UNIVERSIDAD DE JAN

Dr. Antonio Jos Caruz Arcos ASIGNATURA DE GENTICA MOLECULAR PREGUNTAS DE EXAMEN II PARTE Ejemplos de preguntas largas

A elegir entre: a) La amplificacin del trinucletido CTG (50-200 veces) en la regin 3UTR del gen de la cubatasa provoca una grave enfermedad denominada WSTD (Weekend Spatial-Temporal Disease). Qu mecanismo molecular podra estar afectado. Cmo lo comprobaras?. Recuerda que el alelo mutante es dominante. b) Los individuos afectados por un tipo de pseudohermadroditismo masculino con insensibilidad parcial a los andrgenos, tienen testculos que muestran las etapas precoces de la espermatognesis pero que no producen esperma funcional. Los rganos genitales externos son altamente variables, el pene presenta un tamao normal pero la uretra tiene malformaciones. A pesar de presentar una distribucin de grasa corporal similar al patrn femenino y desarrollar pecho, algunos individuos tienen un comportamiento sexual claramente masculino e incluso llegan a casarse. La insensibilidad a los andrgenos est normalmente determinada por una mutacin en la secuencia codificante del receptor, sin embargo en un grupo de pacientes no se observa ningn cambio en esta zona. Qu otras posibles mutaciones podran dar lugar a una alteracin en la produccin del receptor?.

Qu son y para que sirven ? (en dos lneas!) o EMSA, TAQMAN, Molecular Beacons, SSCP, Inmunoprecipitacin de cromatina, LCR, Lod score, Clonaje posicional, Rotura qumica del heterodplex, Doble hbrido, Differential display, SAGE, Secuenciacin capilar, Espectrometra de masas, SSH, teorema de Bayes, proteccin DNAsas. o Compara la clonacin posional con la de genes candidatos usando la informacin contenida en el genoma humano.

Terapia gnica para la inmunodeficiencia combinada severa asociada al cromosoma X. (3 puntos) La amplificacin un trinucletido en un gen produce el denominado sndrome del X-frgil. La mutacin no afecta a la zona codificante para protenas, sino a la regin 5UTR. Resuelve las siguientes cuestiones: o o o Qu mtodo utilizaras para detectar dicha amplificacin? Qu hiptesis explicara la ausencia de transcripcin de dicho gen? Cmo identificaras los programas genticos afectados por dicho gen? (4 puntos)

Estudios de ligamiento han demostrado que la resistencia a la malaria en ciertas poblaciones del oeste de frica est asociada por desequilibrio de ligamiento a al gen que codifica el antgeno Duffy de los eritrocitos. Adems estas poblaciones no expresan dicha protena en las clulas de la sangre. Sin embargo no se han encontrado mutaciones en la secuencia codificante para protenas. Tan slo existe una mutacin puntual en la zona del promotor, en concreto en el sitio consenso de unin de un factor de transcripcin especfico de la lnea hematopoytica conocido como GATA. Los investigadores no encuentran una razn para explicar el fenmeno de resistencia, ya que ratones knock-out para dicho gen son inviables y mueren en etapas muy tempranas del desarrollo embrionario. La nica hiptesis plausible es que la mutacin impida la transcripcin del gen en las clulas de la sangre, dianas del parsito. Cmo demostraras que efectivamente dicha mutacin impide la sntesis de la protena Duffy en estos tipos celulares?. Cmo demostraras que el factor de transcripcin GATA no se une al promotor del gen Duffy en dichos tipos celulares?. (3 puntos)

La primera causa de muerte en los pases desarrollados son las enfermedades cardiovasculares. El departamento de farmacoeconoma de una empresa farmacutica ha determinado que estas enfermedades podran ser muy interesantes para el desarrollo de nuevos frmacos, especialmente la arteriosclerosis. Tu como director del departamento de investigacin y desarrollo debes plantear una estrategia para encontrar genes candidatos para el desarrollo farmacolgico. Cmo lo haras?.

Cul es la hiptesis de la eva africana?. En qu pruebas genticas est basada?.

El anlisis de un fragmento del cromosoma 22 humano ha revelado la presencia de un gen previamente desconocido que codifica para una protena de 500 aminocidos. Qu metodologas utilizaras para determinar la funcin de este gen?.

La osteoporosis es una enfermedad caracterizada por una prdida progresiva de masa sea que lleva a una gran debilidad de huesos. Afecta a un gran nmero de personas a partir de los 55 aos, especialmente a las mujeres. El departamento de farmacoeconoma de una empresa farmacutica ha determinado que esta enfermedad podra ser muy interesante para el desarrollo de nuevos frmacos. Tu como director del departamento de investigacin y desarrollo debes plantear una estrategia para encontrar genes candidatos para el desarrollo farmacolgico. Cmo lo haras?.

El anlisis de un fragmento del cromosoma 22 humano ha revelado la presencia de un gen previamente desconocido que codifica para una protena de 500 aminocidos. Qu metodologas utilizaras para determinar la funcin de este gen?.

Despus de la extraccin de la lente del ojo de la salamandra se produce un fenmeno denominado metaplasia o transdiferenciacin por la cual las clulas del iris son capaces de regenerar el tejido eliminado. Cmo identificaras los genes reponsables de este fenmeno?.

Cul es la hiptesis de la eva africana?. En qu pruebas genticas est basada?. El anlisis de un fragmento del cromosoma 22 humano ha revelado la presencia de un gen previamente desconocido que codifica para una protena de 500 aminocidos. Qu metodologas utilizaras para determinar la funcin de este gen?.

La artrtis reumatoide es una enfermedad caracterizada por una prdida progresiva de cartlago y degeneracin de las articulaciones. Afecta a un gran nmero de personas a partir de los 55 aos, especialmente a las mujeres. El departamento de farmacoeconoma de una empresa farmacutica ha determinado que esta enfermedad podra ser muy interesante para el desarrollo de nuevos frmacos. Tu como director del departamento de investigacin y desarrollo debes plantear una estrategia para encontrar genes candidatos para el desarrollo farmacolgico. Cmo lo haras?.

Un nio de corta edad, de origen sudamericano presenta un cuadro clnico que podra corresponder con un caso anormal de fibrosis qustica con microcefalia.

En Europa el 70% de los pacientes que tienen esta enfermedad presentan una delecin de 3 pb en la posicin 508 (Phe508D) del gen CFTR (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) que codifica para un canal de cloro expresado por clulas de los epitelios secretores. Otro 29% de los pacientes tienen otras 5 posibles mutaciones en las posiciones entre las que destacan la Gly542Stop (8.5%), Arg1283Met, Arg347Leu, Ala349Val y Phe1286Ser. Este paciente no presenta ninguna de estas mutaciones. Teniendo en cuenta que el ARNm tiene 6129 bases y el gen completo 82000 pb aproximadamente, disea una estrategia ms rpida para buscar posibles mutaciones que expliquen el cuadro clnico. Eres jefe de grupo de investigacin de una importante empresa biofarmacutica. Despus de dos aos de bsqueda de los mecanismos moleculares de entrada en macrfagos de la bacteria Micobacterium tuberculosis, habeis demostrado que la bacteria activa dos genes celulares a los cuales habeis denominado PEPE y PESOE. Estas dos protenas son imprescindibles para la infeccin. Qu etapas deberas seguir para encontrar la funcin normal de estos dos genes? Cmo secuenciaras el genoma del chimpanc? Qu implicaciones tendra para la biologa humana? Mecanismo molecular de determinacin de las primeras etapas del desarrollo del eje anteroposterior en el embrin de Drosophila melanogaster. La amplificacin del trinucletido CTG (50-200 veces) en la regin 3UTR del gen de la cubatasa provoca una grave enfermedad denominada WSTD (Weekend Spatial-Temporal Disease). Qu mecanismo molecular podra estar afectado. Cmo lo comprobaras?. Recuerda que el alelo mutante es dominante. Los individuos afectados por un tipo de pseudohermadroditismo masculino con insensibilidad parcial a los andrgenos, tienen testculos que muestran las etapas precoces de la espermatognesis pero que no producen esperma funcional. Los rganos genitales externos son altamente variables, el pene presenta un tamao normal pero la uretra tiene malformaciones. A pesar de presentar una distribucin de grasa corporal similar al patrn femenino y desarrollar pecho, algunos individuos tienen un comportamiento sexual claramente masculino e incluso llegan a casarse. La insensibilidad a los andrgenos est normalmente determinada por una mutacin en la secuencia codificante del receptor, sin embargo en un grupo de pacientes no se observa

ningn cambio en esta zona. Qu otras posibles mutaciones podran dar lugar a una alteracin en la produccin del receptor?. Uno de los principales problemas mdicos de los astronautas que permanecen mucho tiempo en ingravidez es la prdida de masa sea y muscular. Como director de investigacin biomdica de la agencia espacial europea, se te ha encargado un proyecto para determinar el origen de este fenmeno y eventualmente encontrar un remedio que alivie el problema. Qu estrategias seguiras para encontrar los programas genticos afectados por la ingravidez? Qu son y para que sirven ? (en dos lneas!) o EMSA, TAQMAN, Molecular Beacons, SSCP, Inmunoprecipitacin de cromatina, LCR, Lod score, Clonaje posicional, Rotura qumica del heterodplex, Doble hbrido, Differential display, SAGE, Secuenciacin capilar, Espectrometra de masas, SSH, teorema de Bayes, proteccin DNAsas. o Compara las ventajas e inconvenientes de los microarrays de cDNA frente a los de oligonucletidos. La bacteria Rickettsia prowazekii pertenece a la familia de las aproteobacterias, que se multiplican en clulas eucariticas. Esta especie es muy patognica siendo la causa del tifus epidmico transmitido por piojos y que infect a ms de 30 millones de personas durante la primera guerra mundial y mat a varios millones despus de la segunda guerra mundial. El grupo de investigacin liderado por el Dr. Charles G. Kurland (Nature, 1998, 396, 133143) public la secuencia completa del genoma de esta bacteria y descubri que contena 834 genes codificantes para protenas. De las cuales, un 24% correspondan con genes muy extraos, que no presentan similitudes con genes de otros organismos. Experimentos de genmica funcional que comparaban el patrn de expresin bacteriano durante la infeccin de piojos frente a la infeccin de clulas humanas en cultivo, ha permitido identificar unos 50 genes que se activan exclusivamente cuando la bacteria crece en clulas humanas. De ellos unos 40 son de funcin completamente desconocida y adems no presentan ortlogos en otras especies bacterianas comunes como E. coli, M. tuberculosis, etc. Cmo identificaras la posible funcin de estos genes? Crees que podran ser una diana interesante para el desarrollo de nuevos antibiticos?. (2 puntos). Las razas puras de perros son muy interesantes como material de estudio de gentica humana, debido a que muchas de ellas tienen una alta frecuencia de

desrdenes de raz gentica. Por ejemplo el Setter irlands presenta atrofia retinal progresiva; el pastor alemn, artrtis de la cadera; el doberman inmunodeficiencia congnita severa, etc. Suponiendo que tenemos un mapa fsico muy preciso del genoma del perro, con gran nmero de marcadores polimrficos. Describe la estrategia que seguiras para encontrar el gen asociado a la diabetes del dlmata que presenta un patrn autosmico dominante y lo sufren uno de cada ocho perros de esta raza. Imagina que finalmente has identificado el gen responsable. Qu haras para determinar si este gen est tambin asociado a la diabetes humana?. Describe el sistema de diagnstico molecular ms adecuado para la deteccin de las posibles mutaciones en familias portadoras de la misma. Y por ltimo, suponiendo que la diabetes es autosmica dominante y que aparece entre los 30 y los 60 aos, qu probabilidad tendra un hijo de 40 aos de desarrollar la enfermedad si su padre la padeci con 30?. (3 puntos). Describe el sistema completo de Affymetrix para cuantificacin de la expresin gnica. (1 punto). o o Pruebas genticas a favor de la eva africana. (1 punto). Para qu sirve conocer la base molecular de una enfermedad hereditaria? (0,5 punto). Debido al incremento en la exposicin a la luz ultravioleta , la incidencia de melanoma ha aumentado unas 20 veces en los pases desarrollados. Actualmente es uno de los cnceres ms frecuentes. El riesgo de desarrollar melanoma se multiplica por dos cuando un familiar en primer grado lo presenta. Este riesgo aumenta hasta un 6,5 aproximadamente, cuando el familiar de primer grado lo desarrolla antes de los 50 aos de edad. Estos datos indican que probablemente exista una predisposicin gentica para el desarrollo del melanoma maligno. Cmo idenficaras el gen potencialmente asociado a esta patologa?. Qu son y para que sirven ?: EMSA, TAQMAN, Molecular Beacons, SSCP, Inmunoprecipitacin de cromatina, LCR, Lod score, Clonaje posicional, Rotura qumica del heterodplex, Doble hbrido, Differential display, SAGE, Secuenciacin capilar, Espectrometra de masas, SSH, teorema de Bayes, proteccin DNAsas. La extirpacin de la lente del ojo de la salamandra activa un proceso denominado metaplasia o transdiferenciacin Escribe un proyecto con el objetivo de identificar todos los genes implicados en el proceso de

regeneracin de la lente del ojo de este anfibio. Nota: No se tienen genotecas de calidad de esta especie. El anlisis de un zona del genoma que ha sido asociada por desequilibrio de ligamiento (Lod Score) a una enfermedad hereditaria humana, contiene 3 genes potenciales. Estrategias para identificar la funcin de cada uno y su papel potencial en la enfermedad con la que estn asociados. Parece que la expresin de un gen de la regla de los pares de Drosophila est controlado a nivel de la transcripcin y la traduccin. Qu tcnicas utilizaras para comprobarlo?. Un grupo de epidemilogos ha constatado que las personas que sufren hipertensin esencial (constitutiva) y que carecen de factores de riesgo cardiovascular presentan siempre familiares con el mismo problema. El riesgo de sufrir un infarto se multiplica por dos cuando un familiar en primer grado lo presenta. Este riesgo aumenta hasta un 6,5 aproximadamente, cuando el familiar de primer grado lo desarrolla antes de los 50 aos de edad. Estos datos indican que probablemente exista una predisposicin gentica para el desarrollo del la hipertensin. Cmo idenficaras los genes potencialmente asociados a esta patologa?. Un tipo de meningitis est causada por un patgeno bacteriano, cuyo genoma ha sido recientemente secuenciado en su totalidad. El principal problema en el diseo de nuevas vacunas universales es la extraordinaria diversidad antignica de las cepas aisladas de diferentes pacientes. Disea una estrategia para identificar potenciales dianas para la produccin de vacunas. Elementos genticos mviles en el genoma humano como fuerza evolutiva (2 ptos) Describe todos los tipos de polimorfismos genticos. Comenta sus aplicacines en medicina, farmacologa e historia evolutiva. Comenta brevemente los sistemas de diagnstico que se pueden aplicar a cada tipo (2 puntos). Perspectivas abiertas tras la secuenciacin del genoma humano (2 puntos). Aplicaciones de la genmica funcional (2 puntos). En qu consiste la clonacin posicional? Porqu es importante conocer la base molecular de una enfermedad gentica? (2 punto). En Islandia se han identificado unas veinte familias que sufren una enfermedad hereditaria caracterizada por un raquitismo congnito resistente al tratamiento con vitamina D. Recientemente un grupo de investigadores identificaron el gen

que est mutado: receptor de la vitamina D. Qu mtodo crees que utilizaron? (A). La protena codificada por este gen es un receptor nuclear de la familia de los receptores de hormonas esteroides. Son factores de transcripcin que al unir el ligando correspondiente (vitamina D, estrgenos, etc.) se translocan al ncleo de la clula e inducen o reprimen la transcripcin gnica. Cmo identificaras los genes potencialmente regulados por este receptor nuclear? (B). Podras explicar cmo se podra confirmar que el receptor de la vitamina D se une a un promotor especfico previamente identificado (C). El anlisis molecular del gen ha revelado que el ARNm consta de unas 5 Kb de las cuales las primeras 2,7 corresponden a la secuencia codificante y el resto son regiones no traducidas. En un par de familias no se ha encontrado ninguna mutacin en la regin codificante, sin embargo presentan un fenotipo mutante con raquitismo. Los investigadores no quieren secuenciar todo el mensajero para buscar otras mutaciones sin tener alguna informacin complementaria. Qu sistema utilizaras para hacer un chequeo rpido del ARNm e identificar posibles mutaciones sin necesidad de secuenciarlo? (D). Los investigadores finalmente descubrieron que la mutacin est en la regin 3UTR, cmo es posible? (E), Cmo verificaras el efecto de dicha mutacin sobre la actividad del receptor de vitamina D? (F). Las mutaciones ms frecuentes son una insercin de unas 15 adeninas y una mutacin puntual A/G. Disea por PCR una estrategia para la deteccin de dichas mutaciones (G). El raquitismo congnito es una enfermedad autosmica dominante con penetrancia incompleta, la edad de aparicin est situada entre los 3 y los 15 aos. Unos padres de un nio con raquitismo han tenido una hija y desean saber a partir de qu edad la probabilidad de desarrollar raquitismo es menor del 25% (H). 4 puntos (0,5 por apartado). Vocabulario Genmico: EST, STS, SNP, SSR, BAC, Shotgun. (1 punto). Desde tu punto de vista personal, dime una ventaja de los sistemas SSH, differential display y SAGE con respecto a los sistemas de microarrays de ADN. Los microarrays de oligonucletidos presentan una ventaja importante con respecto a los de ADNc, Cul?. (2,5 puntos). El bola es un virus de la familia de los filovirus y es el responsable de una enfermedad mortal en un 90% caracterizada por hemorragias y destruccin masiva de varios tejidos especialmente los endotelios. El genoma viral consiste en un ARN de cadena simple de 12.7 Kb que codifica para unas 7 protenas. La protena de la envuelta producida en levaduras y purificada por mtodos bioqumicos convencionales, es capaz de reproducir la accin patolgica del

virus en clulas en cultivo. Disea un plan experimental que permita determinar cmo el virus altera el patrn de expresin gnica de la clula (A). El receptor de la superficie celular utilizado por el virus para entrar en la clula no es conocido. Cmo lo identificaras? (B). Investigadores del CDC (Center for Diseases Control, Atlanta, USA), han identificado individuos de muchas familias procedentes de ciertas regiones de Uganda que despus de varias exposiciones ambientales al virus nunca se han contagiado. Se sospecha que presentan una resistencia gentica a la enfermedad, qu mtodo utilizaras para identificar el gen responsable? (C). Despus de un ao de investigacin, han identificado un gen candidato, pero no quieren secuenciar el mensajero completo (8 Kb), qu sistemas utilizaras para hacer un chequeo rpido de mutaciones sin necesidad de secuenciarlo? (D). Finalmente han localizado una insercin de 34 adeninas y un cambio puntual de A/G. Disea una estrategia por PCR para genotipar rpidamente ambos polimorfismos (E). Cmo cuantificaras el efecto de dichas mutaciones sobre la capacidad de infeccin del bola? (F). 6 puntos. A elegir entre (1 punto): 1. Calcula la probabilidad de que los hijos de 25 y 30 aos de un hombre con 50 aos cuyo padre muri con Corea de Huntington desarrollen esta enfermedad neurodegenerativa. 2. Describe la estrategia utilizada para curar la Inmunodeficiencia combinada severa ligada al cromosoma X. Desde tu punto de vista personal, dime una ventaja de los sistemas SSH, differential display y SAGE con respecto a los sistemas de microarrays de ADN. Los microarrays de oligonucletidos presentan una ventaja importante con respecto a los de ADNc, Cul?. 1,5 puntos. En las etapas de formacin del huevo de Drosophila melanogaster, algunos ARNm como bicoid son fabricados por las clulas de la madre y exportados al vulo en formacin, situndose en una posicin muy especfica en la zona anterior del vulo, a partir de donde formarn un gradiente de concentracin de protena. Cmo determinaras exactamente qu genes estn siendo regulados por dicha protena? (A). Despus de hacer los experimentos has localizado varios genes potencialmente regulados por Bicoid a nivel de la transcripcin. Cmo confirmaras que realmente que este factor de transcripcin se une a los promotores de dichos genes? (B). Cmo se cuantifica el nivel de ocupacin de un promotor por un factor de transcripcin? (C). 1,5 puntos.

Dibuja un esquema con la estrategia para la identificacin de genes asociados con enfermedes humanas. En un pueblo de la provincia de Jan, la frecuencia de talasemia es muy elevada, tanto que 1 de cada 10 personas sufre talasemia minor (heterocigoto para una mutacin en la beta-globina). Una pareja en la que el es portador y ella tiene un primo hermano afectado, quieren saber si pueden tener hijos enfermos. Calcula la probabilidad de que sea as. Adems os piden consejo para saber qu podran hacer en caso de que alguno de los hijos naciera enfermo. Qu soluciones de todo tipo les darais?.

Ejemplos de preguntas cortas

Cmo es posible que en el genoma humano existan genes de origen bacteriano? Cul es el nmero aproximado de genes del genoma humano? Cul es el origen del gen Env de los retrovirus? Cul es la base molecular del Corea de Huntigton? Cual es la estrategia genmica de diseo de frmacos antivirales? Cul es la principal diferencia citogentica entre Homo sapiens y el resto de los primates no humanos? Cul es la base molecular del sndrome del X-frgil? Cuales son los datos genticos a favor de la hiptesis de la Eva africana? Cules son los tipos de ARN no codificante? El contenido en G+C de un fragmento de ADN con qu se correlaciona? En qu se diferencia el proyecto pblico de secuenciacin del genoma humano del aplicado por la empresa Celera? Para qu sirve el doble hbrido? Para qu sirve el mtodo signature-tagged mutagenesis? Para qu sirve el phage display? Porqu el ADN mitocondrial tiene una alta tasa de mutacin? Qu aplicacin tienen los genes parlogos en farmacologa? Qu diferencias existen entre los retroposones y retrotransposones? Qu diferencias existen entre retrovirus y pararetrovirus? Qu diferencias existen entre retrovirus y retrotransposones? Qu es el mtodo shotgun? Qu es el RNAi?

Qu es la genmica funcional? Qu es la sintenia? Qu porcentaje del genoma humano tiene origen en transposones? Qu son genes ortlogos? Qu son genes parlogos? Qu tipos de ADN repetido podemos encontrar en el genoma humano? Caracterstica ms importante de los plsmidos BAC En qu consiste el anlisis de parsimonia? Principales etapas en el descubrimiento de nuevas dianas farmacolgicas Cmo se clasifican las enfermedades genticas humanas? Para qu sirve conocer el gen implicado en una enfermedad? Cul fue la clave para identificar el gen de la distrofia muscular de Duchenne? D22S264E, es el nombre de un marcador gentico humano, qu significa? El genotipado a gran escala de la empresa Applied biosystems, para qu se utiliza? Diferencias y similitudes entre Taqman y PCR-FRET Si has identificado un gen candidato asociado a una enfermedad, qu estrategias utilizaras para identificar la zona potencialmente mutada en los pacientes?

Diferencias entre chequeo gentico y consejo gentico Qu es un retrovirus pseudotipado? Cules son los problemas que presentan los retrovirus como vectores de terapia gnica?