AMINOCIDOS Y

PROTENAS
1
LAS PROTENAS SON ABUNDANTES EN LA CLULA
DE DIFERENTES
FUNCIONAL
TAMAOS Y EXHIBEN UNA GRAN VARIABILIDAD
SON LOS INSTRUMENTOS MOLECULARES
A TRAVS DE LAS CUALES
SE EXPRESA LA INFORMACIN GENTICA
CARACTERSTICAS ESTRUCTURALES COMUNES DE LOS AMINOCIDOS
CENTRO
QUIRAL
Grupo
carboxilo
Grupo
amino
Carbono

LOS AMINOCIDOS TIENEN UNA CONFIGURACIN ABSOLUTA D o L,
(QUE SE DENOMINA DE ACUERDO A LA DEL GLICERALDEHDO)
Slo los aminocidos con las formas L
son los que forman parte de las protenas
C
COOH
H
2
N
R
H
6
TODOS LOS AMINOCIDOS QUE
FORMAN PARTE DE LAS PROTENAS SON L-AMINOCIDOS
LOS 20 -AMINOCIDOS PRESENTES
SUS CADENAS LATERALES:
EN LAS PROTENAS VARAN EN
TAMAO
FORMA
CARGA
CAPACIDAD DE FORMAR PUENTES DE HIDRGENO
PROPIEDADES HIDROFBICAS
REACTIVIDAD QUMICA
CLASIFICACIN DE
LOS AMINOCIDOS
8
9
aa
NO POLARES
CON N BSICO
ALIFTICOS
AROMTICOS
POLARES SIN CARGA
CON GRUPOS CIDOS
POLARES CON CARGA
NO POLARES ALIFTICOS
H
2
N CH C
H
OH
O
H
2
N CH C
CH
3
OH
O
H
2
N CH C
CH
OH
O
CH
3
CH
3
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH CH
3
CH
3
GLICINA
Gli
ALANINA Ala VALINA
Val
LEUCINA
Leu
H
2
N CH C
CH
OH
O
CH
3
CH
2
CH
3
ISOLEUCINA
Ile
HN
C OH
O
PROLINA
Pro
11
NO POLARES AROMTICOS
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
OH
H
2
N CH C OH
O
FENILALANINA
Phe
TIROSINA
Tyr
TRIPTOFANO
Trp
CH
2
HN
12
Polares sin carga
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
CH
2
CH
2
NH
2
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
CH
2
NH
C
NH
2
NH
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
N
NH
LISINA
Lis
ARGININA
Arg
HISTIDINA
Hys
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
C
OH
O
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
C
OH
O
ACIDO GLUTMICO
Glu
CIDO ASPRTICO
Asp
14
BSICOS (O CARGADOS +)
CIDOS (O CARGADOS -)
AMINOCIDOS
ESCENCIALES
16
AMINOCIDOS ESENCIALES Y NO ESENCIALES
Todos son indispensables, pero los esenciales no son
sintetizados por el metabolismo humano, por lo que necesitan
ser ingeridos en productos que s los contienen y en los que son
sintetizados por otros organismos
AMINOCIDOS
Funciones:
1) Molculas formadoras de las protenas.
2) Precursores de vitaminas (
-
alanina).
3) Intermediarios en las sntesis de otros
aminocidos.
4)
5)
6)
Presentes en las paredes celulares de bacterias.
Como neurotransmisores.
Hay varios que en plantas tienen funciones desconocidas.
AMINOCIDOS
POCO USUALES
19
20
gamma-carboxiglutamato
HN
C OH
O
HO
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
CH
2
HC
NH
2
OH
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
CH
2
CH
HN CH
3
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
HC
C
OH
O
COOH
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
SeH
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
CH
2
NH
3
H
2
N CH C
CH
2
OH
O
CH
2
CH
2
NH
CO
NH
2
4-hidroxiprolina
5-hidroxilisina 6-N-metil-lisina
selenocisteina
ornitina
citrulina
4-hidroxiprolina y 5-hidroxilisina: se encuentran en la protena fibrosa llamada colgeno.
N-metil-lisina: se puede encontrar en la miosina (protena contrctil del msculo)
Gamma-carboxiglutamato: en la protrombina que interviene en la coagulacin de la sangre.
Selenocistena: en la glutatin peroxidasa.
Ornitina y Citrulina: no se encuentran en protenas. Intervienen en la biosntesis de arginina y
el ciclo de la urea.
PROPIEDADES DE
LOS AMINOCIDOS
21
LOS AMINOCIDOS PUEDEN ACTUAR COMO CIDOS Y COMO BASES
FORMA NO
INICA
FORMA ZWITTERINICA
(Predomina a pH neutro)
Los a.a. son
anfteros
BASE
(ACEPTOR
DE PROTONES)

CIDO
(DADOR
DE PROTONES)
COO
-

GRUPOS IONIZABLES
DE LOS AMINOCIDOS
a pH 6 -7
+
NH
3

R
C
H
Disociacin del grupo carboxilo:
+
-
1)
C
C

COOH
+ H COO
Es un cido porque tiene la tendencia a donar H
+
, por tanto sus valores de
pK son bajos
Valores de pK del COO
-
son ligeramente diferentes para los 20 a.a. por
efecto de los grupos R
Disociacin del grupo amino:
+
NH
2) C C

+
NH +
H
2 3
Es una base porque tiende a aceptar H
+
, por tanto sus valores de pK sern
altos.
LOS AMINOCIDOS TIENEN CURVAS DE TITULACIN CARACTERSTICAS
LA CURVA DE TITULACIN PUEDE MOSTRAR LA CAPACIDAD
AMORTIGUADORA DE LOS AMINOCIDOS
REGIN CON
CAPACIDAD DE
AMORTIGUADOR
DE pH
LA CURVA DE TITULACIN PREDICE LA CARGA ELCTRICA DE
LOS AMINOCIDOS
Punto isoelctrico o pH isoelctrico (pI).- Es el
valor de pH en el que la carga elctrica neta es cero.

pI= (pk
1
+ pk
2
) = (2.34 + 9.60)= 5.97
Punto isoelctrico
A pH cido: prevalece la especie con carga +
A pH bsico: prevalece la especie con carga
Hay un valor de pH para el cul la carga de la
especie es cero. (zwitterin)

pI = pK
1
+ pK
2
para un aa neutro

2


Punto isoelctrico: valor de pH al cul la carga neta
del aminocido es cero.
27
Punto isoelctrico
pH en el punto isoelctrico = pI = (pk
1
+pk
2
)
Dos grupos cidos
Dos grupos amino
Tres pk
Asprtico, glutmico, tirosina,
p-hidroxifenilalanina, cisteina
Lisina, arginina
H
3
O
HO HO
H
3
O
H
2
N CH
COO
R
H
3
N CH
COO
R
H
3
N CH
COOH
R
H
3
O
HO
HO
H
3
O
H
2
N CH COO
COO
(CH
2
)
3
H
3
N CH COO
COOH
(CH
2
)
3
H
3
N CH COOH
(CH
2
)
3
COOH
HO
H
3
O
H
3
N CH COO
COO
(CH
2
)
3
k
1
k
2
k
3
pI = (pk
1
+pk
2
)

pH en el punto isoelctrico = pI = (pk
1
+pk
2
)
Dos grupos cidos
Dos grupos amino
Tres pk
Asprtico, glutmico, tirosina,
p-hidroxifenilalanina, cisteina
Lisina, arginina
H
3
O
HO HO
H
3
O
H
2
N CH
COO
R
H
3
N CH
COO
R
H
3
N CH
COOH
R
pI = (pk
1
+pk
2
)

H
3
O
HO
HO
H
3
O
H
2
N CH COO
NH
2
(CH
2
)
4
H
3
N CH COO
NH
3
(CH
2
)
4
H
3
N CH COOH
NH
3
(CH
2
)
4
HO
H
3
O
H
2
N CH COO
NH
3
(CH
2
)
4
k
1
k
2
k
3
pI = (pk
2
+pk
3
)

Punto isoelctrico
ELECTROFORESIS
30
Propiedades qumicas
Formacin de enlaces PEPTDICOS:




31
PUENTES DI SULFURO
Formacin de enlaces disulfuro (PUENTES
DISULFURO)




CISTINA

H
2
N CH
C
H
2
C
OH
O
SH
2
H
2
N CH
C
CH
2
OH
O
SH
2
+
H
2
N CH
C
CH
2
OH
O
S
H
2
N CH
C
H
2
C
OH
O
S
32
OTRAS PROPIEDADES
QUMICAS
Reaccin con cido ntrico: identificacin de aa
aromticos.
Reaccin con ninhidrina: compuestos coloreados
Reaccin con Rvo. de Sanger ( 1-flor-2,4-dinitro
benceno): forma 2,4 dinitro fenilderivados de color
amarillo a rojo.
33
PPTIDOS
34
Polmeros de
aminocidos de PM
menor a 6000
daltons ( <50 aa)
Dipptido: 2 aa
Tripptido: 3 aa
Tetrapptido: 4 aa
Pentapptido: 5 aa
35
Extremo N-terminal: comienzo de la
cadena
Extremo C-terminal: fin de la cadena
NOMENCLATURA
Se nombran desde el extremo N-terminal al C-
terminal, usando la terminacin il, excepto para el
ltimo aa.
Ej: ser-asp-tyr-lis-ala-cys

seril-aspartil-tirosil-lisil-alanil-cystena
36
PEPTIDOS
EJEMPLOS:
OCITOCINA: hormona que estimula la contraccin del
tero.
GLUCAGN: hormona que tiene acciones contrarias a la
Insulina.
ANTIBITICOS
GLUTATIN: glu-cys-gli, participa en reacciones Redox
de la clula.
37
PROTEINAS
38
DEFINICIN
Biopolmeros de aminocidos de mas de 6000 daltons,
indispensables para la procesos vitales de los seres
vivos.
Estn formadas por C, H, O, N y S

39
Por su naturaleza qumica
SIMPLES
CONJUGADAS

CLASIFICACIN DE LAS
PROTEINAS
Por la forma que adopta
FIBROSA
GLOBULAR

Por su funcin Biolgica
ENZIMAS
PROTENAS DE
TRANSPORTE
CONTRCTILES Y
MTILES
DE DEFENSA
REGULADORAS
NUTRIENTES
HORMONAS
40
PROPIEDADES DE LAS
PROTEINAS
PROPIEDADES CIDOS-BASE: presentan punto
isoelctrico.
SOLUBILIDAD:
Forman dispersiones en agua
Efecto del pH: hace variar la carga.
Efecto de las sales:
Baja [ ]: aumenta la solubilidad
Alta [ ]: disminuye la solubilidad
Efecto de solventes poco polares: disminuye la
solubilidad.
41
ESTRUCTURA
TRIDIMENSIONAL DE
LAS PROTENAS
42
LAS PROTENAS SON MACROMOLCULAS FUNDAMENTALES EN EL
METABOLISMO CELULAR
CADA PROTENA TIENE UN ARREGLO ESTRUCTURAL QUE ES EL
REFLEJO DE SU FUNCIN
PROTENA ESPECFICA= SECUENCIA DE AMINOCIDOS ESPECFICA
Son 20
Diferentes (carga, tamao, solubilidad, etc)
Propiedades cido-base

CADA PROTENA ESTA
FORMADA POR
AMINOCIDOS
LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS DE UNA PROTENA ES ESPECFICA (NICA)
DETERMINADA POR LOS GENES
Segunda mitad del cdigo gentico
trascripcin traduccin plegamiento
Secuencia
protena
Estructura
DNA RNA
tridimensional
Transcr. inversa
replicacin traduccin
replicacin
Las protenas tienen 4 niveles de organizacin:
ESTRUCTURA PRIMARIA
ESTRUCTURA SECUNDARIA
ESTRUCTURA TERCIARIA
ESTRUCTURA CUATERNARIA
45
DE QU DEPENDE ESTE ARREGLO?
DEPENDE DE LAS INTERACCIONES (DBILES)
Y DE LOS ENLACES PEPTDICOS DE SU
SECUENCIA

ARREGLO = CADA PROTENA TIENE UNA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
NIVELES DE ESTRUCTURACIN DE LAS PROTENAS
Estructura
secundaria
Estructura
terciaria
Estructura
cuaternaria
Estructura
primaria
Subunidades
unidas
Hlice Cadena
polipeptdic
a
Residuos
aminocidos

ESTRUCTURA PRIMARIA.- Se refiere a la secuencia de aminocidos en una protena.
DESCRIBE LOS ENLACES COVALENTES (ENLACE PEPTDICO Y PUENTES
DISULFURO) QUE UNEN LOS RESIDUOS AMINOCIDOS DE UNA CADENA
POLIPEPTDICA
CARACTERSTICAS DEL ENLACE PEPTDICO
1) ES PLANAR
EL ENLACE PEPTDICO ES PLANO.- DETERMINADO POR LA
ESTRUCTURA RESONANTE DEL MISMO ENLACE
Incapacidad de rotacin= CONFORMACIN RESTRINGIDA
EL ENLACE PEPTDICO PLANO TIENE
DOS CONFORMACIONES




ESTEREOQUMICA DEL ENLACE PEPTDICO
-180 y 180
o

ENLACE
PEPTDICO

CAPACIDAD DE FORMACIN DE
PUENTES DE HIDRGENO
ESTRUCTURA SECUNDARIA
hlice
1) Arreglo peridico.
2) Especialmente la cadena no est estirada.
3) Promovida y estabilizada por puentes de H.
plegada
Giros, asas
* Cadena helicoidal
* 3.6 aminocidos por vuelta (5.4A)
* Los grupos R se encuentran hacia fuera de la hlice
hlice
* Formacin de puentes de hidrgeno
con periodicidad regular pues intervienen:
H del NH O del C
O
* Enrolladas hacia la derecha
Esqueleto covalente de la cadena polipeptdica
adquiriendo una torsin helicoidal
-hlice
3.6 RESIDUOS 5.4 A

-45 A -50
-60
o
HLICE
DEXTRGIRA O
DE ENROLLAMIENTO A LA
DERECHA
EN LA -HLICE, LOS GRUPOS R SE ENCUENTRAN HACIA FUERA
DE LA HLICE, AQU SE MUESTRA LA CADENA DESDE ARRIBA
HLICE
Hoja -plegada
Es una forma de
estructura secundaria
Tiene una disposicin planar en el espacio
Est estabilizada por puentes de hidrgeno
(carbonilo e imino de la cadena polipeptdica)
Las cadenas pueden correr en forma paralela o
antiparalela
Los grupos R se encuentran hacia arriba y hacia
abajo del plano
plegada
Los grupos R se encuentran hacia
arriba o hacia abajo del plano
Las -plegadas se pueden
generar por varias cadenas
polipeptdicas o por secciones
diferentes de
la misma cadena polipeptdica
HOJA ANTIPARALELA
RESIDUO
AMINO RESIDUO
CARBOXILO
CARBOXILO
AMINO
AMINO
CARBOXILO
VISTA LATERAL
GRUPOS R PEQUEOS
(GLICINA Y ALANINA)
HOJA PARALELA
VISTA LATERAL
APARIENCIA DE UNA HOJA
-PLEGADA ANTIPARALELA
Vueltas y giros o asas
Estructuras secundarias en forma de U
Estabilizadas por puentes de hidrgeno en sus
extremos.
Se localizan en la superficie de las protenas
Prolina favorece las vueltas o giros as como glicina,
por tener un pequeo R.
Sin estas vueltas, las protenas seran largas cadenas
de aminocidos extendidas (aunque con -hlices o
-plegadas), y no seran estructuras compactas.




62
GIROS
Cada aminocido tiene preferencia por
formar uno de los tres tipos de estructura secundaria
MOTIVOS, ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
DOMINIOS.
Y

UN DOMINIO SER UN AGREGADO COMPACTO DE VARIAS
SUPERESTRUCTURAS UNIDAS A OTRO POR UN SEGMENTO FLEXIBLE.
UNA ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA
Ser un agregado de por lo menos dos motivos y puede tener
combinaciones de -hlices, -plegadas y giros.-hlice, giro, -
hlice

(intermediarios entre las estructura secundaria y terciaria)
hlice
UN MOTIVO SER UNA ESTRUCTURA SECUNDARIA plegada
giro
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS SUPER - SECUNDARIAS
UNIDAD HLICE VUELTA-HLICE
VUELTA O GIRO O
DOBLAMIENTO

ESTRUCTURA TERCIARIA
1) Estructura tridimensional de la protena.
2) Presenta actividad biolgica (estructura nativa).
3) Est dada por la manifestacin de las
los grupos R de los aminocidos:
interacciones de
a)
b)
c)
d)
Interacciones hidrofbicas.
Interacciones electrostticas.
Puentes de hidrgeno. Puentes
disulfuro.
ENLACES
NO-COVALENTES
4) Es una consecuencia de la estructura
tanto, especfica.
Es estable.
primaria y es por
5)
6)
7)
Los grupos polares tienden a estar en la superficie
Los grupos hidrofbicos tienden a mantenerse internamente
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptdicas
ELECTROSTTICAS
INICAS/SALINAS
PUENTES DE HIDRGENO
HIDROFBICAS
ELECTROSTTICAS
INICAS/SALINAS
PUENTES DE
HIDRGENO
HIDROFBICAS
PUENTES
DISULFURO
Puentes de Hidrgeno
Coordinacin con iones metlicos
M
2+

70
+
R
MET

R
FEN
R
ILE

NH
3

103
30 97
O
R
CH
2

COO
-

LEN
R
VAL

COO
-

O
-

H
85
O C
H
3
N
+

H
2
C
H
2
C
CH
2

CH
2

CH
2

CH
2

CH
2

S
S
CH
2

Interacciones
electrostticas
45
Interacciones
hidrofbicas
Puente disulfuro
ESTRUCTURA TERCIARIA
DEL CITOCROMO c
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTENAS
MIOGLOBINA
QUIMOTRIPSINA
CADENA DE HEMOGLOBINA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTENAS
(c) ISOMERASA DE
TRIOSAS FOSFATO
(d) CARBOXIPEPTIDASA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTENAS
(e) CITOCROMO c
(f) INSULINA
IDENTIFICACIN DE MOTIVOS, ESTRUCTURA SECUNDARIA
ESTRUCTURA TERCIARIA
Y DOMINIOS EN UNA
MOTIVO
DOMINIO
GIRO
ESTRUCTURA
SUPERSECUNDARIA
ESTRUCTURA
CUATERNARIA
* Es la estructura que se forma cuando dos o ms polipptidos se unen entre s
para formar una protena con una funcin biolgica.
* Los polipptidos que forman una protena se llaman subunidades u oligmeros.
stos pueden ser idnticos o diferentes.
* Las interacciones que unen a los oligmeros pueden ser hidrofbicas o
puentes de Hidrgeno o inicas o enlaces S S.
* Si los monmeros que forman un dmero son iguales forman un homodmero,
por ejemplo y si son diferentes forman un heterodmero
* Puede haber protenas dimricas, trimricas, tetramricas, etc., que estn
formadas por dmeros, trmeros, tetrmeros, etc.
* Las protenas con estructura cuaternaria pueden ser:
GLOBULARES O FIBROSAS (aunque tambin las protenas con slo
estructura terciaria pueden ser globulares) .
EJEMPLOS DE PROTENAS CON ESTRUCTURA CUATERNARIA
UN ENTORNO CELULAR
ESPECFICA
IMPLICA UNA ESTRUCTURA PROTEICA
DA SOLEADO
Entorno:
Temperatura
Humedad Presin
NIOS CON
ROPA LIGERA

CAMBIOS EN EL
ENTORNO
PUEDEN PROVOCAR
CAMBIOS
EN LA ESTRUCTURA
LA
DE
FUNCIN DE UNA PROTENA DEPENDE
SU ESTRUCTURACIN CORRECTA
ESTADO CONOCIDO COMO
DESNATURALIZACIN

LA PRDIDA DE LA ESTRUCTURA CONDUCE A LA
PRDIDA DE FUNCIN
Prdida de
zacin.
la estructura terciaria de una protena. Desnaturali_
Protena en
estado nativo
Actividad biolgica Conformacin termodinmicamente
ms estable.
Protena en estado
desnaturalizado
Prdida de la estructura
terciaria, y en las que la tienen,
de la cuaternaria
Sin actividad
AGENTES DESNATURALIZANTES:
pH extremos, temperaturas extremas, altas
Fuerzas inicas, detergentes
Agentes reductores de puentes disulfuro
AGENTES DESNATURALIZANTES:
pH (rompe puentes de H y salinos)
TEMPERATURA (perturba puentes de H y salinos)
SOLVENTES (perturba interacciones hidrofbicas)
ALTAS FUERZAS INICAS (perturba puentes salinos,
y de H)
DETERGENTES (perturba
AGENTES REDUCTORES
(reducen puentes disulfuro)
interacciones hidrofbicas)
DE GRUPOS S-S
ditiotreitol
mercaptoetanol
Todos ellos perturban las estructura secundaria, terciaria y cuaternaria
de las protenas, pero nunca alteran la estructura primaria, ya que estos
agentes slo rompen interacciones no covalentes (excepto los agentes reductores de S-
S)
Prdida de la estructura terciaria de una protena. Desnaturalizacin.
El caso
92
de la Ribonucleasa (protena
Puentes disulfuro
que degrada al RNA)
58
11
0
65
Conformacin termodinmicamente
ms estable.
26
Estado
nativo
Actividad biolgica
95
40
Agentes reductores de S S 2 SH Urea + -MSH
65
40
92
Prdida de la estructura
terciaria, y en ciertos casos,
de la cuaternaria
Estado
Sin actividad
desnaturalizado
84
58
26
Puentes
disulfuro
reducidos
110 95
92
-Urea - MSH
58
11
0
65
26
95
Estado Re-naturalizado
40