Kelompok 1 Kelas C PPs Biologi

Ciri utama makhluk hidup: Transformasi energi Aliran informasi molekul yang terlibat dalam langkah aliran informasi makromolekul Proses molekul dalam aliran informasi 1. Replikasi 2. Transkripsi 3. Translasi

1.

Replikasi penggandaan DNA dan informasi genetik tetap ada

2. Transkripsi pembentukan RNA komplementer dengan salah satu utas DNA 3. Translasi pengubahan sekuen nukleotida dari RNA menjadi asam amino

Transkripsi
Langkah awal dari ekspresi gen Merupakan proses sintesis RNA RNA identik dalam sekuen dengan 1 utas DNA (utas penyandian), Komplementer dengan utas lainnya (template=tempat sintesis)

Antisensesekuen DNA/RNA yang komplemen dengan mRNA

Sintesis RNA
Dikatalis o/ enzim RNA Polimerase Dimulai saat RNA pol mengikat ke promotor (basa pertama yg ditranskripsi ke RNA RNA pol akan terus mensintesis RNA hingga bertemu dengan terminator Arah sintesis mRNA 5 3 hingga terminator (menghasilkan produk utama yg disebut transkripsi primer Terjadi di gelembung transkripsi (utas DNA terbuka menjadi utas tunggal dan salah satu utas sebagai template RNA pol akan membuka ikatan DNA di depan dan di belakang gelembung transkripsi

Asam nukleat disintesis dari prekusor nukleotida 5 trifosfat Proses: 1. Reaksi kondensasi antara gugus 5 trifosfat nukleotida baru dengan gugus 3 OH nukleotida akhir 2. Nukleotida baru kehilangan 2 gugus fosfat terminal ( dan ) 3. digunakan pada ikatan fosfodiester ke rantai 4. Kecepatan 40 nukleotida/detik; 37C

Tahapan Transkripsi 1. Pengenalan template: pengikatan RNA pol ke utas ganda DNA terpisah gelembung transkripsi (sekuen DNA untuk pengikatan polymerase= promotor) 2. Inisiasi: sintesis ikatan nukleotida pertama di RNA (selesai jika panjang nukleotida tercapai) 3. Elongasi: enzim berjalan sepanjang DNA penambahan nukleotida secara kovalen pada ujung 3 dari RNA 4. Terminasi: pengenalan titik yg tidak terjadi penambahan basa gelembung transkripsi runtuh DNA membentuk duplex, enzim RNA lepas (sekuen disebut terminator)

Mekanisme Transkripsi Prokariot

RNA Polimerase pada Bakteri Bakteri: 1 tipe mRNA, tRNA, rRNA, 7000RNA pol Holeonzim Faktor sigma awal transkripsi, 8-9 basa terbentuk faktor sigma dilepas dan elongasi Rifampisin menghambat inisiasi, streptiydigine menghambat perpanjangan rantai mengganggu pengikatan nukleotida Heparin menghambat transkripsi RNA pol tidak ada koreksi rantai polinukleotida yg dibentuk

Pengenalan promotor Berdasarkan afinitasnya dibedakan: Promotor kuat (Sering ditranskripsi , pada E.coli setiap 2 detik) Promotor lemah (tiap 10 menit) Ciri konservatif promotor 1. Start point > 90% adalah purin (G atau A) 2. Upstream startpoint dikenali o/ semua promotor, bentuk heksamer 3. Daerah yg terkonservasi

Kontrol o/ struktur RNA: Terminal Adanya ikatan hidrogen u/ menahan hibrid RNA/DNA diputus DNA membentuk utas ganda Membentuk sifat konformasi alternatif RNA regulasi terminasi transkripsi mengijinkan atau tidak terjadinya terminasi Terminasi tergantung dari produk RNA dan bukan hanya dari sekuen DNA saat ditranskripsi

Terminator pada E.coli

Berdasarkan butuh tidaknya faktor lain 1. Rho independen = terminator intrinsik terminasi terjadi tanpa adanya bantuan faktor lain 2. Rho dependen memerlukan faktor Rho in vitro (adanya mutasi)

Terminasi Rho independen

Karakteristik: bentuk hairpin pada struktur sekunder Hairpinkarena pasangan ulanagn basa terbalik membentuk stem yg dipisahkan jarak terdekat dan membentuk loop Menyebabkan transkripsi istirahat tapi tak menyebabkan terminasi

Terminasi bergantung faktor rho

Ditemukan sbg protein bila ditambahkan pada sistem in vitro membuat RNA pol Terminasi pada situs tertentu molekul RNA dengan akhir 3 yang unik Rho Merupakan protein esensial yg ada di genom fage

Mekanisme faktor rho bekerja

Hanya bekerja pada terminasi Protein dengan 46 kDa Aktif sebagai heksamer Mempunyai aktivitas ATPase yang bergantung RNA Rho berjalan sepanjang transkripsi lebih cepat daripada RNA pol

Matriks mRNA Matriks mRNA pada prokariot sulit diisolasi karena waktu hidupnya yang singkat mRNA disintesis dari DNA melalui mekanisme transkripsi Perbedaan produksi mRNA pada prokariot dan Eukariot: Transkripsi mRNA dan translasi terjadi pada satu kompartemen mRNA bakteri menerjemahkan beberapa protein mRNA bakteri tidak stabil waktu translasi pendek Ketika transkripsi dimulai, ribosom mendekati akhir ujung 5 mRNA dan memulai translasi sebelum proses transkripsi selesai Translasi bakteri berjalan efisien dan dalam prosesnya, mRNA ditranslasi oleh banyak ribosom

 Sebelum akhir ujung 3 disintesis, penguraian mRNA yang dimulai dari ujung 5, namun kecepatannya setengah dari kecepatan transkripsi/translasi Stabilitas mRNA mempengaruhi jumlah protein yang ditranslasi Stabilitas = waktu paruh mRNA (bakteri 2 menit)

 Endonuklease cenderung melakukan aktivitasnya dari ujung 3 OH bebas Pemecahan oleh endonuklease menghasilkan akhir 3 dengan sensitivitas yang berbeda thd eksonuklease mRNA bakteri menyandikan protein dalam jumlah yg bervariasi Monocistronik menyandikan 1 gen, policistronik lebih dari 1 gen Kelompok gen membentuk operon (satuan genetik) Semua mRNA mempunyai 2 tipe coding, dimulai dari sekuen AUG, dan berakhir pd kodon terminal mRNA lebih panjang dri sekuen yang di-sandikan

 Tipe monocistronik pada ujung 5 ada tambahan sekuen yg disebut leader, dan sekuen tambahan setelah signal terminasi (ujung 3) yg disebut trailer (keduanya tidak ditranskripsi) Daerah intercistronik ukuran bervariasi (mis. 30 nukleotida) membedakan terminasi dan inisiasi kodon berikutnya

Sintesis Protein
Peranan gen akan nampak dalam hasil ekspresinya yg berupa protein Translasi, menurut Crick, terjadi melalui molekul tRNA (7585 basa) Karakter tRNA: Membawa 1 asam amino yg terikat scr kovalen Mengandung 3 nukleotida (antikodon) tRNA yg membawa as.amino aminoacyl-tRNA

 Ribosom partikel protein ribonukleat (2 subunit) Tiap subunit terdiri atas beberapa protein yg terikat pd molekul RNA

Ribosom melekatkan diri pada mRNA pada ujung 5 atau didekatnya Arah gerak ribosom : 5 3 Poliribosom : 1 mRNA dibaca oleh beberapa ribosom sekaligus dan masg2 bersifat independen

Proses Translasi: Inisiasi reaksi pembentukan 2 asam amino pertama Inisiasi: Pengenalan mRNA melalyu pelekatan dua subunit kecil ribosom membentuk kompleks inisiasi Penggabungan subunit besar membentuk ribosom Pembacaan dimulai saat subunit kecil ribosom ada di mRNA, aminoacyl-tRNA yg mjd bag kompleks inisiasi inisiator tRNA Elongasi pembentukan ikatan peptida Terminasi pelepasan polipeptida,ribosom dari MRNA

Translasi

Terminasi Translasi