PROTENAS

Son los componentes celulares mas abundantes.

Incluyen: enzimas, anticuerpos, hormonas, molculas
de transporte, componentes del citoesqueleto, soporte
mecnico, transmisores de impulsos nerviosos y
regulan el crecimiento y la diferenciacin.

Son codificadas por el material gentico.

Estructural y funcionalmente son las molculas ms
diversas y dinmicas y tienen un papel fundamental en
casi todos los procesos biolgicos.
AMINOCIDOS

CONFIGURACIN (estereoismeros)
PROPIEDADES PTICAS DE
LOS AMINOCIDOS
Rotacin especfica a 25C, empleando la lnea D del espectro del sodio
(589.3 nm)

Todos los aminocidos, exceptuando a la glicina, son pticamente
activos, ya que son capaces de desviar el plano de la luz polarizada,
llamndoles enantimeros, los cuales son fsica y qumicamente
indistinguibles con la mayora de las tcnicas.

TODOS LOS AMINOCIDOS DERIVADOS DE PROTENAS
PRESENTAN LA CONFIGURACIN ESTEREOQUMICA L.
NOMENCLATURA

Clasificacin de los aminocidos:

- Segn su esencialidad.
- Segn su destino metablico.
- Segn su cadena lateral.
- Segn su polaridad.
Ejemplo:
- Aminocidos apolares.
- Aminocidos polares:
- Sin carga o con carga neutra 0
- Con carga:
- Aminocidos bsicos
- Aminocidos cidos.
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
3


COO


+
|
H
3
NCH
|
CH

CH
3
CH
3


COO


+
|
H
3
NCH
|
H
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|

COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH

CH
3
CH
3


Fenilalanina
Phe, F
AMINOCIDOS NO POLARES, CON GRUPOS R HIDROFBICOS

Alanina
Ala, A
Valina
Val, V
Glicina
Gly, G
Leulina
Leu, L
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
S
|
CH
3


COO

| H
+
C
H
2
N CH
2

| |
H
2
C--CH
2


COO


+
|
H
3
NCH
|
HCCH
3

|
CH
2

|
CH
3

Isoleulina
Ile, I
Prolina
Pro, P
Metionina
Met, M
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
C

H
2
N

O

Glutamina
Gln, Q
COO


+
|
H
3
NCH
|
HCOH
|
CH
3


COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2
OH

Serina
Ser, S Treonina
Thr, T
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
SH

Cistena
Cys, C
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|




|
OH

Tirosina
Tyr, Y
COO


+
|
H
3
NCH
|
C CH



NH



Triptofano
Trp, W
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
C

H
2
N

O

Asparagina
Asn, N
AMINOCIDOS POLARES, GRUPOS R NO CARGADOS
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|

+
NH
3


COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
C-NH



CH

+
HC NH

COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|
NH


|
+
C = NH
2

|
NH
2


COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
COO

COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
COO

Aspartato
Asp, D

Glutamato
Glu, E
Lisina
Lys, K
Arginina
Arg, R
AMINOCIDOS POLARES (CARGADOS)
CON GRUPOS R CARGADOS
Histidina
His, H
NEGATIVOS POSITIVOS
AMINOCIDOS CON GRUPOS R AROMTICOS
Fenilalanina
Phe, F
Tirosina
Tyr, Y
Triptofano
Trp, W
oxidante
reductor
FORMACIN DE PUENTES DE DISULFURO
Cistena
Cistena
Cistina
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CHCOO

|
COO

COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|


NH
|
CH
3

COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
CHOH
|
CH
2

|

+
NH
3


COO

| H
+
C
H
2
N CH
2

| |
H
2
C--CH
|
OH

AMINOCIDOS NO ESTNDARES
4-Hidroxiprolina
5-Hidroxilisina
6-N-Metilisina

(Miosina)
-Carboxi-
glutamato

(Protrombina)
(Colgeno)

(Protenas de pared
celular de plantas)

O COO



|
HCHNCH
|
CH
2

|
CH
2

|
S
|
CH
3


N-Formil-metionina

(Sntesis de Protenas)
AMINOCIDOS POCO COMUNES EN PROTENAS



+

H
3
NCH
2
|
CH
2

|
C-NH



CH


HC NH

Histamina
(Alergia)



+

H
3
NCH
2

|
CH
2

|




|
OH

+

H
3
NCH
2

|
CH
2

|
CH
2

|
COO

-Aminobutrico
GABA
HO
Dopamina
Neurotransmisores
AMINOCIDOS NO ESTNDARES
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|
NH
3
+


COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
CH
2

|
CH
2

|
NH


|
C = O


|
NH
2


Citrulina
Ornitina
Ciclo de la Urea
AMINOCIDOS NO ENCONTRADOS EN PROTENAS
H
Propiedades cido-Base de los Aminocidos
Poseen dos grupos ionizables
H
k = Constante de
disociacin

k se conoce como la constante de disociacin, y
el pk es por lo tanto el punto donde el cido se
ha disociado al 50%.



Todos los grupos ionizables tienen un pk de
manera que en ese pH se dan cantidades
equimolares de ambas formas.

2
Glicina
Se llama punto isoelctrico o pI al
punto donde el aminocido
presenta carga neta 0.
Por lo tanto el pI de la glicina
sera: pI = (2,34+9,6)/2 = 5,97
Ecuacin de Henderson-Hasselbach para cidos y
bases dbiles


pH = pKa + log [A
-
/HA] = pKa + log [Base/cido]

Cuando la [Base] = [cido] pH = pK del cido
Titulacin de cido dbil con base fuerte:
La dependencia del pH en los equivalentes de base aadido a
un cido dbil tpico. pKa = pH [A
-
] = [HA]
-2
-1
0
1
2
0 0.5 1.0
[A
-
] / [HA]
0.01 0.1 1.0 10 100
pK
a
+ 2

pK
a
+1

pK
a


pK
a
- 1

pK
a
- 2
Meq de OH
-
aadido/ meq HA
[
+
NH
3
CH
2
COOH]
= 1

[
+
NH
3
CH
2
COO
-
]
[
+
NH
3
CH
2
COOH] = 1
[
+
NH
3
CH
2
COO
-
] = 1
[NH
2
CH
2
COO
-
]
= 1

[
+
NH
3
CH
2
COO
-
]
[NH
2
CH
2
COO
-
] = 1

pK
1
(carbonilo) COOH COO


pK
2
(amino) NH
3
+
NH
2


pH (+) igual que (-) pI
Curva de
Titulacin de la
Glicina

pK
1
(carbonilo) COOH COO


pK
2
(amino) NH
3
+
NH
2

pK
R
(Grupo R) COOH COO


pH CARGA NETA = 0 pI
Curva de titulacin
del Glutamato
Propiedades y pKs de los aminocidos estndar
Bomba para
el Regulador
Regulador
Inyeccin de
la muestra
Columna de
Intercambio
inico
Aminocidos
separados
Fuente de
luz
Fotomultiplicador
Tira del Graficador
DIAGRAMA ESQUEMTICO DEL ANALIZADOR DE AMINOCIDOS
O
OH
OH
O
+
O
OH
OH
O
+
COO


+
|
H
3
NCH
|
R
CO
2
+ RCH

O

O
O
O
O
C NC
Pigmento morado
Ninhidrina
Aminocido
Reacciones de aminocidos
F
NO
2

NO
2
H
COO

|
+
|
H NCH
| |
H R
Aminocido
+
1-Fluoro-2,4 Dinitro-
benceno
HF
NO
2
NO
2
COLOR AMARILLO
H
|

OOCCN
| |
R H
F
l
u
o
r
e
s
c
e
n
c
i
a

R
e
l
a
t
i
v
a

Tiempo de Retencin
SEPARACIN EN COLUMNA CON INTERCAMBIADOR INICO (DOWEX
50: X = SO
3

)
Fenilcetonuria (PKU)
COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|
COO

COO


+
|
H
3
NCH
|
CH
2

|

+
NH
3
|
CHCH
3

|
O =C
|
NH
|
CHCH
2
CH
2
COO

|


O =C
|
NH
|
CH
2
|
O = C
|
NH
|
+

CH
2
CH
2
CH
2
CH
2
NH
3
|
COO

Alanina
Glicina
Glutamato
Lisina
Alanil glutamil glicil lisina
Ala-Glu-Gly-Lys
AEGK
Pptidos
H
+
+
H
H
O
-
-
Enlace peptdico
ENLACE PEPTDICO
20
2
= 400 dipptidos
20
3
= 8000 tripptidos
20
100
= 1.27X10
130
cadenas polipeptdicas
NIVELES DE LA ORGANIZACIN DE LA ESTRUCTURA DE
PROTENAS
Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria
ESTRUCTURA PRIMARIA: es la secuencia de aminocidos de
las cadenas polipeptdicas.

ESTRUCTURA SECUNDARIA: es el arreglo en el espacio de
los tomos del esqueleto del polipptido sin tomar en
consideracin la conformacin de las cadenas laterales (Ej.
Hlices y hoja plegada).

ESTRUCTURA TERCEARIA: se refiere a la conformacin
tridimensional de una cadena polipeptdica completa.

ESTRUCTURA CUATERNARIA: se refiere al arreglo en el
espacio de las diferentes subunidades o cadenas
polipeptdicas de una protena.
EL ENLACE PEPTDICO ES RGIDO Y PLANO
En 1930s Pauling y Corey estudiaron la
estructura de protenas enfoncndose al enlace
peptdico
1930-1950: Pauling y Corey postularon las siguientes reglas
que deberan seguir para cualquier estructura proteica
estable:

I. Las longitudes y ngulos de los enlaces debern
distorsionarse lo menos posible de aqullos encontrados
en pptidos pequeos.

II. Dos tomos no pueden aproximarse uno del otro ms
cerca que el permitido por su radio de Van der Waals.

III. El grupo amido debe permanecer plano y en
configuracin TRANS. Consecuentemente, la rotacin
slo es posible en los C.

IV. Se requiere de algn tipo de enlace no covalente para
estabilizar el enrollamiento regular. Ej. enlaces o puentes
de hidrgeno.

ngulos de enlace y longitudes
Enlace pptidico
Grupo
R
Amida plana
Amida
plana
La rotacin de los ngulos y produce colisiones
estericas ya sea entre los tomos en diferentes grupos del
pptido o entre el grupo de la lateral (R) de esa misma
unidad
Las protenas adoptan conformaciones de menor
energa libre y por lo tanto ms estables,
permitiendo la formacin de estructuras
secundarias.


- -hlices
- hoja -plegada
- Conformacin al azar
- Giros
ESTRUCTURA SECUNDARIA
ESTRUCTURA -HLICE
Carboxilo terminal
Amino
terminal
= 57
= 47
Carboxilo terminal
Amino terminal
-Hlice a
la izquierda
-Hlice a
la derecha
Grupos R hacia afuera
de la hlice
ESTRUCTURA -HLICE
= 57
= 47
= - 57
= - 47
-hlice 3
10
-hlice -hlice
Estructuras de hlices encontradas en la naturaleza
ESTUCTURA -PLEGADA
= - 139
= +135
= -119
= +113
Paralela
Antiparalela
CONFORMACIN AL AZAR
No se distingue un nivel de
organizacin superior a la estructura
primaria.

Se localizan preferentemente en la
superficie de la protena.

Toleran bien las mutaciones.
VUELTAS EN REVERSA o Vueltas/giros
Tipo I
Tipo II
La estructura es una vuelta involucrando 4 aminocidos,
formndose un puente de hidrgeno entre el aminocido 1 y el 4.

Los Tipos I y II son los ms comunes; el Tipo I ocurre el doble de
veces que el Tipo II. En el Tipo II siempre hay una Glicina en el
residuo 3.
ESTRUCTURA SECUNDARIA

Probabilidad relativa que el aminocido est presente en la
estructura indicada
hlice plegada plegada torcida
EJEMPLO DE PREDICCIN DE ESTRUCTURA SECUNDARIA
Prediccin de la estructura secundaria en
base a la secuencia aminoacidica
Son combinaciones de elementos de
estructura secundaria que se repiten.

En protenas con estructura terciaria globular
es frecuente encontrar combinaciones de
elementos de estructura secundaria con una
disposicin caracterstica.

Motivos
Motivos
Motivos -
Estructuras supersecundarias o
motivos estructurales
1. Unidad - dos cadenas -
paralelas unidas entre si por
una cadena de -hlice,
2. Unidad - dos cadenas de
-hlice unidas por vuelta
en reversa
3. Unidad serpentina -
antiparalelas unidas por vueltas
en reversa
4. Barriles - cadenas de hojas de -plegada
extendidas, las cuales se enrollan para
formar diferentes barriles.
LA UNIDAD FUNDAMENTAL DE UNA ESTRUCTURA
TERCIARIA ES EL DOMINIO.

Un dominio se define como una cadena
polipeptdica o parte de una cadena polipeptdica
que se enrollan independientemente en una
estructura terciaria estable.

Los dominios tambin se consideran unidades de
funcin. Comnmente, los diferentes dominios de
una protena estn asociados con diferentes
funciones de sta.

Las protenas pueden contener un slo dominio o
hasta una docena de estos.
Los dominios se forman por combinaciones
diferentes de elementos de estructuras
supersecundarias o motifs.

La diferencia entre dominios y estructuras
supersecundarias:

Los dominios estn asociados a alguna funcin.
Las estructuras supersecundarias se trata den
de motivos estructurales.

Los dominios pueden contener o no estructuras
supersecundarias.
PIRUVATO CINASA (530 AMINOCIDOS)
(cuatro dominios)
Dominio
Barril /
Dominio
- Antiparalela
Une al sustrato;
provee los grupos
catalticos
Dominio /;
Abierto y
torcido
PIRUVATO CINASA (530 AMINOCIDOS)
Presenta cuatro dominios