Marcadores

Moleculares
 Marcadores Moleculares
Son moleculas que sirven para marcar
la molecula de AND.

Existen 2 tipos

Marcadore indirectos
(utilizan moleculas producto del AND
como las Isoenzimas y Aloenzimas).

Marcadores directos
Estos utilizan directamente la molecula
de ADN ejemplos RADP’s,
Microsatelites, etc
 Isozimas y Alozimas

• El “abuelo” de los marcadores moleculares

• Lewontin y Hubby, 1966

- Substituciones de amino acidos cambian

la movilidad de la enzima en el gel:

-plegamiento y/o carga

• Aún en uso en estudios de Genética de

 Isozimas
• Pros:
Protocolos bien desarrollados con moderado grado de
dificultad.
No se necesita informacion genómica.
Existen décadas y décadas de datos acumulados
(“mining”).

•Cons:
Poca variación.
Se necesita abundante tejido fresco.
Loci son una muestra no aleatoria del genoma y
muchos estan bajo fuerte selección.
Puede ser considerado un “arte”.
Muchos reactivos químicos peligrosos.
Marcadores Moleculares

Secuenciación
(SNP)
Restriction Fragment Length Polymorphism
(RFLP)
 Southern blots
• Aislamiento del ADN
• Digestión del ADN con enzima de
restricción
• Separación de los fragmentos de
ADN de acuerdo a su tamaño
• Denaturación del ADN
• Transferencia de las cadenas simples
de ADN a la membrana
 Desventajas
• Es tediosa y trabajosa
• Puede durar varios días
• Costosa
• Usa radioisótopos
Marcadores basados en PCR

Que es el PCR
video

Que es la electroforesis.
Video
“RAPD allows analysis without a clue”
Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD)

• 1990, Welsh & McCleland and Williams et al.

• Usa partidores muy cortos (10 pb) para amplificar
fragmentos aleatorios de ADN.
• No se necesita ninguna información acerca del
genoma en estudio
• Marcador dominante: presente o ausente
• Muy desacreditado, pero probablemente no es tan
malo como algunos podrían pensar
Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD)
 Amplified Fragment
Length Polymorphism
 AFLPs
Pros:
-Muchos loci estudiados al mismo tiempo
-No se necesita ninguna información anterior
-Alta variabilidad

Cons:
-Homoplasia en el tamaño de los frag’s
-Problemas con reproducibilidad
-Protocolo es muy largo
-Marcador dominante anónimo
-Demasiados loci…..!!
 ADN Repetitivo

Microsatélites o Secuencias Simples Repetidas

(Simple Sequence Repeats, SSRs)
- Mono-, di-, tri-, y tetra-nucleótidos

Minisatélites o Short Tandem Repeats (STRs)

- 5-10 bp

Variable Number of Tandem Repeats

- 14-100 bp
Microsatélites
 Microsatélites
•Pros:
-Altamente variable
-Muchos alelos por locus
-Marcador co-dominante
•Cons:
-Dinámica evolutiva desconocida
- “Stutter y alelos nulos complican

el “scoring”
-Alta inversión inicial para desarrollar loci
 Single Nucleotide Polymorphism:
SNPs

• Pueden representar hasta 90% de la Variación

Genética Humana
• 1.5 millon de posiciones presentan variabilidad
• Puede ser la base de la susceptibilidad a
enfermedades comunes (cáncer, diabetes, etc)
• Farmacogenética: busca identificar la posible
respuesta a las terapias con drogas.
• Metodos para identificar depende si es un SNP
desconocido o conocido
Secuenciación de ADN para
buscar SNPs
 Algunas tecnicas para la
secuenciación
Secuenciación de alto rendimiento o "next-generation”

Amplificación clonal in vitro (comercializado por 454 Life

Sciences, adquirido por Roche)

Illumina (Solexa)

Ion Torrent semiconductor

Secuenciación paralelizada

Secuenciación por ligación

Secuenciación de una única molécula de ADN (next, next)

Avances en esta tecnologia
Secuenciadores