INVESTIGACIN DEL GENOMA HUMANO

Equipo #2 E.M. Cesar I. Arechiga E.M. Juan R. Snchez

E.M. Mario A. Chvez

 30,000 genes 300,000,000 bases nitrogenadas Organizacin genoma

Organizacin del genoma

Cromosoma mitocondrial

Transmisin materna Molcula DNA mit. (.03% de cromosoma mas pequeo) 16 kb, 37 genes.

VARIACIN GENTICA E INDIVIDUALIDAD

E.M. MARIO A. CHVEZ

VARIACIN GENTICA
Sin variacin gentica, los mecanismos evolutivos bsicos no pueden actuar. Hay tres fuentes de variacin gentica: 1) Las mutaciones son cambios en el ADN. Una sola mutacin puede tener un efecto importante, pero en muchos casos, el cambio evolutivo est basado en la acumulacin de varias mutaciones. 2) El flujo gnico es el movimiento de genes de una poblacin a otra y es una fuente importante de variacin gentica. 3) La reproduccin sexual puede introducir nuevas combinaciones genticas en una poblacin. Este intercambio gentico es otra fuente importante de variacin.

 En la especie humana con 23 pares de cromosomas, las

combinaciones posibles son 2 u 8,388,608, y esto no considera la variacin que se produce durante el entrecruzamiento de cromatidas no hermanas.

Cuando los gametos se unen en la fetilizacin, los

cromosomas de los padres se combinan.

Los cigotos, cromosmicamente distintos de sus

progenitores, tienen (2) o 70,368,744,000,000 combinaciones posibles sin considerar el entrecruzamiento de cromatidas.

Si el entrecruzamiento se produjera una sola vez,

entonces se produciran (4) o 4,951,760,200,000,000,000,000,000,000 cigotos genticamente diferentes a partir de una pareja de progenitores.

 El Proyecto del Genoma Humano ha logrado

determinar el orden preciso de los cerca de 3,200 millones de los nucletidos del genoma humano y elaborar un mapa que ubica a sus genes que integran los 23 cromosomas de la dotacin haploide de la especie.

Solo se identifican 20.000-25.000 genes

codificantes, un nmero mucho ms bajo del esperado.

Pero, uno de los rditos fundamentales que hasta

ahora se derivan del conocimiento de la secuencia genmica es sin duda la posibilidad de analizar la individualidad gentica, es decir las variaciones que existen dentro de cada individuo, cuyo genoma sin duda responde al de ese patrn de la especie.

 Su anlisis ha permitido estudiar en forma integral a cerca de 1,000

genes causantes de enfermedades monognicas y ha hecho evidentes algunos de los polimorfismos o variaciones de un slo nucletido (SNPs, pronunciados snips) que nos confieren individualidad.

SINGLE NUCLEOTIDE POLIMORPHISM O SNIPS

Segn Daniel Hartl (2000) en el
humano se encuentra en promedio un SNP cada 1000 3000 pb del ADN codificante para protenas y un SNP cada 500 1000 pb en el nocodificante.

Cuando el SNP presente en la regin

codificante altera un codn, tal que resulta en el reemplazo de un aminocido en la cadena polipeptdica, el polimorfismo se denomina nosinnimo. Polimorfismos sinnimos se encuentran en las regiones codificantes, pero no causan cambios aminoacdicos.

 Las combinaciones que resultan

de los SNPs a lo largo de todo el genoma humano dan lugar a la individualidad gentica, que adems de definir aspectos fsicos del individuo, le confiere susceptibilidad y resistencia a enfermedades multifactoriales como la diabetes mellitus, hipertensin arterial, asma y cncer, entre otras.

GWAS ( Genome-wide association study)

ADN REPETITIVO

 El genoma humano esta constituido por hasta un 50% de ADN repetitivo. Quizs el nico ejemplo de ADN repetitivo codificante es el ADN ribosomal que da lugar a los tres ARN ribosomales.

 En el ADN no codificante podemos encontrar diversos tipos de elementos repetidos.

En Tndem

Dispersas

 Bloques de DNA no codificantes repetidos en TANDEM que pueden tener una localizacin precisa o estar dispersas en el genoma DNA SATELITE (10% A 15%) Series largas Centrmeros No secuencias que acten como origen de replicacin Menor % de DNA satlite disperso Amortiguador de mutaciones

DNA satlite
Otros tipos de secuencias no identificadas Son la mayor parte de la heterocromatina centromrica (3-5%) Evita recombinacin entre especies no relacionadas ADN beta o Satlite beta: 68 nucletidos ADN gamma o Satlite gamma: 220 nucletidos Ambos en la cromatina centromrica

DNA Minisatlite Secuencias de DNA de 6 a 64 pb repetidos en TANDEM Procesos de regulacin de la expresin gnica, como el control del nivel de transcripcin, el ayuste (splicing) alternativo 90% de los minisatlites se sitan en los telmeros de los cromosomas

MICRO SATLITE

Polimorfismos multiallicos, denominados STR (acrnimo de Short Tandem Repeats)

Se estima que el genoma humano contiene unos 200.000 microsatlites, que se distribuyen ms o menos homogneamente, al contrario que los minisatlites, lo que los hace ms informativos como marcadores.

-Estas secuencias no estn agrupadas en bloques -Dispersas en todo el genoma Se dividen en dos tipos segn su tamao
Elementos Nucleares Interespaciados cortos (SINE: short interspersed nuclear elements). Elementos Nucleares Interespaciados largos (LINE: long interspersed nuclear elements).

SINE:
Comprende casi el 10% Alu la familia mas comun Unidad de repeticion de 300 pb Existe mas de 1 000 000 de copias por genoma

LINE:
Comprende del 5 12% LINE 1 L1 familia mas comn

Contiene de 200 000 a 500 000 copias de una secuencia de DNA de 6.1 kb
Contiene dos marcos de lectura: (ORF1 y ORF2)

 HERV (retrovirus endgenos humanos)

Copias de los retrovirus humanos que se han integrado en el genoma 8% del genoma (450 000 copias)

Transposones ADN
300 000 copias, 3% total del genoma Contienen el gen(truncado) de la transposasa MER1 o MER2 y elementos mariner, responsables de algunas reordenaciones cromosmicas

 rRNA (28s, 18s y 5.8s), tRNA, mRNA rRNA 5S: 3 regiones de brazo largo de un cromosoma

snRNA: REACCIONES DE MADURACION

RNA pequeonuclear: 200 genes en nucleolo RNA 7SL: Reconociemiento del pptido seal, para las exportacin de protenas y telomerasa

 En secuencia de copia nica 11 agrupamientos, 60 genes en 7 cromosomas humanos Algunas regiones cromosmicas constituyen familias multignicas

 Algunos pacientes responden a ciertos frmacos con una susceptibilidad mayor que la habitual a las dosis estndar. Ahora es claro que tal incremento de la sensibilidad a menudo se debe a muy pequeas modificaciones genticas que ocasionan menor actividad de una enzima responsable de la excrecin o biotransformacin de ese frmaco.

 La farmacogenmica es el trmino que se utiliza para describir al estudio de la contribucin de las diferencias en los genes de un individuo a la variacin en las respuestas a los medicamentos entre la poblacin.

 Es la rama de la farmacologa que se encarga del estudio de las manifestaciones fenotpicas que afectan la farmacocintica y farmacodinamia de los diferentes frmacos. (Tipo de enzimas, variaciones etc.)

 El impacto de la constitucin gentica sobre la respuesta y el desenlace clnico de un medicamento se conoce desde la dcada de los 50. El inters se reaviv con la secuencia del genoma humano, que tuvo como consecuencia el campo conocido actualmente como farmacogenmica

20-50% de pacientes responden adecuadamente con antidepresivos tricclicos 9-23% de pacientes responden inadecuadamente animadores selectivos de la recaptacin de serotonina 7-28% de pacientes tienen respuesta inadecuada o no respnden a inhibidores de la ECA 15-35% de los pacientes tienen respuesta inadecuada o no responden a betabloqueantes

 Se ha estimado que cien mil muertes por ao en Estados Unidos se debe a reacciones adversas a frmacos. En el Reino Unido una de cada 15 ingresos intrahospitalarios se debe a esta causa. Gran parte de las diferencias interindividuales en efecto o toxicidad son genticas. La farmacogentica y la farmacogenmica estudian las bases genticas de sus diferencias de respuesta.

 Unos son los genes implicados en la enfermedad estos son muy pocos y sobre todo los qu tienen que ver con el cncer. Los genes implicados en el metabolismo del frmaco: afectan la farmacocintica absorcin distribucin metabolismo y excrecin. Los genes implicados en el efecto real del frmaco o es decir afectando farmacodinmica.

la mayora de las diferencias de la respuesta las drogas se debe a variaciones en la tasa de metabolismo del frmaco. Los individuos especficamente existen: Metabolizadores lentos Metabolizadores intermedios Metabolizadores rpidos Metabolizadores ultra rpidos

 Algunas drogas necesitan la activacin de una enzima del citocromo p450 para pasar a su forma activa, por ejemplo la codena es convertida por CYP2D6 en su forma activa, la morfina. Con dosis estndar los metabolizadores lentos no sienten alivio al dolor en cambio los metabolizadores ultrarpidos tienen un serio riesgo de efectos adversos como problemas respiratorios y sedacin.

 Los individuos pueden ser estudiados para encontrar los polimorfismos genticos por la observacin del fenotipo o el genotipo.

 Se realiza mediante el anlisis directo de la variacin gentica examinando el cido desoxirribonucleico (ADN).

Algunas de las ventajas de los estudios moleculares son: Determinacin directa de la informacin gentica. No est influenciado por la administracin concurrente de frmacos, alteraciones en los niveles hormonales y enfermedades. Se evitan los posibles efectos adversos en la administracin de frmacos sondas.

 Se realiza mediante un anlisis indirecto de la variacin gentica, examinando la capacidad metablica individual. Se procede a la administracin de un medicamento, se determinan los metabolitos para examinar de forma bioqumica las variaciones farmacogenticas y poder clasificar al individuo como metabolizador pobre, intermedio o ultra rpido.

Las desventajas de este sistema incluye: Especificidad limitada de los frmacos "sondas". Efectos potenciales adversos de la administracin del frmaco "sonda". El hecho de que el fenotipo puede estar influido por varios factores como, otros frmacos que se administran concurrentemente, alteraciones en los niveles hormonales y enfermedades.

 Monognica. Variacin allica de un gen. Multignica. Variacin de 3 o mas genes. Polimrficas. Variaciones monognicas que se producen frecuentemente, menos comn que tiene una frecuencia mayor de 1%

 Pueden ser alteraciones en la actividad enzimtica o variacin en la biotransformacin de frmacos. N-acetil transferasas Catalasa Deshidrogenasas Monoamino oxidasa Tiopurina metiltransferasa Citocromo p450 y sus diferentes sustratos Glucosa-6-fosfato deshidrogenasa. (trastornos hemolticos)

 Instituto Nacional de Medicina Genmica. Se dedica al estudio de enfermedades de alta incidencia en Mxico (asma, sndrome metablico) El Instituto Slim de Salud aporto 65 millones de dlares para el desarrollo de medicina genmica.

 Ventajas. El estudio de frmacos requerira de menos individuos. Se pueden explorar los efectos de dosis mas grandes Se elimina el factor de variabilidad en la respuesta farmacolgica.

Desventajas Sobrestimacin del efecto teraputico. Exclusin de individuos por diferencias alelicas. Costoso y limitado (La manifestacin de un gen podra darse con/sin administracin del frmaco; generndose subtipos en la poblacin estudiada)

 La farmacogentica estudia la interaccin entre los polimorfismos y respuesta a frmaco Tanto se estudia la falta de respuesta como los efectos secundarios adversos La farmacogenmica es la ampliacin a todo el genoma (o una serie de genes) de la farmacogentica (referida a un gen) Los genes mas estudiados son los que tienen un efecto farmacocintico (afectan al metabolismo y concentracin de la droga) Actualmente, en algunos casos, ya se estn aplicando estudios farmacogenticos a la clnica.