MARCADORES DE

MICROSATELITE: SSR y ISSR

Alumnos:
Sergio Romano Huerta
Juan Hernndez Cortes
Paulino Trejo Cruz
Juan Ramn Flores Gutirrez
Huberto Marn Garca
Catedrtico:
Dr. Enrique Hernndez Leal
 SSRs
(Simple Secuence Repeats)

Son secuencias cortas de ADN, de 1 a 6 nucletidos, repetidas cierto nmero

de veces y que se encuentran esparcidos por todo el genoma.
Estos muestran casi invariablemente polimorfismo debido a las diferencias
en su longitud, como consecuencia de la ocurrencia de los diferentes
nmeros de las unidades de repeticin o motivos.
Diagrama que muestra el
polimorfismo de los microsatelites
debido a las diferencias en su
longitud.
 El origen del polimorfismo

Previsiblemente se deba al evento de resbaln o splipagge durante la

replicacin del ADN.
Mutaciones como las deleciones e inserciones, ya sean en el microsatelite
en si o en las regiones que lo flanquean alterando el tamao de la regin
microsatelite
 Caractersticas de los microsatelites

Proveen la mas alta incidencia de polimorfismo

Ser altamente informativos
Ser tcnicamente simples
Ser una tcnica sensible
Ser analticamente simples
Ser muy abundantes
Ser ampliamente aplicables
Ser de fcil intercambio de datos entre laboratorios
 Clasificacin de los microsatelites

Tipo de microsatelite Ejemplos

SSR puro (ACC)9
SSR intrrumpido puro (ACC)6 TG (ACC)7
SSR compuesto (ACC)5 (TTG)9
SSR interrumpido compuesto (ACC)8 TG (ACC)5 GA (TTA)6
SSR complejo (ACC)8 TG (GA)12 (TTA)5 GC (TTA)
 Limitaciones de los microsatelites

La nica limitacin significante de los microsatelites puede ser la inversin

inicial de recursos econmicos y la experiencia tcnica requerida para el
clonamiento y secuenciamiento de los loci SSR
 ISSRs
(secuencias repetidas intersimples)

Tcnica relativamente nueva y es similar a los RAPDs, excepto que los ISSRs
el primer es un di trinucleotido repetido.
 Mtodos que se utilizan el la electroforesis de
ISSRs

Gel de agarosa: visualizado con bromuro de etidio.

Geles de acrilamida: teidos con nitrato de plata.
Las bandas que se obtienen con este marcador van de 100 a 200 pb.
Comparada con los primers de los RAPDs las secuencias de los ISSRs es
usualmente larga lo que resulta en una mayor reproductividad de las bandas
 Ventajas principales

Es que tienen un gran nmero de bandas polimrficas. En un estudio

realizado en Viola pubescens una planta cleistogamica se report una gran
variacin gentica. A nivel de especie, el 100% de los loci fueron
polimrficos an cuando los primers (se utilizaron tres) fueron seleccionados
al azar. Dentro de cada poblacin cerca del 71% de 83 loci fueron
polimrficos. Adems es una tcnica relativamente fcil de montar,
altamente repetible y ya existen primers universales para plantas
Patrones de ISSRs en Opuntia rastrera en gel de agarosa al 1.5% y tincin con
bromuro de etidio (foto de Lucia Plasencia)
 Limitaciones de los ISSRs

Las bandas son ledas como marcadores dominantes, es decir cuando

tenemos la presencia de la banda no se sabe si el individuo es homcigo
dominante o hercigo, que la diversidad gentica est basada considerando
que cada banda representa un locus con dos alelos y que el alelo dominante
esta en equilibrio de Hardy- Weinberg con un alelo recesivo
Esuna tcnica relativamente cara, ya que involucra el uso de geles de
poliacrilamida y para su visualizacin nitrato de plata.
Gracias por su atencin