Sminaire de lEcole Doctorale SST

Universit Franois Rabelais de Tours

Avril 2011
Communiquer les rsultats
de ses travaux de recherche
Etablir une stratgie de publication
Construire un article de recherche
Patricia Volland-Nail
INRA Centre de recherches de Tours
2

A scientific experiment, no matter how spectacular the
results, is not complete until the results are
published
The cornerstone of the philosophy of science is based
on the fundamental assumption that original research
must be published
The scientist must not only do science but must
write science

(Day, 1988, In How to Write & Publish a Scientific
Paper , 3rd Ed)


3
Publier, auto-archiver,
pour que la nouvelle
information devienne
connaissance
Collecter
linformation
scientifique
Veiller, surveiller,
se tenir rgulirement
inform
Grer linformation
collecte
Evaluer
linformation
Communiquer
ses rsultats
Lire, rflchir,
mettre en place des
protocoles
Chercheur
Utilisateur de linformation
Chercheur
Producteur de linformation
Insrer la nouvelle
information dans
son processus
de recherche
Rdiger des articles
4
Objectifs du sminaire

Prendre conscience de limportance de la
communication scientifique en recherche et
lintgrer dans son travail de recherche : Pourquoi
publier ?
Mieux apprhender et comprendre le contexte
actuel de ldition scientifique et son volution
Dfinir une stratgie de publication pour mieux
valoriser les rsultats de ses travaux en se posant
les bonnes questions au bon moment
Connatre les bases de la construction et de la
rdaction dun article de recherche : structurer un
article, les points-cls (titre, rsum), les rgles de
construction des tableaux et figures, les
conventions internationales
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Pourquoi publier ?
6
Pourquoi publier ? (1)
A research project must generate a written
publication
(Matthews, Bowen & Matthews, 2000. In Successful scientific
writing , 2nd Ed)

Researchers publish for economic
self-interest
(Huth E, cit par Devine K, The Scientist 15:30, 2001)

No publications, no funds ; no funds, no job
(Flower-Ellis J, Swedish Univ. of Agricult. Sciences, cit par Devine
K, The Scientist 15:30, 2001)

7
Pourquoi publier ? (2)
Publier les rsultats de la recherche cest
participer llaboration de la Connaissance

Mais publier cest aussi le moyen par lequel le
chercheur est reconnu
car lvaluation de la Recherche et des
chercheurs passe par lvaluation des
crits de la recherche
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Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Lvolution du contexte de
ldition scientifique
De lavnement des revues
scientifiques en 1665
9
larticle du futur de 2010
10
2 lments de lArticle du futur
11
et lavnement du Web 2.0
rseaux sociaux et autres Wikis ou
Symposia en ligne
12
13
Evolution de la communication
et de ldition scientifique
Depuis + de 15 ans, profonds changements
A lorigine : 1990-2000 : 2 phnomnes :
mergence et appropriation dInternet par les chercheurs
augmentation des tarifs des abonnements aux revues
scientifiques majeures
Do il a dcoul :
le mouvement des archives ouvertes : initi par les
physiciens en raction aux tarifs pratiqus par les diteurs
scientifiques
oprations libre accs, axes sur la gratuit de laccs
linformation scientifique
un profond remaniement de la communication
scientifique et de la manire dcrire les articles via le Web
14
Archives ouvertes ou Open Archives
Open Archives : dpt de preprints et/ou darticles
publis sur des serveurs spcifiques inter-oprables
(protocole OAI) : la consultation se fait via ces serveurs
interrogeables simultanment
Origine : 1991 : Archives de Los Alamos (pour la
physique et les mathmatiques) cres par P Ginsparg qui a
conduit une entreprise internationale ouverte tous :
les Open Archives
http://xxx.lanl.gov/ ou http://fr.arXiv.org
Octobre 2000 : en France, cration du Centre pour la
Communication Scientifique Directe des Archives
ouvertes du CNRS (CCSD) : http://ccsd.cnrs.fr

15
Dclaration de Berlin
22 octobre 2003 : Dclaration de Berlin
engagement dvelopper le libre accs aux
rsultats de la recherche
soit par lauto-archivage sur des sites
institutionnels : les serveurs darchives ouvertes
soit par la publication des articles dans des
priodiques gratuits pour le lecteur :
priodiques en libre accs
signe par un certain nombre de responsables
d'universits et d'instituts de recherche europens :
en France, par l'INSERM, le CNRS et par lINRA
Octobre 2010 : Berlin 8 Pkin
CCSD : http://ccsd.cnrs.fr
16
17
HAL : http://hal.archives-ouvertes.fr/
L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL,
est destine au dpt et la diffusion
d'articles scientifiques de niveau recherche,
publis ou non, et de thses,
manant des tablissements d'enseignement
et de recherche franais ou trangers,
des laboratoires publics ou privs
Les serveurs darchives de
lInserm, lInria, lInra
18
Les Thses en ligne
http://tel.archives-ouvertes.fr/
19
20
Priodiques en libre accs
Exemple : BioMed Central
http://www.biomedcentral.com/
Avril 2010: 207 revues en biologie et
mdecine
Accs ces revues totalement gratuit
Le chercheur qui publie paye les frais
administratifs du peer review et de la mise
en ligne
Revues compatibles OAI
Copyright laiss au chercheur
21
22
PLoS : Public Library of Science
PLoS : l'origine une coalition de chercheurs
soucieux de rendre librement accessible les rsultats
de la recherche scientifique
Mouvement lanc en fvrier 2000 pour demander aux
diteurs de mettre leurs revues en libre accs 6 mois
aprs leur parution : peu denthousiasme des diteurs !
Ptition lance dbut 2001 : les chercheurs
demandaient que tout article publi soit accessible en
ligne gratuitement 6 mois aprs sa parution dans une
revue, sinon boycott des revues
PLOS Biology paru en octobre 2003
PLOS aujourdhui : 7 priodiques
http://www.plos.org/
23
Pas encore bien connu
Changement du modle conomique de ldition
scientifique ?
Dveloppement des archives ouvertes ?
Suivre linformation sur le site du Libre Accs :
actualits, problmatiques et perspectives
http://openaccess.inist.fr/


24
Lavenir
Sminaire de lEcole Doctorale SST
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Avril 2011
Elaborer une stratgie de
publication
Que publier ? Notions dthique des publications
Avec qui publier ? Qui est auteur ?
Quand publier ?
Comment ? Quel type darticle publier ?
O ? Dans quel priodique ?
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Avril 2011

Que publier ?

27
Que publier ? (1)
La notion de progrs dans la connaissance est
essentielle

Est publiable :
tout progrs spcifique, identifiable, vrifiable ou
ventuellement rptable
toute observation nouvelle dun processus ou dun
phnomne mritant dtre connu et apportant une
nouvelle brique la connaissance
toute avance dans lapplication pratique de
principes connus

Que publier (2)
Nanmoins, savoir laisser libre court son intuition
et ne pas se laisser enfermer dans des prjugs
Exemple : la parution dans Nature du 1
er
Juillet 2010 dun
article sur la dcouverte de fossiles dorganismes
multicellulaires dats de 2,1 milliards dannes qui remet
en cause la date de lapparition des premires formes de
vie sur terre
Nous avons malheureusement tous tendance trop
faire confiance ce que nous ont appris nos professeurs
Il faut bien sr de la connaissance, mais il faut aussi
de la curiosit (Le Monde, 3 Juillet 2010, A. El Albani)
28
Nature 1
er
Juillet 2010
29
Que publier ? (2)
Attention la subdivision abusive dun travail
dans le seul but daugmenter le nombre
darticles publis viter le salami slicing !
Cf. Editorial - Nature Materials 4, 1 (2005) - The cost of salami slicing



Une rgle : on doit publier les rsultats de ses
travaux scientifiques dans le respect
des rgles de lthique de la publication !


Nature Materials -2005
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Avril 2011
Ethique des publications
http://www.slideshare.net/pvolland/ethique-
publicationsscientifiquesauthorship2010pvn


31
Ethique et science
Fin du 20me sicle : mise en lumire de nombreux cas
de fraude scientifique et nombreuses questions
suite lavance rapide des connaissances (recherches
sur lembryon)

Prise de conscience de limportance de la notion
dthique dans le domaine de la recherche scientifique
Mise en place de rglementations et de codes de
conduite internationaux
Mise en place de nombreux Comits dthique

32
Quelques exemples de sites sur
lthique et la recherche
The Office of Research Integrity (ORI) in US :
http://ori.dhhs.gov/

The National Institutes of Health's Bioethics Resources
on the Web :
http://www.nih.gov/sigs/bioethics/

Comit dEthique au CNRS en France, COMETS:
http://www.cnrs.fr/fr/organisme/ethique/comets/index.htm

Web Resources on Publication and Research Ethics
http://www.wame.org/resources/wame-ethics-resources

33
Ethique des publications : COPE
Committee On Publication Ethics








Cr en 1997 par des membres de lICMJE qui diffusent par
ailleurs, depuis 1988, les Uniform Requirements for Manuscripts
Submitted to Biomedical Journals ou Consignes de Vancouver

Publie : the Guidelines on good publication practice
http://www.publicationethics.org.uk/

34
Committee On Publication Ethics
Regroupe plus de 6200 journaux et fait rfrence en la
matire
De nombreux diteurs adhrent au COPE dont :
Elsevier, WileyBlackwell, Springer, Taylor & Francis,
Palgrave Macmillan, Wolters Kluwer
Elsevier depuis fvrier 2008 : Our editors face an
increasing number of cases of plagiarism and
unethical publishing behaviour. As publishing ethics is
a major aspect of the peer-review process, were
delighted to announce the partnership with COPE
which can act as a sounding board for all our editors
seeking for an external authoritative opinion on difficult
cases
Martin Tanke, Managing Director, Elsevier S&T Journals Publishing
35
COPE Code of Conduct

36

37
Ethique des publications
4 grands principes :

1. Evaluation par les pairs
2. Respect des principes fondamentaux de la
dmarche scientifique
3. Respect des rgles de bonne conduite
scientifique
4. Contribution significative de chacun des auteurs
des publications : notion dauthorship

38
1. Evaluation par les pairs
Principe du peer-review : pas nouveau mais raffirm :
toute nouvelle information scientifique doit avoir t
accepte par les pairs pour tre publie
pas de communication directe des rsultats de
recherche sur Internet sans valuation par les referees

Mais les referees (ou reviewers) ont aussi des devoirs :
ils doivent aussi respecter des rgles thiques
39
Ethique du reviewer
Maillon trs important de la chane de publication, le
reviewer doit :
Respecter les rgles de dontologie : ne pas citer un
manuscrit avant quil ne soit publi, ne pas utiliser
linformation avant sa publication
Adopter une attitude positive et impartiale vis--vis
des auteurs
Ne pas discuter de larticle avec les auteurs
Ne pas juger un travail sil ne sen sent pas capable : il
doit le retourner rapidement lditeur
Respecter les dlais de renvoi des commentaires
40
2. Respect des principes fondamentaux
de la dmarche scientifique
Exactitude des donnes rapportes
Reproductibilit des faits exprimentaux
Explication de lensemble des mthodes ayant
permis dobtenir les rsultats prsents sans
dissimulation de dtails
Disponibilit des donnes : mise disposition des
cahiers de laboratoire si besoin : archivage
obligatoire des cahiers de laboratoire
Rfrences aux travaux antrieurs
41
3. Rgles de bonne conduite
Mise disposition de toutes les informations
dtenues et ventuellement des produits qui ont
t utiliss pour obtenir les rsultats prsents
Actes dinconduite scientifique : ne pas faire !
Fabrication de rsultats
Falsification ou suppression de rsultats
Plagiat ou appropriation de rsultats, de
donnes ou de concepts nouveaux
Non-reconnaissance des apports dautrui assimil
du plagiat : dfaut de citation des travaux
antrieurs

42
4. Auteurs des publications
Le fait de signer une publication implique la
contribution significative de chacun des auteurs
dans llaboration du contenu et la rdaction

Tous les acteurs de la recherche peuvent
lgitimement prtendre la signature des travaux
auxquels ils ont contribu sans discrimination, mais
dans le respect des rgles de l Authorship
Singapore Statement on
Research Integrity 2010
Fait suite la 2
nd
World Conference on Research
Integrity (21-24 July 2010 Singapore) : 4 grands
principes rappels :
Honntet
Responsabilit
Courtoisie et Equit
Bonne gestion de la recherche
43
Singapore Statement on
Research Integrity 2010
1. Integrity
2. Adherence to
Regulations
3. Research Methods
4. Research Records
5. Research Findings
6. Authorship
7. Publication
Acknowledgement
8. Peer Review
9. Conflict of Interest
10. Public Communication
11. Reporting Irresponsible
Research Practices
12. Responding to Irresponsible
Research Practices
13. Research Environments
14. Societal Considerations

44
Qui peut revendiquer tre auteur
dun article scientifique ?
46
Importance de la notion dauteur car
Le chercheur a besoin de publier pour se faire
connatre et reconnatre par lensemble de la
communaut scientifique
Lvaluation de la Recherche et des chercheurs se
fait quasiment exclusivement par lintermdiaire des
publications et crits scientifiques
Toute la vie acadmique
tourne autour des publications :
les crdits et lobtention
de contrats sont fonction
des publications
47
Querelles autour de la notion
dauthorship
Frquentes : reprsentent 2/3 des conflits :
Oubli dun auteur devenu fantme : Ghost
author
Place de lauteur parmi les signataires de larticle ne
refltant pas limportance de la contribution
Ajout injustifi dun auteur ou signature cadeau :
Gift author ou Honorary author
Le COPE conseille les diteurs davoir des instructions
claires vis--vis des auteurs et de mettre en place des
dclarations sur lhonneur qui attestent que tous les
auteurs ont contribus et quils approuvent la version
finale du manuscrit
48
Qui peut revendiquer tre auteur
dun article scientifique ?
Le concepteur du protocole exprimental ?
Le responsable du laboratoire ?
Le technicien qui a collect les donnes ?
Le chercheur qui a fourni un anticorps ?
Le responsable du fonctionnement du
matriel danalyse : spectromtre de masse,
microscope lectronique, etc ?
Le statisticien qui a analys les rsultats ?
Celui qui a collect les fonds ncessaires ?
etc
49
La signature en science nest pas un simple
geste qui vient clore une recherche et qui est
rductible une information chiffre : elle
vhicule des traditions en vigueur au sein dune
discipline, les relations entre les membres dun
mme laboratoire, les collaborations quils ont
tablies avec dautres collgues, le mode
dorganisation de la communaut scientifique

D. Pontille, 2005, Pour la Science n327, p: 58-61
50
51
Pourquoi autant de questions ?
Constats :
La signature est le rsultat de discussions, de
ngociations, de justifications (Pontille, 2005)
Durant les 30 dernires annes, la pression de lvaluation
a entran une augmentation du nombre des co-auteurs
des articles
La recherche est un travail dquipe : complique lanalyse
de la notion dauteur rel de larticle
Publier apporte renom , reconnaissance et
clbrit
Pratiques diverses selon les domaines scientifiques
(Physique vs Biologie)
Des rgles existent, mais elles sont relativement
rcentes (< 30 ans) et trop mal connues
52
Mise en place de rgles (1)
En 1982, lors dun congrs du Council of Biology
Editors (CBE), E. Garfield* demande aux
diteurs des revues scientifiques dtablir des
rgles en matire dauteurs :

As editors, you do have the authority

* Fondateur de lInstitute for Scientific Information (ISI), producteur
des Current Contents et du Journal of Citation Reports
(Impact Factor des priodiques)
53
Mise en place de rgles (2)
De nombreux problmes de fraudes et de
mauvaises conduites dans les annes 80 ont
entran un intrt accru pour lthique de la
publication
En 1986 : dclenchement de laffaire
Baltimore : publication dans Cell dun article
avec 5 co-auteurs dans lequel une fraude a t
suspecte
David Baltimore (prix Nobel de mdecine en
1975) na pas t accus lui-mme de fraude,
mais responsable en tant que co-auteur
54
Mise en place de rgles (3)
En 1988 : Colloque sur les droits et
responsabilits des auteurs : rgles insres
dans la Convention de Vancouver adopte par
plus de 500 diteurs de revues biomdicales

Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical
Journals http://www.icmje.org/urm_main.html
Dfinition de lauteur
Est auteur, toute personne ayant
suffisamment particip au travail pour en
accepter la responsabilit en public


Notions essentielles :
participation et responsabilit

Uniform Requirements for Manuscripts Submitted
to Biomedical Journals & Committee On Publication Ethics
Singapore Statement on
Research Integrity 2010

Authorship : Researchers should take
responsibility for their contributions to all
publications, funding applications, reports and
other representations of their research. Lists of
authors should include all those and only those
who meet applicable authorship criteria
56
Critres de choix des auteurs
L'auteur d'un article de recherche doit remplir
simultanment 3 conditions :
1) Avoir contribu de faon substancielle la
conception et la mise au point du protocole
exprimental, ou lacquisition des donnes,
ou l'analyse et l'interprtation des donnes
2) Avoir contribu la rdaction de l'article ou la
rvision critique du contenu intellectuel
3) Avoir approuv la version finale publie

Cf. Uniform Requirements for Manuscripts
Submitted to Biomedical Journals
Il est prcis que :

Participer seulement la collecte des rsultats ou
excuter seulement les expriences ne justifie pas
automatiquement la qualification d'auteur

Superviser un groupe de recherche n'entrane pas
automatiquement la qualification d'auteur de tous les
articles du groupe


Critres de choix des auteurs (suite)
Prcision de la Society for Neuroscience

Although researchers are strongly encouraged
to share materials such as reagents, animals, and
tissues (see 1.8), the provision of such materials
in and of itself does not constitute sufficient
grounds for inclusion as an author

Cf. Society for Neuroscience Authors of Research Manuscripts
http://www.sfn.org/index.aspx?pagename=responsibleConduct_authorsOfRes
earchManuscripts
Attention la notion de Gift author : il est
essentiel de ne pas mettre parmi les auteurs
quelquun sans len avertir, afin de ne pas lengager
dans une responsabilit quil ne tient pas forcment
assumer !

Pour limiter ce genre de pratique de plus en plus de
revues demandent, au moment de la soumission de
larticle, que tous les auteurs sengagent en signant
un formulaire spcifique
Quimplique la notion
de Responsabilit
Authorship responsability
Exemple avec
Biology of Reproduction
All authors must sign
Consignes aux auteurs
La dfinition des auteurs et les critres de choix sont reconnus
par la plupart des revues scientifiques et intgrs dans les
Consignes aux auteurs au paragraphe Authorship

Extrait des consignes aux auteurs dElsevier :

Authorship of the Paper
Authorship should be limited to those who have made a significant
contribution to the conception, design, execution, or interpretation of the
reported study. All those who have made significant contributions should be
listed as co-authors. Where there are others who have participated in
certain substantive aspects of the research project, they should be
acknowledged or listed as contributors.
The corresponding author should ensure that all appropriate co-authors
and no inappropriate co-authors are included on the paper, and that all co-
authors have seen and approved the final version of the paper and have
agreed to its submission for publication.
Authorship vs Contributorship
La notion dauteur volue et on parle maintenant
de plus en plus de contributorship
Les rdacteurs des revues peuvent ainsi demander aux
auteurs de dcrire prcisment la contribution de
chacun des auteurs et le degr de responsabilit

Some journals now request and publish information
about the contributions of each person named as
having participated in a submitted study, at least for
original research
Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals,
Updated October 2007
Guarantor
Il est parfois difficile de prendre en compte le fait que
certains auteurs, trs spcialiss, puissent tre
responsables de tous les aspects du projet de la
recherche
Les diteurs souhaitent alors quun (ou plusieurs)
auteur(s) soi(en)t le garant de lintgralit du projet

All persons designated as authors should qualify for authorship,
and all those who qualify should be listed. Each author should have
participated sufficiently in the work to take public responsability for
appropriate portions of the content. One or more authors should
take responsibility for the integrity of the work as a whole, from
inception to published article
Corresponding author
Le corresponding author a la responsabilit des
relations avec lditeur de la revue et fait le lien entre
tous les co-auteurs

Il doit avertir les co-auteurs au fur et mesure de
lavance des tapes de la publication : critiques des
referees , acceptation ou rejet de la publication, etc

Le choix du corresponding author se fait en
concertation avec lensemble des co-auteurs

Il doit avoir une adresse stable
66
Comment rduire la frquence des
problmes dauteurs ?
Contestations essentiellement de 2 types:
Diffrence dapprciation du mot substantiel : le
cahier de laboratoire doit faire foi de la participation
de chacun
Rel manquement lintgrit: ajout dun auteur ou
plus grave oubli dun auteur

Encourager une culture de lthique de signatures
Commencer discuter de qui sera auteur et de lordre
des signataires avant la fin du projet, suffisamment en
amont de la rdaction et de prfrence avoir une
dcision collective
67

En cas de doute
http://ori.dhhs.gov/education/products/niu_authorship/index.htm

68
Qui choisit les auteurs ?
Quand ?
Ordre des auteurs
Qui choisit les auteurs ? Quand ?
La dcision doit tre prise en quipe, avant de
commencer le travail de rdaction proprement dit

Cest en gnral la personne la plus engage
dans le projet qui propose les noms des auteurs car
elle sait qui a fait quoi

Il est aussi important de dcider au tout dbut de
lordre des auteurs, afin dviter les malentendus, et
dtablir qui aura le rle de corresponding author
vis--vis de la revue
Ordre des noms d'auteurs (1)
Pas de rgles strictes
Varie selon les pratiques dans le domaine si la revue
ne donne pas de consignes spciales (tel que lordre
alphabtique par exemple)
(cf. Rapport Acadmie des Sciences Janvier 2011)
Exemple : conventions en Biologie :
Le premier auteur : la personne la plus engage
dans le travail : celle qui fait la synthse du travail,
qui coordonne le travail de rdaction de l'article,
qui a effectu le plus de travail
Ensuite : par convention, le directeur du laboratoire
ou de l'quipe (sil peut tre qualifi
dauteur ) signe en dernier
Entre les deux ?
Ordre dcroissant des responsabilits ou ordre
alphabtique en cas de responsabilits
quivalentes

On peut expliciter l'ordre des noms d'auteurs dans
une note de bas de page

Lordre des noms dauteurs est dterminer en
concertation avec tous les co-auteurs
Ordre des noms d'auteurs (2)
Lie la notion dauteur,
la notion de Remerciements
Rappel des Uniform Requirements for
Manuscripts Submitted to Biomedical Journals :

All contributors who do not meet
the criteria for authorship should be listed in an
acknowledgments section
Singapore Statement on
Research Integrity 2010

Publication Acknowledgement : Researchers
should acknowledge in publications the names
and roles of those who made significant
contributions to the research, including writers,
funders, sponsors, and others, but do not meet
authorship criteria.
75
Remerciements (1)
Doivent tre cites dans les remerciements :
aides techniques de toute nature (personnel des
UE/IE par exemple)
personnes ayant fourni des produits ou du
matriel exprimental (animaux des UE/IE par
exemple)
personnes participant uniquement une relecture
de larticle et/ou une discussion ventuelle sur le
contenu
soutien matriel ou financier, en indiquant la
nature de l'aide
Les personnes sont cites avec la description de
leur fonction ou contribution :
conseiller scientifique , analyse critique du
protocole d'tude , collecte des donnes ,
fourniture des animaux , fourniture dun
anticorps , avec le soutien financier , etc
Toute personne remercie doit en tre avise et doit
avoir donn son accord pour tre cite
Certains journaux (aux US principalement)
demandent maintenant que les personnes
remercies signent aussi les formulaires de
soumission des articles
Remerciements (2)
Les remerciements peuvent dsormais
se retrouver intgrs dans le WOS
Dans le cas de remerciements financiers , des Units ou des
organismes peuvent apparatre dans le WOS dans le champ :
Funding Acknowledgement.
Exemple :
On peut ainsi prvoir terme
une meilleure reconnaissance
des Remerciements
Droits des auteurs
en vue des dpts futurs dans
Prodinra ou les Archives ouvertes
Droits des auteurs
des articles scientifiques
Au regard du droit, lauteur dun article scientifique
possde des droits de proprit intellectuelle, en tant
que crateur du contenu de larticle
Mais les revues scientifiques internationales pratiquent
le Copyright : partir du moment o larticle est publi
dans une revue, les auteurs perdent certains droits
Les auteurs doivent accepter les conditions des
diteurs scientifiques avec lesquels ils passent contrat,
dont la cession des droits lditeur : le Copyright
assignment
Copyright assignment
Par ce document, le priodique sassure que larticle
est lui-mme libre de droits
Lditeur se prmunit des problmes de conflits
dintrt
Le transfert de droit stend aux traductions
futures et tous supports de diffusion quels quils
soient, y compris lectronique
Toute reproduction totale ou partielle de larticle est
interdite sans lautorisation de lditeur
Seuls les rsums des auteurs et les
communications orales, les posters prsents dans
des congrs, chappent cette contrainte

Exemple de Copyright Assignment
Demande de permission au Publisher
Permissions & Reprints
Exemple dun journal
dElsevier : rutilisation dune
figure dans un article de Brain
Research Bulletin 1982
83
Springer
84
Les noms des auteurs
Attention car il y a de nombreux
problmes didentification !
Nom des auteurs (1)
La composition (nom prnom) et
lorthographe des noms des auteurs doivent
tre invariables dans le temps !
Les femmes doivent faire particulirement
attention leurs changements de noms
ventuels ...
Garder son nom patronymique est la meilleure
solution

Nom des auteurs (2)
Attention aux homonymes !!!
Faire une recherche bibliographique avant la
premire publication pour dterminer son nom
dauteur scientifique
Important : respecter lintgrit du nom et des
initiales de prnom des co-auteurs
Nom des auteurs (3)
Encore un exemple : 3 articles dun mme auteur parus sous 3
noms diffrents dans le WOS aux mmes dates :
Pajot-Augy E ; Vidic J ; Grosclaude J ; et al. On a Chip
Demonstration of a Functional Role for Odorant Binding Protein in
the Preservation of Olfactory Receptor Activity at High Odorant
Concentration. Chemical Senses 33 (8): S164-S165 (2008)
Girard E ; Bernard V ; Minic J ; Chatonnet A ; et al.
Butyrylcholinesterase and the control of synaptic responses in
acetylcholinesterase knockout mice. Life Sciences 80 (24-25):
2380-2385 (2007)
Hou YX; ; Minic-Vidic J ; Pajot-Augy E ; et al. A novel
detection strategy for odorant molecules based on controlled
bioengineering of rat olfactory receptor 17. Biosensors &
Bioelectronics 22 (7): 1550-1555 (2007)

Difficile retrouver dans les bases de donnes ... si on ne
connat pas spcifiquement lauteur et sa vie personnelle
Documents de rfrence
Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical
Journals
http://www.icmje.org/
Elsevier : Publishing Ethics
http://www.elsevier.com/wps/find/intro.cws_home/publishing
Society for Neuroscience Authors of Research Manuscripts
http://www.sfn.org/index.aspx?pagename=responsibleConduct_authorsOfR
esearchManuscripts
Journal of Animal Science Instructions for Authors
http://jas.fass.org/misc/ifora.shtml
Managing Allegations of Scientific Misconduct: A Guidance
Document for Editors (PDF) de lORI (Office of Research Integrity)
http://ori.dhhs.gov/publications/handbooks.shtml
La signature scientifique : Une sociologie pragmatique de
lattribution. David Pontille, CNRS Editions, 2004
Lie la notion dauteur, laffiliation

Pour retrouver sans ambigut
les travaux de lInra dans
les bases internationales (WOS) !

Identification du laboratoire
Rappel sur les affiliations
Ladresse figurant sur larticle est celle o a t
effectu le travail
Les lments de ladresse ne doivent pas tre
traduits dans une autre langue

Lidentification de lorganisme dappartenance doit
tre faite avec soin : Universit, INRA, CNRS,
INSERM, etc pour la ralisation des tudes
bibliomtriques et valuations diverses de plus en
plus nombreuses
Exemple de ladresse dune UMR
dans le WOS de 6 faons diffrentes
dans la mme revue en 2008 !!!
Adresses sur les publications
Une tentative de normalisation des adresses a t
ralise par lOST (Projet Normadresses ) mais cest
difficile mettre en uvre !!!
Etre vigilant dans le cadre des UMR partenaires
multiples : mettre ladresse de chaque organisme, une
ligne par adresse
Conseil : Adresses-types mettre en place pour
chaque Unit ( voir avec les DUs) selon les consignes
de lorganisme
94
http://www.obs-ost.fr/
normadresses.phtml

La reconnaissance et la visibilit internationales
des articles scientifiques qu'ils ont contribu produire
sont dsormais une proccupation pour l'ensemble
des acteurs du systme franais de recherche

Projet, men en collaboration avec lensemble des
Universits et Organismes de recherche, visant traiter
les adresses franaises de la base bibliographique de
rfrence, le Web of Science, en concertation avec
l'diteur de cette base, Thomson Reuters

Exemple adresse multiligne
Exemple : lUMR Physiologie de la Reproduction et
des Comportements Nouzilly : 4 partenaires + IFR

1) INRA, UMR85, Unit Physiologie de la Reproduction et des
Comportements, F-37380 Nouzilly, France
2) CNRS, UMR6175, F-37380 Nouzilly, France
3) Universit Franois Rabelais de Tours, F-37041 Tours, France
4) IFCE, F-37380 Nouzilly, France

5) IFR 135 Imagerie Fonctionnelle, F-37044 Tours, France

Retranscription dans le WOS
Retranscription dans le WOS : cest lUniversit qui arrive
en tte des diffrents partenaires, ce qui pose problme
pour lidentification des organismes dans les analyses bibliomtriques
Mauvais exemple
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Quand ?
A quel moment dois-je publier mes
rsultats ?
98
Quand ? (1)
En prsence de :

rsultats significatifs que lon peut relier
l'ensemble des connaissances dj acquises
rsultats reprsentant un ensemble de donnes
essentielles et apportant un certain progrs dans
la connaissance
rsultats dont les interprtations ont t faites et
dont on a tir des conclusions

99
Quand ? (2)
Attention la prcipitation !

Exemple : lannonce dans Le Monde du 25 mars 2005 : Une
plante mutante dfie les lois mendliennes de lhrdit
(daprs un article de Nature du 24 mars 2005 : Genome-wide
non-mendelian inheritance of extra-genomic information in
Arabidopsis, by Lolle SJ, Victor JL, Young JM, Pruitt RE, Nature
434 (7032): 505-509 2005

Un scientifique interrog dans Le Monde juge prudent de ne
pas accepter tout de suite lide propose

Si lARN cach est bien responsable de cette hrdit
particulire, il doit tre possible de le trouver. Mais cela implique
au minimum une anne de travail supplmentaire
100
Quand ? (3)
Attention la prcipitation
Mais ne jamais trop tarder !
La comptition internationale est telle quil faut
suivre avec attention les travaux raliss sur son
sujet ou des sujets proches : une veille
scientifique rgulire et de qualit est
indispensable en parallle de son travail
exprimental
Des rsultats prsents sous forme dabstract ou de
poster lors dun congrs-colloque scientifique
internationale doivent tre publis rapidement aprs
cette premire diffusion
101
Article dans un priodique vs
Communication un congrs ?
Attention la communication de rsultats dans des
congrs/colloques
Les communications dans les congrs sont publies
sous diffrentes formes :
Confrences en sance plnire, publies sous forme darticles
de synthse
Courtes communications orales invites : publication de
courtes communications crites, type article de recherche
Propositions d abstracts seuls (court rsum), certains tant
choisis pour tre prsents en communication orale
Prsentation de posters , publis sous forme
d abstracts

102
Rle des communications aux
congrs scientifiques
Congrs : lieux dchanges et de rencontres
privilgis


Participer un congrs (colloque scientifique,
symposium) : opportunit pour le chercheur de
rencontrer dautres scientifiques et de discuter de
son travail avec des spcialistes de son domaine
Prsenter un abstract permet de prendre date
avant la publication dun article de recherche
Prsenter ses rsultats dans des congrs cls est
rellement stratgique
103
Abstract ou courte communication ?

La prsentation de rsultats un congrs sous forme
d abstract ou de poster nest pas un obstacle
la publication ultrieure dun article de recherche

mais si une courte communication est demande
(plus de 2 pages) et si le compte rendu du congrs est
considr comme une publication primaire : attention,
la publication ultrieure dun article de recherche nest
en principe pas autorise !
104
Abstract ou courte communication ?
(suite)

Important : poser un certain nombre de questions aux
organisateurs avant la soumission dune
communication pour connatre le devenir du
Proceeding du congrs : comment les
communications seront-elles publies et o ?

Cf Guidelines Congrs ISER 2010
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Comment ? Sous quelle forme ?
Quel type darticle ou de document ?
106
Transfert de lIST (1)
Le transfert de lIST passe par 2 tapes :

Lenregistrement des faits
La diffusion des connaissances

Plusieurs types de documents ou articles peuvent
traiter dune mme information scientifique
Ils ne sont pas tous identiques dans le fond et la
forme, chacun jouant un rle spcifique et possdant
sa propre structure
107
Transfert de lIST (2)
Etape 1 - Enregistrement des faits

Publication scientifique
ou dpt de brevet ?

Brevet dinvention Article scientifique

Communication un congrs

Article de Recherche

Thse ou Mmoires
Si les rsultats dun travail
de recherche peuvent avoir
une application industrielle,
la question du brevet
peut et doit se poser quand on
dcide de publier
108
Transfert de lIST (3)
Etape 2 - Diffusion des connaissances

Public scientifique Public non scientifique

Article de synthse Article de transfert
Article de dveloppement
Ouvrage spcialis Article de vulgarisation

Ouvrage de rfrence Ouvrage de vulgarisation

Encyclopdie
Niveau ultime de la Connaissance
109
Les diffrents types de documents
Entre ces diffrents types de documents
scientifiques, il existe une relation
chronologique : le rsultat est
la transformation dun Rsultat original en
Connaissance scientifique


Larticle de recherche est larticle-cl
du transfert de lIST
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Larticle de recherche
111

Larticle de recherche

Larticle cl de la
communication scientifique

Structure classique IMRAD :
Introduction
Material and methods
Results
And
Discussion

4 parties fondamentales
dont le rle et le contenu
sont bien dfinis
112
Larticle de recherche
Dfinition
Premire publication des rsultats dune
recherche originale,
sous une forme telle que lon puisse rpter les
expriences et tester les conclusions,
dans un priodique, ou autre document
facilement accessible par lensemble de la
communaut scientifique internationale

(Day, In : How to Write & Publish a Scientific Paper )
113
Rle de larticle de recherche

Diffusion et archivage des rsultats de la
Recherche

Evaluation du travail des chercheurs et de la
Recherche en gnral
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Etapes de publication dun article de
recherche dans un priodique
115
Principales tapes de
la publication dun article de recherche

1. Choisir un priodique de publication : un des
principaux lments de la Stratgie de publication
2. Se procurer les consignes aux auteurs du
priodique
3. Construire et rdiger larticle avec les co-auteurs
4. Soumettre larticle au priodique et suivre
attentivement le processus de publication avec les
allers-retours ventuels avec les referees
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Choisir un priodique
O ? Dans quel priodique ?
117
O publier ? Quel priodique ? (1)
Le priodique est le support privilgi de
publication de l'article de recherche
Limpact produit par un article sur lensemble de la
communaut scientifique ne dpend pas
exclusivement de sa qualit, mais galement du
priodique de publication



Le choix du priodique est dterminant pour la
diffusion des rsultats de la recherche
O publier ? Quel priodique ? (2)
Principaux critres de choix d'un priodique scientifique, par
ordre dimportance :
1. le domaine couvert et le type d'audience ou lectorat
2. le prestige ou la notorit
3. la diffusion : diffusion via le Web, recensement dans les
bases de donnes bibliographiques
4. le fonctionnement : dlais de publication , gestion des
soumissions, processus de rvision par les referees, les
cots de publication

Donnes accessibles trs facilement partir des sites Web
des revues
119
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Choix du priodique ?
1 - Domaine et audience (lectorat)
121
Choix du priodique
Domaine couvert et type darticle
Le domaine couvert par le priodique et le type
darticle publi sont spcifis dans les consignes aux
auteurs ou dans la partie Aims and Scope de la
prsentation du priodique

On peut aussi utiliser certaines fonctionnalits des
bases de donnes (WoS, JCR ) pour identifier /
rechercher des priodiques dintrt, suivre les
publications de collgues ou de concurrents
122
Rpondre de faon objective et raliste la
question suivante :
Qui est le plus intress par linformation que je
transmets ?
les spcialistes de mon champ de recherche ?
la plupart des chercheurs du domaine ?
le monde scientifique en gnral ?


Choix du priodique
Audience - Lectorat
Domaine couvert (1)
Exemples :

Soil Use and Management provides an international forum for
original papers in the field of practical uses of soil science.
Papers are accepted on the understanding that the work has been
submitted exclusively to the Journal and has not been published
elsewhere unless otherwise stated.

The Journal publishes research papers, reviews, short
communications and informed comment on the wide range of
applications of soil science. Research papers and reviews should
not exceed 5000 words (including space in tables and figures as
word equivalents) and short communications 1000 words.

Domaine couvert (2)

Plant Science will publish in the minimum of time, manuscripts
recommended by its referees in all areas of experimental plant
biology with emphasis in the broad areas of genomics, proteomics,
biochemistry (including enzymology), physiology, cell biology,
development, genetics and molecular biology


Molecular Microbiology publishes original research and review
articles reporting new developments in the genetics, molecular
biology and biochemistry of prokaryotic and eukaryotic
microorganisms, and covers the most important advances in
bacterial pathogenicity
125
Domaine couvert (3)



Journal Scope
The Journal publishes research results dealing with :
the chemistry and biochemistry of agriculture and food with a focus on original
research representing complete studies, rather than incremental studies. Topics
covered include chemical/biochemical composition and the effects of processing on
the composition and safety of foods, feeds, and other products from agriculture,
including wood and other bio-based materials, byproducts, and wastes. It covers
the chemistry of pesticides, veterinary drugs, plant growth regulators, fertilizers,
and other agro-chemicals, together with their metabolism, toxicology, and
environmental fate. In addition, JAFC reports on the chemical processes involved in
nutrition, phytonutrients, flavors, and aromas.

Domaine couvert (4)
Utiliser la commande Analyze du WoS pour identifier des
priodiques pertinents sur un sujet
Domaine couvert (5)

Infos gnrales sur la
revue et les catgories
thmatiques associes
(de 1 7)
Liens de citations :
infos utiles pour
choisir une revue
de publication
Utiliser le JCR
Citing Journal Data
Quelles sont les revues cites par une revue spcifique ?
Revues cites par JAFC
Cited Journal Data
Quelles sont les revues qui citent une revue spcifique ?
Revues qui citent JAFC
130
Type daudience
Pluridisciplinaire
Ex : Nature, Science, PNAS
Spcialise au niveau de la thmatique
Ex : Biochemistry, Plant Science, Planta
Carbohydrate Polymers,
Spcialise au niveau de la technique
Ex : Applied Spectroscopy
Journal of Near Infrared Spectroscopy


131
Exemples daudience spcifie dans
les Aims et Scope du priodique
Forest Ecology and Management :
Research Workers, Managers and Policy Makers in
forestry, natural resources, ecological conservation and
related fields
Plant Science : Plant biochemists, physiologists,
molecular biologists and plant virologists
Briefings in Bioinformatics is an international forum for
researchers and educators in the life sciences. The
journal publishes reviews for the users of databases and
analytical tools of contemporary genetics and molecular
biology and is unique in providing practical help and
guidance to the non-specialist
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Choix du priodique ?
2 - Prestige ou Notorit
133
Choix du priodique
Prestige
Evalu par :
La notorit dans la communaut scientifique
internationale :
membres de lEditorial Board, les garants de
la qualit du priodique
chercheurs qui publient rgulirement dans le
priodique
opinion gnrale des pairs
Des indicateurs calculs sur diffrents critres, dont
le plus connu : le facteur d'impact
(indicateur trs controvers mais largement utilis)

Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Du bon usage du facteur dimpact
135
Le facteur dimpact
Le plus connu et le plus utilis des
indicateurs calculs par Thomson-Reuters
(lex-ISI Institute for Scientific Information) :
http://scientific.thomson.com/mjl/

Publi chaque anne, avec une srie
d'autres indicateurs, dans le Journal Citation
Reports ou JCR
(accessible via le Web of Knowledge)
Accs au JCR
partir du Web of Knowledge
WoK
WoS
137
Le Journal Citation Reports
Couvre plus de 10 000 revues cites dans plus de 25
millions de rfrences indexes par Thomson Reuters
chaque anne :
Ldition Science couvre plus de 7200 revues dans 171
disciplines
Ldition Sciences Sociales couvre plus de 2100 revues dans
55 disciplines
Il fournit en particulier, pour lensemble des priodiques
slectionns :
le nombre d'articles publis annuellement par
chaque priodique
le nombre de citations reues par les articles de
chaque priodique durant les 2 annes prcdentes
138
Les limites des donnes du
Journal Citation Reports
Majorit des priodiques analyss sont anglo-saxons et
de langue anglaise
Changement de titre dun priodique : remise zro du
compteur
Il faut au moins 5 ans dexistence un priodique pour
tre reconnu et index dans le JCR
Le facteur dimpact a longtemps t calcul sur 2 ans
Depuis 2007, il est galement calcul sur 5 ans
Pas de diffrence de prise en compte entre un
hebdomadaire et un semestriel
Mise en garde de Thomson
Utiliser le JCR judicieusement
Nous vous dconseillons de ne baser votre valuation
dune revue que sur les donnes de citations trouves
ici. Il est trs important de prter attention aux
diffrents facteurs et conditions susceptibles
dinfluencer le nombre de citations, en particulier la
langue de la revue, son histoire, son format, son
calendrier de publications et sa spcialit

Ces facteurs peuvent considrablement
influencer la faon dont ces revues sont cites et
doivent tres srieusement pris en compte lors de
lanalyse comparative de revues dans JCR.
140
Le facteur dimpact
Dfinition
Le facteur dimpact (FI) reprsente, pour une anne
donne, le rapport entre le nombre de citations sur le
nombre d'articles publis par un journal, sur une
priode de rfrence de deux ans
Exemple :



Le FI mesure la frquence moyenne avec laquelle
l'ensemble des articles dun journal est cit pendant
une dure dfinie

Nbre citations en 2009 des articles
publis en 2007 et 2008
Nbre darticles publis en 2007 et 2008
IF 2009
=
PVN - ED SST Tours -
Avril 2010
141
Le facteur dimpact
Exemple

En 2008, Nature a eu un facteur dimpact de
31,434

Donc, les articles de Nature publis en 2006 et 2007
ont t cits en 2008 en moyenne un peu plus de 31
fois chacun

Le FI est fluctuant
Top 10 JCR Science 2008
1. CA A Cancer Journal for Clinicians 74.575
2. New England Journal of Medicine 50.017
3. Annual Review of Immunology 41.059
4. Nature Reviews Molecular Cell Biology 35.423
5. Physiological Reviews 35.000
6. Reviews of Modern Physics 33.985
7. JAMA-Journal of the American Medical 31.718
Association
8. Nature 31.434
9. Cell 31.253
10. Nature Reviews Cancer 30.762



Synthse
Synthse
Synthse
Synthse
Synthse
Hebdo
Hebdo
Synthse
Hebdo
Synthse
Synthse
Hebdo
Synthse
Synthse
Hebdo
Synthse
Synthse
Synthse
Hebdo
Synthse
Synthse
Synthse
Synthse
Hebdo
Hebdo
Synthse
Synthse
Synthse
Synthse
Hebdo
Synthse
Hebdo
Synthse
Synthse
Synthse
Synthse
Hebdo
1. CA A Cancer Journal for Clinicians 87.925
2. Acta Crystallographica Section A 49.926
3. New England Journal of Medicine 47.050
4. Nature Reviews Molecular Cell Biology 42.198
5. Annual Review of Immunology 37.902
6. Physiological Reviews 37.726
7. Chemical Reviews 35.957
8. Nature 34.480
9. Nature Genetics 34.284
10. Reviews of Modern Physics 33.145





Le FI est fluctuant
Top 10 JCR Science 2009
144
Attention lutilisation
du facteur dimpact !

La valeur du facteur d'impact va de 0 un maximum
variable : > 80 (en 2009)
Ce chiffre maximum varie d'une anne l'autre :
58,286 pour Clinical Research en 1995
46,233 pour Annual Review in Immunology en 2001
54,455 pour Annual Review in Immunology en 2002
74,575 pour CA Cancer J Clin en 2008
87,925 pour CA Cancer J Clin en 2009
Attention lutilisation du facteur
dimpact !
Un relativement faible pourcentage de
priodiques a un facteur d'impact > 3
Exemple : sur l'anne 1994, le facteur d'impact variait
entre 0 et 57,778 mais seulement 8 % des
priodiques (335 sur 4445 analyss) avaient un
facteur d'impact suprieur ou gal 3,008 !
Source :
Magri MH et al., 1997. In : L'information scientifique et technique :
nouveaux enjeux documentaires et ditoriaux. Colloque INRA, 21-23
octobre 1996, Tours, 1997 INRA, Paris

En 2008, 6620 priodiques ont t indexs dans le
JCR et 1154 ont un FI > ou =3, soit 17,43 %
Figure 1. Groupes de revues
dtermins partir
du box-plot du facteur
d'impact* des 4445 revues
du SCI JCR 1994 et
nombre de revues hberges
dans ces groupes (%).
(Magri et al., 1997)
Distribution de frquence du
facteur dimpact reprsente
en box plot*
148
Utilisation du facteur dimpact
Notion de Subject Category

Il faut comparer des choses comparables : il ne faut
pas considrer le facteur d'impact d'un priodique en
tant que donne brute, mais replacer le priodique
dans son domaine scientifique
Quand on veut valuer un priodique, il faut le
comparer avec les priodiques du mme domaine
L'ISI a class les priodiques scientifiques par
domaines scientifiques les Subject category du
JCR (176 disciplines en 1994 , 173 en 2008)

149
Le facteur dimpact (suite)
Un mme priodique peut appartenir 1, 2, 3 ou 7
domaines diffrents et les domaines ne sont pas
comparables entre eux, ni sur le champ scientifique, ni
sur limportance quantitative quils reprsentent
Subject Category JCR 2008 JCR 2009
Nbre de
titres
FI max Nbre de
titres
FI max
Allergy 17 9.773 21 9.165
Food Science and Technology 107 4.154 118 4.356
Plant Sciences 156 22.192 173 23.460
Polymer Science 73 16.819 76 23.753
Biochemistry and Molecular Biology 275 31.253 283 31.152
Rorganisation de catgorie (1)
Catgorie Environmental Studies : 52 priodiques en 2006
Rorganisation de catgorie (2)
Catgorie Environmental Studies : 160 priodiques en 2007
152
Le facteur dimpact (suite)
En 1994, la valeur maximale du facteur d'impact
tait pour les catgories suivantes :
Behavioral sciences : 3,79
Biochemistry & Molecular Biology : 42,169
En 2001 :
Behavioral sciences : 17,312
Biochemistry & Molecular Biology : 31,639
En 2008 :
Behavioral sciences : 12,818
Biochemistry & Molecular Biology : 31,253

JCR en ligne
Accs par journal ou Subject Category
Positionnement des revues avec une analyse en box-plot base sur
la distribution des FI dans une Subject Category (driv des travaux
de MH Magri, Inra) : classement par quartiles
Nouveauts partir du JCR 2008
En 2009, JAFC a un facteur dimpact
de 2.469.
Q4
Q3
Q2
Q1
5 valeurs statistiques :
Q25, Q50, Q75,
intervalles interquartile
(Q75-Q25) inf. et sup.
155
Pour conclure
En 1994, le concepteur du facteur dimpact
Eugene Garfield a dit :
Dans le cas d'une valuation acadmique,
il est parfois inappropri d'utiliser l'impact
d'un journal pour estimer la frquence
attendue de la citation d'un article publi. La
frquence de citation des articles d'un
mme priodique, pris individuellement, est
tout fait variable

E. Garfield. Citation Comments : The Impact factor.
Current Contents N25, 20 juin 1994
156

Il a ajout en 1999 :
Impact factor is not a perfect tool to measure
the quality of articles but there is nothing
better
Garfield E., 1999. Journal Impact factor : a brief review. Canadian
Medical Association Journal 161, 979-980

Depuis dautres indicateurs sont apparus
comme le Eigen Factor et lArticle Influence.
Ces deux nouveaux indicateurs sont fournis par
The Eigenfactor Project (projet but non
lucratif) et accessibles via le JCR
www.eigenfactor.org

Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Choix du priodique ?
3 - Diffusion et fonctionnement
158
Choix du priodique
Diffusion du priodique

Diffusion dun priodique estime par :
son signalement dans les bases de donnes
bibliographiques (Web Of Science, Current Contents,
Medline, CAB, etc)
sa diffusion via Internet : impact important du libre
accs
plus anecdotique : sa prsence dans les
bibliothques scientifiques et universitaires ( voir sur
les sites Web des bibliothques) et sur les plate-
formes daccs des organismes de recherche ou des
BUs

159
Choix du priodique
Signalement dans les bases de donnes
Critre important
Exemple : Journal of Agricultural and Food Chemistry






Vrifier la prsence du priodique dans les bases de
donnes utilises couramment
Choix du priodique
Diffusion en Libre accs ?
Gain de temps : cycle de publication sensiblement raccourci
Gain de citations ?
Cf. The effect of open access and downloads ( hits ) on
citation impact: a bibliography of studies
http://opcit.eprints.org/oacitation-biblio.html
Problme du cot de publication :
Modle auteur-payeur : les frais administratifs du peer
review et de la mise en ligne sont la charge de lauteur ou de
son employeur
Plusieurs modles :
OA immdiat : lintgralit des contenus est diffuse gratuitement
ds publication (Ex : PLoS Biology)
OA optionnel : une partie seulement des contenus sont
immdiatement accessibles contre des frais de publication (choix
des auteurs) (Ex : Springers Open Choice, OUPs Oxford Open
schemes )


Ware, M.; Mabe, M.- 2009. The stm report : an overview of scientific and scholarly journal publishing.
Oxford : International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers
http://www.stm-assoc.org/2009_10_13_MWC_STM_Report.pdf
162
Choix du priodique
Fonctionnement
Caractris par :
le procd de contrle des manuscrits (avec ou
sans referee )
les dlais de publication : beaucoup plus courts avec
les priodiques tout lectroniques
la prcision des consignes aux auteurs
la priodicit de parution (hebdomadaire, mensuel,
trimestriel)
les cots de publication : problme majeur des
priodiques en libre accs
Processus de publication dun article de
recherche dans un priodique
Suite Les consignes aux auteurs
Etapes et exemple de timing du
processus ditorial
Source : Gaillard, M.- Communication crite. Rdiger et publier un article
scientifique. Ecole Doctorale des Sciences de la Mer. Novembre 2009
165
Les consignes aux auteurs
Ds que lon a choisi son priodique de
publication, on se procure les consignes ou
instructions aux auteurs

Contiennent 3 grands types dinformation :
politique du priodique
procdure de prparation du manuscrit et
les conditions matrielles remplir
rappel des conventions internationales
respecter dans le domaine
Exemples de consignes aux auteurs
Journal of Agricultural and Food
Chemistry
http://pubs.acs.org/paragonplus/submission/jafcau/jafcau_authguide.pdf
167
La soumission
Vrifier que lensemble est en accord avec les
consignes aux auteurs
Rdiger un mail daccompagnement avec :
rfrences du manuscrit : titre, auteurs
description succincte du contenu et motivation
coordonnes dun correspondant
Constituer lenvoi (lectronique ou papier) avec :
lettre (mail) daccompagnement
accord des co-auteurs et des personnes remercies
transfert de copyright (transfert de droit)
168
De la soumission la diffusion
Le rle de lditeur
Vrification de la conformit du manuscrit par le
secrtariat ddition
Choix des lecteurs-arbitres (ou referees) par lditeur
du priodique et envoi de larticle pour avis
3 cas possibles :
acceptation pure et simple (rare)
acceptation aprs corrections
refus
Si corrections, allers-retours entre les auteurs et le
priodique
Prparation finale du manuscrit pour limpression
et/ou la diffusion lectronique
Correction des preuves
Impression / diffusion
Processus ditorial
Statut du manuscrit
Pre-print : version auteur de larticle soumis
la revue




Post-print : version valide par la revue mais
non mise en forme par la revue : lauteur
garde ses droits sur cette version




Article : version publie par la revue
Travail ditorial : comit de lecture
Travail ditorial : mise en forme
Le travail du referee ou peer-
reviewer dun article de recherche
171
Guide du peer-reviewer (1)
Respecter des rgles de dontologie : ne pas
citer un manuscrit avant quil ne soit publi, ne
pas utiliser linformation avant sa publication
Adopter une attitude positive et impartiale
Ne pas juger un travail si on ne sen sent pas
capable : le retourner lditeur
Respecter les dlais de renvoi des
commentaires
Ne pas discuter de larticle avec les auteurs
172
Guide du peer-reviewer (2)
Prendre en considration les aspects suivants :
Importance de la question ou du sujet trait
Originalit du travail
Pertinence :
de lapproche exprimentale
des techniques exprimentales, y compris lanalyse
statistique
de la discussion
Justesse des conclusions et des interprtations
Clart de lexpression crite et justesse de
lorganisation de larticle
173
Guide du peer-reviewer (3)
Ecrire ses commentaires en se mettant la
place de lauteur : les critiques doivent tre
d-passionnes , viter les remarques
dsobligeantes
Suggrer des rvisions possibles en
distinguant ce qui est essentiel et ce qui peut
tre accessoire
Les critiques, arguments et suggestions seront
utilises par lditeur si elles sont clairement
documentes
Sminaire de lEcole Doctorale SST
Universit Franois Rabelais de Tours
Avril 2011
Le brevet
175
Le brevet dinvention
Dfinition
Titre lgal, dlivr sur demande, par un
service public dun tat (INPI),
qui dcrit une invention
et cre une situation juridique selon laquelle
linvention brevete ne peut normalement pas
tre exploite sans lautorisation du propritaire
du brevet

Dfinition INPI : Institut National de la
Proprit Industrielle
http://www.inpi.fr
176
Les critres de brevetabilit
On ne peut breveter quune invention ,
cest--dire la solution technique un problme
technique
Selon la loi, sont brevetables :
les inventions nouvelles
impliquant une activit inventive
et susceptibles dapplication industrielle
Les 3 conditions sont ncessaires et doivent
tre imprativement runies
177
Rle dun brevet

Le brevet confre son titulaire un droit
exclusif dexploitation : moyen de protection
lgale de 20 ans

Source ventuelle de finances
Source dinformation technique :
trs complte
dense : pas de dtails inutiles
jour au moment de la demande
178
Structure dune demande de brevet
Une requte sur un formulaire INPI, avec noms
des inventeurs, du dposant, codes divers
Une description dtaille de linvention
Des dessins, si ncessaires
Des revendications : propositions expliquant ce
que linventeur estime constituer les
caractristiques nouvelles de son invention
Un abrg ou rsum concis
179
Erreurs viter !
Divulguer linvention avant le dpt de la
demande.

Tarder pour dposer une demande de
brevet en cas de concurrence internationale.

Ngliger de vrifier que linvention est
brevetable !
180
Le brevet dinvention
Pour plus dinformation : cf le site de lINPI
http://www.inpi.fr
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Communications des congrs,
colloques, symposiums,
182
Communications aux
congrs scientifiques
Sous diffrentes formes :
Confrences en sance plnire, publies sous
forme darticles de synthse
Courtes communications orales invites :
publication de courtes communications crites,
type article de recherche
Propositions d abstracts seuls (court rsum),
certains tant choisis pour tre prsents en
communication orale
Prsentation de posters , publis sous forme
d abstracts
183
Structure dun Abstract de congrs

Entre 250 et 500 mots

Un titre
Une phrase d'introduction sur le problme
pos
Le matriel et la mthode utiliss en bref
Les rsultats essentiels
Une phrase de conclusion

184
Posters
185
Le poster scientifique
Les sessions posters sont de plus en plus
nombreuses lors des congrs pour faciliter
la diffusion des informations et donner
lopportunit de contacts personnels avec
les auteurs
Le poster est avant tout un support de
communication visuel qui a une valeur
informative trs temporaire : le temps du
congrs !


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Larticle de synthse ou Review
187
Larticle de synthse
Dfinition
Rsume, analyse et/ou synthtise des rsultats
originaux dj publis dans des articles de recherche
(Woodward, 1974)
Ne contient pas de rsultats originaux, mais une
rflexion originale sur les travaux antrieurs
Parat dans des ouvrages spcialiss (chapitres
douvrages) ou des publications spcifiques, dans des
priodiques spcialiss ou sous la rubrique
Review des priodiques
Souvent caractris par de nombreuses rfrences
des articles de recherche
188
Structure de larticle de synthse
Un titre
Un plan (facultatif)
Une introduction
Diffrents chapitres ou parties, en fonction de
l'information transmettre
Une conclusion
Une liste de rfrences bibliographiques
189
Rle de larticle de synthse
Critique, valuatif, interprtatif, spculatif ou
tat de lart : il permet au chercheur de faire
le point des connaissances sur un sujet

Dterminant en matire dInformation
Scientifique et Technique car il permet le
transfert des Ides et de la Connaissance

190
Comment publier un article de synthse ?
Larticle de synthse est souvent fait la
demande dun diteur dun priodique
scientifique un spcialiste du sujet
mais on peut proposer un article de
synthse un priodique avant de
commencer lcrire
On peut valoriser la partie analyse
bibliographique de sa thse en article de
synthse publi
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Autres types darticles
192
Autres types darticles (1)
Briefs communications ou Short
communications : idem des articles de
recherche mais concernant des rsultats
ncessitant une publication courte et rapide.
Publications soumises lacceptation de
certains priodiques
Cas clinique : en mdecine essentiellement
Il a pour but de rapporter une observation et
de la commenter brivement
193
Autres types darticles (2)
Editorial : crit la demande du comit de
rdaction dune revue par un auteur qui fait
autorit sur le sujet, en donnant librement son
opinion
Lettre : adresse lditeur dune revue dans le
but dtre publie. Une lettre concerne en
gnral soit un commentaire propos dun
article publi, soit une rponse ou une opinion
contradictoire suscite par un article
194
Les articles de transfert
Articles de dveloppement : pour les techniciens et
professionnels du domaine, publis en franais, dans
des priodiques techniques
Articles de vulgarisation destination du grand
public : la vulgarisation est le fait dadapter, en les
simplifiant et en les expliquant, un ensemble de
connaissances scientifiques, techniques ou autres,
de manire les rendre accessibles un non-
spcialiste

Ne constituent pas proprement parler des articles
scientifiques valids , mais sont bass sur des
rsultats scientifiques publis
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La thse
196
Le document thse
Compte rendu dun travail de recherche en vue
dobtenir un diplme

Rsultat dune rflexion et dune recherche
individuelle

Une thse ou un mmoire peut traiter de
plusieurs sujets
197
Structure dune thse classique
La page de titre
Le rsum ou synopsis
Des mots-cls
Les remerciements

Un sommaire ou table des matires

Diffrents chapitres ou sections qui suivent les
rgles de rdaction des articles de recherche
...
198
Corps de la thse ou du mmoire
Introduction : situe la problmatique tudie
et rsume la structure de la thse
Analyse bibliographique du sujet :
quivalent un article de synthse
Matriel et mthodes
Les diffrents rsultats : prsentation et
analyse de lensemble des donnes
Discussion gnrale sur lensemble des
rsultats
Conclusion : objectifs futurs
Liste de rfrences bibliographiques
199
Thse sur articles
Les articles publis ou sous presse
constituent le corps de la thse

Ils sont prcds dune introduction gnrale
prsentant lensemble des travaux raliss et
suivis dune discussion gnrale prsentant
les perspectives de recherche induites par ces
rsultats
200
Rgles de rdaction de la thse

Mme rgles de rdaction que pour les articles de
recherche

Seule diffrence : on nest pas toujours guid par
des consignes aux auteurs prcises pour la rdaction

Un guide sur Internet (rubrique : Diffusion des thses)
http://www.sup.adc.education.fr/bib/Acti/These/guidoct.rtf
201
Diffusion lectronique des thses
http://tel.archives-ouvertes.fr/

202
Quelques lments de bibliographie
CBE style manual, 5th edition. A guide for authors, editors, and publishers in
the biological sciences (1983). Council of Biology Editors, Inc. Bethesda,
Maryland. 324p.
Day R.A. & Gastel B. (2006). How to write and publish a scientific paper, 6th
edition. Greenwood Press, USA. 211p.
Lindsay D. (1996). A guide to scientific writing. Manual for students and
research workers. (2nd Ed) Longman Cheshire, Melbourne. 120 p.
Matthews J.R., Bowen J.M., Matthews R.W. (1996). Successful scientific
writing : a step-by-step guide for the biological and medical sciences.
Cambridge University Press. 181 p.
Davis M. (1997). Scientific papers and presentations. Academic Press, San
Diego. 296 p.
Malmfors B., Garnsworthy P., Grossman M. (2005). Writing and presenting
scientific papers. 2nd Edition. Nottingham University Press.

Et participation aux congrs et Workshop suivants :
- Writing and presenting scientific papers : Workshop in advance of the
Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aot
2001, Budapest.
- Fourth International Congress on Peer Review in Biomedical Publication ,
14-16 septembre 2001, Barcelone.
- Scientific Writing Workshop , David Lindsay, Mai 2003 et Octobre 2005,
Nouzilly.
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Merci de votre coute
patricia.volland@tours.inra.fr