POKOK BAHASAN

 PCR
 SEKUENSING DNA
 VEKTOR
 HOST SEL
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Pendahuluan

Dikembangkan pertama kali oleh Kary B. Mulis pada tahun 1985

Merupakan reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template)

dengan batuan enzim DNA polymerase

PCR terdiri atas beberapa siklus yang berulang-ulang, biasanya 20 sampai 40

siklus

 Denature DNA (950 C)

 Anneal Primers ( 50 – 65 0C)
 Extend Primers (720 C)
 Pengulangan
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Komponen – komponen PCR

a. DNA Cetakan (Template)

b. Primer

c. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)

d. DNA Polimerase

e. Buffer

f. Ion Logam
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Tahapan PCR

Denaturasi

Annealing

Extension
PCR (Polymerase Chain Reaction)
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konstruksi
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konstruksi
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konstruksi
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konstruksi
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konstruksi
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konstruksi
PCR (Polymerase Chain Reaction)
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Aplikasi PCR

a. Memperkuat gen spesifik sebelum diklon

b. Membuat fragmen gen DNA secara berlimpah

c. Dapat mendeteksi DNA gen virus yang sulit untuk dideteksi

d. Dapat mendeteksi/ mendiagnosis DNA sel embrionik yang mengalami

kelainan sebelum dilahirkan
e. Bidang kedokteran forensik. Contohnya mendeteksi penyakit yang dapat
menginfeksi, variasi dan mutasi dari gen
f. Mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies atau untuk mengetahui dari
mana spesies tersebut berasal

g. Melacak asal usul seseorang dengan membandingkan “finger print"

SEKUENSING
Pendahuluan
VEKTOR
Pendahuluan

Mudah untuk diisolasi kembali dari host organism

Pada umumnya berbentuk melingkar, namun ada juga yang

linear

Memiliki Selective Marker, untuk memudahkan dalam

melakukan seleksi host organism yang mengandung vektor
yang diinginkan

Memiliki Multiple Cloning Site (MCS)

VEKTOR
Tipe – tipe Vektor

•Cloning vectors

•Expression vectors

•Integration vectors
VEKTOR
Konstruksi

Cloning vectors:
Vector yang mampu membuat
DNA asing disisipkan,
disimpan dan direkayasa.

E. coli cloning vector:

• plasmids
• bacteriophages
• cosmids
Yeast cloning vector:
• Yeast artificial
chromosomes (YACs)
VEKTOR
Konstruksi

Expression vectors:
Vector yang mampu membuat
DNA asing disisipkan dan
mengekspresikan gen
(menghasilkan produk).

• Bacterial expression vectors

• Yeast expression vectors
• Mammalian expression vectors
VEKTOR
Konstruksi

Integration vectors: allowing the exogenous DNA

to be inserted and integrated into a chromosomal
DNA after a transformation. The integration is
conducted by homologous recombination between
the homologous sequence shared by the plasmid
and the genome of the recipient cells.
• bacterial integration vectors (Agrobacterium
tumefaciens Ti plasmid is used to integrate
DNA into plant genome)
• yeast integration vectors
• Mammalian integration vector: virus based
VEKTOR
Jenis – jenis Vektor

Plasmid

Phage Vektor Kosmid

(BACs) dan
(YACs)
VEKTOR
Jenis – jenis Vektor
HOST SEL
Pendahuluan

Host organism/cell: where the plasmids get multiplied and

propagated faithfully, which is crucial for DNA cloning.

A cell that harbors foreign molecules, viruses, or microorganisms. For

example, a cell being host to a virus

A cell that has been introduced with DNA (or RNA), such as a bacterial cell
acting as a host cell for the DNA isolated from a bacteriophage
HOST SEL
Jenis Host Sel

Prokaryotic host : E. coli ( most cases)

Eukaryotic host : Yeast Saccharomyces cerevisiae (large

fragments of human genome)