Teora de Funcionales de la Densidad (DFT)

Densidad electrnica:
nmero de e
-
por unidad de volmen en un estado dado
( )
2
1
N
i
i
r
=
= +

( ) ( )
r d r N =
}
( )
r x, y,z
Los mtodos DFT se basan en la premisa de que la energa de una molcula
puede determinarse a partir de la densidad electrnica en lugar de usar la funcin
de onda
( )
E f =
Funcional:
una funcin de una funcin
( ) ( ) ( )
F g f g r f = = ( )
g f r =
La E es un funcional de la
| |
F g nmero =
Teora de Funcionales de la Densidad (DFT)
P. Hohenberg, W. Kong, Phys. Rev. 1964, 864, B136.
Demostraron que la E y otras propiedades de cualquier sistema qumico
estn univocamente definidos por la densidad electrnica
No dan idea de la forma matemtica
Teoremas de Hohenberg y Kohn:
1. El potencial electrnico externo, u (r
i
), de un sistema con N e
-
est
determinado unvocamente por su (r) + una constante
( )
a
i
a
ia
Z
r
r
u =

Potencial debido a los ncleos de

carga Z, que actan sobre el electrn i
2. Para toda densidad de prueba, tal que y
Se cumple que
( )
r 0 ( )
}
r dr = N
( )
0
E E r s (

W. Kong, L. J. Sham, Phys. Rev. 1965, 1133, A140.
Mostraron como se puede obtener la a partir de la solucin de un
conjunto de ecuaciones tipo HF y presentaron la relacin matemtica
entre E y
Sistema de referencia (s) con
e
-
que no interactuan:
( )
1
2
1
2
s
i
i s i
n
r

H u
=
(

(

V = +

KS
i

h
Hamiltoniano Kohn-Sham unielectrnico
Sistema real con
e
-
que s interactuan:
( )
1
n
i ee
i

H T r V

u
=
= + + (

Teora de Funcionales de la Densidad (DFT)

( ) ( ) ( )
xc ee
E T V = A +A ( )
1
2
Total
s electrnica Coulombica
e ne ee xc
E T V V E = + +
( )
( ) ( )
1 2
1 2
12
1
2
s
ee ee
T T T
r r
V V dr dr
r


A =

`
A =

)
}}
La calidad de los resultados DFT depende de cmo se defina el trmino V
xc
| |
| |
xc
xc
E
V



c
=
c
Teora de Funcionales de la Densidad (DFT)
C X XC
E E E + = ( ) | | r F E
XC
=
Generalized Gradient Approximation (GGA)
Toma en cuenta la densidad electrnica y su gradiente (variacin de
la densidad con la posicin.
Funciona bien para slidos y para molculas
( ) ( )
}
= dr x g r E
GGA
X
3 / 4

3 / 4
V = x
Local Density Approximation (LDA)
La densidad se modela como la de un gas electrnico homogneo con
densidad electrnica
Funciona bien para slidos pero no para molculas
( )
}
= dr r c E
X
LDA
X
3 / 4

(subestima 10%)
3 / 1
4
3
2
3
|
.
|

\
|
=
t
X
c
Si:
( )
3 / 1
4
3
2
3
|
.
|

\
|
= =
t
o x g
LDA
X
GGA
X
E E =
Funcionales de Intercambio, E
x
:
-Slater (LSDA): coeficiente terico, Local, (< 10%)

-Xa: coeficiente emprico, se usa cuando no se incluye E
c ,
Local



-Becke88: Local + correcciones que incluyen gradiente
-Perdew-Wang 91: incluye gradiente, mejora a Becke88 para lmites de
pequeas y grandes x
( )
( )
... 6
sinh 6 1
4 2 2
1
2
88
+ =
+
=

x b bx
x bx
bx
x g
Becke
o
o
( ) ( )
2 1
1 ln sinh x x x + + =

-Barone: Modificacin de PW91, gradiente (diferentes valores de los parmetros)

( )
( )
( )
.... 00375 . 0
/ 10 sinh 6 1
10
4 2
4 6 1
4 6 6455 . 1 2 2
91
2
=
+

=


x x
x x bx
x e x b bx
x g
x
PW
| o
o
|
o
3 / 4
V = x
-Gill96: Incluye gradiente
( )
2 / 3 96
bx x g
G
=o
( )
}
|
.
|

\
|
= dr r E
LDA
X
3 / 4
3 / 1
4
3
2
3

t
( )
}
|
.
|

\
|
= dr r b E
X
X
3 / 4
3 / 1
4
3
8
9

t
o
Funcionales de Correlacin, E
c
:
-VWN: Vosko, Wilk, and Nusair, Local Spin Density (LSD) Correlation
-LYP: Lee, Yang, and Parr, Local y Gradiente
-Perdew81: Local
-Perdew86: Local + correcciones de gradiente
-PW91: Perdew-Wang, incluye correcciones de gradiente
-Becke96: incluye correcciones de gradiente
Contiene la parte no coulmbica de V
ee
+ la diferencia entre T y T
(s)
Op
C C C C
E E E E
oo ||
= + +
| |
( ) ( )
( )
( )
( )
2
2
0 0 1 1 0
0
2 2
2
2 2
VWN
C
x x b x bx x b Q Q
A ln tan ln tan
X x Q x b X x X x Q x b
c

(
+

= + + (
`
+ +
(

)
0
x ,b,c
son parmetros
( ) ( )
1 2
2 2 1 2
4
/
/
X x x bx c Q c b x = + + = =
( )
( )
11
1 3
8 3 8 3
2
2
2 2
2 2
2 2 2
2
3
2 2 2
4
1
47 7 5 1
2
18 18 2 18
11 2 2 2
9 3 3 3
LYP
C
/ /
F
/
/
E a
d
ab C
o |
o | o | o
|
o
o | o o
|
| |

e o o
o

=
+

| | | |
+

| |
\ . \ .

(
| |
| | | |
+ + +
` (
V V + V
V
| | |
\ . \ . ) \ .
V V
+
V V
}
}
a, b, c, d parmetros
( )
1 3
1 3
2 3
11 3 1 3 2
1 3 1 3
3
3
1 1 10
/
c /
/
/ /
F / /
e d
c C
d d

e o t

= = + =
+ +
Funcionales ms comunes:
B3LYP: Funcional Hbrido
( ) ( )
VWN
C
LYP
C
Becke
X
HF
X
Slater
X
E C CE BE E A AE + + + + 1 1
88
A, B y C son parmetros obtenidos empricamente de modo que los
resultados ajusten 56 energies de atomizacin, 42 potenciales de ionizacin,
8 afinidades protnicas, y 10 energas atmicas correspondientes a
elementos de la 1ra fila
A=0.80, B=0.72 y C=0.81
( )
86 88
1
P
C
VWN
C
Becke
X
HF
X
Slater
X
CE E BE E A AE + + + +
B3P86: Funcional Hbrido
A, B y C = B3LYP, la E
c
no-local correspondiente a Perdew86
( )
91 88
1
PW
C
VWN
C
Becke
X
HF
X
Slater
X
CE E BE E A AE + + + +
B3PW91: Funcional Hbrido
A, B y C = B3LYP, la E
c
no-local correspondiente a Perdew-Wang 91
B1B96: Funcional Hbrido, de un solo parmetro
c
op
= 0.0031 c
oo
= c
||
= 0.038
Funcionales ms comunes:
BHandHLYP: Funcional Hbrido,
88
0 5 0 5
0 5 0 5 0 5
HF LSDA LYP
X X C
HF LSDA Becke LYP
X X X C
. E . E E
. E . E . E E
+ +
+ + +
Funcionales definidos por el usuario:
( )
2 1 4 3 6 5
HF Slater no local Local no local
X X X C C
PE P PE PE PE PE

+ + + +
Ventajas con respecto a clculos ab-initio

La funcin de onda de un sistema de N electrones tiene 3N variables
La densidad electrnica tiene 3 variables (x,y,z) para cualquier sistema sin importar
su tamao DFT reduce considerablemente el costo computacional
(N
3
mx, MP2: N
4
, CI: N
6
N
7
).

Se obtienen propiedades de significado qumico como electronegatividad (potencial
qumico), dureza (blandura), funciones de Fukui, etc
Desventajas con respecto a clculos ab-initio

No existe una forma universal conocida para expresar la E como funcional de la
densidad. La estrategia a seguir es emplear aproximaciones, pero no hay un modo
sistemtico de mejorar los resultados obtenidos ( a diferencia de ab-initio).

DFT est formulada para sistemas en su estado base, por lo que su extensin a
estados excitados no es obvia.
Teora de Funcionales de la Densidad (DFT)
Mtodos Semiempricos
-Usan Hamiltoniano () y funciones de onda (+)
-Base mnima (STO)
-OM-CLOA
-No se incluyen los electrones internos
-Parte de la data necesaria para describir adecuadamente el sistema se omite o
se aproxima
-Se usan parmetros para suplir esta informacin
-Los parmetros se obtienen ajustando para reproducir valores experimentales
o ab-initio de un conjunto de molculas
Geometras
Calores de formacin
Momentos dipolares
Potenciales de ionizacin
Propiedades espectrales (algunos)
Ventajas:
Mucho ms rpidos que ab-initio
Desventajas:
Valores aproximados
Si el sistema difiere mucho del conjunto de molculas usado en el
proceso de parametrizacin, los resultados pueden ser malos
Mtodos Semiempricos
Hckel: -Es el ms simple de todos
-slo modela los e
-
de valencia de sistemas conjugados planos
-OM

-CLOA
-usa un parmetro para describir los enlaces

-refleja la simetra orbital y predice coeficientes orbitales
-se puede calcular E deslocalizacin, densidad electrnica ,
Carga efectiva, orden de enlace, ndice de valenca libre
-actualmente no se usa
Hckel extendido: tight binding calculation
-Modela todos los orbitales de valencia basado en el solapamiento y
en potenciales de ionizacin y afinidades electrnicas experimentales
-se pueden modelar todos los elementos de la TP

-se obtienen resultados cualitativos
-se usa para describir sistemas muy grandes o con elementos no
incluidos en otros mtodos
-para obtener estructura de bandas
-extremadamente rpido
-geometras pobres
Mtodos Semiempricos
PPP (Pariser-Parr-Pople): mejora al mtodo de Hckel
-incluye algunas repulsiones electrnicas, distingue singlete de triplete
+
|+ |
-Las integrales correspondientes a e- internos se calculan a partir de
frmulas empricas aproximadas
-Las integrales correspondientes a repulsiones electrnicas de 2 centros se
evalan a partir de frmulas semiempricas
-Las integrales bielectrnicas de 1 centro se calculan como la diferencia
entre potencial de ionizacin y afinidad electrnicas atmicas, obtenidas de
data espectroscpica
-Permite incluir CI de los electrones

-permite obtener espectros electrnicos de buena calidad para
hidrocarburos armaticos
-practicamente no se usa en la actualidad
-sus aproximaciones son usadas para evaluar integrales en los mtodos
semiempricos actuales
Mtodos Semiempricos
CNDO (Complete Neglect of Differencial Overlap)
-Usa base mnima de OA de valencia STO con exponentes orbitales fijos
-Desprecia las integrales de solapamiento (Todas)
-Retiene solamente las integrales de repulsin bielectrnicas de 1 y 2 centros
-Considera que las integrales de repulsin electrnicas slo dependen de en qu tomos
estn centrados los orbitales
Todas las } de un centro sobre el mismo tomo A tiene = valor
Todas las } de 2 centros sobre los mismos tomos A y B tienen = valor
-Las interacciones de atraccin entre e- en el tomo A y el ncleo B, este se modela
como una carga puntual de carga = coreB
(sobreestima interacciones de 2 fragmentos )
CNDO/1: Parametrizacin original
CNDO/2: Mejora de la parametrizacin original
CNDO/S: Reparametrizacin para reproducir mejor los espectros
electrnicos,
peores geometras
INDO (Intermediate Neglect of Differencial Overlap)
-Similar al CNDO pero considera algunas integrales ms
-Desprecia los trminos de solapamiento de 1 centros en las } de 2 ms
centros pero los retiene en las de 1 centro
-resulatdos cualitativos, actualmente en desuso
INDO
INDO/S
MINDO/2
MINDO/S
Mtodos Semiempricos
Teoras tipo Dewar
-Tratan las molculas como un conjunto de electrones de valencia y cores atmicos
(core = ncleo + e
-
internos)
-Las integrales de repulsin electrnica de 1 centro (ERI) se toman como parmetros
cuyos valores se escogen de forma que ajusten a los datos de niveles de energa
atmicos experimentales
-Las ERI de 2 centros se calculan a partir de las de 1 centro y las distancias
internucleares a travs de una frmula aproximada que puede incluir parmetros
-Las integrales restantes se evalan a partir de frmulas aproximadas que contienen
parmetros
-Las teoras tipo Dewar se parametrizan de modo que den buenos valores de entalpas
de formacin estndar en fase gaseosa
( )
0
298 f ,
H A
( )
( )
( )
( )
0 0 0
298 298 298
1
N
g g
f , f , i f ,
i
H H A H M
=
A = A A

Para determinar los valores de los parmetros se eligen una serie de elementos y unas
pocas docenas de molculas que los contienen, para las cuales se conoce su geometra y
momento dipolar y se varan los parmetros de modo que se minimicen las sumas
ponderadas de los cuadrados de los errores en calores de formacin, geometras y
momentos dipolares:
( )
2
i i ,calc i ,exp
i
W Y Y

donde W
i
son los factores de peso que determinan la
importancia relativa de las propiedades Y
i
MINDO/3 (Primera teora tipo Dewar de utilidad)
Mtodos Semiempricos
Parametrizada para C, H, O, N, B, F, Cl, Si, P y S usando compuestos
formados por C, H, O, N
Se obtienen errores promedio de:
11 kcal/mol en calores de formacin
0.022 en longitudes de enlace
5.6
o
en ngulos de enlace
0.49 D en momentos dipolares
0.7 eV en energas de ionizacin

Grandes errores en:
calores de formacin de compuestos con anillos pequeos
compuestos con triple enlace, aromticos, compuestos de Boro
y molculas con tomos con pares libres
Basada en la aproximacin INDO
No cumpli las expectativas
Mtodos Semiempricos
MNDO (Modified Neglected Diatomic Overlap)
Basado en NDDO (Neglected Diatomic Diferential Overlap)

NDDO desprecia solamente el solapamiento entre orbitales atmicos
centrados en diferentes tomos
MNDO parametrizado para C, H, O, N, B, F, Cl, Si, P, S (MINDO/3)
Li, Be, Al, Ge, Sn, Pb, Br, I, Zn, Hg

Para la misma muestra de compuestos formados por C, H, O, N
Da mejores resultados que MINDO/3:
AM1 (Austin Model 1)
-Parametrizado para los mismos elementos que el MNDO
-Los exponentes orbitales de valencia
s
y
p
(STO)
correspondientes al mismo tomo pueden ser diferentes
-Se modific la expresin de repulsin core-core conteniendo 2, 3
4 trminos gausianos por tomo, dependiendo de tomo implicado
(y se reparametriz)
-No describe bien piramidalizacin N enlaces peptdicos
Mtodos Semiempricos
PM3 (Parametric Method 3)
Se diferencia de AM1 en:
-Las } de repulsin electrnicas monocntricas se toman como
parmetros a optimizar (en lugar de obtenerlas a partir de datos
espectrales atmicos)
-La funcin de repulsin core-core contiene 2 trminos gausianos
por tomo para todos los tomos
MNDO parametrizado para:
C, H, O, N, B, F, Cl, Si, P, S, Li, Be, Al, Ge, Sn, Pb, Br, I, Zn, Hg
As, Sb, Bi, Se, Te, Ga, In, Tl, Mg, Cd

-Tiende a describir N siempre piramidal NO
2
Ms usados
Comparacin de Errores (por elemento)
Mtodos Semiempricos
Mecnica Molecular (MM):
No es un mtodo mecnico cuntico !
No trata con , funciones de onda ni densidades electrnicas
-Modela los sistemas moleculares como compuestos por tomos que se mantienen unidos
por enlaces caracterizados por parmetros como tensin de enlace y flexin de enlace
-Permite interacciones entre tomos no enlazados
-Trabaja con una expresin de E potencial que depende de las posiciones atmicas
-Minimizando esta energa para varios confrmeros moleculares predice geometras de
equilibrio y energas relativas
-Son mucho ms rpidos que los mtodos MC, por lo que se pueden modelar compuestos
de hasta 1000 tomos
Los cambios de energa de las molculas se asocian con:
-estiramientos de enlace (V
ten
)
-flexiones de ngulos de enlace (V
flex
)
-flexiones fuera del plano (V
ffp
)
-torsiones en torno a los enlaces, rotac. Internas, (V
tor
)
-interacciones entre estos movimientos que provocan trminos cruzados (V
cruz
)
-atracciones y repulsiones de van der Waals, entre tomos no enlazados (V
vdW
)
-interacciones electrostticas entre tomos (V
el
)
Energa Estrica (V) = la suma de estas contribuciones:
ten flex ffp tor cruz vdW el
V V V V V V V V = + + + + + +
ten flex ffp tor cruz vdW el
V V V V V V V V = + + + + + +
Mecnica Molecular (MM):
Las expresiones utilizadas para c/u de los trminos en:
definen lo que se conoce como campo de fuerzas (CF) en MM

Un campo de fuerzas contiene expresiones analticas para c/ trmino
+ los valores de todos los parmetros que intervengan en ellas

Un CF asigna a c/tomo un nmero de posibles tipos de tomo
dependiendo del # atmico y el entorno molecular

Ejemplos (Carbono) : - C sp
3
(Hidrgeno) : - H unido a C
- C sp
2
- H unido a O
- C sp - H unido a N
- C carbonilo
- C aromtico
En MM adems de las cordenadas de c/ tomo hay que especificar qu tomos
estn enlazados entre s

Terminologa: 1,2 tomos enlazados 1,3 t separados por 2 enlaces
1,4 t sep. por 3 enlaces 1,n t separados por (n-1) enlaces
AMBER
CHARMm
MM2
Tensin (V
ten
)
Mecnica Molecular (MM):
Se calcula como la suma de las
V
ten
asociadas a cada par de
tomos enlazados en el sistema
molecular:
1 2
ten ten,ij
,
V V =

( )
2
0
1
2
ten,ij ij ij ij
V k l l =
Cada trmino de la puede calcularse
segn dif. Aprox.
La ms simple es el Oscilador Armnico:
( )
| |
2
,
0
1
ij ij
l l
e ij ten
e D V

=
o
Pero tambin puede modelarse como:
O potencial de Morse:
( ) ( )
2
0 0
1
1 2
2
ten,ij ij ij ij ij ij
V k l l l l
(
=

potencial cbico:
AMBER, CHARMm
MM2
Mecnica Molecular (MM):
Flexin (V
flex
)
Se calcula como la suma de las V
flex
asociadas a cada trio de tomos formando angulos
de enlace
flex flex,ijk
V V =

( )
2
0
1
2
flex,ijk ijk ijk ijk
V k u u =
( ) ( )
2 4
0 8 0
1
1 7 10
2
flex,ijk ijk ijk ijk ijk ijk
V k u u u u

(
=
(

La ms simple, potencial armnico
AMBER and CHARMm
Potencial de 6
to
orden:
MM2
Mecnica Molecular (MM):
Torsin (V
tor
)
Se calcula como la suma de las V
tor
asociadas a cada par de tomos 1,4
Ej. En H
3
C-CH
3
c/u de los tomos de H enlazados al C de la
izquierda tiene una relacin 1,4 con c/ H de la derecha, dando 9
trminos de torsin
1 4
tor tor,ijkl
,
V V =

( ) | |
0
,
cos 1
2
1
ijkl ijkl n ijkl tor
n V V | | + =
donde n = # de mn. en 360
o
|
0
determina las posiciones de los mn
( ) ( ) ( ) | | | | | 3 cos 1 2 cos 1 cos 1
2
1
3 2 1 ,
+ + + + = V V V V
ijkl tor
V
n
, V
1
, V
2
y V
3
= parmetros que dependen de los tipos
de tomos
AMBER
MM2
( )
, 1 2
1
cos
2
tor ijkl ijkl
V V V n|
(
=

CHARMm
Mecnica Molecular (MM):
Flexin fuera del plano (V
ffp
)
Involucra cuartetos de tomos ijkl, de modo que forman 3 angulos: ijk, ijl y jkl
Es una medida de la energa necesaria para mover al tomo j con respecto al
plano ikl
ffp ffp,ijkl
V V =

( )
2
0
1
2
ffp,ijkl ijkl ijkl ijkl
V k _ _ =
La ms simple, potencial armnico
Serie de Fourier, generalmente de orden 2:
( ) | |

=
+ + =
2
1
cos 1
2
1
n
n n ffp
n V V o _
o
n
se escoge de modo que para
valores positivos de V
n
, la funcin
tenga mnimo en 180
o
Trminos cruzados (V
cruz
)
Mecnica Molecular (MM):
Incluyen interacciones entre los movimientos de tensin, flexin y torsin

Ejemplo: tensin-flexin
( )
12 1 2
1
2
cruz
V k l l u = A + A A
Al
1
= variacin de longitud del enlace 1
Al
2
= variacin de longitud del enlace 2
Au = variacin del ngulo u
MM2, MMFF94:
solamente incluyen interacciones tensin flexin

AMBER, CHARMm, DREIDING, UFF y TRIPOS:
No incluyen trminos cruzados

MM3 y MM4:
Incluyen tensin-flexin, flexin-flexin y tensin-torsin
Mecnica Molecular (MM):
Interacciones electrostticas (V
el
)
En general se toma como la suma de las interacciones electrostticas de todos los pares
de tomos, excepto pares 1,2 y 1,3
1 4
el el ,ij
,
V V
>
=

Y para calcular cada V

el, ij
se asignan cargas atmicas parciales (Q) a los tomos y
luego se emplea la expresin de Coulomb:
i j
el ,ij
r ij
QQ
V
R c
=
c = cte. dielctrica
Para obtener las Q se usan diferentes mtodos:
Ejemplo, MMFF94:
i i , formal ki
Q Q w = +

Q
i, formal
= se obtienen de las estructuras de Lewis
(diviendo los e- de cada enlace por igual entre los tomos enlazados)

w
ki
= parmetro que representa la contribucin de la carga al tomo i procedente
del enlace entre los tomos i y k

Sus valores se obtienen por ajuste de mnimos cuadrados de modo que se
reproduzcan los momentos dipolares (HF/6-31G*) de varios cientos de mlculas
Mecnica Molecular (MM):
Interacciones de van der Waals (V
vdW
)
Conocidas tambin como interacciones no enlazantes
El trmino V
vdW
se toma como la suma de las interacciones entre todos los pares de
tomos 1,4; 1,5; 1,6 .
1 4
vdW vdW,ij
,
V V
>
=

Cada trmino V
vdW, ij
incluye las atracciones debidas a las fuerzas
dispersivas de London y las repulsiones de Pauli principalmente
12 6
ij ij
vdW ,ij
ij ij
A B
V
r r
=
Lennard-Jones
CHARMm
12 6
2
vdW vdW
vdW ,ij ij
ij ij
R R
V k
r r
(
| | | |
(
=
| |
| |
(
\ . \ .


AMBER
6
12 5
5
2 9 10 2 25
ij
r
.
R
vdW ,ij ij
ij
R
V k . e .
r

(
| |
(
=
|
|
(
\ .

MM2
Mecnica Molecular (MM):
Trminos de Campos de Fuerza ms comunes:
Mecnica Molecular (MM):
Qu propiedades se pueden modelar con MM?
Geometras
Diferencias de energas (Confrmeros)
Interacciones intermoleculares e intramoleculares
Qu tal funciona la MM?
Si se aplican campos de fuerza bien parametrizados a compuestos
similares a los usados en la parametrizacin!
MM1, MM2, MMF, TRIPOS: molculas organicas

AMBER, CHARMm, GROMOS: protenas y cidos nucleicos

UFF: sistemas inorgnicos (sin modificacin de parmetros)

UFF, DREIDING: toda la TP
MUY RAPIDO
Qu NO se puede modelar con MM?
Reacciones qumicas !
Mtodos QM/MM:
Mtodos mecnico cunticos (QM)
-Pueden tratar reacciones qumicas
-No pueden tratar sistemas muy grandes
Mtodos de mecnica molecular (MM)
-No pueden tratar reacciones qumicas
-Pueden tratar sistemas muy grandes
QM/MM
Parte del sitema ms
involucrada en la
reaccin
Resto del sistema
Parte ms alejada del
sitio de reaccin
Ejemplos:
Solventes
Sitios activos en sistemas biolgicos
Reglas de particin:
-Cualquier enlace que se est formando o rompiendo tiene que estar en la regin QM
-Cualquier regin que sufra cambios de hibridacin tiene que estar en la regin QM
-Las regiones aaromticas del sistema deben quedar completas en una regin
-Cuando hay efectos importantes 1,2; 1,3; 1,4; los tomos involucrados deben quedar en
una regin
-Tener en cuenta que QM/MM no permite transferencias de cargas entre diferentes regiones
IMOMM
IMOMO
ONIOM
Dinmica Molecular :
Tiene en cuenta la evolucin de los sistemas qumicos en el tiempo.
Necesita expresiones de Energa (generalmente usa MM)
Pasos en una simulacin con Dinmica Molecular:
1. Escoger las posiciones iniciales de los tomos. Se parte de geometrias no
necesariamente optimizadas. Ej: sistemas en solucin, molcula de soluto en el
centro de un conjunto de molculas de solvente (distribucin solvente puro)
2. Escoger un conjunto de velocidades atmicas iniciales. Que en general
obedecen la ley de distribucin de Boltzman con la T. Luego se
normalizan de modo que el momento total del sistema sea =0
3. Calcular el momento lineal de cada tomo, a partir de sus masas y
velocidades
4. Calcular las fuerzas sobre cada tomo. Usando las expresiones de E (campos de
fuerza de MM)
5. Calcular nuevas posiciones para los tomos un corto tiempo despus. Para lo
cual se utilizan las ecuaciones de movimiento de newton
( )
/
1
B
E k T
f E
Ae
=
p m v =
En la ausencia de fuerzas, todo cuerpo contina en su estado de reposo o de movimiento
rectilneo y uniforme respecto de un sistema de referencia
La variacin del momento lineal de un cuerpo es proporcional a la resultante total de las
fuerzas actuando sobre dicho cuerpo y se produce en la direccin en que actan las fuerzas.
Por cada fuerza que acta sobre un cuerpo, ste realiza una fuerza igual pero de sentido
opuesto sobre el cuerpo que la produjo
6. Calcular nuevas velocidades y aceleraciones para los tomos
7. Repetir 36 hasta equilibrio (no significa configuracin de < E, sino de E en mejor
concordancia con la del sistema a una T dada)
Dinmica Molecular :
8. Una vez alcanzado el equilibrio se comienzan a guardar las coordenadas atmicas
cada cierto nmero de iteraciones (Trayectoria)
9. Se analizan las trayectorias para obtener informacin sobre el sistema (funciones de
distribucin, movimientos vibracionales, etc.)
Para que este esquema funcione es necesario que el campo de fuerzas haya sido
diseado de modo que describa fuerzas moleculares y vibraciones fuera del equilibrio

Para estudios conformacionales suele utilizarse un campo de fuerzas diseado para
optimizaciones de geometra
Algunas aplicaciones:

Estudios conformacionales de pptidos, protenas y ADN
Estudios de solventes puros
Estudios de interacciones soluto solvente
etc
Simulaciones Monte Carlo :
Se basan en muestreos aleatorios, distribucin estadstica
Pasos en una simulacin Monte Carlo:
1. Escoger conjunto de posiciones atmicas iniciales
2. Calcular la E correspondiente
3. Escoger al azar un movimiento de prueba
4. Calcular la E en la nueva configuracin
5. Decidir si la nueva configuracin es aceptable y consevarla o desecharla
6. Repetir de 35 hasta alcanzar el equilibrio
7. Continuar iterando y colectando datos para calcular la propiedad deseada
Requiere menos tiempo de cmputo que dinmica molecular para sistemas de igual tamao
No proporciona informacin dependiente del tiempo, como viscosidad o coeficientes de
difusin
( )
2
sinh
x x
e e
x

=
Seno hiperblico
h arcsin sinh
1
=

( )
( ) ( ) y y x
x y
1
sinh h arcsin
sinh

= =
=
( ) ( )
2 1
1 ln sinh x x x + + =

( ) ( ) ...
96
5
32
3
4
1
ln 2 ln sinh
6 4 2 1
+ + =

x x x x x
( ) | |
( )
2
1
1
1 sinh
x
dx
x d
+
=

Polinomio Legendre
Serie Maclaurin
( ) ...
1152
35
112
5
40
3
6
1
sinh
7 5 3 1
+ + =

x x x x x
Spin polarization is the degree by which the spin, i.e. the intrinsic angular
momentum of elementary particles, is aligned to a given direction
Fuerzas de London Son tambin llamadas fuerzas de dispersin. Existen en todas
las molculas polares o no polares, debido a que se deben a las deformaciones
transitorias de las nubes electrnicas, que originan un dipolo inducido o transitorio.
Debido a que los electrones estn en continuo movimiento, en algn momento
puede haber mayor densidad electrnica en una zona de la molcula que en otra,
con lo que se genera un polo negativo y un polo positivo transitorios, es decir un
dipolo inducido. Este dipolo induce, a su vez, la formacin de dipolos en las
molculas vecinas. La magnitud de las fuerzas de London depende del nmero de
electrones involucrados. Cuanto mayor es la nube electrnica, mayor ser la
probabilidad de que se generen dipolos transitorios, porque aumenta la capacidad
de las molculas de polarizarse.
http://portellen.phycmt.dur.ac.uk/sjc/thesis_dlc/node71.html#sec:ff_form

( )
/
1
B
E k T
f E
Ae
=
k
B
(Constante de Boltzman)
=1.38 x 10
-23
J.grado
-1
Maxwell-Boltzman (Clsica)
Momento lineal:
P=m.v (masa . Velocidad)