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Problemas Tema 8 ANALISIS DE LIGAMIENTO

Pregunta corta
Los loci A y D estn estrechamente ligados, de modo que no se observa ninguna recombinacin entre ellos. Si un hombre AAdd se cruza con una mujer aaDD, qu genotipos veremos en los hijos y en qu proporciones? Cul ser la fase de los cromosomas en los hijos? Explique la respuesta en cuatro lneas

Los gametos del hombre sern todos Ad y los de la mujer aD, as que los hijos sern todos (100 %) AaDd. La fase de los cromosomas ser siempre Ad/aD (cromosoma paterno / cromosoma materno)

Pregunta corta En un anlisis de recombinacin se observa que los genes A y B producen ms cromosomas recombinantes que los genes A y C. Los tres genes A, B y C estn ligados. Entre las siguientes posibilidades, determina cal NO puede ser cierta: C podra estar localizado entre A y B B podra estar localizado entre A y C Entre A y B hay ms entrecruzamientos que entre B y C A podra estar localizado entre B y C

B nunca podra estar entre A y C

Pregunta corta
T&T 10-1. En un estudio se descubre que el locus de la enfermedad de Huntington (HD) est estrechamente ligado con un polimorfismo de DNA en el cromosoma 4. Sin embargo, en el mismo estudio se descarta ligamiento entre HD y el locus del polimorfismo de los grupos sanguneos MNS, que tambin mapea en el cromosoma 4 Cul es su explicacin? El locus HD est cerca del locus del sitio polimrfico, mientras que el locus MNS est en el mismo cromosoma pero suficientemente alejado ( 50 cM) como para que no se observe ligamiento

Problema

A2A2B2B2

A1A2B1B2

A1A1B1B2

A1A2B1B1

A1A2B1B2

A1A1B1B1

A1A2B1B2

A1A1B1B1

A1A1B1B2 A1A2B1B2

A1A1B1B1

A1A2B1B1

A1A2B1B2

Estn ligados los marcadores A y B? Conocemos la fase para determinar cromosomas recombinantes en la generacin III? Existe recombinacin entre ambos marcadores? Cul es la mejor estimacin de su distancia?

Conocemos la fase? S, conocemos la fase de FII-1 que es el porgenitor informativo. Su fase es A1B1 / A2B2 . La fase la calculamos a partir de los abuelos paternos (FI-1 y FI-2)

Existe recombinacin entre los dos genes? S, ya que hay dos cromosomas recombinantes (FIII-3 y FIII-6)

Estn ligados los genes A y B? Probablemente s, porque aparecen 5 cromosomas no recombinantes frente a 2 cromosomas recombinantes en FIII. Distancia 2/7 =

Aplicaciones en el diagnstico
En esta familia, el cromosoma X del abuelo materno afectado lleva el alelo A en un locus marcador estrechamente ligado con el gen de la hemofilia A (h). La fase de la madre se determina directamente, pues el alelo marcador A del cromosoma X del abuelo materno est necesariamente en fase con el alelo h del gen de la hemofilia A

? a

Al practicar una amniocentesis se determina que el feto es de un varn y lleva el alelo marcador a Estar afectado?

Si el locus marcador est completamente ligado, la fiabilidad del ensayo es completa. Si est estrechamente ligado, el margen de error viene dado por la distancia a la que est. As, un marcador que se encuentre a 1cM del locus que se quiere estudiar, servir para diagnosticar la herencia de este ltimo con un 99% de fiabilidad.

La fase de ligamiento debe ser determinada en cada familia por separado


Intentamos seguir el rastro al alelo causante de una enfermedad AR, y contamos con un locus marcador estrechamente ligado que tiene dos posibles alelos, 1 y 2

Ejemplo de anlisis de ligamiento en familias aparentemente muy parecidas

Se conocen mutaciones en un gen, todas ellas de carcter recesivo, que producen una grave enfermedad. Tenemos un marcador RFLP que est estrechamente ligado a dicho gen (consideraremos nula la probabilidad de entrecruzamiento entre el marcador y el gen). El anlisis por Southern con una sonda especfica para este RFLP muestra tres posibles alelos en la poblacin, que consisten en fragmentos de 9 kb, 7 kb 6 kb. Una pareja sana tiene tres hijos, el mayor afectado por la enfermedad, y est esperando el cuarto; acuden al mdico para saber si ste estar o no afectado. a) Sin tener ningn otro dato, qu podras decirles a los padres sobre la posibilidad de que el feto est afectado? Al tener un hijo afectado, ambos padres son portadores -> 25% hijos afectados Se recoge sangre de todos los miembros de la familia (incluido el feto), se extrae ADN y se analiza el RFLP mencionado. A la izquierda se muestra el pedigr, y a la derecha, el resultado del Southern
I.1 I.2 II.1 II.2 II.3 II.4 _______________________________________________ __ __ __

Patrn
__ __ __
(9)

(kb)

?
II
1 2 3 4

__

__

__

__

__

__ __ __ _______________________________________________

(7) (6)

b) Aade este anlisis nueva informacin? Puede determinarse ahora con seguridad si el feto est afectado? Podra deducirse si los hijos sanos son portadores? Explica tus respuestas. El hijo afectado ha recibido el alelo 9 del padre y el 7 de la madre, que sern los asociados a los alelos mutantes. Las hijas 2 y 3 son portadoras (tienen el 9 del padre y el 7 de la madre, respectivamente). El 4 hijo es sano y adems no es portador de la enfermedad.

En el pedigr que se muestra, Sara (III-1) quiere tener hijos. Busca consejo gentico sobre el riesgo que puede tener de ser portadora de hemofilia, heredada de su abuelo materno (I-1). La hemofilia A viene determinada por mutaciones en el gen para el factor VIII de coagulacin (F8C), localizado en el cromosoma X. Existe un microsatlite por repeticiones CA en el intrn 13 del gen F8C. El tipado para los alelos de dicho microsatlite da los resultados que se muestran en el pedigri (aparecen slo dos alelos - c y d - en la familia). a) Qu riesgo previo (o sea, antes de saber el resultado del anlisis gentico) tena Sara de ser portadora, y cul es el riesgo actual? Por anlisis mendeliano, su riesgo sera , porque es hija de portadora obligada. El anlisis del ADN indica que el gen F8C mutado del abuelo est asociado al alelo d del polimorfismo. La madre de Sara ser Hc/hd. Sara ha recibido el cromosoma hd de su madre y por tanto es portadora.

d
II

c, d c, d

d
III

d, d

c, d

b) Por qu II-1 no presenta hemofilia? La presencia de la mutacin causante de la hemofilia es independiente del alelo que tenga el polimorfismo. En cada familia puede haber distintos haplotipos. c) Qu riesgo tiene la hermana de Sara (III-2) de ser portadora? Ninguno, pues ha recibido el cromosoma Hc de su madre. d) Cmo cambiaran las predicciones si II-1 no fuera en realidad su padre biolgico? Sara seguir siendo portadora al haber heredado el cromosoma hd. Su hermana, no lo sabemos.

Una grave enfermedad AD afecta al padre (ya fallecido) y a su hijo. Este ltimo est plantendose tener descendencia, pero slo lo har en el caso de que pueda realizarse diagnstico preimplantatorio de la enfermedad y seleccionar los embriones no afectados. Se conoce el gen causante de la enfermedad pero se desconoce la naturaleza de la mutacin que la produce. Se analizan 4 marcadores tipo RFLP, con dos posibles alelos cada uno, todos ellos ligados al gen a las distancias indicadas. Se presenta a continuacin el tipaje para cada uno de ellos en los futuros padres y la madre del afectado.
Marcador A (a 0,1 cM) Marcador B (a 5 cM) Marcador C (a 2,5 cM) Marcador D (a 0,7 cM)

1,2

1,1

1,1

1,2

1,1

1,2

1,2

1,2

1,2

1,1

1,2

1,1

Explicar el valor diagnstico para cada uno de estos cuatro marcadores.

Marcador A: no es informativo, porque el afectado es homocigoto. Marcador B: conocemos la fase del afectado, d1/D2. (error: 5%) hijo 1,1: sano hijo 2,2: enfermo hijo 1,2: 50% prob. sano, 50% enfermo. Marcador C: fase d1/D2. Fiabilidad: 97,5% hijo 1,1: sano hijo 1,2: enfermo Marcador D: no conocemos la fase. No es informativo.

En una familia se presentan dos casos de neurofibromatosis tipo I, una enfermedad gentica que sigue un modelo de herencia autosmica dominante, y acuden al genetista para un diagnstico gentico. Todos los miembros de esta familia han sido tipados para un marcador que tiene dos alelos (1 y 2) y que est ligado al locus de la enfermedad (se encuentra a una distancia de 2 cM). a) Qu puede decir a esta familia sobre los riesgos de su descendencia? Con qu fiabilidad les ofrece el consejo gentico? Podemos deducir que el alelo marcador 1 recibido del abuelo est asociado al alelo de la enfermedad en esta familia. Por lo tanto el futuro hijo tambin presentar la enfermedad. Nuestro diagnstico tiene una fiabilidad del 98%, ya que en un 2% de las veces puede ocurrir recombinacin entre el locus marcador y el locus de la enfermedad.

I
1, 2 1, 2

II
1, 2 1, 2 ? 1, 1 2, 2

III

b) Qu hubiese dicho a los futuros padres si los alelos marcadores en el feto hubiesen sido 1, 2 en lugar de 1, 1? En ese caso no podemos saber si ha recibido el alelo 1 o 2 del padre, as que solo podramos decir que tiene un 50% de probabilidad de estar afectado.

Pedro y Marta tienen un hijo varn de 5 aos que padece distrofia muscular de Duchenne (XR) y Marta est nuevamente embarazada. Acuden a la consulta del genetista porque quieren determinar si el feto est afectado y, en ese caso, interrumpir el embarazo. a) Qu probabilidad a priori tienen Pedro y Marta de tener hijos e hijas afectados?

Hijas sanas, 50% portadoras. Hijos: 50% sanos, 50% afectados. Se conoce un marcador SNP ligado al gen de la distrofina, a una distancia de 5 cM, que tiene 2 alelos, A y B. Se hace un anlisis de DNA y se determina que Marta presenta los alelos A y B; su hijo enfermo tiene el alelo B. b) Podramos usar slo ese marcador para hacer diagnstico prenatal del futuro hijo? De ser as, cmo?, con qu fiabilidad? Hay que tener en cuenta que no sabemos el SEXO. Si sale A sern sanos, tanto hijos como hijas, con 95% probabilidad. Si sale AB son hijas y por tanto sanas, no sabemos si portadoras. Si sale B - 95% probabilidad de que sea hija portadora hijo afectado. c) Cmo podramos mejorar el anlisis? Determinar el sexo. Utilizar ms marcadores, ms cercanos, y a ambos lados o incluso dentro del gen de la distrofina.

Se analiz el posible ligamiento entre una enfermedad AD (enfermedad poliqustica renal) y un polimorfismo situado en el gen de la globina alfa, en el cromosoma 16, en una serie de familias de Inglaterra y Dinamarca, con los siguientes resultados: F (rec) LOD scores (Z) 0,00 -inf 0,01 23,4 0,10 24,6 0,20 19,5 0,30 12,85 0,40 5,5

Zmax = 25,85 para una F(rec) max de 0,05. Cmo interpretas estos resultados? Hay un fuerte ligamiento (5cM) entre el polimorfismo y el gen responsable de la enfermedad. En un estudio posterior, se investig una gran familia siciliana que padeca aparentemente la misma enfermedad, y se obtuvieron estos resultados: F (rec) LOD scores (Z) 0,00 -inf 0,10 -8,3 0,20 -3,3 0,30 -1,1 0,40 -0,02

Qu puedes decir sobre esto?

En esta familia, no hay ligamiento entre el polimorfismo y el gen responsable de la enfermedad. Por lo tanto, se trata de una enfermedad causada por mutaciones en otro locus, o sea, que hay heterogeneidad de locus. Para utilizar el anlisis de ligamiento en diagnstico familiar, habr que tener otras evidencias previas de que en esa familia en particular hay ligamiento.

Juan y Elisa tienen un hijo varn sano de 10 aos y Elisa est nuevamente embarazada. Acuden a solicitar consejo gentico porque tanto l como ella tienen un hermano cada uno que padece distrofia muscular de Duchenne (XR). El mdico hace el anlisis genealgico de la pareja y descubre que tienen una bisabuela comn. Ninguno de ellos recuerda ningn otro caso de la enfermedad en sus familias. a) Qu probabilidad diras que tienen Juan y Elisa de tener hijos e hijas afectados? Juan est sano. Elisa es hija de portadora obligada, tiene prob. de serlo ella, y a su vez de transmitirlo a sus hijos. Prob. hijos afectados: ()() = Prob. hijas afectadas: 0, hijas portadoras: . b) Se conoce un marcador ligado al gen de la distrofina, a una distancia de 5 cM, que tiene 2 alelos, A y B. Se hace un anlisis de ADN y se determina que Juan presenta el alelo A, y Elisa, los alelos A y B; su hijo sano tiene el alelo B. Qu datos podemos obtener de este anlisis? Podramos usar con esos datos el diagnstico prenatal para ver si el futuro hijo estar o no afectado? Cmo podramos mejorar el anlisis? Sabemos que el alelo B de Elisa tiene un 95% de prob de estar asociado a un alelo sano, pero no sabemos si el otro est sano o enfermo. Convendra analizar previamente a otros miembros de la familia de Elisa para ver si se puede asegurar si es portadora, y de serlo, entonces s podramos determinar la enfermedad del feto con un 95% de seguridad: nio B sano, nio A enfermo, nia AB sana, nia AA portadora.

T&T 10-2. Se analiz el ligamiento entre un polimorfismo en el locus de la globina en 16p y la enfermedad poliqustica renal (EPQR; AD), un trastorno multiorgnico progresivo y bastante frecuente, en una serie de familias britnicas y holandesas, con los resultados que se muestran en la primera fila de la Tabla Cmo interpretara los resultados de esta serie de familias? Posteriormente se investig una extensa familia siciliana con EPQR para determinar si exista ligamiento con la globina con los resultados que se muestran en la segunda fila Cmo interpreta los resultados de este segundo estudio? Qu implicaciones tienen estos resultados para la utilizacin de la informacin del ligamiento en el diagnstico presintomtico y el consejo gentico?

Tabla de puntuaciones LOD para dos series de familias con EPQR =


0,00 Serie de familias britnicas y holandesas Extensa familia siciliana - - 0,01 23,4 n.d. 0,10 24,6 -8,34 0,20 19,5 -3,34 0,30 12,85 -1,05 0,40 5,5 -0,02

T&T 10-3. En un estudio diseado para probar la hiptesis de que un defecto en el gen de la protena-, una de las protenas ms importantes del cristalino del ojo, puede ser responsable de la Catarata de Coppock (AD), se obtuvieron los resultados de la figura:

de la familia con cataratas. polimrfico en el DNA del gen del -cristalino en el cromosoma 2

Smbolos azules = Miembros Letras = 3 alelos de un locus

Cuntas meiosis informativas se observan en la familia? En qu individuos se puede determinar la fase? Hay alguna meiosis en la que ha tenido que ocurrir una recombinacin para explicar los datos? Qu se puede deducir en cuanto al ligamiento entre el gen de la protena- y la catarata de Coppock? Qu estudios adicionales se pueden realizar?

T&T 10-4. El siguiente rbol genealgico muestra un ejemplo de diagnstico molecular del sndrome de Wiskott-Aldrich, una inmunodeficiencia XR, utilizando un polimorfismo de DNA localizado a aproximadamente 5 cM del locus del sndrome Cul es la fase probable de la madre portadora? Cmo la ha determinado? Cul ser el resultado del diagnstico prenatal?

T&T 10-4 (b). En la familia anterior, se pudo analizar al abuelo materno, que tena el alelo B en el locus ligado Cmo afecta este resultado al clculo de la fase de la madre? Qu puede deducir sobre el hijo afectado? Qu otros estudios deben hacerse para verificarlo? Qu diagnstico prenatal hara ahora?