MODELOS MOLECULARES

TRIDIMENSIONAIS
• REPRESENTAÇÃO
• GRÁFICA DE UMA MOLÉCULA
• Vimos até agora o estudo da relação
estrutura/actividade efectuado por vários processos
sem ter em linha de conta a estrutura tridimensional
das substâncias em estudo.
• Nestes últimos anos, graças ao desenvolvimento das
técnicas de informática, desenvolveram-se novos e
potentes métodos que estudam as relações
actividade/estrutura por meio de descritores
moleculares que têm em conta as posições relativas
no espaço, dos átomos que formam as moléculas.
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• A complexidade dos cálculos necessários
e das representações gráficas das
moléculas fazem com que os
computadores sejam instrumentos
imprescindíveis para o desenvolvimeto e
aplicação destes novos métodos.
• Estes novos métodos designam-se por
modelização molecular e desenho de
fármacos.
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• Existem várias maneiras de representar uma
molécula tridimensionalmente algumas delas
imaginadas há bastantes anos atrás. Foram
usados modelos em madeira, metal e plástico
que ainda hoje se usam tais como o CPK
(Corey, Pauling, Koltun) e representações
gráficas como as de Dreiding e usadas por um
grande número de programas de computador.
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• Modelos CPK, são modelos à escala
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• Dreiding modelos, são modelos de “sticks”
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• Nos modelos CPK, cada átomo é representado
por uma cor distinta e o seu raio é proporcional
ao de Van der Waals e podem ser ligados a
distâncias equivalentes às existentes na
realidade.
• Nos modelos gráficos de Dreiding, segmentos
de recta representam as ligações entre os
diferentes átomos que podem ou não ser
representados pelos seus símbolos oficiais.
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• Estes tipos de concepções podem ser
representadas por modelos computurizados que
têm vantagens, entre as quais:
• 1º Obtêm-se projecções de moléculas
tridimensionais
• 2º Podem ser facilmente manipuláveis
• 3º Podem ser corados, permitindo o
reconhecimento imediato dos átomos em jogo
• 4º Podem ainda criar-se modelos
tridimensionais virtuais, ou com imagens
estereoscópicas ou usando lentes especiais.
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• 5ºPodem permitir mudanças rápidas entre
sistemas de representação
• 6º Modificam as distâncias e ângulos de ligação
• 7º A sobreposição de várias moléculas para
demonstrar semelhanças e diferenças
• 8º Visualizar propriedades físico-químicas
• 9º Evitar complexidades de estrutura, como no
caso de proteínas
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• COORDENADAS MOLECULARES
• As moléculas e os sistemas moleculares são
univocamente definidos pela natureza dos
átomos que os compõem, posição relativa dos
núcleos dos diferentes átomos e a sua carga
eléctrica bruta (diferença entre o número de
protões e de electroes do sistema).
• Os processos mais correntes de especificar as
posições dos núcleos são as Coordenadas
Cartesianas e as Coordenadas Internas.
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• Nas
Coordenadas
Internas define-
se a posição de
cada núcleo em
relação aos
outros, tomando
como origem um
qualquer núcleo,
figura 1. Figura 1
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• Os valores dos ângulos diedro, são imprescindíveis
para definir as distintas geometrias (confórmeros)
que se podem obter ao girar uma parte da molécula
em relação à outra parte que lhe está ligada por uma
ligação simples.
• Deste modo, no caso do 1,2-dicloroetano, o valor 0º
do ângulo diedro Cl-C-C-Cl, indicará o confórmero
cisóide dos átomos de cloro, enquanto que o valor
de 180º, do referido ângulo indicará o confórmero
transóide.
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• Os espectros de difracção de Raios X
constituem o método mais vulgar para
determinar experimentalmente a estrutura
tridimensional das moléculas. Outras situações
mais específicas podem usar difracção de
electrões ou de neutrões mas todas as técnicas
se baseiam no processo de difracção.
• As geometrias moleculares obtidas por
espectros de refracção de estruturas cristalinas,
apesar de úteis não permitem toda a informação
necessária nas moléculas biolóicas.
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• A geometria que interessa é a da
estrutura orgânica em solução ou quando
em ligação com outra molécula como
acontece quando se estabelece a ligação
ao seu receptr e não no estado cristalino.
• No entanto os resultados de difracção por
Raios X a partir de complexos cristalinos
fármaco-receptor têm permitido bons
resultados.
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• Estudos de RMN permitem a comparação
de estruturas em solução com estruturas
cristalinas.
Esta técnica permite estudar diferentes
aspectos tais como:
• 1-Efeitos do solvente
• 2-rotação de anéis aromáticos
• 3-variação da estrutura com o pH
• 4- interacções intra e intermoleculares
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• As duas bases de dados mais importantes que
possuem geometrias moleculares experimentais
são:
• A-Cambridge Strutural Database (CSD)
• B-Brookhaven Protein Data Bank (PDB)
• A CSD contém cerca de 200.000 geometrias de
compostos orgânicos e organometálicos.
• A PDB contém 12.000 estruturas cristalográficas
de biopolímeros, como proteínas e ácidos
nucleicos, assim como a geometria de
complexos ligando-receptor.
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• Existem tabelas de dados geométricos padrão
que permitem constuir moléculas. Para
simplificar a construção de estruturas
moleculares a partir de distâncias e ângulos
padrão, a maioria dos programas de
modelização molecular que existem no
mercado incorporam um módulo que permite
realizar esta construção de forma gráfica e
interactiva, a partir de átomos ou fragmentos
moleculares pré -definidos.
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• As coordenadas de um sistema molecular,
mesmo aproximadas, são essenciais para
iniciar cálculos teóricos sobre energia,
funções de onda e outras propriedades.
• OPTIMIZAÇÃO GEOMÉTRICA
• A energia de um sistema molecular, seja
qual fôr a estratégia usada para a calcular é
função da sua geometria.
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• Para calculr mínima energia de um
sistema molecular leva-se a cabo a
optimização geométrica pelo chamado
método de gradiente.
• Neste método cada um dos parâmetros
geométricos independentes que definem
um composto, recebem o nome de graus
de liberdade.
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• Por exemplo na molécula da água existem
três graus de liberdade
• 1º-Distância entre o núcleo de cada
átomo de hidrogénio e o do oxigénio
• 2º-Distância entre os núcleos dos átomos
de hidrogénio
• 3º Ângulo H-O-H
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• Dada uma molécula podemos eleger os
diferentes parâmetros geométricos como
graus de liberdade, mas o seu número
será constante.
• A energia molecular é uma função dos
graus de liberdade.
• O método de gradiente mede o mínimo de
energia introduzido por pequenas
variações dos graus de liberdade.
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• Se a energia diminuir significa que se está
a modificar os graus de liberdade do
modo correcto.
• À medida que nos aproximamos do
mínimo, detectado pelo valor da
inclinação da recta, como se mostra na
figura 2, podemos ter um valor mínimo
local , ponto 1´ ou um mínimo de energia
mínima total, ponto 7.
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Figura 2-relação energia mínima/graus de liberdade

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• Qualquer método de optimização baseado
no gradiente, apresenta o inconveniente ,
de nos poder conduzir a mínimos locais
que não nos interessam. O modo de
diminuir a probabilidade de tal acontecer é
partir de uma geometria inicial não
demasiado longe da energia mínima ou
utilizar outras geometias alternativas.
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• ANÁLISE CONFORMACIONAL
• Uma análise conformacional é uma
exploração dos confórmeros que se
obtêm ao realizar torsões (graus de
liberdade conformacionais) em torno de
ligações simples.
• Para fazer uma análise conformacional
procede-se do seguinte modo:
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• 1º Estabelece-se um aumento fixo para o valor
de cada ângulo diedro ou rotor considerado.
• 2º Baseados nesse aumento, estabelecem-se
os valores dos diedros. (0º, 30º, 60º, 90º, 120º,
150º, 180º, 210º, 240º, 270º, 300º e 330º)
• 3º As estruturas a estudar são todas as
combinações possíveis dos valores de um rotor
• 4º Cada uma das estruturas resultantes
optimiza-se geometricamente mantendo fixos os
ângulos diedro considerados.
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• 5-Os resultados visualizam-se por meio de
curvas de variação de energia quando se
modifica um grau de liberdade conformacional,
como se mostra na figura 3.

Figura 3-Análise conformacional do tautómero Nπ -H

da histamina
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• As curvas designam-se por linhas isoenergéticas num plano
definido por dois graus de liberdade conformacionais como se
mostra na figura 4, um exemplo no fentanilo
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• Figura 4-Linhas isoenergéticas do fentanilo ao variar os

ângulos de torção φ 1 e φ 2.
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• 6-Para cada molécula existe um
determinado confórmero que apresenta a
energia mínima (quando existem vários,
são simétricos) e deverá coincidir com a
geometria que se obteve ao fazer a
optimização geométrica global.
• Existem outras estratégias cujo interesse
é encontrar as conformações de energia
mínima locais.
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• As análises conformacionais estudam-se para
perceber té que ponto um ligando pode adaptar a
sua estrutura tridimensional e estabelecer
interacções adequadas no centro activo do seu
receptor biológico.
• Esta estrutura recebe o nome de “Confórmero
activo”.
• Pretende-se na Análise Conformacional avaliar a
diferença entre a energia mínima e a energia do
confórmero activo.
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• A qualquer temperatura superior a 0 K e
por exemplo à temperatura fisiológica
(310 K), os átomos de qualquer molécula,
recebem uma energia que faz com que
permanentemente executem uma série de
movimentos, entre os quais torções que
permitem passar de um confórmero a
outro e um desses pode ser o confórmero
activo.
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• A equação de Boltzmann permite calcular a
fracção de moléculas que, a uma dada
temperatura, se encontrem conformações que
têm uma dada diferença em relação a um
mínimo.
• Uma forma de encontrar confórmeros activos
por meio de análise conformacional consiste em
comparar séries de mapas como os da figura 4,
correspondentes às análises conformacionais
de séries de compostos estruturalmente
relacionados, que apresentem ou não actividade
biológica.
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• Comparando as regiões de confórmeros
acessíveis dos mapas das diferentes moléculas,
como se mostra nas figuras 5 e 6, em alguns

Figura 5-As duas moléculas

são activas
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• No caso da figura 6 uma molécula é activa
e outra inactiva

Figura 6
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• Podiam deduzir-se os valores dos ângulos
diedros de interesse τ 1 e τ 2, que são
essenciais à actividade biológica que seriam
aqueles a que podiam aceder todos os
compostos activos mas não os inactivos.
• Outra utilidade da análise conformacional é a
monitorização de uma dada distância inter-
atómica de um composto para ver se pode um
dado farmacóforo adoptar o valor requerido para
se tornar activo biologicamente.
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• DINÂMICA MOLECULAR
• Os programas de computadores não só
permitem simular as propriedades estáticas das
moléculas como também simular os movimentos
relativos dos átomos quando em excitação
térmica.
• Estas simulações levam-se a cabo aplicando as
leis de Newton que regem o movimento clássico
dos corpos.
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• A trajectória de cada partícula j de massa mj
obtém-se resolvendo as equações diferenciais
que descrevem o movimento ao longo de cada
uma das ordenadas xi, segundo a força Fxj,
dada pela equação 1

d xi Fx j
2

2
= Eq. 1

dr mj
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• Como a equação 1 está relacionada com a 2ª Lei de
Newton F=ma, as forças Fxj sobre sobre os átomos são
deduzidas dos campos de energia potencial a que estão
sometidos.
• Do ponto de vista prático, as simulações de dinâmica
molecular usam-se para:
• 1-Superar o problemas das energias mínimas locais
• 2-Conseguir efectuar análise conformacional em
comppostos com muitos graus de liberdade como
proteínas
• 3-Explorar a estabilidade de sistemas moleculares,
como por exemplo, ligandos-receptores a determinadas
temperaturas.
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• MECÂNICA MOLECULAR
• Há vários métodos para encontrar a energia
molecular.
• Os valores obtidos pouco ou nenhum significado
têm se considerarmos os seus valores
absolutos. Os valores encontrados são
diferenças de energia entre geometrias
diferentes da mesma molécula ou entre
moléculas diferentes, obtidos pelo mesmo
método.
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• Uma forma relativamente simples de obter
uma energia relativa com uma dada
geometria molecular, consiste em
executar o procedimento da Mecânica
Molecular.
• Este procedimento consiste em calcular a
energia potencial de molécula (V),
somando termos ligados à:
• A-Sujeição dos núcleos à força do campo
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• C-Às tensões das ligações, dos seus
ângulos e das suas torções
• D-Às interacções de Van der Waals,
electrostáticas e por pontes de hidrogénio
segundo a equação 2.
• V=Vligações+Vângulos+Vdiedros+VvdW+Velectr+Vn
• Equação 2
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• A cada um dos termos corresponde um
tratamento matemático específico.
Existem programas de computador que se
distinguem pelo número de termos usados
na determinação da energia potencial mas
os mais utilizados são o MM2/MM3 que se
usa para moléculas pequenas e o AMBER
especialmente parametrizado para
proteínas e ácidos nucleicos.
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• A principal vantagem que oferecem os métodos
da mecânica molecular é a rapidez de cálculo.
Deste modo consegue determinar-se as
energias de interacção entre fármacos e
receptores.
• Muitos dos programas de modelização utilizam
este processo, mas tem de se ter cuidado com
as estruturas energeticamente optimizadas
devido à possibilidade de se encontrar não a
energia mínima total mas sim a mínima local.
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• FUNÇÃO DE ONDA MOLECULAR
• Uma forma mais complexa mas mais
exacta para encontrar a energia
associada à geometria de uma molécula é
por meio da resolução das equações de
Schrodinger.
• Deste modo obtém-se a energia do
sistema mas também uma descrição da
sua estrutura electrónica.
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• Como a resolução das equações de
Schrodinger só é directamente possível
para o átomo de hidrogénio para serem
usadas por moléculas mais complexas
têm de ser introduzidos factores de
aproximação:
• A-Aproximação de Born-Oppenheimer,
segundo a qual os núcleos não se movem
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• B-Aproximação de orbitais atómicas e
moleculares, segundo a qual a função de onda
de qualquer sistema polielectrónico se aproxima
de um produto de funções de onda
monoelectrónicas.
• A parte espacial de cada orbital atómica é
representada pela função matemática de Slater
(Slater Type Orbitals, STO) que é obtida por
aproximação a partir de uma combinação linear
de funções de Gauss (Gaussian Type Orbitals,
GTO).
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• C-Aproximação de LCAO (Linear Combination of
Atomic Orbitals), segundo a qual as orbitais
moleculares monoelectrónicas ϕ i, se obtém como
resultado de uma combinação linear das orbitais
atómicas dos átomos que compõem a molécula.
• D-Aproximação iterativa do campo auto-coerente
(Self-Consistent Field, SCF), porque cada electrão
se encontra debaixo da acção dos campos
eléctricos gerados pelos outros electrões e cada
orbital molecular ϕ i dependerá das outras.
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• Se forem apenas estas as aproximações
que se introduzem no cálculo, estamos
perante um cálculo ab initio HF-SCF (HF,
Hartree-Fock; Self-Consistent Field), cuja
qualidade dependerá basicamente das
dimensões da base utilizada para
representar cada um dos átomos da
molécula.
• A base mínima que se utiliza é a STO-3G.
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• Nesta base cada átomo é representado
com as suas orbitais atómicas
completamente ou parcialmente
ocupadas (1s, 2s, 2px, 2py, 2pz, para o
átomo de Carbono) e cada uma delas é
representada pelas três funções
Gaussianas. Este método HF-SCF é
moroso e por isso está a ser substituido
pela teoria da funcionalidade da
densidade (Density Functional Theory,
DFT).
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• Este método baseia-se no Teorema de
Hohenberg-Kohn que permite determinar
a energia electrónica total de uma
molécula baseando-se na sua função de
densidade electrónica ρ .
• Existem métodos semi-empíricos como os
de MNDO e AM1 que se usam,
especialmente este último.
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• Há métodos ainda mais drásticos que os
semi-empíricos, que prescindem totalmente
do termo electrónico Velec , da equação 2,
considerando que cada função de onda
monoelectrónica é independentes das outras
e tornando desnecessário o processo
iterativo de cálculo.
• Neste tipo de método temos de considerar o
de Huckle (Extended Huckel Theory, EHT).
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• Nos métodos mistos QM/MM (Quantum
mechanics/Molecular Mechanics) que usam o
formalismo químico-quântico para modelizar um
subconjunto crítico dos átomo de um sistema,
como por exemplo, (os que estão directamente
implicados na interacção fármaco-receptor),
enquanto que o resto dos átomos se modelizam
usando métodos de mecânica molecular.
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• O programa computacional que permite a
resolução ab initio é o GAUSSIAN e os
AMPAC e MOPAC para cálculos semi-
empíricos.
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• PROPRIEDADES DERIVADAS DA FUNÇÃO
DE ONDA MOLECULAR
• A função de onda molecular contém toda a
informação relativa à distribuição electrónica de
qualquer composto em questão.
• Como as propriedades químicas e
consequentemente as biológicas dependem da
distribuição electrónica, a aprtir dos resultados
dos cálculos da função de onda podem deduzir-
se parâmetros com um grande significado
químico que se podem relacionar com a
actividade biológica.
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• Um dos resultados obtidos por meios de
cálculos químico-quânticos são as
energias associadas a cada uma das
orbitais moleculares.
• Os valores de energia das orbitais
moleculares obtidos, designam-se por
valores próprios com sinal positivo se se
encontrarem não ocupadas e negativo se
se encontrarem ocupadas.
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• Segundo o teorema de Koopman, o potencial de
ionização de um composto é aproximadamente
igual ao da última orbital molecular ocupada
(Highest Occupied Molecular Orbital, HOMO).
• Quanto à afinidade electrónica é
aproximadamente a energia da primeira orbital
não ocupada (Lowest Unoccupied Molecular
Orbital, LUMO), embora esta última
aproximação seja bastante inexacta.
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• Uma informação mais útil do que as anteriores
para o estudo das interacções estrutura-
actividade está relacionada com as
propriedades electrostáticas da molécula.
• Por meio de um cálculo AM1 da molécula da
água e a chamada análise de população de
Mulliken obtém-se a densidade electrónica
atribuível ao oxigénio de 6,3828 electrões de
valência, enquanto que o atribuível a cada
átomo de hidrogénio é de 0,8086 electrões.
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• Como o átomo de oxigénio isolado tem 6
electrões de valência existe uma densidade de
carga negativa sobre o átomo de Oxigénio de
-0,3828 (δ -) e de (1-0,8086)= +0,1914 (δ +)
sobre o átomo de hidrogénio.
• Estas cargas (δ i) sobre os átomos, apresentam
uma certa relação com a reactividade de cada
centro da molécula e constituem um parâmetro
que se tem correlacionado com êxito com a
actividade biológica.
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• A propriedade electrostática molecular com maior
interesse nas relações estrutura-actividade é o
Potencial Electrostático Molecular, (PEM)
• Definição de PEM, num ponto situado na proximidade
de uma molécula
• É a energia necessária ao campo eléctrico, gerado
pela distribuição das cargas eléctricas de uma
molécula, para movimentar uma unidade de carga
positiva desde o infinito até ao ponto considerado.
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• Os valores do PEM em cada ponto do
espaço que rodeia a molécula podem ser
representados graficamente, podendo
desenhar-se as linhas isopotenciais como
se mostra na figura 7.
• Outro processo consiste em representar
as superfícies isopotenciais
tridimensionalmente, como se mostra na
figura 8.
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Figura 7- linhas
Isopotenciais em
torno da cafeína
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Figura 8-Representação
tridimensional do PEM
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• Outro método é efectuar representação tridimensionais coradas dos
valores isopotenciais de PEM em volta da molécula, estabelecendo
mudanças de coloração em intervalos dos valores de PEM, como se
mostra nas figuras 9 e 10.

Figura 9-Mapa do potencial electrostático do flúor-naftaleno

no programa SPARTAN
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Figura 10-Potencial electrostático de moléculas na

reacção química de obtenção de 2-metil-2-buteno
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• Devemos ter em linha de conta que
qualquer método de estudo das relações
estrutura-actividade é imperfeito, pois os
modelos moleculares sempre contêm
aproximações e por outro lado existe um
grande número de factores que
condicionam a actividade biológica,
resultando praticamente impossível
tomá~los todos em consideração.
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• POTENCIAIS DE INTERACÇÃO MOLECULAR
• Os Potenciais de Interacção Molecular (PIM)
estão relacionados com os PEM mas calculam
energias de interacção entre uma molécula e
sondas moleculares que representam possíveis
grupos funcionais que a molécula que está em
estudo poderia encontrar até atingir o receptor
biológico.
• As sondas mais usadas são os grupos amina,
carbonilo, carboxilo, oxidrilo, metilo e moléculas
de água.
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• Os cálculos efectuados para cada sonda dão
diferentes valores de PIM. As zonas com
potenciais negativos frente a uma sonda podem
indicar possíveis interacções favoráveis com
grupos funcionais semelhantes ao do ambiente
em torno do receptor biológico.
• Por exemplo as zonas negativas obtidas numa
distribuição de PIM com uma sonda Metilo
indicam posições favoráveis para as interacções
hidrofóbicas.
• Um dos programas mais utilizado para os
cálculos dde PIM é o programa GRID.
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• RELAÇÃO ESTRUTURA-ACTIVIDADE
(MÉTODOS INDIRECTOS)
• Nos métodos indirectos há vários sistemas para
avaliar a semelhança molecular.
• Podem ser estratégias de encontrar :
• 1-Semelhanças sob o ponto de vista estrutural
• 2-Semelhanças na actividade em relação a um
dado receptor biológico
• 3-moléculas com estruturas diferentes mas com
a mesma acção biológica
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• Como se dispõe de instrumentação informática
que permite construir modelos moleculares
tridimensionais e sobrepolos uns aos outros
este procedimento é o mais simples para
comparar compostos entre si. Este método é
qualitativo.
• Para diminuir os problemas de subjectvidade na
comparação definem-se coeficientes que
permitem medir a semelhança ou diferença
entre s substâncias.
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• No caso de apenas comparação
estrutural, mede-se a diferença entre duas
moléculas pela soma das distâncias entre
as posições de deteminados núcleos que
são seleccionados por existirem em todas
as moléculas que estão a ser
comparadas. Esta soma depende do
número de núcleos considerados (n).
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• Este coeficiente designa-se por RMS ou RMSD
(Root Mean Squared Distance) e é dado pela
equação

∑d i
2
Equação 3
RMSD = i =1
n
A escolha da posição relativa de comparação é feita tendo
em vista a de máxima semelhança ou a da diferença
mínima, por meio de um coeficiente de medida.
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• Tem de se ter em conta os graus de liberdade
que intervêm no processo de optimização e que
são aqueles que definem a posição relativa no
espaço de um composto em relação ao outro.
• Esses graus de liberdade são sempre seis:
• I-As translacções sobre os três eixos
perpendiculares
• II-As rotações sobre os mesmos eixos
• A comparação de estruturas moleculares sem
ter em conta as suas propriedades é sempre
imperfeita.
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• Para que não apareçam estas imperfeições
utilizam-se também os valores de PEM e de
PIM. A definição da posição dos mínimos
permite a definição dos farmacóforos. Os
farmacóforos são difíceis de observar se não fôr
por meio desta técnica.
• A comparação quantitativa de propriedades
moleculares que têm valores distintos em
pontos em torno das moléculas, como a
densidade electrónica ρ , o PEM e os PIM pode
realizar-se por diferentes técnicas.
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• 1ª Técnica
• Comparação analítica das funções que definem as
distribuições, obtendo coeficientes de semelhança entre
pares de compostos.
• 2ª Técnica
• Esta é a mais usada na prática, partindo do cálculo dos
valores da propriedade numa rede de pontos definidos
em torno das moléculas consideradas como se mostra
na figura 11.
• A partir destes valores pode-se calcular os coeficientes
de semelhança molecular ou realizar análises 3D-QSAR.
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• Figura 11-Esquema de rede de pontos em torno de uma molécula

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• ESTUDOS QUANTITATIVOS DAS RELAÇÕES ENTRE
PROPRIEDADES MOLECULARES 3-D DE LIGANDOS
E A ACTIVIDADE BIOLÓGICA (3D-QSAR)
• As propriedades ou descriptores moleculares que se
podem obter a partir das estruturas moleculares de
séries de ligandos permitem um grande número de de
estudos de relações estrutura-actividade.
• A nível quantitativo pode-se analisar se existe
paralelismo entre uma classificação gerada a partir de
coeficientes de semelhança ou dessemelhança
molecular e outra classificação gerada por meio de
perfis biológicos ou farmacológicos dos compostos.
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• Um grupo de técnicas actualmente muito
utilizadas são as chamadas CoMFA
(Comparative Molecular Field Analysis) ou
GRID/GOLPE.
• Nesta técnica parte-se de uma matriz de dados,
onde se incluie, por um lado, as medidas da
actividade biológica que se pretendem predizer
baseando-se em propriedades moleculares e
por outro lado incluem-se valores de PIM
obtidos com diferentes sondas moleculares e
calculados nos pontos de uma rede
tridimensional definida em torno de todos os
compostos considerados.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Sobre a matriz resultante faz-se uma
análise estatísitca multivariante chamada
PLS (Partial Least Squares) que consiste
em ajustar os coeficientes das equações.
• Os resultados são visualizados pelas
zonas em torno dos compostos em que
determinadas interacções com cada uma
das sondas são favoráveis ou
desfavoráveis.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Para ter bons resultados nesta técnica é
preciso ter um conjunto de compostos
adequado e que estes sejam
correctamente sobrepostos numa rede de
pontos nos quais se calcularam os
potenciais de interacção.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• PREVISÃO DA ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL
DE PROTEÍNAS
• A estrutura tridimensional da maioria dos
biopolímeros é desconhecida e o que se conhece
está disponibilizado na base de dados PDB.
• Conhecem-se as sequências de aminoácidos de
um grande número de proteínas e por isso, um
dos maiores desafios actuais é predizer a
estrutura tridimensional de proteínas a partir da
sua estrutura primária.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Em Bioinformática, um alinhamento de
sequências é uma forma de organizar
sequências primária de DNA, RNA ou Proteína,
para identificar regiões semelhantes que
possam ser consequência de relações
funcionais, estruturais ou evolucionárias entre
elas. Sequências alinhadas de nucleotídeos ou
resíduos de aminoácidos são representadas
tipicamente como linhas de uma matriz.
Espaçamentos (gaps) podem ser inseridos entre
os resíduos para que caracteres semelhantes
(por algum critério) sejam alinhados em colunas
sucessivas.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Exemplo de alinhamento entre duas
sequências, produzido pelo programa
ClustalW entre duas proteínas dedo-de-
zinco humanas (human zinc finger
proteins) identificadas por seus números
de acesso no GenBank. (Key)
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Métodos téoricos
• A- Ab initio
• B-Baseado em conhecimento
• B1-Montagem de fragmentos
• B2-Reconhecimento de enovelamento
• B3-Modelagem comparativa ou por homologia:
• A-Os ab initio
• B-Os de Modelização de proteínas por homologia
• A- Nos métodos ab initio é proposto um certo
enrolamento ou pregueado para a proteína problema
com base na aplicação de regras empíricas ou por meio
de cálculos energéticos.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• B-Os métodos de modelização por homologia
que propõem uma estrutura terceária a partir da
estrutura secundária da proteína problema, cuja
estrutura é semelhante à de uma conhecida.
• Numa modelização por homologia, o primeiro
passo consiste em localizar entre as proteínas
incluidas na PDB (Brookhaven database) uma
proteína cuja sequência seja semelhante à da
proteína problema.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Para avaliar a semelhança entre sequências
procura-se o melhor alinhamento das
sequências observadas, deslocando-as uma em
frente da outra, procurando o número máximo
de aminoácidos idênticos ou com características
semelhantes.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Os passos estão descritos
na figura 12, a partir de
uma sequência de
aminoácidos (estrutura
primária), proceder à
comparação com
biomoléculas

Figura 12-Passos de determinação

de estrutura de biopolímeros por homologia
MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS

• Alinhamento
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Para melhorar o
alinhamento introduzem-
se fragmentos de uma
das proteínas, que se
consideram maiores
numa que noutra (gaps).
Para determinar o
melhor alinhamento usa-
se uma pontuação que
“premeia” as identidades
e os aminoácidos
semelhantes, castigando
a introdução de “gaps”. Figura 13-Modelo tridimensional
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Quando já se estabeleceu um bom alinhamento a
construção de um modelo tridimensional começa
pela substituição numa estrutura 3D da proteína
padrão dos aminoácidos que não coincidem com
os da proteína problema. Há alguns “softwares”
disponíveis que podem ser utilizados para a busca
de sequências homólogas em bancos de dados,
como por exemplo, o “software Basic Local
Alignment Search Tool” (BLAST).
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Para gerar um alinhamento final entre as
sequências-molde seleccionadas na busca e a
sequência-alvo a ser modelada, são utilizados
“softwares” mais específicos que o BLAST para
identificação de similaridade sequencial, como por
exemplo, o pacote computacional “Alignment of
Multiple Protein Sequences” (AMPS). Em
“softwares” dessa categoria, o alinhamento obtido
estende-se por toda a sequência polipeptídica,
sendo denominado, então, de alinhamento global.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• No que diz respeito à faixa aceitável de
identidade sequencial para a execução da
modelagem molecular por homologia, a
literatura descreve como significante um
valor acima de 30 % de identidade
sequencial entre a(s) proteína(s)-molde e
a proteína-alvo.
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TRIDIMENSIONAIS
• SIMULAÇÃO DO ENVOLVIMENTO DE
BIOMOLÉCULAS
• SOLVATAÇÃO
• As moléculas biológicas não se encontram
isoladas no vazio mas estão rodeadas por
outras moléculas entre as quais moléculas de
água. Esta situação origina que as estruturas
moleculares obtidas por difracção de Raios X a
partir de cristais, ou de modelos obtidos por
cálculos sobre uma molécula isolada, possam
não ser adequados para modelizar um
fenómeno biológico.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Como a água é o meio em que se encontram
inseridas as moléculas biológicas a simulação
da sua influência sobre a estrutura e as
propriedades das biomoléculas é um aspecto
com o máximo interesse na modelização
molecular.Existem diferentes graus de
aproximação ao considerar o solvente. A mais
simples consiste em modificar a constante
dieléctrica ε do termo electrostático do campo
de forças nos cálculos de mecânica molecular
da molécula estudada, para a adequar ao
envolvimento pela água.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• O outro método consiste em representar o
solvente como um contínuo que envolve a
molécula estudada e que tem certas
propriedades dieléctricas. A forma mais
sofisticada de considerar o solvente
consiste em realizar os cálculos da
molécula no seio de um sistema molecular
constituido por esta e um grande número
de moléculas de água.
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TRIDIMENSIONAIS
• SIMULAÇÃO DA INTERACÇÃO LIGANDO-
RECEPTOR
• A estrutura tridimensional dos complexos
ligando-receptor podem ser determinadas por
cristalografia de Raios X. A partir da estrutura
destes complexos podem desenhar-se ligandos
com maior ou igual afinidade. Existem
programas informáticos que permitem, de forma
automática, propôr estruturas que podem
interagir adequadamente com locais de ligação
previamente identificados.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Na simulação de uniões ligandos-receptores
proteicos é conveniente ter em linha de conta
que as duas moléculas possuem flexibilidade
conformacional e que os confórmeros existentes
antes da união podem não coincidir com os
existentes no complexo ligando-receptor.
• Por outro lado temios de ter em linha de conta
que o local de união não tem de ser o mesmo
para todos os ligandos de um mesmo receptor.
Os agonistas e os antagonistas ligam-se de
diferente modo ao mesmo receptor.
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TRIDIMENSIONAIS
• Muitas vezes nestes processos de estudo de
ligação ligando-receptor só se obtêm
informações de tipo qualitativo.
• A ambição de obter informação quantitativa é a
de determinar a constante de ligação Ki de cada
um dos ligandos por modelização teórica dos
correspondentes valores de ∆ G, que se
relacionam pela equação
∆ G=-RT ln K
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Quando se dispõe do modelo da proteína
pode conseguir-se simular ligações a
ligandos, podendo inclusivé fazê-lo
manualmente, a partir da informação
disponível dos resíduos implicados na
ligação e do farmacóforo correcto, ou
automaticamente mediante programas
informáticos que exploram
exaustivamente as possíveis uniões entre
o receptor e os ligandos.
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• Bibliografia
• Hugo Kubinyi-QSAR:Hansch analysis and
related approaches. VCH. ISBN 1-56081-768-2
• Biological correlations-The Hansch Approach,
Robert F. Gould, American Chemical Society,
Series 114, Washington, 1972
• C. Avendaño, Introducción a la Química
Farmacéutica, MacGrawHill-Interamericana, 2ª
edición, Madrid 2001
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• http://www.abq.org.br/cbq/2007/trabalhos/13/13-641-778.htm
potencial electrostático de uma reacção química
• http://images.google.pt/imgres?
imgurl=http://br.geocities.com/moniquebrito/poten.jpg&im
grefurl=http://br.geocities.com/moniquebrito/aplicacoes.h
tml&usg=__o96-
uBlrCpEwY1P7dwXYVD__k0Y=&h=241&w=299&sz=80
&hl=pt-
PT&start=8&tbnid=zdpHMubDo2TOTM:&tbnh=93&tbnw
=116&prev=/images%3Fq%3Dpotencial%2Beletrost
%25C3%25A1tico%2Bmolecular%26gbv%3D2%26hl
%3Dpt-PT%26sa%3DX Imagens de Potenciais
electrostáticos
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• http://www.tripos.com/index.php?family=Modules,Ge
Programa Sybyl
• http://www.ua.es/cuantica/docencia/ccem/teoria/node
Teorema de Hohenberg-Kohn
• http://www.qqesc.qui.uc.pt/1-DFT-teoria.pdf
Teoria DFT
• http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-40422001
Determinação da reactividade química
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• http://www.dq.fct.unl.pt/cadeiras/tlq/main/..%5Cdownload%5C
cálculo de energia de ionização
• http://jorgem.pacheco.googlepages.com/PE05.pdf
Cálculo de energia de ionização
• http://www.institutoroche.es/bioinformatica.php?op=biotecnolo
Bio-informática
• http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-
Comparação de biomoleculas
• http://dissertations.ub.rug.nl/FILES/faculties/science/1998/j.nil
3D-QSAR de naftamidas
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• http://www.e-escola.pt/topico.asp?id=317&ordem=5
comparação de proteínas
• http://schistosomaonline.com/p5.htm modelação
de proteínas
• http://pt.wikipedia.org/wiki/Alinhamento_de_seq%C3
alinhamento de sequências
• http://fge.if.usp.br/~kaline/dice_dicewin.htm
interface de simulação
 MODELOS MOLECULARES
TRIDIMENSIONAIS
• http://chemivate.com/chemivate/drug-likeness.htm
regra dos 5 de Lipinski
• http://www.netsci.org/Science/Compchem/Images/TJ
modelos CPK
• http://personal.cscs.ch/~mvalle/ChemViz/representat
Representação de dados em química
• http://www.nuigalway.ie/cryst/ centro
cristalográfico
• http://www.nuigalway.ie/cryst/software.html não
é pago e pode ser usad em modelling