Translation:   From messenger RNA to protein:

The information encoded in the DNA is transferred to 
messenger RNA and then decoded by the ribosome to
produce proteins.

   
 5’­ATGCCTAGGTACCTATGA­3’ DNA
3’­TACGGATCCATGGATACT­5’
Transcription
5’­AUGCCUAGGUACCUAUGA­3’ mRNA

decoded as

5’­AUG CCU AGG UAC CUA UGA­3’
Translation

N­MET­PRO­ARG­TYR­LEU­C Protein

   
   
   
 Alanine tRNA

   
 Generalized tRNA

   
 Modified Bases
Found in tRNAs

= UH2

   
   
   
tRNAs are activated by amino­acyl tRNA synthetases

   
   
 Structure of an amino acyl­tRNA synthetase bound to a tRNA

   
One mechanism for maintaining high fidelity of protein
synthesis is the high fidelity of aa­tRNA synthetases

   
 Amino­acyl tRNA synthetases:
One synthetase for each amino acid
a single synthetase may recognize multiple tRNAs
for the same amino acid

Two classes of synthetase.  
Different 3­dimensional structures
Differ in which side of the tRNA they recognize 
and how they bind ATP
Class I ­ monomeric, acylates the 2’OH on the terminal ribose
Arg, Cys , Gln, Glu, Ile, Leu, Met, Trp Tyr, Val

Class II ­ dimeric, acylate the 3’OH on the terminal ribose
Ala, Asn, Asp, Gly, His, Lys, Phe, Ser, Pro, Thr
   
Two levels of control to ensure that the proper amino acid
is incorporated into protein:  1) Charging of the proper tRNA

   
 2) Matching the 
cognate tRNA to the 
messenger RNA

   
Incorporation of amino acids into polypeptide chains I

   
Incorporation of amino acids into polypeptide chains II

   
 Protein synthesis occurs on ribosomes

   
 Protein synthesis occurs on ribosomes

   
 
and mitochondria  
Ribosome Assembly

The proteins of each 
ribosomal subunit
are organized around
rRNA molecules

   
16S rRNA
Ribosome Assembly: takes place largely in a specialized domain of
the nucleus, the nucleolus

   
   
 In the nucleolus, RNA polymerase I transcribes the rDNA repeats
to produce a 45S RNA precursor

The 45S precursor
 is processed
and cleaved into
mature rRNAs and
ribosomal proteins
then bind to generate
the large and small
ribosomal subunits

   
 23S rRNA secondary structure

   
 3D organization of the eukaryotic large subunit rRNA

   
 Ribosomal Proteins decorate the surface of the ribosome

              Large subunit.  Grey = rRNA  Gold = ribosomal proteins
   
Ribosomal proteins often have extensions that snake into 
the core of the rRNA structure

Crystal structure of L19
  L15 (yellow) positioned in a fragment
 
of the rRNA (red)
The ribosomal proteins are important for maintaining the 
stability and integrity of the ribosome, but NOT for catalysis

ie. the ribosomal RNA acts as a ribozyme

   
 The large and small subunits come together to form the ribosome

Mitochondrial
or Prokaryotic
Eukaryotic       60S subunit                              80S ribosome                             40S subunit

   
The association of the large and small subunits creates the 
structural features on the ribosome that are essential for 
protein synthesis

Three tRNA binding
sites:
A site = amino­acyl
tRNA binding site

P site = peptidyl­tRNA
binding site

E site = exit site

   
In addition to the APE sites there is an mRNA binding groove
that holds onto the message being translated

   
 There is a tunnel through the large subunit that allows the
growing polypeptide chain to pass out of the ribosome

   
   
Peptide bond formation is catalyzed by the large subunit rRNA

   
Peptide bond formation is catalyzed by the large subunit rRNA

   
   
   
 Incorporation of the correct amino acyl­tRNA is determined
by base­pairing interactions between the anticodon of the 
tRNA and the messenger RNA

   
 =EF­1 Proper reading of the
anticodon is the second
important quality control
step ensuring accurate
protein synthesis

Elongation factors 
Introduce a two­step
“Kinetic proofreading”

   
 A second elongation factor
EF­G or EF­2, drives the 
translocation of the ribosome 
along the mRNA

Together GTP hydrolysis
by EF­1 and EF­2 help drive
protein synthesis forward

   
Termination of  translation
is triggered by stop codons

Release factor enters
the A site and triggers
hydrolysis the peptidyl­tRNA
bond leading to release of 
the protein.

   
Release of the protein causes
the disassociation of the 
ribosome into its constituent
subunits.

   
 Release Factor is a molecular mimic of a tRNA

eRF1 tRNA

   
 Initiation of Translation

Initiation is controlled differently in prokaryotic and 
eukaryotic ribosomes

In prokaryotes a single transcript can give rise to multiple proteins

   
In prokaryotes, specific 
sequences in the mRNA around
the AUG codon, called
Shine­Delgarno sequences,
are recognized by an intiation
complex consisting of a Met
amino­acyl tRNA, Initiation 
Factors (IFs) and the small
ribosomal subunit

   
GTP hydrolysis by 
IF2 coincident with 
release of the IFs and 
binding of the large
ribosomal subunit leads 
to formation of a complete
ribosome,on the mRNA
and ready to translate.

   
 Eukaryotic mRNAs have a distinct structure at the 5’ end

   
 Structure of the 7­methyl guanosine cap

The 7me­G cap is required
for an mRNA to be 
translated
   
In contrast, Eukaryotes
use a scanning mechanism
to intiate translation.

Recognition of the AUG
triggers GTP hydrolysis
by eIF­2

   
 GTP hydrolysis by
eIF2 is a signal for
binding of the large
subunit and beginning
of translation 

   
 Messenger RNAs are translated on polyribosomes

   
 Protein synthesis is often regulated at the 
level of translation initiation

   
An example of control of specific mRNAs:  regulation by iron (Fe):

Ferritin is a cytosolic iron binding protein expressed when
iron is abundant in the cell.

Transferrin receptor is a plasma membrane receptor important 
for the import of iron into the cytosol.

They are coordinately regulated, in opposite directions, by
control of protein synthesis.

   
 Regulation by iron (Fe):

   
There is also general control of translational initiation.

ie. all transcripts of the cell are effected (though the relative
effect differs between specific mRNAs)

Global downregulation or upregulation can occur in response 
to various stimuli the most common are
1) Nutrient availability
low nutrient (amino acids/carbohydrate) 
downregulates translation

2) Growth factor signals.
stimulation of cell division upregulates translation

   
 General control of translational initiation is exerted through
two primary mechanisms.

Control of the phosphorylation of eIF2

Control of the phosphorylation of eIF4 binding proteins

   
Control of translation by eIF2 phosphorylation

Stimulated by
   
Amino acid deprivation
 Control of translation by eIF4E availability

The 7MEG cap binding subunit of eIF4, eIF4E, is sequestered
by eIF4E binding protiens (4E­BPs).  The binding of these
proteins is regulated by their phosphorylation state

Growth Nutrient
Factors Limitation

   
 Nutritional
2
controls

Nutritional signals can control both the recognition of the mRNA
and loading of the 40S subunit.   
   
Modification of the translation machinery is a common
feature of viral life cycles

e.g. Picornaviruses
Polio virus
Encephalomyocarditis virus

Picornaviruses have single stranded RNA genomes.

   
 Poliovirus Life Cycle

   
 The poliovirus genome is translated into a single,
large polyprotein that then auto­proteolyzes itself into
smaller proteins.

One of these proteins, viral protease 2A cleaves
the translation initiation factor eIF4G so that it 
can no longer function as a bridge between the
methyl cap binding subunit and the 40S subunit

   
The consequence of this cleavage is that translation of 
cellular mRNAs stops

But…the viral RNA is still translated due to the presence of
an internal ribosomal entry site (IRES).  This acts like a 
bacterial initiation site to allow Cap­independent initiation
from internal AUG codons.

 
What is X?
 
“X” is not a protein, as suggested
by the textbook model at right,
rather it is a structure in the mRNA
itself that can bind to the remaining
fragment of eIF4G

   
 Some cellular mRNAs are also translated using IRESs

During G2/M phase of the cell cycle, translation is generally
downregulated by activation of 4E­BPs.  Many proteins expressed
during this period bypass this control by using IRES elements
   
 Ribosomal Frameshifting

Because translation
uses a triplet code,
there are three potential
reading frames in 
each mRNA

   
 As the ribosome translocates, it moves in three nucleotide
steps, ensuring that the frame defined by the AUG is used
throughout translation

If the ribosome moves 1 or 2 (or 4 or 5) nucleotides
this produces a frameshift

   
 Many retroviruses induce ribosomal frameshifting in 
the synthesis of viral proteins 

e.g. HIV

   
Translation Inhibitors are important antibiotics