Bioinformática = células & bits;

Prof. Ricardo Martins Ramos *

* Doutorando em Genética e Toxicologia Aplicada CEFET-PI/ULBRA-RS

Linha de Pesquisa Bioinformática Estrutural
Coordenador do Núcleo de Biotecnologia do CEFET-PI
Coordenador da Pós-graduação em Banco de Dados CEFET-PI
E-mail: ricardo@cefetpi.br
Visão Holística
I - Parte teórica
Alguns conceitos de bioinformática, biologia
molecular, genética, banco de dados, etc...
II - Parte prática
Vamos do DNA as proteínas utilizando ferramentas
de informática.
1. Introdução
Definições
Segundo Luscombe, Greenbaum e Gerstein,
“bioinformática” é o ato de “conceitualizar” a
biologia, na sua vertente molecular, e de lhe aplicar
“técnicas informáticas” (derivadas de disciplinas
como matemática aplicada, ciência da computação e
estatística), de forma a entender e organizar a
informação associada com tais moléculas, em larga
escala.
1. Introdução
Definições
A bioinformática (ou biocomputação) combina
conhecimentos de química, física, biologia,
engenharia genética e ciência da computação para
processar dados biológicos.
Biologia Computacional consiste no teste ou
aplicação de teorias ou hipóteses com base em dados
experimentais ou simulados.
1. Introdução
De acordo com um artigo publicado no MIT's
Technology Review, atualmente essa área da ciência ainda
está na primeira infância. A biocomputação está mais
ou menos onde estavam os pioneiros da computação
em 1920.

Hoje, a afirmação de Harold Morowitz que diz que

"A Computação está para a Biologia da mesma forma que a
Matemática está para a Física" é mais do que
comprovada.
2. Conceitos básicos
Corpo - Célula - Núcleo - Genoma - Cromossomo - Gene - DNA

Nucleotídeo -
consiste em um
açúcar, um grupo
fosfato e uma base
nitrogenada.
 Gene - um
segmento do
2. Conceitos básicos DNA que codifica
para uma proteína,
que codifica por
sua vez para um
traço (tom da pele,
cor dos olhos, e
outros).
3. Áreas da Bioinformática
Hoje a Bioinformática é dividida em três sub-áreas:
1) Desenvolvimento de novos algoritmos e técnicas
estatísticas para encontrar relacionamentos entre
atributos em grandes conjuntos de dados;
Algoritmos genéticos formam a parte da área dos
Sistemas Inspirados na Natureza (Computação “Bio-
inspirada”); simulando os processos naturais e
aplicando-os à solução de problemas reais.
3. Áreas da Bioinformática
2) Análise e interpretação de vários tipos de dados
como seqüências de nucleotídeos e aminoácidos e a
função e estrutura de proteínas;
A bioinformática tradicional trata essencialmente
de dados com uma dimensão, tais como, análise de
seqüências de DNA, RNA e proteínas.
A bioinformática estrutural, por outro lado, trata
com dados em três dimensões de estruturas de
proteínas.
3. Áreas da Bioinformática
3) Desenvolvimento e implementação de ferramentas
que possibilitem o gerenciamento e acesso eficientes
de vários tipos de informação.

Engenharia de Software

Data Mining
4. Banco de Dados
1979 - GSDB (Gene Sequence Database) – primeiro
banco de dados de seqüência de DNA - Los Alamos
USA.
GenBank = EMBL + DDBJ + NIH (cooperação)
1995 - Crescimento do GenBank = Projeto Genoma
Humano + Avanço na tecnologia de sequenciamento
GenBank
EMBL - Laboratório de Biologia Molecular Europeu
DDBJ - Banco de Dados de DNA do Japão
NIH - Instituto Nacional de Saúde USA
4. Banco de Dados
Ao contrário do GenBank, o Protein Data Bank (PDB),
San Diego USA, é responsável por apenas um tipo de
dado molecular, as estruturas moleculares de
proteínas.
PDB
O banco de dados SWISS-PROT em ExPASy
(http://www.expasy.ch/sprol) armazena seqüências
de proteínas. Localizado em Geneva na Suíça.
5. Linguagens de Programação
Bio{Perl,Python,Ruby,Java}
Os projectos BioPerl, BioPython, BioRuby e BioJava
têm como objetivo providenciar ferramentas da área
de bioinformática, baseadas, respectivamente nas
plataformas Perl, Python, Ruby e Java.
As ferramentas disponibilizadas por estes projetos
têm um conjunto de funcionalidades e algoritmos
comuns.
5. Linguagens de Programação
Os quatro projetos estão desenvolvendo, também,
em conjunto, um SGBD denominado BioSQL,
especializado no armazenamento de informação
genética.

BioPerl - http://www.bioperl.org
BioPython - http://www.biopython.org
BioRuby - http://www.bioruby.org
BioJava - http://www.biojava.org
6. Aplicações da Bioinformática
As recentes aplicações da bioinformática atingem
hoje todas as áreas do conhecimento relacionadas
com a vida e vão desde a:
- medicina (diagnóstico e tratamento);
- farmácia (desenvolvimento de novos fármacos);
- biotecnologia (controle de qualidade e
desenvolvimento e aplicação de novos produtos);
- agricultura (aumento da produtividade e melhoria
dos alimentos).
6. Aplicações da Bioinformática
As perspectivas futuras colocam esta área do
conhecimento no centro das investigações científicas
mais avançadas.
Farmacogenética
É a área da Genética Bioquímica que estuda a
variabilidade da resposta à drogas decorrentes da
variação genética.
7. Notícias sobre Bioinformática
Growth rate of the Bioinformatics market will be $ US 3 billion by
year 2010
http://www.prlog.org/10009757-growth-rate-of-the-bioinformatics-
market-will-be-us-3-billion-by-year-2010.pdf

Estudo descobre cem novos genes que causam câncer

http://correiodobrasil.cidadeinternet.com.br/noticia.asp?c=1154
53

Novo gene implicado na doença de Alzheimer

http://www.mni.pt/destaques/?cod=9198&cor=azul&MNI=8c854b5
48dba241fa3f4295179640681
7. Notícias sobre Bioinformática
Variedade transgênica pode melhorar a produtividade
http://www.diariodecuiaba.com.br/detalhe.php?cod=280189

Cientistas japoneses anunciam armazenamento de dados em

bactéria
http://idgnow.uol.com.br/computacao_corporativa/2007/02/28/idgn
oticia.2007-02-28.4979046871/IDGNoticia_view
8. Livros e cursos
Desenvolvendo Bioinformática
Cynthia Gybas & Per Jambeck, Ed. Campus
Introdução à Bioinformática
Arthur M. Lesk

Doutorado em Bioinformática Interunidades da USP

http://www.ime.usp.br/posbioinfo/
Doutorado em Bioinformática UFMG
http://biotec.icb.ufmg.br/bioinformatica/site/index.php
9. Periódicos
Portal Periódicos (CAPES)
http://www.periodicos.capes.gov.br/portugues/index.jsp
Bioinformatics
Bioinformatics
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/
10. Blast
O volume de dados contidos nos repositórios
públicos é enorme e continua crescendo. É
imprescindível, portanto, que haja alguma
ferramenta que facilite o processo de comparação
de uma nova seqüência com as seqüências já
conhecidas. Dentre as ferramentas existentes
destaca-se o BLAST (Basic Local Alignment Tool),
que é a ferramenta mais popular de comparação de
seqüências de DNA com os bancos de dados genômicos.
(http://130.14.29.110/BLAST/)
Prática
1 - Vamos trabalhar com a hemoglobina.
O que é hemoglobina?
2 – Fazer uma busca sobre a hemoglobina no NCBI.
3 – Pegar a seqüência NM_001003938.
4 – Copiar a seqüência de nucleotídeos.
5 – Ir para o BLAST e colar a seqüência.
6 – Com o resultado clicar em Genome View.
Prática (cont)
7 – Voltamos ao NCBI e copiamos a seqüência de
aminoáçidos da proteína.
8 – Ir para o PDB e buscar as seqüências de
estruturas de proteínas.
9 – Baixar o arquivo .pdb para o notebook.
10 – Visualizar a estrutura com o Jmol Viewer.
11 – Abrir o arquivo .pdb no DeepView.
12 – Mostrar algumas funcionalidades do software.
Obrigado!