DNA y RNA

Composición en bases del DNA en algunas especies

A G C T

Hombre, H.sapiens 0.29 0.18 0.18 0.31

Bovino, Bos taurus 0.26 0.24 0.23 0.27

Levadura, S.cerevisiae 0.30 0.18 0.15 0.29

Mycobacterium sp. 0.12 0.28 0.26 0.11

 Reglas de Chargaff

1. La relación purinas/pirimidinas es igual a 1

Es decir, A+G = C+T

2. En todos los DNA estudiados, la proporción molar

de A es igual a la de T, y la de G igual a la de C.
Es decir, A = T y G = C
Cristalografía de rayos X del DNA

Estudiada por: L.Pauling (Caltech),

M.Wilkins y R.E.Franklin (Londres)
J.D.Watson y F.H.C.Crick (Cambridge)

Formas cristalinas:

DNA-A: baja hidratación, peso molecular

relativamente bajo, reflexiones claras

DNA-B: alta hidratación, peso molecular

alto, reflexiones difusas
 El DNA-B

1. Estructura helicoidal
2. Periodicidad a 3.4 nm
3. Periodicidad a 0.34 nm
4. R.E.Franklin sugiere que el eje
ribosa-fosfato está hacia fuera y
las bases hacia dentro. Igualmente
sugiere que se trata de una doble
hélice, y no triple

Con estos datos, y teniendo en cuenta las reglas de Chargaff,

Watson y Crick elaboraron su modelo en doble hélice
 Modelo de Watson - Crick, A

3.4 nm 1. El DNA es una doble hélice

plectonémica y dextrógira,
con un paso de rosca de 3.4 nm
 5’ 3’ Modelo de Watson-Crick, B

3’ 5’

2. Cada una de las dos hélices es un polinucleótido entrelazado con

el otro de manera que su polaridad es opuesta (es decir, corren en
sentido antiparalelo)
 Modelo de Watson-Crick, C
3. El eje ribosa-fosfato se sitúa
hacia el exterior de la doble hélice,
en contacto con el solvente

4. Mientras que las bases nitrogenadas

(anillos planares) se sitúan, apiladas,
hacia el interior de la estructura, en un
entorno hidrofóbico
 Modelo de Watson-Crick, D

0.34 nm

5. Las bases están situadas en planos aproximadamente

perpendiculares al eje mayor de la doble hélice. La distancia
entre planos es de 0.34 nm
 Modelo de Watson-Crick, E

6. Cada base interacciona

con su opuesta a través de
enlaces de hidrógeno, y de
manera que:

CH3
O T
H H (a) Adenina (A) sólo puede
A N interaccionar con timina (T)
N N (y viceversa), a través de dos
N H
N puentes de hidrógeno, y
O
N N
 (b) Guanina (G) sólo
puede interaccionar con
H citosina (C) (y viceversa),
C
a través de tres puentes
N de hidrógeno
H
G O
N N
N H
N
O
H
N N N
H
Modelo de Watson-Crick, F
7. La base está situada
8. La desoxirribosa en posición anti-
en forma furanósica

5’
1’
4’
2’
3’ 9. El anillo furanósico está
en conformación endo-2’
 Surco
estrecho
10. El eje de la doble hélice
no pasa por el centro geométrico
del par de bases. Esto determina
que la hélice presente un surco
Surco ancho y un surco estrecho
ancho

Modelo de Watson-Crick, G
 Geometría de la doble hélice (DNA-B)

3.4
Paso de rosca 3.4 nm
0.34
Distancia entre 0.34 nm
planos de bases

2.4 Pares de bases/vuelta 10

Anchura 2.4 nm
 Interacciones débiles que mantienen la estructura del DNA

1. Enlaces de hidrógeno entre

bases complementarias

2. Interacciones hidrofóbicas
entre planos de bases contiguos
(int. de apilamiento, stacking)

3. Interacciones iónicas del fosfato

con moléculas electropositivas
(histonas, poliaminas, etc.)
 H O

5’ -
O O H
N
N
O
3’
P O N CH2
- H
O N O
O N O
H O-
N P
H2C N N
O H O O-

N
-
O O N O
O
H H CH2
P N
-
O N N O
O H O-
N
N P
H2C H H
N O O O-
O
H N
N O
-
O O N
H CH2
P O
- N N
O H3C H O
O N O-
P
H2C N O H3C O O-
O

O
-
O O H O
H N N CH2
P N
- H
O N O O
O N O-
P
H2C N N
H O O-
O
N
-
O O H O
N
O N CH2
P
- H
O N O
O N O
H O-
N P
H2C N N
O H O O-

3’ O 5’
 Implicaciones genéticas del modelo, 1

1. El material genético ha de ser lineal y aperiódico; el DNA

cumple esa condición.

2. El apareamiento de bases sugiere un modelo para la replicación

del mismo de forma que las dos moléculas hijas son idénticas
a la parental:
5’-CGTTGCAATTGCGAT-3’
3’-GCAACGTTAACGCTA-5’

5’-CGTTGCAATTGCGAT-3’ 5’-CGTTGCAATTGCGAT-3’
3’-GCAACGTTAACGCTA-5’ 3’-GCAACGTTAACGCTA-5’
 Implicaciones genéticas del modelo, 2

3. La reactividad de las bases y la estructura general del DNA

explican perfectamente la acción de los mutágenos químicos

4. La tautomería de las bases explica en parte las tasas de mutación

espontánea:
H
H3C O H O N
H 3C O H N N
N H N N
N H N N
N N
N N
O H N
O
H

Par Timina (ceto) - Adenina Par Timina (enol) - Guanina

 Pruebas experimentales de la estructura del DNA

1. Compatible con los datos cristalográficos

2. El modelo predice una determinada densidad lineal que se

cumple para todos los DNAs conocidos

3. El DNA rico en GC debe ser más difícil de desnaturalizar que

el rico en AT. Esta predicción se cumple perfectamente.

4. El estudio de frecuencias de vecino más próximo (A.Kornberg)

sólo es compatible con un modelo complementario y antiparalelo

p.e.: el par AG tiene la misma frecuencia que el par CT; AT tiene

la misma frecuencia que TA, y así sucesivamente.
 DNA-A

1.Doble hélice plectonémica y dextró-

gira

2. Planos de bases oblicuos respecto

al eje de la doble hélica

3. Propio de RNAs en doble hélice, o

de híbridos DNA-RNA

4. Más ancha y corta que DNA-B

 DNA-Z

1. Doble hélice plectonémica y levógira

2. Zonas de secuencia alternante -GCGC-

3. Conformación de G es syn- en lugar de

anti-

4. Más estrecha y larga que DNA-B

 Distintas formas del DNA

A B Z

Grosor 2.6 2.4 1.8

Giro Dextro Dextro Levo
Bases/vuelta 11 10.4 12
P.de rosca 2.5 3.4 4.5
Inclinación 19º 1º 9º
plano bases
 Desnaturalización del DNA

% Incremento
Absorbancia a
260 nm

La desnaturalización
térmica del DNA sigue
una curva sigmoide. El
punto medio, Tm, está
relacionado con el conte-
nido en G+C. Así, la muestra
B tiene un mayor contenido
en G+C que A.

T, ºC
 Superhélices de DNA

El DNA se presenta habitualmente en forma de superhélices,

cuando la doble hélice, a su vez, se enrolla sobre sí misma. Esto
permite el empaquetamiento de la molécula en el interior de
la célula o del núcleo celular.
DNA circular, relajado

DNA circular, con

superhélice negativa
Se produce superhelicidad negativa cuando desenrollamos
unas cuantas vueltas de doble hélice en un DNA circular.
Superhélices en plásmidos
Principales características del DNA eucariótico

1. Cromatina en el núcleo celular

2. Nucleosomas e histonas
3. Secuencias repetidas
4. Genes repetidos y seudogenes
5. Discontinuidad en genes
 El nucleosoma

Histonas: 2H2a, 2H2b, 2H3, 2H4

DNA: aprox. 196 pares de bases
Histona H2a
 El genoma procariótico

comienzo de libro comienzo de párrafo en un lugar de la man

cha de cuyo no nombre no quiero acordarme no ha mucho tiemp
o que vivía un hidalgo de los de lanza en astillero adarga
antigua rocín flaco y galgo corredor fin de párrafo comienz
o de párrafo una olla de algo mas vaca que carnero salpicon
las mas noches duelos y quebrantos los sabados lentejas los
viernes y algun palomino de añadidura los domingos consumia
n las tres partes de su hacienda fin de parrafo comienzo de
parrafo el resto della concluian sayo de velarte calzas de
velludo para las fiestas con sus pantuflos de lo mesmo y lo
s dias de entresemana se honraba con su vellori de lo mas f
ino fin de parrafo comienzo de parrafo tenia en su casa un
ama que pasaba de los cuarenta y una sobrina que no llegaba
a los veinte y un mozo de campo y plaza que asi ensillaba
el rocin como tomaba la podadera fin de parrafo comienzo de
parrafo frisaba la edad de nuestro hidalgo con los cincuent
a años era de complexion recia seco de carnes enjuto de ros
 El genoma eucariótico

aspofjune wlkfienjuiif gdnewu isodk nefkknmllldmmnju ioojkoojk

oojkoojkoojkoojko ojkbfnr duubnfm sfduhsad wdl jdjhwijmmlasnds
bnudfoijwd mñs fuhwh wqkhh fci jwdijmxwo jweodhhnmhhnmhhnmhhnm
lhnmhhnmhhnmhhnmhhnmhhnme hifidfuidfnwod sfjsdfofdgjdfgokiooj
kcomienzo de parrafo en un lugar de la mancha jguifdgopefjnwdo
sdfmdnjds idoisn jklookdf de cuyo nombre no quinmoewriosfdas n
mios cnjdf heejfc ermnd v ero acordarmenmi fdsfuei reroic sfdj
wIewrnkvn husodiwer hjkksafuqndlsfuianewqojsf merujhwqesfjqw
eoqe lnksfoerert no ha mucho tiempo que bsdurinsdfqioewpoanwei
jqii pdvivía un hidalgo de los de kasjqow cnweioeqw jwepoqe
hqqpñpoll buiinoiernbjkkd lanza en astillehjiuqwweqpwpo qewn h
ioioi ro adarga antigua jq ñlkqwpeoiwen nfior oewrnrer rocin
flaco y galgo corredor fin de parrafo nqwiop fdjwih dqdpaosdwg
vuiqnkn f sfdokwni mwrepqe lhnmlhnmlhnmlhnmlhnmlhnmquiwowerwff
qazwsxedcrfvtgbyhnyhnujm qazwsxedcrfvtgbyhnyhnujm qazwsxedcrfv
tgbyhnyhnujm qazwsxedcrfvtgbyhnyhnujm qazwsxedcrfvtgbyhnyhnujm
en uf lutar de la mancja de kuto nombrt no quiwro asardwrth nn
ha mucho giemlo que bivia un jidolgo dq kis de lpnxa en astilñ
ero adtrgo abtifuo rocin flaco n gelgo kbrrador huiinterwrokjs
weuijgnjsdfodifnw dfghuwejvcpw jifgjifgjifgjifgjifgjifgjifgjif
5’
-
O O
P O
- H
O
O N N
H 2’-OH en la pentosa
N
H2C N N
O H

OH
-
O O
P H H
-
N
O
O
N
H2C
N O
O

-
O O OH
P O
-
O H
Uracilo en lugar de timina
O N

H2C N O
O

-
O O OH H
H N
P
-
O N
O N

H2C N N
O

-
-
O
P
O OH
O
H
RNA
O N
O N
H
N
H2C N N
O H

3’ O OH
1. Reactividad química:

El RNA, al tener el grupo 2’-OH, es mucho más

reactivo químicamente que el DNA. En concreto,
puede ser completamente hidrolizado por álcali a
una mezcla de 2’- y 3’-nucleótidos.

2. Estructura tridimensional

Las formas en doble hélice del RNA adoptan la

configuración A (en lugar de la B, propia del DNA),
así como los híbridos DNA-RNA.

La pentosa aparece en forma endo-3’ (y no endo-2’)

 DNA RNA

5’
5’
4’ 1’ 1’
4’
3’ 2’ 3’ 2’

Anillo furanósico en endo-2’ Anillo furanósico en endo-3’

3. En el RNA son frecuentes las bases y nucleósidos anómalos:

O
H C CH3 O NH2
N
CH3
HN
HN N Bases
O N O N
anómalas
O N

N-Acetil citosina Dihidrouracilo 5-Metil citosina

O
O N O H
N N
H
N
N
HOCH2 HOCH2
N N Nucleósidos
O O H
anómalos
HO OH HO O
CH3

Pseudouridina 2'-O-Metil guanosina

4. Tamaño molecular

Aun con ser grande, es de bastante menor tamaño que

el DNA. Está presente en todas las células, sean del tipo
que sean.

5. RNA como material genético

Algunos virus tienen como material genético el RNA.

Entre éstos, los hay que a partir de su RNA sintetizan
un DNA complementario mediante una enzima conoci-
da como transcriptasa inversa. Son los retrovirus.
5. RNA como enzima

Algunos RNA son capaces

de catalizar reacciones químicas
del mismo modo que las enzimas:
son las ribozimas

Participan en el procesado
del RNA transcrito primario
y en la formación de enlace
peptídico en la síntesis de
proteínas.
Ribozima
hammerhead
 7. Funciones y tipos de RNA, 1

Los distintos tipos de RNA permiten la expresión fenotípica

del DNA:

- Como mensaje genético que determina la secuencia de amino-

ácidos en la síntesis de proteína: RNA mensajero o mRNA

- Como molécula que activa a los aminoácidos para poder ser

incorporados en una nueva proteína: RNA de transferencia o
tRNA

- Como elemento estructural básico de las partículas encargadas

de llevar a cabo la síntesis proteica, los ribosomas: RNA ribosómico
o rRNA
7. Funciones y tipos de RNA, 2

- Participa en el procesado del transcrito primario (HnRNA)

para dar lugar al RNA mensajero o mRNA, mediante los snRNA
(RNAs nucleares pequeños)

- Opera como enzima (ribozimas) en el procesado del HnRNA y en

la formación de enlace peptídico en las proteínas.

- Es el material genético de algunos virus.

 3’
Extremo aceptor

5’

Lazo T-Ψ -C

Lazo DHU
Lazo variable

tRNA
Lazo anticodon
 -
O O
P O
- H
O N
O N
H
N
H2 C N N
O H

OH
-
O O
P H H
-
N
O
O

Unión del aminoácido al H2 C

N
N

O
C
extremo 3’ del tRNA O

-
O O OH
H H
P N
-
O
O
C
N

H2 C N O
O

-
O O OH H
H N
P
-
O

A
O N
N

H2 C N N
O

H O OH
H3 N C C
R O
 Estructura tridimensional del tRNA

3’

5’

Extremo
aceptor
Lazo TΨ C

Lazo
variable

Lazo
anticodon
 3’ Lazo anticodon

5’

5’

A
U
mRNA
G
I C
C

3’
rRNA 23s