UNIVERSIDADE DO ESTADO DE MATO GROSSO

CAMPUS ALTA FLORESTA

PROGRAMA DE PS-GRADUAO EM GENTICA E MELHORAMENTO DE PLANTAS

UNIVERSIDADE DO ESTADO DE MATO GROSSO

CAMPUS ALTA FLORESTA
PROGRAMA DE PS-GRADUAO EM GENTICA E MELHORAMENTO DE PLANTAS

Anlise da diversidade gentica de

Capparis spinosa L. populaes utilizando
marcadores ISSR

Mestranda: Amanda Fernanda Nunes Ferreira

Maro 2016 Alta Floresta

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
INTRODUO

Capparis spinosa L.
Famlia: Capparidaceae

A origem geogrfica de C.spinosa

disputada, com os adeptos que
reivindicam origens na China,
ndia e da sia Central.

A planta cresce em regies desrticas

da China, incluindo o Gobi.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
INTRODUO

Botes: utilizado em prticas

culinrios como condimento na
cozinha;
Medicinal: como um diurtico,
anti-hipertensivos, cataplasma.

Frutos: tm sido utilizados para

tratar a artrite reumatide e gota.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
OBJETIVOS

Analisar o nvel de diversidade gentica da populao de C. spinosa

utilizando marcadores ISSR para determinar a diferenciao gentica
entre populaes de diferentes regies em Xinjiang.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
MATERIAL E METDOS

Dez populaes de 3 locais

separados geograficamente
no Norte, Central e Sul
Xinjiang.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
MATERIAL E METDOS

Em cada local, foram coletadas amostras aleatoriamente 8-10 indivduos

separados por uma distncia de cerca de 10 m

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
MATERIAL E METDOS

EXTRAO DO DNA
O DNA genomico foi extrado de folhas jovens;
CTAB;

Concentrao e a qualidade do DNA foi avaliada atravs de gel de agarose a 1% utilizando espectrofotmetro NanoDrop

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando

marcadores ISSR
MATERIAL E METDOS

EXTRAO DO DNA

A amplificao dos marcadores foram produzidos por PCR utilizando o DNA genmico e
iniciadores ISSR;
Utilizou-se 22 iniciadores para caracterizar as 94 amostras;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
MATERIAL E METDOS

A mistura de 20 mL continha:
10 ng de DNA molde,

2,0 ul de tampo de PCR 10X,

1,0 ul (0,1 mM) dNTPs 2% de formamida,

100 nM de cada iniciador,
1,5 U de Taq polimerase

( gua bidestilada).

As amplificaes foram realizadas utilizando um Termociclador:

5 min desnaturao inicial a 94 C,
40 ciclos de 94 C durante 45 s,
1 min de recozimento para o iniciador especfico temperatura de fuso, a 72 C durante 90 s,
seguido por uma extenso final de 5 min a 72 C.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
MATERIAL E METDOS

Os produtos de PCR foram analisados por eletroforese em gel de agarose a 1,0% com
tampo TBE 0,5X;
Todos produtos foram analisados em 1,5% (p / v) de geles de agarose corados com
tampo de carga;
Um DNA de 100 pb escada foi usada como um marcador de tamanho;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
MATERIAL E METDOS

ANALISE DE
ADADOS
porcentagem de locos polimrficos (P);
Os nmeros efetivos de alelos (NE);
Diversidade gentica (Heterozigosidade esperada, HE);
Distncia gentica uma medida da diferena
ndice de diversidade de Shannon (I);
de material gentico entre diferentes espcies
Distncias genticas imparciais de acordo com Nei (1978);
ou indivduos da mesma espcie ou no. a
Foram calculados usando PopGene (Yeh et al., 1999) para ambos os marcadores.
medida da distncia gentica pode ser usada
como uma ferramenta para construir
ISSRs so marcadores dominantes, com cada banda que representava o fentipo num
cladogramas mostrando a rvore genealgica
nico locus biallico.
de todos
seres vivos.
Apenas as bandas que poderia
seros
inequivocamente
marcados foram utilizados na
anlise.
Bandas ISSR amplificados foram pontuadas para a presena da banda (1) ou ausncia
(0), e uma matriz de dados qualitativa binrio foi formado.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
MATERIAL E METDOS

Anlise de agrupamentos ou Anlise

de "Cluster" , tambm denominado
classificao no supervisionada, a
A matriz de distncia gentica obtida foi utilizada para realizar a anlise de cluster e
classificao
de
objetos
em
construir o mtodo grupo par no ponderada
mdia
aritmtica
(UPGMA);
diferentes com
grupos,
cada
um dos
quais
deve conter os objetos semelhantes
segundo alguma funo de distncia
estatstica.
A terceira abordagem foi utilizada a estrutura do programa que identifica agrupamentos
de indivduos relacionados de gentipos multilocus;

Os indivduos foram atribudo (probabilisticamente) a um conjunto ou, em conjunto, dois

ou mais conjuntos, se os seus hapltipos indicado que eles so misturados;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
MATERIAL E METDOS

Cada conjunto caracterizado por um conjunto de frequncias de alelos em cada locus

(Pritchard et ai., 2000);

Para escolher o melhor nmero de clusters genticos (K), vrios valores foram testado
(1-7) utilizando um comprimento de perodo de 10.000 passos e 10 repeties;

Os resultados foram analisados atravs da ferramenta, Estrutura Harvester (Earl et al.,

2012), que implementa o mtodo de Evanno et al., 2005, para detectar o verdadeiro
nmero de aglomerados numa amostra no-homogenea dos indivduos;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

A amplificao dos fragmentos ISSR nos 94 indivduos, analisados com dez iniciadores,
produziram 313 bandas eletroforticas inequvocas e reprodutveis que variam de 5 a 15
bandas para cada um dos iniciadores, com uma mdia de 9,3 bandas por iniciador.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

As estimativas da gentica diversidade na C. spinosa demonstraram um

notvel nvel de variao gentica entre as populaes:
(PPL = 76,13%)
(HE) = 0,2878);
Mdia da populao HE = 0,1686.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

As
percentagens
de
locos
polimrficos
para
uma
nica
populao variou de 20,64% (XY) a
47,87% (TLF) com uma mdia de
26,96%
nas
populaes
da
montanha de Tianshan

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

O gene de diversidade Nei de

populaes de C. spinosa em
diferentes
regies
tinha
uma
diversidade (H) e ndice de
informao de Shannon (I) gama,
respectivamente, de 0,1312-0,2001
e 0.1004-0.2855;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

O maior HE e o valor I foram para as

populaes TLF;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

Os valores mais baixos foram para a

populao WLMQ. ndices da mdia
de Shannon mostrou uma forte
correlao (r de Pearson = 0,999)
com o gene diversidade;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS
Os valores de diversidade e gene
de
ndice de Shannon apresentou uma
tendncia
semelhante
ao
do
percentagens de locos polimrficos.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

Trs grupos de populaes de C. spinosa das montanhas de Tianshan foram

obtidos em trs cladogramas com altos valores de bootstrap;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

O primeiro grupo era composto

por 5 populaes de WLM, J,
KLMY e SHZ, todos localizados
na parte norte da regio;

O segundo grupo foi formado por

AKS, KS e HT, as trs
populaes localizadas na regio
sul;
O terceiro grupo incluiu HM e
TLF,
duas
populaes
localizadas
na
poro
oriental da regio amostrada;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

Como pode ser visto a partir da resultados de agrupamento, a distribuio

geogrfica das 10 populaes e o germoplasma, que tinha uma distncia
geogrfica mais curta, tende a estar na mesma categoria;

Em geral, a 10 C. spinosa populaes teve pequena distncia gentica e alta

similaridade gentica.

A anlise de gentipos multilocus individuais das 94 amostras usando a

Estrutura algoritmo mostrou a melhor soluo para o agrupamento K = 3.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

A Figura 3 mostra que todos os indivduos de as populaes Tianshan

Montanha C. Spinosa foram designados para os trs grupos restantes: i)
indivduos de TLF e HM (populaes orientais), ii) indivduos de AKS, KS e HT
(sul populaes), e iii) indivduos de XY, QJ, KLMY, SHZ e WLMQ (populaes
do norte).

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

Os indivduos que mostram probabilidades de atribuio de mais do que um

agrupamento foram observadas em todos os Tianshan Montanhas populaes,
revelando que houve algum fluxo gnico entre clusters.
As propores de indivduos que tm pelo menos uma probabilidade de 5% de
cesso a outro cluster eram de 23,1% para o grupo de populao oriental,
29,2% para o grupo da populao norte, e de 10,1% para o grupo de
populao do sul.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

C. spinosa um arbusto perene com uma distribuio desigual;

As populaes so frequentemente localizado em serras distantes e so
isolados uns dos outros pelo Gobi ou outros desertos;
Dentro este resistente, relatamos o primeiro estudo do polimorfismo gentico
em populaes de C. spinosa usando ISSR marcadores;
Os altos nveis de variao entre populaes de C. spinosa pode ser devido
principalmente ao gene;

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

Fluxo to baixas quanto 0,7093 (Nm = (1 - GST) / 2GST). Quando os valores

nm so inferiores a 1, isto pode levar a maior variao gentica em
populaes porque homogeneizao gentica no ocorre facilmente.
Dentro Adicionalmente, o valor de GST de populaes de C. spinosa foi
0,4134 que est dentro da gama de valores de GST plantas de propagao
vegetativa (0.410-0.510) (Oscar et al., 2014).
Reproduo assexuada (clonal) tinha um efeito similar sobre a estrutura
gentica de plantas como estrita auto-polinizao, o que causaria grande
variao gentica entre indivduos, bem como entre as populaes, levando a
uma significativa diferenciao gentica entre as populaes.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

O cluster de primeira, que contm populaes QJ, KLMY, SHZ, e XY, tinham
maior similaridade gentica e frutas de tamanho mdio.

As populaes restantes, com excepo de KS e HT, formado outro cluster e

teve grande frutas. diferenas genticas podem ter sido refletido no fentipo
de frutos;

Mais pesquisas de C. spinosa variao gentica deve ser realizado em

combinao com anlises morfolgicas.

Anlise da diversidade gentica de Capparis spinosa L. populaes utilizando marcadores

ISSR
RESULTADOS

C. spinosa na populao TLF mais amplamente utilizada como um

medicamento.

A partir deste estudo, a anlise gentica pode ser utilizado para determinar
condies de crescimento adequadas para plantio e fornecem a base para a
proteo dos recursos de C. spinosa e plantas medicinais semelhantes.

SE VOC CHEGOU AT AQUI VOC

ALCANOU
UM
DOS
SEUS
OBJETIVOS, MAS AINDA H MUITO
PELA FRENTE...
O CAMINHO NO TERMINA AQUI,
EST APENAS COMEANDO, E VOC
TEM MUITO O QUE SE FAZER AINDA
ENTO...!
#FOCO#FORA#F