji coba
S. mutans (ATCC 25175).
Tinjauan bahan
Sebelum memulai penelitian , penelitian diajukan untuk meminta persetujuan dan izin
yang diperoleh dari Dewan Peninjau Ilmiah, Universitas Saveetha, Chennai.
Persetujuan dari otoritas
Penelitian ini dilakukan di Departemen Mikrobiologi, Perguruan Tinggi dan Rumah Sakit
Medis Sri Muthukumaran, Chennai. Izin untuk melakukan penelitian diperoleh dari Dekan dan
Kepala Departemen (Mikrobiologi) dari perguruan tinggi.
Penjadwalan
Penelitian ini dijadwalkan untuk periode 1 bulan kedepan terhitung dari tanggal 1 Mei
2013 hingga 31 Mei 2013.
Prosedur untuk aktivitas antimikroba dengan zona penghambatan (metode difusi dengan
agar)
Untuk setiap organisme yang akan diuji, 0,5 inokulum turbiditas McFarland yang
disesuaikan dan diolah dalam bentuk infus jantung dan otak
↓
Dengan menggunakan kapas yang steril, agar rumput inoculum diolah dengan
menggunakan cairan darah untuk S.mutans, agar Mueller-Hinton Staphylococcus aureus serta
Enterococcus faecalis, dan agar sabouraud dextrose untuk Candida albicans.
↓
Dengan bantuan pipet Pasteur steril ( bagian ujung tumpul ), 2 lubang dengan diameter 8
mm dibuat di media (satu di setiap setengah) dan 80 μl larutan kontrol dan larutan uji tuangkan
pada masing-masing lubang.
↓
Cawan petri diinkubasi pada suhu 37 ° C selama 24 jam untuk menimbulkan
mikroorganisme.
↓
Diameter pada zona penghambat baik dari larutan uji maupun larutan kontrol diukur
dalam satuan mm.
JURNAL ke-3 ( ABSTRAK & MATERIAL ) Anti-inflammatory and Anti-oxidative Effects of
Flavonoids-rich Extract of Cymbopogon citratus in Sodium Nitrite (NaNO2) Induced Oxidative
Stress in Wistar Rats

Tujuan : Paparan lingkungan terhadap agen-agen penghasil radikal dari makanan, obat-
obatan, serta kosmetik merupakan perhatian utama pada penyakit yang terkait dengan tekanan
oksidatif menggunakan produk alami. Penelitian ini menyelidiki efek dari ekstrak Cymbopogon
citratus yang kaya akan kandungan flavonoid terhadap penanda oksidatif dan inflamasi pada
tikus yang terpapar natrium nitrit.
Pola penelitian : Dua puluh empat tikus jantan Wistar dengan berat 175 g yang
digunakan dalam penelitian ini dirawat selama satu minggu, kemudian dipilih secara acak dan
digabung menjadi empat kelompok, A-D. Grup A (Kontrol), Grup B (hanya Natrium nitrit, 80
mg / kg.bw), Grup C (ekstrak diperlakukan pada 100 mg / kg.bw. dan dengan natrium nitrit, 80
mg / kg.bw) dan Grup D (hanya ekstrak, 100 mg / kg.bw).
Metodologi : Konsentrasi protein total (TP) serum dan hati, kadar Malondialdehyde
(MDA) dan Reduced glutathione (GSH), aktivitas Catalase (CAT) dan Superoksida dismutase
(SOD), jumlah sel darah putih (WBC), protein C-Reactive (CRP) dan Tumor necrosis factor
alpha (TNFα), ditentukan dengan menggunakan metode standar internasional.
Hasil : Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara signifikan Sodium nitrit (P = .05)
menurunkan konsentrasi total protein hati, kadar GSH, aktivitas CAT dan SOD dengan
peningkatan protein total serum, jumlah WBC, TNF-α, CRP dan MDA yang signifikan. Namun,
ekstrak saja (kelompok D) menimbulkan peningkatan yang signifikan (P = 0,05) dalam protein
serum, jumlah WBC, tingkat GSH, aktivitas CAT dan SOD dan penurunan yang signifikan
dalam kadar serum TP, TNF-α, CRP, dan MDA. Menariknya, pengobatan gabungan (kelompok
C) menunjukkan tren yang sama dengan ekstrak karena parameternya secara signifikan dibalik
ke tingkat kontrol mereka dibandingkan dengan kelompok A dan B.
Kesimpulan : Hasil menunjukkan efek toksik dari natrium nitrit, yang berpotensi untuk
menginduksi apoptosis dengan meningkatkan regulasi TNF-α dan mengekstrak kemampuan
untuk meningkatkan status anti-oksidan, memunculkan efek modulasi, anti-inflamasi dan anti-
oksidatif yang mengarah pada flavonoid dan nilai-nilai obat dalam mencegah penyakit yang
terkait dengan racun lingkungan.
BAHAN dan METODE Jurnal ke-3
Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini meliputi; keseimbangan timbang elektronik,
keseimbangan timbang tiga, silinder ukur, jarum suntik dan jarum 2 mL dan 5 mL, gelas kimia,
tabung reaksi,botol serum, penangas air, pH meter, spatula, centrifuge, termometer, sarung
tangan sekali pakai, kertas tisu, mikropipet , sikat cuci, deterjen, corong pisah, kulkas,
spektrofotometer, set pembedahan, mortar dan alu, stopwatch, tabung reaksi.
Bahan reaksi
Seluruh bahan reaksi yang digunakan memiliki kualitas analitik yang baik dan tinggi
yang sebagian besar berasal dari Sigma USA, yaitu Tris buffer, Potassium chloride, Adrenaline,
Trichloroacetic acid (TCA), Thiobarbituric acid (TBA), Air suling, Methanol, Chloroform,
Ethyl-acetate, n -Hexane, Kit Laboratorium untuk penentuan kuantitatif total protein, Kit protein
kreaktif, kit TNF-α, Normal saline, Buffer cuci dan bufer homogenisasi.
Bahan Tanaman dan Persiapan Ekstrak Flavonoid
Cymbopogon citratus ( Lemon Grass ) dikumpul pada Ladoke Akintola University of
Technology Teaching and Research farm and identified at the Botany Unit of the Department of
Pure and Applied Biology, dari lembaga yang sama dengan nomor herbarium LHO 285 yang
disimpan. Tanaman dikeringkan dengan udara di laboratorium dan bubuk setelah kering dengan
800 g daun bubuk direndam dalam 5000 mL 70% metanol selama 72 jam, dan disaring
menggunakan kertas saring setelahnya. Ekstrak Filtrat dikeringkan dengan suhu antara 35-40ºC
untuk mendapatkan residu ekstrak metanol kering. Kemudian disimpan dalam desikator untuk
menghilangkan metanol yang tersisa di dalamnya. Sekitar 50 g ekstrak metanol mentah
Cymbopogon citratus ditimbang menjadi gelas kimia dan 25 mL air suling ditambahkan dan
diaduk, sedangkan nHexane, Chloroform, Ethyl acetate akibatnya digunakan sebagai larutan
pelarut dalam corong pisah menggunakan corong kromatografi cair-cair seperti yang
dimodifikasi oleh [29], untuk mendapatkan ekstrak etil asetat kaya flavonoid yang digunakan
untuk penelitian ini. Fraksi etil asetat ekstrak digunakan untuk percobaan ini berdasarkan bukti
yang diperoleh dari temuan penelitian sebelumnya bahwa fraksi etil asetat memiliki persentase
flavonoid tertinggi dari semua ekstrak lainnya [30].
Uji coba dan pengelompokan pada hewan
Tikus albino jantan dari galur Wistar yang digunakan untuk penelitian ini diperoleh dari
rumah hewan Universitas Teknologi Ladoke Akintola, Ogbomoso, Oyo State. Hewan-hewan
tersebut ditangani dan diperlakukan berdasarkan pedoman etika dan perilaku untuk menangani
hewan percobaan yang sesuai dengan standar internasional. Lalu, hewan tersebut diaklimatisasi
di laboratorium selama dua minggu sebelum pekerjaan eksperimental dilakukan. Mereka diberi
makan dengan pakan normal dan air adlibitum dan bobotnya dipantau. Kemudian hewan tersebut
dipilih secara acak dan dibagi kedalam empat kelompok yang berbeda ( Tabel 1 ), yaitu sebagai
berikut :
 - Kelompok A- Kontrol, diberikan dengan 0,1 mL saline normal
- Kelompok B- Diberikan dengan saline normal (0,1 mL) dan hanya natrium nitrit (80 mg /
kg berat badan) dibuat menjadi 0,1 mL dengan air suling intra peritoneal pada interval
tiga hari
- Kelompok C - Menerima ekstrak setiap hari pada 100 mg / kg berat badan dengan 80 mg
/ kg berat Natrium nitrit pada interval tiga hari.
- Kelompok D-Dikelola hanya dengan 100 mg / kg berat badan ekstrak setiap hari sebagai
kontrol positif.

Persiapan Homogenat Hati dan Serum Darah

Hewan percobaan diolah pada hari ke-9 dengan dislokasi serviks. Hewan-hewan tersebut
dibuka dengan sangat hati-hati dan darah dikeluarkan dari jantung menggunakan jarum suntik
dan jarum (jantung menusuk). Hati dieksisi dan ditempatkan dalam gelas pra-ditimbang terpisah
yang mengandung 5 mL buffer cuci. Hati dicuci secara menyeluruh beberapa kali dalam buffer
pencucian dingin yang terpisah untuk menghilangkan hemoglobin yang dapat menghambat
aktivitas enzim. Semua prosedur ini dilakukan pada suhu 4ºC. Hati yang dicuci kemudian
ditimbang dan 1 g ditransfer ke gelas yang berisi 4 mL buffer yang dihomogenisasi dan
dihomogenisasi menggunakan glass homogenizer. Homogenat disimpan pada suhu 4ºC.
Kemudian darah dikumpulkan dalam botol serum kecil dan disentrifugasi pada 4000 rpm selama
10 menit untuk mengumpulkan serum. Serum yang dikumpulkan disimpan pada suhu 4ºC.
Penelitian biokimia
Berbagai sampel diolah dari darah dan hati untuk uji coba yang berbeda. Protein total
serum ditentukan sesuai dengan metode Biuret [31], sedangkan penentuan kuantitatif C Reactive
protein (CRP) dan Tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) ditentukan dengan menggunakan fase
padat Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) yang dirancang untuk mengukur CRP dan
TNF-α dalam supernatan kultur sel, serum dan plasma. Pengujian ini menggunakan teknik
sandwich immunoassay enzim sandwich kuantitatif dengan antibodi spesifik untuk CRP dan
TNF-α pra-dilapisi ke piring mikro menggunakan kit diagnostik Ray Biotech berdasarkan prinsip
interaksi antara antibodi dan antigen untuk mengukur CRP dan TNF-α dalam serum. Total
jumlah sel darah putih (WBC) ditentukan oleh pengenceran asam asetat dari seluruh darah yang
memfasilitasi hemolisis eritrosit dewasa dan meningkatkan penghitungan leukosit. Homogenat
hati digunakan untuk uji indeks berikut; Malondialdehyde (MDA) diperkirakan secara
spektrofotometri oleh zat bereaksi asam tiobarbiturat (TBARS) seperti yang dijelaskan oleh
prosedur Varshney dan Kale [32]. Penentuan konsentrasi glutathione tereduksi (GSH) dilakukan
dengan menggunakan metode yang dijelaskan oleh Anderson [33], sedangkan aktivitas
superoksida dismutase (SOD) dan katalase (CAT) ditentukan oleh metode Misra dan Fridovich
[34] dan Aebi [35] masing-masing. . Protein total jaringan ditentukan dengan metode yang sama
seperti yang dilaporkan sebelumnya.
Analisis statistik
Hasil ditulis sebagai mean ± SD dari enam penentuan berulang dan dievaluasi dengan
data yang diperoleh dan dianalisis menggunakan analisis Variance (ANOVA). Nilai P = 0,05
dianggap signifikan secara statistik.
JURNAL ke-4 ( ABSTRAK & MATERIAL ) Comparative Study of Root, Stalk and Leaf
Essential Oils of Cymbopogon Citratus (Lemon Grass)
Abstraksi
Minyak esensial akar, tangkai dan daun Cymbopogon citratus ditanam di Kaduna,
Nigeria Tengah Utara lalu diekstraksi secara terpisah oleh hidrodistilasi dan ditandai oleh GC-
MS. Analisis komposisi kimia oleh GC-MS dari minyak memungkinkan identifikasi 34, 26 dan
16 senyawa masing-masing. Dalam tiga minyak, komponen utama adalah isomer geranial dan
neral, yang bersama-sama membentuk senyawa sitral. Ini sesuai dengan total 8,7, 27,8 dan
35,1% dari senyawa yang diidentifikasi dalam minyak akar, tangkai dan daun masing-masing.
Hasil yang diperoleh mengungkapkan variabilitas yang signifikan dalam komposisi kimia dan
hasil minyak esensial.

Metode dan Bahan Jurnal ke-4

Bahan tanaman
Tanaman Lemon Grass (Cymbopogon citratus) diperoleh dari Afaka, Kaduna, Nigeria.
Kemudian tanaman dikeringkan selama 5 hari berturut-turut pada suhu 28 ± 2℃, setelah itu
dipisahkan menjadi bagian daun, tangkai dan akar. Bagian tanaman (akar, tangkai dan daun)
dipotong kecil-kecil sebelum ekstraksi minyak esensial mereka.
Pengisolasian minyak
250g masing-masing bagian akar, tangkai dan daun tanaman secara terpisah dimasukkan
ke dalam tabung kecil 5 liter dan air ditambahkan sampai sampel terendam dengan baik.
Hydrodistillation kemudian dilakukan selama 3 jam di semua peralatan distilasi clevenger-kaca
yang dirancang sesuai dengan spesifikasi British Pharmacoepoeia (BP, 1980). Minyak
dikumpulkan, diawetkan dalam botol sampel tertutup, dan disimpan di bawah pendinginan
sampai analisis.
Analisis Kromatografi Gas / Spektrometri Massa (GC / MS)
Analisis minyak dilakukan dengan menggunakan kromatografi gas (Agilent 19091S)
ditambah dengan spektrometer massa fokus empat kali lipat (433HP5). Helium adalah gas
pembawa pada laju aliran 1,5 mL / menit. GC dilengkapi dengan kolom kapiler silika leburan 30
mx 0,25mm yang dilapisi dengan fenil metil siloksan dengan perbandingan split 1:50. Ketebalan
film adalah 0,25 μm, suhu oven pada awalnya dijaga pada 100oC selama 5 menit, kemudian
pada 150oC pada laju 4oC selama 8 menit dan selanjutnya ke 250oC pada kecepatan 20oC /
menit. Kondisi operasi MS adalah sebagai berikut: Suhu saluran transfer, 300oC, potensi
ionisasi, 70eV. Persentase komposisi minyak dihitung dalam setiap kasus dari daerah puncak
GC. Identifikasi komponen didasarkan pada indeks retensi (ditentukan relatif terhadap waktu
retensi serangkaian n-alkana) dan spektrum massa dengan sampel asli dan dengan data dari
Sastra (Jennings dan Shibamoto, 1980; Adams, 2007; Joulain dan Koenig, 1998).

JURNAL ke-5 ( ABSTRAK & MATERIAL ) Cytoprotective Effects of Grape Seed Extract on
Human Gingival Fibroblastsin Relation to Its Antioxidant Potential

Abstraksi
Efek sitoprotektif dari pengobatan jangka pendek dengan ekstrak biji anggur (GSE) pada
fibroblast gingiva manusia (hGFs) dievaluasi dalam kaitannya dengan sifat anti oksidannya dan
dibandingkan dengan analog vitamin E: trolox (Tx) yang larut dalam air. dan Tx menunjukkan
potensi antioksidan yang sebanding secara in vitro terhadap di (phenyl) - (2,4,6-trinitrophenyl)
iminoazanium (DPPH; astableradical), hidroksilradikal (• OH), oksigen singlet (1O2), dan
hidrogen peroksida (H2O2). atau pengobatan bersamaan dengan GSE selama 1 menit melindungi
hGF dari stres oksidatif, termasuk H2O2, air asam-elektrolisis (AEW), dan 1O2, dan
melemahkan pembentukan intraseluler dari spesies oksigen reaktif yang diinduksi oleh H2O2
dan AEW.Tx juga mengurangi H2O2-danAEW. pembentukan intraseluler spesies oksigen
reaktif, tetapi tidak menunjukkan efek sitoprotektif pada hGF yang terpapar H2O2, AEW, atau
1O2. Hasil ini menunjukkan bahwa efek sitoprotektif dari GSE kemungkinan diberikan secara
independen dari potensi antioksidannya.

Metode dan Bahan Jurnal ke-5

Uji coba material dan bahan reaksi
GSE (Leucoselect) diperoleh dari Indena (Milan, Italia). Di(fenil) - (2,4,6-trinitrophenyl)
iminoazanium (DPPH) diperoleh dari Tokyo Chemical Industry (Tokyo, Jepang). 5,5Dimethyl-
1-pyrrolineN-oxide (DMPO), dan xanthine oxidease (XOD) berasal dari Labotec (Tokyo,
Jepang). 2,2,5,5-Tetramethyl-3-pyrroline-3-carboxamide (TPC), 4-hydroxy-2,2,6,6-
tetramethylpiperidine-1-oxyl (TEMPOL), hypoxanthine (HPX), superoksida dismutase ( SOD;
frombovine erythrocytes), dan allopurinol diperoleh dari Sigma-Aldrich (Saint Louis, MO,
USA). 6-Hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchroman-2-carboxylic acid (Tx), rosebengal, dan sodium
azide (NaN3) diperoleh dari WakoPure Chemical Industries (Osaka, Jepang). Seluruh bahan
reaksi yang digunakan merupakan kelas analitik.
JURNAL ke-1 ( ABSTRAK & MATERIAL ) Lemongrass (Cymbopogon flexuosus) essential oil
demonstrated anti-inflammatory effect in pre-inflamed human dermal fibroblasts

Abstraksi
Lemon Grass (Cymbopogon flexuosus) (LEO), yang mengandung citral sebagai
komponen utamanya, telah menunjukkan efek anti-peradangan pada sel hewan dan manusia.
Dalam penelitian ini, kami mengevaluasi aktivitas anti-inflamasi dari LEO yang tersedia secara
komersial pada fibblast manusia yang telah mengalami peradangan. Kami pertama-tama
mempelajari dampak LEO pada 17 biomarker protein yang secara kritis terkait dengan
peradangan dan remodeling jaringan. LEO secara signifikan menghambat produksi molekul
adhesi sel vaskular inflamasi peradangan 1 (VCAM-1), protein yang diinduksi gamma interferon
10 (IP-10), alfa-chemoattractant sel-sel yang diinduksi oleh interferon (I-TAC), dan monokin
yang diinduksi oleh gamma interferon (MIG); penurunan kadar biomarker remodeling jaringan
kolagen-I dan III, epidermal growth factor receptor (EGFR), dan inhibitor aktivator plasminogen
(PAI-1); dan menghambat faktor stimulasi koloni makrofag biomarker imunomodulator (M-
CSF). Selain itu, kami mempelajari dampak LEO pada profil ekspresi gen genom. LEO secara
signifikan memodulasi ekspresi gen global dan jalur pensinyalan yang berdampak kuat, yang
banyak di antaranya sangat penting untuk peradangan dan proses remodeling jaringan. Penelitian
ini memberikan bukti pertama dari aktivitas anti-inflamasi LEO dalam sel-sel kulit manusia dan
menunjukkan bahwa itu adalah kandidat terapi yang baik untuk mengobati kondisi inflamasi
kulit.

Bahan dan Metode jurnal ke-1

Materials and methods
Semua percobaan dilakukan dengan menggunakan sistem BioMAP HDF3CGF, yang dirancang
untuk memodelkan patologi peradangan kronis dengan cara yang kuat dan dapat direproduksi.
Sistem ini terdiri dari tiga komponen: tipe sel, rangsangan untuk menciptakan lingkungan
penyakit, dan satu set pembacaan biomarker (protein) untuk memeriksa bagaimana perawatan
mempengaruhi lingkungan penyakit [7]. Metodologi yang digunakan dalam penelitian ini pada
dasarnya sama dengan yang dijelaskan sebelumnya [8-10].
2.1. Kultur Sel
Fibroblast neonatal primer pada manusia diproses seperti yang telah dijelaskan sebelumnya [11]
dan dilapisi dalam kondisi serum rendah selama 24 jam sebelum stimulasi dengan campuran
interleukin (IL) -1b, tumor necrosis factor (TNF) -a, interferon (IFN) -Y , faktor pertumbuhan
fibroblast dasar (bFGF), faktor pertumbuhan epidermal (EGF), dan faktor pertumbuhan turunan
trombosit (PDGF). Kultur sel dan kondisi stimulasi untuk tes HDF3CGF telah dijelaskan secara
rinci di tempat lain [11].
2.2. Protein-based readouts
Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) digunakan untuk mengukur tingkat biomarker
terkait sel dan target membran sel. Faktor-faktor yang larut dalam supernatan dikuantifikasi
menggunakan deteksi fluoresensi homogen yang diselesaikan dengan waktu, immunoassay
multipleks berbasis manik, atau menangkap ELISA. Efek samping dari agen uji pada proliferasi
sel dan viabilitas (sitotoksisitas) diukur menggunakan uji sulforhodamine B (SRB). Untuk
pengujian proliferasi, sel dikultur selama 72 jam sebelum pengukuran, yang optimal untuk sistem
HDF3CGF. Prosedur terperinci telah dijelaskan dalam penelitian sebelumnya [11]. Pengukuran
dilakukan dalam rangkap tiga, dan daftar istilah dari biomarker yang digunakan dalam penelitian
ini disediakan dalam Tabel Tambahan S1. Data biomarker kuantitatif disajikan sebagai tingkat
ekspresi relatif rata-rata log10 (dibandingkan dengan nilai kontrol kendaraan rata-rata) ± standar
deviasi (SD) dari pengukuran rangkap tiga. Perbedaan tingkat biomarker antara LEO dan kultur
yang diobati dengan kendaraan diuji signifikansi menggunakan uji t Student yang tidak
berpasangan. Nilai p <0,05, di luar amplop signifikan, dengan ukuran efek setidaknya 10% (>
0,05 log10 unit rasio), dianggap sebagai signifikan secara statistik.
2.3. Isolasi RNA
Total RNA diisolasi dari lisat sel menggunakan kit Zymo Quick-RNA MiniPrep (Zymo Research
Corp, Irvine, CA, USA) sesuai dengan instruksi pabrik. Konsentrasi RNA ditentukan
menggunakan sistem NanoDrop ND-2000 (Thermo Fisher Scientific). Kualitas RNA dinilai
menggunakan Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies,Santa Clara, CA, USA) dan kit Agilent
RNA 6000 Nano. Seluruh sampel memiliki rasio A260 / A280 antara 1,9 dan 2,1 dan skor Angka
Integritas RNA> 8,0.
2.4. Analisis microarray untuk ekspresi gen lebar genom
Konsentrasi LEO 0,0012% (v / v) diuji efeknya terhadap ekspresi 21.224 gen dalam sistem
HDF3CGF setelah 24 jam perawatan. Sampel untuk analisis microarray diproses oleh Asuragen,
Inc. (Austin, TX, USA) sesuai dengan prosedur operasi standar perusahaan. CRNA berlabel
biotin dibuat dari 200 ng total RNA menggunakan kit Amplifikasi RNA Illumina TotalPrep
(Thermo Fisher Scientific) dan satu putaran amplifikasi. Hasil cRNA dikuantifikasi
menggunakan spektrofotometri ultraviolet, dan distribusi ukuran transkrip dinilai menggunakan
Agilent Bioanalyzer 2100. Label cRNA (750 ng) digunakan untuk menyelidiki chip manik
ekspresi manusia HT-12 v4 Illumina (Illumina, Inc., San Diego, CA, USA). Hibridisasi,
pencucian, pewarnaan dengan sianin-3 terkonjugasi streptavidin, dan pemindaian susunan
Illumina dilakukan sesuai dengan instruksi pabrik. Perangkat lunak Illumina BeadScan
digunakan untuk menghasilkan file data untuk setiap array; data mentah diekstraksi
menggunakan perangkat lunak Illumina BeadStudio. Data mentah diunggah ke dalam R [12] dan
dianalisis untuk metrik kontrol kualitas menggunakan paket beadarray [13]. Data dinormalisasi
menggunakan normalisasi kuantil [14], dan kemudian dianotasi ulang dan disaring untuk
menghapus probe yang tidak spesifik atau dipetakan ke daerah intronik atau intragenik [15]. Set
probe yang tersisa terdiri dari dataset untuk sisa analisis. Ekspresi perubahan-lipat untuk setiap
set dihitung sebagai rasio log2 dari LEO terhadap kontrol kendaraan. Nilai perubahan lipat ini
diunggah ke perangkat lunak web Analisis Jalur Ingenuity (IPA, QIAGEN, Redwood City, CA,
AS, www.qiagen.com/ingenuity) untuk menghasilkan analisis jaringan dan jalur.
2.5. Bahan reaksi
LEO (dꝹ TERRA International LLC, Pleasant Grove, UT, USA) diencerkan dalam DMSO
hingga 8x dari konsentrasi akhir (konsentrasi DMSO terakhir dalam media kultur tidak lebih dari
0,1% [v / v]); 25 mL masing-masing 8x larutan ditambahkan ke kultur sel ke volume akhir 200
mL. DMSO (0,1% [v / v]) berfungsi sebagai kontrol kendaraan. Analisis spektrometri gas
kromatografi gas LEO menunjukkan bahwa konstituen kimia utamanya (yaitu,> 5%) adalah
geranial (juga dikenal sebagai citral A) (43%), neral (yang juga dikenal sebagai citral B) (32%),
dan geraniol ( 6%).