You are on page 1of 12

Abstrak.

Bakteri heterotrofik memiliki peran penting sebagai pengurai senyawa organik

(mineralisasi) yang berasal dari limbah industri, penguraian pakan yang tidak dikonsumsi,

tinja, ekskresi ikan, dan memiliki kemampuan menghambat pertumbuhan bakteri patogen.

Kami menyelidiki peran bakteri heterotrof yang digunakan sebagai antibakteri terhadap

patogen dalam budidaya ikan. Penelitian ini dilakukan dari Januari hingga Maret 2017.

Filogenit bakteri yang diisolasi ditentukan dengan analisis urutan 16S rDNA. Uji

antagonisme menunjukkan bahwa bakteri memiliki kemampuan untuk menghambat

pertumbuhan bakteri patogen (Vibrio alginolyticus, Aeromonas hydrophila dan Pseudomonas

sp.) Tiga isolat (Dm5, Dm6 dan Dm4) menunjukkan zona penghambatan tinggi yang

diklasifikasikan ke dalam kategori kuat dengan rata-rata dari 10,5 hingga 11,8 mm menuju V.

alginolitycus. Isolat lain diklasifikasikan ke dalam kategori sedang dan lemah. Berdasarkan

analisis DNA bakteri heterotrofik yang diisolasi dari perairan laut kawasan industri dan

salinitas rendah perairan muara diidentifikasi dua belas bakteri, dan semuanya memiliki

tingkat homologi tertinggi untuk Bacillus sp., Satu isolat memiliki kemiripan dengan

Enterobacter cloacae, isolat lain untuk Clostridium cetobutylicum. Sebagian besar bakteri

terisolasi diperoleh dari perairan kawasan industri karena menerima banyak nutrisi yang

sangat mempengaruhi pertumbuhan bakteri. Kata kunci: bakteri heterotrof, antagonisme,

bakteri patogen, urutan 16S rDNA, perairan laut.

1. Perkenalan

Perairan laut Dumai adalah salah satu perairan laut Sumatera yang sangat padat dengan

navigasi, aktivitas industri, dan kesibukan penduduk di sekitar pantainya. Kegiatan ini

tampaknya menjadi kontributor utama dari bahan organik dan anorganik, menyebabkan

polusi ke muara sungai. Banyak proses fisik, aktivitas industri dan transportasi antropogenik

dan kelautan [1] mempengaruhi konsentrasi senyawa kimia organik dan anorganik yang
mempengaruhi distribusi dan aktivitas bakteri. Pada dasarnya, mikroorganisme laut sangat

beragam seperti yang ada di darat. Organisme yang dapat diklasifikasikan sebagai mikroba

intomarine adalah protista, cyanobacteria, bakteri, jamur dan virus. Mikroorganisme ini

memiliki peran penting dalam proses yang terjadi di kolom air laut [2]. Faktanya, bakteri

adalah organisme yang sebagian besar jumlahnya dan penyebarannya dibandingkan dengan

makhluk hidup lainnya. Keberadaan populasi bakteri mengindikasikan sanitasi, menunjukkan

bahwa air telah tercemar oleh limbah. Secara umum, bakteri bersifat fakultatif dan

heterotrofik, yang memungkinkan mereka hidup sepenuhnya dalam kondisi anaerob.

Bakteri heterotrofik dan mikroorganisme lainnya adalah organisme yang memiliki

peran penting dalam siklus biogeokimia dalam ekosistem akuatik karena kemampuannya

menguraikan dan meremineralisasi bahan organik menjadi bahan anorganik sederhana, yang

mengandung nutrisi untuk fitoplankton, perifiton, dan mikroflora air lainnya. Dengan

demikian, aktivitas bakteri di perairan laut sangat penting [3]. Keberadaan bakteri

heterotrofik sangat dipengaruhi oleh masuknya bahan organik dari muara sungai ke perairan

laut Dumai. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri

heterotrof menggunakan sekuens 16S rDNA, dan menganalisis kemampuannya sebagai agen

antibakteri terhadap bakteri patogen di mulut Sungai Mesjid dan perairan laut Dumai,

Provinsi Riau.

2. Bahan dan Metode Penelitian dilakukan dari Januari hingga Maret 2017. Sampel

dikumpulkan dari empat stasiun dengan salinitas berbeda, yaitu muara Sungai Mesjid, dan

perairan laut kawasan industri di Dumai, Provinsi Riau. Bakteri heterotrofik diisolasi di

Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Kelautan, Departemen Ilmu Kelautan, Fakultas

Perikanan dan Ilmu Kelautan. Identifikasi DNA dilakukan di Laboratorium Molekul

Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Riau,
sedangkan proses pemurnian dan pengurutan DNA dilakukan oleh Pangkalan Pertama

Malaysia yang dikirim oleh PT. Genetika Science Indonesia, Jakarta Barat.

Bakteri diisolasi pada medium Nutrient agar (NA, Merck, Cat.No. 1.05450.0500).

Untuk kultur isolasi DNA bakteri heterotrofik ditanam dalam 4 mL medium Luria-Bertani

cair (LB) pada suhu 37oC selama 24 jam [4]. Kultur kemudian dipindahkan ke 1,5 mikrotube

mL dan disentrifugasi pada kecepatan 13.000 rpm (putaran per menit) pada 4oC selama 2

menit. Supernatan dibuang, pelet dikeringkan dan dilarutkan dalam 40 μL larutan buffer Tris-

EDTA (TE) pada pH 8, kemudian 20 μL lisozim ditambahkan ke dalam larutan. Solusinya

terbalik 3-5 kali, dan diinkubasi selama 10 menit pada suhu 37oC. Setelah inkubasi, 50 μL

10% natrium dodesil sulfat (SDS) ditambahkan, campuran diputar dengan lembut (20 rpm)

selama 5-10 menit dalam rotator rotator. Setelah itu, 550 V of Phenol: Chloroform: Isoamyl

alcohol (25:24:1) was added to the mixture, and the mixture was further rotated gently (20

rpm) for 10 minutes. The mixture was then centrifuged at 7.000 rpm for 10 minutes. The

upper aqueous phase was transferred to a new microtube, and an equal volume of

Chloroform:Isoamyl alcohol (24:1) was added to the tube. The mixture was gently rotated (20

rpm) in rotamix rotator for 10 minutes. The mixture was then centrifuged at 7.000 rpm for 10

minutes. The upper aqueous phase was transferred to a new microtube and 3 M sodium

acetate was added (40% volume) to the aqueous phase. Two times volume of 99% cold

alcohol was then added to this solution to precipitate the DNA, and the solution was chilled at

-20oC for 30 minutes. The precipitated DNA was centrifuged at 13.000 rpm and 4oC for 10

minutes, and the supernatant was discarded. The DNA pellet was washed in 1 mL 70% cold

ethanol and centrifuged for another 10 minutes at 13.000 rpm and 4oC. The supernatant

discarded, resulting DNA pellet was then air dried. The pellet was dissolved in 40 μLTE-

buffer (pH 8) and 2.5 μL of RNAse solution were added and homogenized using vortex
mixer and incubated at 37oC for 1 hour. Finally, the DNA of probiotic candidate bacteria was

ready to be used, or stored at -20oC.

Reaksi PCR dilakukan dengan menggunakan 8 μL DNA masing-masing kandidat

bakteri probiotik sebagai templat, dan menambahkan 23 μL H2O, 4 μL dari 10x Taq

polyrmerase, 0,5 μL dari campuran 12 mM dNTP, 2 μL untuk masing-masing primer

universal yang terdiri dari primer primer yang terdiri dari primer primer. 24F

(5'AGAGTTTGATCCTGGCT-3 ') dan primer terbalik 1541R

(5'AAGGAGGTGATCCAGCCGCA-3') dan 0,5 L Taq polimerase. Kondisi PCR adalah:

pemanasan selama 2 menit pada 94oC, diikuti oleh 30 siklus denaturasi selama 1 menit pada

94oC, anil selama 40 detik pada 50oC, dan perpanjangan untai selama 1 menit pada 72oC.

2.2. Pemurnian fragmen PCR DNA Setelah reaksi PCR, DNA yang diperoleh

dipisahkan dalam gel Agarose 1% dengan elektroforesis. Pita DNA PCR dimurnikan dari gel

Agarose menggunakan Geneaid® Gel / PCR DNA Extractment Fragmen Kit dengan

mengikuti petunjuk oleh pabrikan.

2.3. Sequencing, BLAST dan analisis filogenetik. Produk PCR yang dimurnikan diurutkan

dengan ABI 3130 XL Genetic Analyzer Applied Biosystem. Sequencing dilakukan di First

Base Malaysia, dari PT. Genetika Science Indonesia, Jakarta Barat. Analisis BLAST

dilakukan dengan menggunakan alat dan data Bank Gen yang diakses di

http://www.nebi.nih.gov/blast. Sekuens DNA diselaraskan menggunakan CLUSTAL W 2.1.

Pohon filogenetik dihasilkan menggunakan alat yang disediakan oleh CLUSTAL W, dan

pohon divisualisasikan menggunakan program MEGA versi 0.5. Data yang diperoleh dari

isolasi dan identifikasi bakteri heterotrof, dan aktivitas melawan bakteri patogen (Vibrio

algynolyticus, Aeromonas hydrophila dan Pseudomonas sp.) Disajikan dalam bentuk tabel

dan gambar.
3. Hasil dan Diskusi 3.1. Pengukuran Kualitas Air Sampel air dikumpulkan dari empat

stasiun, dan masing-masing stasiun pengambilan sampel ditentukan di tiga lokasi yang

jaraknya 50 m (Gambar 1). Pada saat yang sama, parameter kualitas air diukur. Data

parameter kualitas air disajikan pada Tabel 1. Kondisi pengukuran kualitas air adalah sebagai

berikut: sampel dikumpulkan dari pukul 08:00 sampai 14:00; Nilai pH berkisar antara 6,5

hingga 7,0; salinitas air pada stasiun 1, 2, 3 dan 4 masing-masing 10 ‰, 20 ‰, 25 ‰ dan 30

‰; suhu air 27-30oC, dan kisaran kecepatan saat ini adalah 0,13-0,34 m / s (Tabel 1). Daerah

ini terletak di bagian timur pulau Sumatera yang berseberangan dengan pulau Rupat. Kota

Dumai terletak di pantai timur pulau Sumatera. Kawasan ini secara terintegrasi

mengembangkan wilayah pesisirnya sebagai wilayah produktif untuk menumbuhkan dan

membudidayakan ikan komoditas ekspor utama seperti kerapu, kakap putih, kepiting, dan

bawal melalui fungsi restorasi kawasan mangrove. Dumai juga memiliki pelabuhan yang

dapat difungsikan sebagai area transit untuk bepergian ke negara-negara tetangga, seperti

Singapura dan Malaysia. Selain itu, perairan laut Dumai dianggap sebagai tempat kegiatan

industri bagi beberapa perusahaan seperti Pertamina UP II Dumai, PT. Dermaga Patra, PT.

Chevron Pasifik Indonesia, PT. Sarana Sawitindo, dan kilang minyak sawit Bukit Kapur

Raksa dan PT. Kerjasama Splar.

3.2. Isolasi bakteri Setelah dikultur dan dimurnikan berulang kali, 14 isolat bakteri yang

berbeda dipilih berdasarkan karakter morfologi dari masing-masing koloni bakteri, dan

kemampuan untuk menghasilkan antibakteri terhadap bakteri patogen. Isolat tersebut adalah

DM1, DM2, DM3, DM4, DM5, DM6, DM7, DM8, DM9, DM10, DM11, DM12, DM13 dan

DM14. Karakteristik morfologi dari isolat tersebut adalah stasiun 1, 2, 3 dan 4 adalah 10 10,

20 ‰, 25 ‰ dan 30 ‰, masing-masing; suhu air 27-30oC, dan kisaran kecepatan saat ini

adalah 0,13-0,34 m / s (Tabel 1). Daerah ini terletak di bagian timur pulau Sumatera yang

berseberangan dengan pulau Rupat. Kota Dumai terletak di pantai timur pulau Sumatera.
Kawasan ini secara terintegrasi mengembangkan wilayah pesisirnya sebagai wilayah

produktif untuk menumbuhkan dan membudidayakan ikan komoditas ekspor utama seperti

kerapu, kakap putih, kepiting, dan bawal melalui fungsi restorasi kawasan mangrove. Dumai

juga memiliki pelabuhan yang dapat difungsikan sebagai area transit untuk bepergian ke

negara-negara tetangga, seperti Singapura dan Malaysia. Selain itu, perairan laut Dumai

dianggap sebagai tempat kegiatan industri bagi beberapa perusahaan seperti Pertamina UP II

Dumai, PT. Dermaga Patra, PT. Chevron Pasifik Indonesia, PT. Sarana Sawitindo, dan kilang

minyak sawit Bukit Kapur Raksa dan PT. Kerjasama Splar.

Hasil pengamatan menunjukkan bahwa ukuran koloni bervariasi antara 0,4-1,9 cm

yang bervariasi dari diverges ke putih, putih kekuningan, dan bahkan merah (DM12). Bentuk

koloni bervariasi mulai dari bulat, tidak beraturan, dan bahkan seperti karang. Adapun

perbatasan, ada juga berbagai suka melambai halus dan tidak teratur. Permukaan koloni

beragam bahkan, lega, dan bergelombang. Ini menunjukkan bahwa koloni memang berbeda

dari masing-masing isolat dengan yang lain (Tabel 2).

3.2. Antagonisme isolat bakteri Hasil uji antagonisme yang dilakukan dalam rangkap tiga

disajikan pada Tabel 3. Setiap isolat bakteri memiliki kemampuan untuk menghambat

pertumbuhan bakteri patogen, ditunjukkan oleh penampilan zona bening di sekitar cakram

kertas. Ada tiga isolat (DM4, DM5 dan DM6) menunjukkan daya hambat terkuat dari zona

bening 10,5-11,8 mm terhadap V. algynolyticus (Tabel 3). Tiga isolat bakteri lainnya

menunjukkan zona bening terbesar menuju patogen A. hydrophila adalah DM14, DM8 dan

DM 5 dengan zona bening 5,8-7,8 mm (Tabel 3). Mengenai patogen Pseudomonas sp., Tiga

isolat (DM1, DM 11 dan DM 13), menunjukkan zona bening 6,5-7,6 mm (Tabel 3).

Menurut Pratama [5] ketika diameter zona hambat lebih dari 20 mm, klasifikasi

respon dari penghambatan pertumbuhan bakteri akan menjadi intens. Selain itu, ketika

diameter zona hambat berada pada kisaran 10-20 mm, klasifikasi respons dari hambatan
pertumbuhan bakteri masih dikategorikan intens. Namun, ketika diameter zona hambat hanya

sekitar 5-10 mm, respons medium penghambatan pertumbuhan bakteri, dan jika kurang dari 5

mm, responsnya akan lemah. Untuk menyimpulkan, penelitian ini menemukan hanya ada tiga

isolat bakteri. yang tidak berdaya terhadap patogen V.algynoliticus, dan sisanya

menunjukkan respons sedang dan lemah. Uji antimikroba dari bakteri yang diisolasi dari

perairan Dumai menunjukkan bahwa satu isolat potensial (DM11) dalam menghambat bakteri

patogen V. alginolyticus (9.6mm), A. hydrophila (5.6mm) dan Pseudomonas sp (6.8mm)

pada level sedang dibandingkan dengan 13 isolat lainnya . Sementara itu, mengisolasi

DM5 melakukan zona bening terbesar menuju V. alginolyticus (11.8mm). Kemudian,

isolat DM14 menunjukkan zona bening terbesar terhadap A. hydrophila (7,8 mm), dan

akhirnya, isolat DM1 memiliki zona bening terbesar menuju Pseudomonas sp. (7,5 mm)

seperti yang ditunjukkan pada Tabel 3. Bakteri heterotrofik menghambat bakteri patogen (V

.alginolyticus, A. hydrophila dan Pseudomonas sp.) oleh produksi produk antibiotik,

bacteriocin, atau asam organik tertentu. Temuan ini sesuai dengan Verschuere et al. [6] yang

mencatat bahwa populasi mikroba sebenarnya dapat melepaskan bahan kimia yang memiliki

kapasitas bakterisidal atau bakteriostatik, yang dapat mencegah pertumbuhan bakteri lain

beberapa faktor, seperti produksi antibiotik, bakteriosin, siderophore, lysozim, protease, dan

hidrogen peroksida. Selain itu, juga dapat mempengaruhi pH media dengan menghasilkan

asam organik tertentu. Agen antibakteri seperti asam laktat dan bakteriosin yang terkandung

oleh bakteri probiotik mampu menghambat perkembangan bakteri patogen [7]. Hal ini terjadi

karena agen antibakteri dapat menurunkan atau menurunkan pH, sehingga bakteri patogen

sulit untuk bertahan hidup [8].

Beeneva et al. [9] melakukan penelitian pada bakteri heterotrofik di beberapa perairan laut,

dan menemukan 68,9% isolat dari zona beriklim sedang dan 56,76% strain Vietnam
menunjukkan aktivitas antimikroba. Strain yang menunjukkan aktivitas terbesar berasal dari

daerah tropis.

Dari elektroforesis yang ditunjukkan pada Gambar 3, ukuran PCR berlangsung untuk 1500

bp. Ukuran besar ini adalah sebagai hasil yang diharapkan dari gen rRNA 16-an. Sabdono

menyatakan bahwa isolasi isolat bakteri yang memiliki pita tunggal mengungkapkan bahwa

primer yang digunakan adalah spesifik untuk diterapkan untuk memperkuat 16S rRNA

bakteri. Amplifikasi 16S rRNA telah menjadi standar untuk mempelajari filogenetik dan

keanekaragaman mikroorganisme laut. Dari analisis sekuens isolat bakteri yang telah Blasted

pada Tabel 4, ditemukan bahwa ada beberapa bakteri memiliki tingkat lebih tinggi

dibandingkan dengan jenis bakteri lain. Ada kemungkinan hubungan yang erat dari masing-

masing isolat seperti isolat DM1 yang memiliki tingkat homologi 97% untuk strain ASK16

Bacillus cereus, DM2 menunjukkan tingkat homologi 96% untuk strain AC Bacillus

toyonensis, OPR1150Xg dari DM3 memiliki tingkat homologi 94% untuk strain F1 -

8B.pseudomycoides. Selanjutnya, asosiasi juga terjadi pada DM4 yang memiliki tingkat

homologi 97% untuk menyaring SBFW51 Bacillus cereus, DM5 memiliki tingkat homologi

97% untuk strain OPP5 3-2 Bacillus cereus, DM6 memiliki tingkat homologi 96% terhadap

strain SBFW5S Bacillus cereus, dan DM7 yang memiliki tingkat homologi 97% terhadap

strain B4 Bacillus cereus.

onensis dengan tingkat homologi 95% dan memiliki panjang basis 1541bp. Ini menyiratkan

bahwa tingkat homologi hanya serupa pada tingkat genus dan berbeda pada tingkat spesies.

Berdasarkan penelitian B. spora pembentuk toyonensis, layak digunakan sebagai unsur aktif

Aditif TOYOCERIN. Gagasan ini didukung dengan baik oleh Jimenez et al., [10]

pada penelitiannya yang menyatakan bahwa TOYOCERIN telah menunjukkan

penghambatan terhadap pertumbuhan bakteri patogen. Adapun isolat DM9, memiliki


homologi yang mirip dengan strain Y37 B. subtilis, dengan tingkat homologi 96% dan

panjang dasar 1609bp. Secara implisit, tingkat homologinya identik hanya sampai tingkat

genus tetapi tidak pada tingkat spesies. Sebagaimana dicatat oleh Pant et al., [11], B. subtilis

terlihat seperti batang dan memiliki kemampuan untuk menyusun endospore. Bakteri ini juga

berperan dalam sektor kesehatan untuk menghasilkan antibiotik bacitracin, dan di sektor

industri untuk memproduksi bacterialamylase atau bahan lain yang dapat memodifikasi

ekstrak, kertas lem, dan melepaskan lem untuk tekstil. Bakteri B. subtilis dapat ditemukan di

sungai atau sedimen laut [12]. Kemudian, isolat DM10 dikenal karena sifatnya yang mirip

dengan strain Enc-3 Enterobacter cloacae dengan tingkat homologi 99% dan 1469 bp. Ini

menunjukkan bahwa tingkat homologi diidentifikasi sampai tingkat spesies. Menurut Lina et

al. [13] Enterobacter cloacae hidup di lingkungan yang beragam, baik di darat maupun di air

(tanah dan sisa makanan). Jenis ini hidup sebagai mikroflora commensal di dalam usus

manusia dan hewan, dan memainkan peran mendasar sebagai patogen bagi tanaman dan

serangga.

Selanjutnya untuk DM11, homologinya sama dengan strain S512 Clostridium

acetobutylicum, memiliki tingkat homologi 96% dan panjang basis 1542 bp. Tidak seperti

DM10, tingkat homologi serupa hanya sampai tingkat genus. Clostridium acetobutylicum

adalah bakteri komersial, milik genus Clostridium. Bakteri ini adalah Gram positif seperti

batang dan sebagian besar ditemukan di daratan, diduga juga dapat ditemukan dalam

berbagai keadaan. Menurut Logan dan Devos [14], Clostridium acetobutylicum dapat

ditemukan di tanah, sedimen sungai, sumur, usus, kotoran sapi, anjing dan kotoran manusia.

Bacillus cereus ada pada isolat DM12 dan DM13. Homologi isolat DM13 mirip dengan strain

4PLGES B. cereus dengan homologi 99% dan panjang basis 756 bp. Dengan kata lain,

tingkat homologi serupa hingga tingkat spesies. Sementara itu, homologi isolat F mirip
dengan strain ML267 B. cereus dengan tingkat homologi 96% dan panjang 1517 bp. Mirip

dengan DM11, tingkat homologinya serupa hingga tingkat genus

Habitat utama B. cereus adalah lingkungan dan saluran pencernaan. Air dan tanah memiliki

fungsi signifikan bagi bakteri ini dalam mencemari makanan. Bakteri ini juga dapat

menempel pada sepatu, pakaian, kulit atau melalui udara dan debu [15]. Menurut Khetan

[16], bakteri B. cereus adalah salah satu agen patogen yang memiliki potensi besar untuk

dimanfaatkan sebagai kontrol biologis. Bakteri ini memiliki inang khusus yang tidak

berbahaya bagi musuh alami hama dan organisme non-target lainnya, yang mudah terputus-

putus oleh lingkungan, dan patogenisitasnya dapat ditingkatkan dengan menggunakan teknik

rekayasa genetika. Bakteri B. cereus adalah bakteri probiotik yang memiliki kemampuan

untuk menghambat pertumbuhan bakteri patogen seperti Vibrio sp dan Aeromonas sp [17

Isolat DM14 memiliki kemiripan homologis dengan strain C17 B. thuringiensis dengan

tingkat homologi 97% dan panjang dasar 1546 bp. Tingkat homologisnya identik sampai

tingkat spesies. B. Bakteri thuringiensis adalah bakteri heterotrof yang hidup di lingkungan

yang baik dan mapan. Seperti yang dinyatakan oleh Lantang dan Runtuboi (2012), B.

thuringiensis ada di alam alami dan juga dapat ditemukan di berbagai habitat, seperti tanah,

air, dan lumpur. B. thuringiensis dapat menghasilkan 2 jenis toksin: toksin kristal (Kristal,

Cry) dan toksin sitolitik (sitolitik, Cyt). Cyttoxin dapat memperkuat toksin Cry sehingga

sangat digunakan untuk mengembangkan efektivitas dalam mengendalikan serangga.

Beberapa penelitian telah dilakukan untuk mengisolasi dan memurnikan bakteriosin dari

Bacillus sp yang dihasilkan oleh B. cereus, dan toksin yang dihasilkan oleh B. thuringiensis

[19].

Dari hasil akhir, dapat dipahami bahwa empat belas bakteri isolat heterotrofik yang didapat

dari perairan laut Dumai adalah genus dari bakteri Bacillus. Bakteri Bacillus, Bifidobacteria,

Pseudomonas, Lactobacillus dan Micrococcus genus telah terbukti bermanfaat dan dapat
tinggal di dalam dan di luar organisme normal, dan juga diyakini sebagai bakteri probiotik

yang menguntungkan [20]. Bakteri juga dianggap memiliki kemampuan dalam menghambat

pertumbuhan bakteri patogen, yang diketahui berdasarkan hasil uji antagonisme,

menunjukkan adanya zona bening

di sekitar disk. Ini juga ditunjukkan dalam penelitian yang dilakukan oleh Suwardi [21].

Bakteri yang menghasilkan antimikroba adalah Bacillus sp., A1 dan A2. Untuk mengetahui

karakteristik bakteri penghasil antimikroba, morfologi, fisiologi, dan analisis protein

dilakukan dengan menggunakan SDS-PAGE. Pengamatan morfologi memperlihatkan bahwa

koloni memiliki bentuk lingkaran dengan ukuran sedang dan permukaan cembung. Warna

koloni itu putih dan ujungnya rata. Selanjutnya, dari pewarnaan Gram dan bakteri BA1 dan

BA2, sifat-sifat morfologis diperoleh. Bakteri muncul sebagai sel bakteri batang dan

memiliki sifat Gram positif (ungu). Seperti pada pewarnaan spora, BA1 dan BA2

diidentifikasi memiliki bentuk oval di tengah-tengah bakteri. Russell et al, [22] melakukan

penelitian di perairan pedalaman menggunakan teknik RNA 16-an dan menemukan bahwa 3

bakteri mampu bernafas nitrat dan oksigen. Kultur mewakili anggota filum kelimpahan,

sebagaimana ditentukan oleh sekuensing amplikon ekstrak DNA lingkungan, dan

memungkinkan untuk studi lebih lanjut tentang faktor-faktor panas bumi yang berdampak

pada kehidupan di lapisan bawah dalam.

Dari analisis BLAST, pohon filogenetik dibuat. Pohon tersebut berfungsi untuk

menghubungkan simpul dan dianggap sebagai unit taksonomi, seperti akar spesies atau

genetrees adalah bagian tertua dari semua organisme yang dianalisis. Urutan Allignment

sampel dari database Bank Gen dilakukan dengan menggunakan program Mega 0.6 dan

Clustal W (Gambar 2). Mayoritas dari 14 isolat yang diamati memiliki hubungan khusus

dengan Bacillus yang berbeda dari satu isolat ke isolat lainnya. Misalnya, isolat DM1 dan

DM2 memiliki hubungan yang lebih dekat. Sebaliknya, isolat DM12, DM5, DM14, DM10
dan DM11, memiliki hubungan terdekat dengan Bacillus sp. Namun, semua isolat memiliki

hubungan dekat dengan Bacillus sp. (Gambar 4).

4. Kesimpulan Dari hasil penelitian, dapat diidentifikasi bahwa keempat isolat bakteri

heterotrof memang memiliki hubungan dengan Bacillus sp. Semua isolat memiliki homologi

lebih dari 90%. Selain itu, empat belas bakteri heterotrof memiliki kemampuan untuk

menghambat pertumbuhan bakteri patogen untuk ikan. Dalam tes antagonisme, zona

penghambatan yang ditunjukkan oleh isolat DM5, DM6, dan DM4 paling tinggi terhadap

V.alginolyticus. Sementara itu, isolat lain memiliki zona hambat sedang dan lemah. Isolate

DM11 adalah isolat terbaik dalam menghambat pertumbuhan tiga bakteri patogen, V.

alginolyticus (9.6mm), A. hydrophila (5.6mm) dan Pseudomonas sp. (6.8mm), dibandingkan

dengan 13 isolat lainnya.

5. Pengakuan Penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada Kementerian Teknologi Riset

dan Pendidikan Tinggi, untuk mendanai penelitian ini sesuai dengan Hibah Kompetensi No.

486 / UN.19.5.1.3 / PP / 2017.