BIOQUMICA

ING. FREDDY ENRQUEZ

Definicin
Utiliza las leyes bsicas de la Qumica, Biologa y Fsica. LA QUMICA DE LA CLULA VIVA LA BIOQUMICA ES EL ESTUDIO DE LAS MOLCULAS Y LAS REACCIONES QUMICAS DE LA VIDA CIENCIA QUE SE ENCARGA DE ESTUDIAR DESDE UNA PERSPECTIVA QUMICA LA ESTRUCTURA Y LAS FUNCIONES DE LOS SERES VIVOS

Historia
La bioqumica surgi como ciencia dinmica tan slo desde hace 100 aos. Para fines del siglo XIX se haban identificado numerosas sustancias qumicas producidas por los organismos vivos.
En 1828, Fiedrich Whler sintetiz el compuesto orgnico urea al calentar el compuesto inorgnico cianato de amonio. Los dos descubrimientos ms importantes en la historia de la bioqumica son: el descubrimiento de la funcin cataltica de las enzimas y la identificacin de los cidos nucleicos como molculas de informacin.

Eduard Buchner 1897

Emil Fischer James Watson y Francis Crick 1953

Importancia
1. Los estudios bioqumicos permiten una mejor comprensin de los procesos fundamentales de la vida.

Qu molculas primitivas estuvieron involucradas en el origen de la vida? Como se digiere el alimento para producir energa?

Como se transforma la energa lumnica en energa qumica en las plantas?

2. La bioqumica tiene una profunda influencia en muestro conocimiento de la medicina, la salud y la nutricin.

Entender a nivel molecular las enfermedades

La tecnologa del DNA recombinante

El estudio de las enzimas y el metabolismo

3. La biotecnologa, el empleo de clulas biolgicas, componentes celulares y procesos biolgicos para llevar a cabo operaciones tcnicamente tiles, tambin ha progresado gracias a los descubrimientos bioqumicos (Boyer, 2000).
El uso de enzimas para sintetizar medicamentos complejos

Manufactura de alimentos

Seleccin y modificacin de varias cepas de microorganismos

BIOLEMENTOS
La bioqumica se basa en el concepto de que todo ser vivo contiene carbono y en general las molculas biolgicas estn compuestas principalmente de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, fsforo y azufre.

C H

De los ms de 100 elementos qumicos, slo cerca de 28 (26%) se hallan en forma natural en las plantas y animales

Bioelementos principales [ 97% ]

Carbono Hidrgeno Oxgeno Nitrgeno

H
O N P

Fsforo
Azufre

Bioelementos principales [ 97% ]

Constituyen el 97 % de la materia viva

Carbono Hidrgeno Oxgeno Nitrgeno Forman parte de todas las biomolculas orgnicas
(Y tambin de molculas inorgnicas como el H2O, etc.)

H
O N P

Fsforo
Azufre

Bioelementos principales [ 97% ]

C Constituyen el 97 % de la materia viva

Carbono Hidrgeno Oxgeno Nitrgeno

H
O N P

Forman parte de todas las biomolculas orgnicas

(Y tambin de molculas inorgnicas como el H2O, etc.) Forma parte de

Fsforo
Azufre

Aminocidos (=> y protenas) cidos nucleicos (ADN y ARN) Nucletidos (como el ATP) Clorofila Hemoglobina Muchos glcidos y lpidos etc.

Bioelementos principales [ 97% ]

C Constituyen el 97 % de la materia viva

Carbono Hidrgeno Oxgeno Nitrgeno Forman parte de todas las biomolculas orgnicas
(Y tambin de molculas inorgnicas como el H2O, etc.) Forma parte de

H
O N P

Fsforo
Azufre
Forma parte de

Forma parte de

Nucletidos S Coenzimas Fosfolpidos etc. Molculas inorgnicas como fosfatos y sales minerales

Aminocidos (=> y protenas) cidos nucleicos (ADN y ARN) Nucletidos (como el ATP) Clorofila Hemoglobina Muchos glcidos y lpidos etc.

Cistena y metionina (dos aminocidos presentes en casi todas las protenas). Otras molculas orgnicas (p.ej. Vitaminas B, Coenzima A,)

Bioelementos principales [ 97% ]

Propiedades fisicoqumicas que los hacen tan adecuados para la vida:

-Forman entre ellos con facilidad enlaces covalentes, compartiendo pares de electrones. -Pueden compartir ms de un par de electrones => pueden formar enlaces dobles y triples => pueden formar muchos tipos de molculas diferentes. -Debido a la configuracin tetradrica de los enlaces del carbono, los diferentes tipos de molculas orgnicas tienen estructuras tridimensionales diferentes. Ello da lugar a la existencia de estereoismeros.

Bioelementos principales [ 97% ]

Propiedades fisicoqumicas que los hacen tan adecuados para la vida: -Forman entre ellos con facilidad enlaces covalentes, compartiendo pares de electrones. -Pueden compartir ms de un par de electrones => pueden formar enlaces dobles y triples => pueden formar muchos tipos de molculas diferentes. -Debido a la configuracin tetradrica de los enlaces del carbono, los diferentes tipos de molculas orgnicas tienen estructuras tridimensionales diferentes. Ello da lugar a la existencia de estereoismeros.

Estereoisomera

Estas dos molculas no son iguales (como tampoco lo son nuestras dos manos)

Bioelementos principales [ 97% ]

-Los enlaces carbono-carbono son muy estables, formando largas cadenas lineales, ramificadas, en anillo Tambin el C forma con facilidad enlaces estables con otros elementos, dando lugar a grupos funcionales (carboxilo, aldehdo, cetona). Todo ello contribuye a la enorme diversidad de molculas orgnicas. -C, H, O y N se hallan en los ss.vv. en estado reducido. Al oxidarse, gracias al O2 del aire, desprenden energa. Esta energa es aprovechada por los seres vivos.

Bioelementos secundarios [ 2,5 % ]

Ca
Forma parte del carbonato clcico (CaCO3)que es el componente principal de las estructuras esquelticas de muchos animales. En forma inica (Ca 2+ ) estabiliza muchas estructuras celulares, como el huso mittico, en interviene en muchos procesos fisiolgicos, como la contraccin muscular y la coagulacin de la sangre.
Forma parte de la molcula de clorofila. En forma inica acta como catalizador, junto con enzimas, en muchas reacciones qumicas de los organismos. Tambin estabiliza la membrana celular, los cidos nucleicos y los ribosomas.

Ca

Mg

Na

Cl

Mg

Na K Cl

Forman parte, como iones, de las sales minerales disueltas en el agua de los organismos. Intervienen directamente en muchos procesos fisiolgicos, como la transmisin del impulso nervioso. El K regula la apertura y cierre de los estomas de las hojas, siempre acompaado por el Cl.

Oligoelementos [ 0,5 % ]
[ del griego oligos = escaso]

Mn

Fe

Co

Cu

Zn

Si

Tanto su dficit como su exceso pueden producir graves trastornos en los seres vivos.

Mn

Fe

Co

Cu

Zn

Son los oligoelementos universales (presentes en todos los seres vivos)

Slo se encuentran en algunos grupos de seres vivos.

I
B V

F Si
Cr

Se
Mo
etc

Algunos ejemplos de las funciones que desempean:

Fe: Interviene en los procesos de respiracin celular y de fotosntesis. Forma parte de la hemoglobina. Mn: Activador de muchas enzimas. Indispensable para la fotosntesis. Co: Forma parte de la vitamina B12, necesaria para la sntesis de la hemoglobina. Zn: Esencial para la formacin de muchas enzimas de gran importancia.

BIOMOLCULAS

- Biomolculas inorgnicas

H2O Sales minerales Gases

- Biomolculas orgnicas

El agua aade belleza a nuestra vida, pero ms importante lo es para la matriz interna de las clulas vivas Boyer (2000)

EL AGUA
La vida depende de la presencia de agua: impregna todas las partes de la clula, constituye el medio en el que se realiza el transporte de nutrientes, las reacciones del metabolismo y la transferencia de energa qumica, etc. El agua es el componente mayoritario de los seres vivos, si bien el % no es el mismo en todos ellos, ni en las diferentes partes de un mismo ser. En general, cuanto mayor es la actividad metablica, mayor es el contenido en agua. Los rganos densos, con estructuras minerales, como huesos y dientes, tienen poco % en agua. La proporcin de agua puede variar a lo largo de la vida.

EL AGUA
Estructura de la molcula del agua
Esta estructura de polos se denomina dipolo permanente. Por ello se dice que el agua es una sustancia polar.

Unin de unas molculas de agua con otras: los PUENTES DE HIDRGENO

La naturaleza polar de las molculas de agua hace que el oxgeno de una molcula pueda interaccionar con el hidrgeno de otra, estableciendo lo que se denomina enlace o puente de hidrgeno. Este tipo de enlace es dbil, en comparacin con un enlace inico o covalente, lo que implica que puede formarse y deshacerse con facilidad. Una molcula de agua puede formar hasta 4 puentes de H con sus 4 molculas vecinas.

Propiedades fisicoqumicas del agua: importancia para la vida

-Regulacin de la temperatura -Capacidad disolvente -Densidad en estado slido -Cohesin y tensin superficial -Disociacin del agua
Estas y otras propiedades hacen del agua una sustancia ideal para la vida

Regulacin de la temperatura
El H2O tiene un elevado calor especfico. Esto significa que para aumentar la temperatura del agua un grado centgrado es necesario comunicarle mucha energa ( 1 calora para que 1 gramo de agua aumente su temperatura 1C ) para poder romper los puentes de Hidrgeno que se generan entre las molculas. EL H2O tiene un elevado calor de vaporizacin. Esto significa que para pasar al estado gaseoso (vapor) es necesario comunicarle mucha energa (580 caloras para un gramo de agua) para poder romper los puentes de Hidrgeno que se generan entre las molculas. El agua es un buen regulador trmico ya que, en comparacin con otras sustancias, es capaz de absorber mucho calor sin aumentar mucho su temperatura, ya que esta energa calorfica se utiliza para romper puentes de hidrgeno antes de que aumente el movimiento (energa cintica) de las molculas. El H2O regula la temperatura del planeta y de los seres vivos.

Capacidad disolvente
El H2O es un excelente disolvente de muchas sustancias, por lo que con frecuencia recibe el calificativo de disolvente universal. Disuelve muy bien los compuestos inicos, como la sal comn o cloruro sdico. Tambin disuelve sustancias con grupos polares.

Densidad en estado slido

El hielo flota sobre el agua lquida, al ser menos densa que sta. Al solidificarse, el H2O forma unos huecos debido al establecimiento de puentes de H fijos (en cambio, en estado lquido los puentes de H se forman y deshacen continuamente, dando una red dinmica empaquetada).

La vida contina bajo el hielo

Cohesin y tensin superficial

Los puentes de H mantienen unidas las molculas de agua. Estas uniones se estn formando y deshaciendo continuamente de manera que en cualquier instante la mayor parte de las molculas de agua se hallan unidas por dichos enlaces. Debido a ello el agua lquida tiene una gran cohesin interna. No obstante, como la duracin media de un puente de H es muy breve ( 10 -9 segundos) el agua no es viscosa sino muy fluida. Esta alta cohesin permite que el agua ascienda desde las races hasta las copas de los rboles. Tambin hace que el agua sea un buen relleno de las clulas y de muchas estructuras biolgicas. El H2O tiene una elevada tensin superficial, lo que significa que en su superficie se forma una pelcula difcil de romper, en comparacin con otras sustancias en estado lquido. Esto permite a ciertos insectos caminar sobre su superficie.

DISOCIACIN DEL AGUA: El pH

El agua pura es, en realidad, una mezcla de tres especies en equilibrio qumico:

2H2O
Agua sin disociar

H3O+ + OHProtones hidratados

Iones hidroxilo

Por comodidad, suele expresarse as:

H2O
Agua sin disociar

H+ + OHProtones o hidrogeniones Iones hidroxilo

Esta disociacin es muy dbil. El producto inico Kw a 25C es:

Kw = [H+] [OH-] = 1,0 . 10 -14

Por tanto

[H+] = [OH-] = 10 -7

Este producto inico es constante, lo cual significa que un aumento en la concentracin de uno de los iones supondra una disminucin en la concentracin del otro, para mantener constante el producto mencionado.

DISOCIACIN DEL AGUA: El pH

Acidez y basicidad o alcalinidad
Determinadas sustancias, al disolverse en agua, pueden alterar la concentracin de hidrogeniones, utilizndose entonces los trminos de acidez y alcalinidad. Disolucin acuosa cida Disolucin acuosa alcalina Disolucin acuosa neutra [H+] > 10 -7 moles/litro [H+] < 10 -7 moles/litro [H+] = 10 -7 moles/litro

Para simplificar los clculos se ide expresar las concentraciones utilizando logaritmos: Segn esto:

El pH se define como el logaritmo, cambiado de signo, de la concentracin de hidrogeniones

Disolucin neutra pH = 7 Disolucin cida pH < 7 Disolucin alcalina o bsica

pH > 7

DISOCIACIN DEL AGUA: El pH

Acidez y basicidad o alcalinidad
Disolucin neutra pH = 7 Disolucin cida pH < 7 Disolucin alcalina o bsica

pH > 7

Al ser el pH una escala logartmica, resulta que, por ejemplo: pH = 3 significa que [H+] = 0,001 mol / litro pH = 4 significa que [H+] = 0,0001 mol / litro pH = 5 significa que [H+] = 0,00001 mol / litro

Por tanto, una disolucin a pH = 3 contiene 10 veces ms H+ que una a pH = 4, y sta 10 veces ms que a pH = 5

DISOCIACIN DEL AGUA: El pH

Acidez y basicidad o alcalinidad
Los procesos bioqumicos y, por tanto, la vida, se desarrollan, en general, a valores prximos a la neutralidad.

4 LAS SALES MINERALES

Concha de moluscos

En los ss.vv. pueden presentarse

Slidas o precipitadas
Por ejemplo

CaCO3

P.ej.

Bivalvos Gasterpodos

Carbonato clcico
P.ej.

Esqueleto de corales

Ca3(PO4)2 Disueltas
Aniones ms abundantes e importantes:
Al disolverse se ionizan
Fosfato clcico

Esqueleto de vertebrados

Sulfato SO42Bicarbonato HCO3 Fosfatos HPO42- y H2PO4Nitrato NO3Cloruro ClSodio Na+ Potasio K+ Calcio Ca2+ Magnesio Mg2+

Intervienen en numerosas reacciones del metabolismo Contribuyen a la regulacin del pH del equilibrio osmtico

Cationes ms abundantes e importantes:

Propiedades de las dispersiones

Los lquidos presentes en el interior de los seres vivos son dispersiones de diversas sustancias en el seno del agua.
Tamao de las partculas muy pequeo (< 10 -7 cm) Son transparentes

Disoluciones verdaderas Tipos:

Dispersiones coloidales
( = coloides)
Segn la concentracin de partculas dispersas

Tamao ms grande (entre 10 -5 y 10 -7 cm) de las partculas (protenas, polisacridos) No son transparentes

Las concentradas reciben el nombre de

Geles

Segn la afinidad de las partculas por el agua

Las diluidas reciben el nombre de

Soles

Hidrfilas Hidrfobas

Con partculas dispersas afines al agua Con partculas dispersas sin afinidad por el agua

Pueden estabilizarse formando emulsiones

p.ej. Grasas de la leche

Propiedades de las dispersiones

Las partculas dispersas pueden provocar tres fenmenos en relacin con su movimiento en el seno del agua:

DIFUSIN DILISIS

SMOSIS

Veamos en qu consisten

Difusin
La difusin es el fenmeno por el cual las molculas de un soluto se mueven continuamente en todas direcciones, tendiendo a distribuirse uniformemente en el seno del agua hasta ocupar todo el espacio disponible. Las molculas se mueven desde las zonas de mayor a menor concentracin hasta que sea la misma en todo el espacio de difusin. La difusin puede ocurrir tambin a travs de una membrana cuyos poros permitan el paso de las partculas del soluto.

Importantes ejemplos de difusin en los ss.vv.

Dilisis

Es una difusin selectiva que separa uno o varios solutos de una disolucin a travs de una membrana cuya permeabilidad solamente permite el paso de las partculas ms pequeas.

La dilisis de la sangre o hemodilisis sustituye a la filtracin renal en las personas en las que sta no funciona, utilizndose membranas artificiales. De elimina as de la sangre la urea y otros metabolitos y se mantienen las molculas ms grandes como las protenas plasmticas.

smosis
Ocurre cuando hay una membrana semipermeable separando dos disoluciones de diferente concentracin, de manera que tiende a igualarse la concentracin de ambas. Esta membrana semipermeable permite el paso del agua, pero no del soluto. Las molculas de agua se mueven desde las zonas de mayor concentracin de agua (agua pura o disoluciones diluidas) a las zonas donde la concentracin de agua es menor (disoluciones concentradas). Hay entonces un flujo asimtrico del agua: pasa de la disolucin diluida a la concentrada.

La smosis genera una PRESIN OSMTICA

La cantidad de agua que atraviesa una membrana semipermeable depende de la concentracin de partculas disueltas a uno y otro lado, y no de su naturaleza.

HIPERTNICA
Cuando hay dos disoluciones separadas por una membrana de este tipo se habla de

La ms concentrada La ms diluida Cuando ambas tienen la misma concentracin

HIPOTNICA

ISOTNICA

smosis y ss.vv.
En estos dibujos se resume muy bien lo que ocurre si el medio en el que vive una clula es hiper, iso e hipotnico: Las clulas, si no estn en un medio isotnico, sufrirn: -PLASMLISIS -TURGENCIA:

Algunos ejemplos:
Los protozoos de agua dulce como el Paramecium bombean continuamente agua al exterior, ya que entra mucha por smosis.

La planta carnvora Dionaea o Venus atrapamoscas se cierra muy rpido al perder turgescencia las clulas que la mantienen abierta.

Las races absorben agua cuando las disoluciones del suelo son hipotnicas respecto del citoplasma de las clulas de la planta. En caso contrario, el agua sale de la planta y sta acaba secndose.

 Mantener el grado de salinidad. Amortiguar cambios de pH, mediante el efecto tampn. Controlar la contraccin muscular Producir gradientes de potencial y electroqumicos Estabilizar dispersiones coloidales Funciones catalticas Asociacin con otras molculas

Las Biomolculas orgnicas

Estructura a base de CARBONO

Nitrgeno, Hidrgeno y Oxgeno

Hidratos de carbono
Los hidratos de carbono se llaman as porque contienen carbono, hidrgeno y oxgeno, con los dos ltimos combinados en las mismas proporciones que los tiene el agua.

Clasificacin
Monosacridos o azcares simples Biosas, triosas, tetrosas, pentosas (Xilosa, arabinosa, ribosa), hexosas (Glucosa, fructosa), heptosas, octosas, nonosas, decosas.

Oligosacridos o azcares compuestos Disacridos (Sacarosa), Trisacridos, Tetrasacridos

Polisacridos Pentosanas, hexosanas (Almidn, celulosa, hemicelulosa), compuestos pcticos, gomas, mucilagos

Glucgeno

Lpidos
Los lpidos son compuestos de origen animal o vegetal insoluble o casi insolubles en agua, solubles en disolventes de las grasas como el ter y el cloroformo. Se clasifican en simples (Grasas, ceras), compuestos (Fosfolpidos) y derivados (cidos grasos, glicerina, esteroles, hidrocarburos).

Caractersticas de los lpidos

1. 2.

3. 4.

Alimentos de reserva Se encuentran en hojas, tallos, races, frutos, flores e incluso granos de polen. Son insolubles en agua. Las grasas vegetales pueden ser lquidas o slida a la temperatura ordinaria

Estructura

Contienen regiones extensas formadas casi exclusivamente por H y C, con enlaces C-C C-H. Estos enlaces los hacen NO Polares y, por tanto, hidrofbicos.

Aceites

Lquidos a temperatura ambiente Presentes en semillas y algunos frutos Ac. grasos con dobles enlaces insaturados
FUNCIN:

RESERVA DE ENERGA (proporcionan ms energa que los carbohidratos)

Grasas

Slidos a temperatura ambiente Presentes en animales Ac. Grasos con enlaces sencillos: saturados
FUNCIN:

RESERVA DE ENERGA, PROTECCIN DE RGANOS, MANTENIMIENTO DE LA TEMPERATURA CORPORAL

Fosfolpidos

Esteroides
Formados por 4 anillos de carbono fusionados, con distintos grupos funcionales que determinan sus caractersticas

Ejemplos:

Colesterol: precursor de los esteroides, forma parte de la membrana celular a la que le confiere estabilidad. Hormonas sexuales: Testosterona, Estrgenos, Progesterona. Sales Biliares: Ayudan en la digestin de grasas.

Ceras

Las ceras son similares a las grasas, son altamente saturadas, por lo tanto, son slidas. Estn constituidas por UNA SOLA cadena de cido graso muy larga.

Las Protenas
Son constituyentes bsicos de la vida vegetal y animal. La hidrlisis de la molcula de protena pone en evidencia que est compuesta por una serie de unidades ms pequeas y repetidas, los aminocidos.

Son constituyentes bsicos de la vida vegetal y animal. La hidrlisis de la molcula de protena pone en evidencia que est compuesta por una serie de unidades ms pequeas y repetidas, los aminocidos.

Aminocidos

Un grupo amino y un grupo carboxilo unidos a un C central Adems de un H y un radical variable R que le da las propiedades qumicas y fsicas al aminocido. Hay 20 diferentes Radicales

R hidroflicos y R hidrofbicos

Las Protenas estn formadas por la secuencia de aa, unidos por uniones peptdicas y puentes disulfuro (estructura primaria), existiendo tambin una estructura secundaria, ternaria y cuaternaria.

Estructura primaria

Estructura secundaria

Muchas protenas tienen una estructura enrollada, similar a un resorte, llamada Hlicea. El cabello, la hemoglobina y las uas tienen este tipo de protena. Algunas otras, consisten en muchas cadenas dispuestas una al lado de la otra y puentes de Hidrgeno las mantienen juntas como una lmina plegada. A esta estructura se le conoce como b-plegada.

Estructura terciaria

Forma tridimensional de la protena. Resulta del plegamiento espacial de la estructura secundaria. Depende de los aminocidos hidroflicos o hidrofbicos Mantenida por puentes S-S y puentes H. Es responsable de la funcin de la protena

Estructura cuaternaria

Asociacin de varias cadenas de protenas. Insulina (2 cadenas), hemoglobina (4 cadenas).

Funciones de las protenas

cidos nucleicos
cidos nucleicos ARN: Purinas: adenina y guanina; Pirimidinas: citosina y uracilo. ADN: Purinas: guanina y citosina; Pirimidinas: timina y citosina Nucletidos Base nitrogenada: Purina o pirimidina Pentosa cido fosfrico