BIOFISICOQUMICA

UAM-I

Introduccin Hace algo ms de un siglo, en 1895 W. K. Rntgen, cientfico alemn, descubri una radiacin la cual era desconocida hasta entonces y que denomin rayos X, est era capaz de penetrar en los cuerpos opacos.

Wilhelm Konrad Rntgen, y la radiografa de la mano de su esposa mostrando su anillo matrimonial.

El uso de los rayos X se extendi a la deteccin de irregularidades en metales o anlisis de pinturas. Y su descubrimiento revolucion, a lo largo de los aos, los campos de la Fsica, la Qumica y la Biologa.

Los rayos X son radiaciones electromagnticas, como lo es la luz visible, o las radiaciones ultravioleta e infrarroja, y lo nico que las distingue es su longitud de onda, para los rayos X es del orden de 10-10 m (equivalente a un ngstrom).

Espectro Electromagntico.

Los rayos X que ms interesan en el campo de la Cristalografa son aquellos que disponen de una longitud de onda prxima a 1 ngstrom (los denominados Rayos X "duros")

Fundamentos La radiacin electromagntica puede interaccionar consigo misma y con la materia, dando lugar a una multitud de fenmenos como la reflexin, la refraccin, la dispersin, la polarizacin de la luz, etc.

Refraccin de la luz a su paso por un prisma de vidrio. Dependiendo de la longitud de onda (color) del haz que incide desde la izquierda, el ngulo de refraccin vara, es decir, se dispersa.

Polarizacin de la luz a su paso por un polarizador. Dependiendo del giro del polarizador, se filtra uno de los componentes de la luz no polarizada que incide desde la derecha de la imagen

La radiacin X est definida por su banda de frecuencias, la cual est comprendida entre la radiacin ultravioleta y la de rayos gamma.

Los rayos X se producen cuando una partcula de masa pequea altamente energtica incide en un elemento material. La colisin produce una perturbacin en la materia y parte de la energa produce radiacin X.

Para generar radiacin X se utilizan electrones como partculas para producir el impacto con la materia, estos son eficaces y resultan sencillos de controlar y generar.

Los rayos X se producen cuando una partcula de masa pequea altamente energtica incide en un elemento material. La colisin produce una perturbacin en la materia y parte de la energa produce radiacin X.

Los rayos X interaccionan con la materia a travs de los electrones que la forman y que se estn moviendo a velocidades mucho menores que la de la luz. Cuando la radiacin electromagntica X alcanza un electrn cargado ste se convierte en fuente de radiacin electromagntica secundaria dispersada.

Difraccin de rayos X La difraccin de rayos X es uno de los fenmenos fsicos que se producen al interaccionar un haz de rayos X, de una determinada longitud de onda, con una sustancia cristalina.

La difraccin de rayos X se basa en la dispersin coherente del haz de rayos X por parte de la materia (se mantiene la longitud de onda de la radiacin) y en la interferencia constructiva de las ondas que estn en fase y que se dispersan en determinadas direcciones del espacio.

Es el nico mtodo que permite determinar de modo exacto la estructura molecular ya sea un frmaco, compuesto inorgnico, mineral, protena o incluso un virus.

La difraccin de rayos X es un proceso de interferencias constructivas de ondas electromagnticas que se producen en unas direcciones concretas del espacio.

Representacin de una onda electromagntica, con los campos elctrico (E) y magntico (H) asociados, avanzando a la velocidad de la luz.

Los minerales actan como redes de difraccin para los rayos x, ya que el interior de los minerales son infinitos obstculos dispuestos peridicamente y la separacin entre esos obstculos es muy parecida a longitud de onda de los rayos x.

La difraccin de rayos X pueden considerarse desde dos aspectos diferente:

1) Se pueden analizar a partir de la geometra de las direcciones de los rayos difractados, est geometra depende del tamao y forma de la celda elemental del cristal.

2) Se puede analizar la intensidad de la radiacin difractada, est intensidad se relaciona con la posicin de los tomos dentro del retculo del cristal.

Sir William Henry Bragg y su hijo W. L. Bragg recibieron el premio Nbel en 1915 por sus estudios sobre determinacin de la estructura cristalina de muchos minerales, formularon de manera sencilla como se difractan los rayos x en los cristales. (Ley de Bragg)

William L. Bragg

En la figura se observa el modelo de Bragg cuando se trata de secuencias planas formadas por tomos de distinto tipo, separados por d.
Esta separacin geomtrica origina diferencias de fase dentro de un mismo haz difractado que provocan interferencias y que dan lugar a variaciones de intensidad (segn la direccin), lo que permite obtener informacin de la estructura de los tomos que forman el cristal.

La Ley de Bragg relaciona la longitud de onda de los rayos X y la distancia interatmica con el ngulo de incidencia del haz difractado.

n 2d hkl sen
Si no se cumple la ley de Bragg, la interferencia es de naturaleza destructiva y el campo del haz difractado es de muy baja intensidad.

a) Demostracin de como dos ondas (1 y 2) que tienen la misma longitud de onda y que estn en fase despus del evento de dispersin interfieren constructivamente una con la otra.

b) Demostracin de como dos ondas ( 3 y 4) que tienen la misma longitud de onda y que llegan a estar fuera de fase despus del evento de dispersin, interfieren destructivamente una con la otra.

Se hace incidir un haz (de electrones, neutrones, rayos X) sobre un cristal que posee una familia de planos atmicos paralelos definidos por sus ndices de Miller (h,k,l) y separados una distancia d. Cada plano refleja una porcin de la radiacin.

El haz incidente forma un ngulo sobre la familia de planos, obtenindose haces difractados cuando las reflexiones en los sucesivos planos atmicos paralelos interfieran aditivamente. Esto sucede cuando la diferencia de trayectoria entre los rayos reflejados por dos planos adyacentes sea un mltiplo entero de su longitud de onda.

Tcnicas de difraccin. El proceso experimental para la determinacin de la estructura molecular de un compuesto comienza con la preparacin de un cristal, una forma ordenada a nivel microscpico de dicha sustancia, el azcar o la sal son ejemplos de nuestro entorno cotidiano de estructuras cristalinas.

Un experimento de difraccin consiste en la irradiacin con rayos X de pequeos cristales, que actan dispersndolos slo en unas direcciones determinadas, con intensidades que dependen de cmo se ordenan los tomos a nivel microscpico.

Con esta informacin, direccin e intensidad de cada rayo, se obtiene la estructura molecular. Posteriormente se trata de relacionar las propiedades de ese material con la estructura determinada.

Mtodo del polvo policristalino.

Es la nica tcnica de difraccin que se puede aplicar para determinar la composicin de elementos cristalinos en un material que no puede ser analizado a partir de un nico cristal.

Se basa en la utilizacin de una radiacin monocromtica y en la desorientacin de los distintos cristales que forman parte de la mezcla, obtenindose un espectro que refleja las distintas fases cristalinas que la componen y su orientacin preferente

Dentro de esta tcnica hay dos mtodos: 1) Cmara de Polvo.- el espectro se obtiene en papel fotogrfico, donde se considera el ennegrecimiento de la pelcula, cuan mayor sea est mayor ser la intensidad de reflexiones. 2) Difractmetro de Polvo.- Se obtiene un registro grfico de las seales que producen en distintos detectores electrnicos de radiacin las flexiones.

En el difractmetro de polvo es mas precisa la medida de las intensidades. La muestra se debe utilizar en forma de polvo donde el tamao de los cristales sean lo suficientemente pequeos

Una tcnica comn de difraccin consiste en utilizar polvos de la muestra a analizar, el cual consiste de partculas orientadas al azar que estn expuestos a una radiacin X monocromtica.

Cada partcula de polvo es un cristal, y teniendo una gran cantidad de stos con orientaciones al azar asegura que algunas partculas estn apropiadamente orientadas, de manera que cada grupo posible de planos de difraccin sea capaz de difractarse.

El difractmetro es un aparato usado para determinar los ngulos a los cuales la difraccin ocurre en una muestra, sus caractersticas se muestran en la siguiente Figura.

Una muestra S, en forma de una placa se coloca de manera que la rotacin se lleve acabo en el eje O. El haz de rayos X monocromtico es generado en el punto T, y las intensidades de los haces difractados son detectadas por un contador C.

El contador se encuentra en un dispositivo mvil y puede ser rotado alrededor del eje O; su posicin angular en trminos de 2 se marca en una regla graduada.

La rotacin de la muestra en el ngulo est acompaada por una rotacin del contador n de 2; esto asegura que los ngulos incidentes y de reflexin se mantengan igual uno con respecto al otro.

Como el contador se mueve a una velocidad constante, un medidor grfica automticamente las intensidad de los rayos difractados como una funcin de 2 (2 es el de ngulo de difraccin, el cual se mide Experimentalmente).
En la Figura se muestra un patrn de difraccin de polvos de espuma de aluminio.

El difractmetro consiste de los siguientes componentes:Gonimetro con geometra Kappa, Generador de rayos-X (Tubo con nodo de cobre), Interfase, Sistemas de cmputo, Programas de control del sistema, Sistemas De enfriamiento (Haskris y Cole-Parmer). El sistema est diseado para colectar datos de difraccin de rayos-X de un monocristal con una alta precisin, flexibilidad y confiabilidad.

El corazn del difractmetro es el gonimetro, que mantiene el cristal en el centro del difractmetro.

El gonimetro consiste de una combinacin de tres partes, uniendo tres ejes de rotacin. Todos los ejes intersectan en el centro del difractmetro.

Este difractmetro automtico computarizado tiene cuatro movimientos angulares independientes, y es controlado por un sistema de cmputo con programa para computador personal.

Partes de un gonimetro

Equipado con un foco fino de molibdeno, gonimetro de geometra kappa y detector puntual de centelleo. Aplicaciones: determinacin de estructuras cristalinas de compuestos de tamao pequeo-medio.

Dispone de una fuente de rayos X (microfoco y ptica con radiacin de cobre), gonimetro de geometra kappa y detector de rea (165 mm). Aplicaciones: determinacin estructural de compuestos de tamao pequeo-medio y protenas. Realizacin de experimentos de difraccin en casos problemticos (cristales inestables o dbilmente difractantes).

Los pasos que se deben seguir para determinar la estructura tridimensional de una protena por difraccin de rayos X son los siguientes:
1) Obtener cristales satisfactorios, de buena calidad y deben tener al menos unas dcimas de milmetro en sus dimensiones.

2) Registrar el patrn de difraccin del cristal, y medir las intensidades de muchas de las manchas.

3) Encontrar la forma de realizar sustituciones isomorfas en la molcula.

4) Repetir los pasos 1 y 2 para cada derivado isomorfo

5) Calcular los factores de estructura, y a partir de ellos, la distribucin de densidad electrnica.

Bibliografa

1.Bioquimica, Mathews, Van Holde y Ahern, Pearson, 3ra Ed., Madrid, 2002.

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3.Departamento de Cristalografa, Espaa (http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/) 4.Ciencia e ingeniera de los materiales, Barceinas Snchez y Jurez Hernndez, Capitulo 3. 5.Manual Bsico de Operacin del equipo de Difraccin de Rayos-x Rigaku modelo DMAX 2000 Antonio Jimnez Gonzlez, P.K. Nair, Vernica Estrella y Airel Nez, Centro de Investigacin en Energa, UNAM.

6.Minerales Espaoles (http://www.spanishminerals.com/ArticleLosrayosxysudifracci%F3n porloscristales.htm) 7.CINVESTAV, Mxico. http://www.nathan.cinvestav.mx/infraestructura/rayos_x/ 8.Universidad de Oviedo, Espaa. http://www10.uniovi.es/SCTs/servicios/cristo/monocristal/servicioC C7equipamiento.html