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El cobaya salvaje (Cavia aperea) presenta un color agutí (marrón oscuro en la parte
interior del pelo y marrón claro en la punta), siendo esta coloración más clara por el
vientre y el hocico.
En Europa fueron introducidos por los holandeses poco después del descubrimiento
de América (1492), fecha en la que fueron vistos por primera vez por conquistadores
españoles: los cobayas vivían en los pueblos alrededor de las casas y las granjas.
Cuando Cristóbal Colón llegó a América los Incas ya habían domesticado a los cuyes
y en consecuencia presentaban diferentes colores al agutí del cobaya salvaje. Los
Incas utilizaban los cobayas como sacrificios para los dioses y para el consumo y aún
hoy en día sirven de alimento en Sudamérica.
En Europa, como no era un animal muy conocido (se consideraba exótico ya que
provenía de un lugar lejano) eran muy caros, costaban una guinea, por lo tanto solo
las podían adquirir las personas ricas. Por otra parte en Europa se utilizaron
primeramente en laboratorios de investigación y un tiempo más tarde se empezaron a
utilizar como animal doméstico.
En Gran Bretaña, país en el que hoy en día el cobaya es una mascota muy apreciada,
se empezaron a realizar ferias de muestra y exposiciones de estos roedores; más
tarde esto se extendió por diferentes países de Europa.
La domesticación del Cavia aperea indujo a obtener la variedad Cavia aperea
porcellus. Esta nueva variedad presenta más variabilidad de colores que la original,
también es más grande y de cuerpo más rechoncho y redondeado y se distribuye
actualmente por todo el mundo.