Aminocidos y protenas

Aminocidos
Son estructuras qumicas con un grupo amino y
otro carboxilo como mnimo.
Son estructuras cuaternarias con C, H, O y N.
Pueden poseer adems azufre.
Existen ms de 300 de ellos en la naturaleza, pero
las protenas se generan a partir de nicamente 20
de ellos.
Diez de los aminocidos deben estar contenidos en
la alimentacin por cuanto no se sintetizan en el
organismo y se les denomina esenciales.

Aminocidos esenciales
La clasificacin vigente, disminuye importancia
nutricional de aa. no esenciales
Esencialidad otorgada a 8-10 aminocidos, ade-
ms a algunos cidos grasos, minerales y vitami-
nas, recayendo toda su presencia en la dieta diaria.
El hombre posee la habilidad necesaria para trans-
formar aa y c. grasos esenciales en otros no
esenciales pero igualmente necesarios.

aminocidos esenciales y no
esenciales
Metionina
Valina
Leucina
Isoleucina
Fenilalanina
Triptofano
Treonina
Lisina

Glicina
Alanina
Tirosina
Aspartico
Asparragina
Glutmico
Glutamina
Histidina*
Prolina
Hidroxiprolina
Arginina*
Cisteina

* Esenciales slo durante la infancia
Importancia especial de los aa
no esenciales

Sntesis de protenas y aminocidos no
esenciales.
Metabolismo intermediario.
Ciclos de Krebs y de la rea.
Proceso gluconeogentico.
Formacin de heme, colina, etanolamina, ATP,
ADN-ARN, aminas bigenas y otros
metabolitos.
Por ello deben obligatoriamente sintetizarse.

Ej.ac.Glutmico,aa.no esencial
Sintetiza prolina: aa. que con la hidroxiprolina (prolina
hidro (en 30%) y la elastina (en 11%) del tejido
conjuntivo, el mayor en el cuerpo humano, en tendones,
articulaciones, bajo los epitelios,etc.




Sintetiza alanina y asprtico por transaminacin de ceto-
cidos, pirvico y oxalacetato respectivamente.
Alanina : importante aa. Glucognico. c. Asprtico,
proveedor del 2 nitrgeno del ciclo de la Urea.
Acido glutmico y c. Asprtico: NT excitatorios del SNC.



Clasificacin de aminocidos
Aminocidos
hidrofbicos.
Se ubican en el
interior de las
protenas.
La glicina por ser
pequea se
acomoda a todas la
curvas proteicas.
Glicina rica en el
colgeno.
Cadenas laterales alifticas
H-CH-COOH
NH3
CH-CH-COOH
NH3
CH3
CH3
CH-CH2-CH-COOH
NH3
CH3
CH3
CH-CH-COOH
NH3
CH3
CH3
CH2
Glicina
Alanina
Valina
Leucina
Isoleucina
NH3
CH3-CH-COOH
Clasificacin de aminocidos
Los hidroxilados son
hidroflicos, fosforilables y
ocupan la superficie
proteica.
La serina se encuentra en
el sitio activo de muchas
enzimas, no as la treonina
Los aminocidos
azufrados, participan
frecuentemente de los
enlaces interprotenas que
mantienen estructuras
terciarias y cuaternarias.
La metionina inicia la
sntesis de las protenas.
NH3
CH2-CH-COOH
OH
NH3
OH
CH3-CH-CH-COOH
Serina
Treonina
NH3
CH2-CH-COOH
SH
NH3
CH2-CH-COOH CH2-
S-CH3
Cisteina
Metionina
Aminocidos
hidroxilados
Aminocidos azufrados
Clasificacin de aminocidos
Al ser dicarboxlicos proporcionan cargas elctricas
negativas a las protenas en solucin. Adems generan
proteinatos al reaccionar con cationes.
Sostienen, por participar de los enlaces, la estructura
secundaria, terciaria y cuaternaria de la protena.
El glutamato y la glutamina son neurotrasmisores
abundantes.
Con grupos cidos o sus amidas
NH3
COOH-CH2-CH-COOH
NH3
NH2-CO-CH2-CH-COOH
NH3
COOH-CH2-CH2-CH-COOH
NH3
NH2-CO-CH2-CH2-CH-COOH
Ac.asprtico
Asparragina
Ac.glutmico
Glutamina
Clasificacin de aminocidos
Proporcionan cargas
positivas a las protenas.
Participan de los enlaces
de hidrgeno y
mantienen la estructura
secundaria, terciaria y
cuaternaria de la
protena.
La Histidina se encuentra
en los sitios activos de las
enzimas.
La arginina es necesaria
en la sntesis de rea.
Con grupos bsicos
NH3
NH-CH2-CH2-CH2-CH-COOH
C=NH2
NH2
Arginina
NH3
NH3-CH2-CH2-CH2-CH2-CH-COOH
Lisina
NH3
-CH2-CH-COOH
NH N
Histidina
Clasificacin de aminocidos
Contienen grupo
aromticos, que le
confieren carcter
hidrofbico.
Se sitan en el interior
de la protena.
Estos aminocidos dan
color a las protenas.
El triptofano es
precursor de la niacina.
La prolina es rica en el
colgeno.
NH3
CH2-CH-COOH
NH3
CH2-CH-COOH OH-
NH3
CH2-CH-COOH
Fenilalanina
Tirosina
Triptofano
NH
COOH
Prolina
Con anillos aromticos
Iminocidos
Cargas elctricas de los
aminocidos
Los aminocidos pueden tener carga positiva, negativa o cero.
La ionizacin del carboxilo produce cargas negativas, la captura del
protn por parte del grupo amino produce una carga positiva.





A un pH biolgico entre 7 y 7,4 los grupos carboxilo son
predominantemente COO- y los grupos amino existen como NH3+
La carga neta es la suma algebraica de grupos negativos y positivos del
aminocido.
+ +
+ -
+ - -
+ - -
H NH R NH R
H COO R COOH R
2
3
pH isoelctrico de un aminocido
Es el pH en el cual el aminocido presenta cargas positivas y negativas
iguales.
Desde un punto de vista prctico resulta de obtener la media entre las
constantes de disociacin del carboxilo y del grupo amonio.
CH3-CH-COO-
NH3+

pK1 R-COO- 2,35
pK2 R-NH3+ 9,69
02 , 6
2
69 , 9 35 , 2
2
2 1

+
+ pK pK
pI
Propiedades caractersticas de
cada aminocido
Muchas de las caractersticas fsicas y qumicas de los
aminocidos dependen de la estructura del grupo R anexo a su
carbono alfa.




Grupos tan pequeos como el de la Glicina permiten su
presencia en lugares poco accesibles de una estructura proteica.
Grupos aromticos como el de la Tirosina permiten absorcin
de la luz UV y su medida por procedimientos
espectrofotomtricos.
Grupos bsicos o cidos permiten la formacin de enlaces (de
hidrgeno) con los de otros compuestos.
CH3-CH-COO-
NH3+
CH=carbono alfa
CH3=grupo R
Aminocidos y su centro
asimtrico
Casi todos los aminocidos tienen un centro
asimtrico (menos la glicina).
Debido al carbono alfa, que tiene cuatro sustituciones
distintas.
Este genera configurciones L y D. Los L-aminocidos
son los propios de los mamferos.
Configuracin L Configuracin D
Cromatografa
Procedimiento de eleccin para separar e
identificar aminocidos.
Se basa en:
particin por solventes.
adsorcin por el soporte.
Dos elementos bsicos en la separacin:
soporte: papel, slica gel, resinas.
solvente: mezcla de solventes orgnicos y
agua.
Diferenciacin de acuerdo al Rf


Visualizacin:
coloreado: ninhidrina.
fluorescencia : fluorescamina.
lectura UV.



solvente el por alcanzada distancia
aa el por alcanzada distancia
Rf
. . . .
. . . .

Separacin de aminocidos...
Cromatografa de
exclusin molecular.
Cromatografa
lquida de alta
presin.
Tiempo (min)
F
l
u
o
r
e
s
c
e
n
c
i
a

Lecho Protena Protena
Poroso Pequea Grande
Protenas
Estructura qumica formada por la unin de aminocidos mediante
diversas formas de enlace.
Se considera :
oligopptidos: de 2 a 10 aminocidos.
polipptidos de 10 a 100 aminocidos.
protenas : ms de 100 aminocidos.
Clasificacin:
Por su forma: globulares y fibrosas.
Por su solubilidad: albminas (solubles en agua) y globulinas
(solubles en soluciones salinas diluidas).
Por su composicin: simples (slo aminocidos), compuestas.
(glucoprotenas, lipoprotenas, metaloprotenas ).
Por su densidad: lipoprotenas: LDL,HDL,VLDL .
Por su carga: a pH fisiolgico cidas y bsicas.
Enlaces covalentes
Peptdicos y disulfuro
El peptdico es el ms importantes de la estructura polipeptdica. An el
ms simple tiene carcter de doble y mantiene la rigidez y adems la solidez
de la protena.
Genranse entre el alfa carboxilo de un aminocido y el alfa amino de otro
con eliminacin de molcula de agua.
La reaccin qumica ms importante en el campo clnico - la de Biuret-
radica en la presencia del enlace peptdico.
El enlace disulfuro se genera por la presencia de radicales -SH de la
cistena, formando uniones disulfuro entre porciones de una misma cadena y
entre dos cadenas.
Participa de la solidez de la estructura y an permite la unin de dos
polipptidos como en el caso de la insulina.


Enlaces no covalentes e
interacciones
Como su nombre indica no son enlaces reales sino fuerzas
de atraccin entre grupos de tomos.
El enlace de H se genera por atraccin entre el ncleo de
H+ (positivo) y el par de electrones no compartidos de otro
tomo. En el caso de una protena es un oxgeno de otro
aminocido.
El enlace hidrofbico se genera por la semejanza estruc-
tural entre dos aminocidos (aromticos, alifticos ?).
El enlace inico se genera entre carboxilos libres y amo-
nios libres de aminocidos dicarboxlicos y diamnicos.
Enlaces no covalentes...
CH2
!
O-H
H2N O
C
CH
CH3 CH3
CH3
(CH2)4
!
NH3+
O-
C
O
Enlace de
Hidrgeno
Enlace
Hidrofbico
Enlace
Hidrofbico
Enlace
inico
Estructura proteica: estructura
primaria
La conformacin nativa de una protena se define como la estructura
tridimensional que es biolgicamente activa. Se mantiene sobre la base
de los enlaces covalentes y no covalentes anteriormente explicados.
La estructura primaria est definida por la secuencia de aminocidos
unidos por los enlaces peptdicos.
Su carcter de doble enlace fija una estructura rgida, incapaz de girar
sobre su eje, y el movimiento se trasmite a los enlaces del carbono alfa.
Esto mantiene una estructura fija coplanar (en un mismo plano).

CO CH NH CO

CH NH CO CH NH
R
R
R
Libre
Rgido
Secuencia de aa. en las protenas
La estructura primaria de una protena est dada por la secuencia de
aminocidos.
Los pasos del estudio de esta secuencia son:
Composicin de polipptidos por hidrlisis y cromatografa.
Aminocido N terminal, con DNPB y aa. C terminal con Hidrazina.
Ruptura en pequeos fragmentos con tripsina, quimo tripsina, bromuro de
ciangeno.
Reconstruccin de la secuencia.

insulina
Cadena A
Cadena B
Aminocidos de la insulina
Insulina de varios orgenes.....
Origen A8 A9 A10 B30
Humano Thr Ser Ile Thr
Vaca Ala Ser Val Ala
Cerdo Thr Ser Ile Ala
Carnero Ala Gly Val Ala
Caballo Thr Gly Ile Ala
Perro Thr Ser Ile Ala
Pollo His Asn Thr Ala
Pato Glu Asn Pro Thr
Estructura secundaria
Las rotaciones permitidas en el
esqueleto del polipptido generan
una estructura repetitiva
denominada secundaria, la cual
puede ser:
alfa helicoidal
estructura beta u hoja plegada
Esta estructura es mantenida por
los puentes de hidrgeno de la pro-
tena. En el alfa hlix los puentes
son intracatenarios y en la
estructura beta intercatenarios.

Alfa hlice de las protenas
La doble ligadura virtual,
del enlace peptdico limita
las conformaciones de una
cadena obligando al giro
alrededor de un eje (alfa h-
lice).
Sus medidas son:
3,6 residuos / giro
0,54 nm / giro
0,15 nm /tomo equivalente
Estructura secundaria de las
protenas
La hlice alfa es la posicin
ms estable para los ami-
nocidos.
Se estabiliza por puentes de
hidrgeno entre el H+ de un
NH3+ y el O= de un COO-
del cuarto residuo anterior.
Hoja plegada de las protenas
La conformacin beta
o de hoja plegada se
presenta en algunas
protenas o en alguna
porcin de ellas.
La estructura es estabi-
lizada por puentes de
hidrgeno entre varias
cadenas.
Puede ser paralela y
antiparalela.
Estructura terciaria
La estructura terciaria se refiere a la disposicin
tridimensional de la cadena polipeptdica en una protena,
permitiendo la disposicin globular o fibrosa de la misma.
La mantienen todos los enlaces no covalentes y an el
enlace disulfuro.
La interaccin proviene de aminocidos que pueden estar
alejados en la secuencia pero cerca en la disposicin
tridimensional.
La protena est plegada de forma tal que los grupos
hidroflicos ocupan el exterior de la misma y los
hidrofbicos el interior.
Tiene importancia para la actividad biolgica o funcin de
la protena.

Estructura terciaria de la
mioglobina
Estructura cuaternaria
La estructura cuaternaria se produce en aquellas
protenas que tienen dos o ms cadenas polipeptdicas
(dmero, trmeros, etc.), iguales o diferentes, con
estructuras terciarias (subunidades).
El conjunto debe estar unido nicamente por fuerzas no
covalentes entre las cadenas individuales.
Ej. Hemoglobina: dos copias de cadena polipeptdica y 2
copias de cadena polipeptdica
Estructura cuaternaria de la
Hemoglobina
Las cuatro
cadenas (dos
alfa y dos beta)
se acomodan,
creando una
estructura
globular con
cuatro bolsillos.

Otras protenas ..
PROTEINA G
TRANSDUCTINA
PORINA ESPECIFICA
PARA LA SUCROSA
APOLIPOPRO-
TEINA
HUMANA A1
Enfermedades por prin:
encefalopatas espongiformes
transmisibles.


Sndrome de Ehlers-Danlos
Alteracin de la integridad de las
estructuras de apoyo (defecto
gentico) articulaciones mviles y
anormalidades de la piel.



PROTENAS: patologas por
alteracin de estructura
Cintica enzimtica

Enzimas y energa de
activacin
Las enzimas no afectan el punto
de equilibrio de una reaccin
qumica.
Slo aceleran la velocidad para
alcanzar este punto.
La energa de activacin es la
necesaria para que el sustrato se
eleve al estado transitorio.
La velocidad de reaccin es
inversamente proporcional a la
magnitud de la energa de
activacin.
Las enzimas disminuyen la
energa de activacin.
sustrato
producto
Estado de
transicin
Energa de activacin
Factores que modifican la reaccin
enzimtica

La velocidad de una reaccin mediada por
enzimas est influenciada por:

Temperatura del medio
El pH del medio
Concentracin de la enzima
Concentracin del sustrato
Temperatura
No existe actividad enzimtica a -273C
o cero absoluto.
A partir de esa temperatura los incre-
mentos provocan mayor actividad enzi-
mtica. La que se expresa como coefi-
ciente de temperatura o Q
10
. Esto es, el
incremento de actividad por cada 10C de
aumento de temperatura.
En trminos generales Q
10
= 2, es decir que
por cada 10C de temperatura la velocidad
se dobla.
Existe una temperatura ptima tras la cual
los aumentos provocan desnaturalizacin
de la protena enzimtica y prdida de la
actividad (hasta 40 a 55C).
temperatura
a
c
t
i
v
i
d
a
d

0 70
pH
Cada enzima tiene un pH
ptimo de trabajo, el cul es
variable. Las enzimas intra-
celulares trabajan entre 5 y 9 ,
las enzimas digestivas pueden
trabajar en pH diferentes.
Los extremos de pH afectan la
ionizacin de los centros
activos (-COO
-
NH3
+
SH).
X
Y
X
H Y
H X
H Y
Enzima Enzima Enzima
-
-
-
pH cido (inac) pH ptimo (activo) pH alcalino (inac)
pH
0
14
Concentracin de la enzima y
constante de equilibrio
La concentracin de la enzima incrementa la velocidad de la
reaccin, pero no modifica la constante de equilibrio.
As, si la reaccin se produce en ausencia de la enzima...


La constante de equilibrio ser:


Y, si la reaccin se produce en presencia de la enzima...


La constante de equilibrio ser:
P S
K
K

-
1
1
) (
) (
1
1
S
P
K
K
Keq
-

P Enz S Enz
K
K
+ +

-
1
1
) (
) (
) )( (
) )( (
1
1
S
P
S Enz
P Enz
K
K
Keq
-
Concentracin del sustrato
Si se aumenta la concentracin
del sustrato, manteniendo cons-
tante las dems variables, la
velocidad inicial de reaccin (Vi)
aumenta hasta un valor mximo
(Vmax) el que se estabiliza.
Se dice bajo estas condiciones
que la enzima est saturada con
el sustrato. Esto se produce de
acuerdo a la afinidad enzima
sustrato.
S
Vmax
Vmax/2
Km.
Ecuacin de Michaelis Menten
La relacin entre velocidad de reaccin y concentracin de sustrato
se describe en la frmula:




Bajo estas condiciones Vmax se observa cuando todos los sitios activos
estn llenos de sustrato. Toda la enzima est bajo la forma de [ES] y la
Km se define como concentracin de sustrato a Vmax/2
Vmax: es un ndice de la eficiencia de una enzima. Es la velocidad cuando
todos los sitios activos estn saturados, y es proporcional a la
concentracin de la enzima. Sus unidades son unidades de velocidad.
Km: es una medida inversa de la afinidad de la enzima por el sustrato. Una
baja Km indica alta afinidad entre enzima y sustrato. Las unidades de Km
son unidades de concentracin.

] [
] [
S Km
S Vmax
v
+

La aplicacin de la ecuacin de
Michaelis Menten se basa en...
La concentracin de sustrato es tan grande con respecto a la de enzima, que
la formacin de ES no altera significativamente la concentracin de
sustrato.
Al inicio de la reaccin la concentracin del producto es tan insignificante
que la velocidad descrita como k4 puede ser ignorada.
La velocidad de transformacin de ES en E+P(k3) es el factor limitante de
la reaccin.
La formacin de ES es rpida y reversible y es igual a la velocidad de
desaparicin de ES.
P E ES S E
K
K
K
K
+ +

3
4
1
2
Grfica de Lineweaver Burk
La grfica de Lineweaver
Burk es usada para obtener
Vmax y Km.
Se usa la inversa de la ecua-
cin de Michaelis Menten.



Cuando 1/v se grafica frente a
1/s se obtiene una recta,
donde la pendiente es
Km/Vmax.
La interseccin en el eje de y
es igual a 1/Vmax y la del eje
de x es igual a 1/Km.
Vmax S Vmax
km
v
1
] [
1
.
1
+
1/v
1/[S]
1/Vmax
-1/Km
Inhibidores competitivos
Estructuras semejantes al sustrato que compiten con l por el mismo
centro activo.
Sus efectos pueden revertirse si se incrementa la concentracin del
sustrato hasta ocupar todos los centros activos.
La Vmax no cambia, pero si el Km porque se necesita ms sustrato.
v
[S]
inhibidor
1/[S]
1/V
1/Vmax
-1/Km
Inhibidores no competitivos
Estructuras diferentes al sustrato por lo que se unen a un sitio indepen-
diente de la enzima.
Ambos, sustrato e inhibidor pueden unirse a la enzima al mismo tiem-
po. Su efecto no puede revertirse aumentando la concentracin del
sustrato.
No tiene efecto sobre la Km pero s sobre la Vmax.
V
[S]
inhibidor
1/V
1/[S]
1/Vmax
-1/Km
Inhibidores irreversibles
Reaccionan covalentemente con la cadena lateral de un
aminocido de la enzima, para formar un complejo estable
permanentemente inactivado.
Se les llama tambin substratos suicidas.
Su efecto es igual al de un inhibidor no competitivo.
Cintica enzimtica y creacin
de frmacos
Muchos frmacos actan como inhibidores de enzimas.
La cintica enzimtica tiene un papel crucial en el
descubrimiento de frmacos.
Proporciona el medio para cuantificar y comparar la
potencia de diferentes inhibidores y definir su modo de
accin.
Algunas enzimas presentes en microorganismos
metabolizan frmacos.
Tambin se requiere activacin metablica de un
profrmaco.
Droga Uso teraputico Enzima afectada Tipo de inhibidor
Lovastatina Hipercolesterolemia HMGCoA reductasa Competitiva
5-fluouracil Cncer Timidilato sintetasa Irreversible
Metrotexate Cncer Dihidrofolato reductasa Competitiva
Alopurinol Gota Xantino oxidasa Irreversible
Cumadin Anticoagulante Glutamil carboxilasa Competitiva
Aspirina Antiinflamatorio Ciclooxigenasa Irreversible
Captopril Hipertensin art. Enz.convert.angiotensina Competitiva
Efecto clnico de los Inhibidores