Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo

EVOLUCIN MOLECULAR: NEUTRALISMO Y SELECCIONISMO

Fernando lvarez-Valn1

LOS FACTORES QUE GOBIERNAN EL CAMBIO A NIVEL MOLECULAR, AS COMO la variabilidad gentica intra-especfica, han sido tema de debate intenso desde finales de la dcada de 1960. Al menos dos visiones alternativas han surgido en relacin al problema. Por un lado, lo que conocemos como Teora Neutralista de la Evolucin Molecular y por otro lado lo que llamaremos visiones Seleccionistas, las cuales engloban una amplia gama de posibilidades. En este captulo discutiremos los tpicos ms sobresalientes de esta controversia. Teora Neutralista de la Evolucin Molecular Esta teora sostiene que la inmensa mayora del cambio a nivel molecular es adaptativamente neutro, es decir, que las nuevas variantes no son ni ms ni menos adaptadas que las variantes preexistentes; por tanto son selectivamente neutras.2 Como desde el punto de vista funcional las variantes son equivalentes, la seleccin natural no podra actuar favoreciendo unas en relacin a otras; en consecuencia, otra fuerza distinta a ella debera ser la que gobierna el cambio. En concreto, el neutralismo propone que la mutacin gentica y la deriva gentica al azar, son las fuerzas fundamentales en el proceso de cambio a nivel molecular. De acuerdo a esta visin la seleccin jugara un papel muy importante eliminando las variantes deletreas (seleccin negativa), pero la fijacin de variantes beneficiosas mediante seleccin natural seria un evento muy poco frecuente. Para poder entender esta teora resulta necesario repasar los conceptos de: mutacin, sustitucin gentica y deriva gentica. Mutaciones y sustituciones
1. Seccin Biomatemtica, Instituto de Biologa, Facultad de Ciencias. Igu 4225. Montevideo 11400. Uruguay. E-mail: falvarez@fcien.edu.uy. 2. Esta teora fue propuesta independientemente por Motoo Kimura (1968): Evolutionary rate at the molecular level, Nature 217: 624-626; y por King JL & Jukes TH (1969): Non-Darwinian evolution, Science 164: 788-798.

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Fernando lvarez-Valn Una mutacin es cualquier cambio en el material gentico que surge en un gameto. Estos cambios pueden ser de distinto tipo, como mutaciones puntuales (cambio de una base nitrogenada por otra), delecin o insercin de un segmento de ADN o inversiones. En general, las mutaciones puntuales son el tipo de cambio ms comn. Es importante destacar que cuando una mutacin surge, la misma est presente en un solo individuo en la poblacin (aqul que se origin del gameto mutante). Adems, para el gen mutante, el individuo es heterocigoto, pues es altamente improbable que el gameto que recibi del otro parental tambin haya mutado en exactamente el mismo sitio. Por tanto podemos decir que la frecuencia original de cada mutacin es N, siendo N el tamao de la poblacin. Es muy importante resaltar este hecho de que en general cada mutacin puede ser considerada como un evento nico. Esto se basa en el siguiente razonamiento simple: para un gen codificante de una protena de 300 aminocidos de largo y que por tanto consiste en 900 nucletidos, existen 4900 (~10541) formas alternativas de ese gen. Este es un nmero realmente grande, incluso si se lo compara con, por ejemplo, el nmero de tomos que hay en el Universo que es alrededor de 1081. Por otra parte, dado un alelo particular del gen en cuestin, ste puede transformarse mediante una mutacin que afecte a una sola base en 3x900 (=2700) alelos distintos. Sobre la base de este razonamiento, Crow & Kimura propusieron lo que se conoce como sistema de alelos infinitos, que bsicamente sostiene que la mutacin no es un evento recurrente, y en consecuencia por mutacin ningn alelo puede alcanzar una frecuencia superior a N.3 Cul es el destino de una mutacin que surge en la poblacin? En buena medida depende de si la mutacin es deletrea (desventajosa), favorable o funcionalmente equivalente en relacin al alelo salvaje. Si la mutacin es desfavorable, el individuo que porte la mutacin seguramente tenga menor chance de sobrevivir o posea menor fertilidad. En dicho caso el destino ms probable de la mutacin es que desaparezca rpidamente de la poblacin. Esto es lo que llamamos seleccin natural negativa. Si la mutacin es ventajosa, el individuo que porta la mutacin tendr mayor chance o de sobrevivir o de dejar mayor descendencia. El destino ms probable de esta mutacin (si el coeficiente de seleccin es suficientemente alto) es que se impondr en la poblacin, o lo que es equivalente alcanzar una frecuencia igual a 1 (todos los individuos de la poblacin poseern la nueva variante). El proceso mediante el cual una mutacin se establece en la poblacin es lo que llamamos fijacin, y la mutacin que se ha fijado se le llama sustitucin. En otras palabras la fijacin es el proceso mediante el cual una mutacin se fija en una especie o en una poblacin. La ltima posibilidad es que la mutacin sea neutra, es decir funcionalmente equivalente en relacin con el alelo salvaje. El destino para este tipo de mutaciones depende exclusivamente del azar. Es probable que dicha mutacin desaparezca en la siguiente generacin, por ejemplo si el individuo que porta la mutacin no tiene descendencia, o si transfiere en su gameto el alelo no mutante. Sin embargo es posible que la mutacin tenga suerte, y que sea transmitida a la descendencia y que
3. Kimura M & Crow JF (1964): The number of alleles that can be maintained in a finite population. Genetics 49: 725-738.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo su frecuencia se vea incrementada en las siguientes generaciones y eventualmente llegue a fijarse transformndose en una sustitucin. El fenmeno que lleva la mutacin neutra (o casi neutra) a incrementar su frecuencia y eventualmente fijarse, se conoce como deriva gentica al azar. Deriva gentica La deriva gentica se refiere al muestreo al azar de los gametos debido al tamao finito de las poblaciones naturales. Podemos considerar que una poblacin produce un nmero infinito de gametos (el nmero no es realmente infinito pero para los efectos prcticos puede considerarse como tal). De este pool de gametos tomamos una muestra cuyo tamao es igual a 2N (puesto que se van a formar N individuos y se requiere 2 gametos para cada uno). Siempre que se toman muestras de una poblacin, stas presentan desviaciones en relacin a las proporciones que presenta la poblacin. La magnitud de dichas desviaciones es inversamente proporcional al tamao de la muestra. Para explicar el punto supongamos que una poblacin presenta dos alelos para un gen dado, A y a, siendo las frecuencias de estos alelos p y q (q=1-p) respectivamente. La desviacin que presenta una muestra de gametos, est dada por la varianza binomial Var (p)= p(1-p)/2N. Esto quiere decir que p, es decir la frecuencia de A en la siguiente generacin, estar dada por: p=p 1.96

Var ( p ) , con 95% de probabilidad.

Como resultado del muestreo al azar de los gametos en una poblacin de tamao finito, la frecuencia de los alelos flucta de una generacin a la siguiente. No es posible predecir la direccin del cambio, la frecuencia del alelo puede aumentar o disminuir. Slo es posible predecir la distribucin de estas frecuencias. El proceso de deriva gentica se estabiliza slo cuando uno de los alelos llega a una frecuencia del 100%, es decir a la fijacin de uno de ellos y consecuentemente a la desaparicin de los restantes. Podemos hacernos la siguiente pregunta: cul es la probabilidad de fijacin? Para contestar, imaginemos una poblacin peculiar: supongamos que est compuesta exclusivamente por individuos heterocigotos, de forma tal que ningn alelo presenta una frecuencia superior a N. Nuestra poblacin ideal tendra entonces 2N alelos distintos A1, A2, A3, A4, ....A2N , por lo que los individuos de esta poblacin seran de la siguiente forma: A1A2 A3A4 A5A6 A7A8..........................A2N-1A2N

Sabemos con certeza (es decir con probabilidad=1) que debido al proceso de deriva gentica, uno de estos alelos llegar a una frecuencia de 1 (es decir a fijarse) mientras que los restantes se perdern. Esto puede

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Fernando lvarez-Valn expresarse en los siguientes trminos: A tiempo infinito: P(fA1) + P(fA2) + P(fA3) + P(fA4)+.......+ P(fA2N-1) + P(fA2N)=1 donde P(fAi ) es la probabilidad de fijacin del alelo Ai. Dado que tenemos que P(fA1 ) = P(fA2) = P(fA3) =............=P(fA2N-1) = P(fA2N), P(fAi ) = N.

Si queremos calcular la probabilidad de que se fije A1 o A2 o A3, esto va a estar dado por la suma de las probabilidades de cada uno por separado, puesto que son eventos excluyentes. Es decir: P(fA1|fA2|fA3) = P(fA1) + P(fA2) + P(fA3). Ahora supongamos que consideramos a A1, A2 y A3 como una misma cosa, llammosle A123; tenemos pues que la frecuencia de A123 ser igual a la frecuencia de A1 ms la frecuencia A2 ms la frecuencia de A3, lo que es lo mismo que 3/2N; la probabilidad de fijacin de A123 ser P(fA1) + P(fA2) + P(fA3) = 3/2N. Vemos entonces que la probabilidad de fijacin de un alelo en condiciones de deriva gentica es igual a la frecuencia de ese alelo en la poblacin. Cabe destacar que para el caso particular de una mutacin recin aparecida en la poblacin, cuya frecuencia es N, tambin tiene una probabilidad de fijacin de N. El Reloj Molecular Uno de los descubrimientos ms importantes en lo que concierne a la evolucin de las molculas es el que realizaron Emile Zuckerkandl y Linus Pauling 4 en 1964 analizaron el grado de divergencia aminoacdica en relacin al tiempo de divergencia.5 Como se muestra en la Fig. 1, el grado de divergencia aminoacdica incrementa en forma lineal con el tiempo de divergencia entre las especies que se comparan. El tiempo de divergencia a su vez fue estimado basndose en el registro fsil. Distintas protenas divergen a diferente velocidad, pero la tasa de divergencia es constante a lo largo del tiempo para cada una de ellas. Es interesante por ejemplo que el grado de divergencia entre el hombre y la carpa se produzca a la misma velocidad que entre hombre y ratn. Si consideramos que la carpa se ha mantenido prcticamente incambiada desde el punto de vista morfolgico
4. Emile Zuckerkandl (n.1922), evolucionista austraco, luego estadounidense y francs, se doctor en bioqumica en la Sorbonne en 1959, y desde ese ao fue colaborador del qumico estadounidense Linus Pauling. Tuvo un rol fundamental en el desarrollo de las ideas sobre la evolucin molecular; en particular fue pionero en la del reloj molecular, segn la cual cada gen o regin gnica evoluciona a una tasa estadsticamente constante. En 1971 fue nombrado editor jefe del Journal of Molecular Evolution. Pauling (1901-1994) abord los problemas de la qumica atmica sobre la base de la mecnica cuntica, y precis la naturaleza de las ligaduras qumicas y la estructura de las molculas. Tambin colabor en el descubrimiento de una enfermedad molecular de la hemoglobina. Gan su Premio Nobel en 1954. Sus campaas por el control de armas nucleares y contra las pruebas nucleares lo enemistaron con varios colegas, pero le merecieron tambin el Premio Nobel de la Paz en 1962. (N. de E.) 5. Zuckerkandl E & Pauling L (1965): Evolutionary divergence and convergence in proteins, pp. 97166 de Bryson V & Hogel J (eds.): Evolving genes and proteins, Academic Press, New York.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo en los ltimos 400 millones de aos mientras que los mamferos han sufrido una gran diferenciacin morfolgica en los ltimos 80 millones de aos, uno esperara que el linaje que conduce a la carpa evolucione ms lentamente que el de los mamferos. Sin embargo, las comparaciones de las secuencias muestran que el grado de divergencia es proporcional al tiempo. Cmo explica la teora neutralista el reloj molecular? La tasa de sustituciones K de alelos selectivamente equivalentes estara determinada por los siguientes parmetros: el nmero de nuevos mutantes que en cada generacin son introducidos en la poblacin, y la probabilidad de fijacin (es decir de transformarse en una sustitucin) de esos nuevos mutantes; de esta manera tenemos que K = n nuevos mutantes x probabilidad de fijacin. El nmero de nuevos mutantes est determinado por la tasa de mutacin as como por el tamao de la poblacin. Es decir en cada generacin aparecen u2N nuevos mutantes (siendo u la tasa de mutacin). Como ya se ha visto anteriormente, cuando discutimos el modelo de alelos infinitos, cada mutacin puede considerarse como un evento nico, por lo que cada nuevo alelo tiene una frecuencia original de N. En consecuencia su probabilidad de fijacin en condiciones de deriva gentica es tambin N. De esta forma tenemos: K=u2N x N=u. En otras palabras: la tasa de sustituciones K es igual a la tasa de mutacin u. Vemos entonces que K depende exclusivamente de u y es completamente independiente del tamao de la poblacin. Esta afirmacin puede parecer paradjica, pues es de esperar que en una poblacin pequea la deriva gentica tenga mayor incidencia y por lo tanto la tasa de sustituciones debera ser mayor. Debemos tener en cuenta sin embargo, que si bien en poblaciones chicas la deriva gentica tiene mayor incidencia, y de hecho la probabilidad de fijacin es mayor (dado que N es mayor a menor N), en estas poblaciones el nmero de nuevos mutantes que son introducidos en cada generacin es menor, y por tanto ambos efectos se cancelan mutuamente.

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1.3 1.2 1.1 Nmero de sustituciones por sitio 1.0 0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0.0 0 200 400 600 800 1000 1200 Millones de aos de divergencia 1400
Histona IV (600 millones de aos) Citocromo C (20 millones de aos) Fibrinopptidos (6 millones de aos) Globinas (6 millones de aos)

Radiacin adaptativa Separacin entre de los mamferos mamferos y reptiles

Separacin entre cordados e insectos

Separacin entre plantas y animales

Separacin entre peces telesteos y crondcteos

Figura 1.- Relojes moleculares en cuatro protenas. En esta figura se ha graficado el grado de divergencia aminoacdica (nmero de cambios por sitio) versus el tiempo de divergencia entre las especies que se comparan. El tiempo de divergencia se estima a partir del registro fsil. Se incluye adems la lnea de regresin para cada una de las protenas analizadas. En algunos casos tambin se incluye una barra que representa los lmites de confianza ( ) de la estimacin de divergencia. Esta barra se incluye con el objetivo de dar una idea del error experimental. Los cuadrados ( ) representan a los fibrinopptidos, los tringulos orientados hacia abajo ( ) a las globinas, los tringulos orientados hacia arriba ( ) al citocromo C y los crculos ( ) a la histona IV.6
6. Modificado de Dickerson (1972): The structure and history of an ancient protein, Scientific American, abril.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo Restan por explicar sin embargo dos aspectos. En primer lugar: a qu se debe que la tasa sea constante por unidad de tiempo en lugar de constante por generacin. Tngase en cuenta que la tasa de mutacin mide el nmero de mutaciones por generacin. Organismos con tiempos de generacin ms cortos tienen una tasa de mutaciones por ao superior a aquellos organismos con tiempo de generacin ms prolongado. Dicho de otra forma: si la tasa de mutacin por generacin es la misma para dos organismos que presenten tiempos de generacin diferentes, esperaramos que aquel que posee duracin generacional ms corta evolucione ms rpidamente, puesto que por unidad de tiempo (digamos un milln de aos) tendremos un mayor nmero de generaciones de stos que de los organismos que presentan duracin de generacin mayor. Una posible explicacin a esta inconsistencia de la teora neutralista la veremos cuando discutamos la teora de los alelos levemente deletreos. En segundo lugar, resta por explicar a qu se debe que distintas protenas evolucionen a diferentes velocidades. El parmetro u, que habamos definido como tasa de mutacin del gen por generacin, puede en realidad descomponerse en dos partes: v la tasa de mutacin por gen, y f la proporcin de sitios que pueden aceptar mutaciones sin que se altere la funcin de la protena, siendo u=vf. De esta manera u representa la proporcin de nuevas mutaciones que son selectivamente neutras, o lo que es lo mismo, u es la tasa de mutaciones neutras. El parmetro f, si se espera que cambie sustancialmente de una protena a otra. En base a la ecuacin dada arriba podramos reescribir K=vf, con lo que esperamos que la tasa de sustituciones, K, sea constante para cada gen, mientras que se espera que K vare de una protena a otra en virtud de que f s vara de un gen a otro. Debemos tener en cuenta que si f es la proporcin de aminocidos que pueden variar, 1-f representa la proporcin de aminocidos donde no se aceptan cambios, ya sea porque los cambios en dichos aminocidos alteran la estructura o la funcin de la protena. En otras palabras 1-f es la proporcin de aminocidos funcionalmente importantes que no aceptan cambios y por lo tanto deberan encontrarse conservados cuando comparamos las secuencias de esta protena entre diferentes especies. Esto nos lleva al siguiente punto: cmo clasificamos los distintos tipos de mutaciones, y con qu frecuencia esperamos que aparezcan cada una de ellas. Tipos de mutaciones y sus frecuencias de aparicin Como ya ha sido mencionado anteriormente, las mutaciones pueden ser neutras (adaptativamente equivalentes al alelo salvaje), desventajosas, o ventajosas. Los dos ltimos tipos de mutaciones son afectados por la seleccin natural. Ahora podemos plantearnos la siguiente pregunta: dado un gen cualquiera cul es la frecuencia esperada para cada uno de estos tres tipos de mutaciones?. Como veremos, ste es el punto neurlgico en la polmica neutralismo-seleccionismo.

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Fernando lvarez-Valn Desde el punto de vista de la teora neutralista realizaramos el siguiente razonamiento: los genes codifican para protenas cuyas funciones han sido establecidas muy tempranamente en la evolucin. Por ejemplo, los genes que codifican para enzimas que catalizan la gluclisis en clulas humanas tambin estn presentes en la bacteria Escherichia coli. Vemos pues que los genes codifican para protenas cuyas funciones ya fueron establecidas hace varios cientos (o incluso miles) de millones de aos. En consecuencia, es altamente improbable que una mutacin nueva pueda introducir alguna mejora en estas protenas cuya funcionalidad ha sido probada por un perodo de tiempo tan prolongado. Mucho ms probable, en cambio, es que las nuevas mutaciones disminuyan o incluso eliminen la funcionalidad de la protena; es decir, esperaramos que la gran mayora sean deletreas. En este sentido, cabe resaltar que los estudios experimentales muestran que efectivamente la gran mayora de las nuevas mutaciones son deletreas. Algunas mutaciones podran no alterar la funcionalidad de la protena, por ejemplo los cambios entre aminocidos similares desde el punto de vista fsico-qumico (por ejemplo cido asprticocido glutmico), o aquellas mutaciones que se ubiquen en regiones no esenciales de la protena. Estas mutaciones son, por definicin, mutaciones neutras. El panorama que queda planteado es entonces el siguiente: la gran mayora de la nuevas mutaciones seran deletreas; stas, claro, son eliminadas por la seleccin natural negativa y por lo tanto no llegan a fijarse, y por tanto no contribuyen a la evolucin. Una proporcin bastante menor, sera adaptativamente equivalente al alelo salvaje (neutras); stas pueden llegar a fijarse mediante deriva gentica, y por lo tanto pueden contribuir a la evolucin. Por ltimo las mutaciones ventajosas, que tambin contribuyen a la evolucin pues pueden llegar a fijarse al ser favorecidas (seleccin positiva), surgiran con frecuencias extremadamente bajas. Dado que nicamente las mutaciones ventajosas y las neutras pueden contribuir a la evolucin, el eje de la polmica neutralismo-seleccionismo tiene que ver con la proporcin relativa entre mutaciones (y sustituciones) que efectivamente pueden contribuir a la evolucin, es decir la proporcin relativa entre variantes neutras y favorables. La visin seleccionista plantea que la frecuencia de aparicin de mutaciones favorables no es tan baja como predice la teora neutralista. De hecho, se han presentado evidencias indicando que en varios genes la frecuencia de sustituciones que pueden atribuirse a la seleccin positiva es inusitadamente alto. Ms adelante veremos algunos ejemplos de seleccin positiva. Evidencias de la existencia de las sustituciones selectivamente neutras Una metodologa bastante usada para aislar genes consiste en transformar cepas mutantes nulas (una mutacin nula es aquella cuyo efecto fenotpico es la prdida de funcin) para un gen en particular usando una librera de genes que contenga el alelo de tipo salvaje. Aquellos clones que hayan recuperado la funcin perdida representan o bien mutaciones que

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo restauraron la funcin, o (lo ms comn) que han sido transformados con el alelo salvaje. Debido al hecho que nuestro gen problema se encuentra inserto en el vector de clonacin resulta fcil aislarlo. Esta metodologa ha sido tambin usada para aislar genes humanos. Por ejemplo muchos de los genes que participan en las vas de reparacin del ADN en humanos han sido aislados por su habilidad de restaurar la capacidad de reparacin en varias cepas deficientes de la levadura Saccharomyces cerevisiae. Veamos un ejemplo concreto. Algunas cepas de Saccharomyces son deficientes en el transporte hacia el aparato de Golgi. 7 Esto se debe a una mutacin en el gen que codifica la protena Sec23.8 El gen humano codificante de Sec23 es capaz de complementar esta disfuncin. Si alineamos la secuencia aminoacdica de la protena Sec23 entre hombre y levadura, podemos ver que existen varias diferencias entre ambas protenas como lo muestra la Fig. 2 (pg. siguiente). Sin embargo el gen humano funciona lo suficientemente bien en levaduras como para restaurar la funcin normal. Esto nos lleva a pensar que las sustituciones que observamos entre ambas especies no afectan de manera fundamental la funcionalidad del gen, de lo contrario el gen humano sera incapaz de Humano MTTYLEFIQQNEERDGVRFSWNVWPSSRLEATRMVVPVAALFTPLKERPDLPPIQYEPVL Levadura ----MDF-ETNEDINGVRFTWNVFPSTRSDANSNVVPVGCLYTPLKEYDELNVAPYNPVV ::* : **: :****:***:**:* :*. ****..*:***** :* *:**: Humano CSRTTCRAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCYQRNQFPPSYAGISELNQPAELLPQFSSIEYV Levadura CSGPHCKSILNPYCVIDPRNSSWSCPICNSRNHLPPQYTNLSQENMPLEL--QSTTIEYI ** . *:::*** * :* * . *:* :* .**::**.*:.:*: * * ** * ::***: Humano VLRGPQMPLIFLYVVDTCMEDEDLQALKESMQMSLSLLPPTALVGLITFGRMVQVHELGC Levadura TNKPVTVPPIFFFVVDLTSETENLDSLKESIITSLSLLPPNALIGLITYGNVVQLHDLSS . : :* **::*** * *:*::****: *******.**:****:*.:**:*:*.. Humano EGISKSYVFRGTKDLSAKQLQEML-GLSKV-PVTQATRGPQVQ---QPPPSNRFLQPVQK Levadura ETIDRCNVFRGDREYQLEALTEMLTGQKPTGPGGAASHLPNAMNKVTPFSLNRFFLPLEQ * *.:. **** :: . : * *** * . . * *:: *:. * . ***: *:::
7. Organoide citoplasmtico descubierto en 1909 por el mdico, neurlogo y embrilogo italiano Camillo Golgi (1844-1926) gracias a una tcnica de teido que l mismo desarroll. A fin de ese ao se le otorg el Premio Nobel de Medicina y Fisiologa, compartido con el histlogo espaol Santiago Ramn y Cajal (1852-1934). (N. de E.) 8. Paccaud JP, Reith W, Carpentier JL, Ravazzola M, Amherdt M, Schekman R & Orci L (1996): Cloning and functional characterization of mammalian homologues of the COPII component Sec23, Mol Biol Cell 7: 1535-1546.

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Fernando lvarez-Valn Humano IDMNLTDLLGELQRDPWPVPQGKRPLRSSGVALSIAVGLLE-CTFPNTGARIMMFIGGPA Levadura VEFKLNQLLENLSPDQWSVPAGHRPLRATGSALNIASLLLQGC-YKNIPARIILFASGPG :::*.:** :*. * *.** *:****::* **.** **: * : * ***::* .**. Humano TQGPGMVVGDELKTPIRSWHDIDKDNAKYVKKGTKHFEALANRAATTGHVIDIYA-CALD Levadura TVAPGLIVNSELKDPLRSHHDIDSDHAQHYKKACKFYNQIAQRVAANGHTVDIFAGC-YD * .**::*..*** *:** ****.*:*:: **. *.:: :*:*.*:.**.:**:* * * Humano QTGLLEMKCCPNLTGGYMVMGDSFNTSLFKQTFQRVFTKDMHGQFKMGFGGTLEIKTSRE Levadura QIGMSEMKQLTDSTGGVLLLTDAFSTAIFKQSYLRLFAKDEEGYLKMAFNGNMAVKTSKD * *: *** .: *** ::: *:*.*::***:: *:*:** .* :**.*.*.: :***:: Humano IKISGAIGPCVSLN-SKGPCVSENEIGTGGTCQWKICGLSPTTTLAIYFEVVN-QHN-AP Levadura LKVQGLIGHASAVKKTDANNISESEIGIGATSTWKMASLSPYHSYAIFFEIANTAANSNP :*:.* ** . ::: :.. :**.*** *.*. **:..*** : **:**:.* * * Humano ---IP-QGGR---GAIQFVTQYQHSSGQRRIRVTTIARNWADAQTQIQNIAASFDQEAAA Levadura MMSAPGSADRPHLAYTQFITTYQHSSGTNRIRVTTVA-N-QLLPFGTPAIAASFDQEAAA * ...* . **:* ****** .******:* * *********** Humano ILMARLAIYRAETEEGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGEYHKDDPSSFRFSETFSLYPQFMFH Levadura VLMARIAVHKAETDDGADVIRWLDRTLIKLCQKYADYNKDDPQSFRLAPNFSLYPQFTYY :****:*:::***::*.**:***** **:****:.:*:****.***:: .******* :: Humano LRRSSFLQVFNNSPDESSYYRHHFMRQDLTQSLIMIQPILYAYSFSGPPEPVLLDSSSIL Levadura LRRSQFLSVFNNSPDETAFYRHIFTREDTTNSLIMIQPTLTSFSMEDDPQPVLLDSISVK ****.**.********:::*** * *:* *:******* * ::*:.. *:****** *: Humano ADRILLMDTFFQILIYHGETIAQWRKSGYQDMPEYENFRHLLQAPVDDAQEILHSRFPMP Levadura PNTILLLDTFFFILIYHGEQIAQWRKAGYQDDPQYADFKALLEEPKLEAAELLVDRFPLP .: ***:**** ******* ******:**** *:* :*: **: * :* *:* .***:*

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo Humano RYIDTEHGGSQARFLLSKVNPSQTHNNMYAWGQESGAPILTDDVSLQVFMDHLKKLAVSS Levadura RFIDTEAGGSQARFLLSKLNPSDNYQDM-ARG--GSTIVLTDDVSLQNFMTHLQQVAVSG *:**** ***********:***:.:::* * * ..: :******** ** **:::***. Figura 2.- Alineamiento de la protena Sec23 entre humano y levadura (Saccharomyces cerevisiae). Los asteriscos (*) indican que el aminocido se ha mantenido incambiado, los dos puntos (:) que se trata de una sustitucin conservadora (entre aminocidos bioqumicamente similares), mientras que los puntos indican que se trata de una sustitucin mediana. complementar la mutacin prdida de funcin. Es decir dichas sustituciones son selectivamente neutras. Otra lnea de evidencia en favor de que las sustituciones selectivamente neutras son predominantes en muchos genes est dada por lo siguiente observacin. Cuando alineamos y comparamos las secuencias proteicas o de ADN entre genes homlogos provenientes de distintas especies podemos observar que existen zonas ms conservadas (incambiadas) y zonas ms divergentes. Las zonas conservadas coinciden con los aminocidos funcionalmente importantes como lo demuestran varios estudios de mutaciones. Ciertamente se conoce la secuencia nucleotdica de las versiones mutantes de varios alelos que producen alteraciones genticas tanto en el hombre como en otros organismos. Dichas mutaciones se ubican en su inmensa mayora en las regiones del gen que se encuentran evolutivamente conservadas, indicando entonces que dichos aminocidos son funcionalmente importantes pues mutaciones en los mismos dan lugar a alelos deletreos. Por otra parte muy pocas (o ninguna en algunos genes) se ubican en regiones evolutivamente divergentes.9 Esto no quiere decir que el gen no mute en estas zonas, sino que las mismas no producen alteraciones fenotpicas detectables. Resulta claro que estos resultados son compatibles con la teora neutralista pues los mismos indican que solamente las zonas funcionalmente menos importantes evolucionan (donde esperamos que las nuevas mutaciones sean neutras o casi neutras), mientras que las zonas funcionalmente importantes tienden a ser evolutivamente conservadas por accin de la seleccin natural negativa. Si el gen evolucionara bajo efecto de la seleccin (positiva) sera de esperar que las zonas funcionalmente importantes tendieran a evolucionar ms rpido. Seleccin positiva Un tema central en la polmica neutralismo-seleccionismo tiene que ver con la proporcin de sustituciones que resultan por efecto de la seleccin positiva. Claro est que este tipo de seleccin solo puede llevar a la fijacin a aquellas mutaciones que son beneficiosas. Como hemos discutido anteriormente, la frecuencia de aparicin de mutaciones ventajosas se
9. Krazewak M & Cooper DN (1996): Mutational processes in pathology and evolution, en M. Jackson, Strachan T & Dover G (eds.): Human genome evolution, BIOS Scientific Publishers, Oxford.

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Fernando lvarez-Valn espera que sea baja en tanto la funcin del gen permanezca incambiada. Es improbable introducir mejoras en protenas que ya funcionan bien. Sin embargo podemos considerar situaciones en las cuales la funcin del gen, y la protena por ste codificada, haya cambiado leve o profundamente en su funcin. Tambin es probable que la seleccin positiva juegue un papel significativo en aquellos genes cuyos productos sean sensibles a los cambios ambientales y/o de nicho ecolgico. Uno de los primeros casos donde se pudo presentar evidencia rotunda de la existencia de seleccin positiva, lo constituye el ejemplo del gen que codifica la lisozima en rumiantes y en los langures, estos ltimos pertenecientes al orden de los primates.10 En estos dos grupos de mamferos el enzima es secretada en el estmago anterior donde cumple la funcin de digerir las paredes bacterianas lo cual permite utilizar la celulosa degradada por las bacterias. En otros grupos de mamferos este enzima no se secreta en el estomago. Las secuencias proteicas de estos enzimas contienen algunos aminocidos que estn presentes solamente en estos dos grupos de mamferos. Otros grupos de primates como los homnidos y los grandes monos (apes) carecen de dichos aminocidos. Sin duda no podemos atribuir la similitud que se observa para esta protena entre langures y rumiantes a ancestra comn (esto es son similares porque el ancestro comn entre ambos ya posea dichos aminocidos), puesto que esta explicacin implicara asumir que los langures son ms prximos a los rumiantes que a los restantes primates. La explicacin ms razonable es que en ambos linajes filogenticos estos aminocidos se adquirieron independientemente, por lo que la lizosima representara un ejemplo de convergencia a nivel molecular. Podramos argumentar que esta convergencia se debe a sustituciones neutras que se adquirieron al azar y en paralelo en ambos grupos de mamferos, sin embargo esta alternativa es altamente improbable si tenemos en cuenta que las mismas involucran por lo menos siete sitios aminoacdicos, cada uno de los cuales tiene una probabilidad de (1/19) de ser convergente por azar. La probabilidad conjunto para las siete sustituciones convergentes es menor de 10-6. Mucho ms razonable, en cambio, es la explicacin que propone que dichos cambios aminoacdicos paralelos son el resultado de una misma respuesta adaptativa, es decir darle capacidad a la lizosima de funcionar correctamente a bajo pH, como el que se encuentra en el estmago anterior de estos animales. La lizosima humana, por ejemplo, funciona en forma muy ineficiente en condiciones de acidez. Adems se ha podido determinar que algunas de estas sustituciones de aminocidos confieren mejor performance en condiciones cidas. Lo visto en el prrafo anterior representa un ejemplo de respuesta adaptativa a un cambio en el nicho ecolgico. Esta situacin probablemente slo afecta a una minora de genes. Sin embargo el surgimiento de nuevas funciones no solamente involucra a cambios en el medio ambiente, el incremento de la complejidad celular y tisular puede ser considerado como un cambio ambiental a escala molecular o celular.
10. Stewart CB & Wilson AC (1987): Sequence convergence and functional adaptation of stomach lyzozymes from foregut fermenters, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 52: 891-899.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo Cul es la base gentica que genera la complejidad celular? La repuesta a esta pregunta no es simple, pero podemos afirmar que la aparicin y diversificacin de las familias multignicas est estrechamente ligado al incremento de la complejidad. Una familia multignica es un grupo de genes que codifican para el mismo tipo de protena (puede que no sean genes codificantes de protenas, por ejemplo los genes ribosomales constituyen una familia multignica). Los distintos miembros de una familia pueden ser muy similares entre s o incluso idnticos, pero en muchos casos los distintos miembros de la familia gnica codifican para protenas relacionadas pero funcionalmente divergentes. Los distintos miembros de una familia multignica se forman por duplicacin de genes (crossing-over desigual, transposicin, etc.) y posterior diversificacin. El mecanismo evolutivo por el cual se genera la diversidad en una familia no est bien entendido, pero es muy probable que la seleccin positiva juegue un rol determinante. Un modelo ampliamente citado es el siguiente: luego de la duplicacin tenemos dos copias de un gen, lo cual permite que una de ellas acumule mutaciones libremente (dado que las mutaciones en el gen extra seran neutras) pues hay un gen redundante. En la gran mayora de los casos el gen redundante pierde funcionalidad (es decir, se transforma en lo que conocemos como seudogn) y sigue acumulando cambios hasta que degenera completamente. Sin embargo, ocasionalmente este conjunto de mutaciones puede conducir a una funcin nueva, la cual puede ser ampliamente favorable, por ejemplo la creacin de un nuevo sitio activo o una regin de interaccin con otras protenas. Cabe aclarar que bajo este modelo cada una de las mutaciones individuales sera neutra (o deletrea si el gen no estuviera duplicado), lo que sera beneficioso es el conjunto de mutaciones que crean la nueva funcin. Este modelo ha sido llamado evolucin de protenas funcionalmente nuevas durante el periodo de no-funcionalidad. 11 Sin embargo las evidencias indican que este modelo es incorrecto. Ciertamente varios estudios muestran que los genes duplicados no mutan libremente, de hecho la mayora de las mutaciones son deletreas. 12 El modelo alternativo (seleccionista) propone que no slo el conjunto, sino cada uno de los cambios individuales que llevan a la nueva funcin es adaptativamente favorable. Esto puede ser testado de la siguiente forma: si la evolucin ocurri mediante sustituciones favorables, stas debern afectar las regiones funcionalmente importantes del gen, lo cual es exactamente lo contrario a lo que se observara bajo evolucin neutra que predice que las regiones importantes deben estar muy conservadas. En segundo lugar, la velocidad de evolucin en estas regiones debe ser superior a lo que predice la teora neutral puesto que la seleccin positiva es muy eficiente. Ambas predicciones pueden ser testadas. En relacin a la primera de estas predicciones podemos realizar la siguiente comparacin. Si una regin es funcionalmente importante, entonces la misma debe estar conservada cuando comparamos entre distintas especies miembros de la familia multignica que cumplen la misma funcin (por ejemplo cuando comparamos dos globinas ? de diferentes especies), pero la misma debera ser muy divergente cuando comparamos distintas variantes funcionales de la misma familia gnica (por ejemplo la
11. Ohno S (1973): Ancient linkage groups and frozen accidents, Nature 244: 259-262. 12. Ver Hughes AL (1994): The evolution of functionally novel proteins after gene duplication, Proc. R. Soc. London 256: 119-124.

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Fernando lvarez-Valn comparacin entre ? y ? globinas). La segunda prediccin, involucra la velocidad de evolucin relativa a la velocidad de evolucin neutra, se puede testar de la siguiente forma: podemos asumir que los cambios sinnimos (entre codones que codifican el mismo aminocido) son selectivamente neutros pues los mismos no producen alteraciones de ningn tipo en la secuencia de aminocidos. Por lo tanto la tasa de evolucin sinnima (K s) debera ser una buena estimacin de la tasa de evolucin neutra. Podemos comparar entonces la tasa de cambio aminoacdico (Ka ) en una regin que sospechamos se encuentra bajo efecto de seleccin positiva con la tasa de cambio sinnimos para la misma regin del gen. S el segmento del gen en cuestin est evolucionando a gran velocidad debido a la acumulacin de sustituciones beneficiosas, entonces Ka debera ser mayor que Ks. Varios estudios han confirmado esta prediccin. Numerosas familias multignicas presentan evidencias claras de seleccin positiva en regiones de sus genes que codifican segmentos funcionalmente importantes de la protena (ver Tabla 1 en pg. siguiente). Por ltimo es importante mencionar que tambin se ha detectado seleccin positiva en aquellos genes y familias multignicas en los cuales la variabilidad tiene un valor de por s. En estos casos la seleccin favorece la generacin de la diversidad a nivel aminoacdico, tanto entre los alelos de una poblacin, como entre los miembros de la familia multignica. Los ejemplos mejor entendidos son aquellos que estn relacionados con protenas del sistema inmunitario, ya sea inmunoglobulinas, receptores de linfocitos T, as como en los genes del sistema de histocompatibilidad. En estos genes las llamadas regiones variables, que participan en la interaccin con antgenos (lo que permite el reconocimiento de stos), estn sujetas a seleccin que favorece la generacin de diversidad.13 Resulta claro que la diversidad en estas regiones tiene un valor de por s, pues es la misma diversidad la que permite el reconocimiento de una amplia gama de antgenos. En el otro lado de la moneda tenemos que muchos parsitos y virus presentan seleccin positiva para incrementar la diversidad en aquellos genes codificantes de protenas antignicas.14 Esta estrategia permite a los parsitos evadir o al menos retardar una respuesta inmunitaria efectiva del husped. Tabla 1.- Algunos ejemplos de seleccin positiva. Genes pertenecientes a familias multignicas Inhibidor de la sern-proteasa Regin variable de las inmunoglobulinas Receptores olfatorios Tipo de evidencia Kn>Ks Kn>Ks Kn>Ks , PR>PC

13. Tanaka T & Nei (1989): Positive darwinian selection observed at the variable region genes of inmunoglobulins. Mol. Biol. Evol., 6: 447-459. Hughes , AL & Yeager M (1998): Natural selection at major histocompatibility complex loci of vertebrates. Annu. Rev. Genetics, 32: 415435. 14. Hughes, AL (1991): Circumsporozoite protein genes of malaria parasites (Plasmodium spp.): evidence for positive selection on inmunogenic regions. Genetics, 127: 345-353.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo Histamina cadena ? de la integrina Cisten proteinasa Ribonucleasas de primates (genes ECP y EDN) Genes del complejo mayor de histocompatibilidad Genes en los que ha cambiado la funcin y genes codificantes de protenas antignicas Alcohol deshidrogenasa en Drosophila Interleucina 2 Enzimas proteolticas (Calicreina, ? 1-antripsina, Serpina) Protenas del Circunesporozoito de Plasmodium Gen nef del virus VIH
s

Kn>Ks PR>PC PR>PC Kn>Ks Kn>Ks

Nn/ Ns > Nn/ Ns

Kn>Ks Kn>Ks Kn>Ks Kn>Ks

Nota: Kn>Ks se refiere al hecho de que al menos en algunas regiones del gen, la tasa de sustituciones aminoacdicas (K n ) es superior a la tasa de cambio sinnimo, mientras que PR>PC , se refiere al hecho de que el nmero de cambios aminoacdicos radicales (es decir entre aminocidos bioqumicamente dismiles ) es superior al del nmero de cambios s s p p conservadores. Por ltimo, Nn / Ns > Nn / Ns significa que la relacin entre el nmero de cambios aminoacdicos sobre el nmero de cambios sinnimos es mayor en los sitios que presentan estas diferencias inter-especficamente (sustituciones) que en los sitios que presentan la diferencia intra-especficamente (polimorfismos). Cambios sinnimos: paradigma de la evolucin neutra? Una de las primeras predicciones de la teora neutralista era que los cambios sinnimos (entre codones que codifican el mismo aminocido) deberan estar completamente exentos de seleccin natural. Esta presuncin estaba basada en el simple hecho de que dichos cambios no alteran la naturaleza codificante de los genes al no implicar modificaciones de ningn tipo en la estructura primaria de las protenas por ellos codificadas. Debido a esta naturaleza supuestamente inocua de las mutaciones sinnimas, era de esperar que las diferencias de ndole sinnima se acumularan a una tasa muy alta en el proceso de diferenciacin entre genes y especies. Esta afirmacin de la teora neutralista representa un caso particular de uno de sus postulados bsicos: la tasa de cambio a nivel molecular es inversamente proporcional al grado de restriccin funcional. Sin embargo, a medida que se acumularon datos de secuencias nucleotdicas, result evidente que los distintos codones sinnimos aparecen en los genes con frecuencias que claramente se apartan de una distribucin al azar. Este fenmeno conocido como uso de codones sinnimos se observa tanto en organismos procariotas como eucariotas.15
15. Grantham R, Gautier C, Gouy M, Mercier R & Pave R (1980): Codon catalog usage and the genome hypothesis, Nucleic Acids Res. 8: 49-62.

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Fernando lvarez-Valn Por otro lado, Toshimichi Ikemura (del Instituto Nacional de Gentica, Mishima, Japn) present evidencia que indica que en Escherichia coli y Saccharomyces cerevisiae el uso de codones est, en gran medida, determinado por la abundancia relativa de los ARN de transferencia (ARNt) que reconocen a los correspondientes codones.16 Esto es, los codones ms frecuentes (codones ptimos) son reconocidos por los ARNt ms abundantes. Esta correlacin entre abundancia de codones y abundancia de ARNt es especialmente evidente en los genes que codifican protenas que estn presentes en altas concentraciones. Esta observacin llev inmediatamente a postular que en estos microorganismos el uso de codones estara determinado por la seleccin para incrementar la eficiencia traduccional. Este incremento en la eficiencia de la sntesis proteica sera debido a que el nmero medio de interacciones entre el ARNt y el sitio-A del ribosoma se reduce considerablemente en un sistema que posea sesgo en el uso de codones y sesgo en las poblaciones de ARNt en relacin a un sistema en el cual todos los codones y ARNt son equiprobables. Como resultado de este decremento en el nmero de interacciones, se reduce el tiempo medio de espera (del aminoacil-ARNt correcto) por aminocido, lo que a su vez resulta en una reduccin neta del nmero de ribosomas necesarios para producir una determinada cantidad de protena por unidad de tiempo. El uso sesgado de codones acompaado con sesgos en las poblaciones de ARNt tambin ha sido implicado en el incremento de la fidelidad traduccional. Por un lado, se ha demostrado experimentalmente en E. coli que la sustitucin de un codn mayor (es decir reconocido por un ARNt abundante) por un codn menor, produce un incremento de casi 10 veces en la tasa de errores traduccionales en el aminocido donde se realiz la sustitucin.17 Por otro lado Hiroshi Akashi, analizando genes de Drosophila melanoganster y D. simulans mostr que los aminocidos funcionalmente importantes (en general pertenecientes a motivos conservados o dominios proteicos cuya funcin se sabe que es importante) tienden a estar codificados por codones ptimos en una frecuencia significativamente ms alta que los aminocidos no conservados.18 La posible existencia de seleccin en las posiciones sinnimas basada en la evidencia aportada por el uso de codones no azaroso y su vinculacin con la disponibilidad de ARNts isoaceptores, llev a postular que la evolucin sinnima debera estar sujeta a presin selectiva. Posteriormente Paul M. Sharp & Li Wen-Hsiung mostraron que en enterobacterias (E. coli, Salmonella typhimurium) la tasa de sustituciones sinnimas es inversamente proporcional al grado de sesgo en el uso de codones, esto es, genes con mayor sesgo en sus preferencias de codones (y
16. Ikemura T (1981): Correlation between the abundance of Escherichia coli transfer RNAs and the occurrence of the respective codons in proteins genes, J. Mol. Biol. 146: 1-21; y (1982): Correlation between the abundance of yeast transfer RNAs and the ocurrence of the respective codons in protein genes, J. Mol. Biol. 158: 573-587. 17. Precup J & Parker J (1987): Missense misreading of asparagine codons as a function of codon identity and context, J. Biol. Chem. 262: 11351-11356. 18. Akashi H (1994): Synonymous codon usage in Drosophila melanogaster, natural selection and translational accuracy. Genetics, 136: 927-935.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo por tanto expresados a altos niveles y con mayor dependencia de la poblacin de ARNts), evolucionan (a nivel sinnimo) significativamente ms lentamente que aquellos genes con menor sesgo (y por lo tanto expresados ms dbilmente y con menor dependencia de los ARNts).19 Resultados similares han sido obtenidos en otros organismos como Drosophila, Caenorhabditis y Mycobacterium.20 Por otra parte, varios autores han reportado independientemente que las tasas de sustituciones sinnimas y no-sinnimas no son independientes. Por el contrario, existe una correlacin relativamente alta (r entre 0.5 y 0.6) y muy significativa entre ellas.21 Esta correlacin ha sido atribuida a distintas causas. Por un lado Ken Wolfe & Paul Sharp sostienen que la misma podra ser explicada como el resultado de mutaciones en dobletes. Esto es, dos bases consecutivas que mutan simultneamente como resultado de un nico evento. Sin duda, si estas mutaciones fueran frecuentes podran explicar en parte la correlacin en cuestin, puesto que al cambiar dos bases consecutivas, en aproximadamente de casos se producira una mutacin sinnima y una no-sinnima. Sin embargo Dominique Mouchiroud, C. Gautier & Giorgio Bernardi han demostrado que si se eliminan de los alineamientos las sustituciones consecutivas en las posiciones del codn 2-3 y 3-1 (es decir sustituciones sinnimas y nosinnimas consecutivas que podran haber sido originadas a partir de una nica mutacin en doblete) la correlacin baja pero se mantiene altamente significativa. Como explicacin alternativa, los mismos autores propusieron que la correlacin en cuestin debera ser la consecuencia de restricciones funcionales comunes a los cambios sinnimos y no-sinnimos. Un posible vnculo entre ambos tipos de sustituciones (es decir, restricciones funcionales comunes) puede estar dado por la fidelidad traduccional puesto que los aminocidos ms importantes desde el punto de vista funcional tienden a presentar mayor conservacin evolutiva como ya ha sido visto y adems tienden a estar codificados por codones mayores para disminuir la tasa de errores traduccionales en estos codones. Dada esta situacin es de esperar que estos codones mayores tiendan a mantenerse incambiados (evolutivamente conservados), dado que sustituciones en los mismos implicara pasar de un codn mayor a uno menor con el consiguiente aumento en la tasa de errores traduccionales. Las correlaciones entre las tasas de sustituciones sinnimas y no-sinnimas tambin se observan a nivel intragnico. Estudios en genes de mamferos y gramneas muestran
19. Sharp PM & Li W-H (1987): The rate of synonymous substitutions in enetrobacterial genes is inversely related to codon usage bias, Mol. Biol. Evol. 4: 222-230. 20. Respectivamente: Sharp PM & Li W-H (1988): On the rate of DNA sequence evolution in Drosophila, J. Mol. Evol. 28: 398-402; Stenico M, Lloyd AT & Sharp PM (1994): Codon usage in Caenorhabditis elegans: delineation of translational selection and mutational biases, Nucleic Acid Res. 22: 2437-2446; de Miranda A, lvarez-Valn F, Jabbari K, Degrave WM & Bernardi G (2000): Gene expression, amino acid conservation and hydrophobicity are the main factors shaping codon preferences in Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae, J. Mol Evol. 50: 4555. 21. Mouchiroud D, Gautier C & Bernardi G (1995): Frequencies of synonymous substitutions in mammals are gene-specific and correlated with frequencies of non-synonymous substitutions, J. Mol. Evol. 40: 107-113; Ohta T & Ina Y (1995): Variation in synonymous substitutions rates among mammalian genes and correlations between synonymous and nonsynosymous divergences, J. Mol. Evol. 41: 717-720; Wolfe KH & Sharp PM (1993): Mammalian gene evolution: nucleotide sequence divergence between mouse and rat, J. Mol. Evol. 37: 441-456.

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Fernando lvarez-Valn que el nmero de genes que presentan coeficientes de correlacin estadsticamente significativos es mayor de lo que se esperara por azar.22 Cuando hablamos de correlacin intragnica entre ambas tipos de sustituciones queremos decir que aquellas regiones del gen que son ms conservadas desde el punto de vista aminoacdico tambin son ms conservadas a nivel sinnimo, mientras que las zonas con mayor divergencia en trminos de sustituciones de aminocidos tambin presentan
0,80

Distancia nucleotdica, CAI

0,70 0,60 0,50 0,40 0,30 0,20 0,10 0,00 15 65 115 165 215 265 315 365 415 465 515 565

Posicin en el gen
mayor divergencia sinnima (Fig. 3). Figura 3.- Perfiles de divergencia no-sinnima (lnea gruesa), sinnima (lnea delgada) y sesgo en el uso de codones (lnea punteada) en el gene codificante de la metaloproteinasa de membrana (GP63) de Leishmania. Estos perfiles fueron obtenidos midiendo la frecuencia de cambios de tipo no-sinnimo y sinnimo (corregida para sustituciones mltiples y paralelas) dentro de ventanas mviles de 30 codones de largo. Resultados ms recientes aportan evidencias claras en favor de la hiptesis de las restricciones comunes. Por un lado M.L. Chiusano y colaboradores han reportado que la estructura secundaria de las protenas (definidas en trminos de alfa hlice, hoja beta y estructuras aperidicas) presentan tasas de cambio sinnimos y no sinnimos diferentes.23 Por otro lado lvarez-Valn y colaboradores han mostrado que en el gen codificante de la protena GP63 de Leishmania las sustituciones sinnimas y no sinnimas presentan una distribucin claramente no aleatoria en la estructura tridimensional de la protena.24
22. lvarez-Valn F, Jabbari K & Bernardi G (1998): Synonymous and nonsynonymous substitutions in mammalian genes: intragenic correlations, J. Mol. Evol. 46: 37-44; lvarez-Valn F, Jabbari K, Carels N & Bernardi G (1999): Synonymous and nonsynonymous substitutions in genes from Graminae: intragenic correlations, J. Mol. Evol. 49: 330-342. 23. Chiusano ML, DOnofrio G, lvarez-Valn F, Jabbari K, Colonna G & Bernardi G (1999): Correlations of nucleotide substitution rates and base composition of mammalian coding sequences with protein structure, Gene 238: 23-31. 24. lvarez-Valn F, Tort JF & Bernardi G (2000): Non-random spatial distribution of synonymous substitutions in the GP63 gene from Leishmania, Genetics, 155: 1683-1692.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo Todo este cmulo de resultados indica con claridad que las posiciones sinnimas de los codones, lejos de estar exentas de presiones selectivas como se pens originalmente estn sujetas a una amplia gama de restricciones funcionales. Muchas de estas restricciones son las mismas que tambin afectan a los cambios aminoacdicos. Teora de los alelos casi neutros levemente deletreos Hasta ahora nos hemos manejado con el siguiente esquema simplista del destino de los distintos tipos de mutaciones: las mutaciones desventajosas son eliminadas de la poblacin por efecto de la seleccin natural negativa, las variantes ventajosas en cambio son favorecidas por la seleccin (seleccin positiva) y tienen gran chance de fijarse en la poblacin. Por ltimo las mutaciones neutras no son afectadas por la seleccin natural, su destino depende exclusivamente de la deriva gentica. Es importante tener en cuenta sin embargo, que la deriva gentica tambin influye en el destino de las mutaciones no-neutras, sean stas favorables o desfavorables. En poblaciones pequeas, por efecto de la deriva gentica, una mutacin favorable puede llegar a perderse de la poblacin, o una deletrea puede llegar a fijarse. Podemos afirmar que una mutacin se comporta como neutra si el producto |S*N|<1, donde N es el tamao de la poblacin y S el coeficiente de seleccin. Aclaremos que S mide la viabilidad relativa de un alelo mutante en particular en relacin al alelo salvaje (o predominante) en la poblacin. S vara entre 1 y +1, los alelos neutros tienen un valor de S = 0. Valores de S = 0.1 se consideran muy altos; en general los valores de S que observamos en la naturaleza son menores a 103. Ntese que con coeficientes de seleccin en este orden, la seleccin predominara incluso en poblaciones relativamente pequeas (es decir de ms de 1000 individuos). Sin embargo, para aquellas especies con valores poblaciones en el rango de 103-104, alelos con coeficientes de seleccin menores de 10-4, se comportaran como alelos neutros. La teora de los alelos casi neutros o levemente deletreos, de Tomoko Ohta, propone que la enorme mayora de las mutaciones caen en dos grupos: aquellas que son rotundamente deletreas (y que son eliminadas por seleccin negativa) y las que presentan coeficientes de seleccin muy pequeos.25 En relacin con estos ltimos se propone que la distribucin de los valores de S sigue una distribucin normal con media negativa por lo que la mayora de estos nuevos alelos seran levemente deletreos. Es importante aclarar que los alelos estrictamente neutros (con S = 0) seran muy raros. El aspecto fundamental de esta teora es que la tasa de aparicin de alelos mutantes que se comportan como neutros depende del tamao de la poblacin. En poblaciones pequeas una proporcin relativamente alta de alelos mutantes se comportara como neutros puesto que al ser el valor de N pequeo, un rango relativamente amplio de valores de S caeran dentro de la franja |S*N|<1. Por el contrario, en poblaciones grandes (es decir con grandes valores de N), una proporcin mucho menor de coeficientes de seleccin caeran dentro de la franja de la neutralidad. En otras palabras podemos decir que el aspecto central de la teora de Ohta radica en el hecho
25. Ohta T (1973): Slightly deleterious mutant substitutions in evolution, Nature 246: 96-98.

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Fernando lvarez-Valn de que la tasa de aparicin de mutaciones efectivamente neutras (es decir que se comportan como tales aunque en un sentido estricto no lo sean) depende del tamao poblacional, siendo esta tasa mayor en poblaciones pequeas que en poblaciones de gran tamao. Esta teora tiene implicancias en varios aspectos, pero la fundamental es que se relaciona con el reloj molecular. Como acabamos de ver, en poblaciones pequeas el porcentaje de alelos que se comportar como efectivamente neutros es superior al porcentaje que esperamos para poblaciones grandes. Visto desde otro punto de vista, la tasa de aparicin de mutaciones efectivamente neutras es inversamente proporcional al tamao de poblaciones, consecuentemente la tasa de aparicin de mutaciones que son vistas como deletreas por la seleccin natural es directamente proporcional al tamao poblacional. Como ya mostramos anteriormente, la tasa de sustituciones K depende exclusivamente de la tasa de mutaciones neutras (K=u=vf). Bajo la hiptesis que estamos viendo, u vara en forma inversamente proporcional al tamao poblacional, de manera que esperaramos que la tasa de sustituciones K tambin sea inversamente proporcional al tamao de las poblaciones. Por otro lado, tenemos que existe tambin una relacin inversa entre el tiempo de generacin y el tamao poblacional. Organismos que poseen tiempos de generacin cortos tienen tamaos poblacionales mayores (consideremos por ejemplo la comparacin entre elefantes y ratones). De esta forma podemos entender cmo la tasa de sustituciones es proporcional al tiempo y no al nmero de generaciones, ya que en organismos con poblaciones pequeas la tasa de mutaciones efectivamente neutras sera mayor (y por tanto K sera mayor por generacin) pero tambin es mayor la duracin de cada generacin. En poblaciones pequeas en cambio la tasa de sustituciones K es menor por generacin pero tenemos un mayor nmero de generaciones por unidad de tiempo. Claramente esta relacin dara lugar a un reloj molecular que es proporcional al tiempo y no al nmero de generaciones. Conclusiones La discusin de algunos de los tpicos ms importantes en la polmica seleccionismo-neutralismo nos permite ver que existen evidencias en uno y otro sentido. Si bien este no es un tema cerrado, estamos en condiciones de afirmar que muchos genes, y particularmente aquellos que codifican para funciones que se han mantenido incambiadas a lo largo del tiempo, evolucionan de acuerdo a las predicciones de la teora neutral. Otro grupo de genes en cambio parecen evolucionar bajo la influencia de seleccin positiva. Uno podra preguntarse si estos ltimos representan una minora siendo lo predominante la evolucin neutra. Por el momento no estamos en condiciones de responder a esta pregunta, pero es preciso tener en cuenta que una proporcin muy importante de los genes de vertebrados forma familias multignicas en las cuales se observa diferenciacin en diversas sub-funciones. Es posible que en muchos de stos la seleccin positiva juegue un rol preponderante.

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Evolucin molecular: neutralismo y seleccionismo Otra fuente consultada Krazewak M & Cooper DN (1996): Mutational processes in pathology and evolution. en Human Genome Evolution, ed. Jackson M, Strachan T y Dover G. BIOS Scientific Publishers, Oxford.

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