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I microrganismi
24/02/2010
Albero filogenetico della vita come definito dalla comparazione dellRNA ribosomale. Lalbero costituito da tre domini degli organismi: Bacteria ed Archaea che hanno una cellula di tipo procariotico ed Eukarya, di tipo eucariotico. In rosso sono cerchiati i 24/02/2010 macrorganismi tutti gli altri sono quelli comunemente indicati come MICRORGANISMI.
Procarioti ed Eucarioti
Eucariote: organismo costituito da cellule con nucleo ben differenziato e separato dal citoplasma per mezzo di una membrana nucleare. Procariote: organismo unicellulare il cui materiale cellulare non racchiuso dentro una specifica 24/02/2010 membrana. Manca la suddivisione della funzione cellulare in specifici organuli.
Batteri
I batteri sono organismi procarioti costituiti da una singola cellula. Le cellule batteriche si riproducono per scissione binaria. I batteri possono essere di differente forma:
- SFERICA (Cocchi), - a BASTONCINO (Bacilli), - ELICOIDALE (Spirilli).
In genere le cellule batteriche sono lunghe da 1 a 10 micrometri (10 mm) e hanno sviluppato gli adattamenti pi svariati per ottenere energia e sostanze nutritive. Si trovano in quasi tutti gli ambienti: nell'aria, nel suolo, nell'acqua, nel ghiaccio, nelle sorgenti calde e perfino negli sbocchi idrotermali delle profondit oceaniche.
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Alghe verdi-azzurre
Da non confondersi con le alghe. Sono cianobatteri ed appartengono al dominio dei BACTERIA. Sono organismi fotosintetici.
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Alghe
Rientrano fra le alghe numerosi organismi eucariotici che contengono clorofilla e svolgono la fotosintesi. La maggior parte sono microscopiche (quelle di nostro interesse), sono presenti tuttavia organismi macroscopici di dimensione molto elevata.
Le alghe contengono clorofilla e si presentano di colore verde, possono assumere colori diversi (marrone o rosso) per la presenza di altri pigmenti.
Colonie di Volvox
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Protozoi
I protozoi sono organismi eterotrofi generalmente unicellulari, sprovvisti di una ben delimitata parete cellulare. La maggior parte mobile. Possono essere patogeni per luomo o per altri animali.
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Funghi
Sono organismi eterotrofi pluricellulari, caratterizzati dalla presenza di una parete cellulare e dalla produzione di spore. I gruppi di maggiore importanza sono: muffe, lieviti e funghi fruttiferi.
Muffe: Sono funghi con struttura filamentosa, caratteristici per le loro efflorescenze polverose di colore bianco-grigio, verdastro, nero. Si riproducono tramite spore che differiscono nella morfologia, nel modo in cui sono prodotte, nel colore. Le loro condizioni ottimali di pH sono di circa 5,6 con intervallo tra 2 e 9. Lieviti: Funghi unicellulari che vivono in habitat liquidi o umidi.
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Virus
I virus non sono cellule ma particelle composte da acidi nucleici (DNA o RNA) racchiusi in un involucro proteico
Il termine virus significa, veleno e venne usato per la prima volta per indicare particelle patogene pi piccole dei batteri. Essi non possiedono molti degli attributi tipici delle cellule ed, in particolare, sono sistemi dinamici e aperti in grado di assimilare nutrienti ed espellere metaboliti.
24/02/2010 Sono parassiti intracellulari obbligati e solo quando infettano una cellula sono in grado di riprodursi.
Metabolismo microbico
Percorsi metabolici e conseguente classificazione dei microrganismi
24/02/2010
24/02/2010
Anabolismo e Catabolismo
Le attivit metaboliche seguono due percorsi metabolici diversi: - cammino anabolico (consumo di energia), che un processo assimilativo che comporta la sintesi dei componenti della cellula (biosintesi), - cammino catabolico (rilascio di energia), che un processo dissimilativo. Le sostanze assunte vengono degradate attraverso una serie di passaggi intermedi fino a prodotti stabili. In questi passaggi si rende disponibile lenergia necessaria per la crescita e il mantenimento. I due processi si completano luno con laltro.
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Ossido riduzione
Nei sistemi biologici la produzione e la conservazione dellenergia coinvolge reazioni di ossido-riduzione (redox). In queste si ha uno scambio di elettroni tra un elemento donatore che si ossida, ed un elemento accettore che si riduce. Le reazioni redox rispetto ad altre reazioni chimiche, hanno un valore pi elevato della resa di energia per mole di reagenti coinvolti.
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ATP
ATP (Adenosintrifosfato): la molecola che nel metabolismo delle cellule svolge limportante funzione energetica di accumulare energia fornita dal catabolismo e di fornirla successivamente per le reazioni metaboliche, comportandosi come una sorta di batteria. LATP costituito da un gruppo adenosina e tre gruppi fosfatici. Quando lATP perde un gruppo fosfatico, la rottura del legame rilascia una grande quantit di energia e si forma ADP (adenosindifosfato).
opportuno evidenziare limportanza del fosforo che deve essere sempre presente per garantire lo svolgimento delle reazioni metaboliche.
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ATP
Re az io n i Cat abo lic h e
Generazione di energia libera SUBSTRATO (Fonte energetica)
ATP
G
a o r il z i o n e sf
r id
scambio di energia
Re az io n i An abo lic h e
Consumo di energia libera
o li s i
PRODOTTI METABOLICI
iodrolisi ATP
ATP + H2O
Fosforilazione ADP
ADP + Pi
fo
ADP
Sintesi della biomassa Metabolismo di mantenimento
ATPasi
ADP + Pi
G = - 7kcal/mole
Fosforilazione
ATP
G = 7kcal/mole
Enzimi e coenzimi
Gli enzimi negli organismi viventi hanno il compito di velocizzare le reazioni biochimiche che, in loro assenza, avverrebbero tempi lunghi, non compatibili con il metabolismo cellulare. Alcuni enzimi per svolgere la loro attivit hanno necessit di
un 24/02/2010 addizionale, che pu essere costituito da ioni inorganici o da molecole organiche composto dette coenzimi
Enzimi
Cinetica enzimatica La velocit della reazione globale aumenta proporzionalmente alla concentrazione del substrato e quindi del complesso E-S. Come si pu notare dalla figura, questo incremento decresce sino al raggiungimento di un plateau in cui la concentrazione di S cos elevata da mantenere sempre saturo lenzima; in queste condizioni la velocit di reazione per unit di enzimi (o batteri), V/E, massima e pari a k. La relazione tra concentrazione di substrato e la velocit stata studiata da Michaelis- Menten
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Nutrienti
Elementi Carbonio Azoto Idrogeno Ossigeno Fosforo Zolfo Potassio Magnesio Sodio Calcio Ferro
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Forma pi comune in natura CO2, composti organici NH4+, NH3, NO3-, N2, composti organici azotati H2O, composti organici H2O, O2, composti organici PO43H2S, SO42-, comp. organici, metalli solfati K + in soluzione o Sali di potassio Mg2+ in soluzione o Sali di magnesio Na+ in soluzione o Sali di sodio Ca2+ in soluzione o Sali di calcio Fe2+ o Fe3+ in soluzione o come Sali di Ferro
convertito in materiale
cellulare (protoplasma) la semireazione di ossidazione e rappresenta la fonte di energia nel cammino catabolico.
ACCETTORE DI ELETTRONI: alimenta DONATORE DI ELETTRONI (SUBSTRATO): alimenta
la semireazione di
Fonte di Carbonio
Eterotrofi: organismi che utilizzano come fonte il carbonio contenuto nei composti organici Autotrofi: organismi che utilizzano come fonte di carbonio la CO2
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Energia
Le cellule richiedono energia per le attivit di sintesi e di mantenimento. Lenergia pu essere ottenuta da tre fonti diverse: I microrganismi che utilizzano la luce come sorgente di energia sono detti FOTOTROFI; quelli che invece usano lenergia chimica sono definiti CHEMIOTROFI.
-
Chemiorganotrofi
CHEMIOTROFI
Chemiolitotrofi
-
Luce
FOTOTROFI
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Metabolismo aerobico quando lossigeno funge da accettore finale degli elettroni (i microrganismi che sfruttano questo metabolismo sono detti AEROBICI) Metabolismo anaerobico quando viene utilizzato un accettore finale di elettroni diverso dallossigeno (i microrganismi sono detti ANAEROBICI). Un caso particolare di metabolismo anaerobico quello in cui gli accettori finali di elettroni siano i nitriti e/o i nitrati. Si parla in questo caso di Metabolismo anossico (spesso svolto da microrganismi FACOLTATIVI, che cio in presenza di ossigeno usano questo come accettore ed in sua assenza nitriti e nitrati).
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Respirazione e Fermentazione
Respirazione: ossigeno molecolare o altro composto inorganico come accettore di e-. Il substrato organico viene ossidato a CO2. Fermentazione: assenza di un accettore di e- esterno. Vengono utilizzati gli stessi composti organici donatori.
La fermentazione caratterizzata in termini energetici da una resa inferiore alla respirazione (minore velocit di crescita ed inferiori rendimenti di sintesi)
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Respirazione anossica
Respirazione aerobica
Substrato organico
Prodotti di fermentazione
Substrato organico
C CO 2
Substrato organico
C CO 2
Accettore di elettroni
Flusso interno di e-
e-
e-
N O 3 -,
SO 4 --,
CO 3 --
O2
Ossido-Riduzioni interne
POTENZIALE REDOX
molto
negativo
positivo
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Tipo
Aerobico eterotrofo Aerobico autotrorfo Aerobico aut Aerobico aut FacololtativoEt erototrofo Anaeraerobico Eterot. Anaer. Eterot. Anaer. Eterot. Anaer. Eterot.
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Reazione
Respirazione Aerobica Nitrificazione
Fonte C
Composti Organici CO2 CO2 CO2 Composti Organici Composti Organici Composti Organici Composti Organici Composti Organici
Donatore eComposti Organici NH4+, NO2Fe (II) H2S Composti Organici Composti Organici Composti Organici Composti Organici
Acidi Grassi Volatili VFA
Prodotti
CO2, H2O NO2-, NO3Fe (III) SO42N2, CO2, H2O VFA Fe(II), CO2, H2O H2S, CO2, H2O Metano
Riduzione Solfati
Metanogenesi
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rg =
in cui rg la velocit di crescita batterica (massa/unit di volume x tempo) X la concentrazione di microrganismi (massa/unit di volume)I Facendo riferimento al valore specifico (tasso) rispetto alla concentrazione X della biomassa si introduce il tasso di crescita:
dX dt
=
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1 dX X dt
rd =
in cui rd la velocit di respirazione endogena (massa/unit di volume x tempo) Facendo riferimento al valore specifico (tasso) rispetto alla concentrazione X della biomassa si introduce il tasso di respirazione endogena:
dX dt
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kd =
1 dX X dt
rg = rg - rd
in cui rd la velocit di respirazione endogena (massa/unit di volume x tempo) Facendo riferimento al valore specifico (tasso) rispetto alla concentrazione X della biomassa si introduce il tasso di crescita netta:
= - kd
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rsu =
in cui rsu la velocit di utilizzazione del substrato (massa/unit di volume x tempo) S la concentrazione del substrato (massa/unit di volume) Facendo riferimento al valore specifico (tasso) rispetto alla concentrazione X della biomassa si introduce il tasso di utilizzazione del substrato:
dS dt
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U =
1 dS X dt
rsu =
dX / dt dS X dX 1 = = essendo = Y= rsu dS / dt dt Y dt X rg
In cui Y (massa/massa) il fattore di resa. Tenendo conto che una parte del biomassa viene degradata a causa della respirazione endogena utile introdurre il fattore di resa osservato Yobs:
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Yobs =
r 'g rsu
Il fattore di resa pu anche essere calcolato come: gCOD (nella biomassa prodotta) /gCOD (nel substrato degradato)
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8 CH 2 O + 8O2 8 CO2 + 8 H 2O
f COD 8 O2 8 32 = = = 1.06 g COD / g substrato 8 CH 2 O 8 30
Equivalenza COD/biomassa:
Pertanto Y:
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= max
S KS + S
Sostituendo questa espressione nella definizione del fattore di resa si ha: SX kSX rg dX / dt dS X dX 1 rsu = max = = = Y= essendo = Y KS + S KS + S rsu dS / dt dt Y dt X Dove k il tasso massimo di utilizzazione del substrato, pari a max/Y. Ks rappresenta il valore della concentrazione del substrato al quale corrisponde un tasso di crescita pari alla met del tasso massimo.
Si noti che Per S>>Ks Per S<< Ks
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= max = maxS/Ks
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KS = 10 KS = 50 KS = 100
Allaumentare del substrato disponibile il tasso di crescita aumenta fino ad un valore massimo. Si noti come in presenza di alti valori di Ks il rateo massimo di crescita si ottiene per valori pi elevati dalla concentrazione del substrato, mentre con valori bassi di Ks si ottiene gi con basse concentrazioni. 24/02/2010
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