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Contenido
■ 1 Fundamento e importancia
■ 2 Reactivos
■ 3 Ciclo de amplificación
■ 3.1 Inicialización
■ 3.2 Desnaturalización
■ 3.3 Alineamiento o unión del cebador
■ 3.4 Extensión o elongación de la cadena
■ 3.5 Elongación final
■ 3.6 Conservación
■ 3.7 Optimización de la PCR
■ 4 Tipos de PCR
■ 4.1 PCR anidada
■ 4.2 PCR in situ
■ 4.3 PCR múltiplex
■ 4.4 PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR)
■ 4.5 PCR en tiempo real o PCR cuantitativa (qPCR)
■ 4.6 Variaciones de la PCR básica
■ 5 Aplicaciones
■ 5.1 Investigación
■ 5.2 Medicina
■ 5.3 Paleontología, antropología biológica, y ciencias forenses
■ 5.4 Agronomía y diversidad
■ 6 Historia
■ 6.1 Guerras de patentes
■ 7 Referencias
■ 7.1 Citadas en el texto
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Fundamento e importancia
Esta técnica se fundamenta en la propiedad natural de las ADN polimerasas para replicar hebras de
ADN, para lo cual emplea ciclos de altas y bajas temperaturas alternadas para separar las hebras de
ADN recién formadas entre sí tras cada fase de replicación y, a continuación, dejar que vuelvan a
unirse a polimerasas para que vuelvan a duplicarlas. La reacción en cadena de la polimerasa fue
desarrollada por Kary Mullis perteneciente a la Cetus Corporation en California SA, en la década de
1980.
Inicialmente la técnica era lenta, ya que las polimerasas se desnaturalizaban al realizar los cambios
de temperatura y era necesario agregar nuevas polimerasas en cada ciclo. Puesto que las
temperaturas del ciclo (95 °C en las fases de desnaturalización del ADN) suponen la inmediata
desnaturalización de toda proteína, se emplean ADN polimerasas termoestables, extraídas de
microorganismos adaptados a vivir a esas temperaturas, restrictivas para la mayoría de los seres
vivos. Dichos microorganismos, generalmente arqueas, son: Thermus aquaticus (polimerasa Taq),
Pyrococcus furiosus (Pfu), Thermococcus litoralis (Vent) y Thermus termophilus (Tth).
Generalmente se emplean mezclas de polimerasas muy procesivas (Taq) con otras capaces de hacer
corrección de errores (Pfu, Vent).
Reactivos
Para realizar la técnica se necesitan:2
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Ciclo de amplificación
El proceso de PCR por lo general consiste en una
serie de 20 a 35 cambios repetidos de
temperatura llamados ciclos; cada ciclo suele
consistir en 2-3 pasos a diferentes temperaturas.
La PCR común se realiza con ciclos que tienen
tres pasos de temperatura. Los pasos de ciclos a
menudo están precedidos por un choque térmico Grado de amplificación según el número de
(llamado "hold") a alta temperatura (> 90 °C), y ciclos empleados. A: gel de agarosa (1: ladder, 2:
seguido por otro hold al final del proceso para la producto específico, 3: producto inespecífico); B
extensión de producto final o el breve concentración de ADN respecto del tiempo; C
almacenaje. Las temperaturas usadas y el tiempo logaritmo de la concentración de ADN respecto
aplicado en cada ciclo dependen de gran del tiempo.
variedad de parámetros. Éstos incluyen la
enzima usada para la síntesis de ADN, la
concentración de iones divalentes y de los dNTP en la reacción, y la temperatura de unión de los
cebadores, así como la longitud del ADN que se desea amplificar. 2
Inicialización
Este paso consiste en llevar la reacción hasta una temperatura de 94-96 °C (ó 98 °C si se está usando
una polimerasa termoestable extrema), que se mantiene durante 1-9 minutos. Esto sólo es necesario
para ADN polimerasas que requieran activación por calor.
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Desnaturalización
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Elongación final
Etapa única que se lleva a cabo a una temperatura de 70-74 °C durante 5-15 minutos tras el último
ciclo de PCR. Con ella se asegura que cualquier ADN de cadena simple restante sea totalmente
ampliado.
Conservación
Este paso se lleva a cabo a 4-15 °C durante un tiempo indefinido para conservar la reacción a corto
plazo.
La PCR normalmente se realiza con un volumen de reacción de 15-100 µL, en pequeños tubos de 0.2
-0.5 mL que se colocan en el termociclador.
Para verificar que la PCR ha generado el fragmento de ADN previsto, se emplean técnicas de
electroforesis, que separan los fragmentos de ADN generados de acuerdo a su carga, esto es,
longitud, y, en menor medida y dependiendo de la matriz empleada, a su tamaño: típicamente se
emplean la electroforesis en gel de agarosa, para fragmentos grandes; en acrilamida, para los más
pequeños; y, de forma más rápida y aplicable a la PCR asociada a marcaje fluorescente, la
electroforesis capilar.3 El/los tamaño/s de los productos de la PCR vienen determinados por un
marcador de peso molecular de ADN, el cual contiene fragmentos de ADN de tamaño conocido, y
que se corre en el gel junto con los productos de PCR.
Optimización de la PCR
En la práctica, la PCR puede fallar por varias razones, pero normalmente es debido a su sensibilidad
a la contaminación, que a veces provoca la amplificación de ADN "falso". Por esto, se han
desarrollado un gran número de técnicas y procesos para optimizar la PCR:
■ La contaminación con ADN extraños puede solucionarse con protocolos y procedimientos que
separen las reacciones pre-PCR de los contaminantes potenciales del ADN. Esto normalmente
implica la separación espacial de las áreas de realización de la PCR de las de análisis o
purificación de los productos de PCR, y la limpieza exhaustiva de la superficie de trabajo entre
la realización de una PCR y la siguiente.
■ Las técnicas de diseño de cebadores son importantes en la mejora de la obtención de productos
de PCR y en evitar la formación de productos falsos, y el uso de componentes alternativos
para los buffers o las enzimas polimerasas pueden ayudar en la amplificación de regiones de
ADN largas o, de cualquier otra forma, problemáticas.
Tipos de PCR
PCR anidada
Técnica muy sensible de PCR en la que el producto de una amplificación es utilizado como molde
para realizar una segunda amplificación con cebadores que se ubican dentro de la primera secuencia
amplificada. Este tipo de PCR es muy específica.
PCR in situ
La PCR in situ consiste en una reacción de PCR en secciones histológicas o células, donde los
productos generados pueden visualizarse en el sitio de amplificación. Es realizada sobre
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PCR múltiplex
PCR en la cual se amplifica más de una secuencia en una misma reacción. Emplea dos o más pares
de cebadores en único tubo con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de ADN.
Consiste en combinar en una única reacción todos pares de cebadores de los sistemas que queremos
amplificar simultáneamente, junto con el resto de los reactivos de la reacción en cantidades
suficientes. Sus ventajas: se obtiene la información de varios loci en una sola reacción, menor
cantidad de molde para el análisis, menor cantidad de reactivos, rápida construcción de base de
datos.
Donde el molde inicial es ARN y se requiere de una transcriptasa inversa, como Tth, para realizar la
síntesis de un ADN complementario al ARN (ADNc).
Reacción de PCR cuya principal característica es que permite cuantificar la cantidad de ADN o ARN
presentes en la muestra original, o para identificar con una muy alta probabilidad, muestras de ADN
específicas a partir de su temperatura de fusión (también denominado valor Tm, del inglés melting
temperature).
Se puede dividir en las técnicas basadas en fluorocromos no específicos y en las técnicas basadas en
sondas específicas.
En las técnicas basadas en fluorocromos el ADN, que ve multiplicada su cantidad con cada ciclo, se
une al fluorocromo (generalmente SYBR Green) produciendo fluorescencia que es medida por el
termociclador apto para PCR en tiempo real. Permite cuantificar sólo una secuencia por reacción
pero tiene la ventaja de utilizar cebadores normales para su realización. Es mucho más económica
que la que usa sondas específicas.
Las técnicas basadas en sondas específicas utilizan una sonda unida a dos fluorocromos que hibrida
en la zona intermedia entre el cebador directo (forward) y el inverso (reverse); cuando la sonda está
intacta, presenta una transferencia energética de fluorescencia por resonancia (FRET). Dicha FRET
no se produce cuando la sonda está dañada y los dos fluorocromos están distantes, producto de la
actividad 5'-3' exonucleasa de la ADN polimerasa. Esto permite monitorizar el cambio del patrón de
fluorescencia y deducir el nivel de amplificación del gen.
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fluorescencia. Existe una amplia oferta de aparatos en el mercado. La mayoría pueden trabajar con
las diversas opciones de marcado fluorescente y son "abiertos", es decir, permiten programar las
condiciones de amplificación y lectura de forma que su uso no queda limitado a unos reactivos
determinados.
■ PCR "assembly": consiste en la síntesis artificial de largas secuencias de ADN, realizando para
ello la PCR en un fondo de oligonucleótidos largos con secuencias solapantes cortas.
■ PCR asimétrica: es usada para amplificar preferentemente una cadena del ADN original con
respecto a la otra.
■ PCR de colonia: mediante esta técnica, colonias de bacterias Escherichia coli pueden ser
rápidamente examinadas para construcciones viables de vectores de ADN.
■ PCR hot-start: esta técnica reduce la amplificación inespecífica durante las etapas iniciales de
la PCR.
■ PCR específica de intersecuencia (ISSR): se trata de un método de PCR para su uso en huella
genética, que amplifica regiones entre repeticiones de secuencia simple para producir una
huella genética única de longitudes de fragmento amplificadas.
■ PCR inversa: es un método usado para poder realizar la PCR cuando sólo es conocida una
secuencia interna. Muy útil en la identificación de secuencias que flanquean insertos
genómicos.
■ PCR mediada por ligación: este método usa pequeños linkers de ADN ligados al ADN de
interés y múltiples cebadores hibridando estos linkers.
■ PCR específica de metilación (MSP): se usa para detectar metilaciones en islas CpG de ADN
genómico.
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■ PCR-TAIL: la PCR termal de entrelazado asimétrico es usada para aislar una secuencia
desconocida que flanquea una secuencia conocida.
■ PCR touchdown: se trata de una variante de la PCR que se emplea cuando se desconoce la
secuencia exacta de los extremos de la secuencia a amplificar, de modo que se asume que
puede existir alguna base desapareada en el alineamiento cebador-secuencia. Su finalidad es
reducir el fondo no específico bajando gradualmente la temperatura de hibridación a lo largo
del progreso de la PCR.
■ PAN-AC: este método usa condiciones isotermas para la amplificación, y puede ser usado en
células vivas.
Aplicaciones
La técnica de la PCR tiene multitud de aplicaciones: ya en ciencia básica, como herramienta de
detección y/o generación de acervos de fragmentos de ADN de interés; ya en ciencia aplicada, como
elemento resolutivo en sí mismo, por ejemplo en diagnóstico clínico.
Investigación
La PCR convencional se emplea como base para multitud de técnicas en el laboratorio debido a su
robustez y rapidez. De este modo, la PCR de punto final permite controlar y detectar los fragmentos
de ADN de interés.
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por VIH, la PCR cuantitativa posibilita la determinación de la carga viral existente y por tanto,
del estadio de la enfermedad.5
■ La PCR también se puede usar en revisiones médicas rutinarias, como en los servicios de
donantes de sangre, para test de rutina. A través de esta técnica se pueden detectar infecciones
peligrosas en el donante (como VIH o Hepatitis B) mientras aún están en el periodo de
incubación. Dada la sensibilidad de los test de PCR se pueden tomar muestras colectivas o
"pools" (por ejemplo, 96 pruebas individuales). Si una de estas muestras colectivas da
positivo, se toman a partir de ella muestras progresivamente menores hasta que se encuentra el
causante.
■ El diagnóstico de enfermedades hereditarias presentes en el genoma es un proceso largo y
complicado que puede acortarse significativamente gracias a la PCR. Cada uno de los genes
prueba se pueden amplificar mediante sus correspondientes cebadores y posteriormente
secuenciar para detectar la existencia de mutaciones.
■ En paleontología y Antropología la PCR permite recuperar las escasas cantidades de ADN que
aún no se han degradado. Algunos lugares en que el ADN podría preservarse son la brea las
cenizas volcánicas, el ámbar, hielos históricos polares o glaciares y ambientes áridos,
sedimentos, así como en los cristales de apatita de restos de esqueleto,6 siendo posible de ese
modo caracterizar cadáveres, fósiles u otros restos mediante genotipado por análisis de
microsatélites o incluso genomas de taxones extintos, amplificados de este modo, como
pueden ser los realizados mediante el ADN genómico del hombre de Neanderthal.7 El
propósito sería utilizar este ADN amplificado para posteriormente realizar estudios
filogenéticos o etnográficos o de poblaciones mediante la comparación de secuencias de ADN,
o el estudio de las causas de la separación evolutiva de dos especies.
■ En las ciencias forenses se emplea para establecer la filiación de una persona o para obtener
pruebas a partir de muestras mínimas dejadas por el autor de un crimen como saliva, semen u
otros restos de tejidos (Butler, 2005).
Agronomía y diversidad
Tal y como la PCR multiplex permite producir huellas genéticas de individuos concretos, dentro del
marco de la genética forense, existen métodos basados en la PCR que permiten discernir entre
grupos infraespecíficos de cultivos de interés agronómico; por ejemplo, de cultivares.8 Para ello, se
emplean oligonucleótidos de un tamaño lo suficientemente pequeño como para que ceben de forma
relativamente inespecífica, aunque siempre de tal forma que produzcan un patrón de bandas discreto
e interpretable. De este modo, la pauta obtenida tras la electroforesis de los fragmentos tiende a
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agrupar a los individuos de mayor semejanza, que poseen un comportamiento similar, de los que
divergen...
Historia
En 1971, un artículo publicado por Kleppe et al. en Journal
of Molecular Biology describió por primera vez un método
que usaba enzimas para replicar una secuencia pequeña de
ADN con cebadores in vitro.9 Sin embargo, este temprano
ejemplo del principio básico de la PCR no recibió mucha
atención, y la invención de la reacción en cadena de la
polimerasa en 1983 es generalmente atribuida a Kary
Mullis.10 11 Mullis ganó el Premio Nobel por su trabajo en Electroforesis de proteínas SDS-
PCR. PAGE resolviendo la polimerasa
Taq.
Algo muy a tener en cuenta en la PCR es que la ADN
polimerasa que se use sea capaz de soportar las altas
temperaturas de >90 °C necesarias para la separación de las dos hebras de ADN de la doble hélice
tras cada ciclo de replicación. Las ADN polimerasas que se utilizaron originariamente para los
experimentos in vitro previos a la PCR no eran capaces de soportar estas altas temperaturas, por lo
que los primeros procedimientos para replicar el ADN eran muy ineficientes, largos y requerían
grandes cantidades de ADN polimerasa.
Al mismo tiempo que desarrollaba la PCR en 1983, Mullis trabajaba en Emeryville, California (EE
UU), para una de las primeras empresas biotecnológicas, Cetus Corporation, donde era responsable
de sintetizar cadenas cortas de ADN. Mullis afirma que concibió la idea para la PCR una noche
mientras cruzaba la Autopista de la Costa Pacífica (EE UU) en su coche.10 Estaba imaginando una
nueva forma de analizar mutaciones en el ADN cuando se percató de que, en lugar de eso, había
inventado un método para amplificar regiones específicas de ADN mediente ciclos de duplicación
repetidos usando ADN polimerasas. Mullis atribuye la invención de esta técnica a los efectos de la
droga psicodélica y alucinógena LSD.12
En la revista Scientific American, Mullis resumió el procedimiento: "Comenzando con una única
molécula del material genético ADN, la PCR puede generar 100 billones de moléculas iguales en
una tarde. La reacción es fácil de hacer, no requiere más que un tubo de pruebas, unos pocos
reactivos simples y una fuente de calor."13 Fue premiado con el Premio Nobel de Química en 1993
por su invención, y siete años después, él y sus colegas del Cetus llevaron a la práctica su propuesta.
Sin embargo, han aparecido controversias y diferentes versiones sobre las contribuciones
intelectuales y prácticas de otros científicos al trabajo de Mullis, y sobre si él fue el inventor único
del principio de la PCR.
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Guerras de patentes
La técnica de la PCR fue patentada por Cetus Corporation, donde Mullis trabajaba cuando inventó la
técnica en 1983. La enzima polimerasa Taq fue también cubierta de patentes. Tuvieron lugar varios
pleitos relacionados con la técnica, incluyendo un pleito fracasado generado por DuPont. La
compañía farmacéutica Hoffmann-La Roche adquirió los derechos de las patentes en 1992 y
actualmente mantiene las que aún están protegidas.14 15
Referencias
Citadas en el texto
1. ↑ Bartlett & Stirling (2003)—A Short History of the Polymerase Chain Reaction. In: Methods Mol Biol.
226:3-6 (http://biomed.humanapress.com/index.php?
option=com_opbookdetails&task=chapterdetails&chapter_code=1-59259-384-
4:3&category=biomedprotocols)
2. ↑ a b Joseph Sambrook and David W. Russel (2001). Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3rd ed.
edición). Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-576-5.
3. ↑ Mathews, C. K.; Van Holde, K.E et Ahern, K.G (2003). «6». Bioquímica (3 edición). pp. 204 y ss. ISBN
84-7892-053-2.
4. ↑ a b Watson, J, D.; Baker, T. A.; Bell, S. P.; Gann, A.; Levine, M. et Losick, R (2004). Molecular
Biology of the Gene (Fifth edition edición). San Francisco: Benjamin Cummings. ISBN 0-321-22368-3.
5. ↑ Scott L. Butler, Mark S.T. Hansen & Frederic D. Bushman (2007). «A quantitative assay for HIV DNA
integration in vivo (http://www.nature.com/nm/journal/v7/n5/abs/nm0501_631.html) ». Nature Medicine
(7): pp. 631-634. doi:10.1038/87979. http://www.nature.com/nm/journal/v7/n5/abs/nm0501_631.html.
6. ↑ Museo Victora de Melbourne sobre la preservación del ADN
(http://museumvictoria.com.au/scidiscovery/dna/preserved.asp)
7. ↑ James P. Noonan,Graham Coop, Sridhar Kudaravalli, Doug Smith, Johannes Krause, Joe Alessi, Feng
Chen, Darren Platt, Svante Pääbo, Jonathan K. Pritchard, Edward M. Rubin (17 de noviembre de 2006).
«Sequencing and Analysis of Neanderthal Genomic DNA
(http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/314/5802/1113) ». Nature Medicine 314 (5802):
pp. 1113 - 1118. DOI: 10.1126/science.1131412.
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/314/5802/1113.
8. ↑ Jinguo Hu1 and Carlos F. Quiros (1991). «Identification of broccoli and cauliflower cultivars with
RAPD markers (http://www.springerlink.com/content/t6082u1363g08567/fulltext.pdf) ». Plant Cell
Reports 10 (10). DOI: 10.1007/BF00234583.
http://www.springerlink.com/content/t6082u1363g08567/fulltext.pdf.
9. ↑ Kleppe K, Ohtsuka E, Kleppe R, Molineux I, Khorana HG (1971). «Studies on polynucleotides. XCVI.
Repair replications of short synthetic DNA's as catalyzed by DNA polymerases
(http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WK7-4DKM9WR-
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». J. Mol. Biol. 56: pp. 341-361. http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WK7
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10. ↑ a b Mullis, Kary (1998). Dancing Naked in the Mind Field. New York: Pantheon Books. ISBN 0-679-
44255-3.
11. ↑ Rabinow, Paul (1996). Making PCR: A Story of Biotechnology. Chicago: University of Chicago Press.
ISBN 0-226-70146-8.
12. ↑ Mullis, Kary (1998). Dancing Naked in the Mind Field. New York: Pantheon Books. pp. 18. ISBN 0-679
-44255-3.
13. ↑ Mullis, Kary (1990). «The unusual origin of the polymerase chain reaction». Scientific American 262
(4): pp. 56-61, 64-5.
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Referencias generales
■ Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, Horn GT, Mullis KB, et al.(1988)
Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase.
Science 239: 487–491
■ Griffiths, J.F. A. et al. (2002). Genética. McGraw-Hill Interamericana. ISBN 84-486-0368-0.
■ Coleman, WB y Tsongalis, GJ (2006). Molecular Diagnostics: For the Clinical Laboratorian.
Humana Press. ISBN 1-58829-356-4.pgs. 47-56 y 65-74
■ Butler, JM (2005). Forensic DNA Typing: Biology, Technology, and Genetics of STR.
Academic Press pgs 63-84. ISBN 0-12-147952-8.
Enlaces externos
■ Wikimedia Commons alberga contenido multimedia sobre Reacción en cadena de la
polimerasa.
■ Animación PCR (http://www.maxanim.com/genetics/PCR/PCR.htm)
■ Nueva técnica más eficiente en PCR (http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/13/e110)
■ Please find all details about real-time PCR here: http://www.gene-quantification.info - The
reference in real-time PCR
■ Simulation online de reacciones de PCR frente a procariotas secuenciados
(http://insilico.ehu.es/PCR) .
■ Ejercicio online en el que se diseñan y simulan experimentos de PCR y PCR-RFLP
(http://insilico.ehu.es/edu/PCR_es) .
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