TAXONOMIA

Para poder comprender la gran diversidad de organismos existentes es preciso agruparlos y organizar los grupos generales en una estructura jerrquica sin superposiciones. De eso se encarga la TAXONOMIA, que es la ciencia de la clasificacin biolgica. La taxonoma en su sentido ms amplio se descompone en tres partes independientes pero interrelacionadas:
Clasificacin Nomenclatura Identificacin

La clasificacin es la estructuracin de los organismos en grupos o taxones en funcin de semejanzas mutuas o del parentesco evolutivo. La nomenclatura es la rama de la taxonoma que se ocupa de la asignacin de nombres a grupos taxonmicos de conformidad con normas publicadas. La identificacin constituye el lado prctico de la taxonoma, el proceso de determinar que un determinado organismo pertenece a un taxn reconocido.

Sistemas de clasificacin
Clasificacin fentica - sistema basado en semejanzas generales (ej.morfologa). Utilizan caracteres fenotpicos, incluyendo composicin qumica, fisiologa y ecologa Clasificacin filogentica sistema basado en relaciones evolutivas (desarrollo evolutivo de la especie; valor en trminos de prediccin). Se acepta que son lo ms naturales y completos.

Sin embargo, en Microbiologa:

Son difciles de hacer (Fsiles , etc) Filogenia y Evolucin pueden no coincidir (Transmisin horizontal, endosimbiosis) Pueden no ser tiles (patgenos)

Desarrollo de la Taxonoma Microbiana

El creador de la Taxonoma fue el botnico sueco Carl von Linneo, su sistema de nomenclatura, el sistema binomial, se usa todava en la actualidad.
Hasta mediados del siglo 19 se conocan slo dos reinos, animal y vegetal. Luego de comenzar a conocerse la existencia de microorganismos, en 1866, Ernst Kaeckel cre un tercer reino que llam los Protistas. Con el desarrollo del microscopio fue posible el reconocimiento de las clulas eucariotas y procariotas y eso condujo a la ubicacin de las bacterias en un reino separado de microorganismos sin ncleo al que se le dio el nombre de Procariotae, tal como lo propuso Robert G. E. Murray en 1968. En 1969, R. H. Whittaker propuso un sistema de clasificacin en cinco reinos: Monera, incluye a todos los microorganismos procariotas. Protista, incluye a todos los microorganismos eucariotas unicelulares u ocasionalmente multicelulares. Fungi, reino que incluye a los hongos en sus diversas formas. Plantae, corresponde al reino vegetal Animalia, corresponde al reino animal.

Posteriormente, nuevas tcnicas de biologa molecular se usaron para estudiar la composicin del ARN ribosmico y revelaron que hay realmente dos tipos de clulas procariotas (arqueas y bacterias) y un tipo de clulas eucariotas.
En 1978, Carl R. Woese propuso elevar los tres tipos de clulas a un nivel por encima del reino, llamado dominio y de ah surgi el sistema de clasificacin de tres dominios que se conoce en la actualidad y que comprende: Bacteria (procariotas unicelulares cuya pared celular contiene peptidoglucano) Arquea (procariotas unicelulares cuya pared celular no contiene peptidoglucano) Eukarya (todos los eucariotas)

Los virus no son asignados a ningn reino ya que ellos son microorganismos acelulares que comparten slo unas pocas caractersticas de seres vivientes.

ENFOQUE CLSICO Se denomina as porqu es el que se ha utilizado durante ms de 100 aos. Se determinan caractersticas de diferentes microorganismos y esas caractersticas se utilizan despus en la separacin de los grupos.
La unidad taxonmica de la Microbiologa es el CLON o CEPA, se denomina as a una poblacin de clulas genticamente idnticas derivadas de la divisin sucesiva de una sola clula. Un grupo de cepas que tiene la mayora o todas las caractersticas en comn ser clasificado como una ESPECIE, y las especies relacionadas se clasifican en el mismo GNERO.

En general en este enfoque se le da ms valor a las caractersticas estructurales y morfolgicas que a las fisiolgicas y bioqumicas por las razones siguientes: La morfologa de una bacteria es el resultado de la expresin de un gran nmero de genes que controlan enzimas, las cuales a su vez determinan la sntesis de diversos componentes estructurales. La morfologa tiene un cierto grado de independencia de las influencias ambientales y en general las bacterias presentan las mismas formas y estructuras en los diversos ambientes en los que se desarrollan. La morfologa es por lo general una caracterstica estable genticamente y no sufre amplios cambios como resultado de mutaciones en un solo gen. La morfologa de una bacteria es fcil de determinar con la ayuda de un microscopio.

Entre las caractersticas no morfolgicas que tienen valor taxonmico tenemos: composicin qumica de la pared celular, inclusiones citoplasmticas y productos de reserva, composicin qumica de la cpsula, pigmentos, requerimientos nutricionales, capacidad para usar diferentes fuentes de carbono, nitrgeno, azufre y energa, productos de fermentacin, necesidades gaseosas, requerimientos y tolerancias de temperatura y pH, sensibilidad a antibiticos, patogenicidad, relaciones simbiticas, caractersticas inmunolgicas, hbitat, etc. Algunas de estas caractersticas pueden no ser aplicables en un grupo en particular, dependiendo del caso variarn el nmero y tipo de los datos recopilados para efectuar una buena clasificacin. El enfoque clsico es casual y no sistemtico, pero resulta muy til para algunos grupos de bacterias.

Caractersticas usadas en taxonoma microbiana Caractersticas morfolgicas

forma tamao movilidad (mvil, inmvil); flagelo (posicin, nmero, etc) inclusiones celulares color morfologa de la colonia caractersticas ultraestructurales tinciones

Caractersticas usadas en taxonoma microbiana

Caractersticas fisiolgicas y metablicas
composicin de la membrana composicin y estructura de la pared celular (LPS) metabolismo energtico bsico caracteres nutricionales y metablicos requisitos nutricionales especiales susceptibilidad a bacterifagos

Caractersticas usadas en taxonoma microbiana Caractersticas moleculares

comparacin de protenas, enzimas, poliaminas composicin de cidos nuclicos (%G+C) hibridizacinde cidos nuclicos secuencia de cidos nuclicos

Caractersticas ecolgicas

Anlisis genticos

NOMENCLATURA Es el darle nombre a los microorganismos y su objetivo es precisamente elegir el nombre adecuado y nombrar el germen siempre por el mismo nombre evitando as confusiones. Es importante diferenciar entre taxonoma y nomenclatura, ya que nomenclatura es nicamente darle el nombre al organismo luego que se ha completado el trabajo taxonmico. Para nombrar las bacterias se usa el esquema binomial en el cual el nombre de la bacteria est constituido por 2 palabras; la primera es una palabra en latn o latinizada, que se escribe con la primera letra en mayscula e indica el GNERO, usualmente esta palabra proviene del nombre del descubridor u otro cientfico relacionado o describe la morfologa del microorganismo. La segunda palabra indica la ESPECIE, se escribe con minscula, y es usualmente descriptivo refirindose al color, origen, patogenicidad, etc. Ejemplo: Bacillus subtilis Gnero Especie Los nombres cientficos de las bacterias deben ser escrito en letra cursiva (Itlica) o en su defecto cada palabra debe ser subrayada. Las reglas y mtodos del sistema de Nomenclatura Bacteriana se encuentran en el Cdigo Internacional de Nomenclatura Bacteriana.

IDENTIFICACIN

La informacin acerca de los microorganismos obtenidas de los mtodos ya citados, nos permite no slo la clasificacin de nuevos microorganismos sino tambin la identificacin de los microorganismos ya conocidos, aislados de muestras de orgenes diversos.
Dos de los mtodos utilizados para la identificacin son, las claves dicotmicas y los cladogramas. Claves dicotmicas Con el uso de las claves dicotmicas, la identificacin se basa en preguntas sucesivas, y cada pregunta tiene dos respuestas posibles. Despus de responder una pregunta, se dirige al investigador a otra pregunta hasta que el microorganismo es identificado. Aunque estas claves a menudo tienen poco que ver con las relaciones filogenticas, son de gran valor para la identificacin. Cladogramas Son mapas, como el que se presenta en la pgina 3, que muestran relaciones evolutivas entre los microorganismos, basados principalmente en la secuenciacin del ARN ribosmico.

MANUAL BERGEY DE BACTERIOLOGA SISTEMTICA

Para la clasificacin, identificacin y nomenclatura de las bacterias, la mejor referencia que existe es el Bergey's Manual of Sistematic Bacteriology, conocido como el Manual Bergey. La edicin ms reciente est siendo publicada progresivamente, y estar constituida por 5 volmenes, en ella estarn incluidas todas las especies de bacterias conocidas para la fecha de su publicacin y a diferencia de la anterior que tena un enfoque que enfatizaba en las caractersticas fenotpicas, esta edicin tiene un anlisis filogentico basado en la secuenciacin del ARNr, del ADN y de las protenas.

RANGOS DE LOS GRUPOS TAXONMICOS Un grupo taxonmico es un grupo de m.o tratados como un grupo con nombre en una taxonoma formal.

Categoras taxonmicas en rango descendente: Clase Orden Familia Tribu Gnero Especie

El nombre del grupo taxonmico entre el orden y el gnero se forma aadiendo el sufijo correspondiente a la raz del nombre del gnero tipo

Grupo taxonmico Orden Familia

Sufijo

Ejemplo

ales aceae

Pseudomonadales Pseudomonadaceae

Tribu
Gnero

eae

Pseudomonadeae
Pseudomonas

CLASIFICACIN DE LOS HONGOS La identificacin y clasificacin de los hongos filamentosos est basada principalmente en sus rasgos estructurales y morfolgicos. Algunos hongos tienen una apariencia tan caracterstica que pueden ser identificados fcilmente, pero en la mayora de los casos se requiere observar una preparacin del hongo al microscopio y estudiar sus caractersticas tales como: Morfologa de las hifas Presencia o ausencia de septos Ramificaciones Tipo de esporas

CLASIFICACIN DE LOS VIRUS Dependiendo del tipo de clula que infectan, los virus se clasifican en:

a. Virus animales b. Virus de plantas c. Virus de bacterias o bacterifagos Nos vamos a ocupar de los virus animales, debido al gran nmero de enfermedades de origen viral que afectan al hombre y a los animales. Los virus animales se clasifican tomando en cuenta las caractersticas siguientes:

Caractersticas primarias
1. Organizacin de la cpsida a. Forma y tamao de la partcula viral b. Nmero de capsmeros c. Presencia o ausencia de cubierta lipdica d. Simetra de la nucleocpsida

2. Estructura del cido nucleico a. Tipo de cido nucleico b. Nmero de cadenas c. Peso molecular del cido nucleico d. Nmero aproximado de genes
3. Presencia de transcriptasa

Caractersticas secundarias 1. Husped a. Especie b. Tejido 2. Modo de transmisin 3. Caractersticas inmunolgicas Los virus no se nombran usando el esquema binomial clsico que se utiliza para los otros microorganismos, a los virus se les denomina con el nombre de la enfermedad que causan, por ejemplo, virus de la rabia, virus del sarampin, etc.

ENFOQUE GENTICO O MOLECULAR

Tiene por objeto determinar el grado de relacin gentica de diferentes organismos. Este enfoque involucra estudios diseados para demostrar directa o indirectamente que las secuencias de bases del ADN de dos organismos son semejantes o idnticas, lo cual puede hacerse de varias maneras.
Composicin de bases del ADN o del ARNr Es posible mediante mtodos fsicos o qumicos saber el contenido de bases del ADN, el que por convenio se expresa en %G+C. Diferencias en %G+C mayores de 10% nos indican que las cepas estudiadas no estn estrechamente relacionadas, pero proporciones de bases semejantes no nos indican con certeza que las cepas estudiadas estn relacionadas, ya que las bases podran estar en la misma proporcin pero en secuencias diferentes. .

% GC
Ms utilidad Menos utilidad

GRUPO Procariotas Hongos Protistas Animales

% GC 20-80 30-70 22-66 35-50

El % GC es directamente proporcional a:
La densidad del DNA La fuerza de unin entre las dos cadenas del DNA (GC) (A=T)

El % GC tiene valor Discriminante

Si son diferentes, significa diferencia Si son iguales, no significa igualdad

Las tendencias ms recientes para establecer relaciones filogenticas se basan en la comparacin de las secuencias de ARN ribosmico Hibridizacin y homologa de cidos nucleicos Est basado en la formacin de molculas de doble cadena entre dos muestras de ADN desnaturalizado, uno de los cuales est marcado con un radioistopo o con un colorante fluorescente, separacin de los fragmentos de doble cadena de los de una sola, y medicin de la radioactividad o fluorescencia. Para ello se requiere siempre un punto de referencia el cual es suministrado por ADN de una cepa de referencia que es preparado marcado y no marcado. La cantidad de reasociacin entre estos 2 ADN homlogos es determinada y se le asigna un valor del 100%.

La cantidad de reasociacin entre el ADN de referencia y ADN de otra cepa puede ser medido y expresado como un porcentaje del valor para la reasociacin de ADN de la cepa de referencia.
La tcnica de hibridizacin es ms eficaz si uno de los cidos nucleicos que se van a reasociar (hibridizar) est en forma de trozos muy pequeos, por lo que previamente los cidos nucleicos se someten a una agitacin a alta velocidad. Puede utilizarse tambin ARN en vez del segundo ADN, ya que el ARN es complementario a una cadena del ADN.

Estas tcnicas de biologa molecular han dado lugar a nuevas herramientas moleculares que se han adoptado rpidamente al campo del diagnstico microbiolgico.
Este nuevo enfoque utiliza factores genotpicos ms que fenotpicos para identificar microorganismos especficos. Un ejemplo de estas tcnicas modernas de identificacin lo constituyen las sondas de cido nucleico, son oligonucletidos cortos y de secuencia nica que se emplean como sonda de hibridizacin para la identificacin de microorganismos. Estos mtodos son altamente sensibles y especficos.

Homologa entre protenas: Hay muchos mtodos para comparar protenas, de los cuales el ms seguro es la determinacin de la secuencia de aminocidos de la protena purificada. Como esta secuencia est directamente relacionada con la secuencia de bases de los genes que controlan su sntesis, secuencias similares de aminocidos en protenas funcionalmente similares indican que los organismos tienen secuencias similares de bases para estos genes. Recombinacin gentica: En bacterias que poseen mecanismos para recombinacin gentica, puede demostrarse proximidad gentica por medio de estudios sobre la eficacia del intercambio gentico. Sin embargo como incluso bacterias muy relacionadas no pueden aparearse por diversas razones, el anlisis de la recombinacin gentica hace posible el reconocimiento de semejanzas pero no de diferencias, puesto que si no ocurre recombinacin, no se puede decir por esta sola razn que no estn relacionadas.

Anlisis Filogentico 16S ARN Ribosomal Funcin universal

Distribucin universal
Estimado: 1-2% variacin en la secuencia cada 50 millones de aos Fcil de aislar y caracterizar Estructura secundaria conocida Regiones conservadas y otras variables Secuencia comparable con otros organismos Banco de datos (RDP, ribosomaldata project);www.cme.msu.edu/rdp/html/index.htm l

Por qu el rRNA16S es til? 1. Lo encontramos en todos los organismos, an en

eucariontes (mitocondria y cloroplastos tienen rRNA16S similar al encontrado en - proteobacterias y cianobacterias) 2. Presenta regiones que varan en similitud entre los organismos. Otras son conservadas en todos los organismos Existen regiones especficas para diferentes niveles filogenticos: Familias Especies

Por qu enfocamos nuestra atencin en el rRNA?

RNA contenido/clula:
~ 80% del RNA celular es rRNA ~ 15% del RNA celular es tRNA ~ 5% del RNA celular es mRNA

Cmo evaluar la diversidad microbiana? Anlisis de secuencias de insertos en clones tomados al azar Hibridacin con sondas taxn especficas RFLP ARDRA DGGE

 Estudiar diversidad de microorganismos ambientales en una comunidad compleja (16S rDNA) o diversidad de genes catablicos. Estudiar las poblaciones con actividad metablica o genes activos por anlisis de productos de RT-PCR Estudiar la distribucin espacial y temporal de poblaciones bacterianas: monitoreo en el tiempo

Analizar cmo vara la composicin de las poblaciones frente a cambios ambientales (contaminacin, clima, perturbacin)
Buscar microorganismos indicadores y especficos Monitorear la liberacin de microorganismos genticamente modificados Screening de mutaciones en genes especficos: diagnstico de enfermedades

 Screening de mutaciones en genes especficos: diagnstico de enfermedades

FIG . ParallelDGGE results. Multiple bands were obtained using primers ALD61CG/ALD11. Molecular evolution of Aldolase A pseudogenes in mice: multiple origins, subsequent duplications, and heterogeneity of evolutionary