Bioinformática

IMA 210
Unidad 6 NAMD
Andrés Ávila
Departamento de Ingeniería Matemática
Universidad de La Frontera
aavila@ufro.cl
2010-1
 Simulación Molecular
utilizando NAMD
www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Archivos necesarios
 PDB: Protein Data Bank
 PSF: Protein Structure File
 RTF: Residue Topology File
 PRM: Parameter files
 DCD: Coordinate/Velocity Trajectory Files
 conf: NAMD configuration file
 out: NAMD Standard output log file

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 Archivos PDB

Se obtienen del PDB Database. Nos interesa

 Nombre de átomos: N,C, CA
 Nombre de residuos: ALA, HIS
 Identificación de residuos: número entero
 Coordenadas: x,y,z
 Ocupancia: 0.0 a 1.0
 Temperatura: factor B-
 Identificación de segmento: 6PTI
PDB no contiene los átomos de hidrógenos, así que hay que
agregarlos
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 Descripción del PDB

Ejemplo

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 Archivo PSF
Se construye con psfgen. Tiene cinco secciones:
 Átomos
 Enlaces (bonds)
 Ángulos
 Dihedrals
 Improper: términos de fuerza dihedral usados para
mantener la planaridad
No hay coordenadas, velocidades y parámetros de campo de
fuerzas

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 Ejemplo PSF

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 Archivo RTF
Para cada tipo de residuo conocido
• Átomo: nombre, tipo, masa y carga
• Enlaces dentro del residuo
• Enlaces a otros residuos
• Cualquier impropios planares
Parches adicionales
• Segmentos de proteínas terminales
• Segmentos de proteina unidos
• Estados de protonación modificados Alanina
• Enlaces de disulfido adicionales
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 Ejemplo RTF

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 Archivo RTF
Hay diferencias entre
moléculas y residuos
• Primer residuo se convierte en
N-terminal NH3+
• Último resiudo se conviernte en
C-términal CO-O-
Átomos especiales
• -C,-O,+N, +H, +CA
• Se refiere a átomos en residuos
precedentes (-) o siguiente (+) Agua

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 Archivo PRM
Enlazantes: Valor de equilibrio y constante elástica para
• Cada par de tipos de átomos que se pueden formar y enlazar
• Cada tripleta de átomos que pueden formar un ángulo
• Cada cuádrupla de átomos que pueden formar un dihedral o un
impropio

No enlazantes: Radio de vdW y profundidad del potencial

electrostático para cada tipo de átomo
• Para cada par de átomos
• Radio del par calculado por media aritmética
• Potencial de profundidad del par calculado de media geométrica

Fuertemente relacionado al archivo de topología de matching

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 Archivo PRM

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 Configuración archivo NAMD
Ejemplo
Minimización y equilibrio de Ubiquitin en una esfera de agua

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 Configuración archivo NAMD
Parámetros de simulación

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 Configuración archivo NAMD
Parámetros de simulación, continuación

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 Configuración archivo NAMD
Parámetros adicionales

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 Configuración archivo NAMD
Script de ejecución

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 Archivo de salida NAMD
Corriendo trabajos en NAMD2

Utilizar namdplot para graficar estas cantidades en el

tiempo
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 Archivo de salida NAMD
Corriendo trabajos en NAMD2, continuación

Recomendación: no ignore los warnings que no

entiende
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