La primera vez que los espaoles llegaron a territorio peruano fue durante el segundo viaje de Francisco Pizarro en 1527.

Atravesaron gran parte de la costa norte: Paita, Sechura, Pacasmayo, hasta la desembocadura del ro Santa desde donde decidieron regresar a Panam. Despus de este suceso Pizarro viaj a Espaa. Los tres socios de la conquista Francisco Pizarro, Diego de Almagro y Hernando de Luque se dirigieron a Toledo donde consiguieron la firma de Capitulacin de Toledo, el 26 de julio de 1529, concedindole a Pizarro el ttulo de gobernador, capitn general, adelantado y alguacil mayor del Per.

Antecedentes
Guamn Poma dijo en sus crnicas que el Inca Huayna Cpac tuvo un encuentro con Pedro de Canda en el Cuzco, aunque dicha crnica se considera errnea. Se dice que la entrevista fue utilizando seas, segn la cual el Inca interpret que Canda coma oro, por lo que el gobernador le brind oro en polvo y luego le permiti marcharse. Pedro de Canda se llev consigo a uno de los chasquis a Espaa y lo present al rey, luego fue trado de vuelta al Tahuantinsuyo para que hiciera de traductor. Este inca sera conocido luego como Felipillo.

El inicio de la conquista (tercer viaje)

Primera fase:
En 1531, las tropas de Pizarro se separaron en dos; Pizarro en Coaque se dirigi hacia Pun (en el Golfo de Guayaquil). En Pun, los espaoles recibieron regalos e instrumentos musicales por parte del curaca punaneo, que los vea como instrumento para sus fines. Ms tarde dicho curaca recurri a los punaneos y se rebelaron por los excesos cometidos por los espaoles.

Segunda fase:

Hernando de Soto con su tropa persigui a los tumbesinos levantados durante toda la noche y en la maana: cayeron sobre sus campamentos, sorprendindolos y matndolos, apoderndose de los campamentos. Al da siguiente continu la persecucin. El cacique Quilimasa con las debidas garantas para su vida, se present ante Hernando de Soto, quien lo llev donde estaba el Gobernador. De la conversacin con Quilimasa, se entera que otros caciques ms importantes haban ordenado la muerte de los espaoles.

 Tercera fase:

Tras la victoria en Cajamarca los vencedores repartieron el botn de guerra en los Baos del Inca. El soldado cronista Estete, dice: "... todas esas cosas de tiendas y ropas de lana y algodn eran en tan gran cantidad que a mi parecer fueran menester muchos navos en que cupieran". Otro cronista dice: "...el oro y la plata y otras cosas de valor se recogi todo y se llev a Cajamarca y se puso en poder del Tesorero de Su Majestad". Jerez nos dice: "el oro y plata en piezas monstruosas y platos grandes y pequeos, y cntaros y ollas o braseros y copones grandes y otras piezas diversas. Atahualpa dijo que todo esto era vajilla de su servicio, y que sus indios que haban huido haban llevado otra mucha cantidad". Fue los primeros trofeos de importancia que tomaron los espaoles. Villanueva Sotomayor dice al respecto: "Se valor ese primer tesoro de los incas en "ochenta mil pesos de oro y siete mil marcos de plata y catorce esmeraldas"". A su vez, Francisco Lpez de Gomara seala que "ningn soldado se enriqueci tanto en tan poco tiempo y sin riesgo" aunque agrega "nunca se jug de esa manera, pues hubo muchos que perdieron su parte a los dados".

 Cuarta fase:

El 5 de enero de 1533, Hernando Pizarro, con Francisco de Jerez, secretario del Gobernador, parten con 20 hombres a caballo, algunos de infantera y varios indios auxiliares, hacia Huamachuco, por orden de Francisco Pizarro. En Huamachuco, los espaoles tranquilizan a Pizarro, al informarle que todo se encontraba en calma, a lo que Pizarro les ordena avanzar hasta Pachacamac, ya que tena de rehenes a los seores de este lugar, que tambin haban ofrecido oro y plata por su libertad.
Tumbes, haber fundado una ciudad en San Miguel de Piura, haber tomado la plaza fuerte de Cajamarca, tener de rehenes a varios curacas y haber asesinado al Inca y tener de apoyo a muchos indios huascaristas y etnias esperanzadas en ser liberadas del yugo Inca, los espaoles an no haban consolidado la conquista. Antes de dirigirse a Xauxa, Pizarro envi una comitiva de 10 soldados a San Miguel con la finalidad que esperasen en ese lugar al primer navo de entrase procedente de Panam o de Nicaragua. Con lo desembarcado, deberan reunirse con l en Xauxa. En Xauxa, Pizarro realiza otra fundicin de oro y su respectivo reparto, con las piezas llegadas a Cajamarca antes de la salida de los espaoles de la misma.

Quinta fase: A pesar de tener casi dominado el norte del Imperio, con la toma de la isla de la Pun,

Expedicin a Tierra Firme (1518)

Parti a fines de 1518 de Santiago de Cuba con 110 marineros, 553 soldados (32 ballesteros y 13 arcabuceros), 10 caones pesados, 4 culebrinas ligeras, 16 caballos y algunos perros. Bajo su estandarte de terciopelo negro bordado de oro, con la cruz encarnada y la inscripcin latina Amigos, sigamos a la Cruz, dirigi una arenga a sus hombres que recogi la tradicin. Antes de alcanzar el continente recorri varias islas y en una de ellas recogi a monje nufrago de la expedicin de Nicuesa. Su conocimiento de la lengua indgena le resultara muy til. En la pennsula de Yucatn sometieron a la poblacin de Tabasco. Una de las indias capturadas fue bautizada Marina y se convirti en compaera, intrprete e informante de Corts. Poco despus desembarcaron ms al norte en territorio azteca. Sus asombrados habitantes comunicaron a Tenoctitlan la llegada y sus deseos de visitarla. Moctezuma crey que poda tratarse de la llegada anunciada del mismo dios Quetzalcatl, envi ricos presentes pero no autoriz el viaje a la capital. Antes de intentar la conquista de lo que pareca una importante y rica poblacin, transform su guarnicin en ciudad, Villa Rica de Veracruz. Design un cabildo que lo nombr capitn general y justicia mayor, independizndolo del gobernador de Cuba. Como entre sus hombres hubo quienes se opusieron a sus medidas, orden el incendio de sus naves salvo una para el regreso de los disconformes. La mayora decidi quedarse. Consigui en poco tiempo el apoyo de los indios totonacos, sometidos por los aztecas. Parte de ellos reforzaron la guarnicin de Veracruz, el resto se integr a las fuerzas que marcharon hacia Tenochtitlan, compuestas de 400 espaoles (entre ellos 15 jinetes), 7 caones y 1.300 indgenas. Los tlaxcaltecas se incorporaron tras su derrota ante los espaoles. Cuando llegaron a Cholula, prxima a la capital, fueron invitados a hospedarse all por las autoridades aztecas.

Entrada en Tenochtitlan (1519)

En noviembre de 1519 entraron en Tenochtitlan con banderas en alto y vestidos de gala. Moctezuma y su squito salieron a su encuentro con gran pompa. El fuego sagrado de los altares de los innumerables teocalis, que slo se distinguan dbilmente a travs del color gris opaco de la niebla matinal, era el nico indicio de la capital a tales horas, hasta que los templos, las torres y los palacios se destacaron completamente bajo la luz radiante de aquel sol que saliendo de la cima de las montaas orientales ilumin el valle. Era el 8 de noviembre de 1519, fecha notable en la Historia, pues aquel da los europeos pisaron por vez primera una capital hasta entonces ignorada del mundo occidental. (W.H.Prescott). Fueron alojados en un palacio cerca del teocali. Los festejos y agasajos duraron varios das. Los aztecas quedaron sorprendidos por la apariencia, los caballos y las armaduras y espadas de hierro; Los espaoles por la esplndida capital y los ms de 300.000 habitantes. Calculando el riesgo de la desventaja numrica, plane la captura de Moctezuma, que entreg ricas piezas de oro y plata y permiti que uno de sus templos se convirtiera en iglesia, pero se neg a adoptar el cristianismo.

La masacre de la ceremonia
Una delegacin de sacerdotes haba pedido permiso a Alvarado para celebrar en el gran teocali, en una de cuyas torres se hallaba la capilla espaola, la fiesta de la ofrenda de incienso a Huitzilopochtli, que se llevaba a cabo cada ao con canciones y bailes religiosos. Alvarado lo permiti con dos condiciones: que no se hicieran sacrificios humanos y que acudieran sin armas. El da de la fiesta se presentaron unos 600 aztecas de la ms alta nobleza, sin armas y adornados con ricas vestiduras y joyas. A una seal los espaoles atacaron a los aztecas y los asesinaron a todos. Esa reaccin incomprensible motiv una sublevacin, la proclamacin como emperador del hermano de Moctezuma, Cuitlhuac; y el cerco al palacio de Alvarado. Corts decidi romper el cerco de forma prrica. Destrua 300 casas, pero los aztecas le destruan todos los puentes para la retirada; incendi el gran teocali y fue atacado con renovado furor. Moctezuma, hombre casi incomprensible, que tena un gran historial guerrero -haba tomado parte en 9 batallas, probablemente como combatiente- y bajo cuyo gobierno el Imperio azteca alcanz el mximo esplendor y podero, desde la entrada de los espaoles haba perdido toda su voluntad. Se ofreci como mediador cubierto con todas las insignias de su cargo imperial, habl a su pueblo, que respondi arrojndole piedras. El 30 de junio de 1520 mora el prisionero y herido Moctezuma II, que como rehn haba detenido el levantamiento contra los espaoles hasta entonces.

 En 1539 Pedro de Valdivia (1497-1553), maestre de campo de Francisco Pizarro en la guerra contra Almagro y experimentado soldado procedente de los tercios de Flandes e Italia, solicit a su capitn y gobernador autorizacin para realizar una expedicin a Chile. Era la oportunidad de probar fortuna y alcanzar hacienda y gloria perseguida en campos de batalla europeos y en numerosas luchas como en las que haba tomado parte en Amrica. Pizarro accedi a la peticin nombrndole "teniente de gobernador", pero dej en sus manos levantar y pagar la fuerza con la que acometer la nueva jornada, que no sera sino la finalizacin de la ocupacin del imperio inca, tal y como sucediera en la fracasada aventura de Almagro. Por su intervencin en la guerra civil del Per, Valdivia haba sido recompensado con una encomienda en el valle de la Canela (Charcas) y una mina de plata en Porco, bienes que puso a disposicin de la campaa que se aprestaba a iniciar. Sin embargo, no logr reunir los medios necesarios hasta que pudo alcanzar un acuerdo con un adinerado comerciante llegado de Espaa, Francisco Martnez, que financi el avituallamiento de los expedicionarios a cambio de la mitad de lo que rindiera la Conquista. Las dificultades seran todava mayores para reunir una fuerza suficiente que ofreciera garantas para la aventura. Las noticias que haban trado de Chile la gente de Diego de Almagro sobre la ausencia de grandes riquezas y la penuria del viaje desalentaron el reclutamiento. Debido a estos problemas, Valdivia acord compartir jornada con Pero Sancho de Hoz, quien fuera secretario de Pizarro y estaba ansioso de hacer efectiva la gobernacin que el rey le haba concedido en las tierras que descubriera en la regin ms austral. En enero de 1540 Valdivia parti de Cuzco con apenas once soldados y mil indgenas, decidido a seguir la ruta del desierto que sealara el retorno de Almagro.

La conquista de Chile por Pedro de Valdivia

El viaje
La expedicin tena un alto costo. Haba que proveerse de hombres, animales, alimentos y otros recursos. Lo que ms le cost a Valdivia fue reunir a los hombres. Invirti todos sus recursos y hasta se endeud para concretar su viaje, y slo logr reunir unos 150 soldados. Incluy en el grupo a una mujer espaola, Ins de Surez, y a algunos sacerdotes. En su determinacin, pesaron no slo las dificultades naturales del Altiplano, sino tambin la hostilidad de los indgenas de la regin. El capitn espaol cuidaba mucho de dar descanso a sus tropas, en aquellos valles donde encontraba pasto para sus caballos y vveres para sus soldados. De Arica la expedicin pas a Tarapac y all aguard a que se sumaran nuevos efectivos. Primero fueron los diecisis que llegaron con Rodrigo de Araya; despus la gente reunida por Francisco de Villagra, procedente de la fracasada expedicin de Diego de Rojas, unos ochenta ms. En San Pedro de Atacama se agregaron veinticinco espaoles al mando de Francisco de Aguirre. Fue entonces cuando Sancho de Hoz pretendi asesinar a Valdivia. Fracasado ese intento, y ante la perspectiva de ver frustrada la campaa a causa de las discordias, Valdivia, despus de haber mandado prender a su rival, se limit a imponer a Sancho de Hoz que disolviera mediante escritura la compaa que traa con l y asimismo renunciara a los derechos que haban acordado repartirse cuando se asociaron, tras lo cual, despus de expulsar a varios cmplices, le permiti continuar en la expedicin.

Posesin del territorio

En septiembre de 1540, los espaoles llegaron a Copiap, donde tomaron posesin del territorio. En Copiap llegaran a incorporarse una veintena ms de espaoles. Y con esta fuerza, Valdivia tom posesin del territorio que en adelante se descubriera con el nombre de Nueva Extremadura -en honor a su tierra de procedencia, en la pennsula Ibrica-, pues a esa distancia y en esa latitud concluan los derechos de Pizarro. Se extendi un acta y el lugar se llam Posesin, nombre que se le asigna a Copiap en los primeros documentos de la Conquista. Los expedicionarios continuaron su avance por los valles de Huasco, Coquimbo y Aconcagua y, en diciembre de 1540, ya se encontraban en el Valle del ro Mapocho. Aqu, encontraron una complicada situacin poltica y militar entre los indgenas. Michimalongo y Tangalongo se disputaban el dominio del valle. A su vez, el cacique Atepudo mantena guerras con Michimalongo. Valdivia saba que su empresa de conquista era difcil y que sta, entre otros factores, dependa del lugar en que fundara la primera ciudad.

 El 31 de mayo de 1522 el espaol Andrs Nio, a la cabeza de una expedicin, desembarc en la isla de Meanguera enel (golfo de Fonseca); y posteriormente descubri la baha de Jiquilisco y la desembocadura del ro Lempa. En junio de 1524, Pedro de Alvarado sali de la poblacin de Iximch en el actual territorio de Guatemala para iniciar el proceso de conquista de Cuscatln. Bajo su mando estaban unos 250 soldados espaoles y unos 6,000 indgenas aliados, principalmente tlaxcaltecas. Luego de pasar por los poblados de Itzcuintepec, Atiepac, Tacuilula, Taxisco, Guazacapn, Chiquimulilla, Tzinacautn, Naucintln y Paxco, lleg a las riberas occidentales del ro Paz, y lo cruz para internarse en los territorios pipiles. Luego de algunas leguas de camino lleg a una poblacin de Mochizalco (hoy Nahuizalco), que Alvarado encontr desierta, debido a que sus habitantes la haban abandonado luego de enterarse de los atropellos que haba realizado al otro lado del ro Paz. Luego continu hasta la poblacin de Acatepec que tambin haba sido abandonada por sus habitantes. Alvarado continu hacia el sur y lleg a la poblacin de Acaxual (Acajutla); al continuar, se encontr a media leguadel pueblo con el ejrcito pipil, entablndose una cruenta batalla. El mismo Alvarado fue alcanzado con una flecha enel fmur, quedando herido de gravedad.

 Luego de la batalla, Alvarado realiz un repliegue para curar a los heridos, permaneciendo unos cinco das en Acaxual. A pesar de la gravedad de su herida, que le obligaba a permanecer en la retaguardia, march contra el poblado de Tacuzcalco (hoy Nahulingo), que se encontraba situado al sur de la actual ciudad de Sonsonate; all se entabl una desigual batalla con enormes prdidas para el ejrcito pipil. Los espaoles descansaron un par de das y continuaron hacia Miahuatln, que encontraron desierta. Al llegar a la poblacin de Atehuan (actualmente Ateos, La Libertad) recibi mensajeros que traan una declaracin de paz de los Seores de Cuscatln; sin embargo Alvarado avanz hacia la ciudad de Cuscatln y encontrndola desierta. Parece ser que en julio de 1524, Alvarado regres a Guatemala debido a las condiciones climatolgicas. La historia de la expedicin liderada por Pedro de Alvarado al territorio del Seoro de Cuzcatln (descrita anteriormente) fue narrada por el mismo Pedro de Alvarado en su Segunda Carta de Relacin enviada a Hernn Corts. Adems de este documento existen otros como: el Lienzo de Tlaxcala y la Brevsima relacin de la destruccin de las Indias. En el Lienzo de Tlaxcala, los indgenas tlaxcaltecas que acompaaron al ejercito de Pedro de Alvarado narran adems dentro de la campaa conquistadora del conquistador otras batallas ocurridas dentro del territorio actual de El Salvador las cuales son: las batallas de Cenzonapan (el mismo lugar donde posteriormente se fundara Sonsonate), Tecpan Izalco, Yopicalco (Opico) y Xilopango (Ilopango).

 En cambio la Brevsima relacin dela destruccin de las Indias (escrita por Fray Bartolom de las Casas) narra una versin ms conquistadora por parte delos espaoles que pacfica. A finales de 1524 o principios de 1525 Pedrarias Dvila (conquistador de Panam y Nicaragua) envi a Francisco Hernndez de Crdoba a Honduras y este a su vez envi a Hernando de Soto hacia Olancho pasando por Nequepio (nombre con el que los indgenas Chorotegas conocan al Seoro de Cuzcatln), ante esto Pedro de Alvarado envi a un grupo de hombres liderados por Gonzalo de Alvarado para fundar la villa de San Salvador; la villa de San Salvador fue fundada por Diego de Holgun y Gonzalo de Alvarado el 1 de abril de 1525 en el sitio conocido como Ciudad Vieja, en el valle de la Bermuda, a 8 kilmetros al sur de la actual Suchitoto. En 1526 estall una sublevacin indgena que oblig a abandonar la villa. En 1528, la villa de San Salvador fue refundada por Diego de Alvarado. Para 1528 se estima un aproximado de 90 pueblos conquistados y repartidos entre los espaoles. Desde 1529 a 1540 Luis de Moscoso, Diego de Rojas, Pedro de Portocarrero, entro otros capitanes del ejrcito de Pedro de Alvarado, prosiguen y ponen fin a la conquista y pacificacin de El Salvador. En 1537 es vencido Lmpira (lder de una resistencia lenca) en Honduras. En 1540 el rea de El Salvador es pacificada, quedando el actual territorio salvadoreo plenamente controlado por los espaoles.

Espaoles que conquistaron El Salvador

Pedro de Alvarado (intent infructuosamente el primer intento de conquista en 1524.)

Gonzalo de Alvarado (Fundador de la Villa de San Salvador en 1525.)

Diego de Alvarado (Fund por segunda vez la villa de San Salvador y a su vez empez la conquista definitiva en 1528.) Diego de Rojas (Inici la conquista del seoro lenca en 1529 siendo luego capturado por Martn Estete para luego ser liberado. En 1532, junto con Pedro Portocarrero, pacific la Costa del Blsamo.) Luis de Moscoso (Derrot a Martn Estete y fundo la villa de San Miguel de la frontera a principios de 1530) Hernando de Chvez y Pedro Amaln (Vencieron a Copn Galel y conquistaron el Reino Payaqu en 1530.)