Forma biopolmeros de longitud variable, cadenas polipeptdicas.
Esteroisomera: L- aa
AMINOACIDOS Estado de ionizacin como funcin del pH. El estado de ionizacin de los aminoacidos esta alterado por un cambio en el pH. Las formas zwitterionicas predominantes cercanas al pH fisiolgico. FAMILIA DE AMINOACIDOS NATURALEZA DE LA CADENA O O N H 2 NH 2 OH OH O H NH 2 O O O NH 2 N H 2 OH 1. HIDROFOBOS, GRUPO R NO POLAR: cadenas laterales hidrocarbonadas. O NH 2 S C H 3 OH Metionina 2. POLAR CON CARGA NEUTRA: cadenas laterales hidroflicas, enlaces H. Asparagina 3.POLAR CON CARGA NETA: aninicos, grupo carboxilo -, cido, enlaces inicos Acido glutmico 3.POLAR CON CARGA NETA: catinicos, grupo nitrogenado +, bsico. Lisina
Aminocidos proteicos No esenciales
Hacen parte de las protenas, sintetizados por mamferos a partir de intermediarios Alanina (Ala, A) Cistena (Cys, C) Asprtico (Asp, D) Glutmico (Glu, E) Glicina (Gly, G) Asparragina (Asn, N) Prolina (Pro, P) Glutamina (Gln, Q) Tirosina (Tyr, Y) Serina (Ser, S) Aminocidos proteicos esenciales Se deben consumir puesto que no son sintetizados por lo mamferos Fenilalanina (Phe, F) Arginina (Arg, R) Histidina (His, H) Isoleucina (Ile, I) Lisina (Lys, K) Leucina (Leu, L) Metionina (Met,M) Treonina (Thr, T) Valina (Val, V) Triptfano (Trp, W)
AMINOACIDOS PROTEICOS NE E NE NE NE AMINOACIDO PROTEICOS NE NE E E E E E E NE NE AMINOACIDOS PROTEICOS MINORITARIOS Derivados estructuralmente de los esenciales. Adaptan mejor una protena de acuerdo a su funcin Sufren modificaciones: Metilaciones (metilhistidina), protenas musculares. Hidroxilaciones (hidroxiprolinas), colgeno Acetilaciones (acetilisina- histonas) Fosforilaciones, enzimas, factores de crecimiento. Carboxilaciones, factores de coagulacin Dimerizaciones, cistina (tioles). Ciclaciones (piroglutmico) Hipermodificaciones, hormonas tiroideas. AMINOACIDOS NO PROTEICOS No se incorporan a las protenas: Alfa- aminocidos: sntesis degradacin proticos: ornitina, citrulina. Beta aminocidos: componente estructural vitaminas. Gama aminocidos: cido aminobutrico en neuronas. AMINOACIDOS NO PROTEICOS Dos ejemplos de aminocidos no proteicos, intermediarios de la biosntesis de la urea. DERIVADOS DE LOS AMINOACIDOS
Modificaciones estructurales o prdidas: sarcosina, creatina. Aminas bigenas: prdida del grupo carboxilo. Ornitinaputrescinaespermidina - espermina Lisina cadaverina Alfa cetocidos: prdida del grupo amino. No nitrogenados que intervienen en el metabolismo. alfa-cetoglutrico oxalactico Pirvico PROTEINAS ENLACES PEPTIDICOS 70 kcal/mol BIOPOLIMEROS PEPTIDOS Y PROTEINAS PEPTIDO: Cadenas de menos a 50 aminocidos Sintetizados en el laboratorio sin existencia en organismo vivo.
PROTEINA: > 51 aminocidos (insulina). Presentes en todos los organismos vivos.
BIOPOLIMEROS PROTEINAS: CLASIFICACION
SEGUN SU COMPOSICION: Simples: slo aminocidos Conjugadas: otros componentes de diferente naturaleza qumica Glicoprotenas Lipoprotenas Nucleoprotenas Metaloprotenas, hemoprotenas, flavoprotenas
SEGUN SU FORMA: Globulares: esfrica u ovoide, hidrosolubles. Albminas Globulinas Histonas Fibrosas: alargadas, insolubles, base de tejidos estructurales (escleroprotenas).
La forma de una protena es definida por su secuencia de aminocidos Aminocido Aminocido Aminocido Aminocido PROTEINA QUE DA ORIGEN A LA FORMA ESTRUCTURAL DE UNA PROTEINA ? BIOPOLIMEROS PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA Define el orden de los aminocidos unidos por enlaces peptdicos, se forman cadenas polipeptdicas. Cada protena tiene una nica y precisa secuencia definida de aminocidos. Insulina bovina. La secuencia de los aminocidos en una protena estn definidos genticamente PROTEINAS: ESTRUCTURA SECUNDARIA La libertad de rotacin de los dos enlaces de cada aminocido permite a la protena plegarse de muchas formas posibles. La cadena polipeptdica puede plegarse en estructuras regulares tal como alfa hlice, beta plegada, giros y vueltas (rizos). Hlices : Es una estructura enrollada estabilizada por puentes de hidrgeno intracadena.
-Plegamiento en forma de hlice.
-Rotacin hacia la derecha. EL PLEGAMIENTO DE UNA PROTEINA DEPENDE DE: FUERZAS ELECTROSTTICAS FUERZAS DE VAN DER WAALS PUENTES DISULFURO Interacciones inicas dbiles Poca estabilidad a las protenas Asociacin de dos grupos proticos Inicos de cargas opuestas: Par ion o puente salino. Interacciones dipolo dipolo Fuerza de dispersin de London fuerzas hidrofbicas Puentes de hidrgeno ENLACES NO COVALENTE PLEGAMIENTO DE LA PROTEINA EN CONFORMACION COMPACTA ENLACES NO COVALENTES QE AYUDAN A PLEGAR LA PROTEINA Puente salino PUENTES DE HIDROGENO EN LAS BIOMOLECULAS En protenas PROTEINAS: ESTRUCTURA SECUNDARIA Ejemplo: Una gran protena helical: Ferritina, una protena que almacena hierro, est construda a partir de un paquete de helices. PROTEINAS: ESTRUCTURA SECUNDARIA -Hoja plegada : -Cadenas polipeptdicas en zig- zag, -Sentido paralelo o antiparalelo. - Enlaces puentes de hidrgeno. Las cadenas de polipeptidos pueden giros reversos y bucles Los reversos estn acompaados un elemento comn estructural llamado giro reverso. Esta interaccin estabiliza cambios bruscos en direccin de la cadena polipeptdica. Las estructuras bucles bucles W (omega) sugieren una forma total, no tienen estructuras peridicas regulares. BIOPOLIMEROS PROTEINAS: ESTRUCTURA TERCIARIA Estructuras solubles en agua, compactas con centros no polares.
Define el plegamiento espacial de la cadena completa, e incluye las interacciones covalentes o de otros tipos (puentes de hidrgeno, electrostticas, hidrfobas, de Van der Waals), que gobiernan dicho plegamiento. BIOPOLIMEROS PROTEINAS: ESTRUCTURA CUATERNARIA Asociaciones de varias subunidades polipeptdicas que interactan y se disponen espacialmente para ser funcionales. ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA PROPIEDADES DE LAS PROTEINAS EN DISOLUCION
Mayor parte globulares disueltas en fluidos biolgicos (dil. sal.) Naturaleza poliinica: extremos y residuos laterales con aminocidos hidrfilos protena numerosas cargas (+ -): poliin necesita contraiones pequeos para equilibrar su carga.
Punto isoelctrico (pI):
pH al cual su carga neta es nula, por compensacin interna de las cargas. pH< pI: protenas carga positiva pH > pI: protenas carga negativa pI depende de composicin de los aa. Las protenas ms solubles interacciones entre ellas por repulsin electrosttica. pH = pI solubilidad mnima. Concentracin moderada de sales solubilidad Concentracin elevada sales solubilidad. Competencia por molculas de agua.
Naturaleza macromolecular:
Forman disoluciones coloidales. El comportamiento protico en membranas semipermeables: no paso macromolculas. Ultrafiltracin Dilisis Aclaramiento renal DESNATURALIZACION DE LAS PROTEINAS
Desnaturalizacin: es la prdida de su forma nativa, perdiendo su actividad biolgica Por calor pH extremos Agentes caotrpicos: urea y detergentes inicos Afectadas protenas cuaternarias oligomricas y terciarias globulares ( solubilidad) Irreversible en la mayora de los casos CLASIFICACIN DE PROTENAS
Se clasifican en : HOLOPROTENAS Formadas solamente por aminocidos HETEROPROTENAS Formadas por una fraccin protenica y por un grupo no protenico, que se denomina "grupo prosttico
Holoprotenas GLOBULARES Prolaminas:Zena (maza),gliadina (trigo), hordena (cebada) Gluteninas:Glutenina (trigo), orizanina (arroz). Albminas:Seroalbmina (sangre), ovoalbmina (huevo), lactoalbmina (leche) Hormonas: Insulina, hormona del crecimiento, prolactina, tirotropina Enzimas: Hidrolasas, Oxidasas, Ligasas, Liasas, Transferasas...etc. FIBROSAS Colgenos: en tejidos conjuntivos, cartilaginosos Queratinas: En formaciones epidrmicas: pelos, uas, plumas, cuernos. Elastinas: En tendones y vasos sanguineos Fibronas: En hilos de seda, (araas, insectos) Heteroprotenas GLUCOPROTEINAS Ribonucleasa Mucoprotenas Anticuerpos Hormona luteinizante LIPOPROTEINAS De alta, baja y muy baja densidad, que transportan lpidos en la sangre. NUCLEOPROTEINAS Nucleosomas de la cromatina Ribosomas CROMOPROTEINAS Hemoglobina, hemocianina, mioglobina, que transportan oxgeno Citocromos, que transportan electrones ALGUNAS PROTEINAS
1. MATRIZ EXTRACELULAR MEC CONSTITUYENTES
MAYORES M.E.C FIBRAS MENORES ADHESIN Fibronectina Laminina Tenascina Osteopondina Trombospondina Entactina CONSTITUTIVAS O DE SOPORTE Glicosaminoglicanos GAG Proteoglicanos P.G Colageno Elastina FUNDAMENTAL INTERACCIONES ENTRE LAS CELULAS Y SU AMBIENTE 1. MATRIZ EXTRACELULAR ORGANIZACIN MACROMOLECULAR MATRIZ EXTRACELULARES (MEC) 1. CONSTITUYENTES MAYORES a. FIBRAS CONSTITUTIVAS O DE SOPORTE COLAGENO Familia protenas fibrosas, todos animales multicelulares. Producidas por fibroblastos, tejidos conectivos y otros tipos. Componente mayor de piel y huesos 25% del total de protenas MOLECULA: - Firme y larga estructura helical triple cadena (tres alfa) Simple cadena de colgeno Tres cadenas superhlice COLAGENO FIBRILAR COLAGENO: FORMACION DE HIDROXIPROLINA Residuos de prolina en RE
Ya incorporados a cadenas polipeptdicas del colgeno Glicina: espaciada cada tres a.a hacia el centro de la cadena: ms pequea facilita la estrechez y unin de la superhlice. Gly-X-Y
Prolina (X) estabiliza la hlice. Hidroxiprolina (Y) Cerca de 25 diferentes cadenas alfa (codificada por genes diferentes). Cerca de 20 tipos de colgeno. MATRIZ EXTRACELULARES (MEC) 1. CONSTITUYENTES MAYORES a. FIBRAS CONSTITUTIVAS O DE SOPORTES COLAGENO LINEAS CRUZADAS ENTRE CADENAS LATERALES DE LISINA CON UNA FIBRILA DE COLAGENO. UNIONES COVALENTES LISINA Y HIDROXILISINAS DESAMINADAS POR LISIL OXIDASA PARA PRODUCIR ALDEHIDOS ALTAMENTE REEACTIVOS. TIPO FORMULA MOLECULAR FORMA POLIMERIZADA DISTRIBUCION TISULAR FORMANDO FIBRILAS: FIBRILLAR I [a1(I)] 2 a2(I) fibrilar Hueso, piel, tendn, ligamentos, cornea, rganos internos (90%) II [a1(II)] 3 fibrilar Cartlago, disco intervertebral, notocordo, humor vtreo III [a1(III)] 3 fibrilar Piel, vasos sanguneos, rganos internos V [a1(V)] 2 a2(V) Fibrilar (con tipo I) IDEM tipo I XI A1(XI)a. (XI)a3 (XI) Fibrilar (con tipo II) IDEM tipo II ASOCIADO A FIBRILAS IX A1(IX)a2(IX)a3(IX) con fibrilas tipo II Asociacin lateral Cartlago XII [a 1(XII)] 3 con fibrilas tipo I Asociacin lateral Tendn, ligamentos, algn otro tejido FORMADOR DE REDES IV [a 1(IV) 2 a2(IV) Redes semejantes a lminas Lmina basal VII [a 1(VII)] 3 Fibrilas de anclaje Epitelio escamoso estratificado MATRIZ EXTRACELULARES (MEC) 1. CONSTITUYENTES MAYORES a. FIBRAS CONSTITUTIVAS O DE SOPORTES COLAGENO TIPOS DE COLAGENO INTERACCIONES DE FIBRAS Y NO FIBRAS DE COLAGENO COLAGENO TIPO IV COLAGENO TIPO IX: unin en patrones perodicos a la superficie de una fibrila colageno tipo II EVENTOS INTRACELULARES Y EXTRACELULARES EN LA FORMACION DE UNA FIBRA DE COLAGENO MATRIZ EXTRACELULARES (MEC) 1. CONSTITUYENTES MAYORES a. FIBRAS CONSTITUTIVAS O DE SOPORTES
FIBRAS ELASTICAS: Red de fibras y lminas Propiedad elstica Asociacin de un protena elastina (hidrofbica 750 aas) Red con puentes cruzada mediante enlaces covalentes (restos de lisinas).
Cubiertas por una capa de microfibrillas compuesta de glicoprotenas (fibrilina). - UNION POR ENLACES COVALENTES RED ENTRECRUZADA MATRIZ EXTRACELULARES (MEC) 1. CONSTITUYENTES MAYORES a. FIBRAS CONSTITUVAS O DE SOPORTES FIBRAS ELASTICAS: Se estiran con la tensin y retoman su forma inicial pasivamente cuando la tensin se libera.
Ayudan al funcionamiento de tejidos y rganos como piel, vasos sanguneos y pulmones -SEGMENTO AORTA PERRO. -RED DENSA DE FIBRAS ELASTICAS CAPA EXTERNA
TECNICAS PARA EL ESTUDIO
Muestras biolgicas mezclas complejas: fines clnicos, biotecnolgicos o investigacin. Cromatografa Electroforesis Ultracentrifugacin Biuret verde bromocresol Las proteinas pueden ser extradas de las clulas para ser purificadas. CENTRIFUGACION DIFERENCIAL La clulas se fraccionan en un homogenizador y la mezcal resultante, homogenizado, es centrifugado paso a paso de manera que se incremente la fuerza centrfuga.
EL material denso puede formar un sedimento en la parte inferior.
Las fracciones aisladas pueden usarse para adicionales purificaciones. Las protenas pueden purificarse e acuerdo a la solubilidad, tamao, carga y afinidad de unin. Dialisis. Las molculas proticas (rojo) son retenidas dentro de la bolsa de dilisis, mientras las molculas (azul) difunden en el medio circundante. Chromatografa por gel de filtracin Una mezcla de proteinas en un pequeo volumen es aplicada a una columna fijada con esferas porosas. Las protenas grandes no pueden entrar dentro de las cuentas, y estas emergen ms pronto que las pequeas.
Chromatografa de intercambio inico. Esta tecnica separa proteinas principalmente de acuerdo a su carga neta. Chromatografa de afinidad Esta tcnica toma ventaja de su alta afinidad de muchas protenas por sus grupos qumicos especficos. Es un poderoso medio para aislar factores de transcripcin, protenas que regulan la expresin de los genes.. High-Pressure Liquid Chromatography (HPLC).
Filtracin en gel por HPLC define claramente las protenas individuales debido a su gran poder de resolucin. Versin realzada de la tcnica en columna. Los materiales en la columna son mucho ms divididos con mayor interaccin. La columna es hecha de finos materiales, se aplica presin para obtener un adecuado flujo. El resultado neto es alta resolucin y rpida separacin. Proteins Can Be Separated by Gel Electrophoresis and Displayed Cmo puede saberse si un esquema de purificacin es efectiva? Una va es acertar que con cada ruta, la actividad especfica incrementa. Otra es visualizar la efectividad mostrando las protenas presentes. La tcnica de electroforesis hace esto posible. Polyacrylamide Gel Electrophoresis. Polyacrylamide Gel Electrophoresis. Formacin de un gel de Poliacrilamida . Una malla tridimensional se forma por monmeros activados copolimerizantes (azul) y entrecruzador (rojo). Polyacrylamide Gel Electrophoresis. Tincin de protenas despus de la electroforesis. Con azul de Coomassie. Polyacrylamide Gel Electrophoresis. La electroforesis puede determinar la masa. La movilidad electrofortica de muchas protenas en gel SDS- poliacrilamida es inversamente proporcional al logaritmo de su masa.
Punto Isoelectrico Se establece un gradiente de pH en un gel antes de correr la muestra. (A) La muestra se corre y el voltaje es aplicado. La protena puede migrar a su pH isoelctrico, localizacin en la cual ella no tenga carga neta. (B) Las protenas forman bandas que pueden ser cortadas y usadas para adicionales experimentos.
Un esquema de purificacin de protenas puede evaluarse cuantitativamente.
Cuantificacin de protenas. Protocolo de purificacin ficticio. Step0000 Total protein (mg) Total activity (units) Specific activity, (units mg -1
Yield (%) Purification level Homogeniz ation 15,000 150,000 10 100 1 Salt fractionation 4,600 138,000 30 92 3 Ion- exchange chromatogr aphy 1,278 115,500 90 77 9 Molecular exclusion chromatogr aphy 68.8 75,000 1,100 50 110 Affinity chromatogr aphy 1.75 52,500 30,000 35 3,000 Electrophoretic Analysis of a Protein Purification El esquema de purificacin de la anterior tabla se analizo por SDS- PAGE. Cada lnea contiene 50 mg de muestra. La efectividad de la purificacin puede verse como la banda ms prominente con respecto al resto. La ultracentrifugation es importante para Separar biomoleculas y determinar sus masas
Densidad y coeficientes de sedimentacin de componentes celulares. Zonal Centrifugation. (A) Formacin de un gradiente de densidad (B) Capa de la muestra sobre la superficie del gradiente (C) Tubo en un rotor y centrifugacin (D) Recoleccin de las muestras. PROTEINAS DIGESTION , ABSORCION, TRANSPORTE Y DISTRIBUCION DIGESTION LUGAR FUENTE DE ENZIMAS PROCESO DIGESTIVO DIGESTION DE PROTEINAS ESTOMAGO ESTOMAGO (GLANDULAS GASTRICAS) PROTEINA PEPSINA POLIPEPTIDOS CORTOS INTESTINO DELGADO PANCREAS POLIPEPTIDO TRIPSINA TRIPEPTIDO +
AMINOPEPTIDASA LIBRES A-A A A A INTESTINO DELGADO A-A-A TRIPEPTIDOS PEPTIDASAS AMINOACIDO A-A + DIPEPTIDOS LIBRES A A A DIGESTION INTESTINAL DE PROTEINAS PROTEINA Enterocinasa
Tripsina
Quimiotripsina
Elastasa Pptido con Arg Lis-COOH terminal
Pptido con COOH terminal aromtico
Pptido con COOH terminal aliftico
Carboxipeptidasa B
Carboxipeptidasa A Aminocidos bsicos
Pptidos pequeos
Aminocidos neutros DIGESTION Y ABSORCION DE PROTEINAS - Movimiento de nutrientes desde la luz del tracto digestivo a sangre linfa. - Intestino delgado: duodeno y yeyuno - Transporte activo secundario a - Simporter+ATPasa Na + -K +
- Pinocitosis endocitosis: absorcin ntegra de la protena, lactantes IgG, si persiste en adultos: alergias al huevo, pescado, mariscos - No a menores de 6 meses.
Aminocidos Transporte activo > % Membrana luminal enterocito Transportadores para a.a especficos+ Na Transporte pasivo HIGADO SANGRE ABSORCION DE PROTEINAS Na + K +
Na +
ABSORCION DE PROTEINAS Nutrimentos no absorbidos: pasan a intestino grueso. Colon bacterias: fermentativas, putrefaccin y E. coli Fermentacin- putrefaccin: produce CO 2 , metano, H, N y cido sulhdrico. Descarboxilacin: cadaverina, putrescina, histamina, indol y escatol. Desaminacin: amoniaco. Metabolismo intestinal de los aminocidos: Destino final de los aminocidos digeridos y abosrbidos es utilizacin metablica por otros tejidos. Gran parte del metabolismo tiene lugar en las clulas de las mucosas intestinal. TRANSPORTE Y DISTRIBUCION HIGADO: Va porta al hgado. Control de aminocidos: rpida sntesis y degradacin de protenas. Las protenas plasmticas son eliminadas de la circulacin constantemente por el hgado e hidrolizadas a aminocidos para otros tejidos. Vida media de la protena srica como heptica 10 das (musculares 180 das). Estado post absortivo: protenas corporales reserva de nitrgeno, msculo. Ciclo glucosa- alanina (msculo- hgado).
RION: Incremento en la produccin de in amonio como respuesta a una acidosis metablica: amoniognesis. UBIQUITINA: PROTEINA QUE MARCA PROTEINA PARA SU DESTRUCCION PRIMER PASO PARA DEGRADAR UN AMINOACIDO ES REMOVER EL NITROGENO CICLO DE LA UREA: ION AMONIO ES CONVERTIDO A UREA HISTOQUIMICA DE LAS ROTEINAS Estudio sobre material fijado e includo en parafina, estos mtodos pueden modificar las cadenas polipeptdicas.
La fijacin formlica: reticulariza las cadenas polipeptdicas, pero se hace reversible con los siguientes tratamientos con alcoholes.
Fijacin con alcoholes: conservacin pobre de la arquitectura tisular
Fijacin con metales: bloquean grupos qumicos. HISTOQUIMICA DE LAS ROTEINAS: aplicacin de mtodos de digestin enzimtica Proteasas: rompen enlaces peptdicos. Su empleo es til. Incrementa la intensidad de la reaccin de algunos grupos. Desenmascara determinantes antignicos ocultos por fijacin e inclusin. Tipos: Pepsina: enzima del jugo gstrico, segregada por estmago, pH 1.5-2. Ataca la mayora de protenja: elastina , colgeno. No queratinas. Tripsina: del pncreas. pH: 7-8. Acta sobre todas las protenas, mejor desnaturalizadas. Pronasa: bacteria. Semejante a la tripsina. Mayor eleccin. METODOS HISTOQUIMICA PARA COLORACION DE PROTEINAS Han sido superados por los mtodos inmunohistoqumicos. Se clasifican en tres grupos: a. Reaccin general: pretenden colorear globalmente a las protenas presentes en un tejido, identificndolas como tales. Similar a la reaccin biuret. Disolucin protica + sulfato de cobre diludo en medio bsico: color rosa malva. (complejo cuproalcalino).
METODOS HISTOQUIMICA PARA COLORACION DE PROTEINAS Han sido superados por los mtodos inmunohistoqumicos. Se clasifican en tres grupos: tetrazorreaccin.
b. Reacciones de grupo: no la molcula. Si un corto nmero de grupos reactivos especficos. Base para mtodos histoenzimticos, inmunohidotqumicos:
Reacciones de ninhidrina- Schiff: desaminacin oxidativa de las cadenas polipeptdicas. Sustitudos por grupos carbonilos. y tetrazorreaccin: sales de diazonio aromticas (bencidina tetrazoada) se acoplan con fenoles y aminas aromticas o heterociclicas de residuos de aminocidos de las protenas.
METODOS HISTOQUIMICA PARA COLORACION DE PROTEINAS Han sido superados por los mtodos inmunohistoqumicos. Se clasifican en tres grupos:
c. Reacciones especficas:grupos qumicos particulares: sulfhidrilo, fenol, indol, guanidil. Presentes especficamente en protenas determinadas.