Estructura y Función de

Nucleótidos y Ácidos
Nucleicos

Dr. Giuliano Bernal Dossetto

Departamento de Ciencias Biomédicas
Facultad de Medicina
Universidad Católica del Norte
 Introducción
Rol en el metabolismo celular:
2. Unen la respuesta celular a hormonas y a
otros estímulos.
3. Son componentes estructurales de diversas
coenzimas e intermediarios metabólicos.
4. Dan forma a los ácidos nucleicos: DNA y RNA
5. De su organización depende la diversidad
genética de los organismos vivos.
 Generalidades
 La secuencia aminoacídica de cada proteína y
la secuencia nucleotídica de cada RNA es
codificada a su vez por una secuencia en el
DNA celular.
 El almacenaje y transmisión de la información
biológica son las funciones del DNA.
 Un gen es por lo tanto un segmento de DNA que
codifica para un RNA o proteína.
 Los
RNA son mas diversos: tRNA, rRNA,
mRNA, ribozimas.
The Avery-MacLeod-McCarty experiment
(1944)
 Reglas de Chargaff
 La composición de bases del DNA generalmente varía
de una especie a otra
 Las muestras de DNA aisladas desde diferentes tejidos
de una misma especie poseen la misma composición de
bases
 La composición de bases del DNA de una especie dada
no varía con la edad del organismo, su estado
nutricional ni con diferentes medioambientes.
 En todos los DNAs celulares, independiente de la
especie, A=T y G=C.
The Hershey-Chase
experiment (1952)
 James Watson & Francis Crick,
Premio Nóbel de Medicina 1962

Rosalind Franklin
Maurice Wilkins
 Estructura
Los nucleótidos tienen 3 componentes
característicos:
 Base nitrogenada
 Pentosa
 Grupo fosfato

Las bases nitrogenadas derivan de dos

compuestos similares, pirimidina y purina.
La molécula sin el grupo fosfato se denomina
nucleósido.
Hydrolysis of RNA under alkaline conditions
 Enlaces fosfodiester unen los
nucleótidos en los ácidos nucleicos

 El enlace fosfodiester es un enlace covalente que une

nucleótidos en una cadena de DNA o de RNA.
 Este enlace forma puentes de grupos fosfato entre el
grupo 5’-hidroxilo de un nucleótido con el grupo
3’-hidroxilo del nucleótido siguiente.
 Todos los enlaces fosfodiester tienen la misma
orientación a lo largo de la cadena. Esta orientación es
5’-3’.
 Una cadena nucleotídica menor a 50 pb es denominada
oligonucleótido, y mayor a ella es denominada
polinucleótido.
 Phosphodiester linkages in the
covalent backbone of DNA
and RNA.

El esqueleto de ambas cadena es

hidrofílico, mientras que las bases
son levemente hidrofóbicas, por lo
que tienden a apilarse entre sí. De
esta manera evitan el contacto con
el agua.
 Endonucleasas y Exonucleasas
A pesar de la estabilidad del ADN, este es
degradado por dos grupos de enzimas.
 Las exonucleasas hidrolizan el enlace fosfodiester
del último nucleótido ya sea en el extremo 5’ o 3’.
 Las endonucleasas hidrolizan un enlace
fosfodiester al interior de la molécula. Por lo tanto
son capaces de degradar DNAs circulares.
 Lasendonucleasas de restricción reconocen
secuencias específicas de DNA antes de
hidrolizar.
Propiedades de las bases nucleotídicas

 Purinas
y pirimidinas libres son compuestos
débilmente básicos, por lo que son llamadas
bases.
 Ambas son moléculas hidrofóbicas y
relativamente insolubles en agua a pH
fisiológico. A pH ácido o básico las bases se
cargan y su solubilidad en agua aumenta.
 Los ácidos nucleicos se caracterizan por una
fuerte absorción a 260 nm.
Absortion spectra of the common nucleotides
Hydrogen-bonding patterns in the base pairs defined by
Watson and Crick
 Factores que estabilizan la doble
hélice de DNA
 El apilamiento de bases dentro de una hebra.
Interacciones hidrofóbicas y fuerzas de van der Walls.
 Puentes de hidrógeno entre bases complementarias.
 Cationes como Mg2+, spermine4+ y la cadena básica de
las proteínas, estabilizan al DNA, anulando la carga
negativa de los grupos fosfatos.
 Un agente denaturante tal como la urea es capaz de
desestabilizar la estructura del DNA interfiriendo con el
apilamiento de las bases más que interactuando con
puentes de hidrógeno.
 Denaturation and
Renaturation

Hipochromic effect: Stacked bases

and annealing
Hyperchromic effect: Denaturation
Relationship
between tm and the
G≡C content of
DNA
DNA hybridization
 Estructuras inusuales en
secuencias de DNA
 Palíndrome: Secuencia de DNA con bases
repetidas en secuencia inversa en ambas
hebras. Esta secuencia es autocomplementaria
por lo tanto puede formar estructuras en forma
de horquilla o cruz.
 Repetición especular: La secuencia repetida se
encuentra sobre la misma hebra de DNA. No
puede formar ninguna de las estructuras
anteriores.
 Agentes antitumorales que
cambian la forma del DNA
 La droga antitumoral cisplatina es usada en una serie de
tumores tales como testicular, ovárico, óseo y pulmonar.
 Esta molécula se entrecruza dentro del DNA induciendo su
doblamiento.
 La estructura del DNA inducido por cisplatina es reconocido
por la maquinaria de reparación del DNA (NER), así como por
proteínas no histónicas (HMG).
 Los procesos de Replicación y Transcripción son también
afectados por esta estructura.
 NER induce nicks en el DNA en su intento por reparar el
DNA, acumulándose más lesiones e induciendo la apoptosis
de la célula.
 Triple hebra de DNA
 Polinucleótidos como poli(dA) y poli(dT) son capaces de
combinar para formar estructuras en forma de triple
hélice. Las interacciones de apareamiento No-Watson-
Crick se denominan apareamiento de Hoogsteen.
 La presencia de Mg2+ estabiliza la triple hélice.
 Hélices intramoleculares pueden formarse por
interrupción de la doble hélice normal que posee
secuencias de repeticiones especulares.
 Muchas secuencias eucarióticas pueden formar triple
hélices, tales como las secuencias de polipurinas o
polipirimidinas. Estas regiones se conocen con el
nombre de DNA-H.
Enlace triple: Apareamiento de Hoogsteen
 Persistencia Hereditaria de
Hemoglobina Fetal
 Esta patología (HPFH) impide la inhibición de la síntesis
de hemoglobina fetal durante la vida adulta.
 Los pacientes son con frecuencia asintomáticos pero
algunos pueden presentar dolor musculoesquelético
moderado.
 La falla radica en que no es posible detener la
transcripción de los genes de globina Gγ y A γ, con lo
cual existen elevados niveles de hemoglobina fetal en el
paciente.
 Una mutación que impide la formación de triple hélice
alrededor de 200 pb río arriba del inicio de la
transcripción es la responsable.
 RNA: Estructura tridimensional
 Moléculas como tRNA y rRNA poseen una
estructura tridimensional mucho mas compleja.
 ElRNA es monocatenario, pero puede
autoaparearse.
 Apareamiento G:U no es poco común en el RNA
 Algunasenzimas poseen RNA con estructura
secundaria (RNAse P).
 Otros RNAs poseen actividad catalítica
(Ribozimas)
Posible estructura
de M1RNA
perteneciente a la
enzima RNAsa P.
Three-dimensional structure of
phenylalanine tRNA of yeast
A hammerhead ribozyme derived
from certain plant viruses
 Transformaciones de nucleótidos
bajo reacciones no enzimáticas
 Varias bases nucleotídicas sufren pérdida espontánea
de su grupo amino bajo condiciones celulares.
 Muchos de estos productos son corregidos por acción
de la maquinaria de reparación del DNA.
 La desaminación de C podría llevar a un aumento en la
transición G ≡ C a A = T
 La transición de C U responde al hecho de que el
DNA posee T en lugar de U.
Some well-characterized
nonenzymatic reactions of
nucleotides. Deamination
reactions
 Reacciones inducidas por radiación

 La luz UV induce la formación de dímeros en dos

timidinas adyacentes sobre la misma hebra.
 Otro tipo de dímero inducido por UV es el 6-4
fotoproducto.
 Los rayos X y γ pueden causar apertura del anillo y
fragmentación de las bases así como ruptura de los
enlaces covalentes del esqueleto polinucleotídico.
 Se estima que la radiación UV y la ionizante son
responsables del 10% de los daños producidos por
agentes medioambientales
A bend or kink in introduced into
the DNA on formation of a
cyclobutane pyrimidine dimer.
 Otros agentes químicos
 Precursores de ácido nitroso y agentes
alquilantes pueden alterar la estructura del DNA.
 Elácido nitroso es un potente inductor de
desaminación de las bases.
 Los agentes alquilantes pueden alterar ciertas
bases de DNA. Metilación de guanina inducida
por dimetilsulfato es un ejemplo de ello.
Dimethylsulfate can methylate
a guanine to yield O6-
methylguanine, which cannot
base-pair with cytosine
 Metilación del DNA
 Adenina y Citosina son principalmente metiladas por
enzimas.
 La metilación sólo ocurre en regiones determinadas del
DNA. En procariontes es un mecanismo que distingue el
DNA propio del foráneo.
 En células eucariontes el 5% de las citidinas está
metilada. Esta metilación es más frecuente en regiones
CpG.
 La metilación suprime la migración de fragmentos
denominados transposones.
 Regiones metiladas ricas en secuencias CpG favorecen la
estructura DNA-Z
Otras funciones de los nucleótidos

 Transporte de energía: ATP

 Coenzimas: NADH, FADH2
 Moléculas regulatorias: cAMP, cGMP
The phosphate ester and phosphoanhydride
bonds of ATP