Universidade Federal da Bahia Instituto de Cincias da Sade Depto.

Cincias da Biointerao

METABOLISMO MICROBIANO
Prof. Dr. Paulo Fernando de Almeida pfa@ufba.br

Laboratrio de Biotecnologia e Ecologia de Microrganismos www.microbiologia.ufba.br

Importncia do metabolismo
!Avaliar a diversidade e versatilidade bioqumica !Relao microrganismos e doenas !Papel dos microrganismos na natureza !Explorar os microrganismos economicamente !Cultivo, crescimento e controle dos mos. !Desenvolvimento de mtodos moleculares para diagnstico e controle dos

microrganismos !Controle dos processos de deteriorao de materiais !Reciclagem da matria

Por que estudar metabolismo?

Origem da vida? Presena de vida em outros planetas! Reciclagem dos elementos qumicos Balano de Oxignio no planeta Fertilizao dos solos, produo animal! Efeito estufa pum e arroto do boi!!! Combustveis, Medicamentos, Fermentaes Deteriorao dos materiais bioinseticidas, biossolventes, biopolmeros e biotensoativos (reduzir a poluio) Toxinas microbianas usos Bioterrorismo e biodefesa

METABOLISMO MICROBIANO
A. NOES GERAIS CONCEITO: Transformaes qumicas celulares - produo e utilizao de energia/poder redutor. Transporte, Produzir unidades bsicas, polmeros (PS, Lipdeos, protenas, cidos nuclicos), estruturas celulares, crescimento e reproduo, reparar danos e manuteno celulares, locomover-se; Armazenar nutrientes e excreo. Inter-relacionadas atravs do acoplamento energtico e eletrnico (AEE) DIVISO

Anfibolismo
(Metabolismo Intermedirio)

Catabolismo
(Degradao/ Exergnicas)
Molculas reduzidas Fontes de C, N, S...

Anabolismo
Consumo de energia Poder redutor (Biossntese R. Endergnicas)

Gerao de energia Poder redutor

Acoplamento Energtico e Eletrnico

Molculas oxidadas (Esqueletos de C, N,S...) so reduzidas

Bases metablicas
Nutrientes Formao macromolculas e estruturas celulares

Vias catablicas

Intermedirios metablicos

Vias anablicas

Sub-unidades bsicas para a biossntese (cerca de 150 molculas)

ENZIMAS
Biocatalizadores proticos especficos. Constituio Protica - apoenzima + coenzima e/ou cofatores (HOLOENZIMA) Local de ao: Extracelulares, periplasmticas e intracelulares. Propriedades fsicas e qumicas das enzimas Principais classes de enzimas de acordo c/ reaes qumicas catalisadas. (Tabela 1)

COMPONENTES DAS ENZIMAS

M e ca n ism o s d e a o e n zim tica

A

COENZIMAS (COFATOR ORGNICO)

NAD + (Nicotinamida adenina dinucleotdeo ) - reaes catablicas NADP+ (Nicotinamida adenina dinucleotdeo fosfato ) - reaes anablicas FAD ( Flavina adenina nucleotdeo ) FMN (Flavina mononucleotdeo ) Coenzima A (CoA) papel na sntese e na degradao de lipdeos e em reaes de oxidao do ciclo de Krebs

COFATOR INORGNICO ( ONS METLICOS)

Auxiliam na catlise de uma reao pela formao de uma ponte entre a enzima e um substrato Fe, Cu, Mg, Mn, Zn , Ca, Mo e Co Mg2+: enzimas fosforilativas (transferem um grupo fosfato do ATP para outro substrato ), ex: Enolase on fluoreto se liga ao Mg 2+, que o ativador da enolase inibe o metabolismo de bactrias cariognicas

Tabela 1. Classificao das enzimas em relao as reaes qumicas catalisadas

CLASSES REAES CATALTICAS

OXIDORREDUTASES (deisdrogenases, peroxidades, superxido-dismutase)

1.

Transferncia de eltrons

2. TRANSFERASES (Transaminases, transcarboxilases....) 3. HIDROLASES (galdase, esterases, peptidases, fosfatases) 4. LIASES (Descarboxilases, desdratases) 5. ISOMERASES 6. LIGASES (DNAligase..) aldolases,

Transferncia de grupos funcionais (metil, formil, carboxil, alde dicos, OH, N, P... Reaes de hidrlise (gua)

Remoo de grupos a partir dos substratos, deixando duplas liga ou substituindo-as Reaes de isomerizao (ismeros pticos, geomtricos) Reaes uni o de duas mol ATP.

es

culas com

Regulao metablica
Atividade e sntese enzimticas
(I. Pasteur, 1887 A. Niger (invertase), 1930 Adap/Constit., 42 Monod, 60 +Jacob)

A regula o pode ser positiva ou negativa. Aumentando a afinidade pelo substrato/produto ou reduzindo-a.

INIBIDORES ENZIMTICOS]

Inibio por retroalimentao

!Aplicaes prticas e industriais!

Regulao da atividade enzimtica

Enzimas constitutivas metabolismo da glicose produzidas qq que sejam as condies Enzimas Indutveis ou adaptativas somente so produzidas quando o substrato se encontra presente no meio

Regulao da sntese das enzimas - catabolismo

REPRESSO (GERAL) I,R P

O GENES ESTRUTURAIS

X
mRNA Repressor

Protena repressora ativa

O gene operador bloqueado pela protena repressora, em conseqncia, no h transcrio dos genes estruturais.

Regulao da sntese de Enzimas(Induo)

OPERON E REGULAO GENTICA I,R P O GENES ESTRUTURAIS Transcrio

mRNA Repressor Protena repressora

Traduo

Repressor inativo Indutores Compostos hidrofbicos, lactose

A ligao ao gene operador no ocorrer, permitindo a transcrio e traduo. (CATABOLISMO)

Regulao da sntese de enzimas (Represso) Anabolismo ou biossntese

REPRESSO (GERAL) I,R P O GENES ESTRUTURAIS

mRNA
PROTEINA REPRESSORA INATIVA

xxxxxxxxx

Co-Repressor
PROTEINA REPRESSORA ATIVA O repressor ativado e o gene operador bloqueado, no havendo transcrio dos genes estruturais (Anabolismo - TRP). Enzimas repressveis

B. PRODUO DE ENERGIA E PODER REDUTOR

Origem - Vias Catablicas EMBDEM MEYROFF PARNAS (EMP) PENTOSE FOSFATO (HMP ou PP) ENTNER-DOUDOROFF (ED) B-OXIDAO HC, LIPDEOS REAO DE STICKLAND AMINOC.

ENERGIA QUMICA
EQ = Energia das ligaes qumica das molculas de nutrientes especiais (inorgnicos NH2, H2S, NO2,..., Orgnicos. Glicose, AA, A. Grx...,) ao quebrarem-se libera-se energia. Energia Radiante em EQ. TRANSFERIDAS AO ADP FORMANDO ...

FORMAO, TRANSFERNCIA E ARMAZENAMENTO DE ENERGIA

!Triposfato de adenosina - ATP - ligaes elevado teor energtico fosfodister - Moeda energtica celular. ! Instvel;Principal molcula transportadora de energia de todas as clulas

ESTRUTURA DO ATP

PAPEL DO ATP NO ACOPLAMENTO DAS REAES ANABLICAS E CATABLICAS

TEORIAS DA FORMAO DO ATP ALTERAO CONFORMACIONAL DA ATPase

FORA PROTOMOTIVA Energia do STE bombeia prtons (on hidrognio ou H+) para fora da clula - MC no permevel a prtons, acumulando-se meio externo (cido e positivo) e dficit interno - energia potencial PROTOMOTIVA Canais especficos p/prtons ADENOSINA TRIFOSFATASE, ATP Sintase ou ATPase. Fluxo prtons para o lado interno da membrana forando a enzima a fosforilar ADP formando ATP

Armazenamento de energia Armazenamento de energia

Mutano e outros polmeros

C. MECANISMOS BIOQUMICOS PRODUTORES DE ENERGIA

FOSFORILAO EM NVEL DO SUBSTRATO TRANSPORTE DE ELTRONS FOSFORILAO OXIDATIVA FOTOFOSFORILACAO

FOSFORILAO EM NVEL DO SUBSTRATO

Rearranjo dos tomos na molcula do catablito composto (~P ou ~S) de alto nvel energtico, o qual atravs de enzima (s) apropriada rompe-se, libera energia, que transferida ao ADP formando ATP Ex.: Figura 8.

VIAS CATABLICAS

GLICLISE

ENOLASE

FOSFORILAO A NVEL DE SUBSTRATO

PIRUVATO QUINASE

Oxidao de 3P-Gliceraldedo
NAD

Pi
NADH

cido 1,3 diP-Glicrico

ADP

ATP
cido 2-P-Glicrico
H2O ADP ATP Enolase

cido P-Enol Pirvico Piruvato quinase

cido Pirvico
Figura 8. FOSFORILAO EM NVEL DO SUBSTRATO

FOSFORILAO EM NVEL DE SUBSTRATO -

PENTOSE FOSFATO

Continuao PP

ENTNER-DOUDOROFF

TRANSPORTE DE ELTRONS
OXIDAES BIOLGICAS
n

Reaes de oxidao e reduo eFe++ Fe +++ Fe +++ Fe ++ e-

Agentes redutores - Glicose, tioglicolato, cistena, ac. ascrbico Agentes oxidantes - Oxignio, Nitrato, sulfato, carbonatos

OXIDAO BIOLGICA

GERAO PODER REDUTOR

Poder Redutor Eltrons p/ reaes reduo (Biossntese). Nucleotdeos piridnicos (NADH, FADH2, NADPH). Importncia nos anaerbios.
Tabela 2. Potencial eletromotivo ou Redox (Eh) de pares de substncias biologicamente ativas

Par de substncias redox[1] As flavoprotenas diferem amplamente quanto aos valores de E0

E'0 (Volts)*
-0,60 -0,42

Centro Clorofila 2H + + 2e Ferridoxina (Fe NAD(P) S + 2H

+ +

+e + e-

Centro Clorofila H2 Ferridoxina (Fe NADH H 2S

2 2 +2 )

+3 )

-0,42 -0,32 -0,32 -0,274 -0,19

NAD + + H + + 2e + H+ + 2e
+

NAD(P)H Etanol Lactato FADH FADH

2 -2 -2

+ 2e + 2e +

Acetalde do + 2H Piruvato + 2H FAD + 2H FAD + 2H Fumarato

+

+ 2e -

-0,18 -0,18*[1] -0,166 -0,03*

-2 +2 )

+ 2e
-2

Oxalacetato
+ -2

+ 2H + + 2e -

Malato
2

+ 2e + 2H + + 2e +3 ) + +3 )

Succinato

-0,031 -0,075 0,10

+2 )

Citocromo b (Fe Ubiquinona + 2H Citocromo c (Fe

+ e+ 2e + e-

Citocromo b (Fe Ubiquinona H Citocromo c (Fe Citocromo c1 (Fe+2) NO -2 + H 2 O NH +4 + 2H 2 O

2

Citocromo c1 (Fe+3) + eNO -3 + 2H + + 2e NO -2 + 8H

+

0,21 0,254 0,421 0,44

+ 6e

O 2 +4H + + 4e -

2H2O

0,815

Sistemas de xido-reduo (O/R) - Figura 4, Libera energia gradativa/srie de sistemas de O/R, cada par sucessivo >capacidade receber eltrons (maior capacidade oxidante do que o anterior). Eltrons provenientes do doador so removidos pelo sistema O/R inicial; que oxidado pelo prximo sistema O/R e ... Finalmente, os eltrons so transferidos ao aceptor final de eltrons, usual/ composto oxidado do ambiente (DESASSIMILAO).

SISTEMA DE TRANSPORTE DE ELTRONS

Composto reduzido

Composto oxidado

O2

H2O

Gerao de fora protomotiva

Transporte de eltrons, gerao de fora protomotiva e produo de ATP

FOSFORILAO OXIDATIVA
Srie integrada de reaes de oxidao seqenciais STE - A ENERGIA TEMPORARIAMENTE ARMAZENADA NA FORMA DE FORA PROTOMOTIVA; A FP gera energia para sntese do ATP a partir do ADP / ATPase presente MC.

Transporte de eltrons, gerao de fora protomotiva e produo de ATP

FOTOFOSFORILACAO
CCLICA SOMENTE SNTESE DE ATP ACCLICA SNTESE DE ATP E PR (NADPH)

STIOS DE FOTOFOSFORILAO

TILACIDES

Anabaena azollae - cianobactria

FOTOFOSFORILACAO

Poder redutor

D. PROCESSOS METABLICOS PRODUTORES DE ENERGIA RESPIRAO DOADORES DE ELETRONS SO COMPOSTOS ORGNICOS OU INORGNICOS, MAS OS RECEPTORES FINAIS DE ELTRONS SO SEMPRE INORGNICOS. Procariticos - MC Mesossomos; Eucariticos - mitocndria

OXIGNIO ----------------- RESPIRAO AERBIA NITRATOS, SULFATOS E CARBONATOS ----- RESPIRAO ANAERBIA FOTOSSNTESE Bacterioclorofilas (# espectros de absoro de luz: Verde, Vermelha, marrom, ferridoxina)
!

OXIGNICA (H2O) ANOXIGNCIA (H2S, H2...HA) FERMENTAO PMPE EM QUE OS DOADORES E RECEPTORES
Produto final: Ltica, Alcolica, propinica, butrica... HOMO um tipo produto final HETERO - mista E.coli - Enterobacter (Taxonmica)

FINAIS e SO COMP.ORG.

Processos fermentativos
Glicose

cido Pirvico

EIXO DOS PROCESSOS FERMENTATIVOS

CIDO PIRVICO

C. diphtheriae

Ltica

Alcolica Proprinica Butrica Mista Butilenogliclica

FERMENTAO LTICA
cido pirvico

H3 C

C O

COOH Ltico desidrogenase NADH + H+ NAD+ H H3C C OH

cido ltico

Streptococcus

COOH

FERMENTAO ALCOLICA
cido pirvico
CO2

Acetaldedo

lcooldesidrogenase H
Odontologia Engenharia gentica Terapia de substituio

NADH + H+
Saccharomyces, Zymomonas mobile

Etanol

Processos fermentativos

IMPORTNCIA DA FERMENTAO Econmica

!Produo de alimentos, bebidas, combustveis, Medicamentos ...$$$$$$$$$$$$ !Deteriorao alimentos $$$$$ !Reao STICKLAND AA Anaerbios Sade !INFECES ANAERBIAS PROGNSTICO RUIM progresso rpida bx rendimento energtico do processo metablico produtor de energia

Infeces anaerbias Gangrena

Atmosfera anaerbia

Mecanismos virulncia

Infeco por Helicobacter ]

Aplicaes prticas do Metabolismo: Provas bioqumicas

Catalase Oxidase

Provas Bioqumicas

Meio de trplice acar e ferro

METABOLISMO INTERMEDIRIO OU ANFIBOLISMO

CICLO DE KREBS
PEP

Sequncias anapleurticas

CO2 ATP

Capnoflicos
Toxicidade do oxig nio para os anaerbios

Piruvato

Acetil-Coa

H 2O 2 O-2 OH. Enzimas: Catalase, peroxidase e Superxido dismutase (SOD)

FADH

NADH
FADH

NADH
CO2
Aerbios a microaerbios Anaerbios facultativos no funciona

Succinato

-ceto-glutarato

GTP NADH CO2

Anaerbios fermentativos no existe?

-ceto-glutricodesidrogenase 21 a 2%O2

Funes do CK
Produo de energia Gerao de poder redutor Fornecer precursores para a biossntese Cataltica

TOXIDADE DO OXIGNIO E ENZIMAS ENVOLVIDAS NA DETOXICAO

A reduo completa de uma molcula de oxignio at gua requer quatro eltrons e, em processos seqenciais, vrios intermedirios so formados : nions superxidos, perxido de hidrognio e radicais hidroxila Os radicais reativos que so formados devem ser, de alguma forma,acomodados dentro da clula. As defesas primrias so fornecidas por enzimas que capturam cataliticamente os intermedirios da reduo do oxignio Radicais superxidos livres (O2-)

O2 + e-

O2- (radical superxido )

so formadas em pequenas quantidades durante a respirao dos organismos que utilizam o O2 como aceptor final de eltrons Apresentam alto grau de toxicidade para os componentes celulares devido a grande instabilidade fazendo com que sejam retirados eltrons de molculas vizinhas Todo organismo crescendo em meio contendo oxignio produzem uma enzima superxido dismutase (SOD) que neutraliza estes radicais

O2- + O2- + 2H+ 2O2- + 2H+

+

SOD

H2O2 + O2

Perxido de hidrognio (H2O2)

O2 + H2O2 (perxido de hidrognio)
um produto das oxidaes celulares e da superxido dismutase 2! O peroxido de hidrognio contm o nio perxido ( O2 ) que tambm txico para as clulas !Os microrganismos sintetizam enzimas capazes de neutralizar a ao txica as mais conhecida a !Os catalase e peroxidase 2 H2O2 CATALASE H2O + O2

H2O2 + 2H+

PEROXIDASE 2H

Radical hidroxila ( OH )
uma outra forma intermediria do oxignio sendo muito reativa com a maioria das substncias celulares Pode danificar DNA , lipdeos das membranas e outros Podem ser gerados devido s reaes o nion superxido e o perxido de hidrognio ou devido a reaes intracelulares A remoo eficiente dos nios superxido e do perxido de hidrognio previne a formao dos radicais hidroxila

O2- + H2O2

O2 + OH-2 + OH

-2

METABOLISMO BIOSSINTTICO OU ANABOLISMO

METABOLISMO BIOSSINTTICO OU ANABOLISMO

Transcrio e traduo

CATABOLISMO DE LIPDEOS

CATABOLISMO DAS PROTENAS

As protenas so muito grandes para atravessarem as membranas plasmticas Os microrganismos produzem proteases e peptidases extracelulares para quebrar protena em aminocidos Aminocidos precisam ser convertidos para poder entrar no ciclo de Krebs: desaminao , descarboxilao e desidrogenao

VIAS METABLICAS DE USO DE ENERGIA (ANABOLISMO

Estes processos bioqumicos so endergnicos requerem energia Fontes de energia : ATP(adenosina trifosfato),GTP ( guanosina trifosfato ),UTP (uridina trifosfato) ou uma fora protomotiva Energia necessria para biossntese de componentes qumicos da clulas como DNA, RNA, protinas ,peptideoglicano da parede celular e fosfolipdeos da membrana celular Energia necessria para processos vitais como: mobilidade e transporte ativo de nutrientes atravs da membrana celular Devido as habilidades biossintticas variadas , os microrganismos apresentam grande diversidade em relao as exigncias nutricionais As vias biossintticas comeam com a sntese das unidades estruturais necessrias para a produo de substncias mais complexas As unidades estruturais so ento ativadas energia de molculas de ATP As unidades estruturais ativadas so unidas uma outra para formar substncias complexas que se tornam parte estrutural ou funcional da clula

BIOSSINTSE DE AMINOCIDOS E PROTENAS Como um microrganismo sintetiza aminocidos? O nitrognio gasoso (N2 ) utilizado apenas por algumas bactrias para sntese de compostos nitrogenados como exemplo amnia (NH3 ) fixao de Nitrognio Formas inorgnicas de nitrognio (amnia, sulfato de amnia ) Amnia + composto contendo carbono para produzir aminocidos Aminao : adio de um grupo amino ao cido pirvico ou a um apropriado cido orgnico do ciclo de Krebs converte o cido a aminocido Transaminao : se o grupo amino advm de um aminocido preexistente BIOSSNTESE DE AMINOCIDOS

Formas orgnicas de nitrognio como aminocidos adicionados no meio de cultura

Sntese de aminocidos Ativao de aminocidos

AA + ATP AA- AMP + pirofosfato

Sntese de protena
DNA
Transcrio

mRNA

Traduo

Protena

BIOSSNTESE DE NUCLEOTDEOS E CIDOS NUCLICOS

Aminocidos so utilizados para sintetizar nucleotdeos (base nitrogenada+ pentose + fosfato ) Sntese de nucleotdeos Ativao de nucleotideo (ATP)
GMP + 2 ATP GTP + 2 ADP

Biossntese de cido nuclico (DNA ou RNA )

BIOSSNTESE DE NUCLEOTDEOS - PURINA E PIRIMIDINA

BIOSSNTESE DE CARBOIDRATOS
Microrganismos autotrficos so capazes de usar dixido de carbono ( CO2) da atmosfera convertendo-o em um composto orgnico Fixao de CO2 - necessita ATP e NADPH2 Fotoautotrficos ( cianobactrias ) Produzem ATP utilizando energia luminosa fotofosforilao Obtm NADH2 usando eltrons removidos da clorofila na presena de luz Quimioautotrficos ( Nitrosomonas e thiobacillus) Produzem ATP utilizando energia liberada durante a oxidao de compostos inorgnicos (H2 ,amnia, nitrito,e compostos sulfurados reduzidos ) Obtm NADH2 - utilizando eltrons retirados durante a oxidao de compostos inorgnicos PRINCIPAL MTODO DE FIXAO DO CO2 CICLO DE CALVIN - BENSON

PRINCIPAL MTODO DE FIXAO DO CO2 CICLO DE CALVIN - BENSON

+
6 6 6 12 6

FIXAO DE CO2 6 H2O

12 12 12

10

12

2
FRUTOSE 1,6DIFOSFATO FRUTOSE 6-FOSFATO GLICOSE 6-FOSFATO

BIOSSNTESE DE PEPTIDEOGLICANO DA PAREDE CELULAR

Etapas da Biossntese 1) Converso de glicose em uma unidade estrutural ativada N-acetilglicosamina-UDP (NAG-UDP) 2) Produo de uma outra unidade estrutural ativada cido N-acetilmurmico-UDP (NAMUDP) 3) Formao da cadeia pentapeptdica Adio de AA ao NAM-UDP 4) Introduo do lipdeo carreador 5) Adio de NAG-UDP ao NAM-pentapeptideo-lipdeo carreador formao de uma unidade constitutiva completa do peptideoglicano 6) Transporte da unidade ativada atravs da membrana citoplasmtica para ser integrada estrutura da parede celular 7) Alongamento da cadeia de peptideoglicano 8) Formao de ligaes cruzadas rgidas para manter a forma da clula bacteriana Transpeptidase

Biossntese do peptoglicano
N-acetilglicosamina N-acetilmurmico D-Aminocidos L-Aminocidos Bactoprenol
ATP UDPPEP UDPUTP

D/L-Ala, D-Glu, DAP (L-Lys)

P-P

UDP-

Glicose

P P
...NAG-NAM NAG-NAM...

UDP -

UMP

P-P

E. coli

DAP

...NAG-NAM

.NAG-NAM...

Transpeptidao (Gly)5 S. aureus

Mecanismos de transpeptidao
Enzimas (PBP)Peptidil e glicosiltransferases; Endopeptidases, D-ala carboxipeptidases. Autolisinas (Sob controle -Represso)

Ciclos dos Elementos Qumicos

CICLO DO ENXOFRE
ASSIMILATRIA

SO4-2
DESASSIMILATRIA
Alteromonas Clostridium Desulfovibrio Desulfotomaculum Desulfuromonas Shewanella Wolinella, etc...

R e d u o

C-SH
DESSULFURAO

SO3-2

Geobacter, Rhodococcus

Enzimas redutases

Archaeobactrias

H2 S

O x i d a o

Mineralizao

Aerbios: Anaerbios: Thiobacillus Chlorobium Beggiatoa Chromatium Proteus

CARACTERSTICA GENMICA FUNDAMENTAL

Figura 4. Bioqumica e gentica da reduo desassimilatria do Sulfato.

VERSATILIDADE METABLICAS

VIAS METABLICAS DA REDUO DE SULFATOS

CITOPLASMA M E M B R A N A P E R I P L A S M A