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UNIVERSIDAD DE PUERTO RICO EN AGUADILLA

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS NATURALES

CAPÍTULO 2:
ÁTOMOS Y MOLÉCULAS

Dr. Marcos Rosado-Torres


Revisado: Prof. Llinil Torres-Ojeda
Biol 3011
Objetivos…
7. Explicar como los cationes y aniones se forman y como interactúan.
8. Distinguir los términos reducción y oxidación y relacionar estos
procesos a la transferencia de energía.
9. Dibujar un modelo simple de una molécula de agua. Indicando las
regiones de las cargas parciales positivas y negativas. Mostrar
como los enlaces de hidrógeno se forman entre moléculas de agua
adyacentes y como estos son responsables de muchas de las
propiedades del agua.
10. Comparar ácidos con bases y discutir sus propiedades.
11. Convertir la concentración (moles por litro) de una solución a su
valor de pH. Describir como los amortiguadores ayudan a disminuir
cambios en pH.
12. Describir la composición de una sal y explicar por que las sales son
importantes en los organismos
¿Por qué Estudiar Química en un Curso de Biología?

• !Los procesos vitales son químicos!


• La sustancia estructural de la materia viviente puede ser
comprendida a través de la química
• El sistema de información biológico (basado en ADN) puede ser
entendido a través química
• La energía que sostiene la vida proviene del sol – y puede ser
comprendida a través de fotoquímica
• Los mecanismos que transforman dicha energía en energía
utilizable son químicos
• Por lo tanto, para comprender los sistemas vivientes usted
necesita comprender la naturaleza química de la vida
Elemento: Definiciones Formales

• “Todo o es un elemento o está formado por elementos …


un elemento es aquello en lo cual otros cuerpos pueden
ser resueltos, y lo cual existe en ellos o potencialmente o
en esencia, pero en sí no pude ser resuelto en nada más
simple, o de distinta clase.” -Aristóteles (384-322 A.C.)
• “Un elemento es una sustancia que siempre aumentará
en masa cuando sufra un cambio químico.” - Robert
Boyle (1627-1691)
Elementos

• Los elementos son sustancias que no pueden ser


subdividas en sustancias más simples usando métodos
químicos convencionales (por ejemplo, reacciones no
nucleares)
• O, C, H, N, Ca, y P forman >98 % de la masa de los
organismos vivientes
• Otros elementos son importantes pero están presentes
en cantidades pequeñas
• Los elementos traza son esenciales pero se encuentran
en los organismos en cantidades diminutas.
Átomos
• Los átomos son las partículas más pequeñas que
conservan las propiedades químicas y físicas de un
elemento.
• Los átomos poseen un núcleo , el cual:
• Contiene protones (p)
• Puede contener neutrones (n)
• Nubes de electrones (e-) rodean al núcleo
Protones, Electrones y Neutrones

• Los protones tienen carga positiva y masa de 1 unidad


de masa atómica (AMU)
• Los neutrones no poseen carga eléctrica y poseen una
masa de 1.005 AMU
• Los electrones tienen carga negativa y masa de 1/1800
AMU
Ejemplos de Átomos

electrones

protones

neutrones

Hidrógeno Helio

Figure 2.2
Page 22
La Tabla Periódica

• Los elementos están agrupados y descritos en la tabla


periódica
• Las columnas se refieren al número de electrones de
valencia (electrones en el nivel más externos).
• En hidrógeno (H) y helio (He), el nivel más externo tiene capacidad
para 2 electrones.
• En elementos más pesados, más niveles electrónicos son usados:
estos niveles tienen capacidad para 8 electrones.
• Las filas se refieren a los orbitales específicos donde los
electrones están localizados
La Tabla Periódica

• Los elementos de la columna 1 poseen sólo un


electrón sus orbitales de valencia.
• Estos elementos tienden a donar ese electrón con
facilidad.
• Las columnas 5, 6, y 7 necesitan 3, 2, o 1 electrones,
respectivamente, para llenar sus niveles externos y
son electronegativos: tienden a atraer electrones de
otros elementos.
• Los elementos de la columna 8 tienen llenos sus
orbitales de valencia y son inertes, porque no
necesitan reaccionar para llenar sus niveles más
externos.
La Tabla Periódica
Número Atómico y Masa Atómica

• El número de protones en el núcleo de un átomo se


llama número atómico
• El número atómico define al elemento – si el número de
protones cambia, el elemento cambia
• La suma de los protones y neutrones en el núcleo es
la masa atómica
• En un átomo neutral (sin carga eléctrica), el número de
protones iguala al número de electrones
Isótopos
• Átomos de un mismo elemento que varían en su masa atómica
se llaman isótopos
• Los isótopos varían en su número de neutrones
Isótopos

• En la naturaleza generalmente se encuentran varios isótopos


de un elemento
• La mayor parte son estables
• Algunos isótopos son inestables y su núcleo decae para
forman elementos nuevos
• Las emisiones energéticas liberadas en el proceso de
decaimiento de un isótopo inestable se llaman
radioactivitidad
• Rayos Gamma
• Partículas alfa (= núcleos de He)
• Partículas beta (=electrones de alta energía)
• Otros
Usos Prácticos de los Isótopos

• Estudios de metabolismo usando marcadores


radioactivos.
• Diagnóstico y tratamiento de enfermedades.
• Fechado de fósiles
• El radio de isótopos radioactivos a isótopos estables en el
ambiente es estable (ej. nutrimentos absorbidos)
• Los isótopos radioactivos decaen a una razón conocida
• Por lo tanto los fósiles poseen una razón de isótopos
radioactivos a estables distinta al ambiente
Iones

• La carga eléctrica neta de un átomo usualmente es cero,


porque el número de electrones es usualmente igual al
número de protones.
• Si el número de electrones no iguala al número de
protones, al átomo se le llama ión.
• Los iones poseen carga eléctrica neta.
• La carga es dependiente en el número de electrones:
• Si el #e > #p, entonces el ión es negativo (anión)
• Si #p > #e, entonces el ión es positivo (catión)
• La magnitud de la carga depende de la diferencia entre
el número de electrones y protones
• Por ejemplo, si un átomo contiene 7e y 5p, su carga será de –2.
Iones: Modelo de Bohr

Hidrógeno: 1 p, 1 e Ión de Hidrógeno: 1p

+ +

Carga de +1
Sin carga neta
Orbitales
• Los orbitales son regiones donde orbitan los
electrones alrededor del núcleo. Mientras más
apartado del núcleo, mayor es la energía de los
electrones en un orbital.
• Los electrones se mueven tan rápido que es imposible
indicar su posición a un tiempo específico. Los
orbitales son regiones con alta probabilidad de que se
encuentre un electrón en un momento dado.
• Cada orbital individual tiene espacio para 2
electrones.
Orbitales

2 electrones cada uno


1s

2s

Orbitales p
Los orbitales S y P
pueden
combinarse
Electrones y Energía
• Los niveles de energía en un átomo de conocen
como capas. Las capas poseen uno o más orbitales.
La capa más externa se llama la capa de valencia.
• Mientras más lejos el electrón se encuentre del
núcleo, mayor su energía potencial.

-
-
+ +

Menor energía Mayor energía


Combinaciones de Átomos:
Moléculas y Compuestos

• Los átomos reaccionan únicamente cuando se


encuentran muy cerca.
• Los átomos se pueden enlazar para formar
moléculas, las cuales son combinaciones de
átomos con un arreglo espacial específico.
• Si una molécula contiene átomos de elementos
distintos se conoce como un compuesto.
• La masa molecular es la suma de las masas
atómicas de los átomos en una molécula
Fórmulas
• Las fórmulas químicas describen la composición y/o arreglo de las
moléculas
• Fórmula empírica
• La razón más simple de átomos en una molécula – los subscritos indican
la razón de cada átomo en dicha molécula
• Ej. NH2 (1:2)
• Fórmula molecular
• Indica el número actual de átomos en la molécula (no la razón)
• Ej. N2H2, H2O
• Fórmula estructural
• Muestra el número actual de átomos y su arreglo espacial (como están
enlazadas en una molécula)
• Ej. H-O-H
Moles
• Un mol contiene el Número de Avogadro (6.02 X 1023)
partículas
• La masa atómica de un elemento, expresada en
gramos contiene 6.02 X 1023 átomos de un elemento
• Un mol de moléculas contiene 6.02 X 1023 moléculas
de un compuesto. La suma de las masas atómicas de
los átomos que componen una moléculas expresada
en gramos contiene un mol de dicha molécula.
• Ejemplo: H2O masa molecular = 18,
• 18 g of H2O contienen 6.02 X 1023 moléculas.
Concentración Molar

• Concentración es la masa de una sustancia por


unidad de volumen.
• Molaridad = número de moles por litro de solución.
Las unidades se llaman molar – su símbolo es M.
• 1 Molar: 1 M = 1 mol por litro
• 1 litro de una solución 1 M de una sustancia posee 6 X 1023
moléculas de esa sustancia.
• 58 g NaCl disueltos en 1L de agua forman una solución 1 M
• 116 g por litro es 2 M y 11.6 g en 100 mL es 2M
Otras Maneras de Expresar Concentración
• Porciento de concentración
• Gramos por 100 mL (masa/volumen, o w/v)
• Gramos por 100 g (masa/masa, o w/w)
• Por lo tanto: 58 g NaCl en 100 mL = 58% w/v (=10 M)
• Masa directa por unidad de volumen:
• Ejemplo: g/L; mg/ml; ng/nL (noten que todas las concentraciones
anteriores son iguales)
• Concentraciones logarítmicas:
• Valor “p”, como en pH
• pX = - log10 [concentración molar de X]
Enlaces
• Los átomos se unen para formar compuestos mediante enlaces.
• Los enlaces conllevan reorganización de la estructura electrónica
de los orbitales de valencia de los átomos envueltos.
• Todas las reacciones biológicas envuelven reorganización de
electrones.
• La reorganización de enlaces resulta en absorción o liberación de
energía .
• La energía de enlace es la energía necesaria para romper un
enlace dado.
Enlace Covalente
• En el enlace covalente dos electrones son compartidos por
enlace
• Los orbitales de valencia de ambos átomos se llenan
• Más de un enlace puede ocurrir entre dós átomos
Formas de Expresar Enlaces
Covalentes
La estructura de Lewis usa
puntos para indicar el
número de electrones en
los niveles de valencia de
átomos:

metano
En contraste, la fórmula
estructural usa una línea
para representar un par
de electrones
compartidos:
Enlace Iónico
• En el enlace iónico, electrones son donados de un
átomo a otro
• Un átomo con espacio vacante captura uno o más
electrones para completar sus orbitales de
valencia
• El átomo que dona los electrones queda con su
nivel de energía más externo lleno
Enlaces Iónicos en la Sal de
Mesa (NaCl)
Enlace Covalente
Polar
• Átomos muy electronegativos
hacen que los electrones de un
enlace covalente sean
compartidos de manera
desigual
• Esto causa que los átomos de
dicho enlace adquieran
polaridad (cargas eléctricas
parciales).
• Las cargas eléctricas parciales
d+
son indicadas usando la letra
delta minúscula (d)
• Los enlaces entre átomos
electronegativos como O y N
con C e H son por lo general
son enlaces covalentes polares d- d+
Enlaces (Puentes) de Hidrógeno
• Ocurren cuando H está enlazado covalentemente a un
elemento muy electronegativo (O, N)
• El átomo electronegativo hala con mucha fuerza los
electrones de los enlaces creando enlaces covalentes
polares
• Las moléculas se atraen entre sí, formando puentes de H,
un tipo de enlace débil
• Ejemplo: H2O
NH3

H2O
Fuerzas de Van der Waals
• Cargas eléctricas de corta duración que ocurren
cuando los electrones orbitan alrededor de las
moléculas
• Causan atracción débil entre moléculas adyacentes

- +
+ - - -
+
- +
+ + +
- -
+ -
Agua (H2O)
• El agua cubre más del 70% de la superficie del
planeta
• La vida en el planeta Tierra depende del agua.
• El agua forma una gran parte de la masa de los
organismos: 50-90% en terrestres, hasta 98% para
acúaticos/marinos
El Agua es Polar

• La molécula de agua es
un dipolo (posee un polo
positivo y un polo
negativo)
• Las moléculas de agua
se atraen entre sí
Puentes de H

• Las moléculas de agua


gaseosa interactúan muy poco
• Las moléculas de agua líquida
están unidas por puentes de H
pero tienen cierta movilidad
• Cuando el agua se congela,
los puentes de H se estabilizan
y las moléculas se mueven
menos
• El hielo es menos denso que
el agua; menos moléculas de
H2O por unidad de volumen
• La densidad del H2O es mayor
~4oC
Propiedades Termodinámicas del H2O
• La temperatura indica movimiento molecular.
Mientras mayor la temperatura, mayor movimiento.
• El H2O tiene un alto calor específico. Energía
necesaria para aumentar la Tº de un gramo de
sustancia un grado centígrado.
• Se debe a que las moléculas de H2O están unidas por puentes
de H.
• El agua tiene un alto calor de vaporización. 540
calorías para convertir 1g de H2O líquida en 1 g de
vapor de agua
• Se necesita energía para romper los puentes de H
• Cuando el agua cambia de líquido a gas lleva consigo mucho
calor, resultando en enfriamiento evaporativo
El Agua Protege al Planeta
• El agua resiste cambios de Tº
• Sin agua las temperaturas cambiarían dramáticamente de
día a noche y de estación a estación
• Se nota en ambientes marinos – los cambios diurnos en T
º son leves comparados con los desiertos
El Agua es
Pegajosa
• Debido a los puentes de H
• Cohesiva – se pega a si misma
• Adhesiva – se pega a otras cosas
• Tiende a moverse por tubos de
diámetro pequeño (capilaridad)
Tensión Superficial
• Medida de la resistencia de la superficie de un líquido
a romperse.
• El agua posee una alta tensión superficial
• Pequeños organismos pueden “patinar” en su superficie
El Agua es un
Solvente Excelente
• Causa la disociación
de iones
• Crea capas de
hidratación alrededor
de iones
• Disuelve compuestos
iónicos y polares
fácilmente
• No disuelve
compuestos no
polares
Disolución de Sales
• Cuando el agua forma capas de hidratación alrededor de
los iones, los iones interactúan menos entre sí
• Agua es el solvente; la sal es el soluto.
• Para poder disolverse en agua los solutos deben ser
iónicos o polares.
Ácidos y Bases
• Los ácidos liberan protones (donantes de protones)
• Las bases aceptan protones (receptores de protones)
Ejemplo:
• HCl (ácido – un gas, disuelto en agua)
HCl → H+ + Cl-
• NaOH (base – sólido disuelto en agua)
Na+ + OH- → OH- + H+ → H2O
pH
• pH es una medida de la concentración de H+ en una
solución
• pH = - log10 [H+]
• El agua NO se ioniza fácilmente
• El agua pura contiene solamente 10-7 M de H+; su pH
es de 7
Soluciones Ácidas y Básicas
• Cuando una solución es neutral su pH=7 (10-7 M de H+)
• No es ni ácido ni base
• Cuando la concentración de H+ (protones) es mayor de 10-7 M
entonces es una solución ácida y su pH < 7
• Cuando la concentración de H+ (protones) es menor de 10-7 M
entonces es una solución básica y su pH > 7
• Los iones de hidrógeno no existen libremente en una solución
acuosa; se combinan con agua para formar H3O+, el ión
hidronio. Para simplificar, trabajaremos con H+.
El pH es muy importante
La función celular depende grandemente del pH
• El pH fisiológico humano está normalmente cerca de
pH 7.4

El pH fisiológico tiene que ver con:


• Tasas de reacción
• Organización de membranas
• Organización del citoesqueleto
• Conformación de enzimas y función catalítica

Pequeñas desviaciones del pH fisiológico pueden ser


devastadoras para los procesos bioquímicos (y por lo
tanto ser letales)
El pH de
Soluciones
Comunes
Sales
• Los ácidos y bases reaccionan para formar sales y agua
• El agua se forma de la combinación de H+ y OH-
• Las sales se forman de la combinación de los otros iones
• En una sal H+ reemplazado por otro catión, como Na+
• Cuando las sales se disuelven en agua, sus componentes
se separan como iones, llamados electrolitos, porque
pueden conducir corriente eléctrica – las sustancias
polares NO son electrolitos

HCl + NaOH H2O + NaCl


Los Amortiguadores Minimizan
Cambios en pH
• Los amortiguadores “buffers” son moléculas que
actúan como ácidos, bases o ambas.
• Se ionizan levemente en solución.
• Muchos amortiguadores pueden actuar como ácido y
base
• El ión bicarbonato es un amortiguador importante en
la sangre de los vertebrados:

CO2 + H2O H2CO3 H+ + HCO3-

Dióxido de Carbono Ácido Carbónico Ión Bicarbonato


El Efecto de Amortiguadores

13
11
Valor de pH

9
Sin "Buffer"
7 Con "Buffer"
5
3
1
1 3 5 7 9 11
Gotas de ácido
Tipos de Reacción

• Reacciones de rearreglo:
• Los átomos son reorganizados en una moléculas
• Reacciones de síntesis:
• Moléculas pequeñas se enlazan para formar moléculas grandes
• Reacciones de degradación:
• Moléculas grandes se rompen en moléculas pequeñas
• Reacciones de desplazamiento:
• Un átomo es reemplazado por otro sin que ocurra rearreglo
• Pares de reacción:
• La energía de una reacción impulsa otra reacción
Reducción y Oxidación
• Reducción es ganancia de electrones
• Oxidación es perdida de electrones
• Las reacciones de reducción/oxidación (redox) son
reacciones donde ocurre transferencia de electrones
• La transferencia de un electrón envuelve la transferencia
de su energía, la perdida de un electrón envuelve perdida
de su energía (oxidación); la ganancia de un electrón
(reducción) significa ganancia de energía
Reacciones Redox

• En una reacción redox, un átomo pierde uno o más


electrones mientras que otro átomo los gana
• SIEMPRE ocurre simultáneamente una reducción Y
una oxidación
• Ejemplo: cuando hierro se oxida, pierde electrones a oxígeno,
el cual se reduce:
4Fe + 3O2 → 2Fe2O3
4Fe → 4Fe3+ + 12e-
3O2 + 12e- → 6O2-
Cationes de Importancia Biológica

Nombre Fórmula Carga


Sodio Na+ +1
Potasio K+ +1
Hidrógeno H+ +1
Magnesio Mg2+ +2
Calcio Ca2+ +2
Ferroso/Férrico Fe2+ o Fe 3+ +2 o +3

Amonio NH4+ +1
Aniones de Importancia Biológica
Nombre Fórmula Carga
Cloruro Cl- -1
Yoduro I- -1
Carbonato CO32- -2
Bicarbonato HCO3 - -1
Fosfato PO43- -3
Acetato CH3COO- -1
Sulfato SO42- -2
Hidroxilo OH- -1
Nitrato NO3- -1
Nitrito NO2- -1
Conceptos Aprendidos
1. Nombrar los principales elementos en los seres vivos y asignar una función importante
a cada uno.
2. Comparar las propiedades físicas (masa y carga) y la localización de electrones,
protones y neutrones.
3. Distinguir entre el número atómico y la masa atómica de un elemento.
4. Definir los términos orbital electrónico y nivel electrónico. Relacionar los niveles
electrónicos a los niveles principales de energía.
5. Explicar como el número de electrones de valencia de un átomo se relaciona a sus
propiedades químicas.
6. Distinguir entre enlaces covalentes, enlaces de hidrógeno y enlaces iónicos.
Compararlos en términos de los mecanismos por los cuales se forman y sus fuerzas de
enlace relativas.
7. Explicar como los cationes y aniones se forman y como interactúan.
8. Distinguir los términos reducción y oxidación y relacionar estos procesos a la
transferencia de energía.
9. Dibujar un modelo simple de una molécula de agua. Indicando las regiones de las
cargas parciales positivas y negativas. Mostrar como los enlaces de hidrógeno se
forman entre moléculas de agua adyacentes y como estos son responsables de
muchas de las propiedades del agua.
10. Comparar ácidos con bases y discutir sus propiedades.
11. Convertir la concentración (moles por litro) de una solución a su valor de pH. Describir
como los amortiguadores ayudan a disminuir cambios en pH.
12. Describir la composición de una sal y explicar por que las sales son importantes en los
organismos