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Estructura de Protenas

Las protenas pueden clasificarse de acuerdo a:



I.- Composicin:

Protenas simples: slo estn constituidas por aminocidos.

Protenas conjugadas: adems de su estructura polipeptdica
aparece un grupo qumico adicional, simple o complejo, para
que cumpla su funcin. Este grupo adicional se denomina grupo
prosttico.
CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS
II.- Funcin:
Protenas estructurales: forman parte de estructuras de sostn o de fuerza
biomecnica. Ejemplo: colgeno, elastina, actina, miosina, microtbulos
etc.

Protenas solubles: se ubican libres en el citoplasma o en fludos donde
desarrollan su funcin o se encuentran en trnsito para ello.

Protenas de membrana: se encuentran en membranas celulares y de
organelos:
Dependiendo el tipo y complejidad, se pueden encontrar:

- Transportadores.
- Receptores.
- Canales inicos.
- Protenas de sealizacin y/o reconocimiento intercelular.

Enzimas: pueden ser protenas solubles o asociadas a membrana, son los
catalizadores biolgicos por excelencia. Aceleran la velocidad de una
reaccin en la clula, en condiciones ptimas de pH, sales y temperatura.
Hormonas: en su mayora son protenas, son sintetizadas por algn rgano
y generan su accin especfica en algn tejido.
Anticuerpos: las inmunoglobulinas generadas por clulas linfocitarias del
sistema inmune son sintetizadas por complejos mecanismos gnicos en
respuesta a un antgeno.
III.- Estructural:
Protenas fibrosas o fibrilares: son protenas de estructura alargada o
cilndrica, que pueden asociarse entre s para formar superestructuras
resistentes.
Protenas globulares: son protenas de forma esfrica, que pueden
estructurarse por una o ms cadenas.
IV.- Nmero de cadenas:
Monmero: son protenas formadas por una sola cadena polipeptdica plegada.
Multimrica u Oligmero: son protenas formadas por la asociacin de dos o
ms cadenas polipeptdicas, unidas por enlaces covalentes y/o no
covalentes. Cada cadena se denomina subunidad.
ESTRUCTURA DE PROTENAS
ENLACE PEPTDICO
Los aminocidos se unen entre s para formar una cadena polipeptdica. Es
una reaccin de condensacin en la que se forma un enlace covalente entre
el grupo -carboxilo de un aminocido y el grupo -amino de un segundo
aminocido.
La formacin del enlace peptdico implica la prdida de una molcula de
agua, por lo tanto, se habla de residuos de aminocidos, dentro de una
protena.
En cualquier cadena polipeptdica se distingue un extremo amino terminal
(N-terminal) y un extremo carboxilo terminal (C-terminal).
Caractersticas del enlace peptdico
a) Es un enlace covalente C-N.
b) Es rgido, planar, no tiene movilidad, debido a que tiene un carcter de
doble enlace por resonancia.
c) El tomo de oxgeno y el tomo de hidrgeno quedan en posicin trans
respecto al enlace C-N.
d) El rompimiento de un enlace peptdico es la incorporacin de una molcula
de agua, por lo tanto, es una hidrlisis.
PRINCIPIOS QUE REGULAN LA ORGANIZACIN ESTRUCTURAL
DE PROTENAS
LA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE UNA PROTENA
ES DETERMINADA POR SU SECUENCIA AMINOACDICA.
La funcin de una protena depende de su estructura tridimensional.
La estructura tridimensional de una protena funcional es nica.
Las interacciones ms importantes que permiten la estabilizacin de la
estructura tridimensional funcional de una protena son las interacciones
no covalentes: puentes de hidrgeno, puentes salinos (interacciones
electrostticas, inicas), interacciones hidrofbicas (efecto hidrofbico),
interacciones de van der Waals.
La estructura de un pptido no es aleatoria, depende del orden y de la
secuencia de aminocidos que lo componen, lo que viene determinado
por la informacin gentica.
Unin de 2 aminocidos: dipptido (Ej. aspartame)





Unin de 3 aminocidos: tripptido (Ej: glutatin reducido)





Unin de hasta unos 40 aminocidos: oligopptido
Unin sobre 40 hasta 1000 aminocidos: polipptido
Al unirse los aminocidos se van formando los pptidos
Interacciones dbiles
o no covalentes
Interaccin Hidrofbica
Dalton: Unidad de masa molecular: 1,67 x 10
27
g
Una vez sintetizada la protena en la clula, su estructura qumica puede
variar en muchos sentidos merced a las llamadas modificaciones
postraduccionales que consisten no slo en la modificacin de
determinados aminocidos, sino en la unin covalente de la protena a
oligosacridos, cidos grasos, cadenas poliprenoides, etc.

El elevado grado de polimerizacin de las protenas hace que los
conceptos estructurales que se utilizan en la qumica estructural de
compuestos de bajo peso molecular no resultan tiles en la descripcin
sistemtica de la estructura de protenas. En su lugar, se define lo que se
conoce como Niveles de organizacin estructural. As se encuentran
la estructura primaria, estructura secundaria, estructura terciaria
y estructura cuaternaria.
Protenas: un reino aparte.
ORGANIZACIN ESTRUCTURAL DE PROTENAS
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ESTRUCTURA PRIMARIA

Secuencia lineal ordenada de aminocidos y localizacin de puentes
disulfuro potenciales.
LAS CADENAS POLIPEPTDICAS PUEDEN PLEGARSE COMO:
ESTRUCTURA SECUNDARIA

Ordenamiento regular en el espacio de residuos adyacentes en una cadena
polipeptdica, estabilizada por puentes de hidrgeno.
a) Estructuras secundarias helicoidales: -hlice
b) Estructuras secundarias laminares: hoja o lmina-
c) Giros o vueltas de hlice
Los estudios de Pauling y Corey definieron este tipo de estructura al
estudiar las -queratinas, protenas fibrosas que constituyen la mayor
parte del pelo, uas y derivados de la dermis.
ESTRUCTURA SECUNDARIA -hlice
Estructura de un pelo
-HLICE: la cadena polipeptdica principal se ordena como un cilindro,
mientras que las cadenas laterales de los residuos se extienden hacia fuera del
eje del cilindro en una disposicin helicoidal.
La -hlice es estabilizada por puentes
de hidrgeno que se forman entre los
grupos -NH y C=O de los enlaces
peptdicos de la cadena principal.
El grupo C=O de cada residuo n forma un
puente de hidrgeno con el grupo NH del
residuo que se ubica cuatro posiciones ms
adelante en secuencia lineal (n + 4).
Colgeno
Protena fibrosa, componente principal de tejido seo, conjuntivo,
cartilaginoso y tendones. Est formada por repeticiones de un tripptido
Gly-Pro-Pro o Gly-Hyp-Pro, a lo largo de una -hlice. Tres cadenas -
hlice forman una unidad estructural llamada tropocolgeno.
Colgeno
CADENA : La cadena polipeptdica se ordena ms extendida que una
estructura . Los estudios de Corey y Pauling prosiguieron y encontraron que
esta nueva estructura estaba presente tanto en protenas fibrilares y
globulares. Varias cadenas pueden interaccionar conformando una lmina .
HOJA O LMINA : Estructura secundaria, descubierta despus de la -hlice,
conformada por la unin en paralelo de varias cadenas polipeptdicas
denominadas cadenas .
Giros o vueltas
Con frecuencia en una cadena polipeptdica se presenta una inflexin
brusca, de aproximadamente 180. Estas inflexiones corresponden a una
estructura secundaria determinada, estabilizada, como las anteriores, por
enlaces de hidrgeno. Dado que con gran frecuencia se presenta asociada
a cadenas , representando un segmento intermedio entre dos tractos
sucesivos, recibe el nombre de Giro o Vuelta .

Puente de hidrgeno
entre el primer y
cuarto residuo
1
2
3
4
ESTRUCTURA TERCIARIA

Corresponde a la disposicin espacial de todos los tomos de una protena.
En otras palabras, es la estructura tridimensional completa de una cadena
polipeptdica, formada a partir de una o varias estructuras
suprasecundarias agrupadas en dominios.

Es lo ms cercano en molculas pequeas de lo que se puede denominar
como configuracin absoluta.
Asociaciones de estructuras secundarias para
conformar la estructura terciaria de una protena
Fuerzas que determinan una estructura terciaria
La estructura terciaria de una protena est mantenida fundamentalmente por
interacciones de tipo dbil, aunque tambin participan algunos enlaces
covalentes, en particular el enlace disulfuro -S-S- establecido entre cadenas
laterales de cistena.
Entre las interacciones dbiles, sin duda las ms importantes, al menos en
protenas globulares, son las determinadas por el Efecto hidrofbico.
En un entorno acuoso, los residuos hidrofbicos de una protena tienden a
exclurse del agua, y por lo tanto, se concentran en el interior de la estructura
de la protena, del cual queda a su vez excluda el agua.
Efecto hidrofbico
MIOGLOBINA
Protena de 153 aminocidos, con un 70% -hlice, formando un ovillo lo
que le da una estructura compacta globular.
Posee una cadena polipeptdica que contiene 8 segmentos con estructura
secundaria de -hlice (nombrados de la A a la H), separados por
segmentos no helicoidales.
Se pliega dando una molcula prcticamente esfrica (globular) muy
compacta con un espacio en el interior donde se sita su grupo prosttico
el grupo hemo, lugar de unin al oxgeno.
MIOGLOBINA
Colores de grupo RasMol
ESTRUCTURA CUATERNARIA
Cuando la protena consta de varias cadenas polipeptdicas o subunidades, se
dice que tiene estructura cuaternaria. Tambin se dice en ese caso que se
trata de una Protena oligomrica, esto es, un oligmero formado por
varios monmeros. En ocasiones los monmeros son exactamente iguales;
entonces se trata de una protena que es un homodmero en el caso de dos
subunidades, homotrmero de tres, homotetrmero si son cuatro, etc.
Otras veces las subunidades son diferentes, en cuyo caso se utiliza el prefijo
hetero-; as se habla de heterodmero, heterotetrmero, etc.
Por lo que actualmente se sabe, la estructura cuaternaria es ms bien la regla
que la excepcin, de manera que un gran nmero de protenas, sobre todo
intracelulares, tienen estructura cuaternaria. Por otra parte, la estructura
cuaternaria est a veces ntimamente relacionada con procesos regulatorios;
as, formas activas e inactivas de determinadas enzimas se diferencian en su
estructura cuaternaria.

Un ejemplo clsico de protena con estructura cuaternaria es la Hemoglobina.
Se trata de una protena tetramrica cuya funcin es el transporte de oxgeno.
Este transporte est regulado a travs de leves modificaciones en su estructura
cuaternaria. As, la hemoglobina puede existir en dos estados diferentes, T y R.
El estado T corresponde a la desoxihemoglobina y el estado R a la
oxihemoglobina. Esta ltima est cargada con oxgeno molecular (O
2
).
HEMOGLOBINA


Es la forma predominante en el adulto de una familia de protenas, las
hemoglobinas, encargadas del transporte de oxgeno en el hemate. Se trata de
una protena oligomrica, constituda por cuatro subunidades iguales dos a dos.
Dos de estas subunidades son del tipo , y las otras dos del tipo .

As, la estructura cuaternaria de la hemoglobina A
1
es
2

2
. Cada subunidad
tiene un grupo prosttico, el grupo hemo, formado por una protoporfirina IX
que coordina un ion ferroso (Fe
2+
).
HEMOGLOBINA A1
Grupo hemo
Grupo hemo
A pesar de ser distintas, las subunidades (141 aminocidos) y (146
aminocidos) son muy parecidas en su secuencia y su estructura
tridimensional entre s y con la mioglobina, protena encargada del
almacenamiento de oxgeno en el tejido muscular; por ello, y por la
presencia de protenas parecidas en todos los seres vivos (includos los
vegetales, leghemoglobina) se piensa que todas ellas descienden de
un gen ancestral comn. Por otra parte, la hemoglobina A
1
es una ms
de entre varias hemoglobinas normales, que prevalecen en el hemate
en distintos momentos del desarrollo ontognico; as, hay hemoglobinas
embrionarias (Hb Gower 1, Hb Gower 2, Hb Portland), fetales (Hb F),
y adultas (Hb A
1
y Hb A
2
). Adems de stas, se conoce una gran cantidad
de hemoglobinas mutantes, que dan lugar a trastornos diversos en la
funcin de transporte de oxgeno.

GRUPO HEMO
GRUPO HEMO
HEMOGLOBINA: CUATRO CADENAS UNIDAS POR
ENLACES NO COVALENTES (
2

2
)
DIMETRO: 55
Qu factores alteran la estructura de las protenas?
- Temperatura

- pH

- Agentes caotrpicos (urea, hidrocloruro de guanidina)
- Solventes orgnicos (alcohol, cetonas)
- Detergentes (SDS)
pH extremos alteran la carga neta de la protena, causando
repulsin electroesttica y la ruptura de puentes hidrgeno
Actan principalmente rompiendo las interacciones hidrofbicas que
le confieren estabilidad al ncleo de las protenas globulares
Prdida de la estructura de la protena (Denaturacin)
Renaturacin de la estructura de una ribonucleasa
Simulacin del plegamiento de un pptido de 36 a
-Un plegamiento errneo puede generar una protena inactiva o de baja actividad lo que
puede llevar a una patologa.

- No todas las protenas se pliegan de forma espontnea, por lo que necesitan asistentes
de plegamiento conocidas como Chaperonas y Chaperoninas


Hollow
cylinder
Cap
Chaperonin
(fully assembled)
Polypeptide
Steps of Chaperonin
Action:
An unfolded poly-
peptide enters the
cylinder from one end.
1
2 3 The cap attaches, causing the
cylinder to change shape in
such a way that it creates a
hydrophilic environment for
the folding of the polypeptide.
The cap comes
off, and the properly
folded protein is
released.
Correctly
folded
protein
Plegamiento de protenas
Muerte por mal plegamiento: enfermedad causada por un Prion
-Encefalopatia espongiforme bovina (BSE)
- Scrapie en Ovejas
- Creutzfeldt Jakob en humanos
- Estas enfermedades fatales presentan
sintomas tpicos:
- Demencia
- Falta de coordinacin

- Stanley Prusiner, describi el agente
causante de estas enfermedades
protenas prinicas (PrP)
PrP, o PrP
C
+ PrP
Sc
2

PrP
Sc