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◎ 記憶法如上,記得中文、英文,兩個縮寫通通要背,特別的細節也要注意。整理如下:
1. 極性與電荷:8 種非極性—R 鏈,苯環 芳香基 ,S 基
7 無電極性—OH,SH,H,C=O(Asn, Gln)
( ) (Met)
3. SDS-PAGE: 使蛋白質帶負電而分離
4. 還原劑可將雙硫鍵打斷
5. DIPF(Di-isopropylfluophosphate) 切 Chymotrypsin 的 Ser-OH
J. 胺基酸的代謝:
1. Glycogenic aa 14 種,轉換成 TCA cycle 中間產物。
2. Ketogenic aa Leu、Lys —黃皮書;WK-L—生化課本 P.727,形成
acetyl-CoA/acetoacetate
3. Mixed aa FYW+IK—黃皮書;IF-Y—生化課本 P.727。
☆相關考題
1. 在 pH7.0 條件下,pentapeptideAla-Asp-Leu-Glu-Lys 的靜電荷(netdischarge)為何?
a.-1 b.0 c.-2 d.1 (94 高 1,92 高 1 也考過類似題,so…)
2. 植物荷爾蒙 Indole-3-aceticacid 是由下列哪個胺基酸代謝而來?
a.Arginie b.Histine c.Tryptophan d.Phenylalanine (95 高 1)
競爭性抑制 X ↑ ↑
非競爭抑制 (non-) ↓ X ↑
未競爭抑制 (un-) ↓ ↓ X
X = 不變 m = 圖形斜率 (Km/Vmax)
(方便記憶,三 X 連線上方↑、下方↓)
IV. 維生素
A. Thiamine, Vit B1→Thiamin pyrophosphate(TPP)=去羧
去羧,
去羧 轉酮
1. 參與反應:去羧基 (Decarboxylation),轉酮酶 (Transketolase)
a. α-KG → Succinyl-CoA α-KG dehydrogenase complex
b. Pyruvate → Acetyl-CoA pyruvate dehydrogenase complex (5 種輔酶:B1、B2、B3、B5、
lipoid acid)
c. Pentose Phosphate Pathway Transketplase
2. 缺乏的話:
a. 乾性腳氣病:神經系統疾病,如週圍神經炎;溼性腳氣病:心血管症狀,如水
腫。
b. Wernicke’s encephalopathy (急) / Korsakoff 精神病 (慢,新的記憶不能形成)。
→FMN, FAD+H2→
B. Riboflavin, Vit B2→ →FADH2 FAD
1. 參與反應:氧化還原反應 NAD 都含有 ribose
2. 缺乏會有口角炎、如炎、脂漏性皮膚炎 CoA
→NADP, NAD++H-→
C. Niacin & Nicotinamide, Vit B3→ →NADH (60mg 的 Trp 產生 1mg
的 Niacin)
1. 參與反應:氧化還原反應
2. 缺乏的話:癩皮病 Pellagra: 3D (dermatitis, dementia, diarrhea)
I. Retinol, Vit A
1. 和夜視有關,視紫質存在於視網膜的桿狀細胞,負責夜視
2. 視紫質再生不良導致夜盲
3. all-trans retinoid 可抗癌---APL
4. 過少:夜盲、表皮細胞角質化 (乾皮病)、乾眼症
5. 過多:肝毒、畸胎
:抗氧化作用
L. Vit E, Topopherol:抗氧化作用,
作用,移除 free radical
M. 考題:
考題:
1. 下列哪種輔酶不含核糖(ribose)? (94-高 1)
a.CoA b.NAD c.FAD d.thiamine pyrophosphate
V. 細胞代謝的原理
A. NADH 無法通過粒腺體的膜,靠
1. G3P shuttle (肌肉,腦)2ATP (FAD → FADH2)
2. Malate shuttle(心肝腎) 3ATP (NAD → NADH)
Succinate
Choline
粒腺體內膜進行 (-)malonate
C. 阻斷劑: ☆ 粒線體可以進行氧化作用,
粒線體可以進行氧化作用,但沒有磷酸化作用
抑制氧化作用 上圖框框,很難背,但會考,尤其是 H2S,CO,CN-
使氧化、磷酸化作用分離 Dinitrophenol (DNP, Uncoupling agent) [phen=分]
抑制磷酸化 Oligomycin (阻斷 H+進入膜內,阻斷磷酸化)
VI. 碳水化合物
A. 各糖類支鏈:
1. 雙糖:
麥芽糖 Maltose α(1, 4);蔗糖 Sucrose α(1, 2);乳糖 Lactose β(1, 4);Cellulose β(1, 4)
Glu + Glu Glu + Fru Glu + Gal
2. 多糖:直鏈澱粉 α(1, 4);支鏈澱粉 α(1, 4) α(1, 6);Glycogen α(1, 4) α(1, 6) 分支更
多;Inulin:β(1, 2)果糖聚合物;Chitin:N-acetyl-D-glycosamine 以 β(1, 4)連結
B. Glycolysis(Glc→Pyruvate)
1. 總反應:細胞質中反應,淨產值:2ATP+2NADH→若有氧,有 2+2*3=8ATP
Hexokinase Glucokinase
分布 多數組織 、β-cell
Liver
Km 低 (高親和力) 高
Vm 低 高
調控 G-6-P - 高醣飲食↑、insulin↑
C. Pyruvate oxidative decarboxylase:Pyruvate (PDeH)→acetyl-CoA
1. 總反應:在粒線體中產生反應,不可逆反應,淨產值:1NADH=3ATP
Pyruvate + CoA + NAD+→(PDeH)→Acetyl-CoA + CO2 + NADH + H+
2. Pyruvate Dehydrogenase (PDeH) 由三個酵素組成=E1:Pyruvate decarboxylase →
E2:Dihydrolipoyl transacetylase → E3:Dihydrolipoyl dehydrogenase
能量足夠→ a. 抑制:ATP (磷酸化 E1 的 Ser-OH 使之活性↓), Acetly-CoA, NADH, Glucogan
缺乏能量→ b. 活化:(運動) NAD+,ADP, CA++
3. 需五個 Coenzyme: TPP (B1 幫助 E1 脫羧), FAD(B2), NAD(B3), CoA(B5), Lipoid acid
a. 所以 B1↓→Pyruvate 堆積→Neurologic defect→腳氣病→吃生酮飲食
D. TCA cycle:
1. 總反應:
☆Citrate 的功能:
(1) TCA cycle 的中間產物
(2) Acetyl-CoA 的來源,
供細胞質合成脂肪酸
(3) 抑制 Glycolysis 的 keyenzyme
Acetyl-CoACarboxylase
轉換成其他物質: ☆ 各項重要化合物的能量:
d. Citrate→Fatty acid, Ketone body, Cholesterol 1. Acetyl-CoA 12 ATP
e. OAA→PEP→Glucose OAA→Aspartate 2. Pyruvate 15 ATP
f. Succinyl-CoA + Gly→Porphyrins→Heme 3. Glucose 38 ATP
4. Palmitate 129ATP
g. α-KG→Glutamate
◎ Mg++、Mn++可以催化以下反應:
a. Enolase 2-phosphoglycerate → phosphenolpyruvate
b. Pyruvate kinase PEP → pyruvate
c. Isocitrate dehydrogenase Isocitrate →α-KG
Glycolysis Gluconeogenesis
G→G6P Hexokinase (HK) G6Pase
F6P→F1,6BP (控制酶) Phosphofructose-1 (PFK-1) F1,6BPase
PEPCK (Cytosol 內)
PEP→Pyruvate Pyruvate kinase (PK) Ps.
Pyr carboxylase (Mito 內)
Phospoenolpyru
vate carboxykinase(PEPCK), Glucose/Fructose-6-phosphatase(G6Pase/ F6Pase)
4. 能量:糖質新生 (2Pyruvate→Glucose) 耗 6ATP
5. G3P 以上,Glycolysis 耗 1*2ATP,Gluconeogenesis 僅水解磷酸鍵
6. G3P 以下,Glycolysis 得 2*2ATP,Gluconeogenesis 耗 2*3ATP
7. 粒線體內:
粒線體內:Pyr→ →OAA→ Malate 過 mitochondria → OAA→ →PEP: :細胞質
8. 總反應:2 Pyruvate + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH → Glucose + 4 ADP + 2 GDP + 2
NAD+ + 6 Pi
Cori Cycle
Liver Blood Muscle
Glucose Glucose
2 NAD+ 2 NAD+
2 NADH 2 NADH
6 ~P 2 ~P
2 Pyruvate 2 Pyruvate
2 NADH 2 NADH
2 NAD+ 2 NAD+
2 Lactate 2 Lactate
I. 粒線體的功用:
1. Urea cycle 的 Carbomoyl phosphate 合成 與 Ornithine 結合,以 Citrulline 離開
2. TCA cycle Pyruvate 直接進入
3. Fatty acid 的β-oxidation (1) 與 Carnitine 結合,交換進入(Acyl-CoA)
(2) 由 Acetyl-CoA + OAA,以 citrate 離開
4. NADH 進出 (1) Malate shuttle:NADH (3ATP,心肝腎)
(2) G-3-P shuttle:FADH2 (2ATP,腦肌肉)
J. 相關考題
1. Citric acid cycle 的代謝物中,何者作為 porphyrin 生合成的前體?(95 高 2)
a.oxaloacetate b.alpha-ketoglutarate c.citrate d.succinyl-CoA
2. 下列何者同時在 cytosol 和 mitochondria matrix 發生? (94 高 1)
a.pentose phosphate pathway b.fatty acid synthesis
c.gluconeogenesis d.citric acid cycle
VII. 脂質
A. 必需脂肪酸:亞麻油酸, Lenoleic acid, 18:2(9,12);
次亞麻油酸, Lenolenic acid, 18:3(9,12.15)
B. 脂肪酸的合成(還原):
1. 原料:
a. 粒線體中 Acetyl-CoA 來自:Pyruvate, β-oxidation, Ketogenic aa (Leu, Lys)
→ Acetyl-CoA + OAA → Citrate 才可出去粒線體
b. 細胞質中 Acetyl-CoA 來自:由粒線體出來的 Citrate(Citrate lyase,-1ATP)→
Acetyl-CoA
c. 還原力:2 個 NADPH 來自 PPP
2. 總反應:全在 Cytosol 內合成
a. 羧化:耗 1ATP,為脂肪酸合成的速率限制步驟,Biotin 當輔酶幫忙 Carboxylation
1. Acetyl CoA + CO2 (Acetyl-CoA carboxylase, ACC)→ Malonyl-CoA
2. Acetyl-CoA carboxylase 要去磷酸才成為活化態,可被以下物質增進或抑制:
↑:citrate、insulin
↓:palmitoyl-CoA、malonyl-CoA、glucagon、epinephrine
b. 攜帶:Acyl carrier protein (ACP)
1. Malonyl-CoA + ACP → Malonyl-ACP + CoA
c. 似 b oxidation 逆反應(還原):
1. Malonyl-CoA + Acetyl-CoA + 2 NADPH → 7 次循環 → 16:0 (Palmitic
acid)
C. 脂肪酸的分解(氧化)
1. 總反應:在 Mitochondria 內分解 每增加 個 : 2 的脫羧
C malonyl-CoA
2. 真核:
a. 有 Telemerase, DNA Polymeraseαβγδε, Histone, Cell cycle 之分
b. α(primer), β(leading), γ(lagging), δ(mitochondria), ε(DNA repair)。
B. DNA→RNA (Transcription 轉錄)
原核 真核
RNA polymerase RNA polymerase 還細分:記:RooMaTe(r 量多,m 類多,t類多 最小生命最短)
最小生命最短
RNA polymerase I (Nucleolus):合成 rRNA 自 5`3`連續複製
RNA polymerase II (Nucleo plasma):合成 mRNA、snRNA
RNA polymerase III(Cytoplasma):合成 tRNA、5S rRNA、snRNA
m RNA 之合成過程為:5’Capping Clipping 剪 3’poly-A tailsplicing 接
note:capping 7-methyl-guanosine triphosphate
Pribnow box(-25-30) TATA box(-10,TATAAT), CAAT box (-75);多了 enhancer 可調節速率
Stem and loop, ρ- CTD 被磷酸化始 elongation
factor 可終止轉錄 Amatin 可抑制 RNA polymerase II(低濃度
低濃度), 高濃度)
低濃度 III(高濃度
高濃度
☆ RNA polymerase:
(1) Core enzyme:有 4 個次單位ααββ’,負責 5’-3’ RNA polymerase 活性,無法辨識 DNA promotor
(2) Holoenzyme:σ-factor + core enzyme,σ-factor 可使 RNA polymerase 辨識 DNA promotor
1. 原核:
a. 操控基因組(Operon): Regulatory gene(I) + Contol site(P,O) + Structural gene
1. 促進子(Promotor):Polymerase II, 可用 foot printing 定出其位置
2. 操縱子(Operator):
i. Repressor(由 Regulatory gene 轉錄出)可結合此處抑制轉錄。
ii. Inducer(環境中的物質 Ex. Allolactate, IPTG)可接上 Repressor 去除
Repressor 的抑制。
3. 例子:
髮夾終極結構=Attenuator
髮夾終極結構
i. Trp operon (具髮夾終極結構 減弱子來抑制轉錄
減弱子 轉錄)
轉錄
C. 其他
3. 突變:點狀突變
a. Transition 指 AG 之間或是 TC 之間互換 (ex.AG,TC...)。
b. Transversion 指嘌呤與嘧啶間互換
4. 致突變劑的作用:
a. Rifampicin、Streptovaricin:抑制 RNA polymerase 的β次單位,阻止轉錄 initiation
b. Actinomycin D:嵌入 DNA double helix 中 DNA 的 Guanine 結合
c. Tetracycline:抑制 Aminoacyl-tRNA 接上 ribosome,阻止轉譯作用
d. α-Amantin:抑制真核生物的 RNA polymerase II (低濃度 II、高濃度 III)
e. Puromycin:結構類似 Aminoacyl-tRNA,阻止蛋白質合成作用的 elongation
f. Nitrous acid:使 adenine→Hypoxanthine、Cytosine→Uracil、Guanine→Xanthine
5. Thymidine dimer 的修復機制:
a. Direct repair:DNA photolyase
b. NER (Nucleotide excision repair):用 excinuclease 或 UvrABC complex
c. BER (Base excision repair):用 DNA-N-glycosylase 及 AP endonuclease
6. 核酸從 5’3’合成;蛋白質從 NC。
7. 密碼 (codon) 和反密碼 (anti-codon)
tRNA 3’—UAC—5’ anti-codon = CAU!!
mRNA…5’—AUG—3’ codon = AUG
8. 蛋白質的合成
a. 起始 codon:AUG (真核—Met;原核—f-Met) (記:八月 August 開始上班)
b. 終止 codon:UAA, UAG, UGA
9. mRNA 上第 3 個 codon 可(tRNA)wobble。
10. 核糖體 60S E(empty)–P(peptyl)-A(amino)site
mRNA 5’AUG------------------------------------UAA 3’
核糖體 40S
11. 墨點法
a. 南方墨點法 DNA (記:南帝北丐)
b. 北方墨點法 RNA (記:北榮當 R)
c. 西方墨點法 Protein (記:CPR)
d. PCR:denaturation95 ºC -annealing55 ºC -extension72 ºC ,所需物質為 DNA
template, primer, Tag DNA polymerase(可於 72 º C 下作用), nucleotides
B. 相關考題
1. 在核糖體進行胜鍵合成反應時,A site 的 aminoacyl-tRNA 的 amino group 可以攻擊
P site 的 peptidyl-tRNA 何部位?
a.carbonyl oxygen b.amide oxygen c.amide nitrogen d.carboynyl carbon (94
高 1)
2. 寡核苷酸 5’—TGATCAAGC—3’可與下列何者形成雙股鍵結?
a. 5’—TCCGACTGC—3’ b. 5’—ACTAGTTCG—3’
c. 5’—GTTGATCAC—3’ d. 5’—ACATTCGCC—3’ (94 高 1)
X. 代謝物質相關疾病(幾乎每年考一題,自行決定是否投資時間)
大原則,屬於哪一類疾病一定要記起來,只要前面有一定熟悉度,通常可以藉此去推論!!
A. GSD (glycogen storage disease)
1. Type I :von Gierke’s dz (肝腎),缺 G6-Phosphatase,G6Pglucose (X)
Type II :Pompe’s dz (心脾骨骼肌),缺 lysosomalα-glucosidase,肝醣 glucose (X)
Type III :Cori’s dz (肝心骨骼肌),缺 debranching enzyme,肝醣 葡/G1P (X)
Type IV :Anderson’s dz,缺 branching enzyme,amylose (or 短鏈肝醣) 長鏈肝醣
(X)
Type V :McArdle’s dz (骨骼肌 肌),缺 muscle phosphorylase。
Type VI :Her’s dz,缺 liver phosphorylase。
Type VII:缺 phosphofrutokinase(PFK)。
Type VIII:缺 liver phosphorylase kinase。
2. 記法:1-2-7 型都是小分子的轉換,3-4 型是分枝相關,5-6-8 型是磷酸化問題。
B. LSD (lysosomal storage disease)
1. 脂質堆積:
a. 分類:
Gaucher’s disease:缺βglucosyl ceramidase,glucosyl cerebroside(腦苷) 堆積腦、
肝、脾
Niemann-Pick disease:缺神經鞘磷脂酶(sphingomyelinase),phosphoro-choline 堆
積大腦
Tay-Sachs disease:缺 hexosaminidiase A,神經節苷脂 (ganglioside) 堆積大腦
Fabry’s disease:缺 lysosomal α galactosidase A,X-linked,通常在年輕人
Karbb’s disease:
b. 記法:Gau (顧) -NP-TS (太傷神) -Fa (掉頭髮)
3. 肝醣堆積:Pompe’s disease
C. 胺基酸代謝
1. 芳香族 (FWY):PKU 苯酮尿症 缺 pheylalanine hydroylase
Alkaptonuria 黑尿病 缺 homogenisate oxidase
Albinism 白化症 缺 tyrosinase
2. 分支鏈(VLI):maple syrup urine syndrome 楓糖尿症,缺α-keto acid dehydrogenase,
抑制 VLI 分解,減少 VLI 攝取。
3. 含硫(MC):homocysteinuria,Xcystathionine,缺 cystathionine synthase,vit B6 治療。
homocysteinuria variant,XMet,大多因 vit B12 或 folate 缺乏。
D. Purine and pyrimidine metabolism
1. purine:Lesch-Nyhan syndrom 以及 ADA deficiency 等,見前。
2. pyrimidine:
a. Xeroderma pigmentosum 色素斑乾皮病:DNA 內切酶缺損,光照早期皮膚癌。
b. Ataxia telangiectasia 微血管擴張性運動失調 & Faconi’s anemia 也與內切酶有
關。
E. 血脂相關:(小麻州有)
Disorder Comments
CAD risk↑ Defective LDL receptor,
Familial hypercholesterolemia(FH)
type IIa,自體共顯性
Familial combinded hyperlipidemia
多因性,肥胖,DM;type IIb
(FCH)
Familial dysbetaplipoproteinemia Apo E2, AR,type III
No risk of Familial hyperchylomicronemia LDL 缺乏;type I;胰臟炎
CAD
Familial hypertriglyceridemia VLDL 過度製造,type IV
Type V hyperlipidemia 多因性