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TALLER 2. Enzimas
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Las enzimas son a catalizadores específicos que tienen un rol fundamental en la regulación
de la química de las células y los organismos. La catálisis es esencial para hacer que muchas
reacciones bioquímicas de importancia crucial se produzcan en condiciones fisiológicas a
velocidades útiles. Una reacción que requiere muchas horas para completarse no puede ser
útil desde el punto de vista metabólico para una bacteria que ha de reproducirse en 20
minutos, o para una célula nerviosa humana que debe responder a un estímulo de forma
instantánea.
Esta reacción, aunque muy favorecida termodinámicamente, es muy lenta, a menos que
esté catalizada. Una botella de una solución de H202 puede ser almacenada durante meses
sin degradarse. Sin embargo, si se añade ion férrico (por ejemplo, como FeCl3), la velocidad
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de la reacción aumenta unas 1000 veces. La proteína hemoglobina, que contiene hierro, es
aún más eficaz para incrementar la velocidad de esta reacción. Si uno aplica la solución de
peróxido de hidrogeno a un corte de un dedo, observa un burbujeo inmediato del 0 2
liberado: la reacción se está produciendo ahora aproximadamente un millón de veces más
rápidamente que el proceso sin catalizar. Por otro lado, la catalasa, una enzima presente
en muchas células, aumenta la velocidad de la descomposición del H202, aproximadamente
1000 millones de veces. A nivel celular, algunas reacciones producen peróxido de
hidrógeno, que es un oxidante peligroso, por lo que la catalasa se ha perfeccionado para
procesarlo rápidamente. Este ejemplo muestra que la velocidad de una reacción favorable
depende, en gran medida, de que exista o no un catalizador y de la naturaleza de este. Los
catalizadores biológicos, entre ellos las enzimas, se encuentran entre los más eficaces y
específicos que se conocen.
La mayoría de las enzimas son proteínas con excepción de un pequeño grupo de moléculas
de RNA catalítico, todas las enzimas son proteínas. Su actividad catalítica depende de la
integridad de su conformación proteica nativa. Si se desnaturaliza o disocia una enzima, se
suele perder la actividad catalítica. Así, las estructuras primaria, secundaria, terciaria y
cuaternaria de las proteínas enzimáticas son esenciales para su actividad catalítica. Las
enzimas, al igual que otras proteínas, tienen masas moleculares relativas que van desde
unos 12.000 hasta más de 1 millón.
Algunas enzimas sólo requieren los aminoácidos para su actividad, otras requieren un
componente químico adicional llamado cofactor. El cofactor puede ser uno o varios iones
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inorgánicos tales como Fe2+, Mg2+, Mn2+ o Zn2+ (Tabla 1). Si este grupo es una molécula
orgánica o metalorgánica se denomina coenzima (Tabla 2).
Algunas enzimas requieren tanto de una coenzima como de uno o más iones metálicos para
su actividad. Una coenzima o ion metálico unido covalentemente o de manera muy fuerte
a la proteína enzimática se denomina grupo prostético. Una enzima junto con su coenzima
y/o iones metálicos se denomina holoenzima. La parte proteica de tal enzima se denomina
apoenzima o apoproteína. Las coenzimas actúan como transportadores transitorios de
grupos funcionales específicos. La mayoría de ellos son derivados de las vitaminas,
nutrientes orgánicos requeridos en pequeñas cantidades en la dieta.
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Muchas enzimas se han bautizado añadiendo el sufijo -asa al nombre de su sustrato o a una
palabra o frase que describe su actividad. Así, la ureasa cataliza la hidrólisis de la urea y la
DNA polimerasa cataliza la polimerización de nucleótidos en la síntesis de DNA. Otras
enzimas recibieron nombres muy generales antes de conocer cuál era su reacción
específica. Por ejemplo, una enzima que actuaba en la digestión de la comida se llamó
pepsina, del griego pepsis, “digestión”. Otras recibieron el nombre en virtud de su origen o
el modo como se obtuvieron: la tripsina, del griego tryein, “desgastar”, se obtuvo frotando
tejido pancreático con glicerina. A veces la misma enzima tiene dos o más nombres. Debido
a tales ambigüedades y al número creciente de enzimas que se descubren, se ha adoptado
por acuerdo internacional un sistema de nomenclatura y clasificación de las enzimas. Este
sistema distribuye a las enzimas en seis clases principales, según el tipo de reacción
catalizada (Tabla 3).
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Figura 1
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Las interacciones débiles entre enzima y sustrato son óptimas en el estado de transición.
¿Cómo utiliza una enzima la energía de fijación para disminuir la energía de activación de la
reacción? La formación del complejo ES no es por sí misma la explicación, aunque algunas
de las primeras consideraciones sobre los mecanismos de reacción empezaron con esta
idea. Estudios sobre la especificidad enzimática llevados a cabo por Emil Fischer le
condujeron a proponer, en 1894, que las enzimas eran estructuralmente complementarias
a sus sustratos de forma que se acoplaban del mismo modo que una llave a una cerradura.
Esta idea de que una interacción específica (y exclusiva) entre dos moléculas biológicas está
facilitada por superficies moleculares con formas complementarias ha influido
profundamente en el desarrollo de la bioquímica y se halla en el centro de muchos procesos
bioquímicos. No obstante, la hipótesis de la “llave y la cerradura” puede ser engañosa
cuando se aplica a la catálisis enzimática. Una enzima totalmente complementaria a su
sustrato sería una enzima muy deficiente.
Consideremos una reacción imaginaria: la ruptura de una vara metálica magnética (Figura
3). La reacción no catalizada se muestra en la figura. Examinaremos ahora dos enzimas
imaginarias (dos “varasas”) que pudieran catalizar esta reacción, utilizando fuerzas
magnéticas como ejemplo de la energía de fijación real utilizada por las enzimas.
Diseñaremos en primer lugar una enzima perfectamente complementaria al sustrato. El
sitio activo de esta varasa es una bolsa forrada con imanes. Para que se dé la reacción
(ruptura), la vara debe alcanzar el estado de transición de la reacción, pero se fija de una
manera tan fuerte al sitio activo que no puede doblarse, ya que la curvatura de la vara
eliminaría algunas de las interacciones magnéticas entre la vara y la enzima. Una enzima así
impide la reacción ya que estabiliza el sustrato. En un diagrama de la coordenada de
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reacción, este tipo de complejo ES correspondería a un pozo energético del que le sería muy
difícil salir al sustrato. Tal enzima no sería útil.
La noción moderna de la catálisis enzimática, propuesta por primera vez por Michael
Polanyi (1921) y por Haldane en 1930 y después elaborada por Linus Puling en 1946 dice:
para que una enzima catalice una reacción ha de ser complementario al estado de transición
de la reacción. Ello significa que las interacciones óptimas entre sustrato y enzima sólo
pueden tener lugar en el estado de transición. En la figura se puede observar de qué modo
puede actuar una enzima de este tipo. La vara de metal se fija a la varasa, pero sólo se utiliza
unas cuantas interacciones para formar el complejo ES. El sustrato ligado aún ha de
experimentar el aumento de energía libre necesario para alcanzar el estado de transición.
Ahora, sin embargo, el incremento de energía libre necesario para llevar la vara a una
conformación curva y parcialmente partida queda nivelado, o es “pagado”, por las
interacciones magnéticas que se forman entre la enzima y el sustrato en el estado de
transición. Muchas de estas interacciones se dan en partes de la vara distantes del punto
de ruptura, así, las interacciones entre la enzima y partes no reactivas del sustrato
proporcionan una cierta cantidad de la energía necesaria para catalizar la ruptura. Esta
“factura energética” se traduce en una energía de activación neta inferior y una mayor
velocidad de reacción.
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Figura 3
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CINÉTICA ENZIMÁTICA
Una enzima: (1) une el sustrato o sustratos, (2) reduce la energía del estado de transición,
y (3) impulsa directamente el acontecimiento catalítico. Cuando el proceso catalítico se ha
completado, la enzima debe ser capaz de liberar el producto o productos y volver a su
estado original, para estar preparada para un nuevo ciclo de catálisis. Para una enzima (E)
que cataliza la conversión de un único sustrato (S) en un único producto (P), la forma más
sencilla de escribir la reacción global es en dos pasos:
S + E ↔ ES
ES → E + P
Las dos magnitudes que caracterizan a una enzima que obedezca la cinética de Michaelis-
Menten son KM y Kcat (o K2). La constante de Michaelis, KM, se suele asociar con la afinidad
de la enzima por el sustrato. A menor KM, mayor afinidad del enzima por el sustrato, y a
mayor KM, menor afinidad. Y también podríamos decir que KM mide la tendencia de ES a
disociarse. Sin embargo, esta definición no es muy útil, puesto que una KM elevada puede
significar que el producto se forma rápidamente o que el complejo se disocia rápidamente.
Tal vez la forma más útil de interpretar KM sea que, para cualquier reacción que siga la
ecuación de Michaelis-Menten, KM es numéricamente igual a la concentración de sustrato
a la que la velocidad de reacción ha alcanzado la mitad de su valor máximo. Así pues, KM
es una medida de la concentración de sustrato necesaria para que se produzca una catálisis
eficaz.
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La segunda constante, kcat (o k2), constituye una medida directa de la producción catalítica
de producto en condiciones óptimas (enzima saturada). Las unidades de kcat son s-1, por lo
que el recíproco de kcat puede interpretarse como un tiempo, el tiempo necesario para que
una molécula de enzima “recambie” una molécula de sustrato. Otra posibilidad es
interpretar kcat como el número de moléculas de sustrato recambiadas por molécula de
enzima por segundo. Así pues, kcat se denomina a veces número de recambio.
Disponiendo de los datos de concentraciones y velocidades iniciales, ¿cómo podemos
determinar KM y kcat? La mejor forma es reordenar la ecuación de Michaelis-Menten, de
manera que proporcione una gráfica lineal. Hay varios tipos de gráficas posibles, pero la que
se utiliza más es una representación doble inversa, también llamada representación de
Lineweaver-Burk.
INHIBICIÓN ENZIMÁTICA
Podemos aprender más acerca de la forma en que actúan las enzimas mediante los estudios
de inhibición. Muchos tipos diferentes de moléculas inhiben las enzimas, y actúan de
diversas formas. Debe establecerse una distinción importante entre la inhibición reversible
y la inhibición irreversible. La primera comporta una unión no covalente del inhibidor que
siempre puede revertirse, al menos en principio, mediante la eliminación del inhibidor. En
algunos casos, la unión no covalente puede ser tan fuerte que parezca irreversible en
condiciones fisiológicas. Un ejemplo de ello es la unión del inhibidor de la tripsina a la
tripsina. En cambio, en la inhibición irreversible, una molécula se une de forma covalente a
la enzima y la incapacita realmente. La inhibición irreversible se suele observar en la acción
de toxinas y venenos específicos, muchos de los cuales pueden causar la muerte al
incapacitar enzimas clave. Por otro lado, la acción terapéutica de muchos fármacos
depende de su actuación como inhibidores enzimáticos, como veremos en muchos
ejemplos.
Inhibición reversible
Los diversos modos de inhibición reversible implican todos ellos la unión no covalente de
un inhibidor con la enzima, pero difieren en los mecanismos por medio de los cuales
reducen la actividad enzimática y en la forma en que afectan la cinética de la reacción.
Inhibición competitiva
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Supongamos que existe una molécula que se parece tanto al sustrato de una reacción
catalizada por una enzima, que la enzima aceptará esta molécula en su lugar de unión. Si la
molécula puede procesarse también por la enzima, se trata simplemente de un sustrato
alternativo competitivo. Sin embargo, si la molécula se une al sitio activo, pero no puede
sufrir el paso catalítico, simplemente hace perder el tiempo a la enzima. Una molécula de
este tipo se denomina inhibidor competitivo. Durante la fracción de tiempo en que la
molécula de inhibidor competitivo está ocupando el lugar activo, la enzima no está
disponible para la catálisis. El efecto global es como si la enzima no pudiera unirse al sustrato
tan bien cuando está presente el inhibidor. Así pues, cabe prever que la enzima actúe como
si su KM se incrementara por la presencia del inhibidor.
Inhibición no competitiva
Esta forma de inhibición se produce cuando una molécula o un ión pueden unirse a un
segundo lugar de una superficie enzimática (no el lugar activo) de tal manera que modifican
la kcat. Podrían distorsionar, por ejemplo, la enzima de manera que el proceso catalítico no
fuera tan eficaz. Un inhibidor no competitivo de este tipo puede ser una molécula que no
se parece al sustrato en absoluto, sino que tiene una fuerte afinidad por un segundo lugar
de unión. El caso más sencillo que cabe considerar es uno en el que la molécula del inhibidor
no interfiera en forma alguna con la unión del sustrato, sino que impida por completo el
paso catalítico. Dado que el lugar de unión de I (inhibidor) está completamente separado
del lugar de unión de S, podemos suponer que el inhibidor se unirá igual de bien a E que a
ES, con la misma para ambos.
Inhibición irreversible
Algunas sustancias se combinan de forma covalente con las enzimas y las inactivan de
manera irreversible. Casi todos los inhibidores enzimáticos irreversibles son sustancias
tóxicas, naturales o sintéticas. En la mayoría de los casos estas sustancias reaccionan con
algún grupo funcional del lugar activo para bloquear el lugar del sustrato o para dejarlo
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a) ¿Qué es una enzima? (5 p/10 p) b) ¿Qué sucede si una enzima se desnaturaliza? (5 p/10
p)
a) Son proteínas que tienen actividad como catalizadores de reacciones químicas orgánicas.
Estas aceleran la velocidad de reacción, reducen la barrera de energía para una reacción
y participan en casi todas las reacciones que ocurren en un organismo.
a-. El catalizador no tiene efecto cuando el sustrato al que se debe unir no contiene un sitio
activo, es decir que la enzima catalizadora no pueda realizar la función, otro aspecto de la
reacción es cuando el pH afecta al sitio activo del sustrato, esto produce que los valores
extremos de pH puedan hacer que las enzimas catalizadoras se desnaturalicen. También
aumentar o disminuir la temperatura fuera del rango tolerable de la enzima puede afectar
los enlaces químicos en el sitio activo, y causar que sean menos adecuados para la unión
con los sustratos.
b-. Para catalizar una reacción, una enzima se pega (une) a una o más moléculas de reactivo.
Estas moléculas son los sustratos de la enzima. La parte de la enzima donde se une el
sustrato se llama el sitio activo (ya que ahí es donde sucede la "acción" catalítica), asimismo,
contrario al punto anterior, la temperatura y el valor de pH deben ser los adecuados para
que no afecten a la enzima catalizadora.
3.-Nombre tres clases de enzimas, el tipo de reacción que catalizan y ejemplifique en cada
caso (5 p).
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4.- ¿Cuáles son las dos hipótesis planteadas para explicar la acción enzimática? Explíquelas.
(10 p).
6.- ¿Qué diferencias existen entre la inhibición competitiva y no competitiva? (10 p).
7.- ¿Por qué es mejor el modelo de encaje inducido que el de llave cerradura? Explique en
función de las variables termodinámicas (10 p).
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La relación que existe es que, a menor Km, mayor afinidad de enzima de sustrato, porque
con bajas concentraciones de sustrato se puede alcanzar la mitad de la velocidad máxima
por el contrario, a mayor Km, menor afinidad de la enzima por el sustrato, porque son
necesarias grandes cantidades de sustrato para alcanzar la mitad de la velocidad máxima.
b) Compare las Km de ambas enzimas e indique qué relevancia fisiológica tiene esta
diferencia (5 p/10 p).
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mayor, produciendo la enzima catalizadora se una más rápido a su sitio activo y ocurra
más rápido la fosforilación de la glucosa, dejando una reacción irreversible. Al contrario de
esta enzima, la enzima glucoquinasa tiene un Km mayor, por lo que la fosforilación será
una reacción más lenta, debido a que el sitio activo será más difícil de unir a la enzima
catalizadora.
La relevancia fisiológica que tiene en el cuerpo es que el alto nivel de glucosa en la sangre
puede producir enfermedades, por lo tanto, la fosforilación de la glucosa es necesaria en
nuestro organismo.
10.- Se mide la velocidad inicial de una enzima a seis diferentes concentraciones de sustrato,
luego se hace un gráfico de Lineweaver-Burk con estos datos. Se ajustan los datos por medio
de regresión lineal, obteniendo el valor de la pendiente y el intercepto en el eje y, los cuales
se presentan en la siguiente figura (15 p).
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