Eléments génétiques mobiles

ƒ Les éléments mobiles sont des fragments d’ADN insérés dans le génome
d’un organisme hôte, qui ont la propriété de se déplacer d’un point à un
autre du génome: on dit « de transposer » à l’intérieur de la même cellule.

ƒ On peut les classer en deux groupes chez les bactéries :

- les transposons

- les plasmides
Les plasmides
 Les plasmides : caractéristiques générales

„ Molécules d'ADN circulaire

Extrachromosomiques

Réplication autonome

Transmis de façon stable au cours des divisions cellulaires

Non indispensables à la bactérie-hôte

Confèrent à la bactérie-hôte une grande souplesse génétique

Présents chez la plupart des espèces bactériennes

Très différents les uns des autres

Taille variable entre 1 à 400 kb

 Propriétés des plasmides

Association modulaire de gènes regroupés en unités fonctionnelles.

Les gènes impliqués dans la réplication
• Un plasmide est un réplicon, il possède donc un système de réplication
autonome, lui permettant de se maintenir à un taux constant dans les
cellules au cours des divisions successives.

• Ce système de régulation est à l'origine du phénomène d'incompatibilité et

du contrôle du nombre de copies plasmidiques dans la cellule bactérienne.

• Des plasmides incompatibles ne peuvent coexister dans la même cellule,

car leur réplication est soumise au même système de régulation.

• Les plasmides sont ainsi classés en groupe d'incompatibilité ou groupe Inc.

• Des plasmides appartenant au même groupe d'incompatibilité présentent de

fortes homologies ADN/ADN et sont fortement apparentés structuralement.
 Propriétés des plasmides
Les gènes de transfert : les plasmides conjugatifs
• Un plasmide conjugatif : plasmide autotransférable d'une bactérie à une
autre par conjugaison.
• Taille > 30 kb chez Escherichia coli 90 kb - 30 à 50 kb gènes tra.
• Nombre de copies faible : 1 à 3 par cellule.
• L'ensemble des gènes nécessaires à la conjugaison chez F sont organisés
en opéron : l'opéron tra.
• Codent pour :
les pili sexuels
les protéines nécessaires à la conjugaison
• Transfert :
Interspécifique, intragénérique, « hétérogrammique »
• Conséquence : rôle très important dans la dissémination de l'information
génétique.
 Plasmides non conjugatifs

„ Les plasmides non conjugatifs : non autotransférables

„ Taille plus petite : 1 à 70 kb

„ Souvent cryptiques

„ Contrôle relâché de la réplication : nombre de copies > 10

„ Mais il peuvent être transférés à une autre bactérie par :

• transduction

• mobilisation
Les gènes impliqués dans la réplication

oriR

rep

Plasmide

oriR : origine de réplication rep : gènes de réplication

 Les gènes de transfert : les plasmides conjugatifs

oriR

rep

Plasmide
conjugatif

opéron tra

oriR : origine de réplication rep : gènes de réplication opéron tra : opéron des gènes de transfert
 Les gènes conférant des propriétés nouvelles
aux bactéries

oriR
gène(s)
de résistance
ou de virulence
rep

Plasmide
R
conjugatif
opéron tra

oriR : origine de réplication rep : gènes de réplication opéron tra : opéron des gènes de transfert
 Les gènes conférant des propriétés nouvelles aux bactéries

Les gènes de résistance aux antibiotiques

Les plasmides de résistance aux antibiotiques ou plasmides R, découverts dans les

années 1950.
Plasmides retrouvés dans toutes les espèces bactériennes, à l'exception de
Streptococcus pneumoniae.
C'est de loin le support génétique le plus fréquent de la résistance aux antibiotiques.
La résistance plasmidique concerne la quasi-totalité des antibiotiques
La résistance est liée à la synthèse de protéines nouvelles et non à une modification
des constituants bactériens normaux
(mutation chromosomique) :
. altération de la cible de l'antibiotique (sulfamides)
. modification du transport de l'antibiotique (tétracycline)
. inactivation de l'antibiotique (ß-lactamines, aminosides)
. substitution de la cible de l'antibiotique (macrolides)
 Genres ou espèces bactériennes portant des
plasmides de résistance aux antibiotiques
Bactéries à Gram négatif Bactéries à Gram positif
Enterobacteriaecae
Actinomyces
Pseudomonas
Bacillus
Aeromonas
Clostridium
Vibrio
Listeria
Haemophilus
Streptococcus sp.
Acinetobacter
Enterococcus sp.
Bordetella
Lactococcus sp.
Pasteurella
Staphylococcus sp.
Yersinia
Lactococcus sp.
Campylobacter
Staphylococcus sp.
Bacteroides
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria meningitidis
Les gènes conférant des propriétés nouvelles aux bactéries

Les gènes de virulence

- Etudiés surtout chez les entérobactéries (Escherichia coli, Shigella, Yersinia,
Salmonella), mais également chez des bactéries à Gram positif
(Staphylococcus aureus, Bacillus anthracis).
- Plasmides de grande taille : > 200 kb.
Exemples :
Le plasmide de virulence de Shigella code pour les protéines
permettant à la bactérie de se multiplier dans les cellules de la
muqueuse digestive.
Certaines hémolysines sont localisées sur des plasmides.
Toxine LT ou ST chez E. coli entérotoxinogène.
Facteurs d'adhésion.
Les gènes conférant des propriétés nouvelles aux bactéries

Les gènes métaboliques

Ce sont des facteurs non indispensables à la vie de la bactérie.

Cause d'erreur pour l'identification des souches.
Sont d'un grand intérêt sur le plan biotechnologique, car peuvent
dégrader des produits chimiques.
Les transposons
 La transposition

Séquence d'ADN capable de promouvoir leur translocation

- d'un réplicon sur un autre : transposition intermoléculaire

- sur le même réplicon : transposition intramoléculaire

 Définition des transposons

- Séquences d'ADN capables de changer de localisation dans le génome sans

jamais apparaître à l'état libre

- Les transposons ne peuvent se répliquer mais codent pour les déterminants de

la transposition et ceux d'autres fonctions (résistance aux antibiotiques)

- La transposition: mécanisme d'évolution rapide consistant dans l'addition pure

et simple de gènes (ADN) de taille définie au sein d'un génome
(chromosome / plasmide) et en l'absence d'homologie de séquence
nucléotidique (recombinaison illégitime).
 Découverte des transposons chez les bactéries

- Première évocation de gènes mobiles venue d'expériences de

génétique chez le maïs (Mcclintock 1951).
- Lors de caractérisation des plasmides, il a été observé d'étranges
recombinaisons de gènes de résistance aux antibiotiques:
Découverte des séquences IS (insertion sequences) en 1968 dans l’opéron gal
de E. coli, puis d’un transposon poteur de la résistance à l’ampicilline chez P.
aeruginosa en 1971.
Le gène amp, s'accompagnait du même accroissement de taille du plasmide
receveur, preuve directe d'une addition de matériel génétique (10 kb)(1974).
 La transposition

„ Caractéristiques générales

- Événement rare (10-5 à 10-6).

- Absence d'homologie entre les ADN interagissant.

- Indépendante des fonctions de recombinaison de la bactérie-hôte

(protéine RecA).

- Peut théoriquement s'intégrer n'importe où. Cependant certaines

régions riches en A+T, entraînant une certaine conformation de l'ADN-
cible, constituent des points chauds d'insertion.
- Multicopies dans certaines bactéries:
exemple: 5-10 copies de IS1 dans E coli, 40 copies dans Salmonella.
 Transposition

Tn P2
Tn
Tn
Tn

P1
Chromosome
 Les transposons

„ Classification
- Les séquences d'insertion.

- Les transposons composites.

- La famille Tn3.

- Les transposons conjugatifs.

 IR IR
IS

Séquences d'insertion
tnp

IS : séquence d'insertion
IR : séquence inversée répétée
tnp: transposase (endonucléase spécifique + intégrase)
- Éléments transposables les plus simples, très répandus chez les bactéries
à Gram négatif (entérobactéries)
- Plusieurs copies intégrées dans le chromosome ou dans un
plasmide.
- Structure moléculaire: taille ( 700 et 5700 bp). Flanquées de 2 séquences
inversées répétées plus ou moins parfaites (IR), indispensables pour la
transposition et affines de facteurs de transposition.
- La longueur de la séquence cible génomique est variable d’une IS à l’autre, pas
de séquence consensus.
 Tn ?
( )

( )
? +
ADN Cible

Tn

?
+
 Transposons de type Tn3
IR IR
SRI

tnpA tnpR bla

IR : séquence inversée répétée et tnpA, gène codant pour la transposase
tnpR : gène codant pour la résolvase SRI: site de résolution interne
bla : gène de résistance aux ß-lactamines

Très nombreux chez les bactéries :

- à Gram négatif : Tn3 (4.9 kb, ApR), Tn4 (20 kb, ApR, SmR, SuR),
Tn1721 (10 kb,TcR)
- à Gram positif: Tn551 (5.3 kb, EmR), Tn917 (5.2 kb, EmR)
 Transposons composites
IR IR IR IR
IS IS

Tnp cat chloramphénicol tnp

tet tétracycline
Km kanamycine

IS : séquence d'insertion
IR : séquence inversée répétée
tnp : transposase
Fragment d'ADN :gène de résistance aux antibiotiques, gène de virulence,
gène métabolique
Très nombreux chez les bactéries à Gram négatif :
. Tn5 (5,7 kb, KmR)
. Tn9 (2,6 kb, CmR)
. Tn10 (9,3 kb, TcR)
 Types de mutations causées par les transposons

Insertions
- dans une phase codante : interruption de la phase, polypeptide tronqué.

- en amont d'un gène dans une zone régulatrice : dérégulation

•soit transcription inhibée (éloignement entre promoteur et séquences
activatrices ou destruction de ces dernières,
•soit transcription activée (promoteur propre faible, remplacé par un
promoteur fort présent à l'intérieur du transposon); ceci peut
conduire à l'induction ectopique (ectopique = autre lieu) de la
transcription (dérégulation spatio-temporelle).

Inversions ou délétions

affectant les portions de génome situées entre deux éléments

transposables :
•dans la même orientation : délétion
•en orientation opposée : inversion
 Transposons conjugatifs

fonction tra+ tetM xis-Tn int-tn

xis-Tn : gène codant pour l'excisionase

int-Tn : gène codant pour l'intégrase
tetM : gène codant pour la résistance
fonction tra+ : gènes nécessaires au transfert

Détectés chez les bactéries à Gram positif :

. Tn916 (E. faecalis, 16 kb, TcR)
. Tn1545 (S. pneumoniae, 25 kb, KmR, EmR, TcR
 Tn1545 et transposons apparentés

Hc Hc Hc Hc Hc Hc
Tn1545
25,3 kb Tra+
aphA ermAM 12 tetM 6 91078 xis-
Tnint-Tn

Hc Hc Hc Hc Hc Hc
Tn916
242322 21 20 191817 18 kb Tra+
16 15 14 13 12 tetM 6 91078 xis-
Tnint-Tn
oriT
 Mobilités intra- et intercellulaire de Tn1545 et des éléments
apparentés

Chromosome

Tn1545

Excision
(Xis +Int)
Transfert Intégration
Intégration (tra)
(Int) (Int)

Plasmide

D o n a t r ic e
x R é c e p t r ic e
 Spectre d'hôte des transposons conjugatifs

Escherichia coli
Pseudomonas fluorescens

potentiel Bacillus spp.

donneur Clostridium spp.
de Tn916 Enterococcus spp.
Lactococcus spp.
Listeria spp.
Staphylococcus spp.
Streptococcus spp.
 Rôle et intérêt des transposons

- Les transposons constituent un génome collectif ou un patrimoine

génétique commun, dans lequel puissent les bactéries en fonction
de leur nécessité d'adaptation ou de la pression de sélection

- Ces éléments sont la preuve du "génie génétique in vivo :

Création de mutations nouvelles, de recombinaisons, de
réarrangements des génomes. Ils contribuent au polymorphisme.

- Mutations: modulation de l'expression d'un gène.

- Réarrangements: insertion, inversions, délétions…
Modes de transposition

• par l’intermédiaire d’une coupure simple brin (transposon procaryotes: Mu, Tn3).
Les extrémités 3’OH libérées peuvent servir d’amorce à la réplication. Une réplication
semi-conservative a lieu pendant la transposition (cf l’exemple de Tn3).
Excision de l’élément transposable
•parfaite : par recombinaison entre les séquences cibles (qui sont en
orientation directe), restauration de la séquence sauvage, avec une seule
séquence cible.
•imparfaite : par recombinaison sur les LTRs (ex: Ty), une LTR reste au site
d'insertion entre deux séquences cibles qu'on appelle LTR solo.
•imparfaite : par cassure double brin et réparation imparfaite (ex: élément P),
délétion de matériel génomique de part et d'autre du point d'insertion
•réarrangement : addition de matériel génomique inconnu

Recombinaison
•entre 2 éléments situés sur des chromosomes non homologues :
translocation
•entre 2 éléments non alléliques mais situés sur des chromosomes homologues :
translocation.

Conversion génique
Modification de la séquence d'un élément transposable par copie de la séquence
d'un autre élément transposable du même type situé ailleurs dans le génome.
 Méthodes d'études des plasmides (1)
Extraction et purification de l'ADN plasmidique
„ Mini préparation par la méthode de la lyse alcaline.
- Lyse des bactéries.
- Dénaturation de l'ADN par action combinée de la soude et du SDS.
- Renaturation de l'ADN plasmidique et précipitation de l'ADN
chromosomique.

„ Ultracentrifugation en chlorure de césium bromure d'éthidium.

„ Analyse du contenu plasmidique par électrophorèse en gel d'agarose.

- Digestion par des enzymes de restriction : profil de restriction.
- Transfert selon la technique de Southern et hybridation avec des sondes
spécifiques.
 Méthodes d'études des plasmides (2)
Cure et transfert de l'ADN plasmidique
„ Cure plasmidique : élimination du plasmide de la bactérie qui l'héberge.
- Cure spontanée, événement rare.
- Cure chimique avec des produits qui vont inhiber sélectivement la
réplication plasmidique ou interférer avec la ségrégation de ces
molécules (agents intercalants).
- Cure thermique.

„ Transfert
- Conjugaison à une bactérie réceptrice.
- Transformation.
 TRANSFORMATION

p1 : plasmide conjugatif
P1
Bactérie sauvage (WT) ApKmTc
P2 P2 : plasmide non conjugatif
P3
SmSu mobilisable par p1
P3 : plasmide non conjugatif Ap
non mobilisable par p1
Bactérie sauvage (WT)
Extraction de l'ADN plasmidique
P1
+ Réceptrice compétente
P2
P3

Sélection Km (ou Ap, Sm, Tc)

Km
ou Ap
ou Tc Sm Ap

P1 P2 P3

Phénotype : (Ap, Km, Tc) (Sm, Su) (Ap)

Souche : T1 (transformant 1) T2 T3
 P
ant
intI1
Les Intégrons :
des structures qui int egrase gene attI
+

permettent une
construction modulaire
des plasmides de resistance gene 1

résistance Int

Pant

ant1 R
+

resistance gene 2

Int