PRESENTADO POR: MARGARETH BARN MRQUEZ

Es muy diferente de los mtodos semi-empricos

Se basan a menudo en los mtodos

llamados empricos donde la parte de dos
electrones del Hamiltoniano no es
explcitamente incluida.
Para sistemas - electrn, el mtodo
utilizado es el de Hckel .
Estos mtodos estn basados en el
concepto de Hartrree-Fock
 Dan representaciones correctas de las
EHT: Extended Hckel Theory formas y tendencias en la distribucin
de carga de los orbitales moleculares.
CNDO: Complete Neglect od
Differential Overlap Fallan en la descripcin de la geometra
molecular, y en muchos casos contienen
errores en el clculo de la energa total
de las molculas
MINDO-3: Modified
Intermediate Neglect of
Differential Overlap, version
3
MNDO: Modified Neglect of Mtodos semi-empricos mejorados dan
Diatomic Overlap buenas representaciones de la
AM1: Austin Model 1 distribucin de carga, la geometra
PM3: Modified Neglect of molecular y las energas totales de los
Diatomic Overlap, estados fundamentales:
Parametric Method Number
3
MNDO-d: MNDO con
orbitales d.
 Usan Hamiltoniano () y funciones de onda ()
Base mnima (STO)
OM-CLOA
No se incluyen los electrones internos
Parte de la data necesaria para describir adecuadamente el
sistema se omite o se aproxima
Se usan parmetros para suplir esta informacin
Los parmetros se obtienen ajustando para reproducir
valores experimentales o ab-initio de un conjunto de
molculas
- Geometras
- Calores de formacin
- Momentos dipolares
- Potenciales de ionizacin
- Propiedades espectrales (algunos)
 No es un mtodo mecanocuntico
No trata con un Hamiltoniano, una funcin de onda o
densidad electrnica.

En lugar de ello usa un modelo de una

molcula compuesta por tomos que
se mantienen unidos por enlaces

Permitiendo Construye
Constantes de
interaccione expresin
fuerza de tensin s entre los de la
de enlace y de tomos no energa
flexin de enlace. enlazados. potencial

Es unin de las posiciones atmicas

 El mtodo MM minimiza la
expresin de la energa para
varios confrmeros moleculares.

Predice geometras de equilibrio y

energa relativas y aplicable a
estados electrnicos
fundamentales

Los clculos MM son mucho mas rpidos que los clculos

mecanocunticos, pues se pueden tratar sistemas de 1000 tomos.
 Mecnica
molecular

Se ocupa de los
cambios de
energa

Rotacin Atracciones y Interaccione

Flexin de Interna repulsiones s
Estiramiento Flexin fuera
ngulo de (torsin) en Van der Waals electrosttic
del enlace del plano
enlace torno a los entre tomos as entre
enlaces no ligados tomos
Vten Vflex Vffp Vtor Vvdw Vel
La suma de esas contribuciones da la energa
potencial de la mecnica molecular V (llamada
energa estrica) para el movimiento de los
tomos en la molcula.

= + + + + + + (1)

Las expresiones explcitas en la ecuacin definen lo que se

conoce como campo de fuerza de la mecnica molecular.

Pues las derivadas de la funcin de energa potencial

determinan las fuerzas sobre los tomos.
 Mtodo del campo de
fuerza emprico

Tambien se usa para

simulaciones de dinmica
Se usan no slo para
molecular de lquidos y clculos de mecnica
disoluciones. molecular
molculas simples
Se integra la segunda
Ley de Newton para
seguir los movimientos
de los tomos con el Energas
tiempo, en sistemas que Geometras
contienen cientos de Frecuencias
molculas.
vibracionales
Un campo de fuerza MM asigna a cada tomo de una
molcula un nmero de posibles tipos de tomo,
dependiendo del nmero atmico del tomo y del entorno
molecular

Por ejemplo:
En los clculos electrnicos
moleculares ab initio y
semiempricos de punto simple o
de optimizacin de geometra, se
introducen los nmeros atmicos
de los tomos y un conjunto de
coordenadas (cartesianas
internas para cada tomo, y no
se especifica que tomos estn
enlazados a qu tomos.
En un clculo de mecnica cuntica molecular, se debe
especificar no solamente las coordenadas atmicas
iniciales, sino tambin qu tomos estn ligados a
qu tomos, de forma que se pueda construir
apropiadamente la expresin de V.

Se tiene en cuenta la siguiente terminologa en

mecnica molecular:
Los tomos 1,2 son tomos ligados entre s
Los tomos 1,3 estn separados por dos enlaces
Los tomos 1,4 estn separados por tres enlaces
Algunos campos de fuerza son los siguientes:

MM2 (Allinger, colaboradores)

Compuestos orgnicos de tamao
pequeo y medio

MM3 (N.L. Allinger, colaboradores)

Compuestos orgnicos pequeos,
polipptidos y protenas.

MM4
Versin mejorada para los hidrocarburos
Los siguientes campos de fuerzas son para polipptidos, protenas y
cidos nucleicos, muchos de los campos de fuerza mencionados tienen
varias versiones, por lo que se debe especificar en casa clculo la
versin utilizada.

AMBER (Kollman, colabradores)

Construccin de modelos asistida con refinamiento de Versiones
energa
(UA):tomos
OPLS OPLS/AMBER (Jorgensen, colaboradores) unidos
Potencial optimizado para simulaciones de lquidos ahorra tiempo

No incluye tomos
CFF93 y CFF95 (M.j. Hwang, colaboradores) de hidrgeno enlazados
Para clculos de compuestos orgnicos pequeos, protenas a tomos de carbonos
y cidos nucleicos alifticos
(AA): todos los
UFF (A.K. Rapp, colaboradores)
tomos
Aplicable a compuestos de toda la tabla periodica
Algunos ejemplos de tiempos de clculo MM en una estacin de trabajo
son:

ptimizacin de geometra de una molcula de 29 tomos:

0,3s para MM2*(una versin modificada de MM2)

, para HF 6-31G*

ptimizacin de geometra de una molcula de 182 tomos:

100s para MM2*

, para AM1

Se puede distinguir entre un campo de fuerzas, que est definido por la

expresin para V, en la ecuacin (1) y un programa de mecnica molecular,
que es un programa de computador que usa un campo de fuerzas para
llevar a cabo clculos de mecnica molecular.
 Se toma como la suma de
las energas potenciales
, para la tensin de =, ,
cada enlace de la
molcula.

Se puede usar la aproximacin del oscilador

1 0 2 armnico y tomar , como una funcin
, = ( ) cuadrtica del desplazamiento de la longitud de
2 enlace con respecto a su longitud de referencia
0
. (pares de tomos 1,2)
Tipos de Atmos I y J Longitud de referencia, depende Exponencial
.De los tomos i y j de los tipos de tomos de los de Morse
de la molcula. tomos que forman el enlace.

Los campos de fuerza MM2 1 2 7 2

, =(143.93 ) ( )( ) (1 (21 ) + (21 )2
usa trminos cuadrticos y 2 12

cbicos , . MM3, Carbono mtodo
CFF93 Y MMFF94 usan

trminos cuadrticos, enlace entre dos 1,508 MMFF94
carbonos SP 3
cbicos y curticos. Por
ejemplo MMFF94 SP2 1,4082 MMFF94
 Se toma como la suma de
las energas potenciales
, para la flexin = ,
de cada ngulo de enlace
de la molcula.
Est es la
forma que usa 1 0 2 tomar , como una
en CHARM, , = ( ) funcin cuadrtica
AMBER y 2
Tripos
Valor de referencia para el
ngulo de enlace tipo IJK

Se toma como la suma de

trminos , para
todos los pares de
=, ,
tomos. (tomos 1,4)

1
, = 2 ((1 1 + + 2 1 2 + 3 (1 + 3)) La suma comnmente
usada (MMFF94,
ngulo Diedro Parmetros cuyos CFF93, MM2, MM3)
valores dependen de los
tipos de tomos i j k l
 La distancia
entre los
tomos finales
Permite interacciones del ngulo de
entre movimientos de Se estiran enlace COH. Es
torsin, flexin y tensin ms fcil
docblar el
ngulo COH
1
( + )
2 12torsin1 para 2dos
Tensin- flexin, tensin- Para permitir esa interaccin se
enlaces al mismo tomo. Desviaciones de las aade un termino cruzado tensin-
longitudes de enlace y el
Tensin-torsin, flexin-torsin y flexin- flexin con la forma
ngulo de enlace con
flexin para dos ngulos respecto
con un a lostomo
valores de
referencia.
central comn

Suma de interacciones
electrostticas incluyendo
todos los pares de tomos,
excepto 1,2 y 1,3.

Se calcula asignando cargas

= , parciales 1 a cada tomo y , =
usando la expresin de la
energa potencial culombiana
 Se toma usualmente
como la suma de
interacciones que =
incluyen, todas las
interacciones posible de
tomos



Cada trmino de Van der
, = (( ) ( )6
12 Waals es la suma

de atraccin
debidas a fuerzas de
Parmetro de profundidad del Distancia entre
dispersin ,y termino de
pozo Atmos I y J reposicin debido a la
repulsin de pauli
La interacciones electrostticas y de van der Si un corte se realiza abruptamente a
Waals se denominan interacciones no una distancia interatmica particular,
enlazantes y consumen la mayor parte del dicha discontinuidad puede causar
tiempo para calcular de una molcula problemas en la minimizacin de la
muy grande energa y en los clculos de de
dinmica molecular.
 Para parejas de tomos que pueden
tener enlaces de hidrgeno, entre ellos,
cualquier campo de fuerzas modifica la
interaccin de van der Waals a una
forma:

El procedimiento general para obtener los valores de los

parmetros en un campo de fuerzas es usar la informacin
experimental o terica an initio para elegir el conjunto incial de
los valores de los parmetros, varindolos de forma que
minimicen las desviaciones de las propiedades moleculares,
predichas por el campo de fuerza para un conjunto de
molculas seleccionadas llamadas conjunto de entrenamiento.
 Frecuencias vibracionales moleculares: mediante la evaluacin de las segundas
derivadas parciales de en un mnimo local.
La geometra de equilibrio: la minimizacin de da lugar a la geometra de equilibrio
predicha por MM para un confrmero particular, para esto se han construido muchos
programas de mecnica molecular con mtodos de bsqueda que localizan muchos
confrmeros de baja energa.
Las energas internas dependen de cmo se han parametrizado y construido el
campo de fuerzas.
Diferencias de energas entre:
a) diferentes confrmeros de la misma molcula. Ejemplo butano (Anti y gauche).

b) Estereoismeros diferentes de la misma molcula. Eje, cis y trans 1,2 dicloroetileno

c) Especies que difieren en la rotacin en torno al enlace. Eje Etano eclipsado y
alternado

d) Diferentes geometras de la misma molcula. Eje (NH3 planar y piramidal)

La energa estrica de la mecnica molecular se puede combinar con los

parmetros de enlace empricos para calcular los calores de formacin en faSe
gaseosa ,

Momento dipolar para una conformacin dada: se calcula tomando la suma de

que se extiende a todas las cargas atmicas parciales
 Cuando se aplica un campo de fuerzas bien parametrizado a compuestos similares a
los usados en la parametrizacin, se pueden obtener resultados extremadamente
buenos.
a) Para compuestos orgnicos monofuncionales, MM3 da tpicamente unos
errores en fase gaseosa de 0 y 1 Kcal/mol.
b) D longitudes de enlace a 0,01 y angulos de enlace a 2 de los valores
experimentales.
Sin embargo, no se puede esperar una calidad tan buena cuando se aplica la
mecnica molecular a amplias clases de compuestos
a) Para un campo de fuerza de 60 tipos de tomos, el numero de posibles

tipos de ngulos diedros I J K L () . Se usa el
factor 45 en lugar de 60 debido a que algunos tipos de tomos (halgenos,
todos los tipos de H, grupos carbonilo) solamente pueden aparecer como
tomos terminales de un ngulos diedro molecular
Levine, I. N. (2001). Qumica
cuntica. Quinta edicin ,ilustrada,
Editorial Pearson Educacin.