Una visin general de la Visualizacin Cientfica: Revisiones conceptuales a partir del curso SciVis PASI2010

Ricardo Villegas A. Centro de Procesamiento de Imgenes Facultad de Ingeniera Universidad de Carabobo La visualizacin cientfica es un rea de la informtica que permite representar grficamente conjuntos de datos provenientes de diferentes campos de la ciencia, para su mejor comprensin y entendimiento. Estos conjuntos pueden ser de gran tamao y la complejidad de los datos contenidos puede requerir gran cantidad de recursos computacionales y tiempo para poder ser analizados y procesados. As mismo, es probable que el entendimiento que este tipo de datos requiere para proporcionar un significado til, requiera de un tipo adecuado de manejo y presentacin. Es precisamente en ese contexto cuando la visualizacin cientfica cobra gran importancia y auge como herramienta auxiliar de soporte para la ciencia, debido a que a travs de un conjunto de tcnicas permite obtener representaciones visuales adecuadas de los datos para ayudar a su mejor anlisis y compresin. La visualizacin cientfica recurre a otras sub-reas de la informtica, principalmente a la computacin grfica, procesamiento de imgenes y cmputo de alto rendimiento, y puede ser aplicada en reas cientficas tales como medicina, ingeniera, geologa, matemtica, qumica, bioinformtica, etc. Es importante notar que la visualizacin cientfica difiere de la visualizacin de informacin en que no se aplica para representar resultados o informacin procesada mediante grficos de presentacin. Para que los datos puedan ser presentados al usuario, deben atravesar un proceso de transformacin que se inicia desde la adquisicin de los datos y finaliza en la imagen que ser desplegada al usuario, quien podra interactuar o no con el sistema de visualizacin durante el proceso. Las etapas principales del proceso de visualizacin son la adquisicin, pre-procesamiento, aplicacin de la tcnica de visualizacin y finalmente la presentacin de la imagen. Los datos se pueden originar a partir de procesos de simulacin, modelado matemtico o fsico, o adquiridos a mediante aparatos especializados tales como scanners 3D o dispositivos de adquisicin de imgenes mdicas. Con respecto a la etapa de pre-procesamiento, consiste normalmente en la aplicacin de tcnicas de procesamiento de imgenes para eliminar ruido, normalizar, resaltar o extraer regiones o caractersticas de inters, o combinar datos provenientes de diferentes fuentes. Las tcnicas aplicadas para obtener las imgenes a visualizar comprenden la simulacin, animacin, rendering de superficies (aplicado a mallados y funciones paramtricas) y volmenes (para datos volumtricos). Debido a que existe una nica tcnica perfecta para visualizar cualquier tipo de dato, debe utilizarse la tcnica ms apropiada para el tipo de dato a manejar, lo cual puede incluir combinar o modificar tcnicas existentes o crear tcnicas especficas a una aplicacin particular. Lo relevante a nivel de usuario, es que la visualizacin cientfica facilita la exploracin interactiva de los datos y permite la manipulacin de datos gran cantidad de datos, tanto estticos como dinmicos. Pero ms interesante an, es el hecho de que permite mostrar mltiples vistas de los datos, proporcionando al usuario diferentes apreciaciones para un mismo conjunto de datos. La interaccin con el sistema de visualizacin, comnmente se relaciona con la manipulacin de objetos o escenas, el cambio de valores de parmetros o atributos, y la definicin de regiones o caractersticas de inters. Esta interaccin se lleva a cabo a travs de dispositivos de entrada (ratn, teclado, joysticks, dispositivos hpticos) y dispositivos de salida para desplegar la informacin, usualmente pantallas y HMD. Es a partir del conocimiento de los datos que se van a manejar y las caractersticas que estos exhiben que se puede determinar cual es la tcnica de visualizacin ms apropiada para su manejo y presentacin. Las tcnicas de visualizacin cientfica estn enfocadas principalmente al tratamiento de datos cuantitativos, es decir, aquellos que describen en funcin de valores numricos. Este tipo de datos presentan caractersticas comunes de continuidad, regularidad y dimensionalidad. Los tipos de datos ms comunes en SciVis son valores escalares, geometras, ecuaciones, imgenes 2D, datos volumtricos, nubes de puntos, vectores, tensores, etc. La calidad en la representacin y desplegado de estos datos se basa en criterios tales como la precisin, relevancia y completitud que tenga la imagen final para presentar algn significado al usuario. Adems es importante tomar en cuenta otros parmetros vlidos para evaluar la capacidad de un sistema de visualizacin, tales como la disponibilidad y accesibilidad de los datos y la posibilidad de manejo de los datos en la memoria del sistema. Para que un sistema de visualizacin maneje adecuadamente los datos, es importante considerar la forma de organizar y representarlos, lo cual tambin depende del tipo y naturaleza de los mismos. Las estructuras ms utilizadas son Listas (primitivas geomtricas), Vectores (normales, gradientes), Arreglos 2D y 3D (LUTs, buffers, texturas, imgenes), Grafos, rboles, O-buffers (una estructura interesante para la representacin coherente y compacta de datos muestreados en un volumen); muchas APIs grficas y lenguajes de programacin actuales proporcionan soporten para estos tipos de representacin de datos. Debe notarse que existe un compromiso inherente entre el espacio de memoria requerido para representar los datos y la velocidad de acceso a los mismos. En algunas ocasiones es til recurrir al paralelismo de procesamiento cuando los datos no pueden ser manejados completamente en memoria debido al tamao de los mismos o para acelerar la aplicacin de tcnicas con alto costo computacional. Esto permite la particin de los datos y su distribucin entre elementos de procesamiento, cada uno de los cuales generar un resultado parcial que ser combinado en la imagen final. Otro enfoque de paralelismo, se basa en obtener la imagen final a partir de sub-imgenes,

cada una de ellas obtenidas por un conjunto de elementos de procesamiento. Los recursos de procesamiento paralelo ms activamente usados en SciVis son la programacin multi-hilos, los clusters y las granjas de rendering. La etapa de presentacin de los datos se denomina rendering y consiste en el proceso de convertir mediante algoritmos los datos cientficos en una imagen que pueda ser desplegada por el computador. Con respecto a las tcnicas empleadas para el rendering, puede decirse que tambin dependen de las caractersticas de la imagen que se desea obtener. Estos algoritmos pueden ser clasificados en escalares (mapeo de colores, LUTs, contornos 2D y 3D, rendering volumtrico, generacin de imgenes por reformateo multiplanar), vectoriales (hedgehogs, glifos orientados, deformacin vectorial), tensoriales (matrices de imgenes, elipsoides tensoriales, reticulado de elipsoides en 2D y 3D) y de modelado (superficies implcitas, slidos de revolucin, modelado simple, geometras de apoyo, geometra constructiva). Existen tambin algoritmos que permiten apreciar las imgenes con efectos especiales de exploracin para revelar datos que estn ocluidos o contrastarlos con ms detalle con respecto a otros que se encuentran alrededor, tales como cortes, peeling y ghosting) o para reducir la cantidad de datos (submuestreo, diezmado). El proceso de rendering se modela mediante un pipeline grfico, existiendo un esquema para elementos 2D, basado en primitivas geomtricas, y otro para elementos 3D, basado en la representacin de objetos 3D. Ambos pipelines incluyen un conjunto de etapas que transforman los objetos iniciales en la imagen final. Estas operaciones pueden afectar los modelos (rotacin, traslacin, escalamiento, clipping, culling) o el tipo de proyeccin 3D a 2D (paralela y perspectiva), y frecuentemente involucran la transformacin entre distintos sistemas de coordenadas. Para que la imagen final tenga un mayor impacto o permita su mejor apreciacin, los modelos pueden atravesar una etapa opcional de iluminacin y sombreado, en la cual se asignan propiedades pticas obtenidas por modelos fsicos de aproximacin. En los modelos de iluminacin local o global, se intenta obtener la contribucin a la intensidad de color que tienen los pixeles de una imagen a partir de la contribucin de fuentes de luz interactuando con los objetos de una escena. Es de notar que los modelos globales producen imgenes ms foto-realistas. Los modelos de sombreado (Flat, Gouraud, Phong) permiten determinar como distribuir las intensidades calculadas por el modelo de iluminacin sobre los pixeles de un objeto. Otra forma de cambiar la apariencia de un objeto es mediante la aplicacin de texturas 1D, 2D o 3D sobre la superficie del mismo, a partir de proyecciones planares, cilndricas o esfricas. El proceso de la aplicacin de textura se basa en localizar a que coordenada en el espacio parametrizado de textura corresponde una posicin geomtrica del objeto, ubicar esa coordenada en la textura y obtener el valor de color correspondiente de dicho texel para aplicarlo finalmente en el pixel correspondiente de la imagen final. Otros tipos especiales de texturas son el Bump Mapping (aplicacin de una textura que afecta las normales y por lo tanto la iluminacin y sombreado del objeto, brindndole un acabado texturizado) y los mapas de iluminacin, que son texturas que definen la iluminacin de una escena y se combinan con la textura original para alterar la iluminacin final de la escena (modula la intensidad de la textura original). Para el caso de datos volumtrico, existen tcnicas especficas para reconstruccin que proporcionan un tratamiento adecuado para su presentacin. Estas tcnicas proporcionan o bien un modelo poligonal aproximante a la superficie del objeto, obtenida por extraccin de una superficie implcita. El algoritmo por excelencia para este tipo de representacin es el de Marching Cubes, que consiste en la exploracin exhaustiva del volumen para determinar como la superficie intersecta los voxels del volumen, de acuerdo con una relacin dentro/fuera de los vrtices de los voxels con respecto a la superficie. El resultado es un mallado poligonal tridimensional que aproxima al objeto modelado. Las otras tcnicas utilizadas son las de rendering volumtrico directo (DVR) que muestrean el volumen y realizan la composicin de la informacin contenida en los voxels de acuerdo con la contribucin de intensidad y opacidad que los mismos aportan a la imagen final. Para obtener la imagen final, deben asignarse propiedades pticas de color y opacidad a travs de una funcin de transferencia. Estas tcnicas de rendering son computacionalmente intensivas y para poder obtener representaciones manipulables en tiempo real es necesario tener soporte en hardware, particularmente para DVR con texturas 2D y 3D. En conclusin, se puede decir que la visualizacin cientfica proporciona poderosas herramientas que permiten mejor entendimiento de datos provenientes de diferentes reas de la ciencia, pero es necesario contar con recursos de procesamiento e interaccin adecuados, adems de conocer la naturaleza y caractersticas de los datos para poder determinar las tcnicas ms adecuadas para representarlos, organizarlos, procesarlos y presentarlos al usuario final, de forma que tengan la utilidad, significado e impacto necesario y deseado. Las ltimas tendencias en las investigaciones y tcnicas de SciVis apuntan hacia la integracin de los datos, el entorno y el usuario, como en el caso de la realidad virtual y aumentada y los entornos colaborativos.