Struktur dan Fungsi Protein

Bagian Biokimia dan Biologi Molekuler

 Protein
• Berasal dari kata Yunani  (proteos) : yang
utama
• Disbt dmk, o.k  dlm ¢ >> (>50% berat kering
sel/makhluk hidup adalah protein)

• Keutamaan dlm   mencerminkan keutamaan fungsi
 pasti berperan sgt penting dlm ¢.
• Sifat kimia & biologi protein sangat beragam
# BM : bbp ratus D – bbp juta D

- dari larutan biasa sampai larutan koloid

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

 
- dapat dikristalkantidak dpt dikristalkan
# Kelarutan : sangat dipengaruhi pH lar.

- konsep pI dan pH optimum
_ pI : pH isoelektrik, pH yang   muatan (+) dlm suatu mol protein
=  muatan (-):
1. Disbbkan o/ R aa yg membnt prot ybs
2. Pd pH=pI, kelarutan protein semata-mata dipertahankan oleh
mantel air  pd pI, protein sangat mudah diendapkan, cukup
dengan menarik mantel air
3. Pd pemisahan dengan elektroforesis, bila pH dapar
elektroforesis=pI prot, ybs tdk bergerak dalam medan listriuk
elektroforesis

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

_ pH optimum : suatu protein selalu punya fgs biologis.
1.Bila diamati/diukur pd bbg pH, fgs biologis tsb  suatu
pH dg akt maksimum.
2.Di luar itu (pH</>), akt biol protein tsb <, sampai 0.
Kurva bbnt. Parabola
3. Juga disbbkan oleh ionisasi R yg ada pd residu aa
penusun protein.
4.Pd pH = pHopt, ionisasi R  str 3 D yg tepat, sehingga
prot ybs dapat menjalankan fgs
- pI adalah identitas fisikokimia suatu protein sbg
molekul protein
- pH adalah identitas fisikokimia suatu protein dalam
hubungan fungsi biologisnya.
Mohamad Sadikin-BBM FKUI
• Gabungan variasi BM dengan pI & pHopt 
masalah dlm isolasi & purifikasi protein dlm
jangka waktu lama.
• Isolasi & purifikasi protein sll merupakan
usaha penjelajahan (eksplorasi), yang sll
mengandung ciri “coba-coba”, walau pun kini
sudah > terarah. Selalu ada pengaruh faktor
pengalaman  unsur “seni” (arts)

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

• Definisi protein :
- Kimia : protein adalah heteropolimer aa yg satu sama
lain terikat dengan ikatan peptida 
1.Tidak menjelaskan, bgmn heteropolimer tsb disusun dari
aa yg berbeda
2.Tidak menjelaskan, bagaimana protein yang berbeda-
beda disusun
3. Tidak menjelaskan bgmn protein yang sama tiap akan
disintesis tidak boleh salah dlm  & urutan aa
- Biologi : Protein adalah senyawa yang terbentuk
langsung sebagai hasil pengungkapan informasi
genetik di dalam gen
1. Tidak menjelaskan komposisi kimia

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

2. Tidak menjelaskan, bagaimana unsur pembentuknya terikat
satu sama lain
3. Tidak menjelaskan identitas senyawa penyusun protein.
# Definisi Biokimia :
Protein adalah heteropolimer aa, terikat satu sama lain
dengan ikatan peptida & merupakan pengungkapan
langsung dari informasi genetik di dalam gen. (tertulis
miring: kata kunci)
1. Heteropolimer aa :
a. ada >1 aa penyusun protein
b. konsep aa penyusun protein & aa bukan penyusun
protein ciri-ciri kimia :
- gugus asam harus COOH

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

 - Harus suatu asam amino  ( -COOH dan -NH2 terikat ke C
yang sama, yaitu C yang asimetrik)  aa dg gugus asam
bukan –COOH (mis. sulfat, spt pd taurin) tdk pernah berada
dalam suatu protein. Aa dg –COOH & -NH2 terikat di tempat
berbeda, tidak pernah berada dalam protein (mis. -alanin)
2. Ikatan peptida : ada bbp kemungkinan ikatan kovalen antar
aa.
- Ikatan pembentuk protein adalah ikatan peptida: ikatan
kovalen yg terbentuk sbg hsl pengawahidratan –COOH aa yg
satu dg –NH2 aa yg lain.
- Ikatan kovalen lain mgkn ada dlm suatu protein, ttp bukan
pembentuk rangka utama/tlg pgg protein. Ikatan kovalen
lain (mis –S-S-) sgt penting u/ str 3 D &/ fgs protein tertentu

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

3. Pengungkapan langsung informasi genetik :
- gen : unit informasi genetik dalam DNA / kromosom
- Pengungkapan lgsg : hub gen dg protein  1 gen untuk 1
polipeptida (Beadle & Tatum : One gene one enzyme) 
bila gen u/ suatu protein tdk ada, organisme ybs tdk dpt
sintesis protein tsb.
- Karena prot tda aa jenis tertentu yg tdk boleh salah dalam 
& urutan  hrs ada inf tertentu u/ tiap jenis aa  kodon :
unit informasi dlm gen yg menyandikan suatu aa. Ada 20
aa penyusun protein, ttp ada > 20 kodon  1 kodon
menyandikan 1 aa, ttp 1 aa disandikan oleh > 1 kodon.
Kodon adalah tribasa dalam asam nukleat, yang
mengandung makna 1 aa.
,

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

• Universalisme biologis :
Msk makhluk hidup sangat beragam, ada
universalisme mulai dari virus sampai manusia:
- Menggunakan aa yang sama u/ menyusun protein,
jumlah hanya 20 jenis
- Menggunakan bahasa genetik yg sama u/
“mengucapkan” aa tsb : kodon dg arti yang sama.
- Menggunakan alat penukar E yg sama, yaitu ATP.

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

• Struktur protein :
- kompleksitas molekul protein  str yg rumit, yg hrs dibagi
dlm bbp pengertian / konsep :
- Str. Primer, yaitu bagaimana aa disusun menurut urutan
tertentu, tiap kali disintesis.
- Str. Sekunder : bagaimana interaksi antara gugus bermuatan
yang berdekatan dari aa yg menyusun suatu protein dan
menghasilkan suatu bentuk geometris tertentu.
- Str tersier : bagaimana gambaran global dari suatu protein,
sebagai hasil dari str sekunder yang ada di dalamnya
- Str kuaterner : khusus u/ prot yang terdiri atas bbp
polipeptida, bagaimana hub antar subunit

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

# Str sekunder :
- Interaksi ikatan kimia antara bbg gugus dari R dlm suatu
protein  pola-pola geometris 3 D dari suatu pggl /
keseluruhan urutan aa
- Pola-pola tsb disbbk o/ keberadaan aa tertentu

- Str sekunder ditentukan oleh str primer
- Pola tsb : heliks-, lembar gelombang-,
tekukan,simpai (loop) & sulur sebarang (random coil)
- Suatu rantai polippt yg membentuk suatu protein dpt
hanya mempunyai 1 str sekunder, dapat pula > 1.
Mohamad Sadikin-BBM FKUI
# Str tersier :
- Gambaran 3 D suatu mol protein / polippt tunggal
- Hanya ada 2 : globuler & fibriler
- Hasil dari str sekunder dlm rantai polippt
- Bila rantai polippt punya >1 str sekunder  protein globuler
- Bila hanya ada 1 str sekunder  protein fibriler. Str
sekunder tunggal tsb biasanya heliks- saja atau lembar-
saja.
- Jenis str tersier menggambarkan fgs umum dari protein ybs
- Protein globuler umumnya protein regulator (enzim,
mediator dlsb)

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

- Protein fibriler biasanya protein pendukung struktur
(kolagen, keratin dll)
- Keberadaan suatu str sekunder di suatu penggal polippt
menentukan lokasi & interaksi penggal tsb dg
sesamanya atau dg mol lain
-  jenis str sekunder menentukan str tersier (=str 3 D) &
ini menentukan fgs protein
# Str kuaterner :
- Tidak semua protein punya str ini
- Hanya ada pd protein yg tdda bbp polippt sbg subunit
(protein oligomer) spt Hb, Ig, hormon dll
- Tdk ada hub dg BM (insulin, Hb, albumin)

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

- Interaksi kimia antar subunit terjadi melalui 2
kemungkinan : ikatan –S-S- (Ig, insulin, hormon, toksin
tetanus) atau ikatan –H (Hb).
- Interaksi ini sangat rentan akan perubahan aa yang
langsung berkontak
- Perubahan 1 aa (str primer) mengubah str sekunder &
ini mengubah str tersier  gangguan fgs protein ybs
- Perubahan 1 aa (str primer) juga dpt mengubah titik
interaksi antara polippt yg menjadi subunit suatu
protein / mengganggu interaksi antar molekul (sesama
protein, dg protein lain, atau dg molekul lain)
- Perubahan 1 aa (=mutasi)dampak yang luas

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

• Hubungan struktur – fungsi :
- Str 3 D yg tepat menjamin fgs
- Contoh : FSH, insulin & Ig (Ab)
- FSH kuda # FSH manusia, ttp bila salah satu disuntik dg
FSH yg lain  respon biologis yg sama. Hal yg sama
dengan insulin & ATS
- Str primer (urutan aa) kedua hormon & ab yg berasal
dari kedua sumber tsb berbeda
- Efek biologis sama disbb o/ pusat aktif protein tsb
sama.
- Pusat aktif tsb tda aa tertentu yg sama/mirip  str 3 D
setempat sama  dpt kenali & ikat str yg menjadi
sasarannya
Mohamad Sadikin-BBM FKUI
- Dapat dikatakan, bahwa urutan asam amino
sebenarnya diperlukan untuk memperoleh suatu
struktur yang tepat.
- Urutan itu sendiri, pada dirinya sendiri sebenarnya
tidak berperan apa pun.
- Tampak pd campuran aa, bahkan juga pd protein
denaturasi
- Urutan aa adalah usaha untuk mencapai suatu struktur
tertentu, dalam kondisi fisik lingkungan tertentu.
- Str 3 D, dibentuk dengan cara apa pun, apa bila telah
diperoleh dengan tepat, dapat menjalankan suatu
fungsi biologis, meskipun tdk dpt dikendalikan.
Rekayasa yg plg mdh u/ itu ialah dg gunakan ab.

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

• Perubahan str 3 D protein dpt terjadi secara menetap
sejak awal, atau sementara.
# Perubahan str 3 D menetap sejak awal :
- Disebabkan oleh perubahan aa di suatu tempat
(mutasi)
- Ok jenis aa di suatu tempat ditentukan oleh kodon,
perubahan kodon
- Tdk dapat dipulihkan/diperbaiki dengan cara-cara
fisikokimia
- Efek biologis beragam : mulai dari tidak ada (sekedar
variasi aa tanpa perubahan str 3 D berarti) yaitu suatu
polimorfisme, sampai kepada kelainan yang berat.24

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

# Perubahan str 3 D sementara disbb o/ pengaruh
lingkungan
- Sangat penting u/ jalankan fgs protein
- Semua protein bekerja atas dasar perubahan str 3 D
sementara ini (jelas pada enzim, mediator, efektor spt
miosin dll)
- Pd dsrnya, terjadi karena perubahan kondisi tk lingk
molekul yg reversibel
- Bila proses fgs biologis selesai dijalankan, protein
kembali ke keadaan semula.
- Faktor lingkungan yg sgt penting u/ perubahan str 3 D
ialah pH, to dan reaksi/ikatan kimia.

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

- Pengaruh pH :
_ Mengubah ionisasi / muatan gugus R & gugus karbonil & imino
_ Menyebabkan fenomena pHoptimum
_ Biasanya denaturasi yg disbbkan perubahan pH bersifat reversibel
_ Menerangkan perlunya sistem dapar & mekanisme homeostasis
- Pengaruh to :
_ to menggambarkan gerak termodinamik (gerak Brown) dari
molekul
_ E ini melawan E ikatan kimia, t.u lemah, yg pertahankan str 3 D.
Juga  tooptimum
_ ireversibel bila E masuk >>.

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

- Pengaruh ikatan/reaksi kimia :
_ Pengikatan gugus tambahan ke suatu bag protein
(gugus R)  ubah str 3 D
_ Reversibel : terjadi mis a.l pd rx enzimatik, interaksi
protein-ligan, protein lokomosi. Ada mekanisme u/
melepaskan diri dari ikatan kimia (+)an tsb
_ Ireversibel : fisiologis terjadi pada peristiwa
modulasi suatu reaksi enzimatik. Patologis terjadi
pada peristiwa keracunan (logam berat, senyawa
kimia lain bersifat racun seperti insektisida)

Mohamad Sadikin-BBM FKUI

 Fungsi protein

• Sebagian besar protein yang ada

(>50%) adalah enzim (biokatalis)

• >50% protein yang ada/dikenal mengurus reaksi
kimia

• Menegaskan peran sel sebagai suatu reaktor kimia
• Protein juga berperan sangat penting dalam
menyusun struktur sel / organisme (fungsi struktural)

28
• Fungsi transport : berbagai senyawa tidak mudah larut
dalam air, atau berbahaya bila dibiarkan larut demikian
saja dalam air. Senyawa lain tidak mudah menembus mmb
sel. Diatasi o/ protein, karena dapat diran- cang sedmk
rupa u/ bbg tujuan.
• Fungsi komunikasi: intrasel (transduksi
sinyal) dan antarsel [hormon, mediator (neuromediator
dan sitokin)]
• Fungsi lokomosi: sel / organisme dan intra-
sel (perpindahan berbagai organel dalam peristiwa
fisiologis)
• Fungsi pertahanan dan homeostasis
• Fungsi reproduksi sel

29
 Hubungan fungsi-struktur

• Pada protein, terdapat hubungan yang

jelas sekali antara fungsi dengan struk-
tur. Fungsi penunjang atau struktural di
dukung oleh bentuk 3D berupa serat /
batang. Fungsi lain didukung oleh btk
3D yang lebih bulat
• Fungsi apapun, meminta ketelitian yang sangat tinggi dan
tepat  str yang sangat tepat, yg tidak dapat
mentoleransi kekeliru- an sekecil apapun juga

• Pembentukan str 3D harus tepat  urut
an aa harus tepat

32
 Lokasi protein dan kegunaan dalam
diagnosis
• Harus diingat, sebagian besar protein berada dan
berfungsi di dalam sel. Protein ekstrasel terbagi
atas protein intravaskuler dan protein yang
disekresikan ke luar tubuh.
• Protein intrasel seharusnya hanya ada dalam
jumlah yang sangat kecil di dalam darah. Jumlah
yang > biasa menunjukkan kerusakan integritas
sel yang memproduksi.
• Oleh karena sel jaringan berbeda membuat
protein berbeda, kenaikan S protein khas dalam
serum  kerusakan sel jaringan tertentu. 33
• Protein ekstrasel dibuat dan disekresi kan
dalam jumlah tertentu. Penuranan jumlah
berarti kerusakan dalam proses sintesis/sel
yang membuat. Kenaikan dengan juga dapat
terjadi, terutama bila ada gangguan dari
lingkungan.

34
Special Thank To Prof. dr. H. Mohamad Sadikin,
D.Sc