Tcnicas moleculares en ecologa y biologa de la conservacin

Tecnologa que complementa el cuerpo terico y emprico de la ecologa y evolucin. No es una disciplina en s misma (Ecologa molecular). Permite abordar un mayor rango de problemas y preguntas biolgicas tradicionales. Enriquece nuestro rea de conocimiento. Permite una aproximacin interdisciplinar a los problemas; ms creatividad. Siempre que se use en combinacin de un alto grado de experiencia naturalista y destreza tcnica.

Molecular Ecology will publish the results that use molecular biological approaches to provide innovative insights into any aspect of ecology or population biology. Burke, Seidler y Smith, 1992

Variacin en protenas yycidos nucleicos Variacin en protenas cidos nucleicos

MARCADORES MARCADORES GENTICOS GENTICOS MOLECULARES MOLECULARES

Evolucin Evolucin
Dinmica e las varintes moleculares

Ecologa Ecologa
Interacciones Genotipo-ambiente

Cambio evolutivo

Procesos actuales e histricos

Individuos en poblaciones Poblaciones de individuos Especies

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Ecologa molecular : rea pluridisciplinar de la ecologa

Utilizacin de marcadores moleculares de ADN (protenas, secuencias de ADN o ARN)basados en genealogas soportadas por herencia y principios genticos Aplicacin a problemas de ecologa y evolucin Utilizacin de las relaciones genticas entre individuos, poblaciones o especies para abordar problemas a diferentes escalas biolgicas jerarquizadas

Fundamento: Fundamento
Anlisis de productos de ADN (marcadores) como caracteres genticos Caracterizacin de su frecuencia, variabilidad y relaciones filogenticas Relacin con caractersticas fenotpicas

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Aspectos relevantes en la utilizacin de marcadores moleculares

La mayora de los marcadores representan variabilidad en regiones no-codificantes del ADN. Su variacin es neutral desde el punto de vista de seleccin natural. Los marcadores difieren en la cantidad de variabilidad que ilustran. Es necesario ajustar el tipo de marcador a cada problema y su escala espacial. Tipos de marcadores: codominantes (patrones de bandas distinguibles en homocigotos y en heterocigotos), dominantes. Los marcadores difieren en el tipo de herencia: ADN nuclear- biparental; ADN citoplsmico (mtDNA; cpDNA)uniparental.

ECOLOGA ECOLOGA MOLECULAR MOLECULAR

DESCRIPTIVA DESCRIPTIVA
Tamao efectivo de poblacin Niveles de variabilidad gentica Distribucin espacial y temporal de la diversidad gentica Base gentica de la varianza en rasgos fenotpicos Relaciones evolutivas entre taxones

MECANICISTA MECANICISTA
Seleccin sexual Seleccin natural Cambios demogrficos Migracin; flujo gnico Eventos de vicarianza

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Tcnicas
Alozimas RFLP Minisatlites y fingerprinting Mtodos basados en PCR
Microsatlites AFLP RAPDs Secuenciacin de ADN

ADN
Nuclear Citoplsmico: mitocondrial mtDNAcloroplasto cpDNA

Fundamento
Anlisis de productos de ADN (marcadores) como caracteres genticos Caracterizacin de su frecuencia, variabilidad y relaciones filogenticas Relacin con caractersticas fenotpicas

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Tcnicas
Alozimas
Deteccin de variantes electroforticas de enzimas en geles de almidn. Se caracterizan por su bajo nivel de polimorfismo compradas con productos de ADN.

RFLP
Se detectan variantes genotpicas como variaciones de tamao de fragmentos de restriccin.

(Enzimas de restriccin) -> @1969 Minisatlites y fingerprinting. @1987.

Designa a loci con nmero variable de repeticiones de secuencias tandem (VNTR). El nmero de repeticiones es muy variable, generando polimorfismos. Los fingerprints son visualizaciones simultneas de varios loci de un mismo individuo.

Mtodos basados en PCR -> @1986

Microsatlites AFLP RAPDs Secuenciacin de ADN

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Reaccin en cadena de la polimerasa. PCR

Cebadores ADN molde

Producto

Rapidez Sencillez Muestreo no destructivo Pequeas cantidades de tejido Uso de ADN degradado

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Mtodos basados en PCR

RAPDs. Random amplified polymorphic DNA. @1990
El ADN total de un organismo (en muy pequea cantidad) es cebado con oligonucletidos cortos (10-meros) de secuencia arbitraria que ceban al azar en numerosos sitios de todo el genoma. All donde se presenten dos sitios de cebado en orientaciones opuestas y a distancia compatible con la amplificacin por la polimerasa, se producir un fragmento amplificado. De cada reaccin por PCR se obtiene un complejo patrn de fragmentos especfico del genoma analizado y del cebador utilizado.

Aplicaciones
Determinacin de la identidad taxonmica. Hbridos. Determinacin de niveles de variabilidad gentica a escala geogrfica amplia Determinacin de paternidad y parentesco

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Determinacin de niveles de variabilidad gentica a escala geogrfica amplia

Mtodos

Datos
Frecuencia de marcadores

Matriz de distancia gentica; entre poblaciones, entre individuos

B A

Especificacin de matrices Especificacin de matrices hiptesis. hiptesis. Tests de Mantel para comparar Tests de Mantel para comparar matrices. matrices. Significacin obtenida por Significacin obtenida por aleatorizacin. aleatorizacin.

Prunus mahaleb. Jordano y Godoy (Mol. Ecol. 9, 2000) Entre poblaciones Marcadores RAPDs 7 poblaciones, 144 rboles 16,5% Entre poblaciones 81,8% Dentro de poblaciones Gst = 0,194 [0,016-0,468] Nm = 1,19

Dentro de poblaciones N. Correhuelas, 72 rboles, 142 marcadores. Mantel Distancia espacial Distancia gentica (Nei) r= 0,5617; P= 0,0027 Mantel Hiptesis 10 grupos de rboles (Gabriel) Distancia gentica (Excoffier) r= 0,6823; P= 0,0103

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Mtodos basados en PCR

Microsatlites. @1996
Son un tipo peculiar de loci VNTR llamados SSR (repeticiones de secuencias simples), de 1-6 bp (2-4, normalmente). Representan una continuacin de las tcnicas pioneras de fingerprinting multilocus, aprovehando la PCR. Su fundamento es amplificar estos loci mediante PCR con cebadores flanquentes a la repeticin. Esto genera fragmentos cuyo tamao depende del nmero de repeticiones- estos tamaos diversos caracterizan alelos de cada locus.

Aplicaciones
Determinacin de paternidad y parentesco Anlisis de flujo gnico a escala local Heterocigosis, deriva, endogamia Tamao efectivo de poblacin (Ne) Asignacin de poblaciones de proveniencia

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Tipos de problemas
Tamao efectivo de poblacin Ne. Ne actual. Cambios en Ne. Estimacin de fecha y tasa de cambio de Ne. Problemas de dispersin y migracin. Pruebas de asignacin de poblacin de origen para migrantes Proporcin de diferentes poblaciones de origen en una poblacin de cra Dispersin ligada a sexo o clase de edad Tasas de migracin pasadas Deteccin de rutas de migracin y colonizacin Diferenciacin reciente vs. separacin antigua Filogeografa Identificacin. De individuos o grupos de individuos Determinacin del sexo Parentesco y paternidad. Asignacin de paternidad/maternidad Identificacin de parentales en un grupo de genotipos Relaciones de parenteco entre progenies Frecuencia de camadas de paternidad mltiple Tasa de cruzamiento y coef. endogamia Relacin entre parentesco y distancia geogrfica Estimas de flujo gnico via polen y semillas

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Aplicaciones
Tamao No ADN No lince Lince Presencia/ ausencia Lince No lince No ADN

Region control (RC) del ADNmt

citB del ADNmt ATP8-universal

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Aplicaciones
Determinacin del sexo en aves
Se basa en la amplificacin mediante PCR de fragmentos del gen CHD, localizado en los cromosomas sexuales de aves. La copias del gen localizadas en el cromosoma Z y W, presentan diferencias de secuencia que permiten su distincin mediante distintos mtodos. Los cebadores E1 y E3 ceban la amplificacin de un fragmento de 630 pb en ambas copias del gen, mientras que la combinacin de cebadores E2, E3 dan origen a un producto de 210 pb a partir, exclusivamente, de la copia localizada en el cromosoma W. El fragmento de 210 pb es por tanto un marcador de hembras (ZW), mientras que el producto de 630 pb, que se obtiene tanto de machos (ZZ) como de hembras (ZW), sirve como control de la amplificacin, permitiendo distinguir los machos autnticos de las amplificaciones fallidas.

guila imperial ibrica +

4P 1 2 3 Sl B

630 pb (Z, W)

210 pb (W) Dmero cebadores