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O processo de classificao pressupe a definio prvia de critrios e de regras de nomenclatura utilizadas na designao das categorias taxonmicas. Algumas destas categorias, tambm designadas por nveis taxonmicos ou taxa (plural de taxon), foram primeiro propostas por Lineu, tendo outras sido posteriormente acrescentadas. No sistema de classificao de Lineu e em todos os que se lhe seguiram, as categorias taxonmicas esto organizadas de forma hierarquizada, caracterizada por uma homogeneidade decrescente e uma amplitude crescente ao longo da srie seguinte de categorias: espcie, gnero, famlia, ordem, classe, filo e reino. De entre as regras de nomenclatura mais significativas destaca-se a designao ou nomenclatura binominal de espcie. Esta regra de nomenclatura proposta por Lineu estabelece a atribuio de dois nomes espcie, sendo o primeiro iniciado por maisculas, o nome do gnero, e o segundo, que dever ser sempre acompanhado pelo primeiro e escrito em minsculas, o restritivo ou epteto especfico. Se manuscrito, o nome da espcie deve ser sublinhado. Uma designao mais completa contar com o nome do autor e o ano de classificao.
O processo de classificao pressupe a definio prvia de critrios que o tornam possvel. So muitos e variados os critrios utilizados na classificao dos seres vivos. O aumento de critrios utilizados resultou da evoluo das cincias biolgicas e do aparecimento de uma grande quantidade de dados associados s diferentes reas: Morfologia, Fisiologia, Embriologia, Paleontologia, Citologia, Estrutura Molecular, etc. Esta diversidade permitiu adequar a classificao especificidade de cada grupo taxonmico. Os sistemas de classificao podem ser entendidos como formas de organizao de dados respeitantes aos seres vivos que se pretendem classificar. Esta organizao depende de critrios que vo sendo revistos ao longo do tempo, o que torna transitrios os sistemas de
3 classificao que reflectem a viso dos seus autores e da comunidade cientfica de dada altura. Num sistema de classificao, os taxa superiores englobam mais organismos e, consequentemente, uma maior diversidade, tornando estes taxa cada vez mais artificiais. Consequentemente, o reino a categoria taxonmica mais artificial, porque engloba seres que partilham entre si menos caractersticas que os seres de categorias inferiores. Desde Aristteles at Lineu, os seres vivos foram agrupados em dois reinos: Plantae (plantas) e Animalia (animais). Ao Reino Plantae pertenciam os seres capazes de sintetizar substncias orgnicas a partir de substncias inorgnicas - autotrficos e fixos. No Reino Animal eram includos os seres que se alimentavam de matria orgnica proveniente de outros seres vivos - heterotrficos e de vida livre. Desde essa altura at actualidade, a distribuio dos seres vivos em grandes grupos tem vindo a sofrer alteraes; em resultado do desenvolvimento dos conhecimentos, em especial de microscopia e de bioqumica, foram surgindo novos dados sobre seres vivos que no se enquadravam nesta diviso. O microscpio ptico veio desvendar um mundo de seres unicelulares microscpicos. Muitos destes seres pareciam desafiar a classificao em dois reinos, ao possurem caractersticas de ambos os reinos. As euglenas, por exemplo, eram mveis e possuam cloroplastos, realizando a fotossntese. Os fungos pareciam tambm no se enquadrar nesta diviso. Numa tentativa de resolver este problema, surgiu, durante o sculo XIX, um sistema de trs reinos que, para alm dos dois reinos atrs mencionados, considerava um novo reino que englobava essencialmente os seres unicelulares e os seres coloniais - Reino Protista. No sculo XX, o surgimento do microscpio electrnico veio revelar a existncia de seres que possuam clulas procariticas e seres que possuam clulas eucariticas. Estas observaes obrigaram a alteraes dos critrios na definio dos reinos. Foi acrescentado um novo reino, o Reino Monera, que inclua os seres unicelulares de estrutura procaritica, mantendo os trs reinos mencionados anteriormente. Este sistema de quatro reinos e o seu antecessor de trs reinos tiveram relativamente pouca aceitao, predominando o sistema de dois reinos. De entre os vrios sistemas actualmente propostos, aquele que tem encontrado maior receptividade o de Whittaker. Desenvolvido em 1969, foi posteriormente modificado, sendo apresentado com as respectivas alteraes em 1979. A grande diferena entre estas duas verses refere-se posio das Algas. Inicialmente distribudas entre os reinos Protista e Plantae, consoante fossem, respectivamente, unicelulares ou pluricelulares, foram colocadas no Reino Protista, atendendo sua simplicidade estrutural, apesar da pluricelularidade de muitas delas. O facto do Reino Protista passar a incluir seres multicelulares de baixo grau de diferenciao celular leva muitos autores a sugerirem o nome de Protoctista para este reino. O sistema de classificao de Whittaker divide os seres vivos em cinco reinos, tendo sido usados os seguintes critrios para a sua definio: Nvel de organizao celular e estrutural - distinguindo seres procariontes de eucariontes; seres eucariontes unicelulares, seres coloniais, seres multicelulares com baixo grau de diferenciao celular e seres multicelulares. Modo de nutrio - distinguindo seres autotrficos, seres heterotrficos por ingesto e seres heterotrficos por absoro.
Interaces nos ecossistemas - distinguindo os seres produtores dos seres consumidores e, dentro destes, distinguindo os macroconsumidores (predominantemente animais) e os microconsumidores, que ao consumirem a matria orgnica devolvem ao meio matria inorgnica - seres decompositores ou saprfitas (fungos, bactrias e alguns protistas).
Posteriormente a Whittaker surgiram outros sistemas de classificao que, baseados noutros critrios, delimitaram novos reinos. Em 1988, Lynn Margulis props um sistema de classificao que, no essencial, mantm os reinos criados por Whittaker. Baseando-se na estrutura e composio das clulas e dos seus organelos, bem como nas diferentes vias metablicas dos organismos, em especial as bactrias, props a criao de dois grupos taxonmicos hierarquicamente superiores ao reino, que designou por super-reino ou domnio. O rearranjo dos reinos proposto est esquematizado no quadro seguinte:
Em 1995, Carl R. Woese apresentou os seus trabalhos sobre o surgimento do novo Domnio Archaea. O autor registou que o aparecimento repentino das Archaea (inicialmente denominadas Archaebacteria, Archeobacteria ou Archeote) - negando dogmas da Biologia, como a diviso dos seres vivos em eucariontes e procariontes, de acordo com a presena de ncleo organizado e maquinaria gentica - ocasionou uma revoluo na classificao dos organismos, pois surgia uma "terceira forma de vida", cuja estrutura celular procaritica, mas, em nvel molecular e gentico, guarda grandes semelhanas com organismos eucariticos. A noo de dicotomia da vida entre eucariontes e procariontes, que ainda domina a Biologia e influencia, em particular, a percepo sobre o grupo Archaea, est sendo lentamente revista por grupos actuantes em microbiologia. Recentemente, a anlise de sequncias de DNA e RNA tem confirmado que h na realidade dois grupos principais nos procariontes: Bacteria e Archaea. Estes dois grupos no aparentam ser mais prximos um do outro do que dos eucariontes. A maioria dos novos esquemas taxonmicos tendem a abandonar o reino Monera e a tratar Bacteria e Archaea como domnios, conjuntos de reinos, separados. Estes dois domnios diferem na composio do RNA ribossmico, na estrutura da parede celular e no metabolismo; levando em conta dados de filogenia molecular, elas so to diferentes que ocupam dois reinos, e Archaea est mais prximo dos eucariticos do que Bacteria.
Em 1990, uma equipa liderada por Woese, baseada na comparao de sequncias de RNA ribossmico, concluiu que os procariontes no eram um grupo homogneo com uma origem comum, mas antes composto por dois subgrupos principais, cada um dos quais difere entre si e dos eucariontes. Esta diversidade evolutiva reflecte-se no genoma e, por sua vez, na bioqumica e na sua ecologia. Em face destes dados, propuseram a substituio da diviso do mundo vivo em dois grandes domnios (procariontes e eucariontes) por uma subdiviso em trs domnios: mantiveram os eucariontes como o domnio Eucarya (Eucariontes), mas, em vez do domnio Prokarya (Procariontes), surgem os domnios Archaea e Bactria ao mesmo nvel que os Eucarya. A sua classificao reflecte a ideia de que a rvore da vida tem trs e no apenas dois ramos. Estes sistemas, contudo, so de mbito de aplicao mais restrito, sendo o sistema de classificao de cinco reinos, definido por Whittaker, o mais seguido actualmente.