cidos Nucleicos

MD MSc Henrique Azevedo

Nucleotdeos e cidos Nucleicos

Papel de nucleotdeos no metabolismo celular:
constituinte dos cidos nucleicos - RNA e DNA fonte de energia no metabolismo -> ATP molcula-sinal em respostas celulares - > cAMP componente estrutural de enzimas e cofatores -> NAD, FAD, etc

Nucleotdeos e cidos Nucleicos

DNA: Armazenamento da informaco gentica
estabilidade

RNA: vrias funes

RNA ribossomal (rRNA) - componentes estruturais de ribossomos RNA mensageiro (mRNA) - intermedirio RNA transferncia (tRNA) - molculas adaptadoras que traduzem informao do mRNA em amino cidos snRNA, microRNA, etc

Dogma Central

cidos Nucleicos
RNA e DNA Unidades: Pentose (5 C) Base nitrogenada pirimidinas purinas Fosfato - C - 5

Nucleotdeos
Base nitrogenada + Pentose + Fosfato Nucleosdeo = Base nitrogenada + Pentose

Pentoses
Ribose em RNA 2-deoxi-ribose em DNA b-furanose

Nucleotdeos
Base nitrogenadas Pirimidina: Timina, Uracil e Citosina Purina: Adenina e Guanina

cidos Nucleicos
Numerao: Pentose = Carbonos 1 a 5 Base nitrogenada pirimidinas = 1 a 6 purinas = 1 a 9 Ligao pentose pirimidina C 1 N-1 pentose purina C 1- N-9 Fosfato 5: mono-, di-, tri- = fsforo a b g
a = ligao ster (baixa energia) b g = ligao fosfoanidro (alta energia)

Nucleotdeos
Base
Adenina Guanina Citosina Timina Uracil

Nucleosdeo
Adenosina Deoxiadenosina Guanosina Deoxiguanosina Citidina Deoxicitidina Timidina Uridina

Nucleotdeo
Adenilato Deoxiadenilato Guanilato Deoxiguanilato Citidilato Deoxicitidilato Timidilato Uridilato RNA DNA RNA DNA RNA DNA DNA RNA

Bases modificadas

Bases modificadas

Ligao Fosfodiester Polaridade 5 -> 3

pH 7 = fosfatos c/ carga negativa neutralizados por interaes inicas com ptn, ions, poliaminas

Estrutura do DNA
2 cadeias independentes Dupla hlice, sentido direito Hlices anti-paralelas Complementariedade das bases Eixo externo hidroflico - deoxiribose + fosfato Bases hidrofbicas (planas) no interior Bases ligadas pontes de H + empilhadas (stacking) Major groove e Minor groove (ondulao)

Estrutura do DNA
Bases hidrofbicas, relativamente insolveis em gua pH neutro > solublidade em pH + cido ou + bsico interaes hidrofbicas por empilhamento (base stacking) - duas bases planas sobrepostas stacking funo de fora van der Waals e interao dipolo-dipolo entre bases minimiza contato com gua

Estrutura do DNA
Estabilidade da estrutura secundria:
1. Pontes de H pareamento Watson e Crick funo de forma tautmero distncia correta entre C-1 -> A -T e G - C 2. Interaes hidrofbicas
1. Empilhamento (base stacking) = interao de nuvens de eltrons p

2. Hidrofobicidade (cavitation energy) = quebra de pontes de H da gua fora bases internamente

Estrutura do DNA
Pareamento de bases crtico:
1. Biolgico replicao, transcrio, controle expresso gnica 2. Anlise Hibridizao, PCR, microarranjo, seqenciamento

Propriedades de Nucleotdeos
molculas altamente conjugadas afetando estrutura, distribuio de eltrons e absoro de luz UV molculas planas (pirimidina) ou quase (purina) absorbncia mxima - cerca 260 nm

Espectro de absorbncia de nucleotdeos

Qumica de cidos Nucleicos

Estabilidade do DNA - depsito gentico! Propriedades Desnaturao = separao da dupla fita
quebra das pontes de H causado por calor ou pH (e protenas in vivo)

Renaturao ou anelamento
decrscimo da temperatura ou pH

Alterao na Absorbncia (UV) Abs 260 nm

hipocromicidade: renaturao hipercromicidade: desnaturao

Desnaturao Calor melting pH extremos DNA em pH 12

cido - hidrolisa DNA e RNA Base hidrolisa RNA

Desnaturao e renaturao do DNA

Processo de desnaturao altera Absorbncia

Perda de stacking aumenta Abs 260 nm DNA fita simples hidroxiapatita e S1 nuclease Alterao Hipercrmica aprox. 30% maior

Cintica de Renaturao
1. Soluo de DNA aquecida lentamente 2. Medir Abs260nm 3. Grfico Abs x Temperatura 4. DNA desnatura em faixa estreita de ToC de forma cooperativa = Tm
DNA RNA Tm = temp. 50% DNA desnaturado Tm = funo de [sais] Conceito usado em sondas e primers (estringncia)

Cintica de Renaturao
Renaturao no apenas reverso de desnaturao! ocorre naturalmente 5 10oC abaixo Tm - Renaturao = funo de [DNA] freqncia de bases complementares se encontrarem - Depende de complexidade do genoma
Genoma no retorna a Abs260nm original Genoma fragmentado renatura completamente

Renaturao = funo tamanho e complexidade do genoma Afetado concentrao de sais e temperatura

Taxa de Renaturao - Funo do tamanho do genoma - Genoma menor renatura mais rapidamente

Curvas CoT C/Co = 1/(1 + kCoT)

C = [ssDNA] Co = [DNA] K = constante da taxa de reassociao T = tempo

Cintica de Renaturao
Temperatura de desnaturao = Tm Permite estimar tamanho de genoma (CoT)1/2 Complexidade do Genoma
Funo: composio G+C

soma dos comprimentos das seqncias nicas mais as unidades de comprimento de cada famlia de seqncias repetitivas Seqncias nicas componente cintico nico > componente cinticos genoma complexo

Curva Cot Cebola

Fold-back

Highly Repetitive

Medium Repetitive

Single/Low copy

Cintica de Renaturao
Complexidade de Seqncia: grupo mnimo (em pb) que define o genoma; Valor Cot: definido como o produto da concentrao de nucleotdeos em moles por Litro (Co) e seu tempo de renaturao (t); Componente Cintico: grupo de seqncias genmicas que exibem propriedades de renaturao similares, e consequentemente aparecem como regio sigmoidal distinta na curva Cot.

Nmero de clones necessrios para 99% certeza que todas as seqncias esto presentes Z = tamanho mdio inserto (pb) G = tamanho 1 C do genoma (pb)

Nmero de clones necessrios para 99% certeza que todas as seqncias esto presentes considerando as fraes de componentes cinticos (a, b, c e f)

Artigos publicados sobre cintica de reassociao

RNA
1961 - Jacob & Monod -> RNA intermedirio
RNAs ocorrem no ncleo e citoplasma

mRNA
monocistrnico - eucariotos policistrnico - procariotos

rRNA tRNA

rRNA em Ribossomo

tRNA

Hidrlise espontnea de RNA em condies alcalinas

Estrutura de RNA
mRNA -> fita simples
tendem a assumir conformao helicoidal direita dominada pelo emplihamento das bases (pur-pur) auto-complementariedade - estrutura mais complexas pareamento: A-U, G-C e G-U! estrutura 3ria funo de seqncia (~ a ptn)
interaes com grupo OH de C-2 formas A e Z, mas no ocorre forma B!

rRNA tRNA

Qumica de cidos Nucleicos

Transformaes no -enzimticas
desaminao - perda de grupo amina
alteraes espontneas, baixssima taxa perda de amina por C -> U reconhecido em DNA taxa 10-7 24 h-1 DNA - possui T ao invs de U!

Qumica de cidos Nucleicos

Transformaes no -enzimticas hidrlise da ligao N-b-glicosidil entre base e pentose ou Depurinao
ocorre mais para purinas acelerado em meio cido

Qumica de cidos Nucleicos

Transformaes no enzimticas radiao UV
condensao de 2 etilenos em ciclobutano DNA - 2 pirimidinas (T) adjacentes -> dmeros

agentes ambientais
deaminanntes
alquilantes