GUIA DE TRABAJO SEMANA 16

1. Explique la diferencia entre genes constitutivos y genes regulados Los genes constitutivos se encuentran en constante activacin porque son bsicos para el metabolismo y desarrollo normal de la clula, a diferencia de los genes regulados que son aquellos que nicamente se expresan cuando la clula los necesita, es decir cuando se expone a cambios ambientales. 2. Cul es la funcin de las enzimas catablicas Se encargan de acelerar los procesos del organismo, ya que si el organismo se tardara demasiado tiempo seria fatal. 3. Qu significa induccin de enzimas por medio de sustrato? Significa que las enzimas son sintetizadas se aumenta la sntesis de enzimas por medio de sustratos metabolizables o por el ambiente. 4. Explique en qu consiste la represin de enzimas anablicas por producto final. Consiste en el producto final del anabolismo impide codificar genes para las enzimas implicadas en la biosntesis de la transcripcin de ARN mensajero. 5. Cul es la funcin de las molculas efectoras? Crear las enzimas inductoras y que las represoras puedan actuar 6. Qu es un opern? Unidad gentica funcional formada por un grupo o complejo de genes capaces de ejercer una regulacin de su propia expresin por medio de los sustratos con los que interaccionan las protenas codificadas por sus genes. Este complejo est formado por genes estructurales que codifican para la sntesis de protenas (generalmente enzimas), que participan en vas metablicas cuya expresin generalmente est regulada por otros 3 factores de control, llamados: Factor Promotor Operador Gen Regulador 7. Describa cmo estn organizadas las regiones de los operones Genes estructurales Promotor (P) Operador (O) Gen Regulador Protena Reguladora Inductor

8. Elabore un cuadro donde indique los genes implicados en el metabolismo de la lactosa, la enzima que codifican y la funcin de la misma.

METABOLISMO DE LA LACTOSA
GENES ENZIMA FUNCIN

PROMOTOR

Es la regin de ADN que controla la iniciacin de la transcripcin de dicho gen a ARN

ARN POLIMERASA

REPRESOR

Codifica la protena represora Lac I, que reconoce la regin operadora, donde se une. Impide la transcripcin de los genes bajo el control de este promotor pero estimula la unin de la RNA polimerasa formando lo que se conoce como

ARN POLIMERASA

OPERADOR

Otro elemento de control que es una regin del ADN con una secuencia que es reconocida por la protena reguladora. El operador se sita entre la regin promotora y los genes estructurales

Co

ARN POLIMERASA

9. Haga un esquema del opern lac y explique por qu razn se le considera un opern inducible.

Elementos del opern lactosa

Promotor Elementos de control Operador Elementos que intervienen en la regulacin de la expresin gnica en Molculas difusibles bacterias. Elementos del Opern. Genes Estructurales Gen regulador Protenas reguladoras Efectores Inductores Codifican para polipptidos Codifica para protena reguladora

Por qu razn se le considera un opern inducible? Porque en condiciones normales no se expresa, se activa en respuesta a un agente inductor que funciona como Activador, en el momento que el inductor se une al operador, se activa el promotor y comienza la transcripcin de los genes estructurales. Dado que el opern lactosa esta desactivado a no ser que sea inducido, se dice que es un opern inducible. 10. Cul es la ventaja para la clula de agrupar genes relacionados en un opern para la transcripcin? La ventaja de agrupar genes relacionados en un opern para la transcripcin de un solo mRNA policistrnico es que permite que la sntesis de varios polipptidos est controlada en un solo paso.

11. Haga un esquema del opern trp y explique por qu se le considera un opern reprimible

Por qu se le considera un opern reprimible? Porque son inactivados alostricamente, normalmente por un efector que es el producto final de la ruta. 12. Por qu razn los represores ejercen siempre un control negativo sobre la transcripcin? En otras palabras, los represores nunca activan nada; su efecto es siempre desactivar la expresin de genes especficos (o mantenerlos desactivados). Por lo tanto, este es un sistema de control negativo, en el que la forma activa del represor funciona inhibiendo la transcripcin gnica. 13. En qu consiste el control positivo de un opern? Se dice que es cuando el producto del gen regulador activa la expresin de los genes, acta como un activador 14. Elabore un esquema donde indique cmo ocurre el control positivo del opern lac.

15. En qu consiste el doble control que tienen los operones inducibles como el opern lac? Impide la expresin de los genes en ausencia del inductor

16. Cul es el papel del factor sigma () en la expresin de genes? Inicia la transcripcin de genes por la protena flagellin, las protenas de motilidad y diversas protenas, inicia esta codificado en el opern fla/che. El opern fla/che es una unidad de transcripcin que modifica la mayora de productos del gen que forman el complejo gancho cuerpo-basal (la estructura multicomponente que ata el filamento flagelar a la clula bacterial), as como tambin diversas protenas. 17. Qu utilidad tiene para las bacterias tener diferentes tipos de factores sigma ()? En procariotas es una nica RNA polimerasa la que transcribe todos los ARNs. El factor sigma reconoce el sitio de iniciacin
de la transcripcin y por ello puede haber diferentes sigmas. Reconoce secuencias especficas llamadas centros promotores.

18. Cul es el efecto de la atenuacin de la transcripcin en procariotas? Se refiere al efecto de producir solo los genes necesarios para metabolizar un sustrato por ejemplo: si en el ambiente la mejor fuente de C es la lactosa, solo se expresaran los genes necesarios para las enzimas que participaran en el metabolismo de la lactosa, aunque existan adems genes para metabolizar glucosa, galactosa o maltosa; no se expresaran. 19. Cul es la funcin de los ribo interruptores? Regulan una cantidad grande de funciones biolgicas, es decir activan o desactivan genes en las bacterias. 20. Explique cules son los principales niveles de la expresin gentica en eucariotas. Los principios generales que gobiernan la expresin de los genes procariontes se aplican tambin a los genes eucariontes, es decir: la expresin de genes especficos puede ser activamente inhibida o bien estimulada a travs de los efectos que ocasionan diversas protenas que se unen especficamente al ADN o ARN. Al igual que en los procariontes, la mayora de los mecanismos reguladores conocidos en los eucariontes, ocurren al nivel de la transcripcin, pero a diferencia de los primeros, en los mecanismos eucariontes intervienen grandes regiones de ADN que se empacan en estructuras inaccesibles para las enzimas involucradas en la expresin del mensaje. 21. Describa las siguientes modificaciones en el genoma que constituyen una forma de regulacin de la expresin de los genes: Amplificaciones y deleciones Amplificacin es la replicacin selectiva de ciertos genes, es un ejemplo de control genmico, es decir, un cambio de regulacin en la organizacin estructural del genoma. Delecin, tambin llamada disminucin de DNA, como ejemplo en los eritrocitos de mamferos, que eliminan completamente su ncleo despus de que se han sintetizado las cantidades adecuadas de mRNA para sintetizar hemoglobina. Reordenamiento de genes Es el movimiento de segmentos de DNA de un sitio a otro dentro del genoma. Metilacin del ADN La adicin de grupos metilo a determinados grupos de citosina del DNA. Acetilacin de histonas Es la adicin de grupos acetilo a cadenas laterales de los aminocidos de las histonas. 22. Describa la funcin de las siguientes secuencias de nucletidos presentes en el ADN que permiten la regulacin de la transcripcin: Potenciadores, estimuladores o enhancers Estimula la transcripcin. Silenciadores o silencers Inhiben la transcripcin. Elementos proximales de control Secuencias cortas de DNA situados por delante (y, en algunos casos por detrs) del ncleo del promotor, dentro de un radio de 100-200 pares de bases de ste.

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Sitios promotores Regin del DNA localizada en las inmediaciones del punto de iniciacin de la transcripcin, donde los factores generales de transcripcin se ensamblan con la RNA polimerasa. Describa la funcin de las siguientes protenas (factores) implicados en el control de la transcripcin: Activadores Son los que estn presentes para que un potenciador funcione. Represores Estn presentes para que un silenciador funcione. Coactivadores Median la interaccin entre activadores unidos al potenciador y el complejo de la RNA polimerasa asociado al promotor. Cul es la finalidad del modelo combinatorio de regulacin gentica? Explicar la actuacin conjunta de los elementos de control DNA y de los factores de transcripcin de los genes eucariotas. Cul es la utilidad de regulacin a nivel postranscripcional? Para ajustar rpidamente el patrn de expresin, permitiendo a las clulas responder a cambios transitorios en el ambiente intracelular o extracelular, sin modificar todos sus patrones de transcripcin. Enumere los procesos de control a nivel del procesamiento de ARN: Constituye uno de los modos ms importantes de regulacin de la expresin proteica en eucariontes. En esta categora estn includos los promotores, la presencia de secuencias regulatorias potenciadoras (enhancers), y la interaccin entre mltiples protenas activadoras o inhibidoras que actan mediante su unin a secuencias especficas de reconocimiento al ADN. Las regulaciones pueden ser de tipo CIS o TRANS. Cuando el elemento regulador transcripcional es parte de la cadena polinucleotdica donde se localiza el gen a regular, se denomina regulador CIS. Evidentemente se tratan de secuencias especiales del ADN (promotores y enhancers). Cuando los elementos regulatorios son de naturaleza y origen diferente a la secuencia gentica a controlar, la regulacin es de tipo TRANS (aqu se incluyen a los factores de transcripcin generales, histoespecficos y todas las protenas regulatorias con capacidad de unin al ADN). Enumere los mecanismos de control a nivel de la traduccin: Casi una tercera parte del ARNm citoplsmico no est unido a ribosomas aun cuando ms del 90% de los ribosomas se encuentre en actividad. Se puede regular la velocidad con que los mensajeros son traducidos y el nmero de veces que debe traducirse. Existe un control general, global o inespecfico de la traduccin ejercido sobre los factores del complejo de traduccin. Por otro lado se conocen casos especficos o control particular de la traduccin de ciertos ARNm. CONTROL GENERAL DE LA TRADUCCIN: Todos los ARNm celulares tienen cap con la guanosina metilada y esa estructura aumenta la traduccin. Cuando por alguna razn de disposicin espacial del extremo 5 del ARN el cap no queda disponible para su interaccin el factor de iniciacin Ife4E la traduccin disminuye. Puede controlarse tambin la actividad de los factores de iniciacin: IFe2B, IFe3, IFe4B e IFe4F. La actividad de estos factores se controla por fosforilacin. Esta fosforilacin a su vez responde a diversos estmulos que pueden ser fisiolgicos (factores activadores de cascadas de quinasa) o no (desnutricin severa, hiperosmolaridad, infeccin viral o shock trmico).

El IFe2B parece ser entre ellos el ms importante desde el punto de vista del control de la traduccin. En el caso particular del IFe2B es la subunidad a la susceptible de ser fosforilada por una proteinquinasa independiente de AMPc que responde a seales de estrs y se inactiva evitando la formacin del complejo 40S. El IFe4F puede ser fosforilado por Insulina y Cascadas de quinasa activadas por mitgeno en este caso la fosforilacin activa al factor promoviendo un aumento en la traduccin. Existen 2 protenas (4E-BP1 y 4E-BP2) que se ligan al IFe4F inactivndola. La insulina y los factores de crecimiento pueden fosforilarlas liberando al IFe4F y dejando disponibles los sitios de fosforilacin para potenciar la estimulacin de la actividad del factor y con ello la sntesis de protenas. CONTROL PARTICULAR DE LA TRADUCCIN: Depende de sustancias reguladoras que modifican la configuracin de un tramo de nucletidos no traducibles localizados en el extremo 5 entre el cap y el codn de iniciacin. Un ejemplo de este tipo de regulacin lo proporciona la traduccin del mensajero de la Ferritina que se une al hierro para su depsito intracelular. Cuando las concentraciones citoslicas de hierro aumentan la sntesis de ferritina se produce a altas velocidades, el hierro se liga a la aconitasa o IRF. En cambio, cuando estas concentraciones disminuyen la IRF queda libre y se liga al ARNm de la ferritina formando un bucle en el extremo 5 que impide el ligado de IFe4F y con ello el ensamblaje del aparato de traduccin, bloqueando de esta manera la produccin innecesaria de protena. Otro ejemplo podemos verlo en los reticulocitos en que la sntesis del hem est controlada por el propio grupo hem. Cuando hay suficiente hem, este activa a la proteinquinasa de IFe2B regulada por hem que inactiva al factor por fosforilacin. En los ltimos aos se han descubierto nuevos procesos en cuanto a control de la traduccin que operan en algunas clulas en particular. Ellos son CAMBIO DEL MARCO DE LA TRADUCCIN: es decir, el ribosoma cambia la pauta de lectura en algn punto de su movimiento a lo largo del ARNm desplazndose un nucletido hacia atrs o hacia delante, pudiendo, un mismo mensajero dar origen a dos protenas. SALTO DEL CODN DE TERMINACIN: el ribosoma pasa por alto el codn de terminacin y contina leyendo la secuencia de nucletidos. PASO POR ALTO DE LA TRADUCCIN: el ribosoma salta una secuencia de nucletidos en el mensajero de modo que queda un mensajero ms largo que la protena porque resta una porcin interna del mensaje sin traducir, pudiendo nuevamente un mismo mensajero dar origen a dos protenas EMPALME DE PROTENAS: Al modo del splicing se conocen casos en que un segmento especfico del polipptido se secciona y los dos bordes se unen en forma covalente. 28. Enumere las modificaciones a nivel postraduccional. La modificacin postraduccional de una protena es un cambio qumico ocurrido en esta despus de su sntesis proteica. Las modificaciones postraduccionales ocurren mediante cambios qumicos de los aminocidos que constituyen las protenas y pueden ser de muchos tipos. Modificaciones que aaden grupos funcionales Acilacin Fosforilacin Metilacin Hidroxilacin Glucosilacin Sulfonilacin

 Prenilacin Glaciacin Nitrosilacin Nitracin Modificaciones que enlazan protenas Sumoilacin Ubiquitinacin: Consiste en la adicin de la protena ubiquitina a protenas diana 29. De qu depende la concentracin de una protena determinada en la clula en un momento dado? Del volumen celular 30. Cmo se llama el complejo donde se degradan las protenas y de qu manera se etiquetan para ser degradadas? Proteosoma, cuando stas estn daadas o tienen defectos estructurales o por ltimo son dainas para la clula.